Repository 'meme_meme'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/meme_meme

Changeset 9:794b2859c286 (2017-06-29)
Previous changeset 8:e8b209806a20 (2016-11-14) Next changeset 10:b8c05adb68da (2017-08-23)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/meme commit 211bfa0f58a0691fb7b0c2623763112fdcb76dbd
modified:
meme.xml
test-data/fimo_output_html_1.html
test-data/fimo_output_html_2.html
test-data/fimo_output_xml_1.xml
test-data/fimo_output_xml_2.xml
test-data/meme_output_html_1.html
test-data/meme_output_html_2.html
test-data/meme_output_txt_1.txt
test-data/meme_output_txt_2.txt
test-data/meme_output_xml_1.xml
test-data/meme_output_xml_2.xml
tool_data_table_conf.xml.sample
added:
macros.xml
removed:
tool_dependencies.xml
b
diff -r e8b209806a20 -r 794b2859c286 macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml Thu Jun 29 20:39:45 2017 -0400
b
@@ -0,0 +1,10 @@
+<?xml version='1.0' encoding='UTF-8'?>
+<macros>
+    <xml name="requirements">
+        <requirements>
+            <requirement type="package" version="1.3.23">graphicsmagick</requirement>
+            <requirement type="package" version="4.11.2">meme</requirement>
+        </requirements>
+    </xml>
+</macros>
+
b
diff -r e8b209806a20 -r 794b2859c286 meme.xml
--- a/meme.xml Mon Nov 14 13:17:41 2016 -0500
+++ b/meme.xml Thu Jun 29 20:39:45 2017 -0400
[
b'@@ -1,87 +1,78 @@\n-<tool id="meme_meme" name="MEME" version="4.11.1.0">\n+<tool id="meme_meme" name="MEME" version="4.11.2.0">\n     <description>- Multiple Em for Motif Elicitation</description>\n-    <requirements>\n-        <requirement type="package" version="1.3.20">graphicsmagick</requirement>\n-        <requirement type="package" version="4.11.1">meme</requirement>\n-    </requirements>\n-    <stdio>\n-        <!-- Anything other than zero is an error -->\n-        <exit_code range="1:" />\n-        <!-- In case the return code has not been set propery check stderr too -->\n-        <regex match="Error:" />\n-        <regex match="Exception:" />\n-    </stdio>\n-    <command>\n-        <![CDATA[\n-            meme "$input1"\n-            -o "${html_outfile.files_path}"\n-            -nostatus\n-            -maxsize 1000000\n-            #if str( $options_type.options_type_selector ) == \'advanced\':\n-                -sf "${ str( $options_type.sf ).replace( \' \', \'_\' ) }"\n-                -${options_type.alphabet_type.alphabet_type_selector}\n-                -mod "${options_type.mod_type.mod_type_selector}"\n-                -nmotifs "${options_type.nmotifs}"\n-                -wnsites "${options_type.wnsites}"\n-                #if $options_type.evt < float(\'inf\'):\n-                    -evt "${options_type.evt}"\n-                #end if\n-                #if str( $options_type.mod_type.mod_type_selector ) != \'oops\':\n-                    #if str( $options_type.mod_type.motif_occurrence_type.motif_occurrence_type_selector ) == \'nsites\':\n-                        -nsites "${options_type.mod_type.motif_occurrence_type.nsites}"\n-                    #elif str( $options_type.mod_type.motif_occurrence_type.motif_occurrence_type_selector ) == \'min_max_sites\':\n-                        -minsites "${options_type.mod_type.motif_occurrence_type.minsites}"\n-                        -maxsites "${options_type.mod_type.motif_occurrence_type.maxsites}"\n-                    #end if\n-                #end if\n-                #if str( $options_type.motif_width_type.motif_width_type_selector ) == \'exact\':\n-                    -w "${options_type.motif_width_type.width}"\n-                #else\n-                    -minw "${options_type.motif_width_type.minw}"\n-                    -maxw "${options_type.motif_width_type.maxw}"\n-                #end if\n-                #if str( $options_type.motif_trim_type.motif_trim_type_selector ) == \'nomatrim\':\n-                    -nomatrim\n-                #else\n-                    -wg "${options_type.motif_trim_type.wg}"\n-                    -ws "${options_type.motif_trim_type.ws}"\n-                    ${options_type.motif_trim_type.noendgaps}\n-                #end if\n-                #if str( $options_type.bfile ) != \'None\':\n-                    -bfile "${options_type.bfile}"\n-                #end if\n-                #if str( $options_type.pspfile ) != \'None\':\n-                    -psp "${options_type.pspfile}"\n-                #end if\n-                #if str( $options_type.alphabet_type.alphabet_type_selector ) == "dna":\n-                    ${options_type.alphabet_type.revcomp} ${options_type.alphabet_type.pal}\n-                #end if\n-                -maxiter "${options_type.maxiter}"\n-                -distance "${options_type.distance}"\n-                -prior "${options_type.alphabet_type.prior_type.prior_type_selector}"\n-                #if str( $options_type.alphabet_type.prior_type.prior_type_selector ) != \'addone\':\n-                    -b "${options_type.alphabet_type.prior_type.prior_b}"\n-                    #if str( $options_type.alphabet_type.prior_type.plib ) != \'None\':\n-                        -plib "${options_type.alphabet_type.prior_type.plib}"\n-                    #end if\n-                #end if\n-                #if str( $options_type.alphabet_type.spmap_type.spmap_type_selector ) == \'cons\':\n-                    -cons "${options_type.alphabet_type.spmap_type.cons}"\n-                #else\n-                    -spma'..b'ector ) == \'x_branch\':\n-                    -x_branch\n-                    -bfactor "${options_type.branching_type.bfactor}"\n-                    -heapsize "${options_type.branching_type.heapsize}"\n-                #end if\n-            #end if\n-            && mv ${html_outfile.files_path}/meme.html ${html_outfile}\n-            && mv ${html_outfile.files_path}/meme.txt ${txt_outfile}\n-            && mv ${html_outfile.files_path}/meme.xml ${xml_outfile}\n-        ]]>\n-    </command>\n+    <macros>\n+        <import>macros.xml</import>\n+    </macros>\n+    <expand macro="requirements" />\n+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[\n+meme \'$input1\'\n+-o \'${html_outfile.files_path}\'\n+-nostatus\n+-maxsize 1000000\n+#if str( $options_type.options_type_selector ) == \'advanced\':\n+    -sf \'${ str( $options_type.sf ).replace( " ", "_" ) }\'\n+    -${options_type.alphabet_type.alphabet_type_selector}\n+    -mod \'${options_type.mod_type.mod_type_selector}\'\n+    -nmotifs \'${options_type.nmotifs}\'\n+    -wnsites \'${options_type.wnsites}\'\n+    #if $options_type.evt < float(\'inf\'):\n+        -evt \'${options_type.evt}\'\n+    #end if\n+    #if str( $options_type.mod_type.mod_type_selector ) != \'oops\':\n+        #if str( $options_type.mod_type.motif_occurrence_type.motif_occurrence_type_selector ) == \'nsites\':\n+            -nsites \'${options_type.mod_type.motif_occurrence_type.nsites}\'\n+        #elif str( $options_type.mod_type.motif_occurrence_type.motif_occurrence_type_selector ) == \'min_max_sites\':\n+            -minsites \'${options_type.mod_type.motif_occurrence_type.minsites}\'\n+            -maxsites \'${options_type.mod_type.motif_occurrence_type.maxsites}\'\n+        #end if\n+    #end if\n+    #if str( $options_type.motif_width_type.motif_width_type_selector ) == \'exact\':\n+        -w \'${options_type.motif_width_type.width}\'\n+    #else\n+        -minw \'${options_type.motif_width_type.minw}\'\n+        -maxw \'${options_type.motif_width_type.maxw}\'\n+    #end if\n+    #if str( $options_type.motif_trim_type.motif_trim_type_selector ) == \'nomatrim\':\n+        -nomatrim\n+    #else\n+        -wg \'${options_type.motif_trim_type.wg}\'\n+        -ws \'${options_type.motif_trim_type.ws}\'\n+        ${options_type.motif_trim_type.noendgaps}\n+    #end if\n+    #if str( $options_type.bfile ) != \'None\':\n+        -bfile \'${options_type.bfile}\'\n+    #end if\n+    #if str( $options_type.pspfile ) != \'None\':\n+        -psp \'${options_type.pspfile}\'\n+    #end if\n+    #if str( $options_type.alphabet_type.alphabet_type_selector ) == \'dna\':\n+        ${options_type.alphabet_type.revcomp} ${options_type.alphabet_type.pal}\n+    #end if\n+    -maxiter \'${options_type.maxiter}\'\n+    -distance \'${options_type.distance}\'\n+    -prior \'${options_type.alphabet_type.prior_type.prior_type_selector}\'\n+    #if str( $options_type.alphabet_type.prior_type.prior_type_selector ) != \'addone\':\n+        -b \'${options_type.alphabet_type.prior_type.prior_b}\'\n+        #if str( $options_type.alphabet_type.prior_type.plib ) != \'None\':\n+            -plib \'${options_type.alphabet_type.prior_type.plib}\'\n+        #end if\n+    #end if\n+    #if str( $options_type.alphabet_type.spmap_type.spmap_type_selector ) == \'cons\':\n+        -cons \'${options_type.alphabet_type.spmap_type.cons}\'\n+    #else\n+        -spmap \'${options_type.alphabet_type.spmap_type.spmap_type_selector}\'\n+        -spfuzz \'${options_type.alphabet_type.spmap_type.spfuzz}\'\n+    #end if\n+    #if str( $options_type.branching_type.branching_type_selector ) == \'x_branch\':\n+        -x_branch\n+        -bfactor \'${options_type.branching_type.bfactor}\'\n+        -heapsize \'${options_type.branching_type.heapsize}\'\n+    #end if\n+#end if\n+&& mv \'${html_outfile.files_path}/meme.html\' \'${html_outfile}\'\n+&& mv \'${html_outfile.files_path}/meme.txt\' \'${txt_outfile}\'\n+&& mv \'${html_outfile.files_path}/meme.xml\' \'${xml_outfile}\'\n+    ]]></command>\n     <inputs>\n         <param format="fasta" name="input1" type="data" label="Sequences"/>\n         <conditional name="options_type">\n'
b
diff -r e8b209806a20 -r 794b2859c286 test-data/fimo_output_html_1.html
--- a/test-data/fimo_output_html_1.html Mon Nov 14 13:17:41 2016 -0500
+++ b/test-data/fimo_output_html_1.html Thu Jun 29 20:39:45 2017 -0400
b
@@ -25,9 +25,6 @@
 <center><big><b>FIMO - Motif search tool</b></big></center>
 <hr>
 <p>
-FIMO version 4.11.1, (Release date: Fri Jan 15 12:51:59 2016 -0800)
-</p>
-<p>
 For further information on how to interpret these results
 or to get a copy of the FIMO software please access
 <a href="http://meme.nbcr.net">http://meme.nbcr.net</a></p>
b
diff -r e8b209806a20 -r 794b2859c286 test-data/fimo_output_html_2.html
--- a/test-data/fimo_output_html_2.html Mon Nov 14 13:17:41 2016 -0500
+++ b/test-data/fimo_output_html_2.html Thu Jun 29 20:39:45 2017 -0400
b
@@ -25,9 +25,6 @@
 <center><big><b>FIMO - Motif search tool</b></big></center>
 <hr>
 <p>
-FIMO version 4.11.1, (Release date: Fri Jan 15 12:51:59 2016 -0800)
-</p>
-<p>
 For further information on how to interpret these results
 or to get a copy of the FIMO software please access
 <a href="http://meme.nbcr.net">http://meme.nbcr.net</a></p>
b
diff -r e8b209806a20 -r 794b2859c286 test-data/fimo_output_xml_1.xml
--- a/test-data/fimo_output_xml_1.xml Mon Nov 14 13:17:41 2016 -0500
+++ b/test-data/fimo_output_xml_1.xml Thu Jun 29 20:39:45 2017 -0400
b
@@ -1,9 +1,5 @@
 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?>
 <!-- Begin document body -->
-<fimo version="4.11.1" release="Fri Jan 15 12:51:59 2016 -0800">
-  xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
-  xsi:schemaLocation=  xmlns:fimo="http://noble.gs.washington.edu/schema/fimo"
->
 <settings>
 <setting name="allow clobber">false</setting>
 <setting name="compute q-values">true</setting>
b
diff -r e8b209806a20 -r 794b2859c286 test-data/fimo_output_xml_2.xml
--- a/test-data/fimo_output_xml_2.xml Mon Nov 14 13:17:41 2016 -0500
+++ b/test-data/fimo_output_xml_2.xml Thu Jun 29 20:39:45 2017 -0400
b
@@ -1,9 +1,5 @@
 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?>
 <!-- Begin document body -->
-<fimo version="4.11.1" release="Fri Jan 15 12:51:59 2016 -0800">
-  xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
-  xsi:schemaLocation=  xmlns:fimo="http://noble.gs.washington.edu/schema/fimo"
->
 <settings>
 <setting name="allow clobber">false</setting>
 <setting name="compute q-values">false</setting>
b
diff -r e8b209806a20 -r 794b2859c286 test-data/meme_output_html_1.html
--- a/test-data/meme_output_html_1.html Mon Nov 14 13:17:41 2016 -0500
+++ b/test-data/meme_output_html_1.html Thu Jun 29 20:39:45 2017 -0400
[
@@ -7,8 +7,6 @@
       // @JSON_VAR data
       var data = {
         "program": "MEME",
-        "version": "4.11.1",
-        "release": "Fri Jan 15 12:51:59 2016 -0800",
         "stop_reason": "Stopped because requested number of motifs (1) found.",
         "cmd": [
           "meme",
b
diff -r e8b209806a20 -r 794b2859c286 test-data/meme_output_html_2.html
--- a/test-data/meme_output_html_2.html Mon Nov 14 13:17:41 2016 -0500
+++ b/test-data/meme_output_html_2.html Thu Jun 29 20:39:45 2017 -0400
[
@@ -7,8 +7,6 @@
       // @JSON_VAR data
       var data = {
         "program": "MEME",
-        "version": "4.11.1",
-        "release": "Fri Jan 15 12:51:59 2016 -0800",
         "stop_reason": "Stopped because requested number of motifs (1) found.",
         "cmd": [
           "meme",
b
diff -r e8b209806a20 -r 794b2859c286 test-data/meme_output_txt_1.txt
--- a/test-data/meme_output_txt_1.txt Mon Nov 14 13:17:41 2016 -0500
+++ b/test-data/meme_output_txt_1.txt Thu Jun 29 20:39:45 2017 -0400
b
@@ -1,7 +1,7 @@
 ********************************************************************************
 MEME - Motif discovery tool
 ********************************************************************************
-MEME version 4.11.1 (Release date: Fri Jan 15 12:51:59 2016 -0800)
+MEME version 4.11.2 (Release date: Thu May 05 14:58:55 2016 -0700)
 
 For further information on how to interpret these results or to get
 a copy of the MEME software please access http://meme-suite.org .
@@ -28,7 +28,7 @@
 ********************************************************************************
 TRAINING SET
 ********************************************************************************
-DATAFILE=
+DATAFILE= /tmp/tmpCNK6l0/files/000/dataset_22.dat
 ALPHABET= ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY
 Sequence name            Weight Length  Sequence name            Weight Length  
 -------------            ------ ------  -------------            ------ ------  
@@ -55,7 +55,7 @@
 This information can also be useful in the event you wish to report a
 problem with the MEME software.
 
-command: meme 
+command: meme /tmp/tmpCNK6l0/files/000/dataset_22.dat -o /tmp/tmpCNK6l0/job_working_directory/000/11/dataset_23_files -nostatus -maxsize 1000000 
 
 model:  mod=         zoops    nmotifs=         1    evt=           inf
 object function=  E-value of product of p-values
@@ -267,7 +267,7 @@
 
 
 
-Time
+Time  0.72 secs.
 
 ********************************************************************************
 
@@ -320,6 +320,6 @@
 Stopped because requested number of motifs (1) found.
 ********************************************************************************
 
-CPU:
+CPU: bigsky
 
 ********************************************************************************
b
diff -r e8b209806a20 -r 794b2859c286 test-data/meme_output_txt_2.txt
--- a/test-data/meme_output_txt_2.txt Mon Nov 14 13:17:41 2016 -0500
+++ b/test-data/meme_output_txt_2.txt Thu Jun 29 20:39:45 2017 -0400
b
@@ -1,7 +1,7 @@
 ********************************************************************************
 MEME - Motif discovery tool
 ********************************************************************************
-MEME version 4.11.1 (Release date: Fri Jan 15 12:51:59 2016 -0800)
+MEME version 4.11.2 (Release date: Thu May 05 14:58:55 2016 -0700)
 
 For further information on how to interpret these results or to get
 a copy of the MEME software please access http://meme-suite.org .
@@ -55,7 +55,7 @@
 This information can also be useful in the event you wish to report a
 problem with the MEME software.
 
-command: meme 
+command: meme /tmp/tmpCNK6l0/files/000/dataset_26.dat -o /tmp/tmpCNK6l0/job_working_directory/000/14/dataset_28_files -nostatus -maxsize 1000000 -sf Galaxy_FASTA_Input -dna -mod zoops -nmotifs 1 -wnsites 0.8 -evt inf -minw 8 -maxw 50 -wg 11 -ws 1 -maxiter 50 -distance 0.001 -prior dirichlet -b 0.01 -plib /tmp/tmpCNK6l0/files/000/dataset_27.dat -spmap uni -spfuzz 0.5 
 
 model:  mod=         zoops    nmotifs=         1    evt=           inf
 object function=  E-value of product of p-values
@@ -69,7 +69,7 @@
 data:   n=            1500    N=              30    shuffle=        -1
 strands: +
 sample: seed=            0    ctfrac=         -1    maxwords=       -1
-Dirichlet mixture priors file:
+Dirichlet mixture priors file: dataset_27.dat
 Letter frequencies in dataset:
 A 0.294 C 0.231 G 0.257 T 0.217 
 Background letter frequencies (from dataset with add-one prior applied):
@@ -261,7 +261,7 @@
 
 
 
-Time  
+Time  0.32 secs.
 
 ********************************************************************************
 
@@ -314,6 +314,6 @@
 Stopped because requested number of motifs (1) found.
 ********************************************************************************
 
-CPU:
+CPU: bigsky
 
 ********************************************************************************
b
diff -r e8b209806a20 -r 794b2859c286 test-data/meme_output_xml_1.xml
--- a/test-data/meme_output_xml_1.xml Mon Nov 14 13:17:41 2016 -0500
+++ b/test-data/meme_output_xml_1.xml Thu Jun 29 20:39:45 2017 -0400
b
@@ -161,7 +161,7 @@
 
 ]>
 <!-- Begin document body -->
-<MEME version="4.11.1" release="Fri Jan 15 12:51:59 2016 -0800">
+<MEME version="4.11.2" release="Thu May 05 14:58:55 2016 -0700">
 <training_set datafile="/Users/gvk/work/git_workspace/galaxy/database/files/002/dataset_2490.dat" length="30">
 <alphabet name="Protein" like="protein">
 <letter id="A" symbol="A" name="Alanine" colour="0000CC"/>
b
diff -r e8b209806a20 -r 794b2859c286 test-data/meme_output_xml_2.xml
--- a/test-data/meme_output_xml_2.xml Mon Nov 14 13:17:41 2016 -0500
+++ b/test-data/meme_output_xml_2.xml Thu Jun 29 20:39:45 2017 -0400
b
@@ -161,7 +161,7 @@
 
 ]>
 <!-- Begin document body -->
-<MEME version="4.11.1" release="Fri Jan 15 12:51:59 2016 -0800">
+<MEME version="4.11.2" release="Thu May 05 14:58:55 2016 -0700">
 <training_set datafile="Galaxy_FASTA_Input" length="30">
 <alphabet name="DNA" like="dna">
 <letter id="A" symbol="A" complement="T" name="Adenine" colour="CC0000"/>
b
diff -r e8b209806a20 -r 794b2859c286 tool_data_table_conf.xml.sample
--- a/tool_data_table_conf.xml.sample Mon Nov 14 13:17:41 2016 -0500
+++ b/tool_data_table_conf.xml.sample Thu Jun 29 20:39:45 2017 -0400
b
@@ -1,6 +1,6 @@
 <tables>
     <!-- Locations of all fasta files under genome directory -->
-    <table name="all_fasta" comment_char="#">
+    <table name="all_fasta" comment_char="#" allow_duplicate_entries="False">
         <columns>value, dbkey, name, path</columns>
         <file path="tool-data/all_fasta.loc" />
     </table>
b
diff -r e8b209806a20 -r 794b2859c286 tool_dependencies.xml
--- a/tool_dependencies.xml Mon Nov 14 13:17:41 2016 -0500
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
@@ -1,9 +0,0 @@
-<?xml version="1.0"?>
-<tool_dependency>
-    <package name="graphicsmagick" version="1.3.20">
-        <repository changeset_revision="f2855f4cbc8f" name="package_graphicsmagick_1_3_20" owner="iuc" prior_installation_required="True" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
-    </package>
-    <package name="meme" version="4.11.1">
-        <repository changeset_revision="f585fa3ee66b" name="package_meme_4_11_1" owner="iuc" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
-    </package>
-</tool_dependency>