Repository 'iwtomics'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/fabio/iwtomics

Changeset 34:7e5e94fe6b1f (2017-05-31)
Previous changeset 33:40542bd944eb (2017-05-31) Next changeset 35:63148eae1c08 (2017-05-31)
Commit message:
Uploaded 20170531
modified:
loadandplot.xml
added:
._ETn_example
._example
._loadandplot.R
._plotwithscale.R
._testandplot.R
ETn_example/._.DS_Store
ETn_example/._Control.bed
ETn_example/._DESCRIPTION.txt
ETn_example/._ETn_fixed.bed
ETn_example/._Recombination_hotspots.txt
ETn_example/._features.header
ETn_example/._regions.header
example/._.DS_Store
example/._Controls_regions.bed
example/._DESCRIPTION.txt
example/._Elements1_regions.bed
example/._Elements2_regions.bed
example/._Elements3_regions.bed
example/._Feature1.bed
example/._Feature2.bed
example/._features.header.bed.txt
example/._regions.header.txt
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f ._ETn_example
b
Binary file ._ETn_example has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f ._example
b
Binary file ._example has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f ._loadandplot.R
b
Binary file ._loadandplot.R has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f ._plotwithscale.R
b
Binary file ._plotwithscale.R has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f ._testandplot.R
b
Binary file ._testandplot.R has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f ETn_example/._.DS_Store
b
Binary file ETn_example/._.DS_Store has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f ETn_example/._Control.bed
b
Binary file ETn_example/._Control.bed has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f ETn_example/._DESCRIPTION.txt
b
Binary file ETn_example/._DESCRIPTION.txt has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f ETn_example/._ETn_fixed.bed
b
Binary file ETn_example/._ETn_fixed.bed has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f ETn_example/._Recombination_hotspots.txt
b
Binary file ETn_example/._Recombination_hotspots.txt has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f ETn_example/._features.header
b
Binary file ETn_example/._features.header has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f ETn_example/._regions.header
b
Binary file ETn_example/._regions.header has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f example/._.DS_Store
b
Binary file example/._.DS_Store has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f example/._Controls_regions.bed
b
Binary file example/._Controls_regions.bed has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f example/._DESCRIPTION.txt
b
Binary file example/._DESCRIPTION.txt has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f example/._Elements1_regions.bed
b
Binary file example/._Elements1_regions.bed has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f example/._Elements2_regions.bed
b
Binary file example/._Elements2_regions.bed has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f example/._Elements3_regions.bed
b
Binary file example/._Elements3_regions.bed has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f example/._Feature1.bed
b
Binary file example/._Feature1.bed has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f example/._Feature2.bed
b
Binary file example/._Feature2.bed has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f example/._features.header.bed.txt
b
Binary file example/._features.header.bed.txt has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f example/._regions.header.txt
b
Binary file example/._regions.header.txt has changed
b
diff -r 40542bd944eb -r 7e5e94fe6b1f loadandplot.xml
--- a/loadandplot.xml Wed May 31 12:39:59 2017 -0400
+++ b/loadandplot.xml Wed May 31 12:42:49 2017 -0400
b
@@ -88,11 +88,12 @@
         #end if
       #end if
 
-      >& /dev/null
+      2> "${stackerr}"
 ]]>
     <!--
     to print the stack add the following line at the end of the command and enable the corresponding entry in output
     2> "${stackerr}"
+    >& /dev/null
     -->
   </command>
 
@@ -225,7 +226,7 @@
   </inputs>
 
   <outputs>
-    <!--<data format="txt" name="stackerr" label="iwtomics.loadandplot.stackerr.txt" from_work_dir="iwtomics.loadandplot.stackerr.txt" />-->
+    <data format="txt" name="stackerr" label="iwtomics.loadandplot.stackerr.txt" from_work_dir="iwtomics.loadandplot.stackerr.txt" />
     <data format="rdata" name="outrdata" label="${tool.name} on ${on_string}: IWTomicsData Object" from_work_dir="iwtomics.loadandplot.RData" />
     <data format="tabular" name="outregions" label="${tool.name} on ${on_string}: Region Dataset IDs" from_work_dir="iwtomics.loadandplot.regions.txt" />
     <data format="tabular" name="outfeatures" label="${tool.name} on ${on_string}: Feature IDs" from_work_dir="iwtomics.loadandplot.features.txt" />