| Next changeset 1:f757b9219746 (2017-06-11) |
|
Commit message:
Uploaded |
|
added:
findSNP/._.DS_Store findSNP/findSNPs.R findSNP/findSNPs.xml findSNP/test-data/._.DS_Store findSNP/test-data/GenomicRatioSet.RData findSNP/test-data/findSNP.txt |
| b |
| diff -r 000000000000 -r 803decff7ac8 findSNP/._.DS_Store |
| b |
| Binary file findSNP/._.DS_Store has changed |
| b |
| diff -r 000000000000 -r 803decff7ac8 findSNP/findSNPs.R --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/findSNP/findSNPs.R Sun Jun 11 10:00:48 2017 -0400 |
| [ |
| @@ -0,0 +1,17 @@ +require("minfi", quietly = TRUE) + +options(warn = -1) +options("download.file.method"="wget") + +args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) + +input = args[1] +output = args[2] + +GRset <- get(load(input)) + +snps <- getSnpInfo(GRset) + +write.table(snps, output) + + |
| b |
| diff -r 000000000000 -r 803decff7ac8 findSNP/findSNPs.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/findSNP/findSNPs.xml Sun Jun 11 10:00:48 2017 -0400 |
| b |
| @@ -0,0 +1,38 @@ +<tool id="SNPs" name="SNPs" version="1.16.2"> + <requirements> + <requirement name="package_r_3_2_1" type="package" version="3.2.1">R</requirement> +</requirements> +<stdio> + <exit_code range="1:" /> +</stdio> + <command> Rscript $__tool_directory__/findSNPs.R "$input" "$output" </command> + <inputs> + <param name="input" format="Rdata"label="GenomicRatioSet.Rdata" help="e.g. 'GSE51547'"/> + </inputs> + <outputs> + <data format="txt" name="output" label="SNPs.txt"/> + </outputs> + <tests> + <test> + <param name="test"> + <element name="test-data"> + <collection type="data"> + <element format="Rdata" name="input" label="test-data/GenomicRatioSet.Rdata"/> + </collection> + </element> + </param> + <output format="txt" name="output" label="test-data/findSNP.txt"/> + </test> + </tests> + <help> +**What it does** +SNPs inside the probe body or at the nucleotide extension can have important consequences on the downstream analysis, these tool offers the possibility to remove such probes +**Input** +GenomicRatioSet object e.g. output from getGRsetFromGEO tool +**Output** +Text file with columns containing the SNP information about the probes +</help> +<citations> +<citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btu049</citation> +</citations> +</tool> |
| b |
| diff -r 000000000000 -r 803decff7ac8 findSNP/test-data/._.DS_Store |
| b |
| Binary file findSNP/test-data/._.DS_Store has changed |
| b |
| diff -r 000000000000 -r 803decff7ac8 findSNP/test-data/GenomicRatioSet.RData |
| b |
| Binary file findSNP/test-data/GenomicRatioSet.RData has changed |
| b |
| diff -r 000000000000 -r 803decff7ac8 findSNP/test-data/findSNP.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/findSNP/test-data/findSNP.txt Sun Jun 11 10:00:48 2017 -0400 |
| b |
| b'@@ -0,0 +1,485513 @@\n+"Probe_rs" "Probe_maf" "CpG_rs" "CpG_maf" "SBE_rs" "SBE_maf"\n+"cg13869341" NA NA NA NA NA NA\n+"cg14008030" NA NA NA NA NA NA\n+"cg12045430" NA NA NA NA NA NA\n+"cg20826792" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00381604" NA NA NA NA NA NA\n+"cg20253340" NA NA NA NA NA NA\n+"cg21870274" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03130891" "rs77418980" 0.305556 NA NA NA NA\n+"cg24335620" "rs147502335" 0.0128 NA NA NA NA\n+"cg16162899" NA NA NA NA NA NA\n+"cg17149495" NA NA NA NA NA NA\n+"cg22802167" NA NA NA NA NA NA\n+"cg24669183" "rs6680725" 0.1081 NA NA NA NA\n+"cg17308840" NA NA NA NA NA NA\n+"cg17866181" NA NA NA NA NA NA\n+"cg24159721" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15174812" NA NA NA NA NA NA\n+"cg08477687" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00034556" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00645010" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15394630" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05001044" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03344490" NA NA NA NA NA NA\n+"cg17501828" NA NA NA NA NA NA\n+"cg23917638" NA NA NA NA NA NA\n+"cg18024856" NA NA NA NA NA NA\n+"cg18761878" NA NA NA NA NA NA\n+"cg27534567" NA NA NA NA NA NA\n+"cg08858441" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03348902" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01070250" NA NA NA NA NA NA\n+"cg21996134" NA NA NA NA NA NA\n+"cg07264491" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15560884" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10037654" NA NA NA NA NA NA\n+"cg14057946" "rs74512038" 0.076823 NA NA NA NA\n+"cg11422233" "rs74512038" 0.076823 NA NA NA NA\n+"cg16047670" "rs114983708" 0.115264 NA NA NA NA\n+"cg18263059" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01014490" NA NA NA NA NA NA\n+"cg04231937" NA NA NA NA NA NA\n+"cg04496485" "rs149887893" 0.0261 NA NA NA NA\n+"cg17505339" NA NA NA NA NA NA\n+"cg09989996" NA NA NA NA NA NA\n+"cg11954957" "rs115498424" 0.029514 NA NA NA NA\n+"cg01068023" NA NA NA NA NA NA\n+"cg08167039" "rs3115849" 0.276256 NA NA NA NA\n+"cg20677962" "rs75333668" 0.0687 NA NA NA NA\n+"cg06402284" NA NA "rs71507462" 0.274931 NA NA\n+"cg24699430" "rs139039741" 0.0211 NA NA NA NA\n+"cg01551879" "rs142969342" 0.0485 NA NA NA NA\n+"cg22394869" NA NA NA NA NA NA\n+"cg02550592" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03213877" NA NA "rs191770232" 0.0206 NA NA\n+"cg23803172" "rs191770232" 0.0206 NA NA NA NA\n+"cg19411932" "rs191770232" 0.0206 NA NA NA NA\n+"cg20788133" NA NA "rs2519025" 0.092322 NA NA\n+"cg08939496" NA NA NA NA NA NA\n+"cg16736630" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01793617" NA NA NA NA NA NA\n+"cg09139287" NA NA "rs2905055" 0.336368 "rs2905055" 0.336368\n+"cg05662829" "rs2905055" 0.336368 NA NA NA NA\n+"cg22714517" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00168193" NA NA "rs149504348" 0.0389 NA NA\n+"cg14280098" "rs74877941" 0.0545 NA NA NA NA\n+"cg15903280" "rs115634970" 0.030382 NA NA NA NA\n+"cg04352959" NA NA NA NA NA NA\n+"cg08258224" NA NA NA NA NA NA\n+"cg12285627" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05898754" "rs112221884" 0.014639 NA NA NA NA\n+"cg03128332" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15994267" NA NA NA NA NA NA\n+"cg16619049" "rs72631880" 0.136322 NA NA NA NA\n+"cg23100540" "rs72631880" 0.136322 NA NA NA NA\n+"cg20275697" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05475702" "rs146711189" 0.0119 NA NA NA NA\n+"cg18147296" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05597748" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00111697" "rs4246500" 0.070974 NA NA NA NA\n+"cg10988531" NA NA NA NA NA NA\n+"cg24373735" NA NA NA NA NA NA\n+"cg13938959" NA NA NA NA NA NA\n+"cg12445832" NA NA NA NA NA NA\n+"cg23999112" "rs118163204" 0.012587 NA NA NA NA\n+"cg11527153" NA NA NA NA NA NA\n+"cg27573606" "rs4970384" 0.203097 NA NA NA NA\n+"cg04195702" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01062849" NA NA "rs28477624" 0.040256 NA NA\n+"cg08128007" "rs78238606" 0.050778 NA NA NA NA\n+"cg23733394" NA NA NA NA NA NA\n+"cg13371836" NA NA NA NA NA NA\n+"cg04407431" NA NA NA NA NA NA\n+"cg13565718" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01097950" NA NA NA NA NA NA\n+"cg08900511" NA NA NA NA NA NA\n+"cg04410003" NA NA NA NA NA NA\n+"cg18762746" "rs112856858" 0.326624 NA NA NA NA\n+"cg12726839" "rs7366404" 0.265967 NA NA NA NA\n+"cg04364728" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05151709" NA NA NA NA NA NA\n+"cg08546707" NA NA NA NA NA NA\n+"cg06154531" "rs79396034" 0.13129 NA NA NA NA\n+"cg01782097" NA NA NA NA NA NA\n+"cg20825023" NA NA NA NA NA NA\n+"cg12549180" NA NA NA NA NA NA\n+"cg11851804" N'..b' NA NA NA NA NA\n+"cg25667057" NA NA NA NA NA NA\n+"cg23834181" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03672679" NA NA NA NA NA NA\n+"cg04792227" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00679624" NA NA NA NA NA NA\n+"cg20764275" NA NA NA NA NA NA\n+"cg14742615" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01882666" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03905640" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01209756" NA NA NA NA NA NA\n+"cg17115812" NA NA NA NA NA NA\n+"cg14151065" NA NA NA NA NA NA\n+"cg25012987" NA NA NA NA NA NA\n+"cg16292375" NA NA NA NA NA NA\n+"cg16894943" NA NA NA NA NA NA\n+"cg06060201" NA NA NA NA NA NA\n+"cg04170994" NA NA NA NA NA NA\n+"cg09408193" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10252249" NA NA NA NA NA NA\n+"cg23308414" NA NA NA NA NA NA\n+"cg26046487" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10646950" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00479827" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10691859" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15281205" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05230942" NA NA NA NA NA NA\n+"cg13765957" NA NA NA NA NA NA\n+"cg26251715" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03244189" NA NA NA NA NA NA\n+"cg13845521" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10811597" NA NA NA NA NA NA\n+"cg11816202" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00212031" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15345074" NA NA NA NA NA NA\n+"cg11684211" NA NA NA NA NA NA\n+"cg06628792" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00121626" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15027426" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00876332" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15794778" NA NA NA NA NA NA\n+"cg09228985" NA NA NA NA NA NA\n+"cg06065495" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03533500" NA NA NA NA NA NA\n+"cg06231362" NA NA NA NA NA NA\n+"cg25756647" NA NA NA NA NA NA\n+"cg06502680" NA NA NA NA NA NA\n+"cg20864678" NA NA NA NA NA NA\n+"cg14492024" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05725925" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05621349" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10076560" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15682993" NA NA NA NA NA NA\n+"cg07731488" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05672930" NA NA NA NA NA NA\n+"cg17660627" NA NA NA NA NA NA\n+"cg14931215" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00308367" NA NA NA NA NA NA\n+"cg27509967" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15329860" NA NA NA NA NA NA\n+"cg25815185" NA NA NA NA NA NA\n+"cg27049643" NA NA NA NA NA NA\n+"cg26517491" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15662272" NA NA NA NA NA NA\n+"cg02522936" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10799208" NA NA NA NA NA NA\n+"cg26928789" NA NA NA NA NA NA\n+"cg09081202" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01988452" NA NA NA NA NA NA\n+"cg13308744" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10172760" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10620659" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15422579" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15059553" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01644972" NA NA NA NA NA NA\n+"cg02233190" NA NA NA NA NA NA\n+"cg26983535" NA NA NA NA NA NA\n+"cg11225091" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03750315" NA NA NA NA NA NA\n+"cg02884332" NA NA NA NA NA NA\n+"cg08715207" NA NA NA NA NA NA\n+"cg08820785" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10593480" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00063477" "rs9341314" 0.036364 NA NA NA NA\n+"cg01900066" NA NA NA NA NA NA\n+"cg07747963" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10841270" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01943289" NA NA NA NA NA NA\n+"cg17741448" NA NA NA NA NA NA\n+"cg02012379" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00676506" NA NA NA NA NA NA\n+"cg06322277" NA NA NA NA NA NA\n+"cg26058907" NA NA NA NA NA NA\n+"cg02050847" NA NA NA NA NA NA\n+"cg14029254" NA NA NA NA NA NA\n+"cg02352633" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03416979" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05051262" NA NA NA NA NA NA\n+"cg25427172" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10666546" NA NA NA NA NA NA\n+"cg25640065" NA NA NA NA NA NA\n+"cg16552926" NA NA NA NA NA NA\n+"cg25918849" NA NA NA NA NA NA\n+"cg11021362" NA NA NA NA NA NA\n+"cg14467015" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15516537" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05999368" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15462332" NA NA NA NA NA NA\n+"cg26497631" NA NA NA NA NA NA\n+"cg06865724" NA NA NA NA NA NA\n+"cg25914522" NA NA NA NA NA NA\n+"cg13808036" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10267609" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00335297" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03827298" NA NA NA NA NA NA\n+"cg26983430" NA NA NA NA NA NA\n+"cg22051787" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01757887" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00061679" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03930849" NA NA NA NA NA NA\n+"cg17939569" NA NA NA NA NA NA\n+"cg13365400" NA NA NA NA NA NA\n+"cg21106100" NA NA NA NA NA NA\n+"cg08265308" NA NA NA NA NA NA\n+"cg14273923" NA NA NA NA NA NA\n' |