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Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/llegregam/Isoplot/tree/main commit 091a7a9b697ca1638cdc3fc13003f0cb4430e06e" |
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| @@ -0,0 +1,138 @@ +<tool id='isoplot' name='Isoplot: Generate plots from isocor output' version='1.3.0+galaxy0' profile='20.01'> + <requirements> + <requirement type='package' version='1.3.0'>isoplot</requirement> + </requirements> + <command><![CDATA[ + isoplot '$datafile' 'galaxy' '$format' --value '$value' --template '$template_file' $SP.barplot $SP.meaned_barplot + $SP.static_heatmap $SP.static_clustermap $IP.interactive_barplot $IP.interactive_meanplot $IP.interactive_heatmap +#if $unstack: + -s +#end if +#if $verbosity: + -v +#end if +#if $annotation: + -a +#end if +-g -z '$plots_output' > $data_output 2> '$log_output' + ]]></command> + <inputs> + <param name='datafile' type='data' format='csv, tabular' multiple='true' label='Upload data that has been corrected by Isocor (.tsv format)' /> + <param name='template_file' type='data' format='csv, xlsx' multiple='true' label='Upload template file containing plot metadata (.xlsx format)' argument='--template'/> + <!--param name='run_name' type='text' label='Run name' /--> + <param name='format' type='select' label='Plot format'> + <option value='pdf'>pdf</option> + <option value='jpeg'>jpeg</option> + <option value='png'>png</option> + <option value='svg'>svg</option> + <option value='html'>html</option> + </param> + <param name='value' type='select' label='Data to plot' > + <option value='corrected_area'>Corrected Area</option> + <option value='isotopologue_fraction'>Isotopologue Fraction</option> + <option value='mean_enrichment'>Mean Enrichment</option> + </param> + <section name='SP' title='Select static plots to generate'> + <param type='boolean' argument='--barplot' label='Flag to generate barplots' truevalue='-bp' falsevalue=''/> + <param type='boolean' argument='--meaned_barplot' label='Flag to generate meaned barplots' truevalue='-mb' falsevalue=''/> + <!--<param type='boolean' name='generate_areaplot' label='Flag to generate stacked area plots' + argument='-sa' optional='true'/>/--> + <param type='boolean' argument='--static_heatmap' label='Flag to generate heatmap' truevalue='-hm' falsevalue=''/> + <param type='boolean' argument='--static_clustermap' label='Flag to generate clustermap' truevalue='-cm' falsevalue=''/> + </section> + <section name='IP' title='Select interactive plots to generate'> + <param type='boolean' argument='--interactive_barplot' label='Flag to generate barplots' truevalue='-IB' falsevalue=''/> + <param type='boolean' argument='--interactive_meanplot' label='Flag to generate meaned barplots' truevalue='-IM' falsevalue=''/> + <!-- <param type='boolean' name='generate_areaplot' label='Flag to generate stacked area plots' argument='-IS' + optional='true'/>--> + <param type='boolean' argument='--interactive_heatmap' label='Flag to generate heatmap' truevalue='-HM' falsevalue=''/> + </section> + <param type='boolean' name='unstack' label='Flag to unstack bars in barplots' truevalue='-s' falsevalue=''/> + <param type='boolean' name='verbosity' label='Flag to get debug information' truevalue='-v' falsevalue=''/> + <param type='boolean' name='annotation' label='Flag to add annotations on the maps' truevalue='-a' falsevalue=''/> + </inputs> + + <outputs> + <data name='data_output' format='csv' label='Formatted data used for plotting' /> + <data name='plots_output' format='zip' label='Resulting plots' /> + <data name='log_output' format='txt' label='Run Info' /> + </outputs> + + <tests> + <test> + <param name='datafile' value='input_data.csv' /> + <param name='template_file' value='input_template.xlsx'/> + <param name='format' value='pdf' /> + <param name='value' value='isotopologue_fraction' /> + <section name='SP' > + <param name='barplot' value='true' /> + </section> + <section name='IP' > + <param name='interactive_barplot' value='true' /> + </section> + <output name='data_output' file='data_out.csv'/> + <output name='plots_output'> + <assert_contents> + <has_size value='2852573' delta='1000' /> + </assert_contents> + </output> + <output name='log_output'> + <assert_contents> + <has_text text='- isoplot_log.main.cli_process - INFO - Plots created. Run is terminated' /> + </assert_contents> + </output> + </test> + </tests> + + <help><![CDATA[ + +.. class:: warningmark + + We strongly encourage you to read the `documentation <https://isoplot.readthedocs.io/en/latest/>`_ before using Isoplot. + +Isoplot2: Plotting isotopic labelling MS data +============================================= + +**Positional arguments:** + + input_path Path to datafile + run_name Name of the current run + format Format of generated file + +**optional arguments:** + -h, --help show this help message and exit + --value Choices: "corrected_area", "isotopologue_fraction", "mean_enrichment". Select values to plot. This option can be given multiple times + + -m METABOLITE Metabolite(s) to plot. For all, type in 'all' + -c CONDITION Condition(s) to plot. For all, type in 'all' + -t TIME Time(s) to plot. For all, type in 'all' + -tp, --template TEMPLATE_PATH Path to template file + + -sa, --stacked_areaplot Create static stacked areaplot + -bp, --barplot Create static barplot + -mb, --meaned_barplot Create static barplot with meaned replicates + + -IB, --interactive_barplot Create interactive stacked barplot + -IM, --interactive_stacked_meanplot Create interactive stacked barplot with meaned replicates + -IS, --interactive_areaplot Create interactive stacked areaplot + -hm, --static_heatmap Create a static heatmap using mean enrichment data + -cm, --static_clustermap Create a static heatmap with clustering using mean enrichment data + -HM, --interactive_heatmap Create interactive heatmap using mean enrichment data + + -s, --stack Add option if barplots should be unstacked + -v, --verbose Turns logger to debug mode + -a, --annot Add option if annotations should be added on maps + + ]]></help> + <citations> + <citation type='bibtex'> + @misc{githubisoplot, + author = {Le Gregam, Loic}, + year = {2021}, + title = {isoplot}, + publisher = {GitHub}, + journal = {GitHub repository}, + url = {https://github.com/llegregam}, + }</citation> + </citations> + </tool> |
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