Repository 'dc_genotyper'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/geert-vandeweyer/dc_genotyper

Changeset 12:8cc26598eeac (2014-09-27)
Previous changeset 11:845a87ad254a (2014-09-27) Next changeset 13:08c4fb95c3a9 (2014-09-27)
Commit message:
Uploaded
modified:
DC_Genotyper.pl
b
diff -r 845a87ad254a -r 8cc26598eeac DC_Genotyper.pl
--- a/DC_Genotyper.pl Sat Sep 27 05:38:17 2014 -0400
+++ b/DC_Genotyper.pl Sat Sep 27 05:49:23 2014 -0400
[
@@ -25,7 +25,7 @@
 ####################
 # t: target file
 # b: bam file
-# R: 2bit version of reference fasta.
+# R: reference genome files for twobit and IGV.
 # p: number of threads.
 # s: dbsnp file
 # m: minimal coverage (defaults 400x)
@@ -40,7 +40,7 @@
 if (!defined($opts{'R'})) {
  die("Reference Genomes not specified\n");
 }
-my @refgenomes = split(",",$opts{'r'});
+my @refgenomes = split(",",$opts{'R'});
 if (!-e $refgenomes[0]) {
  die("'$refgenomes[0]' is not a valid file path.");
 }