Repository 'autodock_vina'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/bgruening/autodock_vina

Changeset 9:90ea16534012 (2021-12-21)
Previous changeset 8:7a871df65202 (2020-07-28)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/chemicaltoolbox/autodock_vina commit 8ae58ec16b3b6d62b47022745211f11181ad78ea"
modified:
convert_pdbqt_to_sdf.py
docking.xml
test-data/ligand1_docked.sdf
test-data/ligand2_docked.sdf
test-data/ligand_docked.sdf
test-data/ligand_params.sdf
added:
test-data/ligand1_docked_flex.pdbqt
test-data/ligand2_docked_flex.pdbqt
test-data/ligand_docked_opt.sdf
test-data/protein_flex.pdbqt
test-data/protein_rigid.pdbqt
b
diff -r 7a871df65202 -r 90ea16534012 convert_pdbqt_to_sdf.py
--- a/convert_pdbqt_to_sdf.py Tue Jul 28 08:13:41 2020 -0400
+++ b/convert_pdbqt_to_sdf.py Tue Dec 21 14:18:33 2021 +0000
[
@@ -1,40 +1,43 @@
 import sys
 
-from openbabel import pybel, openbabel
+from openbabel import openbabel, pybel
+
 
 def main():
- if len(sys.argv) == 3:
- process(sys.argv[1], sys.argv[2])
- else:
- print("Usage: convert_pdbqt_to_sdf.py <input-pdbqt-file> <output-sdf-file>")
- exit(1)
+    if len(sys.argv) == 3:
+        process(sys.argv[1], sys.argv[2])
+    else:
+        print("Usage: convert_pdbqt_to_sdf.py <input-pdbqt-file> <output-sdf-file>")
+        exit(1)
+
 
 def add_property(mol, prop_name, prop_value):
- newData = openbabel.OBPairData() 
- newData.SetAttribute(prop_name)
- newData.SetValue(prop_value) 
- mol.OBMol.CloneData(newData)
+    newData = openbabel.OBPairData()
+    newData.SetAttribute(prop_name)
+    newData.SetValue(prop_value)
+    mol.OBMol.CloneData(newData)
+
 
 def process(input, output):
- docked = pybel.readfile('pdbqt', input)
- sdf = pybel.Outputfile("sdf", output, overwrite=True)
- for mol in docked:
- if mol.OBMol.HasData('REMARK'):
- remark = mol.OBMol.GetData('REMARK').GetValue()
- lines = remark.splitlines()
- tokens = lines[0].split()
-
- # add the score property
- add_property(mol, "SCORE", tokens[2]) 
- # add the first RMSD property
- add_property(mol, "RMSD_LB", tokens[3])
- # add the second RMSD property
- add_property(mol, "RMSD_UB", tokens[4])
+    docked = pybel.readfile("pdbqt", input)
+    sdf = pybel.Outputfile("sdf", output, overwrite=True)
+    for mol in docked:
+        if mol.OBMol.HasData("REMARK"):
+            remark = mol.OBMol.GetData("REMARK").GetValue()
+            lines = remark.splitlines()
+            tokens = lines[0].split()
 
- sdf.write(mol)
+            # add the score property
+            add_property(mol, "SCORE", tokens[2])
+            # add the first RMSD property
+            add_property(mol, "RMSD_LB", tokens[3])
+            # add the second RMSD property
+            add_property(mol, "RMSD_UB", tokens[4])
 
- sdf.close()
+        sdf.write(mol)
+
+    sdf.close()
+
 
 if __name__ == "__main__":
     main()
-
b
diff -r 7a871df65202 -r 90ea16534012 docking.xml
--- a/docking.xml Tue Jul 28 08:13:41 2020 -0400
+++ b/docking.xml Tue Dec 21 14:18:33 2021 +0000
[
b'@@ -1,13 +1,14 @@\n <tool id="docking" name="VINA Docking" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@GALAXY_VERSION@">\n+    <description>tool to perform protein-ligand docking with Autodock Vina</description>\n     <macros>\n-        <token name="@TOOL_VERSION@">1.1.2</token>\n+        <token name="@TOOL_VERSION@">1.2.3</token>\n         <token name="@GALAXY_VERSION@">0</token>\n     </macros>\n-    <description>tool to perform protein-ligand docking with Autodock Vina</description>\n     <requirements>\n-        <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">autodock-vina</requirement>\n+        <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">vina</requirement>\n+        <requirement type="package" version="3.9">python</requirement>\n         <requirement type="package" version="3.1.1">openbabel</requirement>\n-        <requirement type="package" version="20200722">parallel</requirement>\n+        <requirement type="package" version="20211022">parallel</requirement>\n     </requirements>\n     <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[\n         #if $ligands.is_of_type("sdf")\n@@ -18,11 +19,14 @@\n         mkdir output &&\n         ls ligand*.pdbqt | parallel --will-cite -j \\${GALAXY_SLOTS:-1} $\'OUTNAME={.}_docked && vina\n             --receptor \\\'$receptor\\\'\n+            #if $flex:\n+                --flex \\\'$flex\\\'\n+            #end if\n             --ligand {}\n             --out ./\\${OUTNAME}.pdbqt\n-            --log ./\\${OUTNAME}.log\n             --cpu 1\n-        #if $config_params.config_params == \'vals\':\n+            --verbosity 2\n+        #if $config_params.config_params == "vals":\n                 --center_x $config_params.center_x\n                 --center_y $config_params.center_y\n                 --center_z $config_params.center_z\n@@ -32,23 +36,41 @@\n                 #if $config_params.exh != "":\n                     --exhaustiveness $config_params.exh\n                 #end if\n-                #if $config_params.seed.seed == \'true\':\n+                #if $config_params.seed.seed == "true":\n                     --seed $config_params.seed.seed_value\n                 #end if\n-        #else if $config_params.config_params == \'file\':\n+        #else if $config_params.config_params == "file":\n              --config $config_params.box\n              #if $config_params.exh != "":\n                  --exhaustiveness $config_params.exh\n              #end if\n         #end if\n-        && python \\\'$__tool_directory__/convert_pdbqt_to_sdf.py\\\' ./\\${OUTNAME}.pdbqt output/\\${OUTNAME}.sdf\'\n-        \n+        #if $settings.scoring:\n+            --scoring \\\'$settings.scoring\\\'\n+        #end if\n+        #if $settings.num_modes:\n+            --num_modes \\\'$settings.num_modes\\\'\n+        #end if\n+        #if $settings.min_rmsd:\n+            --min_rmsd \\\'$settings.min_rmsd\\\'\n+        #end if\n+        #if $settings.energy_range:\n+            --energy_range \\\'$settings.energy_range\\\'\n+        #end if\n+        #if $output == "sdf":\n+            && python \\\'$__tool_directory__/convert_pdbqt_to_sdf.py\\\' ./\\${OUTNAME}.pdbqt output/\\${OUTNAME}.sdf\n+        #end if\n+        \'\n+        #if $output == "pdbqt":\n+            && mv *docked.pdbqt output/\n+        #end if\n     ]]></command>\n     <inputs>\n-        <param type="data" name="receptor" format="pdbqt" label="Receptor" help="Select a receptor (PDBQT format). This can be prepared using the receptor preparation tool." />\n+        <param type="data" name="receptor" format="pdbqt" label="Receptor" help="Select a receptor (PDBQT format). This can be prepared using the receptor preparation tool. If the \'Flexible side chains\' option is chosen, it should contain only the rigid part of the receptor." />\n         <param type="data" name="ligands" format="sdf,pdbqt"  label="Ligands" help="Select ligands (SDF format with multiple ligands or PDBQT format with single ligand)." />\n+        <param type="data" name="flex" format="pdbqt" optional="true" label="Flexible side chains" help="Part of the receptor which should be treated f'..b'tputs" type="list" label="Docked structures for ${on_string}" >\n+            <discover_datasets pattern="__name_and_ext__" directory="output" visible="false" />\n+            <filter>output == "pdbqt"</filter>\n         </collection>\n     </outputs>\n     <tests>\n-\n         <test>\n             <param name="receptor" value="protein.pdbqt"/>\n             <param name="ligands" value="input_ligands.sdf"/>\n             <param name="box" value="box.txt"/>\n             <output_collection name="sdf_outputs" type="list" count="5">\n-                <element name="ligand1_docked" file="ligand1_docked.sdf" lines_diff="20"/>\n-                <element name="ligand2_docked" file="ligand2_docked.sdf" lines_diff="20"/>\n+                <!-- linesdiff because there is a time stamp for each of the 9 poses -->\n+                <element name="ligand1_docked" file="ligand1_docked.sdf" lines_diff="18"/>\n+                <element name="ligand2_docked" file="ligand2_docked.sdf" lines_diff="18"/>\n                 <!-- we check only the first 2 -->\n             </output_collection>\n         </test>\n@@ -101,7 +143,21 @@\n             <param name="ligands" value="input_ligand.pdbqt"/>\n             <param name="box" value="box.txt"/>\n             <output_collection name="sdf_outputs" type="list" count="1">\n-                <element name="ligand1_docked" file="ligand_docked.sdf" lines_diff="1084"/>\n+                <element name="ligand1_docked" file="ligand_docked.sdf" lines_diff="18"/>\n+            </output_collection>\n+        </test>\n+\n+        <!-- test with optional params -->\n+        <test>\n+            <param name="receptor" value="protein.pdbqt"/>\n+            <param name="ligands" value="input_ligand.pdbqt"/>\n+            <param name="box" value="box.txt"/>\n+            <param name="scoring" value="vinardo"/>\n+            <param name="energy_range" value="5"/>\n+            <param name="num_modes" value="20"/>\n+            <param name="min_rmsd" value="0.5"/>\n+            <output_collection name="sdf_outputs" type="list" count="1">\n+                <element name="ligand1_docked" file="ligand_docked_opt.sdf" lines_diff="40"/>\n             </output_collection>\n         </test>\n \n@@ -121,10 +177,32 @@\n             <param name="seed_value" value="8" />\n             <param name="exh" value="10" />\n             <output_collection name="sdf_outputs" type="list" count="1">\n-                <element name="ligand1_docked" file="ligand_params.sdf" lines_diff="1084"/>\n+                <element name="ligand1_docked" file="ligand_params.sdf" lines_diff="18"/>\n             </output_collection>\n         </test>\n \n+        <!-- flexible docking -->\n+        <test>\n+            <param name="receptor" value="protein_rigid.pdbqt"/>\n+            <param name="flex" value="protein_flex.pdbqt"/>\n+            <param name="ligands" value="input_ligands.sdf"/>\n+            <param name="config_params" value="vals"/>\n+            <param name="center_x" value="15.2" />\n+            <param name="center_y" value="53.9" />\n+            <param name="center_z" value="16.9" />\n+            <param name="size_x" value="20"  />\n+            <param name="size_y" value="20" />\n+            <param name="size_z" value="20" />\n+            <param name="seed" value="true" />\n+            <param name="seed_value" value="8" />\n+            <param name="exh" value="10" />\n+            <param name="output" value="pdbqt"/>\n+            <output_collection name="pdbqt_outputs" type="list" count="5">\n+                <element name="ligand1_docked" file="ligand1_docked_flex.pdbqt"/>\n+                <element name="ligand2_docked" file="ligand2_docked_flex.pdbqt"/>\n+                <!-- we check only the first 2 -->\n+            </output_collection>\n+        </test>\n     </tests>\n     <help><![CDATA[\n \n@@ -245,5 +323,6 @@\n     ]]></help>\n     <citations>\n         <citation type="doi">10.1002/jcc.21334</citation>\n+        <citation type="doi">10.1021/acs.jcim.1c00203</citation>\n     </citations>\n </tool>\n'
b
diff -r 7a871df65202 -r 90ea16534012 test-data/ligand1_docked.sdf
--- a/test-data/ligand1_docked.sdf Tue Jul 28 08:13:41 2020 -0400
+++ b/test-data/ligand1_docked.sdf Tue Dec 21 14:18:33 2021 +0000
b
b"@@ -1,39 +1,39 @@\n =\n- OpenBabel07272015563D\n+ OpenBabel11082113133D\n \n  18 19  0  0  1  0  0  0  0  0999 V2000\n-   34.9430  -44.6790   75.3760 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   34.9810  -45.3120   74.1360 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   33.8000  -45.4860   73.4300 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   32.5650  -45.0460   73.9280 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   32.5600  -44.4150   75.1790 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   33.7310  -44.2300   75.8970 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   31.3080  -45.2470   73.1490 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   30.1600  -44.5040   73.4380 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   28.9830  -44.6880   72.7230 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   28.9280  -45.6270   71.7060 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   30.0510  -46.3710   71.4040 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   31.2300  -46.1900   72.1180 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   36.0990  -44.4850   76.1000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   38.4420  -44.6700   76.3250 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n-   37.3130  -44.2430   75.3990 C   0  0  2  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   37.3440  -42.7630   75.0270 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   37.7170  -42.4800   73.8720 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   36.9800  -41.9400   75.8900 O   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n-  1  6  1  0  0  0  0\n+   34.9500  -44.7140   75.3550 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   33.7160  -44.3540   75.8920 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   32.5660  -44.5710   75.1490 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   32.6060  -45.1410   73.8690 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   33.8610  -45.4910   73.3550 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   35.0220  -45.2840   74.0850 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   31.3530  -45.3630   73.0890 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   31.3280  -46.2560   72.0130 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   30.1690  -46.4650   71.2770 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   29.0090  -45.7780   71.5970 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   29.0120  -44.8930   72.6570 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   30.1710  -44.6810   73.3950 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   36.1110  -44.5170   76.0700 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   38.4560  -44.7090   76.2620 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   37.3170  -44.2630   75.3590 C   0  0  2  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   37.3470  -42.7770   75.0140 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   37.7110  -42.4720   73.8620 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   36.9910  -41.9700   75.8950 O   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+  1  2  1  0  0  0  0\n   1 13  1  0  0  0  0\n-  2  1  2  0  0  0  0\n-  3  4  2  0  0  0  0\n-  3  2  1  0  0  0  0\n-  4  5  1  0  0  0  0\n-  5  6  2  0  0  0  0\n-  7  8  1  0  0  0  0\n+  3  2  2  0  0  0  0\n+  4  3  1  0  0  0  0\n+  5  4  2  0  0  0  0\n+  5  6  1  0  0  0  0\n+  6  1  2  0  0  0  0\n+  7 12  1  0  0  0  0\n   7  4  1  0  0  0  0\n-  9  8  2  0  0  0  0\n- 10  9  1  0  0  0  0\n- 11 10  2  0  0  0  0\n- 11 12  1  0  0  0  0\n- 12  7  2  0  0  0  0\n+  8  7  2  0  0  0  0\n+  9 10  2  0  0  0  0\n+  9  8  1  0  0  0  0\n+ 10 11  1  0  0  0  0\n+ 11 12  2  0  0  0  0\n  15 13  1  0  0  0  0\n  15 14  1  1  0  0  0\n  16 15  1  0  0  0  0\n@@ -44,7 +44,11 @@\n 1\n \n >  <REMARK>\n- VINA RESULT:      -6.3      0.000      0.000\n+ VINA RESULT:    -6.314      0.000      0.000\n+ INTER + INTRA:          -8.427\n+ INTER:                  -7.803\n+ INTRA:                  -0.624\n+ UNBOUND:                -0.636\n   Name = \n   5 active torsions:\n   status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n@@ -60,7 +64,7 @@\n F 4\n \n >  <SCORE>\n--6.3\n+-6.314\n \n >  <RMSD_LB>\n 0.000\n@@ -70,34 +74,34 @@\n \n $$$$\n =\n- OpenBabel07272015563D\n+ OpenBabel11082113133D\n \n  18 19  0  0  1  0  0  0  0  0999 V2000\n-   32.0500  -45.3100   74.1090 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   32.9770  -45.9810   73.3150 C   0  0  0  0  0  3  0"..b" F 4\n \n >  <SCORE>\n--5.1\n+-4.610\n \n >  <RMSD_LB>\n-4.047\n+2.766\n \n >  <RMSD_UB>\n-6.722\n+3.739\n \n $$$$\n =\n- OpenBabel07272015563D\n+ OpenBabel11082113133D\n \n  18 19  0  0  1  0  0  0  0  0999 V2000\n-   34.7830  -43.5140   77.4980 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   35.4850  -42.9340   78.5520 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   34.8800  -41.9340   79.2970 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   33.5800  -41.4840   79.0200 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   32.9010  -42.0860   77.9530 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   33.4900  -43.0900   77.1990 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   32.9520  -40.4040   79.8370 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   31.6620  -39.9490   79.5500 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   31.0700  -38.9400   80.3000 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   31.7620  -38.3580   81.3500 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   33.0380  -38.7940   81.6500 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   33.6320  -39.8030   80.9010 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   35.3540  -44.5150   76.7420 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   35.8330  -45.5620   74.6810 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n-   35.7350  -44.2270   75.4010 C   0  0  2  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   37.0480  -43.4510   75.4500 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   37.0400  -42.2980   74.9780 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   38.0320  -44.0110   75.9720 O   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n-  1  2  1  0  0  0  0\n-  2  3  2  0  0  0  0\n-  4  3  1  0  0  0  0\n-  4  7  1  0  0  0  0\n-  5  4  2  0  0  0  0\n-  6  1  2  0  0  0  0\n-  6  5  1  0  0  0  0\n-  7 12  1  0  0  0  0\n+   31.3630  -44.6700   73.1330 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   31.6520  -45.8770   72.5020 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   30.9320  -46.2380   71.3740 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   29.9170  -45.4260   70.8480 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   29.6500  -44.2180   71.5060 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   30.3620  -43.8390   72.6340 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   29.1570  -45.8380   69.6320 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   29.1900  -45.0630   68.4690 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   28.4800  -45.4350   67.3340 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   27.7140  -46.5890   67.3410 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   27.6690  -47.3700   68.4800 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   28.3770  -47.0000   69.6170 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   32.0640  -44.2780   74.2530 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   32.2260  -45.4420   76.3020 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   32.8600  -45.2420   74.9340 C   0  0  2  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   34.2880  -44.7070   74.9850 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   34.6160  -44.0700   76.0050 O   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   35.0350  -44.9550   74.0180 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+  1 13  1  0  0  0  0\n+  2  1  2  0  0  0  0\n+  3  2  1  0  0  0  0\n+  4  3  2  0  0  0  0\n+  4  5  1  0  0  0  0\n+  5  6  2  0  0  0  0\n+  6  1  1  0  0  0  0\n+  7  4  1  0  0  0  0\n   8  7  2  0  0  0  0\n-  8  9  1  0  0  0  0\n   9 10  2  0  0  0  0\n+  9  8  1  0  0  0  0\n  10 11  1  0  0  0  0\n- 12 11  2  0  0  0  0\n- 13  1  1  0  0  0  0\n- 15 14  1  6  0  0  0\n+ 11 12  2  0  0  0  0\n+ 12  7  1  0  0  0  0\n+ 13 15  1  0  0  0  0\n  15 16  1  0  0  0  0\n- 15 13  1  0  0  0  0\n- 16 18  1  0  0  0  0\n- 17 16  2  0  0  0  0\n+ 15 14  1  1  0  0  0\n+ 16 17  1  0  0  0  0\n+ 18 16  2  0  0  0  0\n M  END\n >  <MODEL>\n 9\n \n >  <REMARK>\n- VINA RESULT:      -5.0      4.531      6.799\n+ VINA RESULT:    -4.515      2.478      4.537\n+ INTER + INTRA:          -6.207\n+ INTER:                  -5.570\n+ INTRA:                  -0.636\n+ UNBOUND:                -0.636\n   Name = \n   5 active torsions:\n   status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n@@ -628,12 +664,12 @@\n F 4\n \n >  <SCORE>\n--5.0\n+-4.515\n \n >  <RMSD_LB>\n-4.531\n+2.478\n \n >  <RMSD_UB>\n-6.799\n+4.537\n \n $$$$\n"
b
diff -r 7a871df65202 -r 90ea16534012 test-data/ligand1_docked_flex.pdbqt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ligand1_docked_flex.pdbqt Tue Dec 21 14:18:33 2021 +0000
b
b"@@ -0,0 +1,567 @@\n+MODEL 1\n+REMARK VINA RESULT:    -9.488      0.000      0.000\n+REMARK INTER + INTRA:         -13.271\n+REMARK INTER:                 -11.622\n+REMARK INTRA:                  -1.650\n+REMARK UNBOUND:                -1.564\n+REMARK  Name = \n+REMARK  5 active torsions:\n+REMARK  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n+REMARK    1  A    between atoms: C_1  and  C_8\n+REMARK    2  A    between atoms: C_2  and  C_13\n+REMARK    3  A    between atoms: C_8  and  C_9\n+REMARK    4  A    between atoms: C_8  and  O_18\n+REMARK    5  A    between atoms: C_10  and  O_18\n+REMARK                            x       y       z     vdW  Elec       q    Type\n+REMARK                         _______ _______ _______ _____ _____    ______ ____\n+ROOT\n+ATOM      1  C   UNL     1      16.180  56.319  12.922  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      2  C   UNL     1      16.341  57.632  13.357  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      3  C   UNL     1      15.267  58.505  13.283  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      4  C   UNL     1      14.020  58.108  12.778  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      5  C   UNL     1      13.890  56.782  12.347  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      6  C   UNL     1      14.953  55.893  12.416  0.00  0.00    +0.000 A \n+ENDROOT\n+BRANCH   4   7\n+ATOM      7  C   UNL     1      12.880  59.068  12.707  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      8  C   UNL     1      11.894  58.937  11.725  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      9  C   UNL     1      10.832  59.830  11.647  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM     10  C   UNL     1      10.738  60.879  12.547  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM     11  C   UNL     1      11.701  61.025  13.525  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM     12  C   UNL     1      12.765  60.134  13.606  0.00  0.00    +0.000 A \n+ENDBRANCH   4   7\n+BRANCH   1  13\n+ATOM     13  O   UNL     1      17.226  55.424  12.988  0.00  0.00    +0.000 OA\n+BRANCH  13  15\n+ATOM     14  C   UNL     1      17.571  53.682  14.543  0.00  0.00    +0.000 C \n+ATOM     15  C   UNL     1      16.937  54.049  13.211  0.00  0.00    +0.000 C \n+BRANCH  15  16\n+ATOM     16  C   UNL     1      17.488  53.263  12.025  0.00  0.00    +0.000 C \n+ATOM     17  O   UNL     1      17.133  53.631  10.889  0.00  0.00    +0.000 OA\n+ATOM     18  O   UNL     1      18.267  52.319  12.267  0.00  0.00    +0.000 OA\n+ENDBRANCH  15  16\n+ENDBRANCH  13  15\n+ENDBRANCH   1  13\n+TORSDOF 4\n+BEGIN_RES THR A 315\n+REMARK  2 active torsions:\n+REMARK  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n+REMARK    1  A    between atoms: CA   and  CB  \n+REMARK    2  A    between atoms: CB   and  OG1 \n+ROOT\n+ATOM      1  CA  THR A 315      13.079  52.503   8.093  1.00 45.40     0.205 C \n+ENDROOT\n+BRANCH   1   2\n+ATOM      2  CB  THR A 315      13.429  52.900   9.553  1.00 45.76     0.146 C \n+ATOM      3  CG2 THR A 315      13.686  51.713  10.412  1.00 42.73     0.042 C \n+BRANCH   2   4\n+ATOM      4  OG1 THR A 315      14.563  53.776   9.546  1.00 47.20    -0.393 OA\n+ATOM      5  HG1 THR A 315      14.634  54.137   8.791  1.00 47.20     0.210 HD\n+ENDBRANCH   2   4\n+ENDBRANCH   1   2\n+END_RES THR A 315\n+ENDMDL\n+MODEL 2\n+REMARK VINA RESULT:    -8.686      3.038      6.782\n+REMARK INTER + INTRA:         -12.281\n+REMARK INTER:                 -10.844\n+REMARK INTRA:                  -1.437\n+REMARK UNBOUND:                -1.564\n+REMARK  Name = \n+REMARK  5 active torsions:\n+REMARK  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n+REMARK    1  A    between atoms: C_1  and  C_8\n+REMARK    2  A    between atoms: C_2  and  C_13\n+REMARK    3  A    between atoms: C_8  and  C_9\n+REMARK    4  A    between atoms: C_8  and  O_18\n+REMARK    5  A    between atoms: C_10  and  O_18\n+REMARK                            x       y       z     vdW  Elec       q    Type\n+REMARK                         _______ _______ _______ _____ _____    ______ ____\n+ROOT\n+ATOM      1  C   UNL     1      13.712  58.842  13.234  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      2  C   UNL     1      15.096  58.815  13.384  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      3  C   UNL  "..b"  O   UNL     1      14.306  50.202  16.969  0.00  0.00    +0.000 OA\n+ATOM     18  O   UNL     1      12.724  48.715  16.532  0.00  0.00    +0.000 OA\n+ENDBRANCH  15  16\n+ENDBRANCH  13  15\n+ENDBRANCH   1  13\n+TORSDOF 4\n+BEGIN_RES THR A 315\n+REMARK  2 active torsions:\n+REMARK  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n+REMARK    1  A    between atoms: CA   and  CB  \n+REMARK    2  A    between atoms: CB   and  OG1 \n+ROOT\n+ATOM      1  CA  THR A 315      13.079  52.503   8.093  1.00 45.40     0.205 C \n+ENDROOT\n+BRANCH   1   2\n+ATOM      2  CB  THR A 315      13.429  52.900   9.553  1.00 45.76     0.146 C \n+ATOM      3  CG2 THR A 315      13.568  51.713  10.440  1.00 42.73     0.042 C \n+BRANCH   2   4\n+ATOM      4  OG1 THR A 315      14.631  53.679   9.556  1.00 47.20    -0.393 OA\n+ATOM      5  HG1 THR A 315      14.438  54.491   9.650  1.00 47.20     0.210 HD\n+ENDBRANCH   2   4\n+ENDBRANCH   1   2\n+END_RES THR A 315\n+ENDMDL\n+MODEL 9\n+REMARK VINA RESULT:    -6.512      5.842      9.536\n+REMARK INTER + INTRA:          -9.599\n+REMARK INTER:                  -8.034\n+REMARK INTRA:                  -1.564\n+REMARK UNBOUND:                -1.564\n+REMARK  Name = \n+REMARK  5 active torsions:\n+REMARK  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n+REMARK    1  A    between atoms: C_1  and  C_8\n+REMARK    2  A    between atoms: C_2  and  C_13\n+REMARK    3  A    between atoms: C_8  and  C_9\n+REMARK    4  A    between atoms: C_8  and  O_18\n+REMARK    5  A    between atoms: C_10  and  O_18\n+REMARK                            x       y       z     vdW  Elec       q    Type\n+REMARK                         _______ _______ _______ _____ _____    ______ ____\n+ROOT\n+ATOM      1  C   UNL     1      15.749  50.967  15.559  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      2  C   UNL     1      14.383  50.812  15.783  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      3  C   UNL     1      13.949  49.822  16.652  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      4  C   UNL     1      14.843  48.966  17.310  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      5  C   UNL     1      16.210  49.146  17.063  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      6  C   UNL     1      16.663  50.133  16.201  0.00  0.00    +0.000 A \n+ENDROOT\n+BRANCH   4   7\n+ATOM      7  C   UNL     1      14.350  47.908  18.239  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      8  C   UNL     1      13.052  47.958  18.756  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      9  C   UNL     1      12.584  46.981  19.627  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM     10  C   UNL     1      13.410  45.935  20.004  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM     11  C   UNL     1      14.695  45.866  19.504  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM     12  C   UNL     1      15.166  46.843  18.633  0.00  0.00    +0.000 A \n+ENDBRANCH   4   7\n+BRANCH   1  13\n+ATOM     13  O   UNL     1      16.214  51.944  14.707  0.00  0.00    +0.000 OA\n+BRANCH  13  15\n+ATOM     14  C   UNL     1      16.652  51.842  12.389  0.00  0.00    +0.000 C \n+ATOM     15  C   UNL     1      15.585  52.104  13.441  0.00  0.00    +0.000 C \n+BRANCH  15  16\n+ATOM     16  C   UNL     1      14.999  53.512  13.390  0.00  0.00    +0.000 C \n+ATOM     17  O   UNL     1      15.424  54.269  12.497  0.00  0.00    +0.000 OA\n+ATOM     18  O   UNL     1      14.125  53.806  14.230  0.00  0.00    +0.000 OA\n+ENDBRANCH  15  16\n+ENDBRANCH  13  15\n+ENDBRANCH   1  13\n+TORSDOF 4\n+BEGIN_RES THR A 315\n+REMARK  2 active torsions:\n+REMARK  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n+REMARK    1  A    between atoms: CA   and  CB  \n+REMARK    2  A    between atoms: CB   and  OG1 \n+ROOT\n+ATOM      1  CA  THR A 315      13.079  52.503   8.093  1.00 45.40     0.205 C \n+ENDROOT\n+BRANCH   1   2\n+ATOM      2  CB  THR A 315      13.429  52.900   9.553  1.00 45.76     0.146 C \n+ATOM      3  CG2 THR A 315      13.346  51.743  10.485  1.00 42.73     0.042 C \n+BRANCH   2   4\n+ATOM      4  OG1 THR A 315      14.737  53.484   9.584  1.00 47.20    -0.393 OA\n+ATOM      5  HG1 THR A 315      15.314  52.876   9.641  1.00 47.20     0.210 HD\n+ENDBRANCH   2   4\n+ENDBRANCH   1   2\n+END_RES THR A 315\n+ENDMDL\n"
b
diff -r 7a871df65202 -r 90ea16534012 test-data/ligand2_docked.sdf
--- a/test-data/ligand2_docked.sdf Tue Jul 28 08:13:41 2020 -0400
+++ b/test-data/ligand2_docked.sdf Tue Dec 21 14:18:33 2021 +0000
b
b"@@ -1,23 +1,23 @@\n =\n- OpenBabel07272015563D\n+ OpenBabel11082113133D\n \n  16 16  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000\n-   30.6630  -43.6920   75.9580 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n-   34.9860  -42.7620   78.3530 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n-   32.1620  -43.8570   76.0460 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   32.8840  -43.2860   77.0850 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   34.2670  -43.4120   77.1940 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   34.9330  -44.1500   76.2010 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   34.2380  -44.7360   75.1320 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   32.8570  -44.5700   75.0810 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   34.9310  -45.5200   74.0510 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n-   37.2490  -43.5480   75.6000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   36.3550  -44.3030   76.2650 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   37.0120  -42.4630   75.0840 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   36.7080  -45.0190   76.8410 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   38.6290  -44.1290   75.4640 C   0  0  0  0  0  2  0  0  0  0  0  0\n-   38.5260  -46.2360   74.4260 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n-   38.8100  -44.8480   74.2700 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   30.6810  -43.7000   75.9980 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   35.0390  -42.7570   78.3220 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   32.1820  -43.8610   76.0610 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   32.9190  -43.2870   77.0890 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   34.3040  -43.4090   77.1750 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   34.9560  -44.1440   76.1710 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   34.2460  -44.7330   75.1140 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   32.8630  -44.5710   75.0850 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   34.9240  -45.5140   74.0210 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   37.2610  -43.5180   75.5520 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   36.3800  -44.2920   76.2120 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   37.0130  -42.4230   75.0650 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   36.7440  -45.0200   76.7660 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   38.6420  -44.0900   75.3840 C   0  0  0  0  0  2  0  0  0  0  0  0\n+   38.5370  -46.2430   74.4440 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   38.7820  -44.8570   74.2150 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n   1  3  1  0  0  0  0\n   3  4  1  0  0  0  0\n   4  5  2  0  0  0  0\n@@ -39,7 +39,11 @@\n 1\n \n >  <REMARK>\n- VINA RESULT:      -4.9      0.000      0.000\n+ VINA RESULT:    -4.845      0.000      0.000\n+ INTER + INTRA:          -6.001\n+ INTER:                  -5.795\n+ INTRA:                  -0.206\n+ UNBOUND:                -0.307\n   Name = \n   7 active torsions:\n   status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n@@ -57,7 +61,7 @@\n F 3\n \n >  <SCORE>\n--4.9\n+-4.845\n \n >  <RMSD_LB>\n 0.000\n@@ -67,30 +71,30 @@\n \n $$$$\n =\n- OpenBabel07272015563D\n+ OpenBabel11082113133D\n \n  16 16  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000\n-   30.6380  -43.6200   76.0040 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n-   34.8470  -45.5590   74.0520 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n-   32.1370  -43.7980   76.0640 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   32.8070  -44.5440   75.1040 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   34.1860  -44.7340   75.1320 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   34.9040  -44.1390   76.1820 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   34.2610  -43.3840   77.1750 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   32.8790  -43.2340   77.0900 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   35.0070  -42.7480   78.3160 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n-   37.2350  -43.5470   75.6290 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   36.3240  -44.3110   76.2590 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   37.0170  -42.4440   75.1440 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   36.6610  -45.0490   76.8180 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   38.6100  -44.1400   75.4930 C   0  0  0  0  0  2  0  0  0  0  0  0\n-   38.5170  -"..b" 0\n+   33.5730  -45.2500   74.0940 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   32.9550  -45.8380   73.0000 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   31.6110  -45.6330   72.6990 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   30.8750  -44.7940   73.5510 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   31.4660  -44.1760   74.6640 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   32.8150  -44.4210   74.9070 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   30.7000  -43.2640   75.5830 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   29.0120  -43.5220   72.5510 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   29.4900  -44.5460   73.2800 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   29.6720  -42.8320   71.7850 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   28.8350  -45.1760   73.6590 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   27.5550  -43.2010   72.7420 C   0  0  0  0  0  2  0  0  0  0  0  0\n+   27.5770  -41.5680   74.4340 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   27.2280  -42.9030   74.0760 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n   2  5  1  0  0  0  0\n   3  1  1  0  0  0  0\n   3  8  1  0  0  0  0\n@@ -580,10 +540,14 @@\n  16 15  1  0  0  0  0\n M  END\n >  <MODEL>\n-9\n+8\n \n >  <REMARK>\n- VINA RESULT:      -4.3      4.096      6.992\n+ VINA RESULT:    -4.038      4.572      7.435\n+ INTER + INTRA:          -5.052\n+ INTER:                  -4.719\n+ INTRA:                  -0.333\n+ UNBOUND:                -0.307\n   Name = \n   7 active torsions:\n   status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n@@ -601,12 +565,84 @@\n F 3\n \n >  <SCORE>\n--4.3\n+-4.038\n \n >  <RMSD_LB>\n-4.096\n+4.572\n \n >  <RMSD_UB>\n-6.992\n+7.435\n \n $$$$\n+=\n+ OpenBabel11082113133D\n+\n+ 16 16  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000\n+   34.4950  -43.2680   77.7490 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   33.8350  -46.0820   73.6330 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   33.5820  -43.7940   76.6650 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   34.0580  -44.6530   75.6840 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   33.2460  -45.1510   74.6680 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   31.9000  -44.7540   74.6570 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   31.3830  -43.8830   75.6280 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   32.2480  -43.4180   76.6160 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   29.9470  -43.4340   75.6300 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   30.7110  -44.5670   72.5030 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   31.0260  -45.2340   73.6280 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   31.3260  -43.6090   72.0540 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   30.6230  -46.1240   73.7550 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   29.4780  -45.0390   71.7820 C   0  0  0  0  0  2  0  0  0  0  0  0\n+   27.4870  -44.0680   72.5720 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   28.3670  -45.1880   72.6300 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+  2  5  1  0  0  0  0\n+  3  1  1  0  0  0  0\n+  4  3  2  0  0  0  0\n+  5  4  1  0  0  0  0\n+  6  5  2  0  0  0  0\n+  6  7  1  0  0  0  0\n+  7  9  1  0  0  0  0\n+  7  8  2  0  0  0  0\n+  8  3  1  0  0  0  0\n+ 10 11  1  0  0  0  0\n+ 11 13  1  0  0  0  0\n+ 11  6  1  0  0  0  0\n+ 12 10  2  0  0  0  0\n+ 14 10  1  0  0  0  0\n+ 14 16  1  0  0  0  0\n+ 15 16  1  0  0  0  0\n+M  END\n+>  <MODEL>\n+9\n+\n+>  <REMARK>\n+ VINA RESULT:    -3.825      3.905      6.318\n+ INTER + INTRA:          -4.803\n+ INTER:                  -4.496\n+ INTRA:                  -0.307\n+ UNBOUND:                -0.307\n+  Name = \n+  7 active torsions:\n+  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n+    1  A    between atoms: C_1  and  C_5\n+    2  A    between atoms: C_2  and  C_12\n+    3  A    between atoms: C_2  and  O_15\n+    4  A    between atoms: C_3  and  O_15\n+    5  A    between atoms: C_4  and  C_7\n+    6  A    between atoms: C_8  and  N_13\n+    7  A    between atoms: C_9  and  C_11\n+                            x       y       z     vdW  Elec       q    Type\n+                         _______ _______ _______ _____ _____    ______ ____\n+\n+>  <TORSDO>\n+F 3\n+\n+>  <SCORE>\n+-3.825\n+\n+>  <RMSD_LB>\n+3.905\n+\n+>  <RMSD_UB>\n+6.318\n+\n+$$$$\n"
b
diff -r 7a871df65202 -r 90ea16534012 test-data/ligand2_docked_flex.pdbqt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ligand2_docked_flex.pdbqt Tue Dec 21 14:18:33 2021 +0000
b
b"@@ -0,0 +1,549 @@\n+MODEL 1\n+REMARK VINA RESULT:    -7.600      0.000      0.000\n+REMARK INTER + INTRA:         -10.239\n+REMARK INTER:                  -8.955\n+REMARK INTRA:                  -1.284\n+REMARK UNBOUND:                -1.307\n+REMARK  Name = \n+REMARK  7 active torsions:\n+REMARK  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n+REMARK    1  A    between atoms: C_1  and  C_5\n+REMARK    2  A    between atoms: C_2  and  C_12\n+REMARK    3  A    between atoms: C_2  and  O_15\n+REMARK    4  A    between atoms: C_3  and  O_15\n+REMARK    5  A    between atoms: C_4  and  C_7\n+REMARK    6  A    between atoms: C_8  and  N_13\n+REMARK    7  A    between atoms: C_9  and  C_11\n+REMARK                            x       y       z     vdW  Elec       q    Type\n+REMARK                         _______ _______ _______ _____ _____    ______ ____\n+ROOT\n+ATOM      1  C   UNL     1      12.578  60.281  13.517  0.00  0.00    +0.000 C \n+ATOM      2  C   UNL     1      16.834  57.607  13.652  0.00  0.00    +0.000 C \n+ATOM      3  C   UNL     1      13.320  59.001  13.210  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      4  C   UNL     1      14.660  58.855  13.539  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      5  C   UNL     1      15.377  57.693  13.265  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      6  C   UNL     1      14.694  56.642  12.630  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      7  C   UNL     1      13.340  56.755  12.276  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      8  C   UNL     1      12.683  57.945  12.576  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      9  C   UNL     1      12.592  55.648  11.585  0.00  0.00    +0.000 C \n+ENDROOT\n+BRANCH   6  11\n+ATOM     10  C   UNL     1      15.391  54.319  13.082  0.00  0.00    +0.000 C \n+ATOM     11  N   UNL     1      15.388  55.429  12.321  0.00  0.00    +0.000 N \n+ATOM     12  O   UNL     1      14.594  54.076  13.979  0.00  0.00    +0.000 OA\n+ATOM     13  H   UNL     1      15.906  55.404  11.484  0.00  0.00    +0.000 HD\n+BRANCH  10  14\n+ATOM     14  C   UNL     1      16.496  53.337  12.809  0.00  0.00    +0.000 C \n+BRANCH  14  16\n+ATOM     15  C   UNL     1      18.075  54.029  14.409  0.00  0.00    +0.000 C \n+ATOM     16  O   UNL     1      17.777  53.875  13.023  0.00  0.00    +0.000 OA\n+ENDBRANCH  14  16\n+ENDBRANCH  10  14\n+ENDBRANCH   6  11\n+TORSDOF 3\n+BEGIN_RES THR A 315\n+REMARK  2 active torsions:\n+REMARK  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n+REMARK    1  A    between atoms: CA   and  CB  \n+REMARK    2  A    between atoms: CB   and  OG1 \n+ROOT\n+ATOM      1  CA  THR A 315      13.079  52.503   8.093  1.00 45.40     0.205 C \n+ENDROOT\n+BRANCH   1   2\n+ATOM      2  CB  THR A 315      13.429  52.900   9.553  1.00 45.76     0.146 C \n+ATOM      3  CG2 THR A 315      13.598  51.712  10.433  1.00 42.73     0.042 C \n+BRANCH   2   4\n+ATOM      4  OG1 THR A 315      14.615  53.704   9.553  1.00 47.20    -0.393 OA\n+ATOM      5  HG1 THR A 315      15.138  53.432   8.955  1.00 47.20     0.210 HD\n+ENDBRANCH   2   4\n+ENDBRANCH   1   2\n+END_RES THR A 315\n+ENDMDL\n+MODEL 2\n+REMARK VINA RESULT:    -7.516      1.384      2.651\n+REMARK INTER + INTRA:         -10.141\n+REMARK INTER:                  -9.075\n+REMARK INTRA:                  -1.066\n+REMARK UNBOUND:                -1.307\n+REMARK  Name = \n+REMARK  7 active torsions:\n+REMARK  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n+REMARK    1  A    between atoms: C_1  and  C_5\n+REMARK    2  A    between atoms: C_2  and  C_12\n+REMARK    3  A    between atoms: C_2  and  O_15\n+REMARK    4  A    between atoms: C_3  and  O_15\n+REMARK    5  A    between atoms: C_4  and  C_7\n+REMARK    6  A    between atoms: C_8  and  N_13\n+REMARK    7  A    between atoms: C_9  and  C_11\n+REMARK                            x       y       z     vdW  Elec       q    Type\n+REMARK                         _______ _______ _______ _____ _____    ______ ____\n+ROOT\n+ATOM      1  C   UNL     1      13.037  60.038  13.137  0.00  0.00    +0.000 C \n+ATOM      2  C   UNL     1      13.429  55.125  12.138  0.00  0.00    +0.000 C \n+ATOM      3  C   UNL     "..b" 14  C   UNL     1      14.976  45.924  21.245  0.00  0.00    +0.000 C \n+BRANCH  14  16\n+ATOM     15  C   UNL     1      17.250  45.349  21.091  0.00  0.00    +0.000 C \n+ATOM     16  O   UNL     1      15.921  45.061  20.664  0.00  0.00    +0.000 OA\n+ENDBRANCH  14  16\n+ENDBRANCH  10  14\n+ENDBRANCH   6  11\n+TORSDOF 3\n+BEGIN_RES THR A 315\n+REMARK  2 active torsions:\n+REMARK  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n+REMARK    1  A    between atoms: CA   and  CB  \n+REMARK    2  A    between atoms: CB   and  OG1 \n+ROOT\n+ATOM      1  CA  THR A 315      13.079  52.503   8.093  1.00 45.40     0.205 C \n+ENDROOT\n+BRANCH   1   2\n+ATOM      2  CB  THR A 315      13.429  52.900   9.553  1.00 45.76     0.146 C \n+ATOM      3  CG2 THR A 315      13.581  51.713  10.437  1.00 42.73     0.042 C \n+BRANCH   2   4\n+ATOM      4  OG1 THR A 315      14.624  53.690   9.555  1.00 47.20    -0.393 OA\n+ATOM      5  HG1 THR A 315      15.256  53.241   9.877  1.00 47.20     0.210 HD\n+ENDBRANCH   2   4\n+ENDBRANCH   1   2\n+END_RES THR A 315\n+ENDMDL\n+MODEL 9\n+REMARK VINA RESULT:    -5.286      9.402     11.353\n+REMARK INTER + INTRA:          -7.520\n+REMARK INTER:                  -6.213\n+REMARK INTRA:                  -1.307\n+REMARK UNBOUND:                -1.307\n+REMARK  Name = \n+REMARK  7 active torsions:\n+REMARK  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n+REMARK    1  A    between atoms: C_1  and  C_5\n+REMARK    2  A    between atoms: C_2  and  C_12\n+REMARK    3  A    between atoms: C_2  and  O_15\n+REMARK    4  A    between atoms: C_3  and  O_15\n+REMARK    5  A    between atoms: C_4  and  C_7\n+REMARK    6  A    between atoms: C_8  and  N_13\n+REMARK    7  A    between atoms: C_9  and  C_11\n+REMARK                            x       y       z     vdW  Elec       q    Type\n+REMARK                         _______ _______ _______ _____ _____    ______ ____\n+ROOT\n+ATOM      1  C   UNL     1      11.856  48.979  18.744  0.00  0.00    +0.000 C \n+ATOM      2  C   UNL     1      13.773  45.019  21.179  0.00  0.00    +0.000 C \n+ATOM      3  C   UNL     1      13.043  48.105  19.072  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      4  C   UNL     1      12.915  47.013  19.920  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      5  C   UNL     1      13.989  46.190  20.249  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      6  C   UNL     1      15.239  46.498  19.689  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      7  C   UNL     1      15.410  47.596  18.833  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      8  C   UNL     1      14.297  48.381  18.546  0.00  0.00    +0.000 A \n+ATOM      9  C   UNL     1      16.743  47.953  18.232  0.00  0.00    +0.000 C \n+ENDROOT\n+BRANCH   6  11\n+ATOM     10  C   UNL     1      17.284  45.954  20.959  0.00  0.00    +0.000 C \n+ATOM     11  N   UNL     1      16.377  45.685  20.002  0.00  0.00    +0.000 N \n+ATOM     12  O   UNL     1      17.128  46.749  21.877  0.00  0.00    +0.000 OA\n+ATOM     13  H   UNL     1      16.505  44.864  19.475  0.00  0.00    +0.000 HD\n+BRANCH  10  14\n+ATOM     14  C   UNL     1      18.597  45.231  20.842  0.00  0.00    +0.000 C \n+BRANCH  14  16\n+ATOM     15  C   UNL     1      19.944  46.262  19.214  0.00  0.00    +0.000 C \n+ATOM     16  O   UNL     1      19.682  46.092  20.604  0.00  0.00    +0.000 OA\n+ENDBRANCH  14  16\n+ENDBRANCH  10  14\n+ENDBRANCH   6  11\n+TORSDOF 3\n+BEGIN_RES THR A 315\n+REMARK  2 active torsions:\n+REMARK  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n+REMARK    1  A    between atoms: CA   and  CB  \n+REMARK    2  A    between atoms: CB   and  OG1 \n+ROOT\n+ATOM      1  CA  THR A 315      13.079  52.503   8.093  1.00 45.40     0.205 C \n+ENDROOT\n+BRANCH   1   2\n+ATOM      2  CB  THR A 315      13.429  52.900   9.553  1.00 45.76     0.146 C \n+ATOM      3  CG2 THR A 315      13.553  51.714  10.443  1.00 42.73     0.042 C \n+BRANCH   2   4\n+ATOM      4  OG1 THR A 315      14.639  53.667   9.558  1.00 47.20    -0.393 OA\n+ATOM      5  HG1 THR A 315      15.256  53.219   9.205  1.00 47.20     0.210 HD\n+ENDBRANCH   2   4\n+ENDBRANCH   1   2\n+END_RES THR A 315\n+ENDMDL\n"
b
diff -r 7a871df65202 -r 90ea16534012 test-data/ligand_docked.sdf
--- a/test-data/ligand_docked.sdf Tue Jul 28 08:13:41 2020 -0400
+++ b/test-data/ligand_docked.sdf Tue Dec 21 14:18:33 2021 +0000
b
b"@@ -1,50 +1,54 @@\n =\n- OpenBabel07272015383D\n+ OpenBabel11082111323D\n \n  18 19  0  0  1  0  0  0  0  0999 V2000\n-   34.9430  -44.6790   75.3760 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   34.9810  -45.3120   74.1360 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   33.8000  -45.4860   73.4300 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   32.5650  -45.0460   73.9280 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   32.5600  -44.4150   75.1790 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   33.7310  -44.2300   75.8970 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   31.3080  -45.2470   73.1490 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   30.1600  -44.5040   73.4380 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   28.9830  -44.6880   72.7230 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   28.9280  -45.6270   71.7060 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   30.0510  -46.3710   71.4040 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   31.2300  -46.1900   72.1180 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   36.0990  -44.4850   76.1000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   38.4420  -44.6700   76.3250 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n-   37.3130  -44.2430   75.3990 C   0  0  2  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   37.3440  -42.7630   75.0270 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   37.7170  -42.4800   73.8720 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   36.9800  -41.9400   75.8900 O   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n-  1  6  1  0  0  0  0\n+   35.0120  -44.7440   75.3480 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   33.7970  -44.3470   75.9050 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   32.6220  -44.5210   75.1900 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   32.6250  -45.0880   73.9090 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   33.8630  -45.4760   73.3770 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   35.0480  -45.3130   74.0770 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   31.3640  -45.2760   73.1350 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   31.2810  -46.1960   72.0840 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   30.0980  -46.3650   71.3740 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   28.9750  -45.6320   71.7000 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   29.0340  -44.7150   72.7360 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   30.2150  -44.5430   73.4480 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   36.1720  -44.5630   76.0690 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   38.5190  -44.7040   76.2810 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   37.3780  -44.2860   75.3660 C   0  0  2  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   37.3780  -42.8020   75.0140 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   37.0020  -41.9980   75.8910 O   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   37.7400  -42.4950   73.8620 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+  1  2  1  0  0  0  0\n   1 13  1  0  0  0  0\n-  2  1  2  0  0  0  0\n-  3  4  2  0  0  0  0\n-  3  2  1  0  0  0  0\n-  4  5  1  0  0  0  0\n-  5  6  2  0  0  0  0\n-  7  8  1  0  0  0  0\n+  3  2  2  0  0  0  0\n+  4  3  1  0  0  0  0\n+  5  4  2  0  0  0  0\n+  5  6  1  0  0  0  0\n+  6  1  2  0  0  0  0\n+  7 12  1  0  0  0  0\n   7  4  1  0  0  0  0\n-  9  8  2  0  0  0  0\n- 10  9  1  0  0  0  0\n- 11 10  2  0  0  0  0\n- 11 12  1  0  0  0  0\n- 12  7  2  0  0  0  0\n+  8  7  2  0  0  0  0\n+  9 10  2  0  0  0  0\n+  9  8  1  0  0  0  0\n+ 10 11  1  0  0  0  0\n+ 11 12  2  0  0  0  0\n  15 13  1  0  0  0  0\n  15 14  1  1  0  0  0\n  16 15  1  0  0  0  0\n- 16 18  1  0  0  0  0\n- 17 16  2  0  0  0  0\n+ 16 17  1  0  0  0  0\n+ 18 16  2  0  0  0  0\n M  END\n >  <MODEL>\n 1\n \n >  <REMARK>\n- VINA RESULT:      -6.3      0.000      0.000\n+ VINA RESULT:    -6.339      0.000      0.000\n+ INTER + INTRA:          -8.420\n+ INTER:                  -7.797\n+ INTRA:                  -0.623\n+ UNBOUND:                -0.599\n   Name = \n   5 active torsions:\n   status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n@@ -60,7 +64,7 @@\n F 4\n \n >  <SCORE>\n--6.3\n+-6.339\n \n >  <RMSD_LB>\n 0.000\n@@ -70,27 +74,27 @@\n \n $$$$\n =\n- OpenBabel07272015383D\n+ OpenBabel11082111323D\n \n  18 19  0  0  1  0  0  0  0  0999 V2000\n-   32.0500  -45.3100   74.1090 C"..b"RA:                  -0.616\n+ UNBOUND:                -0.599\n   Name = \n   5 active torsions:\n   status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n@@ -557,44 +589,44 @@\n F 4\n \n >  <SCORE>\n--5.1\n+-5.021\n \n >  <RMSD_LB>\n-4.047\n+4.808\n \n >  <RMSD_UB>\n-6.722\n+7.215\n \n $$$$\n =\n- OpenBabel07272015383D\n+ OpenBabel11082111323D\n \n  18 19  0  0  1  0  0  0  0  0999 V2000\n-   34.7830  -43.5140   77.4980 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   35.4850  -42.9340   78.5520 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   34.8800  -41.9340   79.2970 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   33.5800  -41.4840   79.0200 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   32.9010  -42.0860   77.9530 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   33.4900  -43.0900   77.1990 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   32.9520  -40.4040   79.8370 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   31.6620  -39.9490   79.5500 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   31.0700  -38.9400   80.3000 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   31.7620  -38.3580   81.3500 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   33.0380  -38.7940   81.6500 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   33.6320  -39.8030   80.9010 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   35.3540  -44.5150   76.7420 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   35.8330  -45.5620   74.6810 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n-   35.7350  -44.2270   75.4010 C   0  0  2  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n-   37.0480  -43.4510   75.4500 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   37.0400  -42.2980   74.9780 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   38.0320  -44.0110   75.9720 O   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n-  1  2  1  0  0  0  0\n-  2  3  2  0  0  0  0\n-  4  3  1  0  0  0  0\n+   35.9180  -43.7410   76.7410 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   36.4970  -42.4730   76.7170 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   35.9420  -41.4470   77.4660 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   34.8020  -41.6540   78.2530 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   34.2420  -42.9390   78.2540 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   34.7850  -43.9780   77.5140 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   34.1990  -40.5530   79.0600 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   32.9130  -40.0720   78.7940 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   32.3600  -39.0500   79.5580 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   33.0710  -38.4950   80.6040 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   34.3470  -38.9560   80.8840 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   34.9020  -39.9770   80.1220 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   36.4790  -44.7490   75.9880 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   35.2510  -45.5320   74.1300 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   36.4170  -44.6610   74.5700 C   0  0  2  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   37.7680  -45.1100   74.0190 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   38.2270  -46.1950   74.4260 O   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   38.3290  -44.3480   73.2080 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+  1  6  1  0  0  0  0\n+  2  1  2  0  0  0  0\n+  2  3  1  0  0  0  0\n+  3  4  2  0  0  0  0\n+  4  5  1  0  0  0  0\n   4  7  1  0  0  0  0\n-  5  4  2  0  0  0  0\n-  6  1  2  0  0  0  0\n-  6  5  1  0  0  0  0\n+  6  5  2  0  0  0  0\n   7 12  1  0  0  0  0\n   8  7  2  0  0  0  0\n   8  9  1  0  0  0  0\n@@ -603,16 +635,20 @@\n  12 11  2  0  0  0  0\n  13  1  1  0  0  0  0\n  15 14  1  6  0  0  0\n- 15 16  1  0  0  0  0\n  15 13  1  0  0  0  0\n- 16 18  1  0  0  0  0\n- 17 16  2  0  0  0  0\n+ 16 17  1  0  0  0  0\n+ 16 15  1  0  0  0  0\n+ 18 16  2  0  0  0  0\n M  END\n >  <MODEL>\n 9\n \n >  <REMARK>\n- VINA RESULT:      -5.0      4.531      6.799\n+ VINA RESULT:    -4.647      4.120      6.702\n+ INTER + INTRA:          -6.333\n+ INTER:                  -5.734\n+ INTRA:                  -0.599\n+ UNBOUND:                -0.599\n   Name = \n   5 active torsions:\n   status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n@@ -628,12 +664,12 @@\n F 4\n \n >  <SCORE>\n--5.0\n+-4.647\n \n >  <RMSD_LB>\n-4.531\n+4.120\n \n >  <RMSD_UB>\n-6.799\n+6.702\n \n $$$$\n"
b
diff -r 7a871df65202 -r 90ea16534012 test-data/ligand_docked_opt.sdf
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ligand_docked_opt.sdf Tue Dec 21 14:18:33 2021 +0000
b
b"@@ -0,0 +1,1500 @@\n+=\n+ OpenBabel11082111333D\n+\n+ 18 19  0  0  1  0  0  0  0  0999 V2000\n+   29.7070  -45.4080   71.9140 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   30.7920  -46.2730   71.7870 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   31.8970  -46.1200   72.6100 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   31.9510  -45.1050   73.5740 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   30.8450  -44.2500   73.6770 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   29.7300  -44.3900   72.8650 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   33.1380  -44.9330   74.4620 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   33.0100  -44.4490   75.7680 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   34.1240  -44.3000   76.5870 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   35.3810  -44.6360   76.1270 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   35.5320  -45.1170   74.8370 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   34.4210  -45.2670   74.0160 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   28.6170  -45.5710   71.0870 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   28.3460  -44.6160   68.9450 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   28.8390  -45.8360   69.7070 C   0  0  2  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   28.0990  -47.1240   69.3590 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   28.7480  -48.1880   69.3730 O   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   26.8920  -47.0200   69.0660 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+  1  6  1  0  0  0  0\n+  2  1  2  0  0  0  0\n+  2  3  1  0  0  0  0\n+  3  4  2  0  0  0  0\n+  4  5  1  0  0  0  0\n+  4  7  1  0  0  0  0\n+  6  5  2  0  0  0  0\n+  7  8  1  0  0  0  0\n+  8  9  2  0  0  0  0\n+ 10  9  1  0  0  0  0\n+ 11 10  2  0  0  0  0\n+ 12  7  2  0  0  0  0\n+ 12 11  1  0  0  0  0\n+ 13  1  1  0  0  0  0\n+ 15 14  1  6  0  0  0\n+ 15 13  1  0  0  0  0\n+ 16 17  1  0  0  0  0\n+ 16 15  1  0  0  0  0\n+ 18 16  2  0  0  0  0\n+M  END\n+>  <MODEL>\n+1\n+\n+>  <REMARK>\n+ VINA RESULT:    -5.172      0.000      0.000\n+ INTER + INTRA:          -7.229\n+ INTER:                  -6.351\n+ INTRA:                  -0.878\n+ UNBOUND:                -0.847\n+  Name = \n+  5 active torsions:\n+  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n+    1  A    between atoms: C_1  and  C_8\n+    2  A    between atoms: C_2  and  C_13\n+    3  A    between atoms: C_8  and  C_9\n+    4  A    between atoms: C_8  and  O_18\n+    5  A    between atoms: C_10  and  O_18\n+                            x       y       z     vdW  Elec       q    Type\n+                         _______ _______ _______ _____ _____    ______ ____\n+\n+>  <TORSDO>\n+F 4\n+\n+>  <SCORE>\n+-5.172\n+\n+>  <RMSD_LB>\n+0.000\n+\n+>  <RMSD_UB>\n+0.000\n+\n+$$$$\n+=\n+ OpenBabel11082111333D\n+\n+ 18 19  0  0  1  0  0  0  0  0999 V2000\n+   34.4560  -44.6880   75.2910 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   34.5320  -45.2460   74.0160 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   33.3780  -45.4020   73.2620 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   32.1270  -45.0120   73.7560 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   32.0840  -44.4560   75.0420 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   33.2260  -44.2890   75.8090 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   30.8820  -45.1790   72.9500 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   29.7300  -44.4350   73.2230 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   28.5780  -44.5960   72.4600 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   28.5540  -45.4920   71.4100 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   29.6840  -46.2400   71.1230 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   30.8360  -46.0820   71.8830 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   35.6100  -44.5410   76.0290 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   37.8880  -45.1540   75.9360 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   36.8230  -44.2400   75.3500 C   0  0  2  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   37.1060  -42.7530   75.5480 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   36.3280  -42.1070   76.2770 O   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   38.0930  -42.2820   74.9500 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+  1  6  1  0  0  0  0\n+  1 13  1  0  0  0  0\n+  2  1  2  0  0  0  0\n+  3  4  2  0  0  "..b"00 C   0  0  2  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   33.4720  -45.4080   73.7010 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   33.6380  -44.6110   72.7560 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   33.2270  -46.6240   73.5840 O   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+  1  6  2  0  0  0  0\n+  1  2  1  0  0  0  0\n+  2  3  2  0  0  0  0\n+  3  4  1  0  0  0  0\n+  4  7  1  0  0  0  0\n+  5  4  2  0  0  0  0\n+  6  5  1  0  0  0  0\n+  7 12  2  0  0  0  0\n+  7  8  1  0  0  0  0\n+  8  9  2  0  0  0  0\n+  9 10  1  0  0  0  0\n+ 11 10  2  0  0  0  0\n+ 12 11  1  0  0  0  0\n+ 13  1  1  0  0  0  0\n+ 15 13  1  0  0  0  0\n+ 15 14  1  6  0  0  0\n+ 16 15  1  0  0  0  0\n+ 17 16  2  0  0  0  0\n+ 18 16  1  0  0  0  0\n+M  END\n+>  <MODEL>\n+19\n+\n+>  <REMARK>\n+ VINA RESULT:    -2.765      5.042      7.259\n+ INTER + INTRA:          -4.259\n+ INTER:                  -3.348\n+ INTRA:                  -0.911\n+ UNBOUND:                -0.847\n+  Name = \n+  5 active torsions:\n+  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n+    1  A    between atoms: C_1  and  C_8\n+    2  A    between atoms: C_2  and  C_13\n+    3  A    between atoms: C_8  and  C_9\n+    4  A    between atoms: C_8  and  O_18\n+    5  A    between atoms: C_10  and  O_18\n+                            x       y       z     vdW  Elec       q    Type\n+                         _______ _______ _______ _____ _____    ______ ____\n+\n+>  <TORSDO>\n+F 4\n+\n+>  <SCORE>\n+-2.765\n+\n+>  <RMSD_LB>\n+5.042\n+\n+>  <RMSD_UB>\n+7.259\n+\n+$$$$\n+=\n+ OpenBabel11082111333D\n+\n+ 18 19  0  0  1  0  0  0  0  0999 V2000\n+   34.0630  -41.9770   69.7400 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   33.9830  -40.6090   69.4860 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   32.7420  -40.0050   69.3490 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   31.5560  -40.7420   69.4590 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   31.6710  -42.1170   69.7130 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   32.9020  -42.7380   69.8560 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   30.2190  -40.0980   69.3110 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   29.7620  -39.1430   70.2250 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   28.5160  -38.5460   70.0720 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   27.7060  -38.8800   69.0050 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   28.1380  -39.8240   68.0880 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   29.3830  -40.4220   68.2380 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   35.3020  -42.5650   69.8710 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   37.3140  -42.2930   68.6650 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   36.4610  -41.7420   69.7970 C   0  0  2  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   37.1430  -41.7800   71.1610 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   37.3290  -40.6950   71.7470 O   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   37.4840  -42.8990   71.5900 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+  1  6  1  0  0  0  0\n+  1 13  1  0  0  0  0\n+  2  1  2  0  0  0  0\n+  3  4  2  0  0  0  0\n+  3  2  1  0  0  0  0\n+  4  5  1  0  0  0  0\n+  5  6  2  0  0  0  0\n+  7  4  1  0  0  0  0\n+  7  8  1  0  0  0  0\n+  9  8  2  0  0  0  0\n+ 10  9  1  0  0  0  0\n+ 11 12  1  0  0  0  0\n+ 11 10  2  0  0  0  0\n+ 12  7  2  0  0  0  0\n+ 15 14  1  6  0  0  0\n+ 15 13  1  0  0  0  0\n+ 15 16  1  0  0  0  0\n+ 16 18  2  0  0  0  0\n+ 16 17  1  0  0  0  0\n+M  END\n+>  <MODEL>\n+20\n+\n+>  <REMARK>\n+ VINA RESULT:    -1.861      6.211      8.817\n+ INTER + INTRA:          -3.144\n+ INTER:                  -2.296\n+ INTRA:                  -0.847\n+ UNBOUND:                -0.847\n+  Name = \n+  5 active torsions:\n+  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n+    1  A    between atoms: C_1  and  C_8\n+    2  A    between atoms: C_2  and  C_13\n+    3  A    between atoms: C_8  and  C_9\n+    4  A    between atoms: C_8  and  O_18\n+    5  A    between atoms: C_10  and  O_18\n+                            x       y       z     vdW  Elec       q    Type\n+                         _______ _______ _______ _____ _____    ______ ____\n+\n+>  <TORSDO>\n+F 4\n+\n+>  <SCORE>\n+-1.861\n+\n+>  <RMSD_LB>\n+6.211\n+\n+>  <RMSD_UB>\n+8.817\n+\n+$$$$\n"
b
diff -r 7a871df65202 -r 90ea16534012 test-data/ligand_params.sdf
--- a/test-data/ligand_params.sdf Tue Jul 28 08:13:41 2020 -0400
+++ b/test-data/ligand_params.sdf Tue Dec 21 14:18:33 2021 +0000
b
b"@@ -1,25 +1,25 @@\n =\n- OpenBabel09251908563D\n+ OpenBabel11082111343D\n \n  18 19  0  0  1  0  0  0  0  0999 V2000\n-   34.9280  -44.6820   75.3750 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   33.7190  -44.2180   75.8910 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   32.5470  -44.4040   75.1740 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   32.5480  -45.0510   73.9310 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   33.7800  -45.5040   73.4390 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   34.9620  -45.3300   74.1420 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   31.2900  -45.2520   73.1550 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   30.1270  -44.5310   73.4460 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   28.9630  -44.7240   72.7110 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   28.9360  -45.6290   71.6680 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   30.0760  -46.3550   71.3620 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   31.2400  -46.1640   72.0960 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   36.0850  -44.4870   76.0970 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   38.4290  -44.6740   76.3190 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   37.2990  -44.2490   75.3930 C   0  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   37.3310  -42.7720   75.0140 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   37.7150  -42.4760   73.8650 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   36.9860  -41.9560   75.8910 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   34.9490  -44.7080   75.3410 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   33.7180  -44.3220   75.8670 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   32.5580  -44.5340   75.1370 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   32.5940  -45.1310   73.8710 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   33.8490  -45.5070   73.3680 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   35.0180  -45.3060   74.0850 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   31.3510  -45.3610   73.0790 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   30.1650  -44.6760   73.3650 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   29.0150  -44.8950   72.6160 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   29.0230  -45.7920   71.5650 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   30.1860  -46.4820   71.2650 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   31.3380  -46.2650   72.0130 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   36.0930  -44.4880   76.0770 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   38.4340  -44.6680   76.3240 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   37.3140  -44.2430   75.3870 C   0  0  2  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   37.3460  -42.7640   75.0150 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   36.9770  -41.9410   75.8770 O   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   37.7250  -42.4800   73.8630 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n   1  2  1  0  0  0  0\n   1 13  1  0  0  0  0\n   3  2  2  0  0  0  0\n@@ -37,14 +37,18 @@\n  15 13  1  0  0  0  0\n  15 14  1  1  0  0  0\n  16 15  1  0  0  0  0\n- 16 18  1  0  0  0  0\n- 17 16  2  0  0  0  0\n+ 16 17  1  0  0  0  0\n+ 18 16  2  0  0  0  0\n M  END\n >  <MODEL>\n 1\n \n >  <REMARK>\n- VINA RESULT:      -6.3      0.000      0.000\n+ VINA RESULT:    -6.367      0.000      0.000\n+ INTER + INTRA:          -8.455\n+ INTER:                  -7.819\n+ INTRA:                  -0.635\n+ UNBOUND:                -0.599\n   Name = \n   5 active torsions:\n   status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n@@ -60,7 +64,7 @@\n F 4\n \n >  <SCORE>\n--6.3\n+-6.367\n \n >  <RMSD_LB>\n 0.000\n@@ -70,34 +74,34 @@\n \n $$$$\n =\n- OpenBabel09251908563D\n+ OpenBabel11082111343D\n \n  18 19  0  0  1  0  0  0  0  0999 V2000\n-   31.9300  -45.2520   74.0180 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   32.3420  -44.4800   75.1030 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   33.6900  -44.4000   75.4200 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   34.6560  -45.0850   74.6710 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   34.2090  -45.8540   73.5870 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   32.8670  -45.9430   73.2530 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   36.1070  -45.0040   75.0080 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   36.9740  -46.0760   74.7690 C   0  0  0  "..b"0\n+-5.021\n \n >  <RMSD_LB>\n-4.650\n+4.804\n \n >  <RMSD_UB>\n-6.732\n+7.233\n \n $$$$\n =\n- OpenBabel09251908563D\n+ OpenBabel11082111343D\n \n  18 19  0  0  1  0  0  0  0  0999 V2000\n-   34.6100  -44.4120   75.7940 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   33.7490  -43.8540   76.7380 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   32.3970  -43.7370   76.4540 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   31.8700  -44.1680   75.2300 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   32.7610  -44.7240   74.3010 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   34.1160  -44.8510   74.5680 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   30.4160  -44.0440   74.9180 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   29.9370  -44.1560   73.6080 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   28.5790  -44.0440   73.3320 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   27.6730  -43.8270   74.3510 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   28.1250  -43.7120   75.6550 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   29.4820  -43.8230   75.9340 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   35.9510  -44.5190   76.0890 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   37.8190  -45.6060   75.1370 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   36.8960  -44.4020   75.0310 C   0  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   37.6070  -43.0610   75.1920 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   36.9690  -42.1260   75.7140 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-   38.7780  -42.9890   74.7720 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n-  1 13  1  0  0  0  0\n-  1  2  2  0  0  0  0\n-  3  2  1  0  0  0  0\n-  4  3  2  0  0  0  0\n-  5  6  2  0  0  0  0\n-  5  4  1  0  0  0  0\n-  6  1  1  0  0  0  0\n-  7  4  1  0  0  0  0\n-  7 12  2  0  0  0  0\n-  8  7  1  0  0  0  0\n-  9  8  2  0  0  0  0\n-  9 10  1  0  0  0  0\n- 10 11  2  0  0  0  0\n- 11 12  1  0  0  0  0\n- 15 14  1  1  0  0  0\n- 15 16  1  0  0  0  0\n+   35.9180  -43.7410   76.7410 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   36.4970  -42.4730   76.7170 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   35.9420  -41.4470   77.4660 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   34.8020  -41.6540   78.2530 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   34.2420  -42.9390   78.2540 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   34.7850  -43.9780   77.5140 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   34.1990  -40.5530   79.0600 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   32.9130  -40.0720   78.7940 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   32.3600  -39.0500   79.5580 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   33.0710  -38.4950   80.6040 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   34.3470  -38.9560   80.8840 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   34.9020  -39.9770   80.1220 C   0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   36.4790  -44.7490   75.9880 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   35.2510  -45.5320   74.1300 C   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   36.4170  -44.6610   74.5700 C   0  0  2  0  0  3  0  0  0  0  0  0\n+   37.7680  -45.1100   74.0190 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+   38.2270  -46.1950   74.4260 O   0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0\n+   38.3290  -44.3480   73.2080 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n+  1  6  1  0  0  0  0\n+  2  1  2  0  0  0  0\n+  2  3  1  0  0  0  0\n+  3  4  2  0  0  0  0\n+  4  5  1  0  0  0  0\n+  4  7  1  0  0  0  0\n+  6  5  2  0  0  0  0\n+  7 12  1  0  0  0  0\n+  8  7  2  0  0  0  0\n+  8  9  1  0  0  0  0\n+  9 10  2  0  0  0  0\n+ 10 11  1  0  0  0  0\n+ 12 11  2  0  0  0  0\n+ 13  1  1  0  0  0  0\n+ 15 14  1  6  0  0  0\n  15 13  1  0  0  0  0\n  16 17  1  0  0  0  0\n+ 16 15  1  0  0  0  0\n  18 16  2  0  0  0  0\n M  END\n >  <MODEL>\n 9\n \n >  <REMARK>\n- VINA RESULT:      -4.9      1.456      2.281\n+ VINA RESULT:    -4.647      4.130      6.780\n+ INTER + INTRA:          -6.333\n+ INTER:                  -5.734\n+ INTRA:                  -0.599\n+ UNBOUND:                -0.599\n   Name = \n   5 active torsions:\n   status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n@@ -628,12 +664,12 @@\n F 4\n \n >  <SCORE>\n--4.9\n+-4.647\n \n >  <RMSD_LB>\n-1.456\n+4.130\n \n >  <RMSD_UB>\n-2.281\n+6.780\n \n $$$$\n"
b
diff -r 7a871df65202 -r 90ea16534012 test-data/protein_flex.pdbqt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/protein_flex.pdbqt Tue Dec 21 14:18:33 2021 +0000
b
@@ -0,0 +1,17 @@
+BEGIN_RES THR A 315
+REMARK  2 active torsions:
+REMARK  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)
+REMARK    1  A    between atoms: CA   and  CB  
+REMARK    2  A    between atoms: CB   and  OG1 
+ROOT
+ATOM      1  CA  THR A 315      13.079  52.503   8.093  1.00 45.40     0.205 C 
+ENDROOT
+BRANCH   1   2
+ATOM      2  CB  THR A 315      13.429  52.900   9.553  1.00 45.76     0.146 C 
+ATOM      3  CG2 THR A 315      12.339  53.679  10.200  1.00 42.73     0.042 C 
+BRANCH   2   4
+ATOM      4  OG1 THR A 315      13.724  51.718  10.307  1.00 47.20    -0.393 OA
+ATOM      5  HG1 THR A 315      13.915  51.930  11.097  1.00 47.20     0.210 HD
+ENDBRANCH   2   4
+ENDBRANCH   1   2
+END_RES THR A 315
b
diff -r 7a871df65202 -r 90ea16534012 test-data/protein_rigid.pdbqt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/protein_rigid.pdbqt Tue Dec 21 14:18:33 2021 +0000
b
b'@@ -0,0 +1,2582 @@\n+ATOM      1  N   MET A 225      19.489  41.513  -4.249  1.00 79.27     0.615 N \n+ATOM      2  CA  MET A 225      20.312  40.392  -4.798  1.00 78.95     0.400 C \n+ATOM      3  C   MET A 225      19.479  39.195  -5.296  1.00 77.61     0.257 C \n+ATOM      4  O   MET A 225      18.259  39.153  -5.110  1.00 77.57    -0.271 OA\n+ATOM      5  CB  MET A 225      21.339  39.952  -3.749  1.00 79.64     0.061 C \n+ATOM      6  CG  MET A 225      20.774  39.716  -2.360  1.00 80.22     0.076 C \n+ATOM      7  SD  MET A 225      22.046  39.929  -1.082  1.00 82.21    -0.173 SA\n+ATOM      8  CE  MET A 225      23.071  38.466  -1.342  1.00 80.61     0.089 C \n+ATOM      9  N   ASP A 226      20.150  38.233  -5.930  1.00 76.04    -0.345 N \n+ATOM     10  CA  ASP A 226      19.492  37.056  -6.502  1.00 74.10     0.188 C \n+ATOM     11  C   ASP A 226      19.223  35.910  -5.528  1.00 73.63     0.244 C \n+ATOM     12  O   ASP A 226      20.111  35.490  -4.776  1.00 71.73    -0.271 OA\n+ATOM     13  CB  ASP A 226      20.303  36.543  -7.684  1.00 74.44     0.024 C \n+ATOM     14  H   ASP A 226      21.003  38.244  -6.041  1.00 76.04     0.163 HD\n+ATOM     15  N   PRO A 227      17.986  35.376  -5.547  1.00 73.27    -0.337 N \n+ATOM     16  CA  PRO A 227      17.583  34.273  -4.671  1.00 73.15     0.179 C \n+ATOM     17  C   PRO A 227      18.503  33.087  -4.870  1.00 74.73     0.241 C \n+ATOM     18  O   PRO A 227      18.546  32.174  -4.049  1.00 74.21    -0.271 OA\n+ATOM     19  CB  PRO A 227      16.140  33.999  -5.090  1.00 72.37     0.037 C \n+ATOM     20  CG  PRO A 227      16.101  34.445  -6.515  1.00 73.04     0.022 C \n+ATOM     21  CD  PRO A 227      16.911  35.708  -6.501  1.00 73.01     0.127 C \n+ATOM     22  N   SER A 228      19.240  33.123  -5.977  1.00 76.73    -0.344 N \n+ATOM     23  CA  SER A 228      20.217  32.091  -6.313  1.00 78.88     0.200 C \n+ATOM     24  C   SER A 228      21.561  32.619  -5.816  1.00 79.37     0.243 C \n+ATOM     25  O   SER A 228      22.241  33.368  -6.526  1.00 80.10    -0.271 OA\n+ATOM     26  CB  SER A 228      20.296  31.881  -7.832  1.00 79.04     0.199 C \n+ATOM     27  OG  SER A 228      19.032  31.572  -8.391  1.00 79.63    -0.398 OA\n+ATOM     28  H   SER A 228      19.186  33.753  -6.560  1.00 76.73     0.163 HD\n+ATOM     29  HG  SER A 228      19.111  31.465  -9.220  1.00 79.63     0.209 HD\n+ATOM     30  N   SER A 229      21.926  32.245  -4.593  1.00 78.77    -0.345 N \n+ATOM     31  CA  SER A 229      23.185  32.678  -3.993  1.00 79.14     0.189 C \n+ATOM     32  C   SER A 229      23.161  32.400  -2.501  1.00 78.94     0.263 C \n+ATOM     33  O   SER A 229      22.119  32.522  -1.853  1.00 79.27    -0.269 OA\n+ATOM     34  CB  SER A 229      23.414  34.172  -4.234  1.00 78.50     0.024 C \n+ATOM     35  H   SER A 229      21.452  31.734  -4.089  1.00 78.77     0.163 HD\n+ATOM     36  N   PRO A 230      24.310  32.018  -1.960  1.00 78.55    -0.239 NA\n+ATOM     37  CA  PRO A 230      24.408  31.738  -0.537  1.00 77.41     0.214 C \n+ATOM     38  C   PRO A 230      24.177  33.042   0.217  1.00 76.20     0.244 C \n+ATOM     39  O   PRO A 230      24.598  34.117  -0.228  1.00 76.01    -0.271 OA\n+ATOM     40  CB  PRO A 230      25.790  31.164  -0.200  1.00 77.54     0.026 C \n+ATOM     41  N   ASN A 231      23.491  32.939   1.350  1.00 74.65    -0.345 N \n+ATOM     42  CA  ASN A 231      23.201  34.098   2.186  1.00 72.64     0.188 C \n+ATOM     43  C   ASN A 231      22.336  35.144   1.484  1.00 71.14     0.242 C \n+ATOM     44  O   ASN A 231      22.503  36.345   1.714  1.00 70.95    -0.271 OA\n+ATOM     45  CB  ASN A 231      24.507  34.738   2.660  1.00 73.26     0.024 C \n+ATOM     46  H   ASN A 231      23.181  32.197   1.655  1.00 74.65     0.163 HD\n+ATOM     47  N   TYR A 232      21.428  34.702   0.613  1.00 67.45    -0.346 N \n+ATOM     48  CA  TYR A 232      20.550  35.654  -0.051  1.00 63.27     0.180 C \n+ATOM     49  C   TYR A 232      19.883  36.358   1.112  1.00 61.88     0.241 C \n+ATOM     5'..b'.511  1.00 76.12     0.172 C \n+ATOM   2534  OE1 GLU A 494      -6.575  44.192  25.282  1.00 78.16    -0.648 OA\n+ATOM   2535  OE2 GLU A 494      -6.525  45.077  23.265  1.00 77.38    -0.648 OA\n+ATOM   2536  H   GLU A 494      -5.879  47.855  27.686  1.00 61.95     0.163 HD\n+ATOM   2537  N   THR A 495      -8.985  47.736  28.526  1.00 66.37    -0.344 N \n+ATOM   2538  CA  THR A 495     -10.185  47.843  29.336  1.00 67.39     0.205 C \n+ATOM   2539  C   THR A 495     -10.471  49.316  29.595  1.00 69.26     0.243 C \n+ATOM   2540  O   THR A 495     -11.540  49.840  29.273  1.00 68.79    -0.271 OA\n+ATOM   2541  CB  THR A 495     -10.001  47.138  30.692  1.00 67.11     0.146 C \n+ATOM   2542  OG1 THR A 495      -9.877  45.726  30.487  1.00 64.92    -0.393 OA\n+ATOM   2543  CG2 THR A 495     -11.185  47.424  31.605  1.00 67.21     0.042 C \n+ATOM   2544  H   THR A 495      -8.397  47.186  28.828  1.00 66.37     0.163 HD\n+ATOM   2545  HG1 THR A 495      -9.090  45.544  30.255  1.00 64.92     0.210 HD\n+ATOM   2546  N   MET A 496      -9.486  49.975  30.183  1.00 70.48    -0.346 N \n+ATOM   2547  CA  MET A 496      -9.584  51.377  30.515  1.00 72.06     0.177 C \n+ATOM   2548  C   MET A 496      -9.918  52.191  29.269  1.00 73.93     0.241 C \n+ATOM   2549  O   MET A 496     -10.586  53.224  29.347  1.00 74.19    -0.271 OA\n+ATOM   2550  CB  MET A 496      -8.254  51.814  31.119  1.00 70.74     0.045 C \n+ATOM   2551  CG  MET A 496      -8.268  53.128  31.840  1.00 69.50     0.076 C \n+ATOM   2552  SD  MET A 496      -6.954  53.109  33.054  1.00 70.45    -0.173 SA\n+ATOM   2553  CE  MET A 496      -5.542  52.993  32.023  1.00 71.50     0.089 C \n+ATOM   2554  H   MET A 496      -8.736  49.615  30.401  1.00 70.48     0.163 HD\n+ATOM   2555  N   PHE A 497      -9.469  51.711  28.113  1.00 76.39    -0.346 N \n+ATOM   2556  CA  PHE A 497      -9.728  52.421  26.867  1.00 78.51     0.180 C \n+ATOM   2557  C   PHE A 497     -11.222  52.482  26.591  1.00 80.00     0.241 C \n+ATOM   2558  O   PHE A 497     -11.656  53.107  25.627  1.00 80.73    -0.271 OA\n+ATOM   2559  CB  PHE A 497      -8.992  51.764  25.694  1.00 77.30     0.073 C \n+ATOM   2560  CG  PHE A 497      -8.889  52.645  24.483  1.00 75.26    -0.056 A \n+ATOM   2561  CD1 PHE A 497      -8.326  53.910  24.587  1.00 73.03     0.007 A \n+ATOM   2562  CD2 PHE A 497      -9.374  52.223  23.248  1.00 75.22     0.007 A \n+ATOM   2563  CE1 PHE A 497      -8.251  54.749  23.481  1.00 73.27     0.001 A \n+ATOM   2564  CE2 PHE A 497      -9.304  53.054  22.132  1.00 75.21     0.001 A \n+ATOM   2565  CZ  PHE A 497      -8.740  54.323  22.248  1.00 74.83     0.000 A \n+ATOM   2566  H   PHE A 497      -9.017  50.984  28.029  1.00 76.39     0.163 HD\n+ATOM   2567  N   GLN A 498     -12.005  51.821  27.440  1.00 82.65    -0.345 N \n+ATOM   2568  CA  GLN A 498     -13.459  51.848  27.319  1.00 83.69     0.188 C \n+ATOM   2569  C   GLN A 498     -13.830  53.253  27.778  1.00 84.42     0.242 C \n+ATOM   2570  O   GLN A 498     -13.228  53.773  28.721  1.00 84.42    -0.271 OA\n+ATOM   2571  CB  GLN A 498     -14.091  50.807  28.237  1.00 83.83     0.024 C \n+ATOM   2572  H   GLN A 498     -11.711  51.349  28.096  1.00 82.65     0.163 HD\n+ATOM   2573  N   GLU A 499     -14.808  53.869  27.123  1.00 85.39    -0.347 N \n+ATOM   2574  CA  GLU A 499     -15.206  55.233  27.465  1.00 85.86     0.163 C \n+ATOM   2575  C   GLU A 499     -14.088  56.187  27.012  1.00 85.54     0.219 C \n+ATOM   2576  O   GLU A 499     -13.405  56.771  27.885  1.00 85.21    -0.287 OA\n+ATOM   2577  CB  GLU A 499     -15.435  55.382  28.980  1.00 86.36     0.044 C \n+ATOM   2578  CG  GLU A 499     -16.854  55.784  29.370  1.00 87.39     0.116 C \n+ATOM   2579  CD  GLU A 499     -17.743  54.590  29.672  1.00 88.29     0.172 C \n+ATOM   2580  OE1 GLU A 499     -17.551  53.964  30.738  1.00 89.34    -0.648 OA\n+ATOM   2581  OE2 GLU A 499     -18.627  54.272  28.849  1.00 87.77    -0.648 OA\n+ATOM   2582  H   GLU A 499     -15.254  53.517  26.478  1.00 85.39     0.163 HD\n'