Repository 'bcftools_plugin_frameshifts'
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macros.xml
test-data/view.bcf
added:
test-data/summary.pdf
test-data/view.vcf_bgzip
removed:
test-data/view.bcf.csi
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diff -r e5a4010f9d86 -r 94a8d3db9b3f macros.xml
--- a/macros.xml Tue Dec 12 13:58:34 2017 -0500
+++ b/macros.xml Thu Feb 21 16:00:10 2019 -0500
[
b'@@ -1,5 +1,5 @@\n <macros>\n-  <token name="@VERSION@">1.4.0</token>\n+  <token name="@TOOL_VERSION@">1.9</token>\n   <xml name="stdio">\n     <stdio>\n       <exit_code range="1:" />\n@@ -10,13 +10,13 @@\n   </xml>\n   <xml name="requirements">\n     <requirements>\n-      <requirement type="package" version="1.4">bcftools</requirement>\n-      <requirement type="package" version="1.4">htslib</requirement>\n+      <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">bcftools</requirement>\n+      <requirement type="package" version="1.9">htslib</requirement>\n       <yield />\n     </requirements>\n   </xml>\n   <xml name="samtools_requirement">\n-      <requirement type="package" version="1.3.1">samtools</requirement>\n+      <requirement type="package" version="1.9">samtools</requirement>\n   </xml>\n   <xml name="version_command">\n     <version_command>bcftools 2&gt;&amp;1 | grep \'Version:\'</version_command>\n@@ -39,7 +39,7 @@\n ]]>\n   </token>\n   <xml name="macro_input">\n-    <param name="input_file" type="data" format="vcf,vcf_bgzip,bcf,bcf_bgzip" label="VCF/BCF Data" />\n+    <param name="input_file" type="data" format="vcf,vcf_bgzip,bcf" label="VCF/BCF Data" />\n   </xml>\n   <token name="@PREPARE_INPUT_FILE@">\n <![CDATA[\n@@ -50,6 +50,11 @@\n   bcftools index $input_vcf &&\n #elif $input_file.is_of_type(\'vcf_bgzip\')\n   ln -s \'$input_file\' $input_vcf &&\n+  #if $input_file.metadata.tabix_index:\n+    ln -s \'${input_file.metadata.tabix_index}\' ${input_vcf}.tbi &&\n+  #else\n+    bcftools index $input_vcf &&\n+  #end if\n #elif $input_file.is_of_type(\'bcf\')\n   #set $input_vcf = \'input.bcf\'\n   ln -s \'$input_file\' $input_vcf &&\n@@ -58,8 +63,6 @@\n   #else\n     bcftools index $input_vcf &&\n   #end if\n-#elif $input_file.is_of_type(\'bcf_bgzip\')\n-  ln -s \'$input_file\' $input_vcf &&\n #end if\n ]]>\n   </token>\n@@ -68,7 +71,7 @@\n   </token>\n \n   <xml name="macro_inputs">\n-    <param name="input_files" type="data" format="vcf,bcf" label="Other VCF/BCF Datasets" multiple="True" />\n+    <param name="input_files" type="data" format="vcf,vcf_bgzip,bcf" label="Other VCF/BCF Datasets" multiple="True" />\n   </xml>\n   <token name="@PREPARE_INPUT_FILES@">\n <![CDATA[\n@@ -80,8 +83,13 @@\n   #if $input_file.is_of_type(\'vcf\')\n     bgzip -c \'$input_file\' > $input_vcf &&\n     bcftools index $input_vcf &&\n-  #elif $input_file.is_of_type(\'vcf_bgz\')\n-    ln -s \'$input_file\' $input_vcf\n+  #elif $input_file.is_of_type(\'vcf_bgzip\')\n+    ln -s \'$input_file\' $input_vcf &&\n+    #if $input_file.metadata.tabix_index:\n+      ln -s \'${input_file.metadata.tabix_index}\' ${input_vcf}.tbi &&\n+    #else\n+      bcftools index $input_vcf &&\n+    #end if\n   #elif $input_file.is_of_type(\'bcf\')\n     #set $input_vcf = \'input\' + str($i) + \'.bcf.gz\'\n     ln -s \'$input_file\' $input_vcf &&\n@@ -90,8 +98,6 @@\n     #else\n       bcftools index $input_vcf &&\n     #end if\n-  #elif $input_file.is_of_type(\'bcfvcf_bgz\')\n-    ln -s \'$input_file\' $input_vcf &&\n   #end if\n   echo \'$input_vcf\' >> $vcfs_list_file &&\n   $input_vcfs.append($input_vcf)\n@@ -106,7 +112,7 @@\n   </token>\n \n   <xml name="macro_fasta_ref">\n-    <param name="fasta_ref" argument="--fasta-ref" type="data" format="data" label="Reference sequence in FASTA format" optional="True" />\n+    <param name="fasta_ref" argument="--fasta-ref" type="data" format="data" optional="true" label="Reference sequence in FASTA format" />\n   </xml>\n   <token name="@PREPARE_FASTA_REF@">\n <![CDATA[\n@@ -148,7 +154,7 @@\n \n \n   <xml name="macro_AF_file">\n-    <param name="AF_file" argument="--AF-file" type="data" format="tabular" label="Allele frequencies file" optional="True" help="Tab-delimited file containing the columns CHR,POS,REF,ALT,AF" />\n+    <param name="AF_file" argument="--AF-file" type="data" format="tabular" optional="true" label="Allele frequencies file" help="Tab-delimited file containing the columns CHR,POS,REF,ALT,AF" />\n   </xml>\n   <!-- This may need to bgzip and tabix the file -->\n   <token name="@PREPARE_AF_FILE@">\n@@ -165,7 +171,7 @@\n   </token>\n \n   <xml '..b'ne__"/>\n         <when value="targets">\n-            <param name="targets" type="text" value="" label="Restrict to comma-separated list of targets" optional="true"\n+            <param name="targets" type="text" value="" optional="true" label="Restrict to comma-separated list of targets"\n                    help="Each target is specifed as: chr or chr:pos or chr:from-to">\n                  <validator type="regex" message="">^(\\w+(:\\d+(-\\d+)?)?(,\\w+(:\\d+(-\\d+)?)?)*)?$</validator>\n             </param>\n@@ -373,16 +379,16 @@\n   </token>\n \n   <xml name="macro_samples">\n-      <param name="samples" type="text" value="" label="Samples" optional="true"\n-             help="(-s) comma separated list of samples to annotate (or exclude)">\n+      <param argument="--samples" type="text" value="" optional="true" label="Samples"\n+             help="Comma separated list of samples to annotate (or exclude)">\n           <validator type="regex" message="">^(\\w+(,\\w+)*)?$</validator>\n       </param>\n       <param name="invert_samples" type="boolean" truevalue="^" falsevalue="" checked="false" label="Invert Samples"\n-             help="inverts the query/filtering applied by Samples (adds &quot;^&quot; prefix to exclude)" />\n-      <param name="samples_file" type="data" format="tabular" label="Samples File" optional="True"\n-             help="(-S) file of samples to include" />\n-      <param name="invert_samples_file" type="boolean" truevalue="^" falsevalue="" checked="false" label="Invert Samples File"\n-             help="inverts the query/filtering applied by Samples File" />\n+             help="Inverts the query/filtering applied by Samples (adds &quot;^&quot; prefix to exclude)" />\n+      <param argument="--samples_file" type="data" format="tabular" optional="true" label="Samples file"\n+             help="File of samples to include" />\n+      <param name="invert_samples_file" type="boolean" truevalue="^" falsevalue="" checked="false" label="Invert Samples file"\n+             help="inverts the query/filtering applied by Samples file" />\n   </xml>\n   <token name="@SAMPLES@">\n #set $samples_defined = False\n@@ -397,7 +403,7 @@\n   </token>\n \n   <xml name="macro_sample">\n-      <param name="sample" type="text" label="Sample" optional="True" help="apply variants of the given sample" />\n+      <param name="sample" type="text" optional="true" label="Sample" help="Apply variants of the given sample" />\n   </xml>\n   <token name="@SAMPLE@">\n #if $section.sample:\n@@ -407,7 +413,7 @@\n \n \n   <xml name="macro_include">\n-    <param name="include" type="text" label="Include" optional="True" help="(-i) select sites for which the expression is true">\n+    <param argument="--include" type="text" optional="true" label="Include" help="Select sites for which the expression is true">\n         <validator type="regex" message="Single quote not allowed">^[^\']*$</validator>\n         <sanitizer sanitize="False"/>\n     </param>\n@@ -419,7 +425,7 @@\n   </token>\n \n   <xml name="macro_exclude">\n-    <param name="exclude" type="text" label="Exclude" optional="True" help="(-e) exclude sites for which the expression is true">\n+    <param argument="--exclude" type="text" optional="true" label="Exclude" help="Exclude sites for which the expression is true">\n         <validator type="regex" message="Single quote not allowed">^[^\']*$</validator>\n         <sanitizer sanitize="False"/>\n     </param>\n@@ -431,8 +437,8 @@\n   </token>\n \n   <xml name="macro_columns">\n-    <param name="columns" type="text" value="" label="Columns" optional="true"\n-            help="list of columns in the annotation file, e.g. CHROM,POS,REF,ALT,-,INFO/TAG. See man page for details">\n+    <param name="columns" type="text" value="" optional="true" label="Columns"\n+            help="List of columns in the annotation file, e.g. CHROM,POS,REF,ALT,-,INFO/TAG. See man page for details">\n         <validator type="regex" message="COLUMN names  separated by commas">^([^,]+(,[^,]+)*)?$</validator>\n     </param>\n   </xml>\n'
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