| Previous changeset 1:7ed81e36fc1c (2011-12-12) Next changeset 3:528ba9c896e0 (2013-09-18) |
|
Commit message:
Uploaded v0.0.6, adds unit test |
|
modified:
tools/fastq/fastq_paired_unpaired.py tools/fastq/fastq_paired_unpaired.txt tools/fastq/fastq_paired_unpaired.xml |
|
added:
test-data/sanger-pairs-forward.fastq test-data/sanger-pairs-interleaved.fastq test-data/sanger-pairs-mixed.fastq test-data/sanger-pairs-reverse.fastq test-data/sanger-pairs-singles.fastq |
| b |
| diff -r 7ed81e36fc1c -r 95a632a71951 test-data/sanger-pairs-forward.fastq --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sanger-pairs-forward.fastq Tue Apr 30 14:08:37 2013 -0400 |
| b |
| b"@@ -0,0 +1,288 @@\n+@WTSI_1055_1a04.p1kpIBF bases 1 to 186\n+TTACCCGTCGGCGCCGAAAGAGCCGAAGGCTTTGTGACTGAGGCCGGACACTGTGCTGTTAAGCTGGACATTGCCCGACCTGTCGAGTGCGCCGCTCGCCGAAATTCGTTATCGCGTAAATTTATTTATTTATTTTTATTTTTTTAAATAAAAATGACGACTAATTTGTAAGGGCATAACAACAA\n++WTSI_1055_1a04.p1kpIBF bases 1 to 186\n+!,,,./644,,,-0377<:Q777<BB<<60,+.,+,.4.,))))//15>>550007:66>>==7@71/--0:<CDBB;;49/***/***22,/+)))11===798:3.,,1488?133??BKKMODFB?BDB7447B?:8--.E:F?B77?BKKC<<322B:..<41,46>>B<<::::5116..\n+@WTSI_1055_1a05.p1kpIBF bases 1 to 642\n+CGTGCCAGTTCTAAACTGGTCGTTCAGCGCCAACCGAAGTGCATACCCTGACGAGCATACACGCAGCTGAAGCGCTCCACAAGCAGCTCTCACCACTAGTCCACGCACCACCCCGCAAGGAGACGGCACGCAGCCACGGGCAAAAGCCGCCTGTTTCACACAACAGCCCGGCTGACCCGACCTTTAGAGCCAATTCTTTTCCCGAAGTTACGAATCTAATTTGCCGACTTCCCTTACCTACATTATTCTATCGACTAGAGGCTGTTCACCTTGGAGACCTGCTGCGGATATCGGTACGATCAGGCAGGAGATTCATATCGCTTCCCTCGCATTTTCAAGGGCCGTGTGGAGCGCACGAGACACCACAGGAACCGCGGTGCTTTACGGGCGCAACATCCCTATCTCAGGCTGAGCCACTTCCAGGCACGCACGCCCTAAACCAGAAAAGAGAACTCTGGCTCGGACTCCACACGACGTCTGCGAGTTCATTTGCGTTACCGCGCGAAACAGTTCTTGCGAACCGTCATTTCCCTGGCCTGGCGTGGGAATGTTAACCCACTTCCCTTTCGGCAACCGGATGGACAAACTGCGCAAGCACAGCAAAGTCTTCATCCGTAGTGTGTGACGGCATTAGCCGGTGC\n++WTSI_1055_1a05.p1kpIBF bases 1 to 642\n+!<>AIHHCCCCCCCCIIIINNNNNTTTYYYYYYYYYYTTTTIIIIHHNIIIFDKFDDINNNTTTNIIIIINTTTTTTTYYYYYYTNNNNNTTYNIIIIIINNYYYYYYYYYYYYYYYYYTNNNNNTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYTLLJJJNNTTTTYYYYYYYYYTNNJNJLLTYYYYTONJJJOOYYYYYYYYYYYYYTTTTLOJJJJOOYYYYYYYYYTTTTTTYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYLJJJJJTYYYTLLLTOTJJJJJKKOYYYYTJNJJJOOTOOIIIILKYYYYTINDDDEEOSYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTLTTTTTTTINIIIOYTKB888>>KMYYIIFIIITKYYYYKKKTOTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYKIDDDD>>444>BKLKIIGGDIOYYYYIYYYQIIII@@7507>43--/<<IAAIIII>559==A@IIB>>===KMQM??/33?BIIQQIIFCCFCCFIIICIHA?@F>:>:>>=3...08AIIIMIQQQQCCCCQC:>=:6:>:>>IICA>>>>IFCCC>:>AA>99>;>AACAA>>>::7;7AIII>>>:>>IAI>833688949>@C>:>A;98777=;>99::>4755057132+\n+@WTSI_1055_1a09.p1kpIBF bases 1 to 497\n+CGAGCTCGGTACCCGGGGATCCCACCGTTTGGAGGGTGAATTCGCGCTGGAAAAAGGTTTTCCATGCAAAAAATGGAACTTCTTCAGCGTCCAAAGCTTTAGTCAGCCAGCAAAGTGTTGGCATTTCATCGAATGGAAATGGTTCAATAAGTAGCGGCAGCCCCAACGTTTTTGAGAAGTTTTGTGGCGTTTTCTCTGAAGGGGTAAAGTCAGGCGAATTGCTGGAAAAGGTGCCATTGGGTGATTTGGAAGTTGTTCTGTTGATGAACCTTTCATGTTCTAGGCGTTTGTGAAGGAATTTGCTGACAATTTGCTCCGAATCCAAAAGGACGTTGAGCGCTGTGATCGGACCATCAAATTCTATTCCAAACGGGACAATTTGGATGCTCTCCAACGGATAATTTGCACTTACATTTATCGTCGGCTGAAGTTGGACATTGAGGACGGTTACGTGCAGGGAATGTGCGATTTGGTCGCTCCTCTTTTGGTGGTGTTT\n++WTSI_1055_1a09.p1kpIBF bases 1 to 497\n+!989>>CCCCCCIIYOICCCCOIYHHA8339>><@75.444N@IDHHHDDNTTYYYYYTTTIIIIINYYYYYTTTTTTTNNNHHHIHHIIIIOQIDKDDDFHIIITYYYYYYYTTTTTYYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYTTTTTTTNNNNNNTTTYYYYYYYTTTTYTYYYSSSYYYYYYYYYYYYYTNNNNNTYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYOOKJJNOTTYYYYYYYTTTTTTTTTTYYYYYYYYTTTTTTYYYYYYTTNNLLLLLLYYMOKKKOYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTTTTIIIIIITYYLIIIIIFFDDDFYYYYYYYTTTTTTYYYYYYQQMMMYYTTOKKKIIIIIIIKKNNNDDDNNNNTYTTOOKKKINNIIKQONN?N2::NHTQOKKKKFFFFFFMMIIIICBAAIII>>>>>>AAAB=?FBO>88+,+//><IIII<33/++/0<<4\n+@WTSI_1055_1a10.p1kpIBF bases 1 to 512\n+AACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGATTTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCCACGGCAAGAGACCAATCTGGTTTTGCAATGTAACATGCCAATTAATCATCAGCATTTTTCACATAAGTGATGGGATGACGGTTGGGGGGGGGGGAAATAAATGCATGTCGATCAGTGCATAGAAGCGAAAGAAATCGTAGAAATTTGCAGATGAAAATTTTGCAGTGGTAATTTGACCGTACCGAAAAGGAATGAGAGCTATTTACCTGTGGGAATGGGTGTAAAATGGAAACTAAATTGCGCGAGGGACAGTTTTGATTGGACGATATCTCCAGCGCAAAGGTCACATGACCAGCCGCTTGGAGATTGTTCGGGTAAGCGAGACAAAATACGAACAATCGGAGTTATTTGTACAACAACAACACATTGATTAAGTGATGGGAGAAAAAAAAAAGAAGGAATAATATGGCTTTGTGCATTTTTCTAAAGGTCTTAAAAATCAA\n++WTSI_1055_1a10.p1kpIBF bases 1 to 512\n+!.6<:::60.1441+21441++AAAAEHHHHHHHHHHDBB4+,+<<IDCCCCCCCCCHITIIDDDCOOQH@@//)))059><10''*45EHMOFEDCCCCCDIIINTTIINNNNTTTTTTYYYYTIIIDDDDDHHHHHNOKKKKMOOTINNNNNYYYYQPPPPKKKLOKMMMKIINIIIKIIIIIFKIIIITOYSSYYYYYTTTLOKKKKKYYYYYYKLMMOOMSSYSLOKKFBBBFKKKSSYYYSSMMSSYYYSSSSMSSSSSMYYYYMOKKKKSSYYSKKKKKKSYYYPSSSSMMFIIOJJSYYYSSSMLOLIIIIIIYYYLLTLOIIIFFFKKMYYYYYYYYYTTTTTOOKKIINNNNTYYYYYYOFFFFFFIOYYYYYYYYYYQQKKKKKMMTTTTYYYIIIFFFFFFFDMMQQYYKKKKKKMKKKQQYQOKKKMOYYYA;777;>CIIIH@>>CA=94++,69ICCCC@>>743323::@@BIMII"..b"ATCTTTCGCCACTTCCCGCCTCCCCCCCCCCTTTTGACCACCTGCCATTGTTGTCGTTGAGCAACCGAATTTGACTCTTCACCCGTCGACTGCTGGGCGTTCGCTGTTCCGCCATGAATTGGCGCCATTCTCTTTGGCCCTAAAAGTGAACCGGTTACCAACTACTAAAGTGTCCGATTCGCTCCCGAACCTGCCGAGTCTGGACAGAGGCCGGAATTTTTGGGAATGCCATCAATCCCGGAGCATTTTTGAAGCTGCTCTCGACATGAGTACCGGCTCCATTAAAATTATCCCCCTCCAAACCGACCACAATCACACGCCCCCACTCGTCCCTGCGCAACGTCGTCTCTTCGTCGTCCACCTCCGCCTCGTCCGTTCTCGCCCATTCCCTTTTCTCGTC\n++WTSI_1055_1f20.p1kpIBF bases 1 to 491\n+!89><<<536::6001:41--<A?>CCCFCDDDDIIIYQKKGGNNNDCCCCCDDDDDHTNIDDDDTTIDA>9449;>@DHHHHHINNNNHDEEFHHNNNIIIIIIYYTIIIIITYYYYTTTTNNTTTTTIIIIIIFF>>2...@NNNTTTTTYYYYYYYYYYTTTTTNNLTTNYYYTTNNNLLLTTTTTTTTTTTTTTTYYYYTTTTTTYTNNNNILLNNNNNNNTTTTTTTTTTTTTTTYYYTTLTTTTTTTTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTYYTTTTTTYYTTNNNNIIKYYKKTTTTYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYKKKKKKYYYYYTTTTTTYYYYIIIIBB=>7<<>>>CII??36-1(((()*+48ACIAA?4/)))'/***,++,539<>>>>>BD777777>>>>>>>>91/))01<::8=891,*117444,+,12777.,+44>440/0977-//-10++048:30---+\n+@WTSI_1055_1f21.p1kpIBF bases 1 to 456\n+TAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCCACCTGGAGCAAACTGGTTGTGTCGTGGTCAGGGTACCGCCATTCCGTGAGATATGGTAGGTAAATGCGACCGGGATTATCCACAACTTTGGACGGCCTAATTCGCATACATGGAGTCGGCTTCACATAGCAATAGGGGCCTACGTTGGGATGATTTTCCAGAAAGTAAATGGCTACGGGAATGTTGTACACAGCTCCCTTAAGCTTTATGTATTAAACAAACAAACAAAGACCATACAGCCCACCTTATACAAGATGGGAATGGTCCCCGAAAAGGAAAGGCAATATTTCGGCATTCCGTCAGGGAAAACAAAATTCACAACGTCGGGCTGAAGATCTATAAAATTGTTGAGCGCAGTGAGTAAATCATCCTTCGTACTATCCTC\n++WTSI_1055_1f21.p1kpIBF bases 1 to 456\n+!.348<<<<<4014:3.08::;<<ECCCIIIHCCBCCCDIYMMKKBNNNHDDDDDDDDDINYOIDDHHTTIDDAA<<<>BDDDDDDDDDIIHHHHIINNNIFDHHHIINIFFIINITTKFFIIIIIIIIIIIIIOOMMQQ8.))*25IHMQQQIIIIIIIIIITNNNNIIKYYYTTTTTTTTTTTTYNNIIIINNTTTTTNNIIITTTTTTTTNNNNTTYYYYYTTTTTTYYYTTTTTNTTTTTYYKKFFKKYYYYYYYYYTTTTTTTTTTTTYTTTTTTYTTTTTTTTLIFDDFJJJFFFIIJLOKFFMSSSYYYYYSSFB;??IIKKKKKKKKKLLKFFDDDDMDDDDB;789;AFNDBB;;BOMMMKKIDDDED@D@@8=@ENEBBBBBD;85//6?@@>77<@DFM?82228>D>>77273BB==97330/.--/8@75-,,/,,,0/53,\n+@WTSI_1055_1f22.p1kpIBF bases 1 to 370\n+CGACCAATGCTCGGTCCGTCACGTAGAGCAATCCGTTTGAGCGATCCACACGAAAATCTTAAGCGCAAAAAAGATTAATATTAATTATTTAACCATCTAATTATTTTAAAAATTTGCCGAAATAGTATCCGATCAAATCGGTTCTGACAATTTTACATTATCTGTTAGCCGTGCCAAAGTCTCTCTCTCACATTCGGTGGCAGCCGGTTGTCGTTGTCCAAGCACAAATTCTACGCTGCCATTATTGCCTTCGTCTCTGTCGCGTGCCAAAAAGCGTCCGATGGCGGTGCCAGCCGGCATATTGTCCAGTAGCCGAATGTGCGTGTCCTGGCGATCCCACAGGATCAGTGGCCGATTATCATTTTTGTC\n++WTSI_1055_1f22.p1kpIBF bases 1 to 370\n+!89A>887>>:>68>AHHIIDCCCCCDNNYYTTTTTTTYTTTTTTYYYYYYYYYYNNHHHDF=@=>9BQQYYYIIIIIITTTTTTTTTTTTTNTTNNNNNTTTTTTTTTTYYYYYYYYYYTTTTTTYTTYTTTYTNNNNLNNNNNNNTLLYTTTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTTTOOKKKOYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTTTLKKTTTTYYYYYYTNNNNNTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYKKMMTTTTTTTYOKIIIGKKYYYYYOIIIOAQ==<:77:<IIIABBBCDO>>988>?FKYYPFBB,,.8>FAA:6698<>>D>>::33:4>>66,,,<<Q93+-\n+@WTSI_1055_1g01.p1kpIBF bases 1 to 584\n+CAAATCCTACTGGCCGGACAAAAGAAGCGGCCAAACAACGTGCTCTTCACAAGACGATCACCACCAAAAACATTCACACATGCTCAACGAGACATTGCTTGCAGGATGGCAAGTGCAGGAAGCACTTTCCGGTGCATTAGTTTACACTGACTATGTAACCTATTGTTAATTCCCTGTAGAAACCGTTTGAGTACGACACTGTGTACTCTGAAAATGCCTACCCTCGCTACAAGCGCCGCCCACCTCCGCCTTCACTCCAAGAAGCCCAGCAGAGTCCGGAATTATACGGGCGCGAAATGCAATACAAGGACCAGCGTGGCAAACTAATTCGCAAGGACAACTCTCACGTCGTGGCTTTCAGTCCATTTCTGTCAAGCAAATATGTCGCTCAGTAAAATTAATACTTTTTGTGACAAAATTGCTAACTTTTTTGCAGCATTAACGTCGAGTTTGTCGCGGGAGAAGGATGTATAAAGTACTTATGCAAGTACATGATGAAAGGAGCGGACATGGCCTTTGTCCAAGTCACGGATGCCAACACGGGCCAAAGTGCGCTGAACTACGACGAACTGCAGCAAATTCG\n++WTSI_1055_1g01.p1kpIBF bases 1 to 584\n+!333;>HCDHHIIIYIIINTTYYYYTTTTTTYYYYYYNIIIIIININNTONB81+++04HQYTTTTTTTNIIINNTTNTTTTTTTTYYYTTTTTYTTTTTTYYYYYYYYYTTTTTTYYYYYTIIIIIITTTTTTTTTNNNNNNTNNTTTNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTYYTNNJJJJLYYYYYYYYYTTTTTTYTNNNNNNTYTTTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYTNNNNNNTTYYYTNNNNNTTTNNNNTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTNNNNNTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTNNNNNTYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYTKKKTNNIIINTYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTOIICBBOQQQQQQC;<88:>>>CIFOYYYYYYQQQQQQQQQCCQQQQHCBAA:AAAAIIA>;A>AAAIC>>AAAACA>>>>III>::>AAACCCIIIA:;==<IIIIIQQAA<:::IA==::8::CQIIIIAA>>CI92\n" |
| b |
| diff -r 7ed81e36fc1c -r 95a632a71951 test-data/sanger-pairs-interleaved.fastq --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sanger-pairs-interleaved.fastq Tue Apr 30 14:08:37 2013 -0400 |
| b |
| b"@@ -0,0 +1,576 @@\n+@WTSI_1055_1a04.p1kpIBF bases 1 to 186\n+TTACCCGTCGGCGCCGAAAGAGCCGAAGGCTTTGTGACTGAGGCCGGACACTGTGCTGTTAAGCTGGACATTGCCCGACCTGTCGAGTGCGCCGCTCGCCGAAATTCGTTATCGCGTAAATTTATTTATTTATTTTTATTTTTTTAAATAAAAATGACGACTAATTTGTAAGGGCATAACAACAA\n++WTSI_1055_1a04.p1kpIBF bases 1 to 186\n+!,,,./644,,,-0377<:Q777<BB<<60,+.,+,.4.,))))//15>>550007:66>>==7@71/--0:<CDBB;;49/***/***22,/+)))11===798:3.,,1488?133??BKKMODFB?BDB7447B?:8--.E:F?B77?BKKC<<322B:..<41,46>>B<<::::5116..\n+@WTSI_1055_1a04.q1kpIBR bases 1 to 359\n+TGATTACGCCAAGCTATTTAGGTGAGACTATAGAATACTCAAGCTTGCATGCCTGCAGGTCGACTCTAGAGGATCCCAGGGTACCCGACGTCCGATATCGCGAAAAATGATGTATCTAGATTTGTCAGGAAACGTCCCCGAGTCTGTTCGACAAACAAACGTTATTCCGAACTCCCAACAACAGTATTTGATTGTGTAAAAATCTCTTGGCCTGATTACTATACTTTAGACATTTTTAGTGCCTGTATTGGAGGTATTTTAGGAACTTTTGGAACGAGCTTTTATCGATTTAGGGAACTAAAAAACCGTTCCATATTCATTAGATGCTATTATTTAAAATCCGAGTCTGATTTGCGAT\n++WTSI_1055_1a04.q1kpIBR bases 1 to 359\n+!41>;D>AA>;;=;;>>AA@@CDDAA>>>ADINIIHHDD>::79:>>FIICCCHHHHCCCCCCCCCHHHHIEA>9..''))**,,++''+)**.,,,-,00..0B+..33010701+++-1B1.,??KMOYYQQQQ<<61,))01<:CAIIIIIYYYYTYTTTTYYYYYTTTTNNKKKKYYYYYYYYYYYYPMMOKTTTTYTTTTTYNINNINTNTIIIIIIIIINNYYYYYYYTTOLKKKIIIINNNOKKKKKFFKKYYYYYYYYYYSSMMMQMYYYYYTTTTLLPIDDDDDDFFFFFFMMKKLNIDFFKQQMMMMMMMMHHFF>A>>:779=5<488>>7745/00::300+++0-\n+@WTSI_1055_1a05.p1kpIBF bases 1 to 642\n+CGTGCCAGTTCTAAACTGGTCGTTCAGCGCCAACCGAAGTGCATACCCTGACGAGCATACACGCAGCTGAAGCGCTCCACAAGCAGCTCTCACCACTAGTCCACGCACCACCCCGCAAGGAGACGGCACGCAGCCACGGGCAAAAGCCGCCTGTTTCACACAACAGCCCGGCTGACCCGACCTTTAGAGCCAATTCTTTTCCCGAAGTTACGAATCTAATTTGCCGACTTCCCTTACCTACATTATTCTATCGACTAGAGGCTGTTCACCTTGGAGACCTGCTGCGGATATCGGTACGATCAGGCAGGAGATTCATATCGCTTCCCTCGCATTTTCAAGGGCCGTGTGGAGCGCACGAGACACCACAGGAACCGCGGTGCTTTACGGGCGCAACATCCCTATCTCAGGCTGAGCCACTTCCAGGCACGCACGCCCTAAACCAGAAAAGAGAACTCTGGCTCGGACTCCACACGACGTCTGCGAGTTCATTTGCGTTACCGCGCGAAACAGTTCTTGCGAACCGTCATTTCCCTGGCCTGGCGTGGGAATGTTAACCCACTTCCCTTTCGGCAACCGGATGGACAAACTGCGCAAGCACAGCAAAGTCTTCATCCGTAGTGTGTGACGGCATTAGCCGGTGC\n++WTSI_1055_1a05.p1kpIBF bases 1 to 642\n+!<>AIHHCCCCCCCCIIIINNNNNTTTYYYYYYYYYYTTTTIIIIHHNIIIFDKFDDINNNTTTNIIIIINTTTTTTTYYYYYYTNNNNNTTYNIIIIIINNYYYYYYYYYYYYYYYYYTNNNNNTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYTLLJJJNNTTTTYYYYYYYYYTNNJNJLLTYYYYTONJJJOOYYYYYYYYYYYYYTTTTLOJJJJOOYYYYYYYYYTTTTTTYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYLJJJJJTYYYTLLLTOTJJJJJKKOYYYYTJNJJJOOTOOIIIILKYYYYTINDDDEEOSYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTLTTTTTTTINIIIOYTKB888>>KMYYIIFIIITKYYYYKKKTOTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYKIDDDD>>444>BKLKIIGGDIOYYYYIYYYQIIII@@7507>43--/<<IAAIIII>559==A@IIB>>===KMQM??/33?BIIQQIIFCCFCCFIIICIHA?@F>:>:>>=3...08AIIIMIQQQQCCCCQC:>=:6:>:>>IICA>>>>IFCCC>:>AA>99>;>AACAA>>>::7;7AIII>>>:>>IAI>833688949>@C>:>A;98777=;>99::>4755057132+\n+@WTSI_1055_1a05.q1kpIBR bases 1 to 219\n+CTGTGTACAAAGGGCAGGGACGTATTCAGAGCGAGTTGATGACTCGCCCCTACAAGGAATTCCTCGTTCACGGACAATAATTGCAATGTCCGATCCCAATCACGGCAAATTTTCACCGGTTTACCAACCCCTTTCGGGGAAGGACAAGCACGCTGATTTTGCCAGTGTAGCGCGCGTGCAGCCCCGGACATCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGC\n++WTSI_1055_1a05.q1kpIBR bases 1 to 219\n+!>>>>>DDIFKOOTTTNDDDHHFTTOOKKKYYTTNNNIYYNNNNNNYTIIIIITIFNIDDKKKNNIIIFIITTTTNNNNNINIINGIKMYYYYYOTTTTTYKKLMMMYYYQOOAAAAIQ;7:<<<A>=AAQA>><<<>7::77::7>>IIIAAAA>:>A=>>5:88::=BIIIIIIIII>>7;9733999=8370---128999::14.,0,,0442+\n+@WTSI_1055_1a09.p1kpIBF bases 1 to 497\n+CGAGCTCGGTACCCGGGGATCCCACCGTTTGGAGGGTGAATTCGCGCTGGAAAAAGGTTTTCCATGCAAAAAATGGAACTTCTTCAGCGTCCAAAGCTTTAGTCAGCCAGCAAAGTGTTGGCATTTCATCGAATGGAAATGGTTCAATAAGTAGCGGCAGCCCCAACGTTTTTGAGAAGTTTTGTGGCGTTTTCTCTGAAGGGGTAAAGTCAGGCGAATTGCTGGAAAAGGTGCCATTGGGTGATTTGGAAGTTGTTCTGTTGATGAACCTTTCATGTTCTAGGCGTTTGTGAAGGAATTTGCTGACAATTTGCTCCGAATCCAAAAGGACGTTGAGCGCTGTGATCGGACCATCAAATTCTATTCCAAACGGGACAATTTGGATGCTCTCCAACGGATAATTTGCACTTACATTTATCGTCGGCTGAAGTTGGACATTGAGGACGGTTACGTGCAGGGAATGTGCGATTTGGTCGCTCCTCTTTTGGTGGTGTTT\n++WTSI_1055_1a09.p1kpIBF bases 1 to 497\n+!989>>CCCCCCIIYOICCCCOIYHHA8339>><@75.444N@IDHHHDDNTTYYYYYTTTIIIIINYYYYYTTTTTTTNNNHHHIHHIIIIOQIDKDDDFHIIITYYYYYYYTTTTTYYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYTTTTTTTNNNNNNTTTYYYYYYYTTTTYTYYYSSSYYYYYYYYYYYYYTNNNNNTYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYOOKJJNOTTYYYYYYYT"..b'IINNHDFKOOOKKMQMMPPYYYTTTTTTYTTTTNNNNNNKFCCQQYYMMFF<<79?A8335:<:6-2+++\n+@WTSI_1055_1f22.p1kpIBF bases 1 to 370\n+CGACCAATGCTCGGTCCGTCACGTAGAGCAATCCGTTTGAGCGATCCACACGAAAATCTTAAGCGCAAAAAAGATTAATATTAATTATTTAACCATCTAATTATTTTAAAAATTTGCCGAAATAGTATCCGATCAAATCGGTTCTGACAATTTTACATTATCTGTTAGCCGTGCCAAAGTCTCTCTCTCACATTCGGTGGCAGCCGGTTGTCGTTGTCCAAGCACAAATTCTACGCTGCCATTATTGCCTTCGTCTCTGTCGCGTGCCAAAAAGCGTCCGATGGCGGTGCCAGCCGGCATATTGTCCAGTAGCCGAATGTGCGTGTCCTGGCGATCCCACAGGATCAGTGGCCGATTATCATTTTTGTC\n++WTSI_1055_1f22.p1kpIBF bases 1 to 370\n+!89A>887>>:>68>AHHIIDCCCCCDNNYYTTTTTTTYTTTTTTYYYYYYYYYYNNHHHDF=@=>9BQQYYYIIIIIITTTTTTTTTTTTTNTTNNNNNTTTTTTTTTTYYYYYYYYYYTTTTTTYTTYTTTYTNNNNLNNNNNNNTLLYTTTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTTTOOKKKOYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTTTLKKTTTTYYYYYYTNNNNNTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYKKMMTTTTTTTYOKIIIGKKYYYYYOIIIOAQ==<:77:<IIIABBBCDO>>988>?FKYYPFBB,,.8>FAA:6698<>>D>>::33:4>>66,,,<<Q93+-\n+@WTSI_1055_1f22.q1kpIBR bases 1 to 496\n+CTATTTAGGTGAGACTATAGAATACTCAAGCTTGCATGCCTGCAGGTCGACTCTAGAGGATCCCGCATGAGGAATCGGAAGAGAATAATAACAAGAAAATGACAGATAAAAAGAGTGGAATTGAAGTAGAAGAGAAAAAGGGTAGAGTTGTAACAGAAGAGAAGAAAGTTTTAAATGAAGCGGAAGAAAAGAAGGACGAAGATCAGACGGAAGAGAAGAAAGAAAATGAAAAAGAAGTTAAAAGAAATAATGCGGAAGAGAAGAAGAAATTGGATGAAACTGAAGAGAAGCCGGATGAGGAAAGGGGAGAAAAGAAGAGCAGAGCTGAAGTGGAATTGGAAGAAACAACGAAGAAGAATAATGGACTTAAATATGTTTGGAAGCATCAAAATGAATCGGATGTAAAGAAGTACGAAAACATAATGGAAAGTATGGACGAAAAGAAAATGGAAGAGAAGGAGCTCGTGGACAATTACAGTAATATTTTGTTTGGAA\n++WTSI_1055_1f22.q1kpIBR bases 1 to 496\n+!399>>>>CHHHHBDDDEIIINNTIIFDA>AAAADDDDDDDDDHHHDDHDIIIIIINNNOOBB+++89DFIKKFFINNTTYYYTTTLLLKKKOOTTOLYLLOLTTTTTTTYYYYYYYYYYYYYTIIIDDDFFKOTYYYYYYYYYYYYYTTTLLJTTTYYYYYYYYYYYYTTTNJJLTTLLTTTTYYYYYYYYYTNNNNNTLLMKNNNNNNTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTLLKKKYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTNNNNJJLNNNNNNNNNTTTTTTNNNNNTYTNNNLNNNTTTTTNNLLTTTTTTTTYYYYYYYYYTTNLLLLLLNNNTLYYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTYYYYYYYTNNNNNTTTNNNILOOTINNNNNTTTTMYMMMYIIINFFIIIGINIIIIKLLTOKKKMGGDFFFGFFFFFFFFFNNNIN?CCMQ<<3<<D<<+,.66>>F=;>:5.\n+@WTSI_1055_1g01.p1kpIBF bases 1 to 584\n+CAAATCCTACTGGCCGGACAAAAGAAGCGGCCAAACAACGTGCTCTTCACAAGACGATCACCACCAAAAACATTCACACATGCTCAACGAGACATTGCTTGCAGGATGGCAAGTGCAGGAAGCACTTTCCGGTGCATTAGTTTACACTGACTATGTAACCTATTGTTAATTCCCTGTAGAAACCGTTTGAGTACGACACTGTGTACTCTGAAAATGCCTACCCTCGCTACAAGCGCCGCCCACCTCCGCCTTCACTCCAAGAAGCCCAGCAGAGTCCGGAATTATACGGGCGCGAAATGCAATACAAGGACCAGCGTGGCAAACTAATTCGCAAGGACAACTCTCACGTCGTGGCTTTCAGTCCATTTCTGTCAAGCAAATATGTCGCTCAGTAAAATTAATACTTTTTGTGACAAAATTGCTAACTTTTTTGCAGCATTAACGTCGAGTTTGTCGCGGGAGAAGGATGTATAAAGTACTTATGCAAGTACATGATGAAAGGAGCGGACATGGCCTTTGTCCAAGTCACGGATGCCAACACGGGCCAAAGTGCGCTGAACTACGACGAACTGCAGCAAATTCG\n++WTSI_1055_1g01.p1kpIBF bases 1 to 584\n+!333;>HCDHHIIIYIIINTTYYYYTTTTTTYYYYYYNIIIIIININNTONB81+++04HQYTTTTTTTNIIINNTTNTTTTTTTTYYYTTTTTYTTTTTTYYYYYYYYYTTTTTTYYYYYTIIIIIITTTTTTTTTNNNNNNTNNTTTNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTYYTNNJJJJLYYYYYYYYYTTTTTTYTNNNNNNTYTTTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYTNNNNNNTTYYYTNNNNNTTTNNNNTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTNNNNNTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTNNNNNTYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYTKKKTNNIIINTYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTOIICBBOQQQQQQC;<88:>>>CIFOYYYYYYQQQQQQQQQCCQQQQHCBAA:AAAAIIA>;A>AAAIC>>AAAACA>>>>III>::>AAACCCIIIA:;==<IIIIIQQAA<:::IA==::8::CQIIIIAA>>CI92\n+@WTSI_1055_1g01.q1kpIBR bases 1 to 350\n+TATGACTGATTACGCCAGCTATTTAGGTGAGACTATAGAATACTCACGCTAGCATGCCTGCAGGTCGACTCTAGAGGATCCCAGGATTGCTTTTTGGCTCGCATACTGCAGCCTGGGGAAGTAGTTGACGTTTTGAAGAATTGAGGGAAGTTGACGTGAAACGGCAACGCGGAGCAGGTCGGAAATCGCTTCGCTATCAGAGCCAAGCAACGAAATGGCGATTGCGCTTAAAAAACATTGGTTTGCTTAAAACATCAATGGTCTTCACCGGTAGAAGCAGTCGCCTAGACCAACGTTGTTGACGCAACGAATGGTGTTTTGCTGCTGGGCAGACGTGGGCGGAGTGCTA\n++WTSI_1055_1g01.q1kpIBR bases 1 to 350\n+!..+---77CBI>7---77>>>DACCCHHHIDDDDCCIHHAA84)))%%%))+,32>>HHHHCCCCCCCCCHIIIIINN<B.,,,+++2.22OBNDHHHHHIIDDDDIIYTNNNNNTTTIIIIIITTTTKKYYYYYYYYYYQOB84-,,.<>FIIIIINNNIIIKKMSSSIIIIIIIIIIIILTOOIIIIIFLLLLLLYYSKKLKKKPMSSYSYSSMSS?KKKKFFFIIFKKKKKKKKSMMMSKKIDDDKKKFDDFFFBBDD=DDMMMKDDDDDDKKFFCCKKKKKFFFKKKKFMMMMMKKKKKKKK734:4B<??B@DC=<871<1314/--,,+++++.-5:97--,\n' |
| b |
| diff -r 7ed81e36fc1c -r 95a632a71951 test-data/sanger-pairs-mixed.fastq --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sanger-pairs-mixed.fastq Tue Apr 30 14:08:37 2013 -0400 |
| b |
| b"@@ -0,0 +1,800 @@\n+@WTSI_1055_1a03.p1kpIBF bases 1 to 312\n+TTGTTGAACAGCAAAAAGGTCAAGAATATGGATGTTCTCGCCATGATTTTTGTGCCATAGGCGCGCATTCACAAGGTCCATCAGTCGNTCAGCCTGCCGCAACACCACCACCAGCCGCAGCAACAACAACAGCACCAGCAGCAGCTGATCCAATCGCATGTGCCACAGAATAACACCCAAAATCAATTAGCGACGGCCGCCCTCCAGCCGGTTCAGCAGCAGAAACAGCACGAAAAATGGGATCCGATCAAAGAATTTGGGCTGCAAAAGGACGAAATGGCGTTGAAGTCACCGCCCAGCAATGTTTGTGT\n++WTSI_1055_1a03.p1kpIBF bases 1 to 312\n+!96CBHOOTTTYYYQMK???OOTYTTTNNNYYYYNIIIFFIIIIIIIYOOOMAA62.((((*,9@MIIIIO?A3007OOOMMII::%%%::AEHIIIQYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTOOKKKKKYMMYYYKIINNNTYYNIIIINYYYYTOLKKKOOKKKKOLTTYYYYSSSSYYYYSSSSSSMMSOOTLLLONIDDDNOTTYQQMMMMPBB9>BDOOTTQMMMMQMMMQQE:666QQYYPMMDDDADDM@B<FDBBDKKKKKKKKIGKINIFFFKDGGIDB?2/\n+@WTSI_1055_1a04.p1kpIBF bases 1 to 186\n+TTACCCGTCGGCGCCGAAAGAGCCGAAGGCTTTGTGACTGAGGCCGGACACTGTGCTGTTAAGCTGGACATTGCCCGACCTGTCGAGTGCGCCGCTCGCCGAAATTCGTTATCGCGTAAATTTATTTATTTATTTTTATTTTTTTAAATAAAAATGACGACTAATTTGTAAGGGCATAACAACAA\n++WTSI_1055_1a04.p1kpIBF bases 1 to 186\n+!,,,./644,,,-0377<:Q777<BB<<60,+.,+,.4.,))))//15>>550007:66>>==7@71/--0:<CDBB;;49/***/***22,/+)))11===798:3.,,1488?133??BKKMODFB?BDB7447B?:8--.E:F?B77?BKKC<<322B:..<41,46>>B<<::::5116..\n+@WTSI_1055_1a04.q1kpIBR bases 1 to 359\n+TGATTACGCCAAGCTATTTAGGTGAGACTATAGAATACTCAAGCTTGCATGCCTGCAGGTCGACTCTAGAGGATCCCAGGGTACCCGACGTCCGATATCGCGAAAAATGATGTATCTAGATTTGTCAGGAAACGTCCCCGAGTCTGTTCGACAAACAAACGTTATTCCGAACTCCCAACAACAGTATTTGATTGTGTAAAAATCTCTTGGCCTGATTACTATACTTTAGACATTTTTAGTGCCTGTATTGGAGGTATTTTAGGAACTTTTGGAACGAGCTTTTATCGATTTAGGGAACTAAAAAACCGTTCCATATTCATTAGATGCTATTATTTAAAATCCGAGTCTGATTTGCGAT\n++WTSI_1055_1a04.q1kpIBR bases 1 to 359\n+!41>;D>AA>;;=;;>>AA@@CDDAA>>>ADINIIHHDD>::79:>>FIICCCHHHHCCCCCCCCCHHHHIEA>9..''))**,,++''+)**.,,,-,00..0B+..33010701+++-1B1.,??KMOYYQQQQ<<61,))01<:CAIIIIIYYYYTYTTTTYYYYYTTTTNNKKKKYYYYYYYYYYYYPMMOKTTTTYTTTTTYNINNINTNTIIIIIIIIINNYYYYYYYTTOLKKKIIIINNNOKKKKKFFKKYYYYYYYYYYSSMMMQMYYYYYTTTTLLPIDDDDDDFFFFFFMMKKLNIDFFKQQMMMMMMMMHHFF>A>>:779=5<488>>7745/00::300+++0-\n+@WTSI_1055_1a05.p1kpIBF bases 1 to 642\n+CGTGCCAGTTCTAAACTGGTCGTTCAGCGCCAACCGAAGTGCATACCCTGACGAGCATACACGCAGCTGAAGCGCTCCACAAGCAGCTCTCACCACTAGTCCACGCACCACCCCGCAAGGAGACGGCACGCAGCCACGGGCAAAAGCCGCCTGTTTCACACAACAGCCCGGCTGACCCGACCTTTAGAGCCAATTCTTTTCCCGAAGTTACGAATCTAATTTGCCGACTTCCCTTACCTACATTATTCTATCGACTAGAGGCTGTTCACCTTGGAGACCTGCTGCGGATATCGGTACGATCAGGCAGGAGATTCATATCGCTTCCCTCGCATTTTCAAGGGCCGTGTGGAGCGCACGAGACACCACAGGAACCGCGGTGCTTTACGGGCGCAACATCCCTATCTCAGGCTGAGCCACTTCCAGGCACGCACGCCCTAAACCAGAAAAGAGAACTCTGGCTCGGACTCCACACGACGTCTGCGAGTTCATTTGCGTTACCGCGCGAAACAGTTCTTGCGAACCGTCATTTCCCTGGCCTGGCGTGGGAATGTTAACCCACTTCCCTTTCGGCAACCGGATGGACAAACTGCGCAAGCACAGCAAAGTCTTCATCCGTAGTGTGTGACGGCATTAGCCGGTGC\n++WTSI_1055_1a05.p1kpIBF bases 1 to 642\n+!<>AIHHCCCCCCCCIIIINNNNNTTTYYYYYYYYYYTTTTIIIIHHNIIIFDKFDDINNNTTTNIIIIINTTTTTTTYYYYYYTNNNNNTTYNIIIIIINNYYYYYYYYYYYYYYYYYTNNNNNTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYTLLJJJNNTTTTYYYYYYYYYTNNJNJLLTYYYYTONJJJOOYYYYYYYYYYYYYTTTTLOJJJJOOYYYYYYYYYTTTTTTYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYLJJJJJTYYYTLLLTOTJJJJJKKOYYYYTJNJJJOOTOOIIIILKYYYYTINDDDEEOSYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTLTTTTTTTINIIIOYTKB888>>KMYYIIFIIITKYYYYKKKTOTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYKIDDDD>>444>BKLKIIGGDIOYYYYIYYYQIIII@@7507>43--/<<IAAIIII>559==A@IIB>>===KMQM??/33?BIIQQIIFCCFCCFIIICIHA?@F>:>:>>=3...08AIIIMIQQQQCCCCQC:>=:6:>:>>IICA>>>>IFCCC>:>AA>99>;>AACAA>>>::7;7AIII>>>:>>IAI>833688949>@C>:>A;98777=;>99::>4755057132+\n+@WTSI_1055_1a05.q1kpIBR bases 1 to 219\n+CTGTGTACAAAGGGCAGGGACGTATTCAGAGCGAGTTGATGACTCGCCCCTACAAGGAATTCCTCGTTCACGGACAATAATTGCAATGTCCGATCCCAATCACGGCAAATTTTCACCGGTTTACCAACCCCTTTCGGGGAAGGACAAGCACGCTGATTTTGCCAGTGTAGCGCGCGTGCAGCCCCGGACATCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGC\n++WTSI_1055_1a05.q1kpIBR bases 1 to 219\n+!>>>>>DDIFKOOTTTNDDDHHFTTOOKKKYYTTNNNIYYNNNNNNYTIIIIITIFNIDDKKKNNIIIFIITTTTNNNNNINIINGIKMYYYYYOTTTTTYKKLMMMYYYQOOAAAAIQ;7:<<<A>=AAQA>><<<>7::77::7>>IIIAAAA>:>A=>>5:88::=BIIIIIIIII>>7;9733999=8370---128999::14.,0,,0442+\n+@WTSI_1055_1a07.p1kpIBF bases 1 to 574\n+AACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGATTTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCCACCGGTACGGAGGGAAATTTGATCAT"..b'GATGCTTCAACGAAAACTGATCAGGCGAACTGAAAGGGTGTAAAAAAGATAAAAGAAATTGTAAACGCAGCACATTGTCAAGCAAAGCAACCCAAAAAAATCGATTTTGAGTATAGTCAAAAAGGGTTACCCGTCAATGATGATCTGTTGCTGTTTGTTTGATACTCCTCCTTTCAATTTGCGATTGTTGTTGTTGCAATTGGCACGCGAA\n++WTSI_1055_1f24.q1kpIBR bases 86 to 670\n+!88BHIQQQYYYITTTTIIINNIIIIKKKYYYYIIIIFFYOMTTTYYIIIIAA99//.1<BKKOOTYYYYTTTTNNTTINNNTTYTTNNNIIITTYTTTTTTTTYYYYYIIIIIOYYYYYYYYYYYTTTTTTNNNNTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTOTLLYYYYYYYYYTTTTTTTTTTTTTTTTYYYYYYYYYYTTTTTTYYTNNNNNTYYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYOKKKOOYYYYKK???KQMMMPPPPQMMKKKMPYYYKKKKKKKKKKMMYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYQQQQQI51)%%)4<QQQQQQYYYYTTKTTTTTTTYYYYYYYNNNNNNYYYKKKKGGNNNNYYYYYYYYYYYQMMMMQOKKGIIKKKKYQYYYYYYYYTOOLKKIIIIIOYQQQQQQBA>:;AABAACCCIIIOIIBBIIIII:77<><AAIIIOQQIE=>>>CA>AAABBIIIIIII:00882389667>BAAA?A>77:<844>A?;4++0966.+4492000--4922./..++\n+@WTSI_1055_1g01.p1kpIBF bases 1 to 584\n+CAAATCCTACTGGCCGGACAAAAGAAGCGGCCAAACAACGTGCTCTTCACAAGACGATCACCACCAAAAACATTCACACATGCTCAACGAGACATTGCTTGCAGGATGGCAAGTGCAGGAAGCACTTTCCGGTGCATTAGTTTACACTGACTATGTAACCTATTGTTAATTCCCTGTAGAAACCGTTTGAGTACGACACTGTGTACTCTGAAAATGCCTACCCTCGCTACAAGCGCCGCCCACCTCCGCCTTCACTCCAAGAAGCCCAGCAGAGTCCGGAATTATACGGGCGCGAAATGCAATACAAGGACCAGCGTGGCAAACTAATTCGCAAGGACAACTCTCACGTCGTGGCTTTCAGTCCATTTCTGTCAAGCAAATATGTCGCTCAGTAAAATTAATACTTTTTGTGACAAAATTGCTAACTTTTTTGCAGCATTAACGTCGAGTTTGTCGCGGGAGAAGGATGTATAAAGTACTTATGCAAGTACATGATGAAAGGAGCGGACATGGCCTTTGTCCAAGTCACGGATGCCAACACGGGCCAAAGTGCGCTGAACTACGACGAACTGCAGCAAATTCG\n++WTSI_1055_1g01.p1kpIBF bases 1 to 584\n+!333;>HCDHHIIIYIIINTTYYYYTTTTTTYYYYYYNIIIIIININNTONB81+++04HQYTTTTTTTNIIINNTTNTTTTTTTTYYYTTTTTYTTTTTTYYYYYYYYYTTTTTTYYYYYTIIIIIITTTTTTTTTNNNNNNTNNTTTNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTYYTNNJJJJLYYYYYYYYYTTTTTTYTNNNNNNTYTTTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYTNNNNNNTTYYYTNNNNNTTTNNNNTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTNNNNNTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTNNNNNTYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYTKKKTNNIIINTYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTOIICBBOQQQQQQC;<88:>>>CIFOYYYYYYQQQQQQQQQCCQQQQHCBAA:AAAAIIA>;A>AAAIC>>AAAACA>>>>III>::>AAACCCIIIA:;==<IIIIIQQAA<:::IA==::8::CQIIIIAA>>CI92\n+@WTSI_1055_1g01.q1kpIBR bases 1 to 350\n+TATGACTGATTACGCCAGCTATTTAGGTGAGACTATAGAATACTCACGCTAGCATGCCTGCAGGTCGACTCTAGAGGATCCCAGGATTGCTTTTTGGCTCGCATACTGCAGCCTGGGGAAGTAGTTGACGTTTTGAAGAATTGAGGGAAGTTGACGTGAAACGGCAACGCGGAGCAGGTCGGAAATCGCTTCGCTATCAGAGCCAAGCAACGAAATGGCGATTGCGCTTAAAAAACATTGGTTTGCTTAAAACATCAATGGTCTTCACCGGTAGAAGCAGTCGCCTAGACCAACGTTGTTGACGCAACGAATGGTGTTTTGCTGCTGGGCAGACGTGGGCGGAGTGCTA\n++WTSI_1055_1g01.q1kpIBR bases 1 to 350\n+!..+---77CBI>7---77>>>DACCCHHHIDDDDCCIHHAA84)))%%%))+,32>>HHHHCCCCCCCCCHIIIIINN<B.,,,+++2.22OBNDHHHHHIIDDDDIIYTNNNNNTTTIIIIIITTTTKKYYYYYYYYYYQOB84-,,.<>FIIIIINNNIIIKKMSSSIIIIIIIIIIIILTOOIIIIIFLLLLLLYYSKKLKKKPMSSYSYSSMSS?KKKKFFFIIFKKKKKKKKSMMMSKKIDDDKKKFDDFFFBBDD=DDMMMKDDDDDDKKFFCCKKKKKFFFKKKKFMMMMMKKKKKKKK734:4B<??B@DC=<871<1314/--,,+++++.-5:97--,\n+@WTSI_1055_1g02.p1kpIBF bases 1 to 523\n+AACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCCACGACAAATTCACGGAAGCGTCTCGCACTTTGTGCCGAGGACTGCTGCACAAGGAGCCCACTCTGAGGTTGGGCTGTCGCCGGGTCGGCCGGCCTGAGGACGGCGCGGAAGAGCTGAAGGCACACGCGTTCTTCACACAACCGGACCAGAAGACAGGCAGGGAGCCAATTCCGTGGAGGAAGATGGAGGCCGGCAAGGTGGACGACATTCCCTTCTGAACTGCTAGAGAGGACTTGTAGGAATTCCGTCCTTCAGCTGACACCTCCATTTTGTCCGGACCCCCATTCGGTGTATGCCAAAGATGTGCTGGACATCGAGCAGTTCAGCACTGTCAAGGGAGTTCGTCCGCTTCCACCAAACTTTTCCTACCTGCTGAACCATTAGGTTCGACTTGACGCGACTGACAACTCCTTCTACGACAAGTTCAACAGCGGGTCCGTGTCCATACCTTGGC\n++WTSI_1055_1g02.p1kpIBF bases 1 to 523\n+!08<=AAA:28::87;<::>ACECEIIIIIIIIIIINIKBB>C>QQYNHHHHDDHDHIITIDCCCCOONNNNGDFDDINMINNNNNIHHHHHIINNIIINNNNTYTIIIIDDIIIIYYYTTTTTTYIIIDDDGGITYYSKKKIDNNNNTTNNNNNTYYYTLLLLLLLLLLLYYTYJJJJJNTTTTTTTTTTYYOLLLTTOOOTTTTTTTYNNNNNJJJLLLLLLYYYYYYYYYYSSYYONNNNNNLLTTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYTMMKKKYYYYYYYYYYYYYTTTTTOOLIILLLLTTLNLLLLLLYYYYYYTTTLLLTTTTTTTYYYYYYTTTTTTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYNIIIIITYYTTTLTTNIIFFFMYYYYYYYOOLKKOOTIFIFIINTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTNNNNNNNNTYYYYYYYYYYTTTNNNNNNNNTNIIFFFKYYOOOOOIIIA<:77:<<>>>>IOOIHHHDDEIQMMII<924595/4\n' |
| b |
| diff -r 7ed81e36fc1c -r 95a632a71951 test-data/sanger-pairs-reverse.fastq --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sanger-pairs-reverse.fastq Tue Apr 30 14:08:37 2013 -0400 |
| b |
| b"@@ -0,0 +1,288 @@\n+@WTSI_1055_1a04.q1kpIBR bases 1 to 359\n+TGATTACGCCAAGCTATTTAGGTGAGACTATAGAATACTCAAGCTTGCATGCCTGCAGGTCGACTCTAGAGGATCCCAGGGTACCCGACGTCCGATATCGCGAAAAATGATGTATCTAGATTTGTCAGGAAACGTCCCCGAGTCTGTTCGACAAACAAACGTTATTCCGAACTCCCAACAACAGTATTTGATTGTGTAAAAATCTCTTGGCCTGATTACTATACTTTAGACATTTTTAGTGCCTGTATTGGAGGTATTTTAGGAACTTTTGGAACGAGCTTTTATCGATTTAGGGAACTAAAAAACCGTTCCATATTCATTAGATGCTATTATTTAAAATCCGAGTCTGATTTGCGAT\n++WTSI_1055_1a04.q1kpIBR bases 1 to 359\n+!41>;D>AA>;;=;;>>AA@@CDDAA>>>ADINIIHHDD>::79:>>FIICCCHHHHCCCCCCCCCHHHHIEA>9..''))**,,++''+)**.,,,-,00..0B+..33010701+++-1B1.,??KMOYYQQQQ<<61,))01<:CAIIIIIYYYYTYTTTTYYYYYTTTTNNKKKKYYYYYYYYYYYYPMMOKTTTTYTTTTTYNINNINTNTIIIIIIIIINNYYYYYYYTTOLKKKIIIINNNOKKKKKFFKKYYYYYYYYYYSSMMMQMYYYYYTTTTLLPIDDDDDDFFFFFFMMKKLNIDFFKQQMMMMMMMMHHFF>A>>:779=5<488>>7745/00::300+++0-\n+@WTSI_1055_1a05.q1kpIBR bases 1 to 219\n+CTGTGTACAAAGGGCAGGGACGTATTCAGAGCGAGTTGATGACTCGCCCCTACAAGGAATTCCTCGTTCACGGACAATAATTGCAATGTCCGATCCCAATCACGGCAAATTTTCACCGGTTTACCAACCCCTTTCGGGGAAGGACAAGCACGCTGATTTTGCCAGTGTAGCGCGCGTGCAGCCCCGGACATCTAAGGGCATCACAGACCTGTTATTGC\n++WTSI_1055_1a05.q1kpIBR bases 1 to 219\n+!>>>>>DDIFKOOTTTNDDDHHFTTOOKKKYYTTNNNIYYNNNNNNYTIIIIITIFNIDDKKKNNIIIFIITTTTNNNNNINIINGIKMYYYYYOTTTTTYKKLMMMYYYQOOAAAAIQ;7:<<<A>=AAQA>><<<>7::77::7>>IIIAAAA>:>A=>>5:88::=BIIIIIIIII>>7;9733999=8370---128999::14.,0,,0442+\n+@WTSI_1055_1a09.q1kpIBR bases 1 to 558\n+TGAGACTATAGAATACTCAAGCTTGCATGCCTGCAGGTCGACTCTAGAGGATCCCACCCAAAAAAAGTTTAAAAATTCGGAATGCGCTGTTTTCTTGGGTAAATATAAAGTAGGGTCCGGATTTATATTGTCTAAAACGCGAATTGACTTAAAAGATTGACCAAAAAAAGCCTAAAGTCCAAACTCTAATCAATAGAATAAAATGTTGGCAGAAATTTACGTCATGCAAAGGGTGTGCCAAATGGTTGATTTTGTGATTTTGATTTAATACAGAGGGTGCGAGATCAACTGAAATTTTGAGTAAATGCCGAGAGACTTTTTGTTTTTCAATTGTAATTTGAAGTTGGCCCTCTCTCCCCCCGACCGACAGTGGTACTCGGATAATCAGCCGAACAAACAAATATTCGTAGTGTTAAACAGAAGGGAAAGATGTAAGGTAACATTGGATTAGTTTGATGATGAGGCACTGAATTAAGGACAACTTGGTTATTATTATACATCCATGTGATTGTGAAGATTAAAGATGTTCTGGGACCAGGATGCCTTTGGAGAGGTTT\n++WTSI_1055_1a09.q1kpIBR bases 1 to 558\n+!=>>>>>>>DIIIHHDHB99-//66@DIHHHHHHHHHDDCCCCCDHHIIDID@D>C=@KKYYYYKKTIIIIIIYNNIFFFIIMTIDDDDDHHHHDDKFFFIIDDHHHDDDHHHINNINIYYIIONNNINLNNNNNTYYYYYYYTNLLLLLLOOYYYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTTTTTTTNNLLLLLLTTNNNJJJNNTTTYYYMMLOOKYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTYYTTTTTTYYYYLTMTTTTNNNNLLTTTTTTTTTTLLTTTNNNJLLTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTTTTTTTTTTTYYTTTTTTYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTNNNNNNTONIIINNNNNNNKYYYIOINIIQMOOTNNNNNNNNNTTYYITIIIINNNNNIKKTTTTKTYYYYYYYYYYYYYLF@@@FBC>>=697038<<IIM88+++89I@QAI>::44--344;<><0056699:<9\n+@WTSI_1055_1a10.q1kpIBR bases 1 to 431\n+AAGCTATTTAGGTGAGACTATAGAATACTCAAGCTTGCATGCCTGCAGGTCGACTCTAGAGGATCCCACGTAAAAATCGAAAACATAGAAAAAGAAGCAAAGACCGACCGAACCGGTGGGAGAAAGGCTGAATGGGGCATGATTGGGGGAGGGGGGGAAGGTGACGAACCGAACGAATAAATGACAGGACGAGTTTCTCTTTTCTTCTTGGGTTTACATGTGTTGCGTGACCTTCTGAAATGGGCATTCAATGGATGATTGGGAGGGGGGGGGGGGAAGAAGGCCGACCACAGGTTGAATTTCGACTTTCTTCTAATTTTGCCCAACTTTCCCGATGGGGAAGGGCCTATGACCATTCGGTTTTGCAATGAAATCTGCCAATTAAACATCGTCCTTTTTCGTATCTGTGATGGTATGTCGATGGGGTGCG\n++WTSI_1055_1a10.q1kpIBR bases 1 to 431\n+!9;75;;>;>>ACCCC@CCAADNNNNNIIF>>4::>>FFFDDDHHHHHHHDHDDDHHHHINHIIDD>42-55DFIIIIILYYKIIFIIINNYYYYYYYYYLTINNITTYYYYLONIIIILYYYTIIFIFFIMMSSSYSKKLKKOOTTTYYYYYYYSSSYYYLJJJJJTYYYYYYYLTTTTLYYYTTTMOLYYYYYYLLLNLIJIIIILLLYYTTOLKJJKKKTYYYSGGLLLLNLLKKFMJSSSMPMSSMMMSSYYYYSSMKKKKJJMMPSSMB>,,+++>9DDKKKF@@888F=?DFSK==19/99OFB11,,.,,/,.<E99,,,/9:?FB:0//002613../--,,,,.,,,,,-/0910/+-,0..,++..4+;+++4-,,,4./,//66B?54-,,.,,,,48+++2++,,+,,:6=1859/.,\n+@WTSI_1055_1a11.q1kpIBR bases 1 to 301\n+CGAAGGAAAGGCGGCGGAGAAAGTTTCGTCGTTGGCGGAAAAGCCGATGAAACGCGGGGGACGAACGAAGTTTGTGTTTTTTTTAAAAATCTTTTCTCGACGGTTTCCAGGGAATTGGCCAAGTCCATGGACAAAACCAATGCCAACGGTCCTTCGTCCGCTGATTCATCGACTTCGTGTCCCGGGAGCGCGGAGTGCCGCGGCATCCGCCTCAACAGAAAGGGCGTCAGCCGTCGTCCAACCATCACAGCGCCGTTCCCAAAAGCCGTGCCCCCTCGCGCAGTCGTTCGCCTCCACGGT\n++WTSI_1055_1a11.q1kpIBR bases 1 to 301\n+!DDDDEIOTNNNNNTFDDHHHITINNNNNNNNNNNNIITYTTNNIILOYYTTTTTYQKDFFFFKOLLFIIIINTTTTYYYYHHAADHSYYYYYYYYYYYYOTTTTNTTTNITTTTTTNNNLJLLNJJKJNLJTTYY"..b'DDDDDDDDDITIIHDAA==8??FFDHHIIFYYYYYYYYYYYYYNNIIIINNTTTYTTTYTOOLYYYIIIILLYYYYKKYYYYYYYONNNNNTYYYYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTYYYYYYYYNTTTTLYYYYYYJLLJLLYYYYYYYTTTTNNTJNNTLLTTTTTJTTTTTTTTYYYYTTTTTTYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTTTOOYKKLIIIIIIYLMKKKOOTTTTTYYYTNIIIIITTTYYYYYYYYYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYTTTKKKNIIITTYYYYYIIGIGB@=@@FFNNIIKKKMHFFQIIFDDDDDKMKTIIIIOOKIIIIIOOMCBAAAAAQABEHIEIAA::0++1569>>>6///-\n+@WTSI_1055_1f20.q1kpIBR bases 1 to 451\n+AGCTATTTAGGTGAGACTATAGAATACTCAAGCTTGCATGCCTGCAGGTCGACTCTAGAGGATCCCACGAAATGTGTGTGATATTTTAATGAATAAACTTCTTTTTTAATATCATATTAATAATTATTGTATCGTTTTACAACTTTCTATTCATATACTTTTCATCATCATCCCATCCGGTATCACTGCTCCTCCTCCTGCGCCCACCGGCCATCAGTCACTTTCGTGTCATTCCGTCGACAGTGTGGTGGTGGTAGTCAAAATTTGTTGACGGAAAGCCTCCAAAAATTGTTGAAATTGGCCAGCCGTGAGGCCCATTGCCATCCGCGGGTGGCATTTGAACTGTCCGCCCCAGTTTGGTGCCATGGCGGACGCCGCATTCGTCGCGTTGCCAGCCGATCCTCAGCAAAGCCGCTTGGCCCACCGCCGGTGGGCATGTGCCGTTGTCGA\n++WTSI_1055_1f20.q1kpIBR bases 1 to 451\n+!;>>>>>>>>>DDCC@CCDDDFFIINNNGEA=>@FFFFFHHHHHHHHHDDHDDDDDHHIIDFDDFDEDDKFIIIIINNIFFNNNIIIIIIYNTTTIINIIIIIOHHDDDDNIIIIIIIHHHHHHHHGDFIIFFINHLLLLLNNNNLNNNNNJNNNLLLLNLNNNNNTTTTTNNNNNNYLNNNNLNJJLNTTTYYYTTTMLOYYTTTTTLYYTTTNJNTTTYYYYTTTTTTYYYYYYYSSSONNNNNTYYYYYTTTTTTTTTTYYYYYYYYYYYYLTTOOLFFIOOOOOOOOYTTTTTTTKTTTTYYTNIIIIIITTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYPPPPPQOIGGGNNIIIIT?<5..8A82,+-..140011199>AAAA;;:<<A>>>@BAADDFDIKIIOIBBIIEII>:338:<II@B77/6-20;;IOA@;;91,\n+@WTSI_1055_1f21.q1kpIBR bases 1 to 336\n+GATTACGCCAAGCTATTTAGGTGAGACTATAGAATACTCAAGCTTGCATGCCTGCAGGTCGACTCTAGAGGATCCCAACAAGGATGCGTCTGCTTGTATAACCGGTAATCAAAAATGTGCAAATAATAAAATTGAGTGCATTTACAGGGAAACCGATCGTTGCTGGCGGTATTCATGGACGTGTTTCGGCCACGGGCCGTGGAATTTGGAAAGGGTTGGCGGTCTTCGTCAACGACAAGAACTACATGAGCAAATTGGGACTGACGACTGGATTTAAGGGGAAAACGTTCATCGTCCAAGGATTCGGTTTGTTTAGGGGAAAGGCATTGAAGGGG\n++WTSI_1055_1f21.q1kpIBR bases 1 to 336\n+!1>;CCCIFCCA>>>>A;>>ADDDDDDDDDDFIIINNNNNDDDDDDFFKIHHHHHHHHDDDDDDDDDDHFFINNKKPPPPOTNNNNIHHHDDDDDDHHHIIINIIIIITYYYYYYYYYYYTNNNNNTYYTTTTTTTTOLLIJJLLNTTYJNNNNNTTTTTNNNNNNYTTTTTNTLLKKYYOTTNNNNNNNTTYYSSPSSSSSSYYYOTOOOYYYYYYYYYTIIIIIITMOKIKNNNNIITNNOLKKMQKKOOTTYQQKKKKLKKKIINNHDFKOOOKKMQMMPPYYYTTTTTTYTTTTNNNNNNKFCCQQYYMMFF<<79?A8335:<:6-2+++\n+@WTSI_1055_1f22.q1kpIBR bases 1 to 496\n+CTATTTAGGTGAGACTATAGAATACTCAAGCTTGCATGCCTGCAGGTCGACTCTAGAGGATCCCGCATGAGGAATCGGAAGAGAATAATAACAAGAAAATGACAGATAAAAAGAGTGGAATTGAAGTAGAAGAGAAAAAGGGTAGAGTTGTAACAGAAGAGAAGAAAGTTTTAAATGAAGCGGAAGAAAAGAAGGACGAAGATCAGACGGAAGAGAAGAAAGAAAATGAAAAAGAAGTTAAAAGAAATAATGCGGAAGAGAAGAAGAAATTGGATGAAACTGAAGAGAAGCCGGATGAGGAAAGGGGAGAAAAGAAGAGCAGAGCTGAAGTGGAATTGGAAGAAACAACGAAGAAGAATAATGGACTTAAATATGTTTGGAAGCATCAAAATGAATCGGATGTAAAGAAGTACGAAAACATAATGGAAAGTATGGACGAAAAGAAAATGGAAGAGAAGGAGCTCGTGGACAATTACAGTAATATTTTGTTTGGAA\n++WTSI_1055_1f22.q1kpIBR bases 1 to 496\n+!399>>>>CHHHHBDDDEIIINNTIIFDA>AAAADDDDDDDDDHHHDDHDIIIIIINNNOOBB+++89DFIKKFFINNTTYYYTTTLLLKKKOOTTOLYLLOLTTTTTTTYYYYYYYYYYYYYTIIIDDDFFKOTYYYYYYYYYYYYYTTTLLJTTTYYYYYYYYYYYYTTTNJJLTTLLTTTTYYYYYYYYYTNNNNNTLLMKNNNNNNTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTLLKKKYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTNNNNJJLNNNNNNNNNTTTTTTNNNNNTYTNNNLNNNTTTTTNNLLTTTTTTTTYYYYYYYYYTTNLLLLLLNNNTLYYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTYYYYYYYTNNNNNTTTNNNILOOTINNNNNTTTTMYMMMYIIINFFIIIGINIIIIKLLTOKKKMGGDFFFGFFFFFFFFFNNNIN?CCMQ<<3<<D<<+,.66>>F=;>:5.\n+@WTSI_1055_1g01.q1kpIBR bases 1 to 350\n+TATGACTGATTACGCCAGCTATTTAGGTGAGACTATAGAATACTCACGCTAGCATGCCTGCAGGTCGACTCTAGAGGATCCCAGGATTGCTTTTTGGCTCGCATACTGCAGCCTGGGGAAGTAGTTGACGTTTTGAAGAATTGAGGGAAGTTGACGTGAAACGGCAACGCGGAGCAGGTCGGAAATCGCTTCGCTATCAGAGCCAAGCAACGAAATGGCGATTGCGCTTAAAAAACATTGGTTTGCTTAAAACATCAATGGTCTTCACCGGTAGAAGCAGTCGCCTAGACCAACGTTGTTGACGCAACGAATGGTGTTTTGCTGCTGGGCAGACGTGGGCGGAGTGCTA\n++WTSI_1055_1g01.q1kpIBR bases 1 to 350\n+!..+---77CBI>7---77>>>DACCCHHHIDDDDCCIHHAA84)))%%%))+,32>>HHHHCCCCCCCCCHIIIIINN<B.,,,+++2.22OBNDHHHHHIIDDDDIIYTNNNNNTTTIIIIIITTTTKKYYYYYYYYYYQOB84-,,.<>FIIIIINNNIIIKKMSSSIIIIIIIIIIIILTOOIIIIIFLLLLLLYYSKKLKKKPMSSYSYSSMSS?KKKKFFFIIFKKKKKKKKSMMMSKKIDDDKKKFDDFFFBBDD=DDMMMKDDDDDDKKFFCCKKKKKFFFKKKKFMMMMMKKKKKKKK734:4B<??B@DC=<871<1314/--,,+++++.-5:97--,\n' |
| b |
| diff -r 7ed81e36fc1c -r 95a632a71951 test-data/sanger-pairs-singles.fastq --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sanger-pairs-singles.fastq Tue Apr 30 14:08:37 2013 -0400 |
| b |
| b"@@ -0,0 +1,224 @@\n+@WTSI_1055_1a03.p1kpIBF bases 1 to 312\n+TTGTTGAACAGCAAAAAGGTCAAGAATATGGATGTTCTCGCCATGATTTTTGTGCCATAGGCGCGCATTCACAAGGTCCATCAGTCGNTCAGCCTGCCGCAACACCACCACCAGCCGCAGCAACAACAACAGCACCAGCAGCAGCTGATCCAATCGCATGTGCCACAGAATAACACCCAAAATCAATTAGCGACGGCCGCCCTCCAGCCGGTTCAGCAGCAGAAACAGCACGAAAAATGGGATCCGATCAAAGAATTTGGGCTGCAAAAGGACGAAATGGCGTTGAAGTCACCGCCCAGCAATGTTTGTGT\n++WTSI_1055_1a03.p1kpIBF bases 1 to 312\n+!96CBHOOTTTYYYQMK???OOTYTTTNNNYYYYNIIIFFIIIIIIIYOOOMAA62.((((*,9@MIIIIO?A3007OOOMMII::%%%::AEHIIIQYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTOOKKKKKYMMYYYKIINNNTYYNIIIINYYYYTOLKKKOOKKKKOLTTYYYYSSSSYYYYSSSSSSMMSOOTLLLONIDDDNOTTYQQMMMMPBB9>BDOOTTQMMMMQMMMQQE:666QQYYPMMDDDADDM@B<FDBBDKKKKKKKKIGKINIFFFKDGGIDB?2/\n+@WTSI_1055_1a07.p1kpIBF bases 1 to 574\n+AACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGATTTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCCACCGGTACGGAGGGAAATTTGATCATCGCGGAAGTGCTCGTTTTGATTATCTTGGTGTATGGCGTCTGTGACCTTCTTTTTCGCTGGATGGGCATCGGGGCGTACGCCTGGGGTTCGCGCTCGAGCCCCAAAATCGCCCTCACTTTCGATGACGGGCCCAGCGAACACACCCGGTCCTTGCTCGAGCTGCTGCACCGCCATGGGGTAAAAGCTACCTTTTTTGTCACCGGCGTTCAGGCCGAGCGGCACCCCGACTTGCTAGAAGCCCTGCGGGCCGATGGCCATCAGATCGAATCGCACGGCTACTGGCACCGCCAAGCGTTCTTCCTGTGGCCTTGGCAAGAAGCGCGGCACATCCAACGGGTTCCGGGCAAACTATACCGCCCCCCCTATGGAGCCCACTCCCCCTTCACCCGGCTTCTTGCCCGGCTCCACGGCAAAGTGGTGGCGCTATGTGACCTCGAGTCCAAGGACTGGACCGACCGACCTGCCGAAGAACTGGCCG\n++WTSI_1055_1a07.p1kpIBF bases 1 to 574\n+!>>>AAA:9.4441+35:88;;CHIIIIIIDDDCCCH>Q35-+*46?>CHHHHHHHHIIYOHHHHHTTYTHA72-35>:>DAKHHHQQTTNIIFIGNYNNNNIIIIIINTTYYFFFDDHIINTIIIIIITIIIIIIDDDDDDIIOTNTLIIIKLOYYYYYYYYTTTYYNNNNIIINNNNTIIINNLNIIINYYYYYYSSMMSYYTTMMKLLLNNTTTTTTTTLLKLLYTTJNLJLTYYYLLLLKLLTLLKKKLLTTTTTYYYYYYYTTTTTTTTOOKYLOTTTTYYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYTNNNNNTIFFFIFIIIIIOKKKYKKTOOKYYYYYYYTOOTIIOLKIINNNNNTYYYYYYYYYYYYYYYYYMTTTTTYTTTTIIOIIIQIIMIII:99>AAAIIBBIOOYYYYOKCCDAAFFFIOD@@>>>A<<926<QIQQQQMIIIIFDFFFDDFDDDAA===BGKKKKO943>>@B;BB?:?IMYYQB..+2,448:?88888<877:<>A810))*.12889600<<9411799>83,,,84337:<7227470..---.//+,\n+@WTSI_1055_1a08.p1kpIBF bases 1 to 397\n+TAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCCACCTCCGAGAGCACTCGTGACGAATTGATTCCCCTGCTAAGCATCGAATGCGTAAAGTTAGGGCGTGCTCGTCGGCTTTATGAGAAGGGATTTCGCACCGTCGGATCGATAGCGAAAGCGGAGCCTCGCCAACTCATCGAAGCGTTAGGGGGCAAATTGAGCTGTTGCCAGTGCAGGAGGATGATCAGCAGTGCAAAGGTCCCCGGGGGTTGAGTAAATGGTGCTTAAAGGCCCCGTTCCGGAGACGATAAATTTATTCACTTTCAATTAGAGGCTTCAGAAGCTCAAAATTGTTCGAGTTTTTGTTCAGGCGATTATCCGCGATC\n++WTSI_1055_1a08.p1kpIBF bases 1 to 397\n+!.006<=AA83059:85;<::>CCECIIIIIIIIFIIINIBB1160BBKFDHHHHIIIIIIYOHHHHHTOID?:.-+,*,+.,/5.,*+06:IAA99,,,66??:,++002:0--,,170/442//.44<?33/74323/+****+28;=BBDDB<9...9<:32231644460.1.9/5055@@OB@9552B0492//../1@;99///BBFF11.9444///<BF@=666;@<@66140,,.03;;>>???M::2448HHKKMMMMMPYYOLKKKKYYYYYYYQQMHFKHMKLLKOOYYQMMKFKOOTYTDDDDDDQKKKKKKP?B<FFOIIDIOO?633:?AHII=:77:>IQQ?C?BOOO>=695BBNN1-,88553</..8888,,,425.\n+@WTSI_1055_1a15.p1kpIBF bases 1 to 312\n+GACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGATTTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCCACGAAAATGTAATTTTTTTTCTTTTAATTTTGTCAACTTTTTTAGCAAAAGCATTGTATTTTAACTGTATATTGCGTTTTGGAGGCAGTCACTGGATTCAAGGGAGCAGACCAAGAAAAATTTTTACAAAGTTTCTAACCCTTTCAAGGTTTTGGACCAATTTCGTAACAAATTTCGCCAAAAAATGTGCATAATTTCTTTTACCACGCCTATCGGCATCAGTAAGTCGTCCCAGTAAAGCTAATA\n++WTSI_1055_1a15.p1kpIBF bases 1 to 312\n+!:AA<4+1441+38::4..A<<BHHHCIIIICHI></4++*=:I>AHHFHDHDHIITIDDDDDOOOOMM@=30++,89QQQQOIIIIDDHHHHYTNNNNHHHIIOIIIIFFYYYYYYYNIIIIIIIIIIHHCC>81**'''(*6:IMMOQOIIIFFFIIILNNTTTTYYYYYYTNNNNIIKKKYTTTIIIMKTKTYTIDDDDDDTTNNIKKIIIIOOYFFFFFDIINNADDIIIKKKOOTLIOONHDKDDKKFFAD>AADMMMYOOOOLKKDIIIMKE966<<KB?>B70////2:B1../004.,,,..,\n+@WTSI_1055_1a17.p1kpIBF bases 1 to 201\n+AGAATGCGGAACAGCTGACGCAAATACATGTAGTCAGGCGCCTCGTCAAAGCGCGACCCGCGGCAGTAGTTCAAGTACATGNAGAACTCAAAGGGGAAGCCCTTGCACAGCATTTCCACCGGTGTCGACATTTTCTTAAAATGTTCACAAAAATGAACTTTTAATCGTAAAAAGGAGACCAATTTCGGGAACTTGTATGT\n++WTSI_1055_1a17.p1kpIBF bases 1 to 201\n+!<CIIIIIIIITHHIHHHNNNTNNNNIIIIIIIIIIITYOIIIIIOMMQ=6+(%(((,.<<QQIFIIFFIIIIIIHEB::%%%45BB64****4IQQQQOOOOOOYYYYYYYYYYYYYYTTTNNNTMOYYYYOTNNNNTTYYTTTTTTYYYMYYYMMYYOOOKKKKKCC???<::B9=BB"..b'TTTGACCCGGGGTCACAAGTCACCATGGTGAAAAGTTCCGTGGTACAAGCTCTAAGCCCGCAGAAAATAAAGGAAGGGCTATTGGAAGTGAGCGGCTTCCACAGCGAAATACCGGTGAAGCTGGACGCCCCACAATATAAACTACAAGTTGCCTTGGCAGACGGCCGTTCGGAGAACCTTGTAGCATATCGGGCCGATTGGATAGTCAGATCCATCCGCAGAGCTGAATGGAGCACCGGGAAAGTGGAAGCAGTTGACGATGAGCCGGATTTGCTCATTGGAATGCCAGAG\n++WTSI_1055_1f17.p1kpIBF bases 1 to 436\n+!08<;=<:404::4.25:9<>>ECIIIIIIDDDDDHIINIMKKKNNNHDDDDDDDDDIIYNIDDDDTDCCCAA;97699;IIITTTTTTNNNNNIIIIIIIIIIITYYYYTTTNNNTTTYYYYYYYYYYYYTTNNNNOO@8@BEIIITTTYYYYNNNNNTNNNNNNNLLLLLLLLNTYTTTTTTTNNNNNTTTYNNNNNTYYYYTTTTTTYYYYYYYYYTNNNJNOYYYYYYYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTYTTOMKLYYYYTTTTTIINNNNTYYYYYYTNIFFIIIIYYYYYYYYYYYYYYOOOIINKKKQQYYTTTTTTYYYYYOIDDDDDFTKMKGGINKKINNYKKKKMMMKKKKKKMIHH>>==:?;BAAQ=963;<<<<::;33,4./,591,,\n+@WTSI_1055_1f23.p1kpIBF bases 1 to 383\n+AAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCCACCCCCTATCCCCGCAGAGGTCCATCCAGGAGTCCCAAGAGCACATGGAGAGCACTTTCAAGGCGTTGCGTCGTCAGCTGCCGGTGACGCGCTCCAAGCTGAACTGGCTGAACTTCCATTCCTTCCGCATCACTCAGCAGGAGATGAAGCAGCCGCCCTCGGCCGGCCAGCAACAACAGTCCCAGTGATGGAGCAGTCCAAGAAGAGGAAGCGAGCGAATTTGGAGCATCGCCCATTCATTTCAATTAATACCTTTCCGATTTGTGTACTTTCCCCGACATTTTCGCCATCCAATTATGGCAAGTGAAAGTTT\n++WTSI_1055_1f23.p1kpIBF bases 1 to 383\n+!34:<<<<<;289:87;<::>AACCEDIIIFDDHHHINNTYYYKKNNNIIIIHDDDDDIIYNDDDDDTTYYYFDDAAADFKYMIFFDDDDHDDFIFFIIDDHHHITTTYINNIIIKKKOMIHHDHHIYYYYLYINNNNNOKFFFDENNNNNHGGLLLNLNNNNNYNNNLNJTTTNNNJLINNNNTYYYYYYYYYYYYYYNNNNNNYYYTTTTTYTTTTTTYYYYNLIIIIIIIIIYYYYYTTTTTTYYYYYLIIIIIIILTYYYYTTOOKLYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYOOIFFIYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYKKIIIITOYYYQQOIEEAACC>>@=;>5>AAAAAAIB94\n+@WTSI_1055_1f24.q1kpIBR bases 86 to 670\n+TTGGCACGCAAAAGACGCAATTCTTCAGACGGATTTAAATTGGCAAGAATATCGAGCTAAATGGCAAATGTTTAAAATGGTAATCCCGGAGGAAGAAGACCACGGATTTTTTAACAAAAATGTAAATTTATTTCATGAATTTGTTGCAAAAACCAAAAGGTGCCAAAATATTGATTTACGAAAAGCGCTAACTTCTTCAGCCAAATGCCCTCTTCAAACCCACTTGATCAATCGTTGCACTCAGTGCTTTTTGATCGCCATTTTCTCCACGTCAGATTTAACCAGTCAATTTTGTCATTGGCTTCCTTTCAATGCGGTTGCTGCTTCAAAATCATCTCTTCCATTAAATTCGGGTAACGAGCCCAATGTTCTTGATGCTTCAACGAAAACTGATCAGGCGAACTGAAAGGGTGTAAAAAAGATAAAAGAAATTGTAAACGCAGCACATTGTCAAGCAAAGCAACCCAAAAAAATCGATTTTGAGTATAGTCAAAAAGGGTTACCCGTCAATGATGATCTGTTGCTGTTTGTTTGATACTCCTCCTTTCAATTTGCGATTGTTGTTGTTGCAATTGGCACGCGAA\n++WTSI_1055_1f24.q1kpIBR bases 86 to 670\n+!88BHIQQQYYYITTTTIIINNIIIIKKKYYYYIIIIFFYOMTTTYYIIIIAA99//.1<BKKOOTYYYYTTTTNNTTINNNTTYTTNNNIIITTYTTTTTTTTYYYYYIIIIIOYYYYYYYYYYYTTTTTTNNNNTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTTOTLLYYYYYYYYYTTTTTTTTTTTTTTTTYYYYYYYYYYTTTTTTYYTNNNNNTYYYYYYTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYOKKKOOYYYYKK???KQMMMPPPPQMMKKKMPYYYKKKKKKKKKKMMYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYQQQQQI51)%%)4<QQQQQQYYYYTTKTTTTTTTYYYYYYYNNNNNNYYYKKKKGGNNNNYYYYYYYYYYYQMMMMQOKKGIIKKKKYQYYYYYYYYTOOLKKIIIIIOYQQQQQQBA>:;AABAACCCIIIOIIBBIIIII:77<><AAIIIOQQIE=>>>CA>AAABBIIIIIII:00882389667>BAAA?A>77:<844>A?;4++0966.+4492000--4922./..++\n+@WTSI_1055_1g02.p1kpIBF bases 1 to 523\n+AACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCCACGACAAATTCACGGAAGCGTCTCGCACTTTGTGCCGAGGACTGCTGCACAAGGAGCCCACTCTGAGGTTGGGCTGTCGCCGGGTCGGCCGGCCTGAGGACGGCGCGGAAGAGCTGAAGGCACACGCGTTCTTCACACAACCGGACCAGAAGACAGGCAGGGAGCCAATTCCGTGGAGGAAGATGGAGGCCGGCAAGGTGGACGACATTCCCTTCTGAACTGCTAGAGAGGACTTGTAGGAATTCCGTCCTTCAGCTGACACCTCCATTTTGTCCGGACCCCCATTCGGTGTATGCCAAAGATGTGCTGGACATCGAGCAGTTCAGCACTGTCAAGGGAGTTCGTCCGCTTCCACCAAACTTTTCCTACCTGCTGAACCATTAGGTTCGACTTGACGCGACTGACAACTCCTTCTACGACAAGTTCAACAGCGGGTCCGTGTCCATACCTTGGC\n++WTSI_1055_1g02.p1kpIBF bases 1 to 523\n+!08<=AAA:28::87;<::>ACECEIIIIIIIIIIINIKBB>C>QQYNHHHHDDHDHIITIDCCCCOONNNNGDFDDINMINNNNNIHHHHHIINNIIINNNNTYTIIIIDDIIIIYYYTTTTTTYIIIDDDGGITYYSKKKIDNNNNTTNNNNNTYYYTLLLLLLLLLLLYYTYJJJJJNTTTTTTTTTTYYOLLLTTOOOTTTTTTTYNNNNNJJJLLLLLLYYYYYYYYYYSSYYONNNNNNLLTTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYTMMKKKYYYYYYYYYYYYYTTTTTOOLIILLLLTTLNLLLLLLYYYYYYTTTLLLTTTTTTTYYYYYYTTTTTTTTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYNIIIIITYYTTTLTTNIIFFFMYYYYYYYOOLKKOOTIFIFIINTTTTYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYYTNNNNNNNNTYYYYYYYYYYTTTNNNNNNNNTNIIFFFKYYOOOOOIIIA<:77:<<>>>>IOOIHHHDDEIQMMII<924595/4\n' |
| b |
| diff -r 7ed81e36fc1c -r 95a632a71951 tools/fastq/fastq_paired_unpaired.py --- a/tools/fastq/fastq_paired_unpaired.py Mon Dec 12 11:33:10 2011 -0500 +++ b/tools/fastq/fastq_paired_unpaired.py Tue Apr 30 14:08:37 2013 -0400 |
| [ |
| @@ -19,8 +19,8 @@ import re from galaxy_utils.sequence.fastq import fastqReader, fastqWriter -if "--version" in sys.argv[1:]: - print "Version 0.0.5" +if "-v" in sys.argv or "--version" in sys.argv: + print "Version 0.0.6" sys.exit(0) def stop_err(msg, err=1): |
| b |
| diff -r 7ed81e36fc1c -r 95a632a71951 tools/fastq/fastq_paired_unpaired.txt --- a/tools/fastq/fastq_paired_unpaired.txt Mon Dec 12 11:33:10 2011 -0500 +++ b/tools/fastq/fastq_paired_unpaired.txt Tue Apr 30 14:08:37 2013 -0400 |
| b |
| @@ -37,6 +37,8 @@ v0.0.3 - Galaxy XML wrappers added v0.0.4 - Use Galaxy library to handle FASTQ files (avoid Biopython dependency) v0.0.5 - Handle Illumina 1.8 style pair names +v0.0.6 - Record script version when run from Galaxy + - Added unit test (FASTQ file using Sanger naming) Developers @@ -46,10 +48,10 @@ currently being developed on the following hg branch: http://bitbucket.org/peterjc/galaxy-central/src/fasta_filter -For making the "Galaxy Tool Shed" http://community.g2.bx.psu.edu/ tarball use +For making the "Galaxy Tool Shed" http://toolshed.g2.bx.psu.edu/ tarball use the following command from the Galaxy root folder: -tar -czf fastq_paired_unpaired.tar.gz tools/fastq/fastq_paired_unpaired.* +$ tar -czf fastq_paired_unpaired.tar.gz tools/fastq/fastq_paired_unpaired.* test-data/sanger-pairs-*.fastq Check this worked: @@ -57,6 +59,11 @@ fastq/fastq_paired_unpaired.py fastq/fastq_paired_unpaired.txt fastq/fastq_paired_unpaired.xml +test-data/sanger-pairs-forward.fastq +test-data/sanger-pairs-interleaved.fastq +test-data/sanger-pairs-mixed.fastq +test-data/sanger-pairs-reverse.fastq +test-data/sanger-pairs-singles.fastq Licence (MIT/BSD style) |
| b |
| diff -r 7ed81e36fc1c -r 95a632a71951 tools/fastq/fastq_paired_unpaired.xml --- a/tools/fastq/fastq_paired_unpaired.xml Mon Dec 12 11:33:10 2011 -0500 +++ b/tools/fastq/fastq_paired_unpaired.xml Tue Apr 30 14:08:37 2013 -0400 |
| b |
| @@ -1,5 +1,6 @@ -<tool id="fastq_paired_unpaired" name="Divide FASTQ file into paired and unpaired reads" version="0.0.5"> +<tool id="fastq_paired_unpaired" name="Divide FASTQ file into paired and unpaired reads" version="0.0.6"> <description>using the read name suffices</description> + <version_command interpreter="python">fastq_paired_unpaired.py --version</version_command> <command interpreter="python"> fastq_paired_unpaired.py $input_fastq.extension $input_fastq #if $output_choice_cond.output_choice=="separate" @@ -9,6 +10,11 @@ #end if $output_singles </command> + <stdio> + <!-- Anything other than zero is an error --> + <exit_code range="1:" /> + <exit_code range=":-1" /> + </stdio> <inputs> <param name="input_fastq" type="data" format="fastq" label="FASTQ file to divide into paired and unpaired reads"/> <conditional name="output_choice_cond"> @@ -34,10 +40,20 @@ </data> </outputs> <tests> + <test> + <param name="input_fastq" value="sanger-pairs-mixed.fastq" ftype="fastq"/> + <param name="output_choice" value="separate"/> + <output name="output_singles" file="sanger-pairs-singles.fastq" ftype="fastq"/> + <output name="output_forward" file="sanger-pairs-forward.fastq" ftype="fastq"/> + <output name="output_reverse" file="sanger-pairs-reverse.fastq" ftype="fastq"/> + </test> + <test> + <param name="input_fastq" value="sanger-pairs-mixed.fastq" ftype="fastq"/> + <param name="output_choice" value="interleaved"/> + <output name="output_singles" file="sanger-pairs-singles.fastq" ftype="fastq"/> + <output name="output_paired" file="sanger-pairs-interleaved.fastq" ftype="fastq"/> + </test> </tests> - <requirements> - <requirement type="python-module">Bio</requirement> - </requirements> <help> **What it does** |