Repository 'srnapipe'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/brasset_jensen/srnapipe

Changeset 60:9645d995fb3c (2018-10-24)
Previous changeset 59:eeb89c3331ad (2018-10-23) Next changeset 61:9185ca0a7b43 (2019-01-16)
Commit message:
Fix for spaces in datasets names.
modified:
bin/align.pm
bin/html.pm
bin/ppp.pm
bin/sRNAPipe.pl
sRNAPipe.xml
b
diff -r eeb89c3331ad -r 9645d995fb3c bin/align.pm
--- a/bin/align.pm Tue Oct 23 11:02:17 2018 -0400
+++ b/bin/align.pm Wed Oct 24 07:40:20 2018 -0400
b
@@ -34,7 +34,7 @@
  my $to_index = shift;
  my $log = shift;
  my $index_log = $to_index.'_index.err';
- `bwa index $to_index 2> $index_log`;
+ `bwa index '$to_index' 2> '$index_log'`;
  print $log "Creating index for $to_index\n";
 }
 
@@ -412,9 +412,9 @@
  $view_err = $1.'_view.err';
  $sort_err = $1.'_sort.err';
  }
- `samtools view -Shb   --threads $number_of_cpus $sam 2> $view_err | samtools sort  -O BAM --threads $number_of_cpus  /dev/stdin 2> $sort_err  > $bam_sorted`;
- `bedtools genomecov -scale $scale -strand + -bga -ibam $bam_sorted > $bedgraphP`;
- `bedtools genomecov -scale $scale -strand - -bga -ibam $bam_sorted > $bedgraphM`;
+ `samtools view -Shb   --threads $number_of_cpus '$sam' 2> '$view_err' | samtools sort  -O BAM --threads $number_of_cpus  /dev/stdin 2> '$sort_err'  > '$bam_sorted'`;
+ `bedtools genomecov -scale $scale -strand + -bga -ibam '$bam_sorted' > '$bedgraphP'`;
+ `bedtools genomecov -scale $scale -strand - -bga -ibam '$bam_sorted' > '$bedgraphM'`;
 }
 
 sub sam_sorted_bam
@@ -428,7 +428,7 @@
  $sort_err = $1.'_sort.err';
 
  }
- `samtools view -Shb   --threads $number_of_cpus $sam 2> $view_err | samtools sort  -O BAM --threads $number_of_cpus  /dev/stdin  2> $sort_err  > $bam_sorted`;
+ `samtools view -Shb   --threads $number_of_cpus '$sam' 2> '$view_err' | samtools sort  -O BAM --threads $number_of_cpus  /dev/stdin  2> '$sort_err'  > '$bam_sorted'`;
 }
 
 sub BWA_call
@@ -436,8 +436,8 @@
  my ( $index, $fastq, $sam, $mismatches, $number_of_cpus, $report ) = @_;
  my ( $aln_err, $samse_err, $seq_num ) = ( $sam.'_aln.err', $sam.'_samse.err', 0 );
  print $report "-----------------------------\n";
- print $report "bwa aln -t $number_of_cpus -n $mismatches $index $fastq 2> $aln_err | bwa samse $index /dev/stdin $fastq 2> $samse_err > $sam\n";
- `bwa aln -t $number_of_cpus -n $mismatches $index $fastq 2> $aln_err | bwa samse $index /dev/stdin $fastq 2> $samse_err > $sam `;
+ print $report "bwa aln -t $number_of_cpus -n $mismatches '$index' '$fastq' 2> '$aln_err' | bwa samse $index /dev/stdin '$fastq' 2> '$samse_err' > '$sam'\n";
+ `bwa aln -t $number_of_cpus -n $mismatches '$index' '$fastq' 2> '$aln_err' | bwa samse $index /dev/stdin '$fastq' 2> '$samse_err' > '$sam' `;
 }
 
 sub rpms_rpkm
b
diff -r eeb89c3331ad -r 9645d995fb3c bin/html.pm
--- a/bin/html.pm Tue Oct 23 11:02:17 2018 -0400
+++ b/bin/html.pm Wed Oct 24 07:40:20 2018 -0400
[
b'@@ -10,25 +10,25 @@\n \r\n sub main_page\r\n {\r\n-\tmy ( $dir, $file, $list_mainTabP, $current, $ma, $ma_uni, $dir_root ) = @_;\r\n-\tmy ( $futHashP, $uniqueTabP, $randTabP, $pngTabP ) = get_genome ( $dir, $dir_root );\r\n+  my ( $dir, $file, $list_mainTabP, $current, $ma, $ma_uni, $dir_root ) = @_;\r\n+  my ( $futHashP, $uniqueTabP, $randTabP, $pngTabP ) = get_genome ( $dir, $dir_root );\r\n \r\n-\topen my $h, \'>\', $file || die "cannot create $file $!\\n";\r\n-\theader ( $h );\r\n-\tnavbar ( $h, $list_mainTabP, $current );\r\n-\tprint $h "<div class=\\"container\\"><p><a class=\\"btn\\" href=\\"$current-sub.html\\">View details &raquo;</a></p></div>\\n";\r\n-\tfuturette( $h, $current, $pngTabP, $futHashP );\r\n-\tprint  $h "<div class=\\"container\\"><h2>mappers #: $ma</h2><h2>unique mappers #: $ma_uni</h2> </div>\\n";\r\n-\tcarousel2( $h, $uniqueTabP, $randTabP, $dir_root );\r\n-\tfooter($h);\r\n-\tclose $h;\r\n+  open my $h, \'>\', $file || die "cannot create $file $!\\n";\r\n+  header ( $h );\r\n+  navbar ( $h, $list_mainTabP, $current );\r\n+  print $h "<div class=\\"container\\"><p><a class=\\"btn\\" href=\\"$current-sub.html\\">View details &raquo;</a></p></div>\\n";\r\n+  futurette( $h, $current, $pngTabP, $futHashP );\r\n+  print  $h "<div class=\\"container\\"><h2>mappers #: $ma</h2><h2>unique mappers #: $ma_uni</h2> </div>\\n";\r\n+  carousel2( $h, $uniqueTabP, $randTabP, $dir_root );\r\n+  footer($h);\r\n+  close $h;\r\n }\r\n \r\n sub menu_page\r\n {\r\n-\tmy ( $dir, $file, $list_mainTabP, $current, $min, $max, $simin, $simax, $pimin, $pimax, $dir_root ) = @_;\r\n+  my ( $dir, $file, $list_mainTabP, $current, $min, $max, $simin, $simax, $pimin, $pimax, $dir_root ) = @_;\r\n   my $html_ref = $1 if $dir =~ /$dir_root(.*)/;\r\n-\topen my $h, \'>\', $file || die "cannot create $file $!\\n";\r\n+  open my $h, \'>\', $file || die "cannot create $file $!\\n";\r\n   header($h);\r\n   navbar ( $h, $list_mainTabP, $current );\r\n   span( $h, $current, $min, $max, $simin, $simax, $pimin, $pimax );\r\n@@ -40,7 +40,7 @@\n \r\n sub details_pages\r\n {\r\n-\tmy ( $dir_details, $prefix, $list_mainTabP, $current, $misTE, $dir_root, $ppp ) = @_;\r\n+  my ( $dir_details, $prefix, $list_mainTabP, $current, $misTE, $dir_root, $ppp ) = @_;\r\n   my ($Hex, $HTE, $HG, $NonUniTE, $NonUniG, $UniG ) = get_subgroups( $dir_details, $current, $misTE, $dir_root );\r\n \r\n   my $html_ref = $1.\'-PPP.html\' if $prefix =~ /$dir_root(.*)/;\r\n@@ -49,9 +49,9 @@\n   navbar ( $h, $list_mainTabP, $current );\r\n   if ( $prefix =~ /piRNAs$/ && $ppp eq \'true\' )\r\n   {\r\n-  \tprint $h " <div class=\\"container\\">";\r\n-  \tprint $h " <p><a class=\\"btn\\" href=\\"$html_ref\\">Ping Pong Partners</a></p>\\n";\r\n-  \tprint $h "</div>";\r\n+    print $h " <div class=\\"container\\">";\r\n+    print $h " <p><a class=\\"btn\\" href=\\"$html_ref\\">Ping Pong Partners</a></p>\\n";\r\n+    print $h "</div>";\r\n   }\r\n   fut($h,\'Transposable elements\',$HTE);\r\n   carousel($h,$NonUniTE,$dir_root);\r\n@@ -76,14 +76,14 @@\n \r\n sub ppp_page\r\n {\r\n-\tmy ( $dir, $file, $list_mainTabP, $current, $ppp, $dir_root ) = @_;\r\n+  my ( $dir, $file, $list_mainTabP, $current, $ppp, $dir_root ) = @_;\r\n \r\n-\tmy $ppp_file = $ppp.\'ppp.txt\';\r\n-\topen my $h, \'>\', $file || die "cannot create $file $!\\n";\r\n-\theader($h);\r\n- \tnavbar ( $h, $list_mainTabP, $current );\r\n- \tprint $h \'<div class="container"> <table class="wb-tables table table-striped table-hover">\'."\\n";\r\n- \tprint $h \'<thead>\r\n+  my $ppp_file = $ppp.\'ppp.txt\';\r\n+  open my $h, \'>\', $file || die "cannot create $file $!\\n";\r\n+  header($h);\r\n+  navbar ( $h, $list_mainTabP, $current );\r\n+  print $h \'<div class="container"> <table class="wb-tables table table-striped table-hover">\'."\\n";\r\n+  print $h \'<thead>\r\n   <tr>\r\n     <th data-sortable="true">ID</th>\r\n     <th data-sortable="true">overlap sum</th>\r\n@@ -96,22 +96,22 @@\n   </thead>\r\n   <tbody>\';\r\n \r\n- \topen my $f, \'<\', $ppp_file || die "cannot open $ppp_file  $!\\n";\r\n- \twhile ( <$f> )\r\n- \t{\r\n- \t\tchomp;\r\n- \t\tprint $h \'<tr>\';\r\n- \t\tmy ( $id, $sum, $ten, $mean, $sd, $zscore, $prob) = split /\\t/, $_;\r\n- \t\tif( -d "$ppp/$id" ) \r\n- \t\t{\r\n- \t\t\tmy $sub_html = $ppp.'..b' mismatches (txt)"} = $f; }\r\n     elsif ( $f =~ /TEs_reads_counts_mismatches\\.txt$/) { $HTE{"read number per TE with 1 to $misTE mismatches (txt)"} = $f; }\r\n     elsif ( $f =~ /TEs_reads_counts_nomismatches\\.txt$/) { $HTE{\'read number per TE with no mismatch (txt)\'} = $f; }\r\n     elsif ( $f =~ /TEs_unique_sorted\\.bam$/) { $HTE{\'TEs unique mappers (sorted bam)\'} = $f; }\r\n     elsif ( $f =~ /TEs_sorted\\.bam$/) { $HTE{\'TEs mappers (sorted bam)\'} = $f; }\r\n-\t\telsif ( $fr =~ /.*Gviz_TEs/ )\r\n-\t\t{\r\n-\t\t\tmy $nu = $fr.\'/*\';\r\n-\t\t\t@NonUniTE =  glob $nu;\r\n-\t\t}\r\n-\t\telsif ( $fr =~ /.*Gviz_genome/ )\r\n-\t\t{\r\n-\t\t\tmy $nu = $fr.\'/rand/*\';\r\n-\t\t\t@NonUniG =  glob $nu;\r\n-\t\t\tmy $u = $fr.\'/unique/*\';\r\n-\t\t\t@UniG =  glob $u;\r\n-\t\t}\r\n+    elsif ( $fr =~ /.*Gviz_TEs/ )\r\n+    {\r\n+      my $nu = "\'$fr\'".\'/*\';\r\n+      @NonUniTE =  glob $nu;\r\n+    }\r\n+    elsif ( $fr =~ /.*Gviz_genome/ )\r\n+    {\r\n+      my $nu = "\'$fr\'".\'/rand/*\';\r\n+      @NonUniG =  glob $nu;\r\n+      my $u = "\'$fr\'".\'/unique/*\';\r\n+      @UniG =  glob $u;\r\n+    }\r\n     else { unlink $fr; }\r\n   }\r\n   return (\\%Hex, \\%HTE, \\%HG, \\@NonUniTE,  \\@NonUniG, \\@UniG);\r\n@@ -480,7 +479,7 @@\n sub navbar\r\n {\r\n   my ( $file, $fastq, $actif ) = @_;\r\n-  \r\n+\r\n   print $file "\r\n   <div class=\\"navbar navbar-inverse navbar-fixed-top\\">\r\n   <div class=\\"navbar-inner\\">\r\n@@ -526,7 +525,7 @@\n   <script type=\\"text/javascript\\" src=\\"js/jquery.js\\"></script>\r\n   <script type=\\"text/javascript\\" src=\\"js/jquery-1.3.2.js\\"></script>\r\n   <script type=\\"text/javascript\\" src=\\"js/jquery.galleriffic.js\\"></script>\r\n-  <script type=\\"text/javascript\\" src=\\"js/jquery.opacityrollover.js\\"></script>  \r\n+  <script type=\\"text/javascript\\" src=\\"js/jquery.opacityrollover.js\\"></script>\r\n   <script type=\\"text/javascript\\" src=\\"js/bootstrap-table.js\\"></script>\r\n   <script type=\\"text/javascript\\" src=\\"js/bootstrap.min.js\\"></script>\r\n   <script type=\\"text/javascript\\">\r\n@@ -613,7 +612,7 @@\n   ";\r\n   foreach my $u (@{$non_unique})\r\n   {\r\n-  \tmy $name = basename($u,\'.png\');\r\n+    my $name = basename($u,\'.png\');\r\n     $u = $1 if $u =~ /$dir_root(.*)/;\r\n     print $file "\r\n     <li>\r\n@@ -652,7 +651,7 @@\n \r\n   foreach my $u (@{$unique})\r\n   {\r\n-  \tmy $name = basename($u,\'.png\');\r\n+    my $name = basename($u,\'.png\');\r\n     $u = $1 if $u =~ /$dir_root(.*)/;\r\n     print $file "\r\n     <li>\r\n@@ -682,7 +681,7 @@\n \r\n   foreach my $nu (@{$non_unique})\r\n   {\r\n-  \tmy $name = basename($nu,\'.png\');\r\n+    my $name = basename($nu,\'.png\');\r\n     $nu = $1 if $nu =~ /$dir_root(.*)/;\r\n     print $file "\r\n         <li>\r\n@@ -750,7 +749,7 @@\n {\r\n   my ($dir, $name) = @_;\r\n   my (@out,@group);\r\n-  my $group = $dir.\'/\'.$name.\'-subgroups-bonafide_reads-transcripts-*distribution-*.png\';\r\n+  my $group = "\'$dir\'".\'/\'."\'$name\'".\'-subgroups-bonafide_reads-transcripts-*distribution-*.png\';\r\n   @group = glob $group;\r\n   foreach (my $g =0; $g <= $#group; $g++)\r\n   {\r\n@@ -767,7 +766,7 @@\n {\r\n   my ($dir, $name) = @_;\r\n   my (@out,@group);\r\n-  my $group = $dir.\'/\'.$name.\'-subgroups-bonafide_reads-TE-*distribution-*.png\';\r\n+  my $group = "\'$dir\'".\'/\'."\'$name\'".\'-subgroups-bonafide_reads-TE-*distribution-*.png\';\r\n   @group = glob $group;\r\n   foreach (my $g =0; $g <= $#group; $g++)\r\n   {\r\n@@ -784,9 +783,9 @@\n {\r\n   my ($dir,$name) = @_;\r\n   my (%distri,@group);\r\n-  my $group = $dir.\'/\'.$name.\'-subgroups-bonafide_reads-TE-PPPartners-*\';\r\n+  my $group = "\'$dir\'".\'/\'."\'$name\'".\'-subgroups-bonafide_reads-TE-PPPartners-*\';\r\n   @group = glob $group;\r\n-  \r\n+\r\n   foreach (my $g =0; $g <= $#group; $g++)\r\n   {\r\n     if ($group[$g] =~ /.*($name-subgroups-bonafide_reads-TE-PPPartners-.*)/ )\r\n@@ -831,7 +830,7 @@\n {\r\n   my ($h, $hash) = @_;\r\n   my $cmp = 0;\r\n-  \r\n+\r\n   print $h "<div class=\\"container\\">\\n";\r\n   print $h "<div class=\\"row text-center\\">";\r\n   while ( my ($k,$v) = each %{$hash} )\r\n@@ -851,7 +850,7 @@\n     ";\r\n     $cmp++;\r\n   }\r\n-  \r\n+\r\n   print $h "</div></div>";\r\n }\r\n \r\n@@ -880,7 +879,7 @@\n     ";\r\n     $cmp++;\r\n   }\r\n-  \r\n+\r\n   print $h "</div></div>";\r\n }\r\n \r\n'
b
diff -r eeb89c3331ad -r 9645d995fb3c bin/ppp.pm
--- a/bin/ppp.pm Tue Oct 23 11:02:17 2018 -0400
+++ b/bin/ppp.pm Wed Oct 24 07:40:20 2018 -0400
[
@@ -166,7 +166,7 @@
   }
   close $f;
 
-  open my $infile, "samtools view  $in_file |"|| die "cannot open input file $! \n";
+  open my $infile, "samtools view '$in_file' |"|| die "cannot open input file $! \n";
   while(<$infile>)
   {
     unless ($_ =~ /^\@[A-Za-z][A-Za-z](\t[A-Za-z][A-Za-z0-9]:[ -~]+)+$/ || $_ =~ /^\@CO\t.*/ )
b
diff -r eeb89c3331ad -r 9645d995fb3c bin/sRNAPipe.pl
--- a/bin/sRNAPipe.pl Tue Oct 23 11:02:17 2018 -0400
+++ b/bin/sRNAPipe.pl Wed Oct 24 07:40:20 2018 -0400
[
@@ -255,14 +255,14 @@
  #HTML Main Webpage
  my $index_page = $dir.$fastq_n[$child].'.html';
  main_page ( $gen_dir, $index_page, \@fastq_n, $fastq_n[$child], $ma, $ma_uni, $dir );
-  copy ($index_page, $html_out) if $child == 0;
+ copy ($index_page, $html_out) if $child == 0;
  #HTML Menu
  my $menu_page = $dir.$fastq_n[$child].'-sub.html';
  menu_page ( $group_dir, $menu_page, \@fastq_n, $fastq_n[$child], $min, $max, $si_min, $si_max, $pi_min, $pi_max, $dir );
- unlink glob "$group_dir*.sam"; unlink glob "$group_dir*.fastq";
+ unlink glob "'$group_dir'*.sam"; unlink glob "'$group_dir'*.fastq";
  $pm->finish(); # pass an exit code to finish
 }
 $pm->wait_all_children;
-unlink glob $dir."dataset_*symlink.fa*"; 
+unlink glob "'$dir'"."dataset_*symlink.fa*";
 print $report "Job done!\n";
 close $report;
b
diff -r eeb89c3331ad -r 9645d995fb3c sRNAPipe.xml
--- a/sRNAPipe.xml Tue Oct 23 11:02:17 2018 -0400
+++ b/sRNAPipe.xml Wed Oct 24 07:40:20 2018 -0400
[
@@ -1,39 +1,38 @@
 <tool id="sRNAPipe" name="sRNAPipe" version="1.0">
   <description>In-depth study of small RNA</description>
-  <command interpreter="perl">
-
-    ./bin/sRNAPipe.pl
+  <command><![CDATA[
+    perl '$__tool_directory__/bin/sRNAPipe.pl'
 
-    --fastq ${first_input}
-    --fastq_n ${first_input.name}
+    --fastq '${first_input}'
+    --fastq_n '${first_input.name}'
     #for $input_file in $input_files:
-    --fastq ${input_file.additional_input}
-    --fastq_n ${input_file.additional_input.name}
+    --fastq '${input_file.additional_input}'
+    --fastq_n '${input_file.additional_input.name}'
     #end for
 
     #if $Genome.refGenomeSource == "history":
-    --ref "${Genome.ownFile}"
+    --ref '${Genome.ownFile}'
     --build_index
     #else:
-    --ref "${Genome.indices.fields.path}"
+    --ref '${Genome.indices.fields.path}'
     #end if
 
     #if $tRNAs.refGenomeSource == "history":
-    --tRNAs "${tRNAs.ownFile}"
+    --tRNAs '${tRNAs.ownFile}'
     --build_tRNAs
     #elif $tRNAs.refGenomeSource == "none":
     --tRNAs "None"
     #else:
-    --tRNAs "${tRNAs.indices.fields.path}"
+    --tRNAs '${tRNAs.indices.fields.path}'
     #end if
 
     #if $snRNAs.refGenomeSource == "history":
-    --snRNAs "${snRNAs.ownFile}"
+    --snRNAs '${snRNAs.ownFile}'
     --build_snRNAs
     #elif $snRNAs.refGenomeSource == "none":
     --snRNAs "None"
     #else:
-    --snRNAs "${snRNAs.indices.fields.path}"
+    --snRNAs '${snRNAs.indices.fields.path}'
     #end if
 
     #if $rRNAs.refGenomeSource == "history":
@@ -42,28 +41,28 @@
     #elif $rRNAs.refGenomeSource == "none":
     --rRNAs "None"
     #else:
-    --rRNAs "${rRNAs.indices.fields.path}"
+    --rRNAs '${rRNAs.indices.fields.path}'
     #end if
 
     #if $miRNAs.refGenomeSource == "history":
-    --miRNAs "${miRNAs.ownFile}"
+    --miRNAs '${miRNAs.ownFile}'
     --build_miRNAs
     #else:
-    --miRNAs "${miRNAs.indices.fields.path}"
+    --miRNAs '${miRNAs.indices.fields.path}'
     #end if
 
     #if $transcripts.refGenomeSource == "history":
-    --transcripts "${transcripts.ownFile}"
+    --transcripts '${transcripts.ownFile}'
     --build_transcripts
     #else:
-    --transcripts "${transcripts.indices.fields.path}"
+    --transcripts '${transcripts.indices.fields.path}'
     #end if
 
     #if $TE.refGenomeSource == "history":
-    --TE "${TE.ownFile}"
+    --TE '${TE.ownFile}'
     --build_TE
     #else:
-    --TE "${TE.indices.fields.path}"
+    --TE '${TE.indices.fields.path}'
     #end if
 
     --si_min $si_min
@@ -78,6 +77,7 @@
     --dir $html_out.files_path
     --html $html_out
     --PPPon $PPPon
+    ]]>
   </command>
 
   <requirements>