Repository 'viennarna_rnalfold'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rnateam/viennarna_rnalfold

Changeset 4:97c16bcd4628 (2017-07-18)
Previous changeset 3:0ad74d3855ac (2017-07-12) Next changeset 5:0bf7b38022f9 (2017-09-28)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/rna_tools/vienna_rna commit 746497a64b955f6b9afc1944d1c1d8d877e53267
added:
test-data/rnaalifold_input1.fa
test-data/rnaalifold_input1.stk
test-data/rnaalifold_result_MEA.txt
test-data/rnaalifold_resultfa.txt
test-data/rnaalifold_resultstk.txt
b
diff -r 0ad74d3855ac -r 97c16bcd4628 test-data/rnaalifold_input1.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/rnaalifold_input1.fa Tue Jul 18 01:46:16 2017 -0400
b
@@ -0,0 +1,4 @@
+>Anolis_carolinensis_chrUn_GL34
+TGGGAATTAGCTCAAATGGTAGAGCGCTCGCTTAGCATGTGAGAGGTAGTGGGATCGATGCCCACATTCTCCA
+>Anolis_carolinensis_chrUn_GL35
+GGGGAATTAGCTCAAATGGTAGAGCGCTCGCTTAGCATGCGAGAGGTAGCGGGATTGATGCCCGCATTCTCCA
b
diff -r 0ad74d3855ac -r 97c16bcd4628 test-data/rnaalifold_input1.stk
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/rnaalifold_input1.stk Tue Jul 18 01:46:16 2017 -0400
b
@@ -0,0 +1,5 @@
+# STOCKHOLM 1.0
+#=GF SQ 2
+Anolis_carolinensis_chrUn_GL34 TGGGAATTAGCTCAAATGGTAGAGCGCTCGCTTAGCATGTGAGAGGTAGTGGGATCGATGCCCACATTCTCCA
+Anolis_carolinensis_chrUn_GL35 GGGGAATTAGCTCAAATGGTAGAGCGCTCGCTTAGCATGCGAGAGGTAGCGGGATTGATGCCCGCATTCTCCA
+//
b
diff -r 0ad74d3855ac -r 97c16bcd4628 test-data/rnaalifold_result_MEA.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/rnaalifold_result_MEA.txt Tue Jul 18 01:46:16 2017 -0400
[
@@ -0,0 +1,6 @@
+GGGGAAUUAGCUCAAAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGCGAGAGGUAGCGGGAUCGAUGCCCACAUUCUCCA
+(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). (-26.45 = -26.20 +  -0.25)
+(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). [-26.77]
+(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). {-26.45 = -26.20 +  -0.25 d=1.28}
+(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). {-26.45 = -26.20 +  -0.25 MEA=70.93}
+ frequency of mfe structure in ensemble 0.773705; ensemble diversity 2.40  
b
diff -r 0ad74d3855ac -r 97c16bcd4628 test-data/rnaalifold_resultfa.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/rnaalifold_resultfa.txt Tue Jul 18 01:46:16 2017 -0400
b
@@ -0,0 +1,2 @@
+GGGGAAUUAGCUCAAAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGCGAGAGGUAGCGGGAUCGAUGCCCACAUUCUCCA
+(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). (-26.45 = -26.20 +  -0.25)
b
diff -r 0ad74d3855ac -r 97c16bcd4628 test-data/rnaalifold_resultstk.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/rnaalifold_resultstk.txt Tue Jul 18 01:46:16 2017 -0400
b
@@ -0,0 +1,2 @@
+GGGGAAUUAGCUCAAAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGCGAGAGGUAGCGGGAUCGAUGCCCACAUUCUCCA
+(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). (-26.45 = -26.20 +  -0.25)