Repository 'primo_multiomics'
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Changeset 8:97e10319d86f (2015-03-23)
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Commit message:
supporting column indexes
modified:
TermMapperTool.jar
term_mapper.xml
b
diff -r ce9228263148 -r 97e10319d86f TermMapperTool.jar
b
Binary file TermMapperTool.jar has changed
b
diff -r ce9228263148 -r 97e10319d86f term_mapper.xml
--- a/term_mapper.xml Mon Mar 23 21:02:01 2015 +0100
+++ b/term_mapper.xml Mon Mar 23 22:11:39 2015 +0100
b
@@ -32,6 +32,7 @@
   #end if
 
  -mappedTermsColName $mappedTermsColName
+ -numberOfHeaderLines $numberOfHeaderLines
              
  </command>
 
@@ -57,6 +58,13 @@
   
    <!-- =================== cross-reference part ============== -->
    <param name="mappingFileName" type="data" format="tabular,csv" label="Lookup table (TSV/CSV)" help="Simple mapping file between the coding scheme used to another scheme"/>
+   <param name="numberOfHeaderLines" type="select" label="Number of header lines in mapping file"
+    help="If this is '0', use the column numbers starting from 1 as the 'names' in the paramters below.">
+      <option value="0" >0</option>
+      <option value="1" selected="true">1</option>
+     </param>
+
+
    <param name="mappingFileIdColName" type="text" size="50" value="" label="ID column name (in lookup table)" help="Name of the ID column for the lookup"/>
   
    <conditional name="mappingIdCol">
@@ -95,6 +103,10 @@
  </when>
  </conditional>
      
+     
+
+     
+     
  </inputs>
  <outputs>
  #if isinstance( $inputFileName.datatype, $__app__.datatypes_registry.get_datatype_by_extension('tabular').__class__):