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Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/fastp commit 2e41f5d3dd8201a5f8295ec30095c508250a8304 |
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added:
fastp.xml macros.xml test-data/R1.fq test-data/R1.fq.gz test-data/bwa-mem-fastq1.fq test-data/bwa-mem-fastq2.fq test-data/out1.fq test-data/out1.fq.gz test-data/out2.fq test-data/out3.fq test-data/out_a.fq test-data/out_bwa1.fq test-data/out_bwa2.fq test-data/out_bwa_umi_read1_1.fq test-data/out_bwa_umi_read1_2.fq test-data/out_bwa_umi_read2_1.fq test-data/out_bwa_umi_read2_2.fq |
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| diff -r 000000000000 -r 988729b728f0 fastp.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/fastp.xml Fri Mar 09 20:21:51 2018 -0500 |
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| b'@@ -0,0 +1,410 @@\n+<tool id="fastp" name="fastp" version="@WRAPPER_VERSION@.0">\n+ <description>- fast all-in-one preprocessing for FASTQ files</description>\n+ <macros>\n+ <import>macros.xml</import>\n+ </macros>\n+ <requirements>\n+ <requirement type="package" version="@WRAPPER_VERSION@">fastp</requirement>\n+ </requirements>\n+ <version_command>fastp --version | tail -n 1</version_command>\n+ <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[\n+\n+## Link input files\n+\n+#if $in1.is_of_type(\'fastq.gz\')\n+ #set ext = \'fastq.gz\'\n+#else\n+ #set ext = \'fastq\'\n+#end if\n+\n+ln -s \'$in1\' input1.$ext &&\n+\n+#if str($single_paired.single_paired_selector) == \'paired\':\n+ ln -s \'$in2\' input2.$ext &&\n+#end if\n+\n+\n+## Run fastp\n+\n+fastp\n+\n+#if $in1.is_of_type(\'fastqillumina\', \'fastqsolexa\', \'fastqillumina.gz\', \'fastqsolexa.gz\'):\n+ --phred64\n+#end if\n+\n+-i input1.$ext\n+-o first.$ext\n+\n+#if str($single_paired.single_paired_selector) == \'paired\':\n+ -I input2.$ext\n+ -O second.$ext\n+#end if\n+\n+## Adapter trimming options\n+\n+$single_paired.adapter_trimming_options.disable_adapter_trimming\n+\n+#if str($single_paired.adapter_trimming_options.adapter_sequence1):\n+ --adapter_sequence \'$single_paired.adapter_trimming_options.adapter_sequence1\'\n+#end if\n+\n+#if str($single_paired.single_paired_selector) == \'paired\':\n+ #if str($single_paired.adapter_trimming_options.adapter_sequence2):\n+ --adapter_sequence_r2 \'$single_paired.adapter_trimming_options.adapter_sequence2\'\n+ #end if\n+#end if\n+\n+\n+## Global trimming options\n+\n+#if str($single_paired.global_trimming_options.trim_front1):\n+ -f $single_paired.global_trimming_options.trim_front1\n+#end if\n+\n+#if str($single_paired.global_trimming_options.trim_tail1):\n+ -t $single_paired.global_trimming_options.trim_tail1\n+#end if\n+\n+#if str($single_paired.single_paired_selector) == \'paired\':\n+ #if str($single_paired.global_trimming_options.trim_front2):\n+ -F $single_paired.global_trimming_options.trim_front2\n+ #end if\n+ #if str($single_paired.global_trimming_options.trim_tail2):\n+ -T $single_paired.global_trimming_options.trim_tail2\n+ #end if\n+#end if\n+\n+\n+## PolyG tail trimming, useful for NextSeq/NovaSeq data\n+\n+#if $polyg_tail_trimming.trimming_select in [\'\', \'-g\']:\n+ #if str($polyg_tail_trimming.poly_g_min_len):\n+ --poly_g_min_len $polyg_tail_trimming.poly_g_min_len\n+ #end if\n+ $polyg_tail_trimming.trimming_select\n+#end if\n+\n+## Per read cutting by quality options\n+\n+#if $cutting_by_quality_options.cut_by_quality5 or $cutting_by_quality_options.cut_by_quality3:\n+\n+ $cutting_by_quality_options.cut_by_quality5\n+\n+ $cutting_by_quality_options.cut_by_quality3\n+\n+ #if str($cutting_by_quality_options.cut_window_size):\n+ -W $cutting_by_quality_options.cut_window_size\n+ #end if\n+ #if str($cutting_by_quality_options.cut_mean_quality):\n+ -M $cutting_by_quality_options.cut_mean_quality\n+ #end if\n+#end if\n+\n+\n+## Quality filtering options\n+\n+$quality_filtering_options.disable_quality_filtering\n+\n+#if str($quality_filtering_options.qualified_quality_phred):\n+ -q $quality_filtering_options.qualified_quality_phred\n+#end if\n+#if str($quality_filtering_options.unqualified_percent_limit):\n+ -u $quality_filtering_options.unqualified_percent_limit\n+#end if\n+#if str($quality_filtering_options.n_base_limit):\n+ -n $quality_filtering_options.n_base_limit\n+#end if\n+\n+\n+## Length filtering options\n+\n+$length_filtering_options.disable_length_filtering\n+\n+#if str($length_filtering_options.length_required):\n+ -l $length_filtering_options.length_required\n+#end if\n+\n+\n+## Base correction by overlap analysis options\n+\n+$base_correction_options.correction\n+\n+\n+## UMI processing\n+\n+#if $umi_processing.umi:\n+ $umi_processing.umi\n+ #if str($umi_processing.umi_loc):\n+ --umi_loc \'$umi_processing.umi_loc\'\n+ #end if\n+ #if str($umi_processing.umi_len):\n+ --umi_len $umi_processing.umi_le'..b'</test>\n+ <test>\n+ <param name="in1" value="bwa-mem-fastq1.fq" ftype="fastq"/>\n+ <param name="in2" value="bwa-mem-fastq2.fq" ftype="fastq"/>\n+ <param name="single_paired_selector" value="paired"/>\n+ <section name="umi_processing">\n+ <param name="umi" value="true"/>\n+ <param name="umi_loc" value="read1"/>\n+ <param name="umi_len" value="8"/>\n+ </section>\n+ <output name="out1" file="out_bwa_umi_read1_1.fq" ftype="fastq"/>\n+ <output name="out2" file="out_bwa_umi_read1_2.fq" ftype="fastq"/>\n+ </test>\n+ <test>\n+ <param name="in1" value="bwa-mem-fastq1.fq" ftype="fastq"/>\n+ <param name="in2" value="bwa-mem-fastq2.fq" ftype="fastq"/>\n+ <param name="single_paired_selector" value="paired"/>\n+ <section name="umi_processing">\n+ <param name="umi" value="true"/>\n+ <param name="umi_loc" value="read2"/>\n+ <param name="umi_len" value="8"/>\n+ </section>\n+ <output name="out1" file="out_bwa_umi_read2_1.fq" ftype="fastq"/>\n+ <output name="out2" file="out_bwa_umi_read2_2.fq" ftype="fastq"/>\n+ </test>\n+ <test>\n+ <param name="in1" value="R1.fq" ftype="fastq"/>\n+ <param name="single_paired_selector" value="single"/>\n+ <output name="out1" file="out1.fq" ftype="fastq"/>\n+ <output name="report_html">\n+ <assert_contents>\n+ <has_text text="fastp report"/>\n+ </assert_contents>\n+ </output>\n+ </test>\n+ <test>\n+ <param name="in1" value="R1.fq.gz" ftype="fastq.gz"/>\n+ <param name="single_paired_selector" value="single"/>\n+ <param name="trimming_select" value="-g"/>\n+ <param name="poly_g_min_len" value="10"/>\n+ <output name="out1" file="out1.fq.gz" ftype="fastq.gz" compare="sim_size"/>\n+ <output name="report_html">\n+ <assert_contents>\n+ <has_text text="fastp report"/>\n+ </assert_contents>\n+ </output>\n+ </test>\n+ </tests>\n+ <help><![CDATA[\n+.. class:: infomark\n+\n+**What it does**\n+\n+fastp_ is a tool designed to provide fast all-in-one preprocessing for FASTQ files. This tool is developed in C++ with multithreading supported to afford high performance.\n+\n+*Features*\n+\n+1. Filter out bad reads (too low quality, too short, or too many N...)\n+\n+2. Cut low quality bases for per read in its 5\' and 3\' by evaluating the mean quality from a sliding window (like Trimmomatic but faster).\n+\n+3. Trim all reads in front and tail\n+\n+4. Cut adapters. Adapter sequences can be automatically detected,which means you don\'t have to input the adapter sequences to trim them.\n+\n+5. Correct mismatched base pairs in overlapped regions of paired end reads, if one base is with high quality while the other is with ultra low quality\n+\n+6. Preprocess unique molecular identifer (UMI) enabled data, shift UMI to sequence name.\n+\n+7. Report JSON format result for further interpreting.\n+\n+8. Visualize quality control and filtering results on a single HTML page (like FASTQC but faster and more informative).\n+\n+9. Split the output to multiple files (0001.R1.gz, 0002.R1.gz...) to support parallel processing. Two modes can be used, limiting the total split file number, or limitting the lines of each split file.\n+\n+10. Support long reads (data from PacBio / Nanopore devices).\n+\n+-----\n+\n+**Inputs**\n+\n+Single-end or Paired-end FASTQ or FASTQ.GZ reads\n+\n+-----\n+\n+**Outputs**\n+\n+ * Processed reads\n+\n+Optionally, under **Output Options** you can choose to output\n+\n+ * HTML report (default is Yes)\n+ * JSON report\n+\n+.. _fastp: https://github.com/OpenGene/fastp\n+\n+]]></help>\n+ <citations>\n+ <citation type="doi">10.1101/274100</citation>\n+ </citations>\n+</tool>\n' |
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| diff -r 000000000000 -r 988729b728f0 macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Fri Mar 09 20:21:51 2018 -0500 |
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| @@ -0,0 +1,25 @@ +<macros> + <token name="@WRAPPER_VERSION@">0.12.4</token> + + <xml name="adapter_sequence1"> + <param name="adapter_sequence1" argument="--adapter_sequence" type="text" optional="true" label="Adapter sequence for input 1" + help="The adapter for read1. For SE data, if not specified, the adapter will be auto-detected. For PE data, this is used if R1/R2 are found not overlapped."> + <sanitizer> + <valid> + <add value="A"/> + <add value="T"/> + <add value="C"/> + <add value="G"/> + </valid> + </sanitizer> + </param> + </xml> + <xml name="in1"> + <param name="in1" argument="-i" type="data" format="fastq,fastq.gz" label="Input 1" help="Input FASTQ file #1"/> + </xml> + <xml name="poly_g_min_len"> + <param name="poly_g_min_len" argument="--poly_g_min_len" type="integer" optional="true" label="PolyG minimum length" + help="The minimum length to detect polyG in the read tail. 10 by default."/> + </xml> + +</macros> |
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| diff -r 000000000000 -r 988729b728f0 test-data/R1.fq --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/R1.fq Fri Mar 09 20:21:51 2018 -0500 |
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| @@ -0,0 +1,8 @@ +@NS500713:64:HFKJJBGXY:1:11101:1675:1101 1:N:0:TATAGCCT+GACCCCCA +TAGGAGGCTTGGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGACATTTCAGGAGGTCGGGAAATTTTTAAACCCAGGCAGCTTCCTGGCAGTGACATTTGGAGCATCAAAGTGGTAAATAAAATTTCATTTACATTAATAT ++ +6AAAAAEEEEE/E/EA/E/AEA6EE//AEE66/AAE//EEE/E//E/AA/EEE/A/AEE/EEA//EEEEEEEE6EEAAA/E/A/6E/6//6<EAAEEE/EEEA/EA/EEEEEE/<<EEEE//A/EE<AEEEEE/</AA</E<AAAE/E<E/ +@NS500713:64:HFKJJBGXY:1:11101:17113:1101 1:N:0:TATAGCCT+GTTTCTTA +TACAAAATGCACATCGCTGAAAGGGGTAAAGGAGAGAAATCGCTTTATAAAACCTTGAAAAGGAATATTCAAATATAAGCTGGGAAGGTATAAAAAACTCTGTACATCACAAGTAAACAAATGGAACCTGCAAAATATTAAACAAAGGATT ++ +AAAAAEEEEE6EEAAAEEEEE6EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAEEEEAEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE/EEEEEEE6EE<AAEEEAEEEEEEEEEEEEAEEEEEEEA<E/AAEEEAEEEEE/EEEEAAEEE \ No newline at end of file |
| b |
| diff -r 000000000000 -r 988729b728f0 test-data/R1.fq.gz |
| b |
| Binary file test-data/R1.fq.gz has changed |
| b |
| diff -r 000000000000 -r 988729b728f0 test-data/bwa-mem-fastq1.fq --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/bwa-mem-fastq1.fq Fri Mar 09 20:21:51 2018 -0500 |
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