Next changeset 1:c7bd0cc53524 (2016-09-23) |
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/featurecounts commit 03f64004f90ac0a7be67ecfc355a7b361f3c3314 |
added:
README.rst featurecounts.xml test-data/featureCounts_guide.gff test-data/featureCounts_input1.bam test-data/featureCounts_input2.bam test-data/output_1_full.tab test-data/output_1_medium.tab test-data/output_1_short.tab test-data/output_1_summary.tab test-data/output_2_full.tab test-data/output_2_medium.tab test-data/output_2_short.tab test-data/output_2_summary.tab test-data/output_feature_lengths.tab tool_dependencies.xml |
b |
diff -r 000000000000 -r 9e7a369eec58 README.rst --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/README.rst Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400 |
b |
@@ -0,0 +1,25 @@ +FeatureCounts wrapper for Galaxy +================================ + +* http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/ +* http://subread.sourceforge.net/ + +FeatureCounts as part of the SUBREAD package is "a highly efficient and +accurate read summarization program". + +Installation +------------ + +This wrapper requires Galaxy 16.04 to be fully functional because +of the following commits: + +* https://github.com/galaxyproject/galaxy/pull/961 +* https://github.com/galaxyproject/galaxy/pull/1714 + +License +------- + +**featureCounts**: + +GPL (>=3) + |
b |
diff -r 000000000000 -r 9e7a369eec58 featurecounts.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/featurecounts.xml Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400 |
[ |
b'@@ -0,0 +1,442 @@\n+<tool id="featurecounts" name="featureCounts" version="1.4.6.p5" profile="16.04">\n+ <description>Measure gene expression in RNA-Seq experiments from SAM or BAM files.</description>\n+ <requirements>\n+ <requirement type="package" version="1.4.6p5">subread</requirement>\n+ </requirements>\n+\n+ <version_command>featureCounts -v 2>&1 | grep .</version_command>\n+ <command><![CDATA[\n+ ## Check whether all alignments are from the same type (bam || sam)\n+ featureCounts\n+ -a "$reference_gene_sets"\n+ -o "output"\n+ -T \\${GALAXY_SLOTS:-2}\n+\n+ -t "$extended_parameters.gff_feature_type"\n+ -g "$extended_parameters.gff_feature_attribute"\n+ $extended_parameters.summarization_level\n+ $extended_parameters.contribute_to_multiple_features\n+ -s $extended_parameters.strand_specificity\n+ $extended_parameters.multimapping_enabled.multimapping_counts\n+\n+ #if str($extended_parameters.multimapping_enabled.multimapping_counts) == " -M"\n+ $extended_parameters.multimapping_enabled.fraction\n+ #end if\n+\n+ -Q $extended_parameters.mapping_quality\n+ $extended_parameters.largest_overlap\n+ --minOverlap $extended_parameters.min_overlap\n+ $extended_parameters.read_reduction\n+ $extended_parameters.primary\n+ $extended_parameters.ignore_dup\n+\n+ #if str($extended_parameters.read_extension_5p) != "0"\n+ --readExtension5 $extended_parameters.read_extension_5p\n+ #end if\n+\n+ #if str($extended_parameters.read_extension_3p) != "0"\n+ --readExtension3 $extended_parameters.read_extension_3p\n+ #end if\n+\n+ $pe_parameters.fragment_counting_enabled.fragment_counting\n+ #if str($pe_parameters.fragment_counting_enabled.fragment_counting) == " -p"\n+ $pe_parameters.fragment_counting_enabled.check_distance_enabled.check_distance\n+ #if str($pe_parameters.fragment_counting_enabled.check_distance_enabled.check_distance) == " -P"\n+ -d $pe_parameters.fragment_counting_enabled.check_distance_enabled.minimum_fragment_length\n+ -D $pe_parameters.fragment_counting_enabled.check_distance_enabled.maximum_fragment_length\n+ #end if\n+ #end if\n+\n+ $pe_parameters.only_both_ends\n+ -S $pe_parameters.orientation\n+ $pe_parameters.exclude_chimerics\n+\n+ "${alignment}"\n+\n+ ## Removal of comment and column-header line\n+ && grep -v "^#" "output" | tail -n+2 > body.txt\n+\n+ ## Set the right columns for the tabular formats\n+ #if $format.value == "tabdel_medium"\n+ && cut -f 1,7 body.txt > expression_matrix.txt\n+\n+ ## Paste doesn\'t allow a non ordered list of columns: -f 1,7,8,6 will only return columns 1,7 and 8\n+ ## Thus the gene length column (last column) has to be added separately\n+ && cut -f 6 body.txt > gene_lengths.txt\n+ && paste expression_matrix.txt gene_lengths.txt > expression_matrix.txt.bak\n+ && mv -f expression_matrix.txt.bak "${output_medium}"\n+ #elif $format.value == "tabdel_short"\n+ && cut -f 1,7 body.txt > "${output_short}"\n+ #else\n+ && cp body.txt "${output_full}"\n+ #end if\n+ \n+\n+ #if str($include_feature_length_file) == "true"\n+ && cut -f 1,6 body.txt > "${output_feature_lengths}"\n+ #end if\n+\n+ && tail -n+2 "output.summary" > "${output_summary}"\n+\n+ ]]></command>\n+ <inputs>\n+ <param name="alignment"\n+ type="data"\n+ multiple="false"\n+ format="bam,sam"\n+ label="Alignment file"\n+ '..b'lignment" value="featureCounts_input1.bam" ftype="bam" />\n+ <param name="reference_gene_sets" value="featureCounts_guide.gff" ftype="gff" />\n+ <param name="format" value="tabdel_short" />\n+ <param name="include_feature_length_file" value="true"/>\n+ <output name="output" file="output_1_short.tab"/>\n+ <output name="output_summary" file="output_1_summary.tab"/>\n+ </test>\n+ <test>\n+ <param name="alignment" value="featureCounts_input1.bam" ftype="bam" />\n+ <param name="reference_gene_sets" value="featureCounts_guide.gff" ftype="gff" />\n+ <param name="format" value="tabdel_medium" />\n+ <param name="include_feature_length_file" value="true"/>\n+ <output name="output" file="output_1_medium.tab"/>\n+ <output name="output_summary" file="output_1_summary.tab"/>\n+ </test>\n+ <test>\n+ <param name="alignment" value="featureCounts_input1.bam" ftype="bam" />\n+ <param name="reference_gene_sets" value="featureCounts_guide.gff" ftype="gff" />\n+ <param name="format" value="tabdel_full" />\n+ <param name="include_feature_length_file" value="true"/>\n+ <output name="output" file="output_1_full.tab"/>\n+ <output name="output_summary" file="output_1_summary.tab"/>\n+ <output name="output_feature_lengths" file="output_feature_lengths.tab"/>\n+ </test>\n+ \n+ <test>\n+ <param name="alignment" value="featureCounts_input1.bam" ftype="bam" />\n+ <param name="reference_gene_sets" value="featureCounts_guide.gff" ftype="gff" />\n+ <param name="format" value="tabdel_short" />\n+ <param name="include_feature_length_file" value="true"/>\n+ <output name="output" file="output_2_short.tab"/>\n+ <output name="output_summary" file="output_2_summary.tab"/>\n+ </test>\n+ <test>\n+ <param name="alignment" value="featureCounts_input1.bam" ftype="bam" />\n+ <param name="reference_gene_sets" value="featureCounts_guide.gff" ftype="gff" />\n+ <param name="format" value="tabdel_medium" />\n+ <param name="include_feature_length_file" value="true"/>\n+ <output name="output" file="output_2_medium.tab"/>\n+ <output name="output_summary" file="output_2_summary.tab"/>\n+ </test>\n+ <test>\n+ <param name="alignment" value="featureCounts_input1.bam" ftype="bam" />\n+ <param name="reference_gene_sets" value="featureCounts_guide.gff" ftype="gff" />\n+ <param name="format" value="tabdel_full" />\n+ <param name="include_feature_length_file" value="true"/>\n+ <output name="output" file="output_2_full.tab"/>\n+ <output name="output_summary" file="output_2_summary.tab"/>\n+ <output name="output_feature_lengths" file="output_feature_lengths.tab"/>\n+ </test>\n+ </tests>\n+ \n+ <help><![CDATA[\n+featureCounts\n+#############\n+\n+Overview\n+--------\n+FeatureCounts is a light-weight read counting program written entirely in the C programming language. It can be used to count both gDNA-seq and RNA-seq reads for genomic features in in SAM/BAM files.\n+\n+Input formats\n+-------------\n+Alignments should be provided in either:\n+\n+ - SAM format, http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml#5\n+ - BAM format\n+\n+Gene regions should be provided in the GFF/GTF format:\n+\n+ - http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format3\n+ - http://www.ensembl.org/info/website/upload/gff.html\n+\n+Output format\n+-------------\n+FeatureCounts produces a table containing the counted reads, per gene, per row. Optionally the last column can be set to be the effective gene-length. These tables are compatible with the DESeq2 Galaxy wrapper by IUC.\n+ ]]></help>\n+ <citations>\n+ <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btt656</citation>\n+ </citations>\n+</tool>\n' |
b |
diff -r 000000000000 -r 9e7a369eec58 test-data/featureCounts_guide.gff --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/featureCounts_guide.gff Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400 |
b |
b'@@ -0,0 +1,680 @@\n+X\tFlyBase\texon\t30948\t31447\t.\t+\t.\tID=FBti0062706;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t32172\t32671\t.\t+\t.\tID=FBti0062706;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t51312\t51811\t.\t+\t.\tID=FBti0062715;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t52318\t52817\t.\t+\t.\tID=FBti0062715;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t53883\t54382\t.\t-\t.\tID=FBti0062719;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t55280\t55779\t.\t-\t.\tID=FBti0062719;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t64215\t64714\t.\t+\t.\tID=FBti0062738;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t65335\t65834\t.\t+\t.\tID=FBti0062738;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t77479\t77978\t.\t-\t.\tID=FBti0063571;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t78341\t78840\t.\t-\t.\tID=FBti0063571;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t79405\t79904\t.\t-\t.\tID=FBti0063569;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t80154\t80653\t.\t-\t.\tID=FBti0063569;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t82402\t82901\t.\t-\t.\tID=FBti0063568;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t83164\t83663\t.\t-\t.\tID=FBti0063568;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t90012\t90511\t.\t+\t.\tID=FBti0062762;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t90918\t91417\t.\t+\t.\tID=FBti0062762;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t92326\t92825\t.\t+\t.\tID=FBti0062765;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t93238\t93737\t.\t+\t.\tID=FBti0062765;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t168410\t168909\t.\t+\t.\tID=FBti0062766;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t169363\t169862\t.\t+\t.\tID=FBti0062766;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t184346\t184845\t.\t-\t.\tID=FBti0062772;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t185123\t185622\t.\t-\t.\tID=FBti0062772;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t186159\t186658\t.\t-\t.\tID=FBti0019520;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t187028\t187527\t.\t-\t.\tID=FBti0019520;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t189437\t189936\t.\t-\t.\tID=FBti0019521;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t197509\t198008\t.\t-\t.\tID=FBti0019521;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t200157\t200656\t.\t-\t.\tID=FBti0062785;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t200936\t201435\t.\t-\t.\tID=FBti0062785;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t212059\t212558\t.\t+\t.\tID=FBti0019522;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t217588\t218087\t.\t+\t.\tID=FBti0019522;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t230841\t231340\t.\t-\t.\tID=FBti0062869;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t231571\t232070\t.\t-\t.\tID=FBti0062869;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t322007\t322506\t.\t+\t.\tID=FBti0019523;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t328634\t329133\t.\t+\t.\tID=FBti0019523;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t445010\t445509\t.\t+\t.\tID=FBti0019524;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t453015\t453514\t.\t+\t.\tID=FBti0019524;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t539893\t540392\t.\t+\t.\tID=FBti0063323;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t540801\t541300\t.\t+\t.\tID=FBti0063323;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t558910\t559409\t.\t-\t.\tID=FBti0063324;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t559791\t560290\t.\t-\t.\tID=FBti0063324;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t577936\t578435\t.\t+\t.\tID=FBti0063326;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t578752\t579251\t.\t+\t.\tID=FBti0063326;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t587701\t588200\t.\t+\t.\tID=FBti0063332;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t588492\t588991\t.\t+\t.\tID=FBti0063332;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t598742\t599241\t.\t+\t.\tID=FBti0063335;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t599600\t600099\t.\t+\t.\tID=FBti0063335;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t604149\t604648\t.\t+\t.\tID=FBti0063337;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t605153\t605652\t.\t+\t.\tID=FBti0063337;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t615232\t615731\t.\t+\t.\tID=FBti0063351;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t616141\t616640\t.\t+\t.\tID=FBti0063351;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t705855\t706354\t.\t+\t.\tID=FBti0019525;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t711929\t712428\t.\t+\t.\tID=FBti0019525;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t721190\t721689\t.\t+\t.\tID=FBti0019526;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t729424\t729923\t.\t+\t.\tID=FBti0019526;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t800289\t800788\t.\t+\t.\tID=FBti0019527;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t802523\t803022\t.\t+\t.\tID=FBti0019527;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t915767\t916266\t.\t+\t.\tID=FBti0019528;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t916539\t917038\t.\t+\t.\tID=FBti0019528;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t926940\t927439\t.\t+\t.\tID=FBti0019531;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t935016\t935515\t.\t+\t.\tID=FBti0019531;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t957344\t957843\t.\t+\t.\tID=FBti0019532;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t966580\t967079\t.\t+\t.\tID=FBti0019532;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t14'..b'FBti0061333;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22082873\t22083372\t.\t+\t.\tID=FBti0019737;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22090779\t22091278\t.\t+\t.\tID=FBti0019737;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22095242\t22095741\t.\t-\t.\tID=FBti0061335;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22096103\t22096602\t.\t-\t.\tID=FBti0061335;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22131802\t22132301\t.\t-\t.\tID=FBti0019743;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22133042\t22133541\t.\t-\t.\tID=FBti0019743;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22139935\t22140434\t.\t+\t.\tID=FBti0019744;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22140885\t22141384\t.\t+\t.\tID=FBti0019744;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22143032\t22143531\t.\t-\t.\tID=FBti0061353;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22144129\t22144628\t.\t-\t.\tID=FBti0061353;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22145369\t22145868\t.\t-\t.\tID=FBti0061354;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22146581\t22147080\t.\t-\t.\tID=FBti0061354;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22158980\t22159479\t.\t-\t.\tID=FBti0060518;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22159740\t22160239\t.\t-\t.\tID=FBti0060518;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22177427\t22177926\t.\t-\t.\tID=FBti0061357;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22178135\t22178634\t.\t-\t.\tID=FBti0061357;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22181659\t22182158\t.\t-\t.\tID=FBti0061667;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22182560\t22183059\t.\t-\t.\tID=FBti0061667;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22185911\t22186410\t.\t-\t.\tID=FBti0019746;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22186943\t22187442\t.\t-\t.\tID=FBti0019746;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22190019\t22190518\t.\t-\t.\tID=FBti0061670;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22191085\t22191584\t.\t-\t.\tID=FBti0061670;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22195806\t22196305\t.\t+\t.\tID=FBti0061671;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22196925\t22197424\t.\t+\t.\tID=FBti0061671;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22223174\t22223673\t.\t+\t.\tID=FBti0061781;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22225997\t22226496\t.\t+\t.\tID=FBti0061781;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22234403\t22234902\t.\t-\t.\tID=FBti0060517;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22235245\t22235744\t.\t-\t.\tID=FBti0060517;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22239374\t22239873\t.\t+\t.\tID=FBti0061674;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22240389\t22240888\t.\t+\t.\tID=FBti0061674;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22243264\t22243763\t.\t+\t.\tID=FBti0019748;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22245337\t22245836\t.\t+\t.\tID=FBti0019748;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22250617\t22251116\t.\t-\t.\tID=FBti0061812;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22251644\t22252143\t.\t-\t.\tID=FBti0061812;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22256814\t22257313\t.\t-\t.\tID=FBti0061813;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22257959\t22258458\t.\t-\t.\tID=FBti0061813;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22271776\t22272275\t.\t-\t.\tID=FBti0061846;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22272465\t22272964\t.\t-\t.\tID=FBti0061846;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22276936\t22277435\t.\t+\t.\tID=FBti0061848;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22277765\t22278264\t.\t+\t.\tID=FBti0061848;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22283375\t22283874\t.\t+\t.\tID=FBti0062474;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22285380\t22285879\t.\t+\t.\tID=FBti0062474;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22289776\t22290275\t.\t+\t.\tID=FBti0062436;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22290575\t22291074\t.\t+\t.\tID=FBti0062436;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22326110\t22326609\t.\t-\t.\tID=FBti0062440;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22327885\t22328384\t.\t-\t.\tID=FBti0062440;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22336396\t22336895\t.\t-\t.\tID=FBti0062416;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22337937\t22338436\t.\t-\t.\tID=FBti0062416;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22339332\t22339831\t.\t+\t.\tID=FBti0061912;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22340231\t22340730\t.\t+\t.\tID=FBti0061912;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22385377\t22385876\t.\t+\t.\tID=FBti0061942;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22386134\t22386633\t.\t+\t.\tID=FBti0061942;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22397699\t22398198\t.\t+\t.\tID=FBti0062347;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22405375\t22405874\t.\t+\t.\tID=FBti0062347;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22406838\t22407337\t.\t+\t.\tID=FBti0062442;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22408770\t22409269\t.\t+\t.\tID=FBti0062442;gene_id=right\n+X\tFlyBase\texon\t22412656\t22413155\t.\t-\t.\tID=FBti0061946;gene_id=left\n+X\tFlyBase\texon\t22413523\t22414022\t.\t-\t.\tID=FBti0061946;gene_id=right\n' |
b |
diff -r 000000000000 -r 9e7a369eec58 test-data/featureCounts_input1.bam |
b |
Binary file test-data/featureCounts_input1.bam has changed |
b |
diff -r 000000000000 -r 9e7a369eec58 test-data/featureCounts_input2.bam |
b |
Binary file test-data/featureCounts_input2.bam has changed |
b |
diff -r 000000000000 -r 9e7a369eec58 test-data/output_1_full.tab --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/output_1_full.tab Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400 |
b |
b'@@ -0,0 +1,2 @@\n+left\tX;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X\t30948;51312;64215;90012;92326;168410;212059;322007;445010;539893;577936;587701;598742;604149;615232;705855;721190;800289;915767;926940;957344;1407723;1714165;2025638;2293426;2319538;2969222;3072054;3833560;4051480;4524542;4581901;4656840;5374647;5418429;5620971;6228798;6286459;6649313;6917189;7018834;7596495;8186836;8206413;8258438;8815918;8842347;9401726;9469379;10031803;10242387;10418659;10444444;10989586;11134085;11162151;11465040;11499223;11637155;12057077;12061726;12639971;13295077;13323052;13357233;13924339;13998611;14197670;14483263;14612714;14664006;14830448;14916699;14927680;14970356;15220273;15306642;15329260;15375323;15730527;15734786;16435015;16441298;16829597;17125391;17450531;17686539;18250193;18308377;18323082;18448967;18647925;18706010;19030140;19396008;19559764;19588853;19926904;19990109;20004574;20037228;20073287;20081159;20088846;20096706;20129221;20235565;20238464;20247900;20316429;20374707;20397489;20446575;20707308;20872979;20904331;20907486;20970376;20996038;21046284;21061792;21125285;21153965;21171043;21291889;21322696;21339280;21344984;21376449;21455828;21497479;21685998;21860031;21874192;21886041;21887574;21895770;21907764;21914659;21946675;21966395;22003324;22021878;22030491;22034624;22036925;22048433;22057124;22082873;22139935;22195806;22223174;22239374;22243264;22276936;22283375;22289776;22339332;22385377;22397699;22406838;53883;77479;79405;82402;184346;186159;189437;200157;230841;558910;1461250;1521562;1630699;1712287;1824125;1848474;2202381;2503973;2557975;2717376;2738488;2951607;2963803;3112094;3308606;3357795;3386680;3556511;3647008;3679400;3689927;3735908;3880451;4178048;4593999;4625418;4683101;4685985;4721556;4989861;5232315;5283350;5767200;5820682;6065171;6323576;6338891;6456406;6499064;6908350;7374377;7677833;7739314;7925028;8353372;9692111;10160891;10339131;10579639;11077839;11205652;11428629;11527005;11799400;12195551;12275459;12824166;13831569;14051181;14309904;14445232;14476735;14530058;14660004;14671630;14709104;14712353;14941525;15167294;15315507;15326753;15448269;15449888;15468199;15469456;16116366;16234256;16386234;16951522;17007337;17088792;17141025;17155869;17174503;17324955;17787185;18024852;18087657;18213198;18513283;18677415;18850658;18954002;19001351;19015489;19085704;19224162;19250578;19265090;19273743;19330858;19365718;19489665;19567246;19603659;19690936;19703442;19766215;19819597;19829825;19854295;19892332;19986996;19993521;20033920;20214636;20267464;20331167;20351467;20485359;20503414;20676657;20727409;20750652;20765308;20811305;20874984;20876509;20932446;20956729;21019641;21047881;21051404;21086568;21180050;21185984;21304742;21329282;21457944;21474559;21494393;21877985;21889900;21891428;21909599;21912243;21974809;21987500;21993503;21997723;22001309;22039357;22043411;22095242;22131802;22143032;22145369;22158980;22177427;22181659;22185911;22190019;22234403;22250617;22256814;22271776;22326110;22336396;22412656\t31447;51811;64714;90511;92825;168909;212558;322506;445509;540392;578435;588200;599241;604648;615731;706354;721689;800788;916266;927439;957843;1408222;1714664;2026137;2293925;2320037;2969721;3072553;3834059;4051979;4525041;4582400;4657339;5375146;5418928;5621470;6229297;6286958;6649812;6917688;7019333;7596994;8187335;8206912;8258937;8816417;8842846;9402225;9469878;10032302;1024288'..b'813211;20875962;20877360;20933374;20958184;21020880;21049038;21052363;21087529;21181012;21186897;21305490;21335152;21458705;21475408;21495636;21879005;21890892;21892197;21910516;21913162;21976502;21988186;21994450;21998648;22002053;22040352;22044257;22096103;22133042;22144129;22146581;22159740;22178135;22182560;22186943;22191085;22235245;22251644;22257959;22272465;22327885;22337937;22413523\t32671;52817;65834;91417;93737;169862;218087;329133;453514;541300;579251;588991;600099;605652;616640;712428;729923;803022;917038;935515;967079;1408985;1715486;2028083;2302720;2320967;2975470;3080661;3834833;4059457;4525816;4583161;4658270;5379533;5423234;5626691;6232251;6292155;6650736;6925521;7028934;7597873;8190816;8207704;8259768;8817277;8850798;9404164;9470645;10040243;10250896;10426654;10446849;10997630;11135498;11164585;11466225;11500610;11645243;12058339;12068095;12641231;13296368;13325139;13363752;13929867;14008703;14204823;14484448;14614203;14665260;14840646;14918203;14936149;14971898;15221460;15311867;15330635;15376659;15731752;15736152;16436510;16442675;16830936;17126752;17451975;17690779;18251655;18309757;18329335;18451430;18652532;18707408;19038001;19397505;19561379;19591476;19931466;19991289;20006033;20038670;20075997;20083884;20091556;20099431;20130616;20236911;20239707;20250305;20317717;20377169;20398964;20448055;20715852;20874459;20906025;20908816;20971789;20997396;21047529;21063333;21126812;21155238;21172291;21293390;21324123;21340490;21346294;21378082;21457385;21499776;21687843;21862493;21875822;21887403;21889066;21897335;21909292;21915944;21948116;21972417;22004848;22029088;22031874;22036082;22038719;22049778;22058484;22091278;22141384;22197424;22226496;22240888;22245836;22278264;22285879;22291074;22340730;22386633;22405874;22409269;55779;78840;80653;83663;185622;187527;198008;201435;232070;560290;1463976;1529972;1640805;1713541;1832639;1857356;2211907;2512032;2560060;2726865;2746840;2952792;2967873;3122184;3315732;3360140;3396780;3557708;3655505;3680588;3691342;3737093;3889026;4184192;4595265;4631435;4685294;4687334;4729869;4998370;5234487;5287396;5768399;5826828;6073546;6329745;6345591;6465831;6503028;6909598;7376809;7679065;7741746;7930262;8354975;9700105;10170982;10340355;10585717;11083857;11213940;11436041;11535017;11800858;12197791;12280303;12832222;13835774;14057780;14315601;14453835;14477969;14536428;14661479;14677350;14710306;14718498;14943134;15169400;15317962;15328173;15449537;15451143;15469435;15470709;16125657;16244354;16392753;16952707;17013907;17094820;17142218;17157084;17175693;17326222;17790913;18026536;18089130;18214480;18514605;18680321;18860262;18959719;19003520;19016938;19086895;19225376;19252956;19266350;19274928;19339318;19367219;19491202;19568605;19606389;19699191;19704787;19767602;19820837;19831333;19855478;19893616;19988426;19997525;20035191;20215900;20269568;20332421;20352774;20486718;20504666;20677999;20728615;20752145;20766572;20813710;20876461;20877859;20933873;20958683;21021379;21049537;21052862;21088028;21181511;21187396;21305989;21335651;21459204;21475907;21496135;21879504;21891391;21892696;21911015;21913661;21977001;21988685;21994949;21999147;22002552;22040851;22044756;22096602;22133541;22144628;22147080;22160239;22178634;22183059;22187442;22191584;22235744;22252143;22258458;22272964;22328384;22338436;22414022\t+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-\t170000\t66\n' |
b |
diff -r 000000000000 -r 9e7a369eec58 test-data/output_1_medium.tab --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/output_1_medium.tab Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400 |
b |
@@ -0,0 +1,2 @@ +left 92 170000 +right 66 170000 |
b |
diff -r 000000000000 -r 9e7a369eec58 test-data/output_1_short.tab --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/output_1_short.tab Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400 |
b |
@@ -0,0 +1,2 @@ +left 92 +right 66 |
b |
diff -r 000000000000 -r 9e7a369eec58 test-data/output_1_summary.tab --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/output_1_summary.tab Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400 |
b |
@@ -0,0 +1,11 @@ +Assigned 158 +Unassigned_Ambiguity 0 +Unassigned_MultiMapping 0 +Unassigned_NoFeatures 6078 +Unassigned_Unmapped 0 +Unassigned_MappingQuality 0 +Unassigned_FragmentLength 0 +Unassigned_Chimera 0 +Unassigned_Secondary 0 +Unassigned_Nonjunction 0 +Unassigned_Duplicate 0 |
b |
diff -r 000000000000 -r 9e7a369eec58 test-data/output_2_full.tab --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/output_2_full.tab Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400 |
b |
b'@@ -0,0 +1,2 @@\n+left\tX;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X;X\t30948;51312;64215;90012;92326;168410;212059;322007;445010;539893;577936;587701;598742;604149;615232;705855;721190;800289;915767;926940;957344;1407723;1714165;2025638;2293426;2319538;2969222;3072054;3833560;4051480;4524542;4581901;4656840;5374647;5418429;5620971;6228798;6286459;6649313;6917189;7018834;7596495;8186836;8206413;8258438;8815918;8842347;9401726;9469379;10031803;10242387;10418659;10444444;10989586;11134085;11162151;11465040;11499223;11637155;12057077;12061726;12639971;13295077;13323052;13357233;13924339;13998611;14197670;14483263;14612714;14664006;14830448;14916699;14927680;14970356;15220273;15306642;15329260;15375323;15730527;15734786;16435015;16441298;16829597;17125391;17450531;17686539;18250193;18308377;18323082;18448967;18647925;18706010;19030140;19396008;19559764;19588853;19926904;19990109;20004574;20037228;20073287;20081159;20088846;20096706;20129221;20235565;20238464;20247900;20316429;20374707;20397489;20446575;20707308;20872979;20904331;20907486;20970376;20996038;21046284;21061792;21125285;21153965;21171043;21291889;21322696;21339280;21344984;21376449;21455828;21497479;21685998;21860031;21874192;21886041;21887574;21895770;21907764;21914659;21946675;21966395;22003324;22021878;22030491;22034624;22036925;22048433;22057124;22082873;22139935;22195806;22223174;22239374;22243264;22276936;22283375;22289776;22339332;22385377;22397699;22406838;53883;77479;79405;82402;184346;186159;189437;200157;230841;558910;1461250;1521562;1630699;1712287;1824125;1848474;2202381;2503973;2557975;2717376;2738488;2951607;2963803;3112094;3308606;3357795;3386680;3556511;3647008;3679400;3689927;3735908;3880451;4178048;4593999;4625418;4683101;4685985;4721556;4989861;5232315;5283350;5767200;5820682;6065171;6323576;6338891;6456406;6499064;6908350;7374377;7677833;7739314;7925028;8353372;9692111;10160891;10339131;10579639;11077839;11205652;11428629;11527005;11799400;12195551;12275459;12824166;13831569;14051181;14309904;14445232;14476735;14530058;14660004;14671630;14709104;14712353;14941525;15167294;15315507;15326753;15448269;15449888;15468199;15469456;16116366;16234256;16386234;16951522;17007337;17088792;17141025;17155869;17174503;17324955;17787185;18024852;18087657;18213198;18513283;18677415;18850658;18954002;19001351;19015489;19085704;19224162;19250578;19265090;19273743;19330858;19365718;19489665;19567246;19603659;19690936;19703442;19766215;19819597;19829825;19854295;19892332;19986996;19993521;20033920;20214636;20267464;20331167;20351467;20485359;20503414;20676657;20727409;20750652;20765308;20811305;20874984;20876509;20932446;20956729;21019641;21047881;21051404;21086568;21180050;21185984;21304742;21329282;21457944;21474559;21494393;21877985;21889900;21891428;21909599;21912243;21974809;21987500;21993503;21997723;22001309;22039357;22043411;22095242;22131802;22143032;22145369;22158980;22177427;22181659;22185911;22190019;22234403;22250617;22256814;22271776;22326110;22336396;22412656\t31447;51811;64714;90511;92825;168909;212558;322506;445509;540392;578435;588200;599241;604648;615731;706354;721689;800788;916266;927439;957843;1408222;1714664;2026137;2293925;2320037;2969721;3072553;3834059;4051979;4525041;4582400;4657339;5375146;5418928;5621470;6229297;6286958;6649812;6917688;7019333;7596994;8187335;8206912;8258937;8816417;8842846;9402225;9469878;10032302;1024288'..b'813211;20875962;20877360;20933374;20958184;21020880;21049038;21052363;21087529;21181012;21186897;21305490;21335152;21458705;21475408;21495636;21879005;21890892;21892197;21910516;21913162;21976502;21988186;21994450;21998648;22002053;22040352;22044257;22096103;22133042;22144129;22146581;22159740;22178135;22182560;22186943;22191085;22235245;22251644;22257959;22272465;22327885;22337937;22413523\t32671;52817;65834;91417;93737;169862;218087;329133;453514;541300;579251;588991;600099;605652;616640;712428;729923;803022;917038;935515;967079;1408985;1715486;2028083;2302720;2320967;2975470;3080661;3834833;4059457;4525816;4583161;4658270;5379533;5423234;5626691;6232251;6292155;6650736;6925521;7028934;7597873;8190816;8207704;8259768;8817277;8850798;9404164;9470645;10040243;10250896;10426654;10446849;10997630;11135498;11164585;11466225;11500610;11645243;12058339;12068095;12641231;13296368;13325139;13363752;13929867;14008703;14204823;14484448;14614203;14665260;14840646;14918203;14936149;14971898;15221460;15311867;15330635;15376659;15731752;15736152;16436510;16442675;16830936;17126752;17451975;17690779;18251655;18309757;18329335;18451430;18652532;18707408;19038001;19397505;19561379;19591476;19931466;19991289;20006033;20038670;20075997;20083884;20091556;20099431;20130616;20236911;20239707;20250305;20317717;20377169;20398964;20448055;20715852;20874459;20906025;20908816;20971789;20997396;21047529;21063333;21126812;21155238;21172291;21293390;21324123;21340490;21346294;21378082;21457385;21499776;21687843;21862493;21875822;21887403;21889066;21897335;21909292;21915944;21948116;21972417;22004848;22029088;22031874;22036082;22038719;22049778;22058484;22091278;22141384;22197424;22226496;22240888;22245836;22278264;22285879;22291074;22340730;22386633;22405874;22409269;55779;78840;80653;83663;185622;187527;198008;201435;232070;560290;1463976;1529972;1640805;1713541;1832639;1857356;2211907;2512032;2560060;2726865;2746840;2952792;2967873;3122184;3315732;3360140;3396780;3557708;3655505;3680588;3691342;3737093;3889026;4184192;4595265;4631435;4685294;4687334;4729869;4998370;5234487;5287396;5768399;5826828;6073546;6329745;6345591;6465831;6503028;6909598;7376809;7679065;7741746;7930262;8354975;9700105;10170982;10340355;10585717;11083857;11213940;11436041;11535017;11800858;12197791;12280303;12832222;13835774;14057780;14315601;14453835;14477969;14536428;14661479;14677350;14710306;14718498;14943134;15169400;15317962;15328173;15449537;15451143;15469435;15470709;16125657;16244354;16392753;16952707;17013907;17094820;17142218;17157084;17175693;17326222;17790913;18026536;18089130;18214480;18514605;18680321;18860262;18959719;19003520;19016938;19086895;19225376;19252956;19266350;19274928;19339318;19367219;19491202;19568605;19606389;19699191;19704787;19767602;19820837;19831333;19855478;19893616;19988426;19997525;20035191;20215900;20269568;20332421;20352774;20486718;20504666;20677999;20728615;20752145;20766572;20813710;20876461;20877859;20933873;20958683;21021379;21049537;21052862;21088028;21181511;21187396;21305989;21335651;21459204;21475907;21496135;21879504;21891391;21892696;21911015;21913661;21977001;21988685;21994949;21999147;22002552;22040851;22044756;22096602;22133541;22144628;22147080;22160239;22178634;22183059;22187442;22191584;22235744;22252143;22258458;22272964;22328384;22338436;22414022\t+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;+;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-;-\t170000\t66\n' |
b |
diff -r 000000000000 -r 9e7a369eec58 test-data/output_2_medium.tab --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/output_2_medium.tab Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400 |
b |
@@ -0,0 +1,2 @@ +left 92 170000 +right 66 170000 |
b |
diff -r 000000000000 -r 9e7a369eec58 test-data/output_2_short.tab --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/output_2_short.tab Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400 |
b |
@@ -0,0 +1,2 @@ +left 92 +right 66 |
b |
diff -r 000000000000 -r 9e7a369eec58 test-data/output_2_summary.tab --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/output_2_summary.tab Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400 |
b |
@@ -0,0 +1,11 @@ +Assigned 158 +Unassigned_Ambiguity 0 +Unassigned_MultiMapping 0 +Unassigned_NoFeatures 6078 +Unassigned_Unmapped 0 +Unassigned_MappingQuality 0 +Unassigned_FragmentLength 0 +Unassigned_Chimera 0 +Unassigned_Secondary 0 +Unassigned_Nonjunction 0 +Unassigned_Duplicate 0 |
b |
diff -r 000000000000 -r 9e7a369eec58 test-data/output_feature_lengths.tab --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/output_feature_lengths.tab Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400 |
b |
@@ -0,0 +1,2 @@ +left 170000 +right 170000 |
b |
diff -r 000000000000 -r 9e7a369eec58 tool_dependencies.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool_dependencies.xml Wed Sep 21 07:24:39 2016 -0400 |
b |
@@ -0,0 +1,6 @@ +<?xml version="1.0"?> +<tool_dependency> + <package name="subread" version="1.4.6.p5"> + <repository changeset_revision="3645871df985" name="package_subread_1_4_6_p5" owner="iuc" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu" /> + </package> +</tool_dependency> |