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Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/ragtag commit 4c4b2a548b4ce46da88810992459b3ac8581d035" |
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added:
macros.xml ragtag.xml test-data/annotation.gff test-data/contigs.fna test-data/correct_agp_01.agp test-data/correct_agp_02.agp test-data/correct_fasta_01.fasta test-data/correct_fasta_02.fasta test-data/correct_log_01.fasta test-data/correct_log_01.txt test-data/correct_paf_01.paf test-data/genome.fna test-data/merge_agp_05.agp test-data/merge_fasta_05.fasta test-data/patch_agp_04.agp test-data/patch_ctg_fasta_04.agp test-data/patch_ctg_fasta_04.fasta test-data/patch_fasta_04.fasta test-data/patch_log_04.txt test-data/patch_paf_04.paf test-data/patch_rename_agp.agp test-data/patch_rename_fasta.fasta test-data/query_headers_skip.txt test-data/reference_headers_skip.txt test-data/scaffold_apg.02.agp test-data/scaffold_apg.03.agp test-data/scaffold_confidence_02.tabular test-data/scaffold_confidence_03.tabular test-data/scaffold_fasta_02.fasta test-data/scaffold_fasta_03.fasta test-data/scaffold_log_02.txt test-data/scaffold_log_03.txt test-data/scaffold_paf_02.paf test-data/scaffold_paf_03.paf test-data/scaffold_stats_02.tabular test-data/scaffold_stats_03.tabular test-data/validation.fastq |
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| diff -r 000000000000 -r a04e64efa43a macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Wed Nov 10 23:33:13 2021 +0000 |
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| @@ -0,0 +1,97 @@ +<macros> + <token name="@TOOL_VERSION@">2.1.0</token> + <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token> + <xml name="xrefs"> + <xrefs> + <xref type="bio.tools">ragtag</xref> + </xrefs> + </xml> + <xml name="requirements"> + <requirements> + <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">ragtag</requirement> + </requirements> + </xml> + <xml name="citations"> + <citations> + <citation type="doi">10.1186/s13059-019-1829-6</citation> + </citations> + </xml> + <xml name="input_options"> + <param name="reference" type="data" format="fasta" label="Reference FASTA file"/> + <param name="query" type="data" format="fasta" label="Query FASTA file" /> + </xml> + <xml name="common_parameters"> + <param argument="-e" type="data" format="txt" optional="true" label="List of reference headers to ignore" + help="Use this parameter to provide a single column file listing any reference.fa headers that should + be ignored (e.g. chr0/chrUn or alt contigs)"/> + <param argument="-j" type="data" format="txt" optional="true" label="List of query headers to leave uncorrected" + help="use this parameter to provide a single column file listing any query.fa headers that shall not be broken"/> + <param argument="-f" type="integer" min="0" value="1000" label="Minimum unique single length" + help="If an alignment is not entirely unique, at least -f bp of the alignment must be unique to be considered + for scaffolding. By default, entirely unique alignments are considered regardless of their length, but + this can be disabled with --remove-small. Doing so ensures that only alignments at least -f bp in length + are considered for correction"/> + <param argument="--remove-small" type="boolean" truevalue="--remove-small" + falsevalue="" checked="false" label="Remove unique alignments" + help="Remove unique alignments shorter than the minimum unique alignment length" /> + <param argument="-q" type="integer" min="0" value="10" label="Minimum mappping quality" + help="Mapping quality scores quantify the probability that a read is misplaced" /> + <param argument="-d" type="integer" min="0" value="100000" label="Maximum alignment merge distance" + help="For each query sequence, syntenic alignments within -d bp of each other are merged into longer alignments"/> + <conditional name="mapping_conditional"> + <param name="mapping_option" type="select" label="Aligner tool"> + <option value="nucmer">Nucmer</option> + <!--Unimap is not included because according the minimap2 developers, minimap2 backports unimap features https://github.com/lh3/minimap2/releases/tag/v2.19 + <option value="unimap">Unimap</option> + --> + <option value="minimap2" selected="true">Minimap2</option> + </param> + <when value="nucmer"> + <param name="anchor_mode" type="select" label="Anchoring mode"> + <option value="--mum">Use anchor matches that are unique in both the reference and query (--mum)</option> + <option value="--mumreference">Use anchor matches that are unique in in the reference but not necessarily unique in the query (--mumreference)</option> + <option value="--maxmatch" selected="true">Use all anchor matches regardless of their uniqueness (--maxmatch)</option> + </param> + <param argument="-l" type="integer" min="0" value="100" label="Minimun length of a single match"/> + <param argument="-c" type="integer" min="0" value="500" label="Minimum length of a cluster of matches"/> + </when> + <when value="minimap2"> + <param argument="--mm2-params" type="select" + label="Select a profile of preset options" + help="Each profile comes with the preconfigured settings mentioned in parentheses" > + <option value="asm5">Asm5: the alignment will not extend to regions with 5% or higher sequence divergence (-k19 -w19 -A1 -B19 -O39,81 -E3,1 -s200 -z200 --min-occ-floor=100)</option> + <option value="asm10">Asm10: up to 10% sequence divergence (-k19 -w19 -A1 -B9 -O16,41 -E2,1 -s200 -z200 --min-occ-floor=100)</option> + <option value="asm20">Asm20: up to 20% sequence divergence (-k19 -w10 -A1 -B6 -O6,26 -E2,1 -s200 -z200 --min-occ-floor=100)</option> + </param> + </when> + </conditional> + </xml> + <token name="@INPUTS@"><![CDATA[ + $mode_conditional.reference + $mode_conditional.query + ]]></token> + <token name="@COMMON_PARAMETERS@"><![CDATA[ + --aligner $mode_conditional.advanced_options.mapping_conditional.mapping_option + #if $mode_conditional.advanced_options.mapping_conditional.mapping_option == 'nucmer' + --nucmer-params '$nucmer_params' + #else + #if $mode_conditional.advanced_options.mapping_conditional.mm2_params == 'asm5' + --mm2-params '-k19 -w19 -A1 -B19 -O39,81 -E3,1 -s200 -z200 --min-occ-floor=100' + #else if $mode_conditional.advanced_options.mapping_conditional.mm2_params == 'asm10' + --mm2-params '-k19 -w19 -A1 -B9 -O16,41 -E2,1 -s200 -z200 --min-occ-floor=100' + #else + --mm2-params '-k19 -w10 -A1 -B6 -O6,26 -E2,1 -s200 -z200 --min-occ-floor=100' + #end if + #end if + #if $mode_conditional.advanced_options.e + -e '${mode_conditional.advanced_options.e}' + #end if + #if $mode_conditional.advanced_options.j + -j '${mode_conditional.advanced_options.j}' + #end if + -f $mode_conditional.advanced_options.f + --remove-small $mode_conditional.advanced_options.remove_small + -q $mode_conditional.advanced_options.q + -d $mode_conditional.advanced_options.d + ]]></token> +</macros> |
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| diff -r 000000000000 -r a04e64efa43a ragtag.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/ragtag.xml Wed Nov 10 23:33:13 2021 +0000 |
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| b'@@ -0,0 +1,543 @@\n+<tool id=\'ragtag\' name=\'RagTag\' version=\'@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@\' profile=\'20.01\'>\n+ <description>reference-guided scaffolding of draft genomes</description>\n+ <macros>\n+ <import>macros.xml</import>\n+ </macros>\n+ <expand macro=\'xrefs\' />\n+ <expand macro=\'requirements\' />\n+ <command detect_errors=\'exit_code\'><![CDATA[\n+ #if $mode_conditional.mode_option != \'merge\'\n+ #if $mode_conditional.advanced_options.mapping_conditional.mapping_option == \'nucmer\'\n+ #set $nucmer_params = \'%s -l %s -c %s\' % ($mode_conditional.advanced_options.mapping_conditional.anchor_mode,\n+ $mode_conditional.advanced_options.mapping_conditional.l,\n+ $mode_conditional.advanced_options.mapping_conditional.c)\n+ #end if\n+ #end if\n+ #if $mode_conditional.mode_option == \'merge\'\n+ #set $input_files = list()\n+ mkdir merge_files &&\n+ #for $i, $j in enumerate($mode_conditional.scaffold_files)\n+ #set $out_file = \'./merge_files/scaffold_%s.agp\' % $i\n+ ln -s \'${j}\' $out_file &&\n+ $input_files.append($out_file)\n+ #end for\n+ #set $merge_files = " ".join($input_files)\n+ #end if\n+ ragtag.py $mode_conditional.mode_option -u\n+ #if $mode_conditional.mode_option == \'correct\'\n+ @INPUTS@\n+ @COMMON_PARAMETERS@\n+ #if $mode_conditional.validation_conditional.validation_option == \'true\'\n+ -R \'${mode_conditional.validation_conditional.R}\'\n+ -T $mode_conditional.validation_conditional.read_type\n+ -v $mode_conditional.validation_conditional.v \n+ #if $mode_conditional.validation_conditional.max_cov\n+ --max-cov $mode_conditional.validation_conditional.max_cov\n+ #end if\n+ #if $mode_conditional.validation_conditional.min_cov\n+ --min-cov $mode_conditional.validation_conditional.min_cov\n+ #end if\n+ #end if\n+ -b $mode_conditional.advanced_options.b\n+ #if $mode_conditional.advanced_options.missasembly_break\n+ $mode_conditional.advanced_options.missasembly_break\n+ #end if\n+ #if $mode_conditional.advanced_options.gff \n+ --gff \'${mode_conditional.advanced_options.gff}\'\n+ #end if\n+ --read-aligner \'minimap2\' ## it is the only allowed\n+ #else if $mode_conditional.mode_option == \'scaffold\'\n+ @INPUTS@\n+ @COMMON_PARAMETERS@\n+ -i $mode_conditional.advanced_options.i\n+ -a $mode_conditional.advanced_options.a\n+ -s $mode_conditional.advanced_options.s\n+ #if $mode_conditional.advanced_options.gap_conditional.gap_option == \'true\'\n+ -r\n+ -g \'${mode_conditional.advanced_options.gap_conditional.g}\'\n+ -m \'${mode_conditional.advanced_options.gap_conditional.m}\'\n+ #end if\n+ #if $mode_conditional.advanced_options.unplaced_conditional.unplaced_option == \'true\'\n+ -C\n+ #if $mode_conditional.advanced_options.unplaced_conditional.J \n+ -J \'${mode_conditional.advanced_options.unplaced_conditional.J}\'\n+ #end if\n+ #end if\n+ #else if $mode_conditional.mode_option == \'patch\'\n+ @INPUTS@\n+ @COMMON_PARAMETERS@\n+ -s $mode_conditional.advanced_options.s\n+ -i $mode_conditional.advanced_options.i\n+ #if $mode_conditional.advanced_options.patching_mode\n+ $mode_conditional.advanced_options.patching_mode\n+ #end if\n+ #else\n+ $assembly_fasta\n+ #if $mode_conditional.scaffold_files\n+ $merge_files\n+ #end if\n+ #if $mode_conditional.merging_options.j\n+ -j $mode_conditional.merging_options.j\n+ #end if\n+ -l $mode_conditional.merging_options.l\n+ -e $mode_conditional.merging_options.e\n+ --gap-func $mode_conditi'..b'ential misassemblies in a query assembly. \n+RagTag also provides the option to verify putative misassemblies by aligning reads (from the same genotype) to the query assembly \n+and observing read coverage near misassembly break points. In all cases, sequence is never added or subtracted. Query sequences \n+are only broken at points of putative misassembly.\n+\n+*Misassemblies vs true variation*\n+\n+Reference-guided misassembly signatures are sometimes caused by true biological structural variation if the reference and query assemblies \n+represent distinct genotypes (or haplotypes). The read validation feature should help to avoid some of these misassembly false positives, \n+and the validation sensitivity can be tuned with command line parameters. However, it is ultimately up to the discretion of the user to decide \n+if misassembly correction is appropriate. One should validate all RagTag results with independent data (usually physical, optical, or genetic \n+maps), when possible.\n+\n+----\n+\n+.. class:: infomark\n+\n+**Scaffold mode**\n+\n+Scaffolding is the process of ordering and orienting draft assembly (query) sequences into longer sequences. Gaps (stretches of "N" characters) \n+are placed between adjacent query sequences to indicate the presence of unknown sequence. RagTag uses whole-genome alignments to a reference \n+assembly to scaffold query sequences. RagTag does not alter input query sequence in any way and only orders and orients sequences, joining them with gaps.\n+\n+----\n+\n+.. class:: infomark\n+\n+**Patch mode**\n+\n+This mode uses one genome assembly to *patch* another genome assembly. We define two types of patches:\n+\n+- Fills are patches that fill assembly gaps. This process is like traditional gap-filling, though it uses an assembly instead of WGS sequencing reads.\n+- Joins are patches that join distinct contigs. This is essentially scaffolding and gap-filling in a single step.\n+\n+----\n+\n+.. class:: infomark\n+\n+**Merge mode**\n+\n+Draft genome assemblies are often scaffolded multiple times using different approaches. For example, one might scaffold an assembly using different genome \n+maps (physical, linkage, Hi-C, etc.), different methods, or different method parameters. RagTag merge is a tool to merge and reconcile different scaffoldings \n+of the same assembly. In this way, one can leverage the advantages of multiple techniques to synergistically improve scaffolding.\n+\n+Most tools write scaffolding results in the AGP file format, which encodes adjacency and gap information in a plain text file. To run RagTag merge, \n+one must supply the assembly in FASTA format and at least two AGP files that define a scaffolding of the assembly. Each AGP file can optionally be \n+assigned a weight, allowing users to assign the relative influence of each AGP on the final result.\n+\n+If available, users can supply Hi-C alignments to the draft assembly to resolve conflicts in the merging graph. In this scenario, the input AGP \n+files are used to build the initial graph, but then Hi-C alignments are used to re-weight the graph before computing the scaffolding solution.\n+\n+\n+**List of accepted restriction enzymes**\n+\n+List of all accepted restriction enzymes and their restriction sites:\n+\n+ - HindIII: AAGCTT\n+ - Sau3AI: GATC\n+ - MboI: GATC\n+ - DpnII: GATC\n+ - HinfI: GA[ATCG]TC\n+ - DdeI: CT[ATCG]AG\n+ - MseI: TTAA\n+\n+For RagTag, use a comma separated list of enzymes or sites (or a mix). For example:\n+\n+ - Arima Hi-C v1.0: *Sau3AI,HinfI* or *GATC,GA[ATCG]TC*\n+ - Arima Hi-C v2.0: *Sau3AI,HinfI,DdeI,MseI* or *GATC,GA[ATCG]TC,CT[ATCG]AG,TTAA*\n+ \n+ Note that for restriction sites, wildcards are represented with python regex syntax, not IUPAC ambiguity codes. e.g. \'[ATCG]\' instead of \'N\'.\n+ \n+Restriction enzymes are not necessarily the enzyme used for sample prep. Each is only a enzyme that cuts at the corresponding restriction site.\n+\n+ ]]> </help>\n+ <expand macro="citations" />\n+</tool>\n\\ No newline at end of file\n' |
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| diff -r 000000000000 -r a04e64efa43a test-data/annotation.gff --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/annotation.gff Wed Nov 10 23:33:13 2021 +0000 |
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| b'@@ -0,0 +1,1265 @@\n+##gff-version 3\n+#!gff-spec-version 1.21\n+#!processor NCBI annotwriter\n+#!genome-build ASM960v1\n+#!genome-build-accession NCBI_Assembly:GCA_000009605.1\n+##sequence-region BA000003.2 1 640681\n+##species https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=107806\n+BA000003.2\tDDBJ\tregion\t1\t640681\t.\t+\t.\tID=BA000003.2:1..640681;Dbxref=taxon:107806;Is_circular=true;gbkey=Src;isolate=Tokyo1998;mol_type=genomic DNA;nat-host=Acyrthosiphon pisum;note=primary endosymbiont of Acyrthosiphon pisum%3B~synonym: Buchnera sp. APS;strain=APS\n+BA000003.2\tDDBJ\tgene\t197\t2083\t.\t+\t.\tID=gene-gidA;Name=gidA;gbkey=Gene;gene=gidA;gene_biotype=protein_coding\n+BA000003.2\tDDBJ\tCDS\t197\t2083\t.\t+\t0\tID=cds-BAB12729.1;Parent=gene-gidA;Dbxref=NCBI_GP:BAB12729.1;Name=BAB12729.1;Note=BU001;gbkey=CDS;gene=gidA;product=glucose inhibited division protein A;protein_id=BAB12729.1;transl_table=11\n+BA000003.2\tDDBJ\tgene\t2278\t3102\t.\t+\t.\tID=gene-atpB;Name=atpB;gbkey=Gene;gene=atpB;gene_biotype=protein_coding\n+BA000003.2\tDDBJ\tCDS\t2278\t3102\t.\t+\t0\tID=cds-BAB12730.1;Parent=gene-atpB;Dbxref=NCBI_GP:BAB12730.1;Name=BAB12730.1;Note=BU002;gbkey=CDS;gene=atpB;product=ATP synthase A chain;protein_id=BAB12730.1;transl_table=11\n+BA000003.2\tDDBJ\tgene\t3139\t3378\t.\t+\t.\tID=gene-atpE;Name=atpE;gbkey=Gene;gene=atpE;gene_biotype=protein_coding\n+BA000003.2\tDDBJ\tCDS\t3139\t3378\t.\t+\t0\tID=cds-BAB12731.1;Parent=gene-atpE;Dbxref=NCBI_GP:BAB12731.1;Name=BAB12731.1;Note=BU003;gbkey=CDS;gene=atpE;product=ATP synthase C chain;protein_id=BAB12731.1;transl_table=11\n+BA000003.2\tDDBJ\tgene\t3497\t3982\t.\t+\t.\tID=gene-atpF;Name=atpF;gbkey=Gene;gene=atpF;gene_biotype=protein_coding\n+BA000003.2\tDDBJ\tCDS\t3497\t3982\t.\t+\t0\tID=cds-BAB12732.1;Parent=gene-atpF;Dbxref=NCBI_GP:BAB12732.1;Name=BAB12732.1;Note=BU004;gbkey=CDS;gene=atpF;product=ATP synthase B chain;protein_id=BAB12732.1;transl_table=11\n+BA000003.2\tDDBJ\tgene\t3982\t4515\t.\t+\t.\tID=gene-atpH;Name=atpH;gbkey=Gene;gene=atpH;gene_biotype=protein_coding\n+BA000003.2\tDDBJ\tCDS\t3982\t4515\t.\t+\t0\tID=cds-BAB12733.1;Parent=gene-atpH;Dbxref=NCBI_GP:BAB12733.1;Name=BAB12733.1;Note=BU005;gbkey=CDS;gene=atpH;product=ATP synthase delta chain;protein_id=BAB12733.1;transl_table=11\n+BA000003.2\tDDBJ\tgene\t4530\t6068\t.\t+\t.\tID=gene-atpA;Name=atpA;gbkey=Gene;gene=atpA;gene_biotype=protein_coding\n+BA000003.2\tDDBJ\tCDS\t4530\t6068\t.\t+\t0\tID=cds-BAB12734.1;Parent=gene-atpA;Dbxref=NCBI_GP:BAB12734.1;Name=BAB12734.1;Note=BU006;gbkey=CDS;gene=atpA;product=ATP synthase alpha chain;protein_id=BAB12734.1;transl_table=11\n+BA000003.2\tDDBJ\tgene\t6101\t6973\t.\t+\t.\tID=gene-atpG;Name=atpG;gbkey=Gene;gene=atpG;gene_biotype=protein_coding\n+BA000003.2\tDDBJ\tCDS\t6101\t6973\t.\t+\t0\tID=cds-BAB12735.1;Parent=gene-atpG;Dbxref=NCBI_GP:BAB12735.1;Name=BAB12735.1;Note=BU007;gbkey=CDS;gene=atpG;product=ATP synthase gamma chain;protein_id=BAB12735.1;transl_table=11\n+BA000003.2\tDDBJ\tgene\t6997\t8394\t.\t+\t.\tID=gene-atpD;Name=atpD;gbkey=Gene;gene=atpD;gene_biotype=protein_coding\n+BA000003.2\tDDBJ\tCDS\t6997\t8394\t.\t+\t0\tID=cds-BAB12736.1;Parent=gene-atpD;Dbxref=NCBI_GP:BAB12736.1;Name=BAB12736.1;Note=BU008;gbkey=CDS;gene=atpD;product=ATP synthase beta chain;protein_id=BAB12736.1;transl_table=11\n+BA000003.2\tDDBJ\tgene\t8421\t8837\t.\t+\t.\tID=gene-atpC;Name=atpC;gbkey=Gene;gene=atpC;gene_biotype=protein_coding\n+BA000003.2\tDDBJ\tCDS\t8421\t8837\t.\t+\t0\tID=cds-BAB12737.1;Parent=gene-atpC;Dbxref=NCBI_GP:BAB12737.1;Name=BAB12737.1;Note=BU009;gbkey=CDS;gene=atpC;product=ATP synthase epsilon chain;protein_id=BAB12737.1;transl_table=11\n+BA000003.2\tDDBJ\tgene\t8911\t11322\t.\t-\t.\tID=gene-gyrB;Name=gyrB;gbkey=Gene;gene=gyrB;gene_biotype=protein_coding\n+BA000003.2\tDDBJ\tCDS\t8911\t11322\t.\t-\t0\tID=cds-BAB12738.1;Parent=gene-gyrB;Dbxref=NCBI_GP:BAB12738.1;Name=BAB12738.1;Note=BU010;gbkey=CDS;gene=gyrB;product=DNA gyrase subunit B;protein_id=BAB12738.1;transl_table=11\n+BA000003.2\tDDBJ\tgene\t11449\t12549\t.\t-\t.\tID=gene-dnaN;Name=dnaN;gbkey=Gene;gene=dnaN;gene_biotype=protein_coding\n+BA000003.2\tDDBJ\tCDS\t11449\t12549\t.\t-\t0\tID=cds-BAB12739.1;Parent=gene-dnaN;'..b'AP001071.1\tDDBJ\tCDS\t3032\t4591\t.\t+\t0\tID=cds-BAA95423.1;Parent=gene-leuA;Dbxref=NCBI_GP:BAA95423.1;Name=BAA95423.1;Note=BUpL04;gbkey=CDS;gene=leuA;product=2-isopropylmalate 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