Repository 'stacks_rxstacks'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/stacks_rxstacks

Changeset 0:a1f5a4be394a (2016-06-14)
Next changeset 1:46928cd47045 (2016-06-15)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/stacks commit f3a59c91c231cc1582479109e776d05602b7f24d-dirty
added:
macros.xml
stacks_rxstacks.xml
test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fa
test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fq
test-data/demultiplexed/PopA_01.2.fq
test-data/demultiplexed/PopA_01.rem.1.fa
test-data/demultiplexed/PopA_01.rem.1.fq
test-data/demultiplexed/PopA_01.rem.2.fq
test-data/demultiplexed/PopA_02.1.fq
test-data/demultiplexed/PopA_02.2.fq
test-data/demultiplexed/PopA_02.rem.1.fq
test-data/demultiplexed/PopA_02.rem.2.fq
test-data/demultiplexed/PopA_03.1.fq
test-data/demultiplexed/PopA_03.2.fq
test-data/demultiplexed/PopA_03.rem.1.fq
test-data/demultiplexed/PopA_03.rem.2.fq
test-data/demultiplexed/PopA_04.1.fq
test-data/demultiplexed/PopA_04.2.fq
test-data/demultiplexed/PopA_04.rem.1.fq
test-data/demultiplexed/PopA_04.rem.2.fq
test-data/demultiplexed/PopB_01.1.fq
test-data/demultiplexed/PopB_01.2.fq
test-data/demultiplexed/PopB_01.rem.1.fq
test-data/demultiplexed/PopB_01.rem.2.fq
test-data/demultiplexed/PopB_02.1.fq
test-data/demultiplexed/PopB_02.2.fq
test-data/demultiplexed/PopB_02.rem.1.fq
test-data/demultiplexed/PopB_02.rem.2.fq
test-data/demultiplexed/PopB_03.1.fq
test-data/demultiplexed/PopB_03.2.fq
test-data/demultiplexed/PopB_03.rem.1.fq
test-data/demultiplexed/PopB_03.rem.2.fq
test-data/demultiplexed/PopB_04.1.fq
test-data/demultiplexed/PopB_04.2.fq
test-data/demultiplexed/PopB_04.rem.1.fq
test-data/demultiplexed/PopB_04.rem.2.fq
test-data/denovo_map/popmap.tsv
test-data/genotypes/PopA_01.alleles.tsv
test-data/genotypes/PopA_01.matches.tsv
test-data/genotypes/PopA_01.snps.tsv
test-data/genotypes/PopA_01.tags.tsv
test-data/genotypes/PopA_02.alleles.tsv
test-data/genotypes/PopA_02.matches.tsv
test-data/genotypes/PopA_02.snps.tsv
test-data/genotypes/PopA_02.tags.tsv
test-data/genotypes/batch_1.catalog.alleles.tsv
test-data/genotypes/batch_1.catalog.snps.tsv
test-data/genotypes/batch_1.catalog.tags.tsv
test-data/procrad/R1.fq
test-data/procrad/R2.fq
test-data/procrad/barcodes
test-data/procrad/process_radtags.out
test-data/refmap/PopA_01.bam
test-data/refmap/PopA_02.bam
test-data/refmap/PopA_03.bam
test-data/refmap/PopA_04.bam
test-data/refmap/PopB_01.bam
test-data/refmap/PopB_02.bam
test-data/refmap/PopB_03.bam
test-data/refmap/PopB_04.bam
test-data/refmap/reference.fasta
tool_dependencies.xml
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
[
b'@@ -0,0 +1,376 @@\n+<?xml version="1.0"?>\n+<macros>\n+    <xml name="requirements">\n+        <requirements>\n+            <requirement type="package" version="1.40">stacks</requirement>\n+            <requirement type="package" version="1.2.10">velvet</requirement>\n+            <container type="docker">quay.io/mulled/stacks:1.40--1</container>\n+            <yield/>\n+        </requirements>\n+    </xml>\n+\n+    <token name="@WRAPPER_VERSION@">1.40</token>\n+\n+    <xml name="stdio">\n+        <stdio>\n+            <exit_code range="1:" level="fatal" description="Error in Stacks execution" />\n+        </stdio>\n+    </xml>\n+\n+    <xml name="citation">\n+        <citations>\n+            <citation type="doi">10.1111/mec.12354</citation>\n+            <citation type="doi">10.1111/mec.12330</citation>\n+            <citation type="doi">10.1534/g3.111.000240</citation>\n+            <citation type="doi">10.1534/genetics.111.127324</citation>\n+            <citation type="doi">10.1111/j.1755-0998.2010.02967.x</citation>\n+            <citation type="doi">10.1073/pnas.1006538107</citation>\n+        </citations>\n+    </xml>\n+\n+    <token name="@STACKS_INFOS@">\n+<![CDATA[\n+--------\n+\n+**Created by:**\n+\n+Stacks was developed by Julian Catchen with contributions from Angel Amores, Paul Hohenlohe, and Bill Cresko\n+\n+**Project links:**\n+\n+`Stacks website <http://creskolab.uoregon.edu/stacks/>`_\n+\n+`Stacks manual <http://creskolab.uoregon.edu/stacks/stacks_manual.pdf>`_\n+\n+`Stacks google group <http://groups.google.com/group/stacks-users>`_\n+]]></token>\n+\n+    <xml name="enzymes">\n+        <option value="aciI">aciI</option>\n+        <option value="ageI">ageI</option>\n+        <option value="aluI">aluI</option>\n+        <option value="apeKI">apeKI</option>\n+        <option value="apoI">apoI</option>\n+        <option value="aseI">aseI</option>\n+        <option value="bamHI">bamHI</option>\n+        <option value="bfaI">bfaI</option>\n+        <option value="bgIII">bgIII</option>\n+        <option value="bspDI">bspDI</option>\n+        <option value="bstYI">bstYI</option>\n+        <option value="claI">claI</option>\n+        <option value="ddeI">ddeI</option>\n+        <option value="dpnII">dpnII</option>\n+        <option value="eaeI">eaeI</option>\n+        <option value="ecoRI">ecoRI</option>\n+        <option value="ecoRV">ecoRV</option>\n+        <option value="ecoT22I">ecoT22I</option>\n+        <option value="hindIII">hindIII</option>\n+        <option value="kpnI">kpnI</option>\n+        <option value="mluCI">mluCI</option>\n+        <option value="mseI">mseI</option>\n+        <option value="mspI">mspI</option>\n+        <option value="ndeI">ndeI</option>\n+        <option value="nheI">nheI</option>\n+        <option value="nlaIII">nlaIII</option>\n+        <option value="notI">notI</option>\n+        <option value="nsiI">nsiI</option>\n+        <option value="pstI">pstI</option>\n+        <option value="rsaI">rsaI</option>\n+        <option value="sacI">sacI</option>\n+        <option value="sau3AI">sau3AI</option>\n+        <option value="sbfI">sbfI</option>\n+        <option value="sexAI">sexAI</option>\n+        <option value="sgrAI">sgrAI</option>\n+        <option value="speI">speI</option>\n+        <option value="sphI">sphI</option>\n+        <option value="taqI">taqI</option>\n+        <option value="xbaI">xbaI</option>\n+        <option value="xhoI">xhoI</option>\n+    </xml>\n+\n+    <xml name="cross_types">\n+        <option value="CP">CP (F1 cross)</option>\n+        <option value="F2">F2 (F2 cross)</option>\n+        <option value="BC1">BC1 (backcross)</option>\n+        <option value="DH">DH (double haploid cross)</option>\n+        <option value="GEN">GEN (generic, unspecific to any map type)</option>\n+    </xml>\n+\n+    <token name="@NORM_GENOTYPES_OUTPUT_LIGHT@">\n+        <![CDATA[\n+        ##\xc2\xa0We need to do this as the output file names contains the value of an option (min progeny)\n+        &&\n+        cd stacks_outputs/ &&\n+        ln -s batch_1.haplotypes_1.tsv batch_1.ha'..b'_genomic" label="Each nucleotide position in all population members with ${tool.name} on ${on_string}" from_work_dir="stacks_outputs/batch_1.genomic.tsv">\n+            <filter>populations_output[\'options_genomic\'][\'genomic\']</filter>\n+        </data>\n+\n+    </xml>\n+\n+    <xml name="snp_options">\n+        <conditional name="select_model">\n+            <param name="model_type" type="select" label="Choose the model">\n+                <option value="snp" selected="true">SNP</option>\n+                <option value="bounded">Bounded SNP</option>\n+                <option value="fixed">Fixed</option>\n+            </param>\n+            <when value="snp">\n+                <param name="alpha" argument="--alpha" type="select" label="Chi square significance level required to call a heterozygote or homozygote" >\n+                    <option value="0.1">0.1</option>\n+                    <option value="0.05" selected="True">0.05</option>\n+                    <option value="0.01">0.01</option>\n+                    <option value="0.001">0.001</option>\n+                </param>\n+            </when>\n+            <when value="bounded">\n+                <param name="bound_low" argument="--bound_low" type="float" value="0.0" min="0.0" max="1.0" label="lower bound for epsilon, the error rate" help="between 0 and 1.0"/>\n+                <param name="bound_high" argument="--bound_high" type="float" value="1.0" min="0.0" max="1.0" label="upper bound for epsilon, the error rate" help="between 0 and 1.0" />\n+                <param name="alpha" argument="--alpha" type="select" label="Chi square significance level required to call a heterozygote or homozygote" >\n+                    <option value="0.1">0.1</option>\n+                    <option value="0.05" selected="True">0.05</option>\n+                    <option value="0.01">0.01</option>\n+                    <option value="0.001">0.001</option>\n+                </param>\n+            </when>\n+            <when value="fixed">\n+            </when>\n+        </conditional>\n+    </xml>\n+\n+    <xml name="snp_options_full">\n+        <conditional name="select_model">\n+            <param name="model_type" type="select" label="Choose the model">\n+                <option value="snp" selected="true">SNP</option>\n+                <option value="bounded">Bounded SNP</option>\n+                <option value="fixed">Fixed</option>\n+            </param>\n+            <when value="snp">\n+                <param name="alpha" argument="--alpha" type="select" label="Chi square significance level required to call a heterozygote or homozygote" >\n+                    <option value="0.1">0.1</option>\n+                    <option value="0.05" selected="True">0.05</option>\n+                    <option value="0.01">0.01</option>\n+                    <option value="0.001">0.001</option>\n+                </param>\n+            </when>\n+            <when value="bounded">\n+                <param name="bound_low" argument="--bound_low" type="float" value="0.0" min="0.0" max="1.0" label="lower bound for epsilon, the error rate" help="between 0 and 1.0"/>\n+                <param name="bound_high" argument="--bound_high" type="float" value="1.0" min="0.0" max="1.0" label="upper bound for epsilon, the error rate" help="between 0 and 1.0" />\n+                <param name="alpha" argument="--alpha" type="select" label="Chi square significance level required to call a heterozygote or homozygote" >\n+                    <option value="0.1">0.1</option>\n+                    <option value="0.05" selected="True">0.05</option>\n+                    <option value="0.01">0.01</option>\n+                    <option value="0.001">0.001</option>\n+                </param>\n+            </when>\n+            <when value="fixed">\n+                <param name="bc_err_freq" argument="--bc_err_freq" type="float" value="0.1" min="0.0" max="1.0" label="Barcode error frequency" help="between 0 and 1.0"/>\n+            </when>\n+        </conditional>\n+    </xml>\n+</macros>\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a stacks_rxstacks.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/stacks_rxstacks.xml Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
[
b'@@ -0,0 +1,218 @@\n+<tool id="stacks_rxstacks" name="Stacks: rxstacks" version="@WRAPPER_VERSION@.0">\n+    <description>make corrections to genotype and haplotype calls</description>\n+    <macros>\n+        <import>macros.xml</import>\n+    </macros>\n+    <expand macro="requirements"/>\n+    <expand macro="stdio"/>\n+    <command><![CDATA[\n+\n+        mkdir stacks_inputs stacks_outputs\n+\n+        &&\n+\n+        #for $input_file in $input_col:\n+            #set $ext = ""\n+            #if not str($input_file.name).endswith(\'.tsv\'):\n+                #set $ext = ".tsv"\n+            #end if\n+            ln -s "${input_file}" "stacks_inputs/${input_file.name}${ext}" &&\n+        #end for\n+\n+        rxstacks\n+\n+            -t \\${GALAXY_SLOTS:-1}\n+\n+            -P stacks_inputs\n+\n+            ## Batch description\n+            -b 1\n+\n+            #if str($options_filtering.lnl):\n+                --lnl_filter\n+                --lnl_lim $options_filtering.lnl\n+            #end if\n+\n+            $options_filtering.lnl_dist\n+\n+            #if str($options_filtering.conf):\n+                --conf_filter\n+                --conf_lim $options_filtering.conf\n+            #end if\n+\n+            #if $options_filtering.prune.prune_haplo:\n+                --prune_haplo\n+                #if str($options_filtering.prune.max_haplo):\n+                    --max_haplo $options_filtering.prune.max_haplo\n+                #end if\n+            #end if\n+\n+            ## snp_model\n+            #if str( $snp_options.select_model.model_type) == "bounded":\n+                --model_type bounded\n+                --bound_low $snp_options.select_model.bound_low\n+                --bound_high $snp_options.select_model.bound_high\n+                --alpha $snp_options.select_model.alpha\n+            #else if str( $snp_options.select_model.model_type) == "snp":\n+                --model_type snp\n+                --alpha $snp_options.select_model.alpha\n+            #else\n+                --model_type fixed\n+            #end if\n+\n+            -o stacks_outputs\n+    ]]></command>\n+\n+    <inputs>\n+        <param name="input_col" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Output from previous Stacks pipeline steps (e.g. denovo_map or refmap)" />\n+\n+        <section name="options_filtering" title="Data filtering options" expanded="true">\n+            <param name="lnl" type="float" value="" optional="true" argument="--lnl_lim" label="Filter loci with log likelihood values below this threshold" />\n+            <param name="lnl_dist" argument="--lnl_dist" truevalue="--lnl_dist" falsevalue="" type="boolean" checked="false" label="Print distribution of mean log likelihoods for catalog loci." />\n+\n+            <param name="conf" type="float" value="0.75" optional="true" argument="--conf_lim" min="0.0" max="1.0" label="Proportion of loci in population that must be confounded relative to the catalog locus (between 0.0 and 1.0)."/>\n+\n+            <conditional name="prune">\n+                <param name="prune_haplo" argument="--prune_haplo" type="boolean" checked="false" label="Prune out non-biological haplotypes unlikely to occur in the population." />\n+                <when value="false"></when>\n+                <when value="true">\n+                    <param name="max_haplo" argument="--max_haplo" type="integer" value="" optional="true" label="Only consider haplotypes for pruning if they occur in fewer than this value."/>\n+                </when>\n+            </conditional>\n+        </section>\n+\n+        <!-- SNP Model options -->\n+        <section name="snp_options" title="SNP Model Options (ustacks options)" expanded="False">\n+            <expand macro="snp_options"/>\n+        </section>\n+    </inputs>\n+\n+    <outputs>\n+        <data format="txt" name="output_log" label="rxstacks.log with ${tool.name} on ${on_string}" from_work_dir="stacks_outputs/batch_1.rxstacks.log" />\n+\n+        <data format="txt" name="output_lnl_dist" label="Distribution of mean log like'..b'ame="PopA_02.snps.tsv" ftype="tabular" value="genotypes/PopA_02.snps.tsv" />\n+                    <element name="PopA_02.tags.tsv" ftype="tabular" value="genotypes/PopA_02.tags.tsv" />\n+               </collection>\n+            </param>\n+            <param name="options_filtering|lnl" value="-10.0" />\n+            <param name="options_filtering|lnl_dist" value="true" />\n+            <param name="options_filtering|prune_haplo" value="true" />\n+            <param name="options_filtering|max_haplo" value="1" />\n+\n+            <output name="output_log">\n+                <assert_contents>\n+                    <has_text text="rxstacks executed" />\n+                </assert_contents>\n+            </output>\n+\n+            <output name="output_lnl_dist">\n+                <assert_contents>\n+                    <has_text text="Median" />\n+                </assert_contents>\n+            </output>\n+\n+            <!-- samples -->\n+            <output_collection name="tags">\n+                <element name="PopA_01.tags">\n+                    <assert_contents>\n+                        <has_text text="lane1_fakedata7_0" />\n+                    </assert_contents>\n+                </element>\n+            </output_collection>\n+            <output_collection name="snps">\n+                <element name="PopA_01.snps">\n+                    <assert_contents>\n+                        <has_text text="24.950" />\n+                    </assert_contents>\n+                </element>\n+            </output_collection>\n+            <output_collection name="alleles">\n+                <element name="PopA_01.alleles">\n+                    <assert_contents>\n+                        <has_text text="AC" />\n+                    </assert_contents>\n+                </element>\n+            </output_collection>\n+        </test>\n+    </tests>\n+\n+    <help>\n+<![CDATA[\n+.. class:: infomark\n+\n+**What it does**\n+\n+This program will run each of the Stacks components: first, running ustacks on each of the samples specified, building loci and calling SNPs in each. Second, cstacks will be run to create a catalog of all loci that were marked as \'parents\' or \'samples\' on the command line, and finally, sstacks will be executed to match each sample against the catalog. A bit more detail on this process can be found in the FAQ. The denovo_map.pl program will also load the results of each stage of the analysis: individual loci, the catalog, and matches against the catalog into the database (although this can be disabled). After matching, the program will build a database index to speed up access (index_radtags.pl) and enable web-based filtering.\n+\n+--------\n+\n+**Input files**\n+\n+Output from denovo_map or ref_map\n+\n+**Output files**\n+\n+- XXX.tags.tsv file:\n+\n+See `Stacks output description <http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/manual/#files>`_\n+\n+Notes: For the tags file, each stack will start in the file with a consensus sequence for the entire stack followed by the flags for that stack. Then, each individual read that was merged into that stack will follow. The next stack will start with another consensus sequence.\n+\n+\n+- XXX.snps.tsv file:\n+\n+See `Stacks output description <http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/manual/#files>`_\n+\n+Notes: If a stack has two SNPs called within it, then there will be two lines in this file listing each one.\n+\n+\n+- XXX.alleles.tsv file:\n+\n+See `Stacks output description <http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/manual/#files>`_\n+\n+- XXX.matches.tsv file:\n+\n+See `Stacks output description <http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/manual/#files>`_\n+\n+Notes: Each line in this file records a match between a catalog locus and a locus in an individual, for a particular haplotype. The Batch ID plus the Catalog ID together represent a unique locus in the entire population, while the Sample ID and the Stack ID together represent a unique locus in an individual sample.\n+\n+@STACKS_INFOS@\n+]]>\n+    </help>\n+    <expand macro="citation" />\n+</tool>\n+\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fa Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,132 @@\n+>lane1_fakedata0_0 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_1 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_2 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_3 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_4 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_5 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_6 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_7 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_8 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_9 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_10 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_11 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_12 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_13 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_14 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_15 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAGTCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_16 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_17 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_18 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_19 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_20 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_21 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_22 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_23 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_24 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_25 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_26 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata0_27 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n+>lane1_fakedata2_0 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n+>lane1_fakedata2_1 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n+>lane1_fakedata2_2 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n+>lane1_fakedata2_3 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAG'..b' 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n+>lane1_fakedata2_7 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n+>lane1_fakedata2_8 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n+>lane1_fakedata2_9 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n+>lane1_fakedata2_10 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n+>lane1_fakedata2_11 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n+>lane1_fakedata2_12 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n+>lane1_fakedata2_13 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n+>lane1_fakedata2_14 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n+>lane1_fakedata2_15 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n+>lane1_fakedata2_16 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n+>lane1_fakedata2_17 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCCAGA\n+>lane1_fakedata2_18 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n+>lane1_fakedata2_19 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n+>lane1_fakedata7_0 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n+>lane1_fakedata7_1 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n+>lane1_fakedata7_2 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n+>lane1_fakedata7_3 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n+>lane1_fakedata7_4 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n+>lane1_fakedata7_5 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n+>lane1_fakedata7_6 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n+>lane1_fakedata7_7 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n+>lane1_fakedata7_8 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n+>lane1_fakedata7_9 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n+>lane1_fakedata7_10 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n+>lane1_fakedata7_11 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n+>lane1_fakedata7_12 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n+>lane1_fakedata7_13 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n+>lane1_fakedata7_14 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n+>lane1_fakedata7_15 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n+>lane1_fakedata7_16 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n+>lane1_fakedata7_17 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,264 @@\n+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_1 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_2 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_3 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_4 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_5 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_6 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_7 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_8 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_9 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_10 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_11 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_12 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_13 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_14 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_15 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAGTCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_16 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_17 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'TGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_1 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_2 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_3 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_4 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_5 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_6 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_7 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_8 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_9 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_10 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_11 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_12 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_13 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_14 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_15 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_16 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_17 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopA_01.2.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopA_01.2.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,264 @@\n+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_1 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_2 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_3 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_4 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_5 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_6 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_7 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_8 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_9 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_10 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_11 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_12 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_13 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_14 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_15 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACATCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_16 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b':N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_2 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_3 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_4 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_5 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_6 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_7 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_8 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_9 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_10 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_11 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_12 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAATAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_13 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_14 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_15 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_16 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_17 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopA_01.rem.2.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopA_01.rem.2.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,376 @@\n+@lane1_fakedata3_0 1:N:0:_2\n+CCGCGTGGGGGGCTCCACGCCCTTGCACGGTAGCCATCACTTCCTTCCAAACCATGCAGTAGCACATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGGCCCGAAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_1 1:N:0:_2\n+CCGCGTGGGGGGCTCCACGCCCTTGCACGGTAGCCATCACTTCCTTCCAAACCATGCAGTAGCACATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGGCCCGAAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_2 1:N:0:_2\n+CCGCGTGGGGGGCTCCACGCCCTTGCACGGTAGCCATCACTTCCTTCCAAACCATGCAGTAGCACATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGGCCCGGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_3 1:N:0:_2\n+CCGCGTGGGGGGCTCCACGCCCTGCACGGTAGACTATCGCTTCCCGTTCCGAAACCATGCAGTAGCCGCATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGCCGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_4 1:N:0:_2\n+CCGCGTGGGGGGCTCCACGCCCTGCACGGTAGACTATCGCTTCCCGTTCCGAAACTATGCAGTAGCCGCATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGTCGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_5 1:N:0:_2\n+CCGCGTGGGGGGCTCCACGCCCTGCACGGTAGACTATCGCTTCCCGTTCCGAAACCATGCAGTAGCCGCATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGCCGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata4_0 1:N:0:_2\n+CCGACATTCCTTGTGAAGTTAGAATAACTTGCTAAAGCGTCTTGGCCTCTACTTTGAACTCGTAGGCACCAGTAGCCATCGGGAAGAAACGAGACCGTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata4_1 1:N:0:_2\n+CCGACATTCCTTGTGAAGTTAGAATAACTTGCTAAAGCGTCTTGGCCTCTACTTTGAACTCGTAGGCACCAGTAGCCATCGGGAAGAAACGAGACCGTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata4_2 1:N:0:_2\n+CCGACATTCCTTGTGAAGTTAGAATAACTTGCTAAAGCGTCTTGGCCTCTACTTTGAACTCGTAGGCACCAGTAGCCATCGGGAAGAAACGAGACCGTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata4_3 1:N:0:_2\n+CCGACATTCCTTGTGAAGTTAGAATAACTTGCTAAAGCGTCTTGGCCTCTACTTTGAACTCGTAGGCACCAGTAGCCATCGGGAAGAAACGAGACCGTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata4_4 1:N:0:_2\n+CCGACATTCCTTGTGAAGTTAGAATAACTTGCTAAAGCGTCTTGGCCTCTACTTTGAACTCGTAGGCACCAGTAGCCATCGGGAAGAAACGAGACCGTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata4_5 1:N:0:_2\n+CCGACATTCCTTGTGAAGTTAGAATAACTTGCTAAAGCGTCTTGGCCTCTACTTTGAACTCGTAGGCACCAGTAGCCATCGGGAAGAAACGAGACCGTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata4_6 1:N:0:_2\n+CCGACATTCCTTGTGAAGTTAGAATAACTTGCTAAAGCGTCTTGGCCTCTACTTTGAACTCGTAGGCACCAGTAGCCATCGGGAAGAAACGAGACCGTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata4_7 1:N:0:_2\n+CCGACATTCCTTGTGAAGTTAGAATAACTTGCTAAAGCGTCTTGGCCTCTACTTTGAACTCGTAGGCACCAGTAGCCATCGGGAAGAAACGAGACCGTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata4_8 1:N:0:_2\n+CCGACATTCCTTGTGAAGTTAGAATAACTTGCTAAAGCGTCTTGGCCTCTACTTTGAACTCGTAGGCACCAGTAGCCATCGGGAAGAAACGAGACCGTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata4_9 1:N:0:_2\n+CCGACATTCCTTGTGAAGTTAGAATAACTTGCTAAAGCGTCTTGGCCTCTACTTTGAACTCGTAGGCACCAGTAGCCATCGGGAAGAAACGATACCGTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata4_10 1:N:0:_2\n+CCGACATTCCTTGTGAAGTTAGAATAACTTGCTAAAGCGTCTTGGCCTCTACTTTGAACTCGTAGGCACCAGTAGCCATCGGGAAGAAACGAGACCGTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b':0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_4 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_5 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_6 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_7 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_8 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_9 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_10 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_11 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_12 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_13 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_14 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_15 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_16 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_17 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_18 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_19 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTGCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopA_02.1.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopA_02.1.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,240 @@\n+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_1 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_2 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_3 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_4 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_5 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_6 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_7 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_8 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_9 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_10 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_11 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_12 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_13 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_14 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_15 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_16 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_17 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'ACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_15 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_16 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_17 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_18 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_19 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_0 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_1 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_2 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_3 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_4 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_5 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_6 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAACCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_7 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_8 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_9 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_10 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTTTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_11 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopA_02.2.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopA_02.2.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,240 @@\n+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_1 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAAGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_2 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_3 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_4 1:N:0:_2\n+CCGTACTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_5 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_6 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_7 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_8 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_9 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_10 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_11 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_12 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_13 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTGCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_14 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_15 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_16 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGCCAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b' 1:N:0:_2\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_16 1:N:0:_2\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_17 1:N:0:_2\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_18 1:N:0:_2\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_19 1:N:0:_2\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_0 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_1 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_2 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_3 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_4 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_5 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_6 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_7 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACGATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_8 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_9 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_10 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_11 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCTATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopA_02.rem.2.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopA_02.rem.2.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,344 @@\n+@lane1_fakedata1_0 1:N:0:_2\n+CCGCGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_1 1:N:0:_2\n+CCGCGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_2 1:N:0:_2\n+CCGCGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCTGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_3 1:N:0:_2\n+CCGCGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_4 1:N:0:_2\n+CCGCGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_5 1:N:0:_2\n+CCGCGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_6 1:N:0:_2\n+CCGCGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_7 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_8 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_9 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_10 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_11 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_12 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_13 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_0 1:N:0:_2\n+CCGCCTTGCACGGTAGACTCATCGACTTCCCGTTCCGAAACCATGCAGTAGCCGCATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGTGCCCGAAAATCCGGACT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_1 1:N:0:_2\n+CCGCCTTGCACGGTAGACTCATCGACTTCCCGTTCCGAAACCATGCAGTAGCCGCATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGTGCCCGAAAATCCGGACT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_2 1:N:0:_2\n+CCGCCTTGCACGGTAGACTCATCGACTTCCCGTTCCGAAACCATGCAGTAGCCGCATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGTGCCCGAAAATCCGGACT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_8 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_9 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_10 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_11 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_12 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_13 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_14 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_15 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCGTGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_16 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTGGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_17 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_18 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_19 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_20 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_21 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_22 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_23 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTAGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopA_03.1.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopA_03.1.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,368 @@\n+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_1 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_2 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_3 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCCAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_4 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_5 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_6 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_7 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_8 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_9 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_10 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_11 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_12 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_13 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_14 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_15 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_0 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_1 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'AATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_21 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_22 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_23 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_24 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_25 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_26 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_27 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_28 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_29 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_30 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_31 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_32 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_33 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_34 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_35 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_36 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_37 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopA_03.2.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopA_03.2.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,368 @@\n+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGGTGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_1 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_2 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_3 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_4 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTCATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_5 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGGCAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_6 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_7 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_8 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_9 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_10 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_11 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_12 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_13 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_14 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_15 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_0 1:N:0:_2\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_22 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_23 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_24 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_25 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_26 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_27 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_28 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_29 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_30 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_31 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_32 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_33 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_34 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGGCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_35 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATAGAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_36 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_37 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopA_03.rem.2.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopA_03.rem.2.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,528 @@\n+@lane1_fakedata1_0 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_1 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCATCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_2 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_3 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_4 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_5 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_6 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_7 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_8 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_9 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_10 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_11 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_12 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGAGCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_13 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGATTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_14 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_15 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_16 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b' 1:N:0:_2\n+CCGGAGATCAAATTGAATTAGGTGGTATCGGATAGTATGGAATTAACCAACGCACCCGGGTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_24 1:N:0:_2\n+CCGGAGATCAAATTGAATTAGGTGGTATCGGATAGTATTGAATTAACCAACGCACCCGGGTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_25 1:N:0:_2\n+CCGGAGATCAAATTGAATTAGGTGGTATCGGATAGTATTGAATTAACCAACGCACCCGGGTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_0 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_1 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_2 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_3 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_4 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_5 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_6 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_7 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_8 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_9 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_10 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_11 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_12 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_13 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopA_04.1.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopA_04.1.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
@@ -0,0 +1,88 @@
+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:_1
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_1 1:N:0:_1
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_0 1:N:0:_1
+AATTCTTTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_1 1:N:0:_1
+AATTCTTTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_2 1:N:0:_1
+AATTCTTTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_3 1:N:0:_1
+AATTCTTTACACCACAGCATCACTTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_4 1:N:0:_1
+AATTCTTTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_5 1:N:0:_1
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_6 1:N:0:_1
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_7 1:N:0:_1
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_8 1:N:0:_1
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_9 1:N:0:_1
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_0 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_1 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_2 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_3 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_4 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_5 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_6 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_7 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_8 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_9 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopA_04.2.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopA_04.2.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
@@ -0,0 +1,88 @@
+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:_2
+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_1 1:N:0:_2
+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_0 1:N:0:_2
+CCGAGTTCACAAACTCACTCAACGGTTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATATATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_1 1:N:0:_2
+CCGAGTTCACAAACTCACTCAACGGTTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATATATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_2 1:N:0:_2
+CCGAGTTCACAAACTCACTCAACGGTTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATATATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_3 1:N:0:_2
+CCGAGTTCACAAACTCACTCAACGGTTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATATATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_4 1:N:0:_2
+CCGAGTTCACAAACTCACTCAACGGTTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATATATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_5 1:N:0:_2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_6 1:N:0:_2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_7 1:N:0:_2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_8 1:N:0:_2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_9 1:N:0:_2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_0 1:N:0:_2
+CCGACATCAGCATAGTAGTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGATAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_1 1:N:0:_2
+CCGACATCAGCATAGTAGTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_2 1:N:0:_2
+CCGACATCAGCATAGTAGTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_3 1:N:0:_2
+CCGACATCAGCATAGTAGTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_4 1:N:0:_2
+CCGACATCAGCATAGTAGTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGAAG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_5 1:N:0:_2
+CCGACGTCAGCATAGTAGTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_6 1:N:0:_2
+CCGACATCAGCATAGTAGTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_7 1:N:0:_2
+CCGACATCAGCATAGTAGTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_8 1:N:0:_2
+CCGACATCAGCATAGTAGTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_9 1:N:0:_2
+CCGACATCAGCATAGTAGTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopA_04.rem.2.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopA_04.rem.2.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,584 @@\n+@lane1_fakedata1_0 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGTGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_1 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGTGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_2 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGTGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_3 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGTGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_4 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGTGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_5 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGTGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_6 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGTGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_7 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGTGCGCCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_8 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGTGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_9 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGTGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_10 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGTGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_11 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGTGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_12 1:N:0:_2\n+CCGCGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_13 1:N:0:_2\n+CCGCGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_14 1:N:0:_2\n+CCGCGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_15 1:N:0:_2\n+CCGCGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_16 1:N:0:_2\n+CCGCGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_8 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_9 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_10 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATCCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_11 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_12 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_13 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_14 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_15 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_16 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_17 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_18 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_19 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_20 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_21 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_22 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGAGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_23 1:N:0:_2\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopB_01.1.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopB_01.1.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,184 @@\n+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_1 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_2 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_3 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_4 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_5 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_6 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_7 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_8 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_9 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_0 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_1 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_2 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCATAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_3 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_4 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_5 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_6 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_7 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'TGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_1 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_2 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_3 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_4 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_5 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_6 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_7 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_8 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_9 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_10 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_11 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_12 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_13 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_14 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_15 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_16 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_17 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopB_01.2.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopB_01.2.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,184 @@\n+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCGCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_1 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCGCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_2 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCGCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_3 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCGCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_4 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCGCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_5 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_6 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_7 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_8 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_9 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_0 1:N:0:_2\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGACCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_1 1:N:0:_2\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGACCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_2 1:N:0:_2\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGACCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_3 1:N:0:_2\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGACCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_4 1:N:0:_2\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGACCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_5 1:N:0:_2\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGACCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_6 1:N:0:_2\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGACCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b':N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_2 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_3 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_4 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_5 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_6 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_7 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_8 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_9 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_10 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_11 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_12 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGGTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_13 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_14 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATATGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_15 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_16 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_17 1:N:0:_2\n+CCGCATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCGAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopB_01.rem.2.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopB_01.rem.2.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,360 @@\n+@lane1_fakedata1_0 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGTGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_1 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGATCTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_0 1:N:0:_2\n+CCGCCTTGCACGGTAGACTCATCGACTTCCCGTTCCGAAACCATGCAGTAGCCACATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGTGCCCGAAAATCCGGACT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_1 1:N:0:_2\n+CCGCCTTGCACGGTAGACTCATCGACTTCCCGTTCCGAAACCATGCAGTAGCCACATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGTGCCCGAAAATCCGGACT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_2 1:N:0:_2\n+CCGCCTTGCACGGTAGACTCATCGACTTCCCGTTCCGAAACCATGCAGTAGCCACATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGTGCCCGAAAATCCGGACT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_3 1:N:0:_2\n+CCGCCTTGCACGGTAGACTCATCGACTTCCCGTTCCGAAACCATGCAGTAGCCACATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGTGCCCGAAAATCCGGACT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_4 1:N:0:_2\n+CCGCCTTGCACGGTAGACTCATCGACTTCCCGTTCCGAAACCATGCAGTAGCCACATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGTGCCCGAAAATCCGGACT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_5 1:N:0:_2\n+CCGCCTTGCACGGTAGACTCATCGACTTCCCGTTCCGAAACCATGCAGTAGCCACATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGTGCCCGAAAATCCGGACT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_6 1:N:0:_2\n+CCGCCTTGCACGGTAGACTCATCGACTTCCCGTTCCGAATCCATGCAGTAGCCACATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGTGCCCGAAAATCCGGACT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_7 1:N:0:_2\n+CCGCCTTGCACGGTAGACTCATCGACTTCCCGTTCCGAAACCATGCAGTAGCCACATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGTGCCCGAAAATCCGGACT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_8 1:N:0:_2\n+CCGCCTTGCACGGTAGACTCATCGACTTCCCGTTCCGAAACCATGCAGTAGCCACATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGTGCCCGAAAATCCGGACT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_9 1:N:0:_2\n+CCGCCTTGCACGGTAGACTCATCGACTTCCCGTTCCGAAACCATGCAGTAGCCACATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGTGCCCGAAAATCCGGACT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_10 1:N:0:_2\n+CCGCCTTGCACGGTAGACTCATCGACTTCCCGTTCCGAAACCATGCAGTAGCCGCATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGTGCCCGAAAATCCGGACT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_11 1:N:0:_2\n+CCGCCTTGCACGGTAGACTCATCGACTTCCCGTTCCGAAACCATGCAGTAGCCGCATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGTGCCCGAAAATCCGGACT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_12 1:N:0:_2\n+CCGCCTTGCACGGTAGACTCATCGACTTCCCGTTCCGAAACCATGCAGTAGCCGCATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGTGCCCGAAAATCCGGACT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_13 1:N:0:_2\n+CCGCCTTGCACGGTAGACTCATCGACTTCCCGTTCCGAAACCATGCAGTAGCCGCATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGTGCCCGAAAATCCGGACT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata3_14 1:N:0:_2\n+CCGCCTTGCACGGTAGACTCATCGACTTCCCGTTCCGAAACCATGCAGTAGCCGCATCTTGATGGCACGGTTCTTCGCTCAGTGCCCGAAAATCCGGACT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTAGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_12 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTAGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_13 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTAGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_14 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_15 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_16 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_17 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_18 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_19 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_20 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCCTACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_21 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_22 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_23 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_24 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_25 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCATGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_26 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_27 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopB_02.1.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopB_02.1.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,232 @@\n+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_1 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_2 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_3 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_4 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_5 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_6 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_7 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGGTTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_8 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_9 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_10 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCGAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_11 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_12 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_13 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_14 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_15 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGCATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_16 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_17 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'CACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata2_9 1:N:0:_1\n+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_0 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_1 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_2 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_3 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_4 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_5 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_6 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_7 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_8 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_9 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_10 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_11 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_12 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_13 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_14 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_15 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopB_02.2.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopB_02.2.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,232 @@\n+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_1 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_2 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_3 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_4 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_5 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_6 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_7 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_8 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGGGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_9 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_10 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_11 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_12 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_13 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_14 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_15 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_16 1:N:0:_2\n+CCGGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b' 1:N:0:_2\n+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_0 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_1 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_2 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_3 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_4 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_5 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_6 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_7 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_8 1:N:0:_2\n+CCGACATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_9 1:N:0:_2\n+CCGACATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_10 1:N:0:_2\n+CCGACATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_11 1:N:0:_2\n+CCGACATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGGTGGCCCAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_12 1:N:0:_2\n+CCGACATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_13 1:N:0:_2\n+CCGACATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAAGGTGTATAACTATTTGGTAGAGAGAACTGCTGCTATCACTCCCGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_14 1:N:0:_2\n+CCGACATCAGCATCAGTAGTTTTCAAAGAGCTGGCCCAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_15 1:N:0:_2\n+CCGACATCAGCATTAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAAGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopB_02.rem.2.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopB_02.rem.2.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,432 @@\n+@lane1_fakedata1_0 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_1 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_2 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_3 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTAATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_4 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_5 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGACTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_6 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_7 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_8 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_9 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_10 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_11 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_12 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_13 1:N:0:_2\n+CCGCGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_14 1:N:0:_2\n+CCGCGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAGACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_15 1:N:0:_2\n+CCGCGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_16 1:N:0:_2\n+CCGCGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'5_23 1:N:0:_2\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata6_0 1:N:0:_2\n+CCGCGCGCGACGACATCGGGATAGTTTAGATGGGGTCTGGTCATATTTTTGTCATCCACGATGAAAGTGTGGTCTAACGGAAGTTAAACGCAGCGCACCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata6_1 1:N:0:_2\n+CCGCGCGCGACGACATCGGGATAGTTTAGATGGGGTCTGGTCATATTTTTGTCATCCACGATGAAAGTGTGGTCTAACGGAAGTTAAACGCAGCGCACCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata6_2 1:N:0:_2\n+CCGCGCGCGACGACATCGGGATAGTTTAGATGGGGTCTGGTCATATTTTTGTCATCCACGATGAAAGTGTGGTCTAACGGAAGTTAAACGCAGCGCACCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata6_3 1:N:0:_2\n+CCGCGCGCGACGACATCGGGATAGTTTAGATGGGGTCTGGTCATATTTTTGTCATCCACGATGAAAGTGTGGTCTAACGGAAGTTAAACGCAGCGCACCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata6_4 1:N:0:_2\n+CCGCGCGCGACGACATCGGGATAGTTTAGATGGGGTCTGGTCATATTTTTGTCATCCACGATGAAAGTGTGGTCTAACGGAAGTTAAACGCAGCGCACCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata6_5 1:N:0:_2\n+CCGCGCGCGACGACATCGGGATAGTTTAGATGGGGTCTGGTCATATTTTTGTCATCCACGATGAAAGTTTGGTCTAACGGAAGTTAAACGCAGCGCACCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata6_6 1:N:0:_2\n+CCGCGCGCGACGACATCGGGATATTTTAGATGGGGTCTGGTCATATTTTTGTCATCCACGTTGAAAGTGTGGTCTAACGGAAGTTAAACGCAGCGCACCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata6_7 1:N:0:_2\n+CCGCGCGCGACGACATCGGGATAGTTTAGATGGGGTCTGGTCATATTTTTGTCATCCACGTTGAAAGTGTGGTCTAACGGAAGTTAAACGCAGCGCACCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata6_8 1:N:0:_2\n+CCGCGCGCGACGACATCGGGATAGTTTAGATGGGGTCTGGTCATATTTTTGTCATCCACGTTGAAAGTGTGGTCTAACGGAAGTTAAACGCAGCGCACCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata6_9 1:N:0:_2\n+CCGCGCGCGACGACATCGGGATAGTTTAGATGGGGTCTGGTCATATTTTTGTCATCCACGTTGAAAGTGTGGTCTAACGGAAGTTAAACGCAGCGCACCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata6_10 1:N:0:_2\n+CCGCGCGCGACGACATCGGGATAGTTTAGATGGGGTCTGGTCATATTTTTGTCATCCACGTTGAAAGTGTGGTCTAACGGAAGTTAAACGCAGCGCACTC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata6_11 1:N:0:_2\n+CCGCGCGCGACGACATCGGGATAGTTTAGATGGGGTCTGGTCATATTTTTGTCATCCACGTTGAAAGTGTGGTCTAACGGAAGTTAAACGCAGCGCACCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_0 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_1 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATAAGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTACAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_2 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCGGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_3 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopB_03.1.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopB_03.1.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,296 @@\n+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_1 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_2 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_3 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_4 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_5 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_6 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_7 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_8 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_9 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_10 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_11 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATTGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_12 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_13 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_14 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_15 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_16 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_17 1:N:0:_1\n+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'AATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_11 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_12 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_13 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_14 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_15 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_16 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_17 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_18 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_19 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_20 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_21 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_22 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_23 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_24 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_25 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_26 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_27 1:N:0:_1\n+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopB_03.2.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopB_03.2.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,296 @@\n+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_1 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_2 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_3 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCATTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_4 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_5 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_6 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_7 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_8 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_9 1:N:0:_2\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_10 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_11 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_12 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_13 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_14 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_15 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_16 1:N:0:_2\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_12 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_13 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_14 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_15 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_16 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_17 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_18 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_19 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_20 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_21 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_22 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_23 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_24 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_25 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGGCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_26 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata7_27 1:N:0:_2\n+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopB_03.rem.2.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopB_03.rem.2.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,296 @@\n+@lane1_fakedata1_0 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_1 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_2 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_3 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_4 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_5 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_6 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_7 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_8 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_9 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_10 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_11 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_12 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_13 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_14 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_15 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_16 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'2\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_8 1:N:0:_2\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_9 1:N:0:_2\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_10 1:N:0:_2\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_11 1:N:0:_2\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_12 1:N:0:_2\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_13 1:N:0:_2\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_14 1:N:0:_2\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_15 1:N:0:_2\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_16 1:N:0:_2\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_17 1:N:0:_2\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAGAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_18 1:N:0:_2\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_19 1:N:0:_2\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_20 1:N:0:_2\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_21 1:N:0:_2\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_22 1:N:0:_2\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAGATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata5_23 1:N:0:_2\n+CCGTGGTAACTTGGTCAATCTTAAATGACAGTCGGGGACCCCCAACACTCCTATAAGTGCAAGGCATGCCACTTGGGGACGGAAAAACAGATGCCAGCAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopB_04.1.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopB_04.1.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
@@ -0,0 +1,96 @@
+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:_1
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_1 1:N:0:_1
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_2 1:N:0:_1
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_3 1:N:0:_1
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_4 1:N:0:_1
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_5 1:N:0:_1
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_6 1:N:0:_1
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_7 1:N:0:_1
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_8 1:N:0:_1
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_9 1:N:0:_1
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_0 1:N:0:_1
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_1 1:N:0:_1
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_0 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_1 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_2 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_3 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_4 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATGTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_5 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_6 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAAACGAGGCTGCCAGACGCGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_7 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGAGGCTGCCAGACGCGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_8 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGAGGCTGCCAGACGCGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_9 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGAGGCTGCCAGACGCGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_10 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGAGGCTGCCAGACGCGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_11 1:N:0:_1
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGAGGCTGCCAGACGCGAGAC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopB_04.2.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopB_04.2.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
@@ -0,0 +1,96 @@
+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:_2
+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCGCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_1 1:N:0:_2
+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCGCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_2 1:N:0:_2
+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCGCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_3 1:N:0:_2
+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCGCCTTTGATGTTATCCATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_4 1:N:0:_2
+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCGCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_5 1:N:0:_2
+CCGGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_6 1:N:0:_2
+CCGGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_7 1:N:0:_2
+CCGGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_8 1:N:0:_2
+CCGGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata0_9 1:N:0:_2
+CCGGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_0 1:N:0:_2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGACCGTGAACTCAGGAATGCTATGTAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata2_1 1:N:0:_2
+CCGGTTCACTAAACTCACTCAACGGTTGGCGATATTGGCCGTGAACTCAGGAATGCTATATAATCCAGTCAAGGTACCGAGCGAAGGACGTCCAGCAGCC
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_0 1:N:0:_2
+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_1 1:N:0:_2
+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_2 1:N:0:_2
+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_3 1:N:0:_2
+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_4 1:N:0:_2
+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_5 1:N:0:_2
+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_6 1:N:0:_2
+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_7 1:N:0:_2
+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_8 1:N:0:_2
+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_9 1:N:0:_2
+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_10 1:N:0:_2
+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
+@lane1_fakedata7_11 1:N:0:_2
+CCGATCAGCATCAGTAGTTTTCAACGAGCTGGCCCAATGGTGTATAACTATGTGGTAGAGAGAAACTGCTGCTATCACTCACGATATAAGCCCTCTGACG
++
+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/demultiplexed/PopB_04.rem.2.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/demultiplexed/PopB_04.rem.2.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,624 @@\n+@lane1_fakedata1_0 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_1 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_2 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_3 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_4 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_5 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_6 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_7 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_8 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_9 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_10 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_11 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_12 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_13 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_14 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGGGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_15 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata1_16 1:N:0:_2\n+CCGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b' 1:N:0:_2\n+CCGCGCGCGACGACATCGGGATAGTTTAGATGGGGTCTGGTCATATTTTTGTCATCCACGTTGAAAGTGTGGTCTAACGGAAGTTAAACGCAGCGCTCCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_0 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_1 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_2 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_3 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_4 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_5 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_6 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_7 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_8 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_9 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_10 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_11 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_12 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAACTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_13 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_14 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata8_15 1:N:0:_2\n+CCGGTGGTATCGGATATGTATATGAATTAACCAAGCGCACCCGGGTTTCTGGCATACCAGTTCCATATACACACCCAAGCCACACAATTCTCTTCAATAG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/denovo_map/popmap.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/denovo_map/popmap.tsv Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
@@ -0,0 +1,8 @@
+PopA_01 myPopA
+PopA_02 myPopA
+PopA_03 myPopA
+PopA_04 myPopA
+PopB_01 myPopB
+PopB_02 myPopB
+PopB_03 myPopB
+PopB_04 myPopB
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/genotypes/PopA_01.alleles.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/genotypes/PopA_01.alleles.tsv Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
@@ -0,0 +1,3 @@
+# ustacks version 1.37; generated on 2016-04-18 07:36:21
+0 1 1 AC 50.00 9
+0 1 1 CA 50.00 9
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/genotypes/PopA_01.matches.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/genotypes/PopA_01.matches.tsv Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
@@ -0,0 +1,5 @@
+# sstacks version 1.37; generated on 2016-04-18 07:36:21
+0 1 1 1 1 AC 9 -3.36972
+0 1 1 1 1 CA 9 -3.36972
+0 1 2 1 2 consensus 20 -4.15
+0 1 3 1 3 consensus 28 -2.08
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/genotypes/PopA_01.snps.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/genotypes/PopA_01.snps.tsv Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
@@ -0,0 +1,283 @@
+# ustacks version 1.37; generated on 2016-04-18 07:36:21
+0 1 1 0 O 24.95 A -
+0 1 1 1 O 24.95 A -
+0 1 1 2 O 24.95 T -
+0 1 1 3 O 24.95 T -
+0 1 1 4 O 24.95 C -
+0 1 1 5 O 24.95 G -
+0 1 1 6 O 24.95 T -
+0 1 1 7 O 24.95 T -
+0 1 1 8 O 24.95 T -
+0 1 1 9 O 24.95 G -
+0 1 1 10 O 24.95 C -
+0 1 1 11 O 24.95 T -
+0 1 1 12 O 24.95 G -
+0 1 1 13 O 24.95 C -
+0 1 1 14 O 24.95 T -
+0 1 1 15 O 24.95 T -
+0 1 1 16 O 24.95 C -
+0 1 1 17 O 24.95 A -
+0 1 1 18 O 24.95 G -
+0 1 1 19 O 24.95 G -
+0 1 1 20 O 24.95 A -
+0 1 1 21 O 24.95 A -
+0 1 1 22 O 24.95 T -
+0 1 1 23 O 24.95 C -
+0 1 1 24 O 24.95 T -
+0 1 1 25 O 24.95 C -
+0 1 1 26 O 24.95 T -
+0 1 1 27 O 24.95 C -
+0 1 1 28 O 24.95 G -
+0 1 1 29 O 24.95 T -
+0 1 1 30 O 24.95 A -
+0 1 1 31 O 24.95 T -
+0 1 1 32 O 24.95 A -
+0 1 1 33 E -19.78 A C
+0 1 1 34 O 24.95 T -
+0 1 1 35 O 24.95 C -
+0 1 1 36 O 24.95 T -
+0 1 1 37 O 24.95 G -
+0 1 1 38 O 24.95 A -
+0 1 1 39 O 24.95 G -
+0 1 1 40 O 24.95 T -
+0 1 1 41 O 24.95 A -
+0 1 1 42 O 24.95 T -
+0 1 1 43 O 24.95 G -
+0 1 1 44 O 24.95 T -
+0 1 1 45 O 24.95 G -
+0 1 1 46 O 24.95 C -
+0 1 1 47 O 24.95 G -
+0 1 1 48 O 24.95 T -
+0 1 1 49 O 24.95 A -
+0 1 1 50 O 24.95 C -
+0 1 1 51 O 24.95 G -
+0 1 1 52 O 24.95 T -
+0 1 1 53 O 24.95 A -
+0 1 1 54 O 24.95 C -
+0 1 1 55 O 24.95 G -
+0 1 1 56 O 24.95 C -
+0 1 1 57 O 24.95 T -
+0 1 1 58 O 24.95 A -
+0 1 1 59 O 24.95 T -
+0 1 1 60 O 24.95 T -
+0 1 1 61 O 24.95 T -
+0 1 1 62 O 24.95 A -
+0 1 1 63 O 24.95 G -
+0 1 1 64 O 24.95 A -
+0 1 1 65 O 24.95 T -
+0 1 1 66 O 24.95 G -
+0 1 1 67 O 24.95 G -
+0 1 1 68 O 24.95 A -
+0 1 1 69 O 24.95 T -
+0 1 1 70 O 24.95 A -
+0 1 1 71 O 24.95 A -
+0 1 1 72 O 24.95 C -
+0 1 1 73 O 24.95 C -
+0 1 1 74 O 24.95 G -
+0 1 1 75 O 24.95 A -
+0 1 1 76 O 24.95 C -
+0 1 1 77 O 24.95 G -
+0 1 1 78 O 24.95 C -
+0 1 1 79 O 24.95 T -
+0 1 1 80 O 24.95 G -
+0 1 1 81 O 24.95 C -
+0 1 1 82 O 24.95 C -
+0 1 1 83 O 24.95 A -
+0 1 1 84 O 24.95 G -
+0 1 1 85 O 24.95 A -
+0 1 1 86 O 24.95 C -
+0 1 1 87 O 24.95 G -
+0 1 1 88 E -19.78 A C
+0 1 1 89 O 24.95 G -
+0 1 1 90 O 24.95 A -
+0 1 1 91 O 24.95 G -
+0 1 1 92 O 24.95 A -
+0 1 1 93 O 24.95 C -
+0 1 2 0 O 27.73 A -
+0 1 2 1 O 27.73 A -
+0 1 2 2 O 27.73 T -
+0 1 2 3 O 27.73 T -
+0 1 2 4 O 27.73 C -
+0 1 2 5 O 27.73 T -
+0 1 2 6 O 27.73 C -
+0 1 2 7 O 27.73 T -
+0 1 2 8 O 27.73 A -
+0 1 2 9 O 27.73 C -
+0 1 2 10 O 27.73 A -
+0 1 2 11 O 27.73 C -
+0 1 2 12 O 27.73 C -
+0 1 2 13 O 27.73 A -
+0 1 2 14 O 27.73 C -
+0 1 2 15 O 27.73 A -
+0 1 2 16 O 27.73 G -
+0 1 2 17 O 27.73 C -
+0 1 2 18 O 27.73 A -
+0 1 2 19 O 27.73 T -
+0 1 2 20 O 27.73 C -
+0 1 2 21 O 27.73 A -
+0 1 2 22 O 27.73 A -
+0 1 2 23 O 27.73 T -
+0 1 2 24 O 27.73 T -
+0 1 2 25 O 27.73 C -
+0 1 2 26 O 27.73 T -
+0 1 2 27 O 27.73 A -
+0 1 2 28 O 27.73 A -
+0 1 2 29 O 27.73 A -
+0 1 2 30 O 27.73 A -
+0 1 2 31 O 27.73 A -
+0 1 2 32 O 27.73 T -
+0 1 2 33 O 27.73 G -
+0 1 2 34 O 27.73 A -
+0 1 2 35 O 27.73 C -
+0 1 2 36 O 27.73 T -
+0 1 2 37 O 27.73 A -
+0 1 2 38 O 27.73 C -
+0 1 2 39 O 27.73 C -
+0 1 2 40 O 27.73 A -
+0 1 2 41 O 27.73 G -
+0 1 2 42 O 27.73 A -
+0 1 2 43 O 27.73 G -
+0 1 2 44 O 27.73 A -
+0 1 2 45 O 27.73 G -
+0 1 2 46 O 27.73 A -
+0 1 2 47 O 27.73 C -
+0 1 2 48 O 27.73 A -
+0 1 2 49 O 27.73 A -
+0 1 2 50 O 27.73 C -
+0 1 2 51 O 27.73 T -
+0 1 2 52 O 27.73 C -
+0 1 2 53 O 27.73 C -
+0 1 2 54 O 27.73 G -
+0 1 2 55 O 27.73 C -
+0 1 2 56 O 27.73 A -
+0 1 2 57 O 27.73 G -
+0 1 2 58 O 27.73 T -
+0 1 2 59 O 17.59 T -
+0 1 2 60 O 27.73 A -
+0 1 2 61 O 27.73 A -
+0 1 2 62 O 27.73 A -
+0 1 2 63 O 27.73 C -
+0 1 2 64 O 27.73 A -
+0 1 2 65 O 27.73 C -
+0 1 2 66 O 27.73 T -
+0 1 2 67 O 27.73 C -
+0 1 2 68 O 27.73 T -
+0 1 2 69 O 27.73 G -
+0 1 2 70 O 27.73 A -
+0 1 2 71 O 27.73 C -
+0 1 2 72 O 27.73 T -
+0 1 2 73 O 27.73 G -
+0 1 2 74 O 27.73 C -
+0 1 2 75 O 27.73 C -
+0 1 2 76 O 27.73 A -
+0 1 2 77 O 27.73 C -
+0 1 2 78 O 27.73 G -
+0 1 2 79 O 27.73 C -
+0 1 2 80 O 27.73 C -
+0 1 2 81 O 27.73 A -
+0 1 2 82 O 27.73 G -
+0 1 2 83 O 27.73 C -
+0 1 2 84 O 27.73 T -
+0 1 2 85 O 27.73 A -
+0 1 2 86 O 27.73 C -
+0 1 2 87 O 27.73 C -
+0 1 2 88 O 27.73 T -
+0 1 2 89 O 27.73 C -
+0 1 2 90 O 17.59 T -
+0 1 2 91 O 27.73 A -
+0 1 2 92 O 27.73 G -
+0 1 2 93 O 27.73 A -
+0 1 3 0 O 38.82 A -
+0 1 3 1 O 38.82 A -
+0 1 3 2 O 38.82 T -
+0 1 3 3 O 38.82 T -
+0 1 3 4 O 38.82 C -
+0 1 3 5 O 38.82 G -
+0 1 3 6 O 38.82 G -
+0 1 3 7 O 38.82 C -
+0 1 3 8 O 38.82 T -
+0 1 3 9 O 38.82 T -
+0 1 3 10 O 38.82 G -
+0 1 3 11 O 38.82 C -
+0 1 3 12 O 38.82 A -
+0 1 3 13 O 38.82 A -
+0 1 3 14 O 38.82 C -
+0 1 3 15 O 38.82 G -
+0 1 3 16 O 38.82 C -
+0 1 3 17 O 38.82 A -
+0 1 3 18 O 38.82 A -
+0 1 3 19 O 38.82 G -
+0 1 3 20 O 38.82 T -
+0 1 3 21 O 38.82 G -
+0 1 3 22 O 38.82 A -
+0 1 3 23 O 38.82 C -
+0 1 3 24 O 38.82 G -
+0 1 3 25 O 38.82 A -
+0 1 3 26 O 38.82 T -
+0 1 3 27 O 38.82 T -
+0 1 3 28 O 38.82 C -
+0 1 3 29 O 38.82 C -
+0 1 3 30 O 38.82 C -
+0 1 3 31 O 38.82 A -
+0 1 3 32 O 38.82 C -
+0 1 3 33 O 38.82 G -
+0 1 3 34 O 38.82 G -
+0 1 3 35 O 38.82 A -
+0 1 3 36 O 38.82 C -
+0 1 3 37 O 38.82 A -
+0 1 3 38 O 38.82 T -
+0 1 3 39 O 38.82 A -
+0 1 3 40 O 38.82 A -
+0 1 3 41 O 38.82 C -
+0 1 3 42 O 38.82 T -
+0 1 3 43 O 38.82 G -
+0 1 3 44 O 38.82 A -
+0 1 3 45 O 38.82 T -
+0 1 3 46 O 38.82 C -
+0 1 3 47 O 38.82 T -
+0 1 3 48 O 38.82 A -
+0 1 3 49 O 38.82 A -
+0 1 3 50 O 38.82 G -
+0 1 3 51 O 38.82 T -
+0 1 3 52 O 38.82 A -
+0 1 3 53 O 38.82 A -
+0 1 3 54 O 38.82 C -
+0 1 3 55 O 38.82 T -
+0 1 3 56 O 38.82 T -
+0 1 3 57 O 38.82 C -
+0 1 3 58 O 38.82 C -
+0 1 3 59 O 38.82 A -
+0 1 3 60 O 38.82 A -
+0 1 3 61 O 27.99 A -
+0 1 3 62 O 38.82 T -
+0 1 3 63 O 38.82 C -
+0 1 3 64 O 38.82 T -
+0 1 3 65 O 38.82 G -
+0 1 3 66 O 38.82 G -
+0 1 3 67 O 38.82 G -
+0 1 3 68 O 38.82 A -
+0 1 3 69 O 38.82 A -
+0 1 3 70 O 38.82 T -
+0 1 3 71 O 38.82 G -
+0 1 3 72 O 38.82 G -
+0 1 3 73 O 38.82 G -
+0 1 3 74 O 38.82 A -
+0 1 3 75 O 38.82 T -
+0 1 3 76 O 38.82 T -
+0 1 3 77 O 38.82 T -
+0 1 3 78 O 38.82 C -
+0 1 3 79 O 38.82 A -
+0 1 3 80 O 38.82 T -
+0 1 3 81 O 38.82 A -
+0 1 3 82 O 38.82 A -
+0 1 3 83 O 38.82 T -
+0 1 3 84 O 38.82 T -
+0 1 3 85 O 38.82 A -
+0 1 3 86 O 38.82 A -
+0 1 3 87 O 38.82 G -
+0 1 3 88 O 38.82 G -
+0 1 3 89 O 38.82 A -
+0 1 3 90 O 38.82 C -
+0 1 3 91 O 38.82 T -
+0 1 3 92 O 38.82 A -
+0 1 3 93 O 38.82 T -
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/genotypes/PopA_01.tags.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/genotypes/PopA_01.tags.tsv Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,73 @@\n+# ustacks version 1.37; generated on 2016-04-18 07:36:21\n+0\t1\t1\t\t0\t+\tconsensus\t\t\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\t0\t0\t0\t-3.36972\n+0\t1\t1\t\t\t\tmodel\t\t\tOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOEOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOEOOOOO\t\t\t\t\n+0\t1\t1\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata7_0 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\t\t\t\t\n+0\t1\t1\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata7_1 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\t\t\t\t\n+0\t1\t1\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata7_2 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\t\t\t\t\n+0\t1\t1\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata7_3 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\t\t\t\t\n+0\t1\t1\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata7_4 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\t\t\t\t\n+0\t1\t1\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata7_5 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\t\t\t\t\n+0\t1\t1\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata7_6 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\t\t\t\t\n+0\t1\t1\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata7_7 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\t\t\t\t\n+0\t1\t1\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata7_8 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\t\t\t\t\n+0\t1\t1\t\t\t\tprimary\t1\tlane1_fakedata7_9 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\t\t\t\t\n+0\t1\t1\t\t\t\tprimary\t1\tlane1_fakedata7_10 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\t\t\t\t\n+0\t1\t1\t\t\t\tprimary\t1\tlane1_fakedata7_11 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\t\t\t\t\n+0\t1\t1\t\t\t\tprimary\t1\tlane1_fakedata7_12 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\t\t\t\t\n+0\t1\t1\t\t\t\tprimary\t1\tlane1_fakedata7_13 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\t\t\t\t\n+0\t1\t1\t\t\t\tprimary\t1\tlane1_fakedata7_14 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\t\t\t\t\n+0\t1\t1\t\t\t\tprimary\t1\tlane1_fakedata7_15 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\t\t\t\t\n+0\t1\t1\t\t\t\tprimary\t1\tlane1_fakedata7_16 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\t\t\t\t\n+0\t1\t1\t\t\t\tprimary\t1\tlane1_fakedata7_17 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\t\t\t\t\n+0\t1\t2\t\t0\t+\tconsensus\t\t\tAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\t0\t0\t0\t-4.15\n+0\t1\t2\t\t\t\tmodel\t\t\tOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO\t\t\t\t\n+0\t1\t2\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata2_0 1:N:0:_1\tAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\t\t\t\t\n+0\t1\t2\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata2_1 1:N:0:_1\tAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\t\t\t\t\n+0\t1\t2\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata2_2 1:N:0:_1\tAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\t\t\t\t\n+0\t1\t2\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata2_3 1:N:0:_1\tAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\t\t\t\t\n+0\t1\t2\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata2_4 1:N:0:_1\tAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\t\t\t\t\n+0\t1\t2\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata2_6 1:N:0:_1\tAATTCTCTACAC'..b'ATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_1 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_2 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_3 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_4 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_5 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_6 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_7 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_8 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_9 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_10 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_11 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_12 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_13 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_14 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_16 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_17 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_18 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_19 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_20 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_21 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_22 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_23 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_24 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_25 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_26 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_27 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t1\t3\t\t\t\tsecondary\t\tlane1_fakedata0_15 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAGTCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/genotypes/PopA_02.alleles.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/genotypes/PopA_02.alleles.tsv Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
@@ -0,0 +1,3 @@
+# ustacks version 1.37; generated on 2016-04-18 07:36:21
+0 2 1 AC 50.00 6
+0 2 1 CA 33.33 4
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/genotypes/PopA_02.matches.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/genotypes/PopA_02.matches.tsv Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
@@ -0,0 +1,5 @@
+# sstacks version 1.37; generated on 2016-04-18 07:36:21
+0 1 1 2 1 AC 6 -7.08958
+0 1 1 2 1 CA 4 -7.08958
+0 1 2 2 2 consensus 20 -2.07
+0 1 3 2 3 consensus 28 -4.16
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/genotypes/PopA_02.snps.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/genotypes/PopA_02.snps.tsv Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
@@ -0,0 +1,283 @@
+# ustacks version 1.37; generated on 2016-04-18 07:36:21
+0 2 1 0 O 16.64 A -
+0 2 1 1 O 16.64 A -
+0 2 1 2 O 16.64 T -
+0 2 1 3 O 16.64 T -
+0 2 1 4 O 16.64 C -
+0 2 1 5 O 16.64 G -
+0 2 1 6 O 16.64 T -
+0 2 1 7 O 16.64 T -
+0 2 1 8 O 16.64 T -
+0 2 1 9 O 16.64 G -
+0 2 1 10 O 16.64 C -
+0 2 1 11 O 16.64 T -
+0 2 1 12 O 16.64 G -
+0 2 1 13 O 16.64 C -
+0 2 1 14 O 16.64 T -
+0 2 1 15 O 16.64 T -
+0 2 1 16 O 16.64 C -
+0 2 1 17 O 16.64 A -
+0 2 1 18 O 16.64 G -
+0 2 1 19 O 16.64 G -
+0 2 1 20 O 16.64 A -
+0 2 1 21 O 16.64 A -
+0 2 1 22 O 7.55 T -
+0 2 1 23 O 16.64 C -
+0 2 1 24 O 16.64 T -
+0 2 1 25 O 7.55 C -
+0 2 1 26 O 16.64 T -
+0 2 1 27 O 16.64 C -
+0 2 1 28 O 16.64 G -
+0 2 1 29 O 16.64 T -
+0 2 1 30 O 16.64 A -
+0 2 1 31 O 16.64 T -
+0 2 1 32 O 16.64 A -
+0 2 1 33 E -13.18 A C
+0 2 1 34 O 16.64 T -
+0 2 1 35 O 16.64 C -
+0 2 1 36 O 16.64 T -
+0 2 1 37 O 16.64 G -
+0 2 1 38 O 16.64 A -
+0 2 1 39 O 16.64 G -
+0 2 1 40 O 16.64 T -
+0 2 1 41 O 16.64 A -
+0 2 1 42 O 16.64 T -
+0 2 1 43 O 16.64 G -
+0 2 1 44 O 16.64 T -
+0 2 1 45 O 16.64 G -
+0 2 1 46 O 16.64 C -
+0 2 1 47 O 16.64 G -
+0 2 1 48 O 16.64 T -
+0 2 1 49 O 16.64 A -
+0 2 1 50 O 16.64 C -
+0 2 1 51 O 16.64 G -
+0 2 1 52 O 16.64 T -
+0 2 1 53 O 16.64 A -
+0 2 1 54 O 16.64 C -
+0 2 1 55 O 16.64 G -
+0 2 1 56 O 16.64 C -
+0 2 1 57 O 16.64 T -
+0 2 1 58 O 16.64 A -
+0 2 1 59 O 16.64 T -
+0 2 1 60 O 16.64 T -
+0 2 1 61 O 16.64 T -
+0 2 1 62 O 16.64 A -
+0 2 1 63 O 16.64 G -
+0 2 1 64 O 16.64 A -
+0 2 1 65 O 16.64 T -
+0 2 1 66 O 16.64 G -
+0 2 1 67 O 16.64 G -
+0 2 1 68 O 16.64 A -
+0 2 1 69 O 16.64 T -
+0 2 1 70 O 16.64 A -
+0 2 1 71 O 16.64 A -
+0 2 1 72 O 16.64 C -
+0 2 1 73 O 16.64 C -
+0 2 1 74 O 16.64 G -
+0 2 1 75 O 16.64 A -
+0 2 1 76 O 16.64 C -
+0 2 1 77 O 16.64 G -
+0 2 1 78 O 16.64 C -
+0 2 1 79 O 16.64 T -
+0 2 1 80 O 16.64 G -
+0 2 1 81 O 16.64 C -
+0 2 1 82 O 16.64 C -
+0 2 1 83 O 16.64 A -
+0 2 1 84 O 16.64 G -
+0 2 1 85 O 16.64 A -
+0 2 1 86 O 16.64 C -
+0 2 1 87 O 16.64 G -
+0 2 1 88 E -13.18 A C
+0 2 1 89 O 16.64 G -
+0 2 1 90 O 16.64 A -
+0 2 1 91 O 16.64 G -
+0 2 1 92 O 16.64 A -
+0 2 1 93 O 16.64 C -
+0 2 2 0 O 27.73 A -
+0 2 2 1 O 27.73 A -
+0 2 2 2 O 27.73 T -
+0 2 2 3 O 27.73 T -
+0 2 2 4 O 27.73 C -
+0 2 2 5 O 27.73 T -
+0 2 2 6 O 27.73 C -
+0 2 2 7 O 27.73 T -
+0 2 2 8 O 27.73 A -
+0 2 2 9 O 27.73 C -
+0 2 2 10 O 27.73 A -
+0 2 2 11 O 27.73 C -
+0 2 2 12 O 27.73 C -
+0 2 2 13 O 27.73 A -
+0 2 2 14 O 27.73 C -
+0 2 2 15 O 17.59 A -
+0 2 2 16 O 27.73 G -
+0 2 2 17 O 27.73 C -
+0 2 2 18 O 27.73 A -
+0 2 2 19 O 27.73 T -
+0 2 2 20 O 27.73 C -
+0 2 2 21 O 27.73 A -
+0 2 2 22 O 27.73 A -
+0 2 2 23 O 27.73 T -
+0 2 2 24 O 27.73 T -
+0 2 2 25 O 27.73 C -
+0 2 2 26 O 27.73 T -
+0 2 2 27 O 27.73 A -
+0 2 2 28 O 27.73 A -
+0 2 2 29 O 27.73 A -
+0 2 2 30 O 27.73 A -
+0 2 2 31 O 27.73 A -
+0 2 2 32 O 27.73 T -
+0 2 2 33 O 27.73 G -
+0 2 2 34 O 27.73 A -
+0 2 2 35 O 27.73 C -
+0 2 2 36 O 27.73 T -
+0 2 2 37 O 27.73 A -
+0 2 2 38 O 27.73 C -
+0 2 2 39 O 27.73 C -
+0 2 2 40 O 27.73 A -
+0 2 2 41 O 27.73 G -
+0 2 2 42 O 27.73 A -
+0 2 2 43 O 27.73 G -
+0 2 2 44 O 27.73 A -
+0 2 2 45 O 27.73 G -
+0 2 2 46 O 27.73 A -
+0 2 2 47 O 27.73 C -
+0 2 2 48 O 27.73 A -
+0 2 2 49 O 27.73 A -
+0 2 2 50 O 27.73 C -
+0 2 2 51 O 27.73 T -
+0 2 2 52 O 27.73 C -
+0 2 2 53 O 27.73 C -
+0 2 2 54 O 27.73 G -
+0 2 2 55 O 27.73 C -
+0 2 2 56 O 27.73 A -
+0 2 2 57 O 27.73 G -
+0 2 2 58 O 27.73 T -
+0 2 2 59 O 27.73 T -
+0 2 2 60 O 27.73 A -
+0 2 2 61 O 27.73 A -
+0 2 2 62 O 27.73 A -
+0 2 2 63 O 27.73 C -
+0 2 2 64 O 27.73 A -
+0 2 2 65 O 27.73 C -
+0 2 2 66 O 27.73 T -
+0 2 2 67 O 27.73 C -
+0 2 2 68 O 27.73 T -
+0 2 2 69 O 27.73 G -
+0 2 2 70 O 27.73 A -
+0 2 2 71 O 27.73 C -
+0 2 2 72 O 27.73 T -
+0 2 2 73 O 27.73 G -
+0 2 2 74 O 27.73 C -
+0 2 2 75 O 27.73 C -
+0 2 2 76 O 27.73 A -
+0 2 2 77 O 27.73 C -
+0 2 2 78 O 27.73 G -
+0 2 2 79 O 27.73 C -
+0 2 2 80 O 27.73 C -
+0 2 2 81 O 27.73 A -
+0 2 2 82 O 27.73 G -
+0 2 2 83 O 27.73 C -
+0 2 2 84 O 27.73 T -
+0 2 2 85 O 27.73 A -
+0 2 2 86 O 27.73 C -
+0 2 2 87 O 27.73 C -
+0 2 2 88 O 27.73 T -
+0 2 2 89 O 27.73 C -
+0 2 2 90 O 27.73 T -
+0 2 2 91 O 27.73 A -
+0 2 2 92 O 27.73 G -
+0 2 2 93 O 27.73 A -
+0 2 3 0 O 38.82 A -
+0 2 3 1 O 38.82 A -
+0 2 3 2 O 38.82 T -
+0 2 3 3 O 38.82 T -
+0 2 3 4 O 38.82 C -
+0 2 3 5 O 38.82 G -
+0 2 3 6 O 38.82 G -
+0 2 3 7 O 38.82 C -
+0 2 3 8 O 38.82 T -
+0 2 3 9 O 38.82 T -
+0 2 3 10 O 38.82 G -
+0 2 3 11 O 38.82 C -
+0 2 3 12 O 38.82 A -
+0 2 3 13 O 38.82 A -
+0 2 3 14 O 38.82 C -
+0 2 3 15 O 38.82 G -
+0 2 3 16 O 38.82 C -
+0 2 3 17 O 38.82 A -
+0 2 3 18 O 38.82 A -
+0 2 3 19 O 38.82 G -
+0 2 3 20 O 38.82 T -
+0 2 3 21 O 38.82 G -
+0 2 3 22 O 38.82 A -
+0 2 3 23 O 38.82 C -
+0 2 3 24 O 38.82 G -
+0 2 3 25 O 38.82 A -
+0 2 3 26 O 38.82 T -
+0 2 3 27 O 38.82 T -
+0 2 3 28 O 38.82 C -
+0 2 3 29 O 38.82 C -
+0 2 3 30 O 38.82 C -
+0 2 3 31 O 27.99 A -
+0 2 3 32 O 38.82 C -
+0 2 3 33 O 38.82 G -
+0 2 3 34 O 38.82 G -
+0 2 3 35 O 38.82 A -
+0 2 3 36 O 38.82 C -
+0 2 3 37 O 38.82 A -
+0 2 3 38 O 38.82 T -
+0 2 3 39 O 38.82 A -
+0 2 3 40 O 38.82 A -
+0 2 3 41 O 38.82 C -
+0 2 3 42 O 38.82 T -
+0 2 3 43 O 38.82 G -
+0 2 3 44 O 38.82 A -
+0 2 3 45 O 38.82 T -
+0 2 3 46 O 38.82 C -
+0 2 3 47 O 38.82 T -
+0 2 3 48 O 38.82 A -
+0 2 3 49 O 38.82 A -
+0 2 3 50 O 38.82 G -
+0 2 3 51 O 38.82 T -
+0 2 3 52 O 38.82 A -
+0 2 3 53 O 27.99 A -
+0 2 3 54 O 38.82 C -
+0 2 3 55 O 38.82 T -
+0 2 3 56 O 38.82 T -
+0 2 3 57 O 38.82 C -
+0 2 3 58 O 38.82 C -
+0 2 3 59 O 38.82 A -
+0 2 3 60 O 38.82 A -
+0 2 3 61 O 38.82 A -
+0 2 3 62 O 38.82 T -
+0 2 3 63 O 38.82 C -
+0 2 3 64 O 38.82 T -
+0 2 3 65 O 38.82 G -
+0 2 3 66 O 38.82 G -
+0 2 3 67 O 38.82 G -
+0 2 3 68 O 38.82 A -
+0 2 3 69 O 38.82 A -
+0 2 3 70 O 38.82 T -
+0 2 3 71 O 38.82 G -
+0 2 3 72 O 38.82 G -
+0 2 3 73 O 38.82 G -
+0 2 3 74 O 38.82 A -
+0 2 3 75 O 38.82 T -
+0 2 3 76 O 38.82 T -
+0 2 3 77 O 38.82 T -
+0 2 3 78 O 38.82 C -
+0 2 3 79 O 38.82 A -
+0 2 3 80 O 38.82 T -
+0 2 3 81 O 38.82 A -
+0 2 3 82 O 38.82 A -
+0 2 3 83 O 38.82 T -
+0 2 3 84 O 38.82 T -
+0 2 3 85 O 38.82 A -
+0 2 3 86 O 38.82 A -
+0 2 3 87 O 38.82 G -
+0 2 3 88 O 38.82 G -
+0 2 3 89 O 38.82 A -
+0 2 3 90 O 38.82 C -
+0 2 3 91 O 38.82 T -
+0 2 3 92 O 38.82 A -
+0 2 3 93 O 38.82 T -
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/genotypes/PopA_02.tags.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/genotypes/PopA_02.tags.tsv Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,67 @@\n+# ustacks version 1.37; generated on 2016-04-18 07:36:21\n+0\t2\t1\t\t0\t+\tconsensus\t\t\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\t0\t0\t0\t-7.08958\n+0\t2\t1\t\t\t\tmodel\t\t\tOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOEOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOEOOOOO\t\t\t\t\n+0\t2\t1\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata7_7 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\t\t\t\t\n+0\t2\t1\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata7_8 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\t\t\t\t\n+0\t2\t1\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata7_9 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\t\t\t\t\n+0\t2\t1\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata7_11 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\t\t\t\t\n+0\t2\t1\t\t\t\tprimary\t1\tlane1_fakedata7_0 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\t\t\t\t\n+0\t2\t1\t\t\t\tprimary\t1\tlane1_fakedata7_1 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\t\t\t\t\n+0\t2\t1\t\t\t\tprimary\t1\tlane1_fakedata7_2 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\t\t\t\t\n+0\t2\t1\t\t\t\tprimary\t1\tlane1_fakedata7_3 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\t\t\t\t\n+0\t2\t1\t\t\t\tprimary\t1\tlane1_fakedata7_4 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\t\t\t\t\n+0\t2\t1\t\t\t\tprimary\t1\tlane1_fakedata7_5 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC\t\t\t\t\n+0\t2\t1\t\t\t\tsecondary\t\tlane1_fakedata7_10 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTTTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\t\t\t\t\n+0\t2\t1\t\t\t\tsecondary\t\tlane1_fakedata7_6 1:N:0:_1\tAATTCGTTTGCTGCTTCAGGAACCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC\t\t\t\t\n+0\t2\t2\t\t0\t+\tconsensus\t\t\tAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\t0\t0\t0\t-2.07\n+0\t2\t2\t\t\t\tmodel\t\t\tOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO\t\t\t\t\n+0\t2\t2\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata2_0 1:N:0:_1\tAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\t\t\t\t\n+0\t2\t2\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata2_2 1:N:0:_1\tAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\t\t\t\t\n+0\t2\t2\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata2_3 1:N:0:_1\tAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\t\t\t\t\n+0\t2\t2\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata2_4 1:N:0:_1\tAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\t\t\t\t\n+0\t2\t2\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata2_5 1:N:0:_1\tAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\t\t\t\t\n+0\t2\t2\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata2_6 1:N:0:_1\tAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\t\t\t\t\n+0\t2\t2\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata2_7 1:N:0:_1\tAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\t\t\t\t\n+0\t2\t2\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata2_8 1:N:0:_1\tAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\t\t\t\t\n+0\t2\t2\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata2_9 1:N:0:_1\tAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\t\t\t\t\n+0\t2\t2\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata2_10 1:N:0:_1\tAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\t\t\t\t\n+0\t2\t2\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata2_11 1:N:0:_1\tAATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA\t\t\t\t\n+0\t2\t2\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata2_12 1:N:0:_1\tAATTCTCTACACC'..b'TCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_1 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_2 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_3 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_4 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_5 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_6 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_7 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_8 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_9 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_10 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_11 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_12 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_13 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_14 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_15 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_16 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_17 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_18 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_19 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_20 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_21 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_23 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_24 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_25 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tprimary\t0\tlane1_fakedata0_27 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tsecondary\t\tlane1_fakedata0_26 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTATCTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n+0\t2\t3\t\t\t\tsecondary\t\tlane1_fakedata0_22 1:N:0:_1\tAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCCCGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\t\t\t\t\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/genotypes/batch_1.catalog.alleles.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/genotypes/batch_1.catalog.alleles.tsv Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
@@ -0,0 +1,3 @@
+# cstacks version 1.37; catalog generated on 2016-04-18 07:36:21
+0 1 1 AC 0 0
+0 1 1 CA 0 0
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/genotypes/batch_1.catalog.snps.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/genotypes/batch_1.catalog.snps.tsv Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
@@ -0,0 +1,3 @@
+# cstacks version 1.37; catalog generated on 2016-04-18 07:36:21
+0 1 1 33 E -19.78 A C - -
+0 1 1 88 E -19.78 A C - -
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/genotypes/batch_1.catalog.tags.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/genotypes/batch_1.catalog.tags.tsv Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
@@ -0,0 +1,4 @@
+# cstacks version 1.37; catalog generated on 2016-04-18 07:36:21
+0 1 1 0 + consensus 0 1_1 AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC 0 0 0 0
+0 1 2 0 + consensus 0 1_2 AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA 0 0 0 0
+0 1 3 0 + consensus 0 1_3 AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT 0 0 0 0
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/procrad/R1.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/procrad/R1.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,28000 @@\n+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_1 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_2 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_3 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_4 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_5 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_6 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_7 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_8 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_9 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_10 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_11 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_12 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_13 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_14 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_15 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_16 1:N:0:\n+GGTGTGAATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'BBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_11 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_12 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_13 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_14 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_15 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_16 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_17 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_18 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_19 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_20 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_21 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_22 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_23 1:N:0:\n+GGGTAAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_0 1:N:0:\n+AAGATAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_1 1:N:0:\n+AAGATAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_2 1:N:0:\n+AAGATAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_3 1:N:0:\n+AAGATAAATTATAACAAAGGTCGACCTGACTCAGCCATTGTTGATAGACGCGAAAATAACGAAGCAGGATGACCGCAAGTGCAAACCATTACCAATGACC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/procrad/R2.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/procrad/R2.fq Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,28000 @@\n+@lane1_fakedata0_0 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATATGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_1 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_2 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_3 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTGGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_4 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_5 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_6 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTTCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_7 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_8 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_9 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_10 1:N:0:\n+CCGTGTATTCTCCCATGCGACAGCAGGACCTCCCATCCCCCTCTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_11 1:N:0:\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_12 1:N:0:\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_13 1:N:0:\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_14 1:N:0:\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_15 1:N:0:\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata0_16 1:N:0:\n+CCGTATTCTCCCATGCGACAGTAGGACCTCCGGATCCCCCTTTGATGTTATCAATCATAAGACGCTTCGATGGGCCTAGGTCTGTGGATTGCTCGTCGTA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB'..b'BBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_11 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_12 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_13 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_14 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_15 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCGTGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_16 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTGGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_17 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_18 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_19 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_20 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_21 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_22 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_23 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTAGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_0 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_1 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_2 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@lane1_fakedata9_3 1:N:0:\n+CCGCGGTTAAAATTGCTCAGTTCCGTCCAAGCAGGTTCTTTCCTCAACCGATGCGATTGGGTTCGCAACAGCGAGCAAGGTTGCATGCTTGGTAGCCGAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/procrad/barcodes
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/procrad/barcodes Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
@@ -0,0 +1,40 @@
+ATGGGG PopA_01
+GGGTAA PopA_02
+AGGAAA PopA_03
+TTTAAG PopA_04
+GGTGTG PopA_05
+TGATGT PopA_06
+GGTTGT PopA_07
+ATAAGT PopA_08
+AAGATA PopA_09
+TGTGAG PopA_10
+ATAGTT PopA_11
+GGAAGG PopA_12
+TTTGTG PopA_13
+TTAAAT PopA_14
+AATAAG PopA_15
+AAGAGG PopA_16
+TAGTGT PopA_17
+TGGAAG PopA_18
+GGGTTG PopA_19
+CATCAT PopA_20
+GGAGAG PopB_20
+GTTTTA PopB_01
+TGATAA PopB_02
+GTTGAT PopB_03
+AGATTA PopB_04
+GTATAG PopB_05
+TTGGGA PopB_06
+ATATAT PopB_07
+GATGAG PopB_08
+GGGAAT PopB_09
+AGTAAT PopB_10
+GGGATA PopB_11
+GAGAAG PopB_12
+AGTAGA PopB_13
+AAGGAT PopB_14
+AGGGTA PopB_15
+TGTTTT PopB_16
+ATGATG PopB_17
+GAGTTA PopB_18
+ATGTAG PopB_19
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/procrad/process_radtags.out
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/procrad/process_radtags.out Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
@@ -0,0 +1,56 @@
+process_radtags -1 /tmp/tmpTg8Tep/files/000/dataset_1.dat -2 /tmp/tmpTg8Tep/files/000/dataset_2.dat -i fastq -b /tmp/tmpTg8Tep/files/000/dataset_3.dat --inline_null -e ecoRI -y fastq -D -w 0.15 -q -s 10 -o galaxy_outputs
+process_radtags version 1.37 executed 2016-03-31 10:44:24
+
+File Retained Reads Low Quality Ambiguous Barcodes Ambiguous RAD-Tag Total
+dataset_1.dat 1767 0 0 233 2000
+
+Total Sequences 2000
+Ambiguous Barcodes 0
+Low Quality 0
+Ambiguous RAD-Tag 233
+Retained Reads 1767
+
+Barcode Filename Total No RadTag Low Quality Retained
+ATGGGG PopA_01 56 0 0 56
+GGGTAA PopA_02 84 14 0 70
+AGGAAA PopA_03 76 22 0 54
+TTTAAG PopA_04 52 24 0 28
+GGTGTG PopA_05 64 10 0 54
+TGATGT PopA_06 100 32 0 68
+GGTTGT PopA_07 100 31 0 69
+ATAAGT PopA_08 84 12 0 72
+AAGATA PopA_09 68 26 0 42
+TGTGAG PopA_10 0 0 0 0
+ATAGTT PopA_11 52 0 0 52
+GGAAGG PopA_12 36 0 0 36
+TTTGTG PopA_13 44 0 0 44
+TTAAAT PopA_14 52 0 0 52
+AATAAG PopA_15 52 0 0 52
+AAGAGG PopA_16 28 0 0 28
+TAGTGT PopA_17 56 0 0 56
+TGGAAG PopA_18 72 0 0 72
+GGGTTG PopA_19 36 0 0 36
+CATCAT PopA_20 76 24 0 52
+GGAGAG PopB_20 44 0 0 44
+GTTTTA PopB_01 20 0 0 20
+TGATAA PopB_02 64 0 0 64
+GTTGAT PopB_03 40 0 0 40
+AGATTA PopB_04 20 0 0 20
+GTATAG PopB_05 12 0 0 12
+TTGGGA PopB_06 52 0 0 52
+ATATAT PopB_07 40 0 0 40
+GATGAG PopB_08 64 0 0 64
+GGGAAT PopB_09 44 0 0 44
+AGTAAT PopB_10 52 0 0 52
+GGGATA PopB_11 48 0 0 48
+GAGAAG PopB_12 28 0 0 28
+AGTAGA PopB_13 44 0 0 44
+AAGGAT PopB_14 64 22 0 42
+AGGGTA PopB_15 64 0 0 64
+TGTTTT PopB_16 8 0 0 8
+ATGATG PopB_17 0 0 0 0
+GAGTTA PopB_18 44 0 0 44
+ATGTAG PopB_19 60 16 0 44
+
+Sequences not recorded
+Barcode Total
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/refmap/PopA_01.bam
b
Binary file test-data/refmap/PopA_01.bam has changed
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/refmap/PopA_02.bam
b
Binary file test-data/refmap/PopA_02.bam has changed
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/refmap/PopA_03.bam
b
Binary file test-data/refmap/PopA_03.bam has changed
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/refmap/PopA_04.bam
b
Binary file test-data/refmap/PopA_04.bam has changed
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/refmap/PopB_01.bam
b
Binary file test-data/refmap/PopB_01.bam has changed
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/refmap/PopB_02.bam
b
Binary file test-data/refmap/PopB_02.bam has changed
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/refmap/PopB_03.bam
b
Binary file test-data/refmap/PopB_03.bam has changed
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/refmap/PopB_04.bam
b
Binary file test-data/refmap/PopB_04.bam has changed
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a test-data/refmap/reference.fasta
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/refmap/reference.fasta Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,7680 @@\n+>Contig_1\n+AATTCACAAGAAGCTAACATGAAGTTTGGATGATCAGTTTCGTCGTACGTAGCCTCGCCTGCTTGCGTAATACCAAAAGAGGTCTATGAGCTGCNNNNNNNNNNCGGGAATTAAAACCGAGGCCCGGAATCCCACTTGGTCTAACTGAGAGGGGAGAGCTGGACGCGCCATTTCTTTCAAACAAAAGAAAAGCGTTTCTGGTGG\n+>Contig_2\n+AATTCTCCAAATCAGGTAGGTACACCTTCCTGAAGAAGCATAAGCCCCCAAGCCGTCCTTTATGACTGATTAGTTGTAACGTGACACGGGCGGGNNNNNNNNNNCGGATATTCAAAGCAATTTCAGAAGCCGCAACCCGGTAACCGAGCGTTCCTTGGACAGAACGGGCAGCGCAGTCCAGCCTTCTTAGCGAACAATTTACGC\n+>Contig_3\n+AATTCTTAGATGATGAGACTCAAACAGTTCGGTCGAAAGCTTAAGTTACTGTATTCACATCTTTCCAGGCTCACGTGATTTCCTGTACGCGTTGNNNNNNNNNNCGGGCAGCTTTCCAAGGGGACAACCAGTCATCGTGCTGCCTCAGGGTGTCATGAGGATCATAATAGTCTCGGTTCCCGTCGCTATCCTATTCCCGATTTG\n+>Contig_4\n+AATTCAGCCAGAGAATGAGTACGTATAAAATAAACACTGGAGGTTTGCTACGCTCTGTAGGAAAAAACCTATTGTATGCGATGTCACGTGTTTANNNNNNNNNNCGGATTGAAGTAGGACACGATGAGCTCAGGTTCGGGTTTAAATCGTGGCTGATCGTTAAGCTTAATCGGGGGTATTGGTGGTGTCACCTGATTTACAGTT\n+>Contig_5\n+AATTCTCGATTCTTCTCTATATCTGATACAACCCCAGAGATTTCCACACTAAGCCTGGCCTCGTAGTACGAACACCGACCTTGGGGCCATTTCTNNNNNNNNNNCGGCTGGACGCAATAGCTAGCCACCCTCGCTATCGAGTTTTAGGTAGCTAGACAGCATCTGGGCACTTACACTGGAAGACGGAACACAGATACCTATTCT\n+>Contig_6\n+AATTCTCTCATAGCATAAACTGGTACTGGGATGGGAGGAACGTGGCGTGGACAACGGCTAATCTTGAGAGAGGTGAGGTACGGAAGGCACCAGGNNNNNNNNNNCGGCGGTGGGAGACATGCCCGTACAAATGGAGGAGATCGCTATCTGTCAGCTGGTCCTTTCTGACCAAATCGCCGGGCAGTAACATGACGATAATGTGAG\n+>Contig_7\n+AATTCTGAGCCAATAAACAACAGGCGCGTGCGGCTTGGTCCCGTCAGAACTACCTATCAGCGTATAATAGTAGGATTCAGGTATTACCCACGGGNNNNNNNNNNCGGACGTATCTTGCACTCCAAACTCGGATGCGACATCGCCCTGAAGCGGTTGCCCAGAGGTGGAGCAGAGCCCGCCATACGATGGAAATTTCTTGTCCAC\n+>Contig_8\n+AATTCCCATGCAGGATAACGTCTCAATGACGATTCTAAAAAAACTCACAACCAAGTGCTGGAAGATGTTGGACAAAAAGAAGACTATGAACTATNNNNNNNNNNCGGTTATGGAAGCACACCGTCATCTAGACCGCTTCGAATTCTAAGAGCTTAGGGCTAACGTGGGGCACTTAGTATTCCGCATCTGAGATTGGTGCAAAGG\n+>Contig_9\n+AATTCGGGGCAAGCAGGAGAACTGATTATATGGGGTGAGGTGGGATCCGTACGTGCGACGAATGGTTTTAGCTAGTTATAAGTATTGAATTTTCNNNNNNNNNNCGGTTTCGGGGAGATGAATACCTTGGCTACTCAGTGAGAATAACAGACGTTGGCACTGCGCGGCTCGCATCCGCGGGTCCTTCGTGTAGAACTGCCCAGA\n+>Contig_10\n+AATTCATTATATCTACGGATACAATCCACGGTCAATTTCAAATTAACATTACAACGCTAAGCTCAACCCCAATCGTTGGATAACTCAGACCCGTNNNNNNNNNNCGGGCATGCGGGATTAGAGTCAACTTAGGTTGAAGTTAAATTGTAGTCCCTCCCACAAGCTCATAATTCGCTGCCTTGTGTTATTCTATCAGCAACTCGT\n+>Contig_11\n+AATTCCGGCGACCGAGTAGTAGTGCCTCACGTTGTTACGGGTACAAAGAGTACATTAAGCGGGGATACCAGTTATTCCTTAGGTTGCTGGTTTANNNNNNNNNNCGGGCCCGTGTACATTCTAAAAAATAAATGTTCCCCATGATTGTCTAACTGGATGGGAACTTTCCATATTGTTATTTATCTTGCCGTGCTCTAATCATGC\n+>Contig_12\n+AATTCAGGGTCTTGCTGAGGTGTGTGATGTTTGTCTCTGCATTGATGCGCCAATAAGCACCTTGGGCAAAATTAGCTACAGCGGACATCGGCGANNNNNNNNNNCGGTTAGGCTTCTAGTCATACTGCCGTAGAGCCCTCTTTATGCAGTGCGGATGCTGAGGAGCGAAAGAGAGTCCCAGTCTTTTTCCGGATGAAACCAAGC\n+>Contig_13\n+AATTCCTCGTAGAATCTGGGCGTGCGTAGAGGCCGCGATGTTCGATTTCGACTGTCTACAGTTATCACGGCATGCACTGATGTGGAGGTCGCGGNNNNNNNNNNCGGGTTACCGCCAAGGACCTGGTGATCTTTAAGCAGGAGGCGCTTTTTTCATCGCTTATAAATCTATACATGAGGCGCGATTCGACTACAAGACGTTGAA\n+>Contig_14\n+AATTCGTGGGGTTAGCTCCTGCTGGAGAGGGAATTGAGCGCTACCAGAGTCCACGGCAGTTTTAATTCGATAACGGGACCGATGACTGGGCCCTNNNNNNNNNNCGGAGCATAATCTTCAGTGCACAGGATATGTCGAATAGCGGCCATGCAGCGAGGACGTATCTCGTTTATGGCCGGACGTGTTCAGGTGATGTGTCGTAAG\n+>Contig_15\n+AATTCAACAACGCGGCCGCTGTTGTTAACTGCCGGCAAGTCCTGAGCGTACTAGTTGCACCCAGACTTGGAAACAAGTAATACTGACACACAATNNNNNNNNNNCGGGCTTAGGCGCAGAGCTCATGGCACGTGTCAAGAGGCGTACATAAAAGGGGCACCCCAGGGGATCTCCAGTAGCTTTACTAGACCCGCCGCTTCTCCC\n+>Contig_16\n+AATTCGCGTCGTCCCAGGTCGTAGCAAAGCTCTCATAGTACACTCCTGGGCACTGGGATAGAAGCACCTGGGATGCGACCGTATGTATACCGTGNNNNNNNNNNCGGCGTATGAGAGCACAGACACAAGCACCAGCTGAAGGGATAGCGTAGAGAATTTTTGACCGTGAAGAAGTCTGTGCATCTTTACAGGCAGACCCAGTAG\n+>Contig_17\n+AATTCCCGTAAGGAACGCCCTTGAATGAAGGATAGTCTCAGAGGTGACACCTACGCCGCTTACGGAAGATCGGATATGGGTCGCACTGGAGCCTNNNNNNNNNNCGGAATCTTATACGGCACTTGCATGGGAGAGTGCCGACGGTCGGCGATATTCCGCTTACATTGCCGTGTGTCGGCAGGAACGCAACCCATAAGATGACAA\n+>Contig_18\n+AATTCTAATATTTCGGGATCTGCGCAAGCCCAGGGTAGATCATGGGTAAGCGAAACCCCTGGCTCTGCAGCGTGTATCGTTCTAGTGCGTACTGNNNNNNNNNNCGGAAGAATGTGCCCGCGACTGCTTTTCCAGGCCTGACTGGAGCTATAACTCGGGCGACCGGTAGGTCCAGGGGACCCGCCCATAACGGCGGGGTTCAGT\n+>Contig_19\n+AATTCCTCGGACGATCGGCGCTGATTCGTCGGCGAGGGTGTGACCAAGAAAT'..b'TATATGTAATTGGCCGCGATATTCTCGCCTCTCACTAA\n+>Contig_3823\n+AATTCCGGAGGAGCGGTACAGAGCAGAAGCAATGGGATACGCCTGTTTTATGCTGCATCGTTGGACGGTATAAATTGGGATTGCCGCTCAGTTTNNNNNNNNNNCGGATAGAACAAGCCCAGCGTACAATTTACTGCGGTCATGTGGGTCTTCTGTAGCGAGCCGTAACGCAAAACTACGAAAATGACCTTAGTAAACCAGTAC\n+>Contig_3824\n+AATTCCGTCCGCGTTTAGATTTTGGACTCGGGTCCTGTGTCCGTTGCCAGGACAAGTAAGCTGAAAGTATTCCCTTCTCCTTTTTAGGGTAGCTNNNNNNNNNNCGGGTCTGCAGCATGTGCGCGGCTCGCACTCAGAGAACTCGTCCGTGGCTTTAAACATATGGACAAGAATATAGCCTCGGTTCACAGGGAACTGATCTGG\n+>Contig_3825\n+AATTCAATCAGCCTCCTTGACCTGTAGGCCACTGCCCAACCCCGTACGAGTTGAATCTTTATTGCGGTTAGCCTTAACTATTTAATCAGAAGCGNNNNNNNNNNCGGCCGTACAGTTCAGCGGTGTTTCCATCATTGAATTTTATACGATACCTGTCCTATGCTCACGACTGTCCCGCAAGTCCAGCGTAGGGACGGGGCGAAC\n+>Contig_3826\n+AATTCTTTTAAAACGTTACACTCTGAAAGCGTACATGATACTATCGACTACGCAGTTGACTGATCATCTTAACTGTTGATTAAATCAAAACAACNNNNNNNNNNCGGGTACGTGGACGCGCAGCCACTAGCCAGGGTTCTAGTTTTGTTTGCAGAAACGTCGCGCTAATACCGCCATTAAGCGGTAGCCACTTCCCCCTCATTC\n+>Contig_3827\n+AATTCTGGAACCTTAATAAGTAAACACGAGCAGACCTGCGTCAGGTGCCTACGTAGTGCTCAAGGGTTAAAAGTTCCTCATACTGTCTACCTCANNNNNNNNNNCGGCGTGCCAGAGCATCTGTCAAACGGGATGTATAGCGGTCTATGTTGGTTCGTTGATTAACGCTCCGGGTGTTTGTGCTGCGTATCATTTTATGCTAAC\n+>Contig_3828\n+AATTCCAGACAATACTGGAGCCCTATTTGCAGGTATAAGGGTTCCGGCATCACTCAACTTCCATAGCTACGCTGTTCAGTGCGCGGGCGGATGANNNNNNNNNNCGGACTGCCACCGGGCGGAACTTCAAACTCAAGTGCTACTGCAGAGCTCAAGTATCGTTCATAAGGGTGAAACAACAACTAGCAATCATGTGCCCGGACT\n+>Contig_3829\n+AATTCGGTCTTGGATAGCGCTACGACATAACTACGTCGAACTATCATCAATCGACGAAGGTATCTACTCTTAGCCCCTACTGGCATATTGGGTGNNNNNNNNNNCGGTAAACGGGGCTTAGCAATATATCTAACCTATCGAAAGAGAATTCGACGGTTAACTAGTGCAGTCTAGCTGAGACATATCACGGGCCGTTAGTTGCGC\n+>Contig_3830\n+AATTCGTGGATCTAGAGTCCTATTTCACGGGAGGTCCAACCGGCGTAGGAACTCGCGAATGTGCACTGAGCCTCACTAAATGTCGGACATAAGTNNNNNNNNNNCGGAAATTGTGCCCCAGTCCGCCACAGGAGATCTGCGTTTAAGATGCCAAAATGACTGGGATTGGAATTGAACTCTAATCGCAGAAGCGTGGTAAGGATC\n+>Contig_3831\n+AATTCATTGCGGGGCTTAGACTCAGATGGCTGCGCGTGGTGCCTTTCACGTACTGCCCAGGGGTCGCACCCGTGCTTCCGAGTCCACTTGTATCNNNNNNNNNNCGGGATTATACTCATTGAAGAGGATTTTCAAATGCCCACGAGCAAAGTGACAGCTGAATAAATTCGGCCATGCGGCGTGCGACGTCCATATGGCATAGTA\n+>Contig_3832\n+AATTCTAAGCCTCGCAGTGGGGTCCGGTAGCGGAACACAAAGAGAGCTTACCCCCCGCGGGAGACATACTGCTGGAAATGAGAACGCCCGAGATNNNNNNNNNNCGGTAGACGGGGGCCAGTTGCTCCACTCTATATGCATTTAACCACACTAATTTGTCTACTTGGGTGGGGCGCTTATGAAAAATTTGAACAGGTTCGGCCA\n+>Contig_3833\n+AATTCAGTGGAACTGGCCTCTGCAGCAATTCAGACGTGAAGATCTTGCGGGAGGGGACTGTGCTTCAGGCCGTGTTTGTCAACTTGTGAGGATTNNNNNNNNNNCGGCGAGTTCTTACTATATTAGCGCTCGCTTGATTTTTCCGTCGGGATCTCCTAGATTCGCTAAGGTTCATTGATTTCTGTAGCTAGGACTACAGATATG\n+>Contig_3834\n+AATTCTTGATTCGCACCAAACAAAACACGATGTCTACCAGACATTCGGATTGTCAAAGAGGTGATCGAGTAGATGGCGGCTGAGAAATGCTCCCNNNNNNNNNNCGGATTAGTTATTTCAAATTCACTGGCGATACAGTACCGGCGGCAGCAATGGAACTGAGAATACGGCGACACGCCCCGGCCAGTTTTACATTAAGCTCAC\n+>Contig_3835\n+AATTCTTCAATGCAATCTTTGACAGGAAAGCATGACTTTGGGGGGCCCCCTAGCTCCTAGATACAGGATGAAATCTTCTTATTCAAGCGAGCGGNNNNNNNNNNCGGGGAGGCTAACCAGTGCGACATCCTCTTTCGAGAGATGTAGTGAGGTCGCCTAAAAGCTGGGAGACGGAACGCCTCGAGTTTCTTAAAAGGTGTGGGG\n+>Contig_3836\n+AATTCAGGCAGGGCGTCAGCACGACACTATGTGCGACCGATCTGTAAGACGGAATGTTCCCCATTTGTGCCACAAAATAGGGGTCACGACCTCCNNNNNNNNNNCGGAACTCACCCAGAAATCACGCGGACGTCGATGGCTATCTACATTCCTACCGGGCGGTACGCGAAGTCGAACTCCCGCACACACGGCTCTACGCGTGTT\n+>Contig_3837\n+AATTCGCTAGATGTTGGTGAAGTTCGAGTCGGCCACAGTAAATCCACTTTCACTCTGTGGTGCCTCGCCTAAGGCGACGTGAGGATTAAAGCCTNNNNNNNNNNCGGTACCAGACTGACCATAAACGTTGAGGGAACAAGCATTATTGTCTCATCGATCCCTTGAAATGTTAAAAGTTGGGGAGGACCATTGCAGCTTACGTCA\n+>Contig_3838\n+AATTCATAGCCCCGCGTTCTCCATATTGCCCCACGATCTCCGGAGAGAGCCTTAGGTCGGCTACTTTCTGAATTGGTTACTCGGTCGAGAGCCGNNNNNNNNNNCGGGCTTCAGGGGTTCTAATTAGAAAGGATGCAGGGGTTAAAAAGTGAAGTAGTTGTCGAGATCTTCTGTGCGGCTGAGACTTGCCTGCCACTGTGGCGT\n+>Contig_3839\n+AATTCACGGAGTCGTTGCGCCCTAAGCCAGGGCATGTCTACCTTGCACACAAACATTTCGCTAGCCTCCCCATACTCAGGGGGCCGTCCGACGCNNNNNNNNNNCGGATGCATCCCGCTTTCATTGTTATCTATTCATTCACAGGGGATCACGTCCCGCCTTGTGGATATACAAATCACGGCGGCTTACCCCGACGTAGTTAAT\n+>Contig_3840\n+AATTCGAACCATTTTTGTCTTCTAGTTCCAAAGTCAAATAGCTTCACGCCCCGCTTGTGGCGGTTCTGGTTTACAGCCGAAAGTATCAGTACATNNNNNNNNNNCGGTCATTCCTAGATGTTACGTGTACTACCAAGAGTGTGAGAGGAGAGCGGGCTCTTGTTGTACCGGCCGTTTTATAGGGGACGACGCATCTGGATTTCT\n'
b
diff -r 000000000000 -r a1f5a4be394a tool_dependencies.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_dependencies.xml Tue Jun 14 14:03:38 2016 -0400
b
@@ -0,0 +1,9 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<tool_dependency>
+    <package name="stacks" version="1.40">
+        <repository changeset_revision="5eac5e2d91e2" name="package_stacks_1_40" owner="iuc" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
+    </package>
+    <package name="velvet" version="1.2.10">
+        <repository changeset_revision="93d32326537b" name="package_velvet_1_2_10" owner="devteam" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
+    </package>
+</tool_dependency>