Repository 'cap3'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/artbio/cap3

Changeset 1:a36a1acd5807 (2023-10-12)
Previous changeset 0:d76a0d8a9eac (2017-09-02)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/main/tools/cap3 commit 3bb28761a3768b3b84616be41efc40683653da60
modified:
cap3.xml
added:
newtests/ace.txt
newtests/cap3stdout.txt
newtests/contigs.fa
newtests/contigsandsinglets.fa
newtests/contigslink.txt
newtests/contigsqual.txt
newtests/info.txt
newtests/singlets.fa
b
diff -r d76a0d8a9eac -r a36a1acd5807 cap3.xml
--- a/cap3.xml Sat Sep 02 07:09:11 2017 -0400
+++ b/cap3.xml Thu Oct 12 23:17:38 2023 +0000
b
@@ -1,7 +1,7 @@
-<tool id="cap3" name="cap3" version="2.0.0">
+<tool id="cap3" name="cap3" version="2.0.1">
 <description>Sequence Assembly tool</description>
     <requirements>
-     <requirement type="package" version="10.2011">cap3</requirement>
+        <requirement type="package" version="10.2011=1">cap3</requirement>
     </requirements>
     <stdio>
         <exit_code range="1:" level="fatal" description="Tool exception" />
b
diff -r d76a0d8a9eac -r a36a1acd5807 newtests/ace.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/newtests/ace.txt Thu Oct 12 23:17:38 2023 +0000
b
b'@@ -0,0 +1,296 @@\n+AS 4 13\n+\n+CO Contig1 1372 7 2 U\n+GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG\n+GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG\n+TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG\n+GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC\n+TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC\n+ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA\n+ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTT\n+CTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTG\n+TCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCA\n+TCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCT\n+CCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTA\n+ACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATC\n+CGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGTCTAAGAGCC\n+TCAAACACTTTGTACTCATCATTCAGATTCGCCTCAGGAGGAGGAGGGCATCCTACAACC\n+TCCTTGACATCATAGTCGTTGGATTGGACTGTCAAATTTATCTGCCTCACAGCCACTCTC\n+TGCTCCCTCTTAAACTCGTCCAGGAATCCTGACAATGTGGGGAACAGATTAATCCATCCC\n+GCTTTGTCATCCTCTCCATCTGAATAGAGGTCTAGACAGAAGTCCCGAGAGGGGAATCCT\n+GACGAATCTGGATATTCAAAGTCCTGGAGGGTTATATGTTCTGGCTTCGTTCCGGTTTGC\n+TCTTGCGTTTGCATGACAATAATCTCGCCGGGGATTGTGTTAACCACAGCGTGTATTGTC\n+TCTTCGATCCGAGGTATGCTGAATCCCATTGTTATCATTAAACCCCTCATACGGTCATAC\n+AGAGTTCTTTGGCGTGCCGTTCTAGATACTGCCTTTTCAAAGGGATTATCCTTCTGGCAG\n+AGCATCATCTCAAGAGCATCGCTCTCAGGCATTGTGGGGACATGTATCACACGGTGTCTG\n+TGGTACACTCCCATAATTTGTACGCCAAGAAATTTGTGGTCCGTAATTAGAC\n+\n+BQ\n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 \n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 \n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 \n+25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 \n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 \n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 \n+25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 \n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 \n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 \n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 \n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 \n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 \n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 \n+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 '..b'GCCA\n+GGGCGTCCTCTATCGGGTGGATCCAGATTTTAAACAAATGGACGGGTCCATAGATAGAGA\n+GGATGCAAGAATCACCATTGAGTGGGTCCTCCACCATCTCAGAAAGGATTTAGGTGTAGA\n+GGAGACCCCTGCTTTTTGGAAGACAGTTGCAGCAGTGTGGCTTGATATGGCCATTGACCC\n+CCACTTTATCGTGGATGGTAAAACTGTTTACAAGAAGAAGAACCCCCATGGACTCATGAC\n+TGGAGTTCCAGGAACAACCCTATTTGACACTGTGAAATCTGTAATAGTCTGGAATGAAAT\n+GTTGGATCAGGCTGGTGCAGGTTCCATAGACCTTTTAAATGAAGCTCAAGTAGTTGAATG\n+GATGAAGAGACAAGGCTTAGTTGTCA\n+\n+QA 1 506 1 506\n+DS \n+\n+CO Contig3 284 2 3 U\n+AACGTAAAACAAACGACATGGATGCATCTAACCCTATTATTTCAAGCGATAGAAGCACTG\n+TGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG\n+AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG\n+AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG\n+TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT\n+\n+BQ\n+10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 \n+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 \n+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 \n+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 \n+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 \n+\n+AF 11 U 1\n+AF 4 U 49\n+BS 1 73 11\n+BS 74 74 4\n+BS 75 284 11\n+\n+RD 11 284 0 0\n+AACGTAAAACAAACGACATGGATGCATCTAACCCTATTATTTCAAGCGATAGAAGCACTG\n+TGAATCAGGTTTATGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG\n+AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG\n+AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG\n+TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT\n+\n+QA 1 284 1 284\n+DS \n+\n+RD 4 236 0 0\n+ATAGAAGCACTGTGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTG\n+CCTATCTCCAGGAGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTC\n+TCCATGAGTCGGAAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTG\n+ACACTAAGAAAGTTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT\n+\n+QA 1 236 1 236\n+DS \n+\n+CO Contig4 253 2 1 U\n+TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA\n+CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA\n+ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC\n+GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA\n+ACAGTTCTTGTTA\n+\n+BQ\n+10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 \n+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 \n+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 \n+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 \n+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 \n+\n+AF 18 U 1\n+AF 12 U 3\n+BS 1 253 18\n+\n+RD 18 253 0 0\n+TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA\n+CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA\n+ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC\n+GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA\n+ACAGTTCTTGTTA\n+\n+QA 1 253 1 253\n+DS \n+\n+RD 12 251 0 0\n+T\n+GGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCACCG\n+AGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACAATT\n+TCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTCGTT\n+CCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCAACA\n+GTTCTTGTTA\n+\n+QA 2 251 2 251\n+DS \n+\n'
b
diff -r d76a0d8a9eac -r a36a1acd5807 newtests/cap3stdout.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/newtests/cap3stdout.txt Thu Oct 12 23:17:38 2023 +0000
b
b"@@ -0,0 +1,299 @@\n+Number of segment pairs = 342; number of pairwise comparisons = 14\n+'+' means given segment; '-' means reverse complement\n+\n+Overlaps            Containments  No. of Constraints Supporting Overlap\n+\n+******************* Contig 1 ********************\n+2+\n+                    9+ is in 2+\n+                    6+ is in 2+\n+15+\n+                    1+ is in 15+\n+                    17+ is in 15+\n+13+\n+******************* Contig 2 ********************\n+7+\n+                    10+ is in 7+\n+******************* Contig 3 ********************\n+11+\n+4+\n+******************* Contig 4 ********************\n+18+\n+12+\n+\n+DETAILED DISPLAY OF CONTIGS\n+******************* Contig 1 ********************\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+2+                    GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG\n+9+                    GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG\n+15+                   GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+2+                    GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG\n+9+                    GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG\n+15+                   GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+2+                    TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG\n+9+                    TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG\n+6+                                                                       ACATCCTGG\n+15+                   TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+2+                    GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC\n+9+                    GTATGGTGGCTGTGGGC                                           \n+6+                    GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC\n+15+                   GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+2+                    TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC\n+6+                    TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC\n+15+                   TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+2+                    ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA\n+6+                    ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA\n+15+                   ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA\n+17+                                                                     TACTCCTGCA\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA\n+\n+"..b'\n+11+                   AACGTAAAACAAACGACATGGATGCATCTAACCCTATTATTTCAAGCGATAGAAGCACTG\n+4+                                                                    ATAGAAGCACTG\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             AACGTAAAACAAACGACATGGATGCATCTAACCCTATTATTTCAAGCGATAGAAGCACTG\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+11+                   TGAATCAGGTTTATGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG\n+4+                    TGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             TGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+11+                   AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG\n+4+                    AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+11+                   AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG\n+4+                    AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+11+                   TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT\n+4+                    TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT\n+\n+******************* Contig 4 ********************\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+18+                   TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA\n+12+                      GGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+18+                   CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA\n+12+                   CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+18+                   ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC\n+12+                   ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+18+                   GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA\n+12+                   GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+18+                   ACAGTTCTTGTTA\n+12+                   ACAGTTCTTGTTA\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             ACAGTTCTTGTTA\n+\n'
b
diff -r d76a0d8a9eac -r a36a1acd5807 newtests/contigs.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/newtests/contigs.fa Thu Oct 12 23:17:38 2023 +0000
b
@@ -0,0 +1,46 @@
+>Contig1
+GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG
+GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG
+TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG
+GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC
+TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC
+ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA
+ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTT
+CTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTG
+TCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCA
+TCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCT
+CCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTA
+ACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATC
+CGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGTCTAAGAGCC
+TCAAACACTTTGTACTCATCATTCAGATTCGCCTCAGGAGGAGGAGGGCATCCTACAACC
+TCCTTGACATCATAGTCGTTGGATTGGACTGTCAAATTTATCTGCCTCACAGCCACTCTC
+TGCTCCCTCTTAAACTCGTCCAGGAATCCTGACAATGTGGGGAACAGATTAATCCATCCC
+GCTTTGTCATCCTCTCCATCTGAATAGAGGTCTAGACAGAAGTCCCGAGAGGGGAATCCT
+GACGAATCTGGATATTCAAAGTCCTGGAGGGTTATATGTTCTGGCTTCGTTCCGGTTTGC
+TCTTGCGTTTGCATGACAATAATCTCGCCGGGGATTGTGTTAACCACAGCGTGTATTGTC
+TCTTCGATCCGAGGTATGCTGAATCCCATTGTTATCATTAAACCCCTCATACGGTCATAC
+AGAGTTCTTTGGCGTGCCGTTCTAGATACTGCCTTTTCAAAGGGATTATCCTTCTGGCAG
+AGCATCATCTCAAGAGCATCGCTCTCAGGCATTGTGGGGACATGTATCACACGGTGTCTG
+TGGTACACTCCCATAATTTGTACGCCAAGAAATTTGTGGTCCGTAATTAGAC
+>Contig2
+TGGATTTTCATCCATTGCTGGAGGGCTTACTAGGATGGTCGACTGGATGTATGCCTGCCC
+AAAGCGGCGGGGACGGGTTGTCTGTTACGGTGACGATGCATGTATAACATTTTGGAGCCA
+GGGCGTCCTCTATCGGGTGGATCCAGATTTTAAACAAATGGACGGGTCCATAGATAGAGA
+GGATGCAAGAATCACCATTGAGTGGGTCCTCCACCATCTCAGAAAGGATTTAGGTGTAGA
+GGAGACCCCTGCTTTTTGGAAGACAGTTGCAGCAGTGTGGCTTGATATGGCCATTGACCC
+CCACTTTATCGTGGATGGTAAAACTGTTTACAAGAAGAAGAACCCCCATGGACTCATGAC
+TGGAGTTCCAGGAACAACCCTATTTGACACTGTGAAATCTGTAATAGTCTGGAATGAAAT
+GTTGGATCAGGCTGGTGCAGGTTCCATAGACCTTTTAAATGAAGCTCAAGTAGTTGAATG
+GATGAAGAGACAAGGCTTAGTTGTCAAAGAGGGAA
+>Contig3
+AACGTAAAACAAACGACATGGATGCATCTAACCCTATTATTTCAAGCGATAGAAGCACTG
+TGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG
+AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG
+AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG
+TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT
+>Contig4
+TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA
+CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA
+ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC
+GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA
+ACAGTTCTTGTTA
b
diff -r d76a0d8a9eac -r a36a1acd5807 newtests/contigsandsinglets.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/newtests/contigsandsinglets.fa Thu Oct 12 23:17:38 2023 +0000
b
@@ -0,0 +1,91 @@
+>Contig1
+GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG
+GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG
+TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG
+GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC
+TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC
+ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA
+ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTT
+CTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTG
+TCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCA
+TCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCT
+CCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTA
+ACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATC
+CGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGTCTAAGAGCC
+TCAAACACTTTGTACTCATCATTCAGATTCGCCTCAGGAGGAGGAGGGCATCCTACAACC
+TCCTTGACATCATAGTCGTTGGATTGGACTGTCAAATTTATCTGCCTCACAGCCACTCTC
+TGCTCCCTCTTAAACTCGTCCAGGAATCCTGACAATGTGGGGAACAGATTAATCCATCCC
+GCTTTGTCATCCTCTCCATCTGAATAGAGGTCTAGACAGAAGTCCCGAGAGGGGAATCCT
+GACGAATCTGGATATTCAAAGTCCTGGAGGGTTATATGTTCTGGCTTCGTTCCGGTTTGC
+TCTTGCGTTTGCATGACAATAATCTCGCCGGGGATTGTGTTAACCACAGCGTGTATTGTC
+TCTTCGATCCGAGGTATGCTGAATCCCATTGTTATCATTAAACCCCTCATACGGTCATAC
+AGAGTTCTTTGGCGTGCCGTTCTAGATACTGCCTTTTCAAAGGGATTATCCTTCTGGCAG
+AGCATCATCTCAAGAGCATCGCTCTCAGGCATTGTGGGGACATGTATCACACGGTGTCTG
+TGGTACACTCCCATAATTTGTACGCCAAGAAATTTGTGGTCCGTAATTAGAC
+>Contig2
+TGGATTTTCATCCATTGCTGGAGGGCTTACTAGGATGGTCGACTGGATGTATGCCTGCCC
+AAAGCGGCGGGGACGGGTTGTCTGTTACGGTGACGATGCATGTATAACATTTTGGAGCCA
+GGGCGTCCTCTATCGGGTGGATCCAGATTTTAAACAAATGGACGGGTCCATAGATAGAGA
+GGATGCAAGAATCACCATTGAGTGGGTCCTCCACCATCTCAGAAAGGATTTAGGTGTAGA
+GGAGACCCCTGCTTTTTGGAAGACAGTTGCAGCAGTGTGGCTTGATATGGCCATTGACCC
+CCACTTTATCGTGGATGGTAAAACTGTTTACAAGAAGAAGAACCCCCATGGACTCATGAC
+TGGAGTTCCAGGAACAACCCTATTTGACACTGTGAAATCTGTAATAGTCTGGAATGAAAT
+GTTGGATCAGGCTGGTGCAGGTTCCATAGACCTTTTAAATGAAGCTCAAGTAGTTGAATG
+GATGAAGAGACAAGGCTTAGTTGTCAAAGAGGGAA
+>Contig3
+AACGTAAAACAAACGACATGGATGCATCTAACCCTATTATTTCAAGCGATAGAAGCACTG
+TGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG
+AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG
+AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG
+TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT
+>Contig4
+TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA
+CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA
+ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC
+GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA
+ACAGTTCTTGTTA
+>3
+ACGCCCGAGAGCGTGGTCTTGGGCATGGCACTGTAGGCGACCTGACTCCCAGACTTTCGA
+GGGCGATTTCGCCCTCTTCGACGGGGTCCTTGAACCATTGAGCAATTCTTTCCCACAATT
+TGACGAGAAGATACACTCTGTACGGTAACCTTGGGGGAACGACGGTTTCTGGTGGAAAGA
+TTGTTTCCACTGTTGTTTGATATGCGCTTTGTAGTTGTGACGATGGTGGCCATGGCATAA
+TATTTACAAATTGTATTCTTGATTTGAGTTTGGGTTGTTTGATGTTATAGGGTCGGCAAG
+AGCTTACTTGCAGTTCTCTTCCTCTTTTTGCGGTCGAGAGTCTTTTTGTTGAGTCTCGTC
+CTTTGTTCTGCGGTCAGCAGTGATCTCTTCGATGCTACTTTAGGAGGTGGAAACCGGGAG
+AATAAGTCTTGAATTCTCACACGGTAGTCATCAGGATTTTTATGACTAACCTCTCTAATA
+AGCATCTGCACCTGGCGGGGACAGTGCCCCGGGAATTGCTGCATTATACTGTGAAACAGC
+TCCAAATCCAGGGTTTCATGAACGGGCACAATCTGTGGCACAGCTTTAGGGGCAGTTGCA
+TATTCAA
+>5
+GCAAAAAGAATGCCTCTGATAGGGCAATCATAAAACTGTTAAACAAATACATGCCTAGGA
+CAGGAAATAAGAACTGGCCTGGTGTCCATACAACCCCGGAAGAAGGCATACTTGATGGTA
+TTAAGATAACGGCCAAATCCAGTGCAGGCGCTCCCTATTGGAGACACAAGGGGGAATGCC
+TAGACCATATAATTGATACTGGACTTCCTGTTGTGCTAAAGCATATAAAGGAAGGAACCC
+TCAATCAGTTGTGGCGGGAAAACCCTGAGATGTTCCTCGTTGAAGTTAAGAACAAACTTG
+ATAGATACGAGGTTTCGAAGCTTAAAGAGAAGACTAGACCCTATGTGTGTGTACCTGCGC
+ACTGGGCTCTCCTATTCTCGTGCTTGACTCAAGGATTCCAAGAAGGACTTCAAGTTTTTA
+GTAACTTGGACCCCAGTACAGAATGCTCGAATGCATATGGATTTTCATCCA
+>8
+TGTCCCGTTGCACCCCCCATCCATTAACAATCGGGGTGGGCATACTCATGTCACTCGCCA
+GATGGGCGGAGTACCTCACCCTCCTCTTGGTCTAATACCCATAGCTCAGAAGTACGGGGT
+AGAGATCTTGGACCAGAAACATGTCTACACAGGAGGCACTTGGGATGGCTTTCTTAATAG
+ACTCGCCCAACAGATGGGCCGGACAACGGT
+>14
+ACCATTTGTCCCCCATGGTGCATTTTCATGGTAAGGTAGTCACTGTTCCAGGAACCATCT
+GAGGTGGTAAAAAGGTCCTGGAAACCAGTATCTGGAGTGATATCCTCGTCAATGGAGACA
+GCTCCTAATTCAGCACCTTCAAACTCAATCACCCATTCGAGTGTGACAGTGAAGGTGGTG
+CTTCCTGTGTATCCACCGGTGGTAGAGGCAACAACCACATTGATGAAGCCATGATTGGCG
+TCATCAGGGTTGCCTTTGGTGAGATACCACTTACGGGTGG
+>16
+GGCCTGCAGGCCATAACTCGGTTGAGGTTTTGAGTGTCATTGCCTGAGATATTGTTGGCG
+GGGTCTGGAGACCATCCTATGGCAAGGGATCCAAAAGTATTTGCACTTCCAGATCCCACT
+ACCAGCACTCGGAGTTTCTTGGGTCGCCAGCGGGAATATAGCTTACTCTGCTGCTGAAGC
+CTAGAATCACTCATAGCCGTTGGACATATGGCTTGAGCAAAAAGGCTAGCTCCCACTGCG
+CGCTGCGGTTGTACCTCAATAACGCCTATAATGTCCACGCCCGAGAGCG
+>19
+GCATTCACTGCTCTAAGTTGCTCGGTCAGCTGGTCAATGCGGCGAAGTAGATTAGTTTCG
+ACAGTCTGAACTGCTTCATCAGCCACCCTAAATTTAGGGATGGGAGGGCTAATGACAGGA
+CCTTGGGTGTAATACTTGAGACATTTGCCAGTATCTCCAGTGCGGATATAATCTTTTGCA
+TCTGTGTAACTGGCAAACATAACAAAACCTGGGATAGAGTAACCTTGTATAACTGCAAAG
+AAGTTTGCTGTCTTCAAGGTCGTCTTGTCCTCAAGGTAGTAGGTTACATTTGTCCCTGGT
+GCATTTGTATACACATAAGCCTGGTGGGCAGCCGAAAAGGGGACCATTTGTC
b
diff -r d76a0d8a9eac -r a36a1acd5807 newtests/contigsqual.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/newtests/contigsqual.txt Thu Oct 12 23:17:38 2023 +0000
b
@@ -0,0 +1,127 @@
+>Contig1
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
+25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
+25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
+30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
+25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+>Contig2
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
+15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
+>Contig3
+10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
+10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
+10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 
+>Contig4
+10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
b
diff -r d76a0d8a9eac -r a36a1acd5807 newtests/info.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/newtests/info.txt Thu Oct 12 23:17:38 2023 +0000
b
@@ -0,0 +1,23 @@
+No file of quality values (.qual) is found
+No file of constraints (.con) is found.
+Number of overlaps saved: 12
+ComputeOverlap done
+IdentifyChimeras done
+Number of overlaps removed: 0
+RemovePoorOverlaps done
+ASSEM done
+ComputDistForContigs done
+PresentLayout done
+Clip 2 left clip: 1, right clip: 395,  length: 395,  right size 0
+Clip 9 left clip: 1, right clip: 197,  length: 197,  right size 0
+Clip 6 left clip: 1, right clip: 224,  length: 224,  right size 0
+Clip 15 left clip: 1, right clip: 1372,  length: 1372,  right size 0
+Clip 1 left clip: 1, right clip: 402,  length: 409,  right size 7
+Clip 17 left clip: 1, right clip: 421,  length: 421,  right size 0
+Clip 13 left clip: 1, right clip: 627,  length: 627,  right size 0
+Clip 7 left clip: 1, right clip: 515,  length: 515,  right size 0
+Clip 10 left clip: 1, right clip: 506,  length: 506,  right size 0
+Clip 11 left clip: 1, right clip: 284,  length: 284,  right size 0
+Clip 4 left clip: 1, right clip: 236,  length: 236,  right size 0
+Clip 18 left clip: 4, right clip: 253,  length: 253,  right size 0
+Clip 12 left clip: 2, right clip: 251,  length: 251,  right size 0
b
diff -r d76a0d8a9eac -r a36a1acd5807 newtests/singlets.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/newtests/singlets.fa Thu Oct 12 23:17:38 2023 +0000
b
@@ -0,0 +1,45 @@
+>3
+ACGCCCGAGAGCGTGGTCTTGGGCATGGCACTGTAGGCGACCTGACTCCCAGACTTTCGA
+GGGCGATTTCGCCCTCTTCGACGGGGTCCTTGAACCATTGAGCAATTCTTTCCCACAATT
+TGACGAGAAGATACACTCTGTACGGTAACCTTGGGGGAACGACGGTTTCTGGTGGAAAGA
+TTGTTTCCACTGTTGTTTGATATGCGCTTTGTAGTTGTGACGATGGTGGCCATGGCATAA
+TATTTACAAATTGTATTCTTGATTTGAGTTTGGGTTGTTTGATGTTATAGGGTCGGCAAG
+AGCTTACTTGCAGTTCTCTTCCTCTTTTTGCGGTCGAGAGTCTTTTTGTTGAGTCTCGTC
+CTTTGTTCTGCGGTCAGCAGTGATCTCTTCGATGCTACTTTAGGAGGTGGAAACCGGGAG
+AATAAGTCTTGAATTCTCACACGGTAGTCATCAGGATTTTTATGACTAACCTCTCTAATA
+AGCATCTGCACCTGGCGGGGACAGTGCCCCGGGAATTGCTGCATTATACTGTGAAACAGC
+TCCAAATCCAGGGTTTCATGAACGGGCACAATCTGTGGCACAGCTTTAGGGGCAGTTGCA
+TATTCAA
+>5
+GCAAAAAGAATGCCTCTGATAGGGCAATCATAAAACTGTTAAACAAATACATGCCTAGGA
+CAGGAAATAAGAACTGGCCTGGTGTCCATACAACCCCGGAAGAAGGCATACTTGATGGTA
+TTAAGATAACGGCCAAATCCAGTGCAGGCGCTCCCTATTGGAGACACAAGGGGGAATGCC
+TAGACCATATAATTGATACTGGACTTCCTGTTGTGCTAAAGCATATAAAGGAAGGAACCC
+TCAATCAGTTGTGGCGGGAAAACCCTGAGATGTTCCTCGTTGAAGTTAAGAACAAACTTG
+ATAGATACGAGGTTTCGAAGCTTAAAGAGAAGACTAGACCCTATGTGTGTGTACCTGCGC
+ACTGGGCTCTCCTATTCTCGTGCTTGACTCAAGGATTCCAAGAAGGACTTCAAGTTTTTA
+GTAACTTGGACCCCAGTACAGAATGCTCGAATGCATATGGATTTTCATCCA
+>8
+TGTCCCGTTGCACCCCCCATCCATTAACAATCGGGGTGGGCATACTCATGTCACTCGCCA
+GATGGGCGGAGTACCTCACCCTCCTCTTGGTCTAATACCCATAGCTCAGAAGTACGGGGT
+AGAGATCTTGGACCAGAAACATGTCTACACAGGAGGCACTTGGGATGGCTTTCTTAATAG
+ACTCGCCCAACAGATGGGCCGGACAACGGT
+>14
+ACCATTTGTCCCCCATGGTGCATTTTCATGGTAAGGTAGTCACTGTTCCAGGAACCATCT
+GAGGTGGTAAAAAGGTCCTGGAAACCAGTATCTGGAGTGATATCCTCGTCAATGGAGACA
+GCTCCTAATTCAGCACCTTCAAACTCAATCACCCATTCGAGTGTGACAGTGAAGGTGGTG
+CTTCCTGTGTATCCACCGGTGGTAGAGGCAACAACCACATTGATGAAGCCATGATTGGCG
+TCATCAGGGTTGCCTTTGGTGAGATACCACTTACGGGTGG
+>16
+GGCCTGCAGGCCATAACTCGGTTGAGGTTTTGAGTGTCATTGCCTGAGATATTGTTGGCG
+GGGTCTGGAGACCATCCTATGGCAAGGGATCCAAAAGTATTTGCACTTCCAGATCCCACT
+ACCAGCACTCGGAGTTTCTTGGGTCGCCAGCGGGAATATAGCTTACTCTGCTGCTGAAGC
+CTAGAATCACTCATAGCCGTTGGACATATGGCTTGAGCAAAAAGGCTAGCTCCCACTGCG
+CGCTGCGGTTGTACCTCAATAACGCCTATAATGTCCACGCCCGAGAGCG
+>19
+GCATTCACTGCTCTAAGTTGCTCGGTCAGCTGGTCAATGCGGCGAAGTAGATTAGTTTCG
+ACAGTCTGAACTGCTTCATCAGCCACCCTAAATTTAGGGATGGGAGGGCTAATGACAGGA
+CCTTGGGTGTAATACTTGAGACATTTGCCAGTATCTCCAGTGCGGATATAATCTTTTGCA
+TCTGTGTAACTGGCAAACATAACAAAACCTGGGATAGAGTAACCTTGTATAACTGCAAAG
+AAGTTTGCTGTCTTCAAGGTCGTCTTGTCCTCAAGGTAGTAGGTTACATTTGTCCCTGGT
+GCATTTGTATACACATAAGCCTGGTGGGCAGCCGAAAAGGGGACCATTTGTC