Repository 'vcftools'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/nilesh/vcftools

Changeset 8:a4fac23fb420 (2013-07-10)
Previous changeset 7:2e09b3f332f8 (2013-07-10) Next changeset 9:c97f0bedb674 (2013-07-10)
Commit message:
Deleted selected files
removed:
tool_dependencies.xml
vcftools.xml
b
diff -r 2e09b3f332f8 -r a4fac23fb420 tool_dependencies.xml
--- a/tool_dependencies.xml Wed Jul 10 17:23:45 2013 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
@@ -1,19 +0,0 @@
-<?xml version="1.0"?>
-<tool_dependency>
-    <package name="vcftools" version="0.1.11">
-        <install version="1.0">
-            <actions>
-                <action type="download_by_url">http://sourceforge.net/projects/vcftools/files/vcftools_0.1.11.tar.gz</action>
-                <action type="shell_command">make</action>
-                <action type="shell_command">PREFIX="$INSTALL_DIR/vcftools make install</action>                
-                <action type="set_environment">
-                    <environment_variable name="PATH" action="prepend_to">$INSTALL_DIR/vcftools/bin</environment_variable>
-                </action>
-            </actions>
-        </install>
-        <readme>
-            A set of tools written in Perl and C++ for working with VCF files, such as those generated by the 1000 Genomes Project
-        </readme>
-    </package>
-    
-</tool_dependency>
b
diff -r 2e09b3f332f8 -r a4fac23fb420 vcftools.xml
--- a/vcftools.xml Wed Jul 10 17:23:45 2013 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
@@ -1,90 +0,0 @@
-<toold id="vcftools" name="VCFtools" version="0.0.1">
- <description>
- The vcftools program is intended for analysis of diploid SNP data in VCF format.
- </description>
- <requirements>
- <requirement type="package" version="0.1.11">vcftools</requirement>
- </requirements>
- <command>
- vcftools
-
- #if str($basic) == "gzvcf"
- --gzvcf
- #elif str($basic) == "bcf"
- --bcf
- #else 
- --vcf
- #end if
-
- $input
-
- #for $chromosome in $chr
- --chr $chromosome.number
- #end for
-
- #for $chromosome in $notchr
- --notchr $chromosome.number
- #end for
-
- #if str($frombp) != ""
- --from-bp $frombp
- #end if
-
- #if str($tobp) != ""
- --to-bp $tobp
- #end if
-
- #for $snp in $snps
- --snp $snp.id
- #end for
-
- #if str(${snpfile.file_name}) != ""
- --snps $snpfile
- #end if
-
- #if str(${excludesnpfile.file_name}) != ""
- --snps $excludesnpfile
- #end if
-
- #if str($indels) == "keeponlyindels"
- --keep-only-indels
- #elif str($indels) == "removeindels"
- --removeindels
- #end if
-
- $removefilterall $recodetostream > out.recode.vcf
- </command>
- <inputs>
- <param name="input" type="data" label="Input vcf file" format="vcf" />
- <param name="basic" type="select" label="Basic Options" value="vcf">
- <option value="vcf">Decompressed vcf file (default)</option>
- <option value="gzvcf">Compressed (gzipped) vcf file</option>
- <option value="bcf">Compressed (bgzf) bcf file</option
- </param>
- <repeat name="chr" title="Include chromosomes to be processed">
- <param name="number" label="Chromosome number" type="integer" optional="true" />
- </repeat>
- <repeat name="notchr" title="Exclude chromosomes from processing">
- <param name="number" label="Chromosome number" type="integer" optional="true" />
- </repeat>
- <param name="frombp" label="Beginning of range to be processed" help="only if chromosomes are included. You must also specify the end of range to be processed." optional="true" type="integer"/>
- <param name="tobp" label="End of range to be processed" optional="true" type="integer" help="only if chromosomes are included. You must also specify the beginning of range to be processed."/>
- <repeat name="snps" title="SNPs to include">
- <param name="id" label="ID of SNP" type="text" optional="true" help="e.g. a dbSNP rsID"/>
- </repeat>t
- <param name="snpfile" type="data" format="txt, tabular" label="List of SNPs to include" help="The file should contain a list of SNP IDs (e.g. dbSNP rsIDs), with one ID per line." optional="true"/>
- <param name="excludesnpfile" type="data" label = "List of SNPs to disclude" format="txt, tabular" help="The file should contain a list of SNP IDs (e.g. dbSNP rsIDs), with one ID per line." optional="true"/>
- <param name="indels" type="select" label="Indel options" value="none">
- <option value="keeponlyindels">Keep only indels</option>
- <option value="removeindels"> Remove indels</option>
- </param>
- <param name="removefilterall" type="boolean" truevalue="--remove-filtered-all" falsevalue="" label="Remove all sites with the FILTER tag" value="false" />
- <param name="recodetostream" type="boolean" truevalue="--recode-to-stream" falsevalue="" label="Recode to stream" value="false" />
- </inputs>
- <outputs>
- <data format="vcf" name="output" from_work_dir="out.recode.vcf">
- </outputs>
- <help>
- Welcome to VCFtools - a program package designed for working with VCF files, such as those generated by the 1000 Genomes Project. The aim of VCFtools is to provide methods for working with VCF files: validating, merging, comparing and calculate some basic population genetic statistics. More information at http://vcftools.sourceforge.net/index.html.
- </help>
-