Repository 'gfa_to_fa'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/erasmus-medical-center/gfa_to_fa

Changeset 2:a54fa2c9503f (2018-07-20)
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Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/ErasmusMC-Bioinformatics/galaxytools-emc/tree/master/tools/gfa_to_fa commit a00033a6cd8deb6b4a35ec1f4adb20dcc83cd1a1
modified:
gfa_to_fa.xml
test-data/out.fa
b
diff -r 810d464f9359 -r a54fa2c9503f gfa_to_fa.xml
--- a/gfa_to_fa.xml Tue Jul 17 13:35:44 2018 -0400
+++ b/gfa_to_fa.xml Fri Jul 20 08:19:46 2018 -0400
b
@@ -10,7 +10,7 @@
 for line in sys.stdin:
     if line.startswith("S"):
         l,h,s,x = line.strip().split()
- print("> " + h)
+ print(">" + h)
  print(s)
         ]]></configfile>
     </configfiles>
b
diff -r 810d464f9359 -r a54fa2c9503f test-data/out.fa
--- a/test-data/out.fa Tue Jul 17 13:35:44 2018 -0400
+++ b/test-data/out.fa Fri Jul 20 08:19:46 2018 -0400
b
b'@@ -1,28 +1,28 @@\n-> utg000001l\n+>utg000001l\n GAAATCATCAGGCGTTTTTCACGATATGGACGGGAAGATGCGGAAATAGGCAGGAGGACATAGAAATGCCTGAGGGGTCTGGGATGGTGCGGGCAACGGATGTTATGGTAAATAAGCTTCCGTTGGTAAACCTGTAAGTTTTCAGGAACGAGACTCGTTTAGAACATCTAAAAAGCACATGAATGCTGCTATAGAAGCGACTGTTTGATGGTTCATGGTTTTATATTAAGGTAGATGAAAACTCAATACAGCGCTATTTAGAGACGCTTAAATGGCATTCTTGTATTTTAACGATGCAGAGTAACAGGCTCTAGCTAGTTATAGTACATCGAAAAGTTCATATAGGGACAAAACAAAGGGACTGAAATACATAGCCATAAGCTCGCTTCAAAGTCCTAACCACCAGCTATATTGCATGGGTTTGGTTAAGACATACGTCATGTCTTTGGGGCATATTATGGTGAAAAACGCGTTCATCTACACCAATATTTATACATTTCTCTTCAATAATGACGCCGTTTCCAGCCAACTTTGCTATATGGGTGACAATTTTCGCTTTTAAACGGAGATGTCTCCATGATTGAGCAGATCTAAAAATCTGCATTTTGTGCTGTGCAGGCATTACCATTCTTTCTATGCACAAACGTGCCGCGTCTTGCATTCTGCTTTGTATGCGGAGGTGCTCAATGAGGCTTTAACTACTCCCCTCCGTTAACGCCGTTCGTGTTTTAAACCGCCTTCTCGATAAAGAGTTTCACAGGTGCTGAAGAAATTCGCCTTTACGATGATCAGGGCGGGTGATTGGTACATCAACAACAGGCTTCTTGTTCTGTTTTGAGAGCATGAAGATCAGCCGCGATGGTAATATGTTCGTGTATTTGTCTCAAATACATTGATGACTATTACAACCGTCGTGAGTATCAGTTTAGTCAGCAGAGGCATGCTGTCGCTGTGCTCGTCAGCATAGAAAAGCCTCTACGGCCGCTCGTTTGCTTTTATCGCTAGGTGAGCTTGTCCCAGAAAGTATCCGTATGATTCTTGCGCTAATGATGATTAGGGGATATTATGTTTCTGGGGTTATTTTGTTGTTTTGCTGGCTTTCTCTACTATTAGAGAGCTTGGGGTTTCTTGGAAACGTTGAATGGGGTCCTCTAGCATGATTTGTTTGAGCTTCATCTGGTCTATGAAGCAGTCAGGAAGAGTCTTAAGCACGATGTTGGGTCTTAAACTAGACTAAAAATATAATATGCGAGCTTTTAACTCATAGACGTGTAGTTTTCACTCTTTTTGCTGGTGTTCTAAGCAAAAACTTCTGCATTACGCCTGTTTGTGGTTGCCTGTTATAAGATAACAGTAAAATCCATGCGTTTCTAAGGAGAAAATGAACAAAAGCTATCACTAAATCGTATTTCCAATAGAGGTTTCGTCCTCTTTGAAAGGGGTAGTTCATGAAAATTAGTTCATGGAAATGTTTATGATTTAGGTTGGAGTTATTAGGCGCAAAGAAGAAATATAAAAGGATAATTGAAGTTCTAAATCATTATGGTGATTGAGAGGCGTTATGAGCACAGCTAAGGAAAGTTAAGGAAAAAGGCACTCCAATGAGTAGTGCCAATGAATATTCTGGTCGTGATAGTATGAATCAAGATTACATCTAGGCAATCCATGGATATTATTATAGGTTTCTGTGGGCTGTTGGTTCGGTATTAAGTCAATTGTAGATGTAACCGAAGAAGAACTGAAGATTTAGGATACGAAGTATATAGGATAAGAGTTAGCGATCTTATCAGAAACTTTTTCTGAGTGGTGGGGATACATCTACTCCATTCAAAAGATATAATTCCTTGCGGGATTTTGGTGATTCCTTAAGATGTAGAGTACTACCCACACATACTAGCTGAAGCTGTAATTCATGAAATAAAGATAGAAAAATCTAGAAGGAAAATCAAAGGTTAAAGAAACGACTTTCCTTATGAATCAACTAAAAACATAAGATGAAGTGAGTTGCCCAAGTGGTCTAACATAATTTCTATTTATTAGGTGATAGGGCGAAACTGAAAGAAAAGAAATCTTCGAGATAGGGGTTTAAGCAAATCTGAAGTTGATATAATCATCCATCATGACAGGAGTCTGAGCACCCTTATGGCCAGCAAACAGCAAAAGCTATACTTGATGCTGACTATTTTGTTAAAATAATCAGGCCAGAGCTCACCTTAAATCTAAGTTAAACGCTTTCTTGGTCTATTCATGGGCTTAATGGCCTTACGCCAAACGCGCATGAGGAAGACATGTACGCAGCTCATTCTGCCTCTTTACAATCTGCATGTCTTTCCAGACAGGTAGGTGCTGCTATTTTAGATATAAAGGAAATTTAATTGCTGTTGGGCGCAATGATGTTCTAAATTTAACAGTGTGGCCTTTATAGTGCTGATGATGGTGAATGATCATCGCTGTGTCTACAAAGGTGGCAAATGTTACAATGAAGCAAGAAAATTAAATAAAGATAAATACAGCAAATATTGCTTTTCTGATAGGTTAAGAATTTGTCTGTTCAGTTAACTCAAGAACAAGCAGAAAAGGTTGCTGGAATGTCTACGAAGGTACTCCTGTATCATCAATCGACAGTACTCGCTCTATTCATGCTGAAATGGATGCTTCACAGCCCATCTTGCTAGACTCGAGATAGTGGTTTTGAAGATAAGGTTTTATATACAACTACGTTCCCCTGTCATAATTGTGCAGGGTATATTGTTGCTGTTGGTATCAATAAAGTTGTTTATTGAACATATGAAAAAGCAGCTTTAGAGTTGCTGATGATGCAATAACTAGAAGTTAACGAAAGTGGTAAAGTTTTATTTGAGTCCTTTGAAGGGGTTTCTACTGGAATATCATAGAAGTTCTTCTTTTCTACAGATGAAAGGATAGTAAGGTAATGCGGAGAAATATTCAACGAAGTATAAGAATCATATTGATATACAGTTTATTGATAGTTGGATTTTAATCGTGTGGCGGATATTTTCATTAACACAAAACAGATGCTGAAGCTCAAGTAGCCGTTCCATCTGGGACATAGTTAATCCGCTTCTGCCACCGATTCTCGACACCACCAACATCGGGTATGAATCTGTGACTCTGATGTTACAGAGCTTAATCTTGTGTACCAAAAACCACCATACCAACGGTGGTTTTCTCTGAGCTACTGCTCTTTGAGCCGAGGTAACTGGCTTGGAGGAGCTCAGTCACCAAAACTTGTTCTTTCAGTTTAGCCTTAACAGGCGCACAACTTAAGATGCTCCTCTAAATCAGTTACCAGTGGCTGCTGCCAGTGGCGCTTTGTCGTGCCTTCTGGGTTGGACTCAAGACGATAGTTACCGGGGCAGGCGCAGCGGTCGGACTGAACGGGGTTCGTGCGCTGGTCAGCTTGGGCGAACTGCCTGCGGAACGCTGAGTGTCAGGCGATGAGTAAAGTTTAAACAGCCATAACAGCAGGTGAAGAGCACCCCGGTGCCAAACCGAAGGCAGGAACAGAGCGCAGGGAGCTACCGGGGAAACGCAGGATCTTTATAGTCCTGTCCGGGTTTCGCCACCATGATTTGAGCGTCAGATTCTGTGATGCTTGTCAGGGGGCGGAGCCTATCGGAAAACCGGCAACGCGGCCTTTCTTGTTGCTTCTCCCATTCTCTCATTGCCTATGGCTTAATGTCTCTGTTCCCTCCGCTCGCCGCAGCGAACGACCGAGCGGGCGAGTCAGTGAGCGGAAGCGGAATATCTGCGGGCTTCTCTTTGGCACCGTACGCCATAGCGCATTTTAATACGATGCAGAATAGGGCGGGTACGCCGCAAAGTGACGTCACCTGACGTTCTGGATTACAAAGGTTAAAGCAGCGGACAGGAAATGTTTTGTGCCTAGCTATGCTATTCACAAGTAGCAGGACAGATGTGTTTTGGAGTAC'..b'TTTCAGGGTTTGAGACTCGTTTAGAACATCTAAAAGCACATGAATGCTGCTATAAACGACTGTTTGATGGTTCATGAACATATTAAGGTGATGAAAATACAGCGCTATTTAGAGGCCTTAATGTGTCTTGTATTTTAACGATGCAGAGTAACAGGCTCTAACTGAGTTATGGTACCTCGAAAGTTCCTTATAGGGACAAAACAAAGGACTTTGAAGCTACGCAACCGCCAGAAGCTCGTAAAGTCCCTGTACCGCAGCTATATTGCATGGGTTTGGTTAAGACATACGTCATGTCTTTGGGGAATATTATGGTGAAAACGCGTTCCTTCGTCACCAATATTTATACATTTCTGCTAATGACGCCGTTTCAACCAACTTTGCTATATGGGTGACAATTTCCTTTTAAAACGAATGTCTCCATGATTAAAACATGATCCTAAAATCTGCATTTTGTGCTGTGCGAGCATTACCATTCTTTCTATGCAAACGTGCCGCGTGTACATTCTGCTGGCGGAGGTGCTTTAATGAGAAAGCACCTTCTCCCCTCGTAGCCATAACGCCGTTCGTGTTTAAACCGCCTTCTCGATAAAGAGTTTCTGGAGTGCTGAAGAAATTCGCCTTCCCGATGATCAAGGGCGGGTGATTGAGCCATCAACAACAGGCTTCTTGTTCCTGTTTTGAGCATGAAGATCAGCCGCGATGGGTGATGTTCGTGTCTGGTATTTGTCTCGAAGCCATTGATGACTATTACAACCGTCGTGTAGTGTATCAGTTTGAGTCAGCAGAGGCATGCTGTCATGTTGCTCGTCAGCATGAAAGCCTCACCGGCCGCTCGTTTGCTTTATCGCTAGGGTAAACTGTCCCAGAAAGTATCCGTGATTCTTTGCTGCTAATGATTAGGAGGATATTATGTTTCTGGGGTTATTTGTTGTTTTGCTGGCTTTCTCTACCTATTAGAGAGCTTGGGGTTTCTTCTGGAAAAGATTGAATGGGGATGCCTCTCAGCATGATTTGTTTAGGCTTCATCTGGTCTATGAAACGGTAGTCAGGAGAGTGCTTAAGCACGATGTTGAGTCTAAACTAGACTAAAAGCTCGCAATATGAGCACCATTATTTCATAGACTTGTGTAGTTTTCACTCTTTTGCACAGTGTTCTAACAAAAACTTCTGCGCATTACGCCTGTTTGTGGTTGCCTGTTATAAAGATAACAATTAAATCCATGCGTTTCGCAGGAGAAAATATGAGCAAACTATCATAAATCAATATTTCCAATAAGTTTCGTCCTCTTTGAAAGAGGGGTAGTTCATGAAAAGTAGTTCATGGAAATGTTTTATGATTTGGAGTTGGAGTTAAGGCACAAGAAAAGCTATAAAGGATAATTGAAGATTACAATCATTAAAATGGTGATTGAGGAGGCGTTATGAGCACAGCTAGGAGATGCAGGAAAAAGAGCACTCCAATGAGTAATTGCCAATGAATATTTCTGGTCGTGATAGTATGAATCAGATTACATCTAGGCAGTATGGATATTATAGGTTTCTGTGGGGCTGTTGGTTCCATTAAGTGGTAGATGCCAGCCGAAGAAGAACTGGAAGATTTAGGATACGAAGTATATAGGATGGGACAACGTCTTATGCAGAAACTTTTTCTGAGTGGTGTGGGGATACATCTACTCCACAAAATATAATTCCTTGCAAGTTTTGGTGTCCTTAGATGTAGTACTACCCACACATACTAGCTGAAGCTGTAATTCATGAATAAAAGATAGAAAAATCTAGAAGGAAAATCAAAGAGTTAAAAGAAACGAGCTTTCCTTATAGATCAACTAAAACACCAAGATGAAATTGAGTTTACTTAGAATGGTCTATCAACATATTTCTATTTATTAGGAGGTGTTATTAGGAGCGAGACTGAAAGAAAAATCTTCGAGATGAGGGTTTAAGCAAATCTGAAGTTGATATAATCATCCATCATGACAGGAAGTCACAAGGCACCATATGGCCAGCAAACAGCAAAAGCTATACTTGATGCTGACTATTTTGTTAAAATAGTAAAGGCCAGAGCTCACCTTAAATCTAAAGTTAAACGCTTTCTTGGTCTAGTGCATGGGCTTAATGGCCTTGCACCAAGCCTGCGCATGAGAAAGGGCATGTACGCAGCTCATTCTGCCTCTTGCAATCTGCATGTCTTTCAGACAGGTAGGTGCTGCTATTTAGATATAAAGAATTTAATTGCTGTTGGGCACAATGATGTTCTAAATTTAACGGTGGCCTTTATGGGCTGATGATGGAGTGAATGATCATCGCTGTGTCTACAAAGGTGGCAAATGTTACAATGAAGTAAAGAAAATTAAAATAAAAGATAAAATACAGCAAATATTGCTTTCTGATAAGGTTAAGGAGTTGTCTGTTTAGTTAACTCAAGAACAAGCAGAAAAGGTTGCTGGAATAATCTACGAAGGTACTCCTATCATCAATCATTGGTACTCTCGCTCTATTCATGCTGAAATGGATATTACATCTCTTGCCCCAGACTCCCCGAATGGTGGTTTTGAAGATAAGGTTTTATATACAACTACGTTCCCTGTACTTAGTATGCAGAACATATTGTTGCTGTTGGTATCAATAAAGTTGTTTACATTGAACCTTATGAGAAAAGCTAGCTTTAGAGTTGCTGATGATGCAATAACTGAAGTTAACGAAAGTGGTACACTGTTGAGTCCTTTGAGAGGTTTCTGGGAGATATGTAAATTTCTTCTTTTCTGAATGAAAGGAAGGATAGTAAAGATGGCCGCGGAGAAATATTCAGCGAAGTATAGAATCATATTGATATACTGCAGTTTATTATTAGTTATGTGGATTTTGAAAATCGTGTGGCGGATATTTTCGTGGTAACACAAGCAGATGCTGAAGCTCAAGTGGCAATTCCATCTGGGACATGGCGTTAATCCGCTTCTGCCACCGATTCCTCCGACGCCACCAACATCGGTATGAAGGTCTATTGTCTGATGTACTGGGGCTTAATCTTGTCTTCTGAAAATACCATACCAACGATTGGTTTCAGGTTCTCTGAGGCTACCAACTCTTTTGAACCGGTAACTGAAGCTGGGAGCTCGGTCGCAAAGCATTCTTCAGTTTAGCCTTGGGCGCACAACTTCGTTAACTCCTCTAAATCAGTTACCAGTGGCTGCCAGTGAAAGCTTTGTCGTGCCTTCTCGGTTGAATGATAGTTGCAGGGCAGGCGCGGCGTCCGGACTGAACGGGGTTCGTGCGCCACAGTCAGCGGAACTGCCTACCGAACTGGAATATCGGAGGCGTGGAATGAGACAAACGCGGCCTAACAACAGAATGACACCGGTAACCGAAAGCGAGGAACGAGGAGAGCGGATGAGGGCCTGGGAAGCTTGCGGGATCTTTGCGTCCTGGTTTCATACCACTGATTTGACGTCGGATGCCAGCAGCCAGGGGCGGAGCCTATGGAAAACCGGCAACGCCGCGGCCTTTCAGCTGTCCATTCTCTCATTGCCCTGCTTATGTCTCTGTTCACTCCGCTCGCCGCGGCGAACGACCGAGCGGGCAGTCAGTGAGCGAGGATATCTGGGCTATGGCACCGTACGCGCCATAGCTGCGTTTTAATACGATGCAGGATAGGGCGGGTAGCAAAGTGACGTCACCTGACGTTCTGGTTACAAGGTTAAAGCAGCGGACGAAATGTTTGTGCCCCACAGCTGTGCTGCGAAGCTATTCACCAGCGGGACAAGATGTGTTTGGGTACCGCCGACCCGCTAAAGACTCTGGTTAGCTCCCCGCGCCATTTGCTATCTTTGCTGCAATTTGCTTTCTTTTTGCTATCTCCGTCTTCTGGTCTTTCGGTTGCCTATCCTTTGCTACTTTTGCTATCAAATACCTCTCCCTTCTTTGCAATAATGACCAGGCACGTTAGCGATGTATACATCGCCGCGCCGCAAAGGTACTTTACTTCGAATCCGTTCATCACT\n'