Repository 'openbabel_compound_convert'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/bgruening/openbabel_compound_convert

Changeset 7:a9df9aae60bb (2019-05-07)
Previous changeset 6:37f6668ce540 (2018-09-03) Next changeset 8:d00ae56d3ba5 (2019-05-10)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/chemicaltoolbox/openbabel commit ed9b6859de648aa5f7cde483732f5df20aaff90e
modified:
macros.xml
ob_convert.xml
added:
test-data/2_mol.dat
test-data/CO.smarts
b
diff -r 37f6668ce540 -r a9df9aae60bb macros.xml
--- a/macros.xml Mon Sep 03 16:42:19 2018 -0400
+++ b/macros.xml Tue May 07 13:37:52 2019 -0400
b
@@ -1,9 +1,10 @@
 <macros>
-    <token name="@VERSION@">2.4.1</token>
+    <token name="@VERSION@">2.4.2</token>
 
     <xml name="requirements">
         <requirements>
             <requirement type="package" version="2.4.1">openbabel</requirement>
+            <requirement type="package" version="3">python</requirement>
             <yield />
         </requirements>
     </xml>
@@ -37,6 +38,3 @@
         </citations>
     </xml>
 </macros>
-
-
-
b
diff -r 37f6668ce540 -r a9df9aae60bb ob_convert.xml
--- a/ob_convert.xml Mon Sep 03 16:42:19 2018 -0400
+++ b/ob_convert.xml Tue May 07 13:37:52 2019 -0400
[
b'@@ -1,5 +1,5 @@\n-<tool id="openbabel_compound_convert" name="Compound Convert" version="@VERSION@.0">\n-    <description>Converts various chemistry and molecular modeling data files</description>\n+<tool id="openbabel_compound_convert" name="Compound conversion" version="@VERSION@.0">\n+    <description>- interconvert between various chemistry and molecular modeling data files</description>\n     <!--<parallelism method="multi" split_inputs="infile" split_mode="to_size" split_size="10000" shared_inputs="" merge_outputs="outfile"></parallelism>\n         We can\'t use that currently, because a few output-datatypes, like the fastsearch index do not support merging. We need to patch galaxy to not abort in such a case\n         and run the job in non-multi mode.\n@@ -220,23 +220,23 @@\n             <when value="cache" />\n             <when value="cacint" />\n             <when value="can">\n-                <param name="can_exp_h" type="boolean" label="Output explicit hydrogens as such (-xh)" truevalue="-xh" falsevalue="" checked="false" />\n+                <param name="can_exp_h" type="boolean" label="Explicitly include hydrogens in output (-xh)" truevalue="-xh" falsevalue="" checked="false" />\n                 <param name="can_iso_chi" type="boolean" label="Do not include isotopic or chiral markings (-xi)" truevalue="-xi" falsevalue="" checked="false" />\n-                <param name="can_rad" type="boolean" label="Radicals lower case eg ethyl is Cc (-xr)" truevalue="-xr" falsevalue="" checked="false" />\n-                <param name="can_atomclass_out" type="boolean" label="Output atomclass like [C:2] (-xa)" truevalue="-xa" falsevalue="" checked="false" />\n+                <param name="can_rad" type="boolean" label="Show radicals in lower case (e.g. ethyl as Cc) (-xr)" truevalue="-xr" falsevalue="" checked="false" />\n+                <param name="can_atomclass_out" type="boolean" label="Output atomclass (e.g. [C:2]) (-xa)" truevalue="-xa" falsevalue="" checked="false" />\n             </when>\n             <when value="cdxml" />\n             <when value="cht" />\n             <when value="cif" />\n             <when value="cml">\n-                <param name="cml_cml1" type="boolean" label="convert to CML 1 (rather than CML 2) (-x1)" truevalue="-x1" falsevalue="" checked="false" />\n-                <param name="cml_array" type="boolean" label="write array format for atoms and bonds (-xa)" truevalue="-xa" falsevalue="" checked="false" />\n-                <param name="cml_aromatic" type="boolean" label="write aromatic bonds as such, not Kekule form (-xA)" truevalue="-xA" falsevalue="" checked="false" />\n-                <param name="cml_hydrogen" type="boolean" label="use hydrogen Count for all hydrogens (-xh)" truevalue="-xh" falsevalue="" checked="false" />\n-                <param name="cml_metadata" type="boolean" label="write metadata (-xm)" truevalue="-xm" falsevalue="" checked="false" />\n-                <param name="cml_omit" type="boolean" label="omit XML and namespace declarations (-xx)" truevalue="-xx" falsevalue="" checked="false" />\n-                <param name="cml_continuous" type="boolean" label="continuous output: no formatting (-xc)" truevalue="-xc" falsevalue="" checked="false" />\n-                <param name="cml_properties" type="boolean" label="write properties (-xp)" truevalue="-xp" falsevalue="" checked="false" />\n+                <param name="cml_cml1" type="boolean" label="Convert to CML 1 (rather than CML 2) (-x1)" truevalue="-x1" falsevalue="" checked="false" />\n+                <param name="cml_array" type="boolean" label="Write array format for atoms and bonds (-xa)" truevalue="-xa" falsevalue="" checked="false" />\n+                <param name="cml_aromatic" type="boolean" label="Write aromatic bonds as such, not Kekule form (-xA)" truevalue="-xA" falsevalue="" checked="false" />\n+                <param name="cml_hydrogen" type="boolean" label="Use hydrogen count for all hydrogens (-xh)" truevalue="-xh" falsevalue="" '..b'          <param name="smi_exp_h" type="boolean" label="Output explicit hydrogens as such" help="(-xh)"\n+                <param name="smi_exp_h" type="boolean" label="Explicitly include hydrogens in output" help="(-xh)"\n                     truevalue="-xh" falsevalue="" checked="false" />\n                 <param name="smi_iso_chi" type="boolean" label="Do not include isotopic or chiral markings" help="(-xi)"\n                     truevalue="-xi" falsevalue="" checked="false" />\n-                <param name="smi_rad" type="boolean" label="Radicals lower case eg ethyl is Cc" help="(-xr)" truevalue="-xr"\n+                <param name="smi_rad" type="boolean" label="Show radicals in lower case (e.g. ethyl as Cc)" help="(-xr)" truevalue="-xr"\n                     falsevalue="" checked="false" />\n-                <param name="smi_atomclass_out" type="boolean" label="Output atomclass like [C:2]" help="(-xa)"\n+                <param name="smi_atomclass_out" type="boolean" label="Output atomclass (e.g. [C:2])" help="(-xa)"\n                     truevalue="-xa" falsevalue="" checked="false" />\n                 <param name="smi_can" type="boolean" label="Output in canonical form" help="(-xc)"\n                     truevalue="-xc" falsevalue="" checked="false" />\n-                <param name="smi_coordinates" type="boolean" label="append X/Y coordinates in canonical-SMILES order" help="(-xx)"\n+                <param name="smi_coordinates" type="boolean" label="Append X/Y coordinates in canonical-SMILES order" help="(-xx)"\n                     truevalue="-xx" falsevalue="" checked="false" />\n             </when>\n             <when value="tdd" />\n@@ -380,7 +380,7 @@\n \n         <!-- Options for all formats.-->\n         <param name="remove_h" type="boolean" truevalue="-d" falsevalue=""\n-            label="Delete hydrogen atoms, make all hydrogen implicit" help="(-d)" />\n+            label="Delete hydrogen atoms, make all hydrogens implicit" help="(-d)" />\n         <param name="ph" type="float" value="-1" label="Add hydrogens appropriate for pH" help="-1 means deactivated (-p)"/>\n         <param name="dative_bonds" type="boolean" truevalue="-b" falsevalue=""\n             label="Convert dative bonds" help="e.g. [N+]([O-])=O to N(=O)=O (-b)" />\n@@ -391,9 +391,9 @@\n             <param name="unique_opts_selector" type="select" label="Uniqueness according to">\n                 <option value="" selected="True">No unique filter</option>\n                 <option value="inchi">InChI</option>\n-                <option value="cansmi">canonical SMILES with stereochemical information</option>\n-                <option value="cansmiNS">canonical SMILES without stereochemical information</option>\n-                <option value="title">title</option>\n+                <option value="cansmi">Canonical SMILES with stereochemical information</option>\n+                <option value="cansmiNS">Canonical SMILES without stereochemical information</option>\n+                <option value="title">Title</option>\n             </param>\n             <when value="" />\n             <when value="cansmi" />\n@@ -470,9 +470,7 @@\n \n **What this tool does**\n \n-The compound converter joins several `Open Babel`_ command prompt converters in an easy to use tool. It converts various chemistry and moleculare modeling data files.\n-The output format can be specified as well as several parameters. Some parameters are available for all tools (e.g. protonation state and pH)\n-others are specific for a given output format (e.g. exclude isotopes for conversion to canSMI).\n+The compound converter combines several Open Babel command prompt converters into a single easy-to-use tool. It interconverts various chemistry and molecular modeling data files. The output format can be specified as well as several parameters. Some parameters are available for all tools (e.g. protonation state and pH) while others are specific for a given output format (e.g. exclude isotopes for conversion to canSMI).\n \n -----\n \n'
b
diff -r 37f6668ce540 -r a9df9aae60bb test-data/2_mol.dat
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/2_mol.dat Tue May 07 13:37:52 2019 -0400
[
@@ -0,0 +1,2 @@
+CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)[O-]
+CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)[O-]
b
diff -r 37f6668ce540 -r a9df9aae60bb test-data/CO.smarts
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/CO.smarts Tue May 07 13:37:52 2019 -0400
b
@@ -0,0 +1,1 @@
+CO