Repository 'cactus_export'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/galaxy-australia/cactus_export

Changeset 6:aaa0d6a8b808 (2023-01-12)
Previous changeset 5:764845535798 (2022-11-14) Next changeset 7:5abf2c2249aa (2023-02-09)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/usegalaxy-au/tools-au commit 1eadd6f869c4d28462ccf888008f21acdd00a91d
modified:
cactus_export.xml
macros.xml
test-data/evolverMammals_noroot.maf
b
diff -r 764845535798 -r aaa0d6a8b808 cactus_export.xml
--- a/cactus_export.xml Mon Nov 14 06:02:47 2022 +0000
+++ b/cactus_export.xml Thu Jan 12 02:00:10 2023 +0000
b
@@ -1,5 +1,5 @@
 <tool id="cactus_export" name="Cactus: export" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@" profile="@PROFILE@" license="MIT">
-    <description>whole-genome multiple sequence alignment to other formats.</description>
+    <description>whole-genome multiple sequence alignment to other formats</description>
     <macros>
         <import>macros.xml</import>
     </macros>
b
diff -r 764845535798 -r aaa0d6a8b808 macros.xml
--- a/macros.xml Mon Nov 14 06:02:47 2022 +0000
+++ b/macros.xml Thu Jan 12 02:00:10 2023 +0000
b
@@ -1,13 +1,12 @@
 <macros>
-    <token name="@TOOL_VERSION@">2.2.4</token>
-    <token name="@VERSION_SUFFIX@">1</token>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">2.4.0</token>
+    <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token>
     <token name="@PROFILE@">20.09</token>
-    <token name="@DIGEST@">b22eb2ef1d8c6f152d12d0e4300ac68affea5aafb2f7022f9078e8e72e41654d</token>
     <xml name="requirements">
         <requirements>
             <!-- Cactus is not in bioconda -->
             <!-- Devoper provides a Docker container -->
-            <container type="docker">quay.io/comparative-genomics-toolkit/cactus@sha256:@DIGEST@</container>
+            <container type="docker">quay.io/comparative-genomics-toolkit/cactus:v@TOOL_VERSION@</container>
         </requirements>
     </xml>
     <xml name="citations">
b
diff -r 764845535798 -r aaa0d6a8b808 test-data/evolverMammals_noroot.maf
--- a/test-data/evolverMammals_noroot.maf Mon Nov 14 06:02:47 2022 +0000
+++ b/test-data/evolverMammals_noroot.maf Thu Jan 12 02:00:10 2023 +0000
b
b'@@ -3422,6 +3422,70 @@\n s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t11039\t11\t+\t647215\tACAATCTCTTA\n \n a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t11603\t5\t+\t636262\tATCCC\n+s\tAnc0.Anc0refChr2\t6528\t5\t+\t17989\tATCCC\n+s\tAnc1.Anc1refChr6\t34612\t5\t+\t197743\tATCCC\n+s\tAnc2.Anc2refChr17\t28482\t5\t+\t28526\tATACA\n+s\tmr.mrrefChr0\t10664\t5\t+\t130230\tATCCC\n+s\tmr.mrrefChr0\t119688\t5\t-\t130230\tATCCC\n+s\tmr.mrrefChr5\t220265\t5\t+\t294540\tATCTC\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t346008\t5\t+\t602619\tGCACT\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t336875\t5\t+\t593897\tATACA\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t373650\t5\t+\t636262\tATCTC\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t624781\t5\t-\t636262\tATCCC\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t365749\t5\t+\t647215\tATCTC\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t636287\t5\t-\t647215\tCTCCC\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t11050\t5\t+\t647215\tACCCC\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t11608\t1\t+\t636262\tA\n+s\tAnc0.Anc0refChr2\t6533\t1\t+\t17989\tA\n+s\tAnc1.Anc1refChr6\t34617\t1\t+\t197743\tA\n+s\tAnc2.Anc2refChr17\t28491\t1\t+\t28526\tA\n+s\tmr.mrrefChr0\t10669\t1\t+\t130230\tA\n+s\tmr.mrrefChr0\t119693\t1\t-\t130230\tA\n+s\tmr.mrrefChr5\t220270\t1\t+\t294540\tA\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t346017\t1\t+\t602619\tA\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t336884\t1\t+\t593897\tA\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t373655\t1\t+\t636262\tA\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t624786\t1\t-\t636262\tA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t365754\t1\t+\t647215\tA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t636292\t1\t-\t647215\tA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t11055\t1\t+\t647215\tA\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t11609\t3\t+\t636262\tACC\n+s\tAnc0.Anc0refChr2\t6534\t3\t+\t17989\tAGC\n+s\tAnc1.Anc1refChr6\t34618\t3\t+\t197743\tAGC\n+s\tAnc2.Anc2refChr17\t28492\t3\t+\t28526\tAGA\n+s\tmr.mrrefChr0\t10670\t3\t+\t130230\tACC\n+s\tmr.mrrefChr0\t119694\t3\t-\t130230\tGGT\n+s\tmr.mrrefChr5\t220271\t3\t+\t294540\tAGC\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t346018\t3\t+\t602619\tAGA\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t336885\t3\t+\t593897\tAGA\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t373656\t3\t+\t636262\tAGC\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t624787\t3\t-\t636262\tGGT\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t365755\t3\t+\t647215\tAGA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t636293\t3\t-\t647215\tGGC\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t11058\t3\t+\t647215\tATC\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t11612\t3\t+\t636262\tTCA\n+s\tAnc0.Anc0refChr2\t6537\t3\t+\t17989\tTCA\n+s\tAnc1.Anc1refChr6\t34621\t3\t+\t197743\tTCA\n+s\tAnc2.Anc2refChr17\t28495\t3\t+\t28526\tTCA\n+s\tmr.mrrefChr0\t10673\t3\t+\t130230\tTCA\n+s\tmr.mrrefChr0\t119697\t3\t-\t130230\tTCA\n+s\tmr.mrrefChr5\t220274\t3\t+\t294540\tCCA\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t346021\t3\t+\t602619\tTAA\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t336888\t3\t+\t593897\tTCA\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t373659\t3\t+\t636262\tCCA\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t624790\t3\t-\t636262\tTCA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t365758\t3\t+\t647215\tCTA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t636296\t3\t-\t647215\tTCA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t11067\t3\t+\t647215\tTCA\n+\n+a\n s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t11615\t1\t+\t636262\tG\n s\tmr.mrrefChr0\t10676\t1\t+\t130230\tG\n s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t11070\t1\t+\t647215\tG\n@@ -3483,7 +3547,22 @@\n s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t11078\t4\t+\t647215\tAAGG\n \n a\n-s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t11631\t1\t+\t636262\tT\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t11627\t7\t+\t636262\tATACTTT\n+s\tAnc0.Anc0refChr2\t6551\t6\t+\t17989\tACAG-GG\n+s\tAnc1.Anc1refChr2\t113615\t6\t-\t144309\tACAG-GG\n+s\tAnc1.Anc1refChr6\t34635\t6\t+\t197743\tATAC-GT\n+s\tAnc2.Anc2refChr0\t51606\t6\t+\t56053\tACAG-GG\n+s\tmr.mrrefChr0\t10688\t6\t+\t130230\tATAC-TT\n+s\tmr.mrrefChr0\t119700\t6\t-\t130230\tATAC-GC\n+s\tmr.mrrefChr5\t220294\t6\t+\t294540\tAGGG-GT\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t55081\t6\t+\t602619\tACAG-GG\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t48656\t6\t+\t593897\tACAG-GG\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t551636\t6\t-\t601863\tACAG-AG\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t373679\t6\t+\t636262\tAGGG-GT\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t624793\t6\t-\t636262\tATAC-GC\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t365778\t6\t+\t647215\tAGAG-AT\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t636299\t6\t-\t647215\tACAC-GC\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t11082\t6\t+\t647215\tATAC-TT\n \n a\n s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t11634\t3\t+\t636262\tTCA\n@@ -3501,6 +3580,114 @@\n s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t11088\t3\t+\t647215\tTCA\n \n a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t11637\t9\t+\t636262\tGTATTAGCA\n+s\tAnc0.Anc0refChr2\t6560\t9\t+\t17989\tGTGTTAAGA\n+s\tAnc1.Anc1refChr2\t113624\t9\t-\t144309\tGTGTTAAGA\n+s\tAnc1.Anc1ref'..b'181027\tCGTA\n+s\tmr.mrrefChr5\t198699\t4\t-\t294540\tCGTA\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t167390\t4\t-\t636262\tCGTA\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t27016\t4\t-\t636262\tCGTA\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t393516\t4\t-\t636262\tTGTA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t168404\t4\t-\t647215\tTGTA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t563417\t4\t+\t647215\tTGTA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t580309\t4\t+\t647215\tCATA\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t635541\t18\t+\t636262\tCGCTTTGTTCACGACTTC\n+s\tAnc1.Anc1refChr6\t75781\t18\t-\t197743\tTGCTTTGTTTGCGACTTT\n+s\tmr.mrrefChr3\t156452\t18\t-\t181027\tTGCTCTGTTTGCAACTTT\n+s\tmr.mrrefChr3\t23861\t18\t-\t181027\tTGCTTTGTTTGCGGCTTC\n+s\tmr.mrrefChr5\t198703\t18\t-\t294540\tCGCTTTGTTTGCGACTTT\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t167394\t18\t-\t636262\tTGCTCTGTTTGCAACTTT\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t27020\t18\t-\t636262\tTGCTTTGTTTGCGGCTTC\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t393520\t18\t-\t636262\tCGCTTTGTTTGTGAATTT\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t168408\t18\t-\t647215\tTACTTTGCTTGCAACTTT\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t563421\t18\t+\t647215\tTGCCTTGTTTGTGACTTC\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t294603\t18\t-\t647215\tTACATTGTTTGCGACTTA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t580313\t17\t+\t647215\tTGCTTCGTTTGCGACTT-\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t635559\t4\t+\t636262\tGAAG\n+s\tAnc1.Anc1refChr6\t75799\t4\t-\t197743\tGAAG\n+s\tmr.mrrefChr3\t156470\t4\t-\t181027\tGAAG\n+s\tmr.mrrefChr5\t198721\t4\t-\t294540\tGAAG\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t167412\t4\t-\t636262\tGAAG\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t393538\t4\t-\t636262\tGAAG\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t168426\t4\t-\t647215\tGAAG\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t294621\t4\t-\t647215\tGAAG\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t635563\t2\t+\t636262\tTC\n+s\tAnc1.Anc1refChr6\t75803\t2\t-\t197743\tCC\n+s\tmr.mrrefChr3\t156474\t2\t-\t181027\tCC\n+s\tmr.mrrefChr5\t198725\t2\t-\t294540\tTC\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t167417\t2\t-\t636262\tCC\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t393542\t2\t-\t636262\tTC\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t168430\t2\t-\t647215\tCC\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t294625\t2\t-\t647215\tCC\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t580330\t2\t+\t647215\tCC\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t635565\t2\t+\t636262\tTC\n+s\tAnc0.Anc0refChr3\t133326\t1\t-\t222631\t-C\n+s\tAnc1.Anc1refChr6\t75805\t2\t-\t197743\tCC\n+s\tAnc2.Anc2refChr1\t142501\t1\t-\t142988\t-C\n+s\tmr.mrrefChr3\t156476\t2\t-\t181027\tCC\n+s\tmr.mrrefChr5\t198727\t2\t-\t294540\tTC\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t148730\t1\t-\t602619\t-C\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t448535\t1\t+\t593897\t-C\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t167419\t2\t-\t636262\tCC\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t168432\t2\t-\t647215\tCT\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t294630\t2\t-\t647215\tAC\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t580332\t1\t+\t647215\tT-\n \n a\n s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t635567\t2\t+\t636262\tTG\n@@ -238522,27 +256144,16 @@\n s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t294632\t2\t-\t647215\tAg\n \n a\n-s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t635569\t2\t+\t636262\tGA\n-s\tAnc0.Anc0refChr5\t25915\t2\t-\t87904\tGC\n-s\tAnc1.Anc1refChr7\t27595\t2\t+\t47259\tGC\n-s\tAnc2.Anc2refChr15\t27830\t2\t-\t86568\tGC\n-s\tmr.mrrefChr5\t198731\t2\t-\t294540\tga\n-s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t363177\t2\t-\t602619\tGA\n-s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t362358\t2\t-\t593897\tTC\n-s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t280430\t2\t+\t601863\tGC\n-s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t294634\t2\t-\t647215\tgt\n-\n-a\n-s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t635571\t2\t+\t636262\tTT\n-s\tAnc0.Anc0refChr5\t25917\t2\t-\t87904\tCA\n-s\tAnc1.Anc1refChr7\t27597\t2\t+\t47259\tCA\n-s\tAnc2.Anc2refChr15\t27832\t2\t-\t86568\tCA\n-s\tmr.mrrefChr5\t198733\t2\t-\t294540\tTT\n-s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t363179\t2\t-\t602619\tCA\n-s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t362360\t2\t-\t593897\tCA\n-s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t280432\t2\t+\t601863\tCA\n-s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t294636\t2\t-\t647215\tgg\n-s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t580333\t2\t+\t647215\tTT\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t635569\t4\t+\t636262\tGATT\n+s\tAnc0.Anc0refChr5\t25915\t4\t-\t87904\tGCCA\n+s\tAnc1.Anc1refChr7\t27595\t4\t+\t47259\tGCCA\n+s\tAnc2.Anc2refChr15\t27830\t4\t-\t86568\tGCCA\n+s\tmr.mrrefChr5\t198731\t4\t-\t294540\tgaTT\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t363177\t4\t-\t602619\tGACA\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t362358\t4\t-\t593897\tTCCA\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t280430\t4\t+\t601863\tGCCA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t294634\t4\t-\t647215\tgtgg\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t580333\t2\t+\t647215\t--TT\n \n a\n s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t635573\t5\t+\t636262\tTACTA\n'