Repository 'prims_proteomics'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/pieterlukasse/prims_proteomics

Changeset 18:ad911e9aaf33 (2014-08-01)
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Commit message:
small fix in msfilt report output
modified:
MsFilt.jar
msfilt.xml
b
diff -r 40ec8770780d -r ad911e9aaf33 MsFilt.jar
b
Binary file MsFilt.jar has changed
b
diff -r 40ec8770780d -r ad911e9aaf33 msfilt.xml
--- a/msfilt.xml Mon Apr 14 17:11:33 2014 +0200
+++ b/msfilt.xml Fri Aug 01 17:22:37 2014 +0200
b
@@ -221,6 +221,17 @@
 The output report shows some plots that visualize the filtering done. This can help in fine-tuning the right filtering
 criteria.
 
+
+*Filter criteria examples for filtering identifications*
+
+================================== ===========================================================================
+Data type                          Example filter criteria
+---------------------------------- ---------------------------------------------------------------------------
+QExactive/ProteomeDiscoverer data  * (qmBSCR<-1.0) or (!isNaN(smPercoProb) and 18-20*smPercoProb>qmBSCR)
+X!Tandem identifications data      * (qmDMP <-0.5 and qmBSCR<-0.5) or (!isNaN(smXTD) and smXTD>0.01)
+================================== ===========================================================================
+
+
 -----
 
 **Output details**