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<param name="format" type="select" label="Output format" > - <option value="1">1.IG|Stanford</option> - <option value="2">2.GenBank|gb</option> - <option value="3">3.NBRF</option> - <option value="4">4.EMBL|em</option> - <option value="5">6.GCG</option> - <option value="6">6.DNAStrider</option> - <option value="8">8.Pearson|Fasta|fa</option> - <option value="11">11.Phylip3.2</option> - <option value="12" selected="true">12.Phylip|Phylip4</option> - <option value="13">13.Plain|Raw</option> - <option value="14">14.PIR|CODATA</option> - <option value="15">15.MSF</option> - <option value="17">17.PAUP|NEXUS</option> - <option value="18">18.Pretty</option> - <option value="19">19.XML</option> - <option value="22">22.Clustal</option> - <option value="23">23.FlatFeat|FFF</option> - <option value="24">24.GFF</option> - <option value="25">25.ACEDB</option> - </param> - </inputs> - - <!-- [REQUIRED] Output files --> - <outputs> - <data name="fileout_log" type="data" format="txt" label="${fileout_label}.log" /> - <data name="fileout" type="data" format="txt" label="${fileout_label}" /> - </outputs> - - <!-- [STRONGLY RECOMMANDED] Exit code rules --> - <stdio> - <!-- [HELP] If no exit code rule is defined, the tool will stop if anything is written to STDERR --> - <exit_code range="1:" level="fatal" /> - </stdio> - - <!-- [OPTIONAL] Tests to be run manually by the Galaxy admin --> - <tests> - <!-- [HELP] Test files have to be in the ~/test-data directory --> - - <test> - <param name="filein" value="alignment.fa" /> - <param name="format" value="12" /> - <output name="fileout" file="phylip" /> - <output name="fileout_log" file="phylip.log" /> - </test> - - <!-- [HELP] Multiple tests can be defined with different parameters --> -<!-- - <test> - </test> ---> - </tests> - - <!-- [OPTIONAL] Help displayed in Galaxy --> - <help> - -.. class:: infomark - -**Authors** Don Gilbert software@bio.indiana.edu - - | **Please cite** If you use this tool, please cite Don Gilbert software@bio.indiana.edu - - -.. class:: infomark - -**Galaxy integration** Andres Gwendoline, Institut Français de Bioinformatique. - -.. class:: infomark - -**Support** For any questions about Galaxy integration, please send an e-mail to support.abims@sb-roscoff.fr - ---------------------------------------------------- - - -======= -Readseq -======= - ------------ -Description ------------ - - Compute a phylip tree from a fasta alignment. - - ------------------ -Workflow position ------------------ - -**Upstream tools** - -=========== ========================== ======= -Name output file(s) format -=========== ========================== ======= -=========== ========================== ======= - - -**Downstream tools** - -=========== ========================== ======= -Name output file(s) format -=========== ========================== ======= -fastme Newick tree Newick -Rooting out tree Newick -=========== ========================== ======= - - ----------- -Input file ----------- - -Fasta file - The input data file contains sequence alignment(s) - - ----------- -Parameters ----------- - -Output name - Output base name for the ouput files - - ------------- -Output files ------------- - -Output_name - Resulting tree in phylip format - -Output_name.log - Log file - ------------- -Dependencies ------------- -ReadSeq - readseq.jar at 10.03.13 version - ---------------------------------------------------- - ---------------- -Working example ---------------- - -Input files -=========== - -Fasta file ------------ - -:: - - >IRAT112 GAGAACCGTCCTGTAAGTACTCTTGCTTTAAGTAATAAAGTAATACTAATCCATGACGCTTAAGTCGAAGAGAGAATAAGTCAATATTTAATTGGACTCATCGCTTATTATCATTATGAATCAATAAACAACTTGATGTTGTGCTCCATGTACGATATATAAAGACAGATA - >KARASUKARASURANKASU GAGAACCGTCCTGTAAGTACTCTTGCTTTAAATACGAAAGTAATACTAATCCATGACGCTTAAGTCGAAGAGAGAATAAGTCAATATTTAATTGGACTCATCGCTTATGTTCATCATGAATCTATAGTTAACTTGATGTTGTGCTCCATGTACGATATAAAAAGTTAGATA - - -Parameters -========== - -Output name -> phylip conversion - - -Output files -============ - -phylip conversion ------------------ - -:: - - 168 5125 - IRAT112 GAGAACCGTC CTGTAAGTAC TCTTGCTTTA AGTAATAAAG TAATACTAAT - KARASUKARA GAGAACCGTC CTGTAAGTAC TCTTGCTTTA AATACGAAAG TAATACTAAT - - </help> - -</tool> |
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AGTAATAAAG TAATACTAAT\n-M202 GAGAACCGTC CTGTAACCTT GATTGTTATA GGTAATAAAG TAATACTAAT\n-IR53236-27 GAGAACCGTC CTGTAAGTAC TCTTGCTTTA AGTAATAAAG TAATACTAAT\n-IR65907-18 GAGATCCGTC CTGTAAGTAC TCTTGCTTTA AGTAATAAAG TAATACTAAT\n-P5589-1-1- AAGAACCGTC CTGTAAGTAC TCTTGCTTTA AGTAATAAAG TAATACTAAT\n-MANDRIRAVI AAGAACCGTC CTGTAAGTAC TCTTGCTTAA AGTAATAAAG TAATACTAAT\n-PALAWAN GAGAACCGTC CTGTAAGTAC TCTTGCTTTA AGAACTAAAG TATATCAACA\n-CNA-7_BO_1 GAGTACCGTC CTGTAAGTAC TCTTGCTTTA AGTAATAAAG TAAAAAAGAT\n-IRAT257 GAGAACCGTC CTGTAAGTAC TCTTGCTTTA AGTAATAAAG TAATACTAAT\n-TANDUI GAGAACCGTC CTGTAAGTAC TCTTGCTTTA AGTAATAAAG TATATCAACA\n-KETANLUMBU GAGAACCGTC CTGTAAGTAC TCTTGCTTTA AGAAATAAAG TATATCAAAT\n-IRAT109 GAGAACCGTC CTGTAACCTT GATTGTTATA AGAACTAAAG TAATACTAAT\n-PCT11_0_0_ AAGAACCGTC CTGTAAGTAC TCTTGCTTTA AGTAATAAAG TAATACTAAT\n-KANIRANGA GAGAACCGTC CTGTAAGTAC'..b'\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTAAT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTACAGTACG GTGCGCCTGA AAGAT\n- TTTCGGAACT 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AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- AAATACTGTG GTCTATTAAA TTGTA\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTAAT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTAAT\n- TTACAGTACG GTGCGCCTGA AAGAT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTAAT\n- ATTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTAAT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTAAT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTAAT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTAAT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGTGTG GTCTATTAAA TTGTA\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTAAT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGTGTG GTCTATTAAA TTGTA\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTAAT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTAAT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- ATTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTACAGTACG GTGCGCCTGA AAGAT\n- TTACAGTACG GTGCGCCTGA AAGAT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTAAT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTAAT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n' |
| b |
| diff -r 3fadcdc7b7a6 -r b38275a23ce0 Readseq_main/test-data/phylip.log --- a/Readseq_main/test-data/phylip.log Wed Jul 01 10:40:47 2015 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 |
| b |
| @@ -1,1 +0,0 @@ -Readseq version 2.1.30 (12-May-2010) |
| b |
| diff -r 3fadcdc7b7a6 -r b38275a23ce0 Readseq_main/tool_dependencies.xml --- a/Readseq_main/tool_dependencies.xml Wed Jul 01 10:40:47 2015 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 |
| b |
| @@ -1,6 +0,0 @@ -<?xml version="1.0"?> -<tool_dependency> - <package name="readseq.jar" version="10.03.13"> - <repository changeset_revision="fea210e6e159" name="package_readseq_jar_10_03_13" owner="gandres" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu/" /> - </package> -</tool_dependency> |
| b |
| diff -r 3fadcdc7b7a6 -r b38275a23ce0 readseq.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/readseq.xml Fri Dec 11 09:23:33 2015 -0500 |
| [ |
| b'@@ -0,0 +1,308 @@\n+<tool id="sniplay_readseq" name="Readseq" version="1.0.2">\n+ \n+ <!-- [REQUIRED] Tool description displayed after the tool name -->\n+ <description> Convert various alignment formats </description>\n+ \n+ <!-- [OPTIONAL] 3rd party tools, binaries, modules... required for the tool to work -->\n+ <requirements>\n+ <requirement type="binary">perl</requirement>\n+\t<requirement type="package" version="10.03.13">readseq.jar</requirement>\n+ </requirements>\n+ \n+ <!-- [STRONGLY RECOMMANDED] Exit code rules -->\n+ <stdio>\n+ <!-- [HELP] If no exit code rule is defined, the tool will stop if anything is written to STDERR -->\n+ <exit_code range="1:" level="fatal" />\n+ </stdio>\n+\n+ <!-- [REQUIRED] The command to execute -->\n+ <command>\n+\techo \\$JAVA_JAR_PATH &&\n+\tjava -jar \\$JAVA_JAR_PATH/readseq.jar $filein -f $format >> $fileout_log 2>&1 &&\n+#if str( $format ) == "1":\n+ mv ${filein}.ig $fileout\n+#elif str( $format ) == "2" :\n+ mv ${filein}.gb $fileout\n+#elif str( $format ) == "3" :\n+ mv ${filein}.nbrf $fileout\n+#elif str( $format ) == "4" :\n+ mv ${filein}.embl $fileout\n+#elif str( $format ) == "5" :\n+ mv ${filein}.gcg $fileout\n+#elif str( $format ) == "6" :\n+ mv ${filein}.strider $fileout\n+#elif str( $format ) == "8" :\n+ mv ${filein}.fasta $fileout\n+#elif str( $format ) == "11" :\n+ mv ${filein}.phylip2 $fileout\n+#elif str( $format ) == "12" :\n+ mv ${filein}.phylip $fileout\n+#elif str( $format ) == "13" :\n+ mv ${filein}.seq $fileout\n+#elif str( $format ) == "14" :\n+ mv ${filein}.pir $fileout\n+#elif str( $format ) == "15" :\n+ mv ${filein}.msf $fileout\n+#elif str( $format ) == "17" :\n+ mv ${filein}.nexus $fileout\n+#elif str( $format ) == "18" :\n+ mv ${filein}.pretty $fileout\n+#elif str( $format ) == "19" :\n+ mv ${filein}.xml $fileout\n+#elif str( $format ) == "22" :\n+ mv ${filein}.aln $fileout\n+#elif str( $format ) == "25" :\n+ mv ${filein}.ace $fileout\n+#end if\n+ </command>\n+ \n+ <!-- [REQUIRED] Input files and tool parameters -->\n+ <inputs>\n+\t<param name="filein" type="data" format="fasta" optional="false" label="Fasta alignment input" />\n+\t<param name="fileout_label" type="text" value="phylip conversion" label="Output name" help="Output name for files" />\n+\t<param name="format" type="select" label="Output format" >\n+\t <option value="1">1.IG|Stanford</option>\n+\t <option value="2">2.GenBank|gb</option>\n+\t <option value="3">3.NBRF</option>\n+\t <option value="4">4.EMBL|em</option>\n+\t <option value="5">5.GCG</option>\n+\t <option value="6">6.DNAStrider</option>\n+\t <option value="8">8.Pearson|Fasta|fa</option>\n+\t <option value="11">11.Phylip3.2</option>\n+\t <option value="12" selected="true">12.Phylip|Phylip4</option>\n+\t <option value="13">13.Plain|Raw</option>\n+\t <option value="14">14.PIR|CODATA</option>\n+\t <option value="15">15.MSF</option>\n+\t <option value="17">17.PAUP|NEXUS</option>\n+\t <option value="18">18.Pretty</option>\n+\t <option value="19">19.XML</option>\n+\t <option value="22">22.Clustal</option>\n+\t <option value="25">25.ACEDB</option>\n+ </param>\n+ </inputs> \n+ \n+ <!-- [REQUIRED] Output files -->\n+ <outputs>\n+\t<data name="fileout_log" type="data" format="txt" label="${fileout_label}.log" />\n+\t<data name="fileout" type="data" format="txt" label="${fileout_label}" />\n+ </outputs>\n+ \n+ <!-- [OPTIONAL] Tests to be run manually by the Galaxy admin -->\n+ <tests>\n+ <!-- [HELP] Test files have to be in the ~/test-data directory -->\n+ <test>\n+ <param name="filein" value="readseq-alignment.fa" />\n+\t <param name="format" value="1" />\n+ <output name="fileout" file="readseq-standford" />\n+ </test>\n+ <test>\n+ <param name="filein" value="readseq-alignment.fa" />\n+\t <param name="format" value="2" />\n+ <output name="fileout" file="readseq-GenBank" />\n+ </test>\n+ <test>\n+ <param nam'..b'ue="13" />\n+ <output name="fileout" file="readseq-raw" />\n+ </test>\n+ <test>\n+ <param name="filein" value="readseq-alignment.fa" />\n+\t <param name="format" value="14" />\n+ <output name="fileout" file="readseq-PIR" />\n+ </test>\n+ <test>\n+ <param name="filein" value="readseq-alignment.fa" />\n+\t <param name="format" value="15" />\n+ <output name="fileout" file="readseq-MSF.txt" lines_diff="2" />\n+ </test>\n+ <test>\n+ <param name="filein" value="readseq-alignment.fa" />\n+\t <param name="format" value="17" />\n+ <output name="fileout" file="readseq-NEXUS" />\n+ </test>\n+ <test>\n+ <param name="filein" value="readseq-alignment.fa" />\n+\t <param name="format" value="18" />\n+ <output name="fileout" file="readseq-Pretty" />\n+ </test>\n+ <test>\n+ <param name="filein" value="readseq-alignment.fa" />\n+\t <param name="format" value="19" />\n+ <output name="fileout" file="readseq-XML" />\n+ </test>\n+ <test>\n+ <param name="filein" value="readseq-alignment.fa" />\n+\t <param name="format" value="22" />\n+ <output name="fileout" file="readseq-Clustal" />\n+ </test>\n+ <test>\n+ <param name="filein" value="readseq-alignment.fa" />\n+\t <param name="format" value="25" />\n+ <output name="fileout" file="readseq-ACEDB" />\n+ </test>\n+\n+ </tests>\n+ \n+ <!-- [OPTIONAL] Help displayed in Galaxy -->\n+ <help>\n+\n+.. class:: infomark\n+\n+**Authors** Don Gilbert software@bio.indiana.edu\n+\n+ | **Please cite** If you use this tool, please cite Don Gilbert software@bio.indiana.edu\n+\n+\n+.. class:: infomark\n+\n+**Galaxy integration** Andres Gwendoline, Institut Fran\xc3\xa7ais de Bioinformatique.\n+\n+.. class:: infomark\n+\n+**Support** For any questions about Galaxy integration, please send an e-mail to support.abims@sb-roscoff.fr\n+\n+---------------------------------------------------\n+\n+\n+=======\n+Readseq\n+=======\n+\n+-----------\n+Description\n+-----------\n+\n+ Compute a phylip tree from a fasta alignment.\n+\n+\n+-----------------\n+Workflow position\n+-----------------\n+\n+**Upstream tools**\n+\n+=========== ========================== =======\n+Name output file(s) format \n+=========== ========================== =======\n+=========== ========================== =======\n+\n+\n+**Downstream tools**\n+\n+=========== ========================== =======\n+Name output file(s) format\n+=========== ========================== =======\n+fastme Newick tree Newick \n+Rooting out tree Newick \n+=========== ========================== =======\n+\n+\n+----------\n+Input file\n+----------\n+\n+Fasta file\n+\tThe input data file contains sequence alignment(s)\n+\t\n+\n+----------\n+Parameters\n+----------\n+\n+Output name\n+ Output base name for the ouput files\n+\n+\n+------------\n+Output files\n+------------\n+\n+Output_name\n+\tResulting tree in phylip format\n+\n+Output_name.log\n+\tLog file\n+\n+------------\n+Dependencies\n+------------\n+ReadSeq\n+\treadseq.jar at 10.03.13 version\n+\n+---------------------------------------------------\n+\n+---------------\n+Working example\n+---------------\n+\n+Input files\n+===========\n+\n+Fasta file\n+-----------\n+\n+::\n+\n+\t>IRAT112 GAGAACCGTCCTGTAAGTACTCTTGCTTTAAGTAATAAAGTAATACTAATCCATGACGCTTAAGTCGAAGAGAGAATAAGTCAATATTTAATTGGACTCATCGCTTATTATCATTATGAATCAATAAACAACTTGATGTTGTGCTCCATGTACGATATATAAAGACAGATA\n+\t>KARASUKARASURANKASU GAGAACCGTCCTGTAAGTACTCTTGCTTTAAATACGAAAGTAATACTAATCCATGACGCTTAAGTCGAAGAGAGAATAAGTCAATATTTAATTGGACTCATCGCTTATGTTCATCATGAATCTATAGTTAACTTGATGTTGTGCTCCATGTACGATATAAAAAGTTAGATA\n+\n+\n+Parameters\n+==========\n+\n+Output name -> phylip conversion\n+\n+\n+Output files\n+============\n+\n+phylip conversion\n+-----------------\n+\n+::\n+\n+\t168 5125\n+\tIRAT112 GAGAACCGTC CTGTAAGTAC TCTTGCTTTA AGTAATAAAG TAATACTAAT\n+\tKARASUKARA GAGAACCGTC CTGTAAGTAC TCTTGCTTTA AATACGAAAG TAATACTAAT\n+\t\n+ </help>\n+ \n+</tool>\n' |
| b |
| diff -r 3fadcdc7b7a6 -r b38275a23ce0 test-data/readseq-ACEDB --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/readseq-ACEDB Fri Dec 11 09:23:33 2015 -0500 |
| b |
| b'@@ -0,0 +1,14784 @@\n+DNA : "IRAT112"\n+GAGAACCGTCCTGTAAGTACTCTTGCTTTAAGTAATAAAGTAATACTAATCCATGACGCT\n+TAAGTCGAAGAGAGAATAAGTCAATATTTAATTGGACTCATCGCTTATTATCATTATGAA\n+TCAATAAACAACTTGATGTTGTGCTCCATGTACGATATATAAAGACAGATAAAACCATAA\n+GATCATCATTCAAGTATTGTATATAGCTCTAGATAGGATTTAAATAGAATTTTATTTTAT\n+GTGAATAAAGTCTTTTGAACATTTACTAAACAAAGCATAAAGTCTTATCATGAGTTTCGA\n+GAAAAATGAGGCTATTCCAAGATAATGCATGTACGTTTTATATAATATGCTTCCTGAAAT\n+AATTAATAAATTGAGTTATTAAGCTTTAATTATAAATCAATATTTGATTAAAAAATTACC\n+GAGAGCTACATTTTCTAATCAAAGGGAACAACTCTCTAAATTCAAAAATTTATGTCCGCA\n+ATCTGAGATAATATCAATTTTATTTTAATATAAGTTATTATAATGTACTGATTAATCTGA\n+CACTTTCATTTAAAATTAATTAAATTATAGCATAGTAAATAACTTTATAATATTGAGACA\n+AGTTAATAAGCGGCCTTCCAGCCGATATAATAAACATGATTTTTTTTTGCTTATAATGAA\n+GTAGCAGTAAAGAATTTCAGTTTATCTTATTTTATTTTGAAAATGTTAGTATGTCATCAC\n+CTAGAACGAATATCTATATTGAAACCTTCTATTATAAATTACAGTGATCGACCTATTAAA\n+ATCTTAGTATTAAAACAATATTTCTATTTTATCTAGATGTAATCCATGTTTAGTGTGTAC\n+TCATCAGATTTAAACGTATATTCAGATTTATGATATCTAAGACCATTATTAGTTGTATAG\n+AAATGTTTAATGCTAAAATATGGAAAAATACTAAAGTAATTTTTTATATTATATACTTAA\n+TTAATACTATGAAGTGAGATACTTTAATTACGCATTAGGTATCAAATAACTTTCTTAGTA\n+ATATAAATTTAAAAGTAATTCGGCATGAGATAAACCAAATTATGTATCTTTGAATGTGAA\n+TATGTCTGGTTTATAAAATTGAATTTTTATAAAAATTTTATTAATTATCAAACTTATTAG\n+CCTCATATGTCTCTAATCATTAAGTCTAGAACGATCCATTATTTAATGCTGTTTGGTCAT\n+ACATACTCTATATTTATAAACAATTACATCAAACGTAAATATAACTTTACGAACAAATAT\n+TGAAACGTTAACAGAACTTCCTATACGATGTTTCCAGATTACGACTTAATTATAAATATT\n+ATAGGGCCTCCTTTTTCGAAACATCGTGTTATGGTTTAGGATTTGCAGAATTGTAATACG\n+TTTATATTGCTGTAAGTTTTCTTGACAAATTTCTCAAAGATATTAATATAATTACCTGGA\n+AAAAGATCTAAAAAAAATACGTATTACAATCCAGACATTGGTATTCGAATAAATAAATAA\n+AAAATCTCCGGCTATTAATATTATGTAGAAGGACCCGGTATTGTATTATAGTTCAAAAAA\n+AAAGAATTATCTTGTAAATCTTATTCCATCTTTAATATTCTCATGTATTCTTTTAAATGT\n+CTATTTGAGTATATGTTTATCTTACATTTAGCTTAATCGAAATTGTTAAATAATTATAAA\n+AATATTAATAGAATCAGTTAGATTATTATTAGTTCTTTGAACTATGGTGTTCAGACAGCT\n+TTCCCTCAAATATTTTCAACTTGTAATGGAGAAGATCGAATTAAAATTATATTTTAAATA\n+TATTATTTTAAATACAAGATATTATATTATATACTATTAAAAAATAATATATTTATAAAA\n+TAGTAGATATATAAAGTCTCCCTAGGATATTAACCACCTCATACATGAAATCTTAATATA\n+ATATAATTATGTTATTCAATTGACATTAAGACGATAATTACTTGGCGAACCAATACATAT\n+ATATATATTTTGATTTTACTAACGTATAAATCGACTCGTATTATTTATACTTTAAATTGC\n+AGAAAAATTAGTATATTCTTATATCGTAAATGACATTTATAAGTTAAGGTTATTTATTTC\n+TGTTCGTTACGTATTTAAAAGTAATATGACTTATTTTCTACACAGATTTAACTATACGTA\n+GAATAACTTATATCTTAGGTAAGTAAGAGATTTTCGAATTTGATTTCGAATATGACTAAT\n+AGATTCATTATAAAGAATATATGTTATTGATTAGTTAAGTAGCATCGTGAATTATTTTAA\n+AATTGCATTTGCGTTCAATATTAATTGAAAAGTGTAGTATCGAGTAATATATAATATAAA\n+ATTAGTTCAATTATAATCAATAGAATAGATTTTGAAGCCATGCGTGTAATTCTTGAAAAA\n+TTATTCTATATTATGTAGAAATAAGACTGAAAGATAAAACTAAAAAAATATTTATGACCG\n+CAGACTTTAATTACGAATAATTAATAAATACAGCAGTTTATATATAGATACATATGAAAT\n+TTCTTGGTAATGAATACAAATAAATATATACTTGTAGTATTCTTTTTAATAATCTTTTTG\n+AAAGTTAAAATTTGCTCTAAATAATCTTAAATTGCAATTATTCCTCGATTATAAATTTTA\n+TAATAAGTTATTGTATCCCCTAAAATATCTCTAGTTTTAAGTTTTATATAGGATTCTCTA\n+AAAAAAAATCAATAAGATCTTTTATATAATCATAGTAATTTAACCACGCACTTTACTATC\n+ATTATTCTTTATGTATATGTTTAGGTTTTAAGAGTAATACATATTGTATAATCTGTTTGT\n+AAATGGCACCAATAGGTTGTTTGATGAATAGTCTTAACTATAGTACCGGTATAATTAAAA\n+AAAACAGATTTTTAATAAAAAAGAAAATCACTGTCTCTAATGTCTTGTATAATAACAATT\n+AAACTGATGCATAATAATTTAAGATTTTGGTTTTATAAAAATTTAGGATCATAAGATTAT\n+GAAATTTTTTTTACTAGTTACTTCTAATATTATTAATTGCATCACTATTTAAAATAGCCC\n+CTTAAATACTTATAAAAATAAAAATATTAGATTATTCAGGGATAAATATCATCAATTAAT\n+AAATTGTCAGAATAACATAATCCTAATGAAAATCATTTTATTTTTAATTGTAATAATATA\n+GTTCATATAATAATATATTAATCCTCAAGGTTGGCACTAATATATTTTGATTTAATTATA\n+AGTTGTAGGGACTAAATTATAATTGCTTAGCGTATTTCGAAAATAATAAAATTTACTTAT\n+CGGAGTAGTATCCAATTTCAATATATTATTTTTTAAAAACCTATATAGGATACTTATATT\n+AATTAGTCATTAATTAAAATACACTCGTATCTTATATTTATTAAATAGTTACATTAAATT\n+ATCTGTATATAAACTAGCCGGACAGATTTATCCATTACTATACACATAATAAATGTCAAT\n+ATTAAATATAAGATGCATTGACCAGTAAGATTAATAAATAATAATCTTGTAATAACTCCG\n+TGCAACATGCTAAATTATATTCATTAAAGACAACAACACGTACACTTAATGATATATTGT\n+GTGATAATATTTATTATAAAATGTATGTTTATTGTGTAATAATAAATTAATCTCAGATAC\n+AGCTTATGTTTAGTTTGTTACATTCAATTATCGCAAAATATAGCAGTCCTCCTAAAAAAA\n+GTAAAGATTATATATGATGTATTTCTATTATTCATGTAGATTAATTAGATACTATTTACT\n+AGATTATATTTATATAACTATTAAGAAATAGCCCGAAAAATTAAAAAATATATAT'..b'T\n+TGAATCGTTAACAGAACTTCCTATACGATGTTTCCAGATTACGACTTAATTATAAATATT\n+ATAGGGCCCCCTTTTTCGAAACATCGTGTCATGGTTTAGGATTTGCAGGATTGTAATACG\n+TTAGCTTAGTATTTTAATAATCAGATATGATTTATAGAGATATTTAATATTAATCTTAGA\n+TTAGGTCCTTAATTATTTAAATATTCTGTATTTTGTTACAGATTTCGAACTGATAAATAA\n+ATTTGTTTACATGTTATCTTAAAAGGAGAAGGATCCGGTATTGTATTATAGTTCAATAAA\n+AAAGAATTATCTTGTAAATCTTATTCCATCTTTAATATTCTCATGTATTCTTTTAAATGT\n+CTTTTTGAGTATATGTTTATCTTACATTTAGCTTAATCGAAAACAAATTTATTATATATT\n+GATATTAATAGAATCAGTTAGATTATTATTAGTTCTTTGAACTATGGTTCACAGAAAGCT\n+TTCCCTCAAATATTTTCAACTTGTAATGGAGAAGATCGAATTAAAATTATATTTTAAATA\n+TATTATTTTAAATACAAGATATTATATATATTAAATACTTTTTGAATTATATTTATAAAA\n+TAGTAGATATATAAAGTCTCCCTAGGATATTAACCACCTCATACATGAAATCTTAATAAT\n+TATAAATAATGAATAACTATTGATTTATTGACGATAATTACTTGGCGAACCAATATATAT\n+ATATATATTTTGATTTTACTAACGTATAAATCGTCTCGTATCATTTATATTTTAAATTGC\n+AGAAAAATTAGTATATTCTTATATCGTAAATGACATTTATTAGTTAAGGTTATTTATTTC\n+TGTTCGTTACGTATCTAAAAGTAATATGACTTATTTTCTTCACAGATTTAACTATACGAA\n+GAATAACTTA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| b |
| diff -r 3fadcdc7b7a6 -r b38275a23ce0 test-data/readseq-DNAStrider --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/readseq-DNAStrider Fri Dec 11 09:23:33 2015 -0500 |
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