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b'@@ -1,12 +1,12 @@\n <?xml version="1.0"?>\n-<tool id="flash" name="FLASH" version="@VERSION@.1">\n+<tool id="flash" name="FLASH" version="@VERSION@.2">\n <description>adjust length of short reads</description>\n+ <macros>\n+ <token name="@VERSION@">1.2.11</token>\n+ </macros>\n <requirements>\n <requirement type="package" version="@VERSION@">flash</requirement>\n </requirements>\n- <macros>\n- <token name="@VERSION@">1.2.11</token>\n- </macros>\n <version_command>flash --version | head -n 1</version_command>\n <command detect_errors="aggressive">\n <![CDATA[\n@@ -17,23 +17,30 @@\n $allow_outies\n #if $layout.select_layout == \'individual\':\n \'$layout.forward\' \'$layout.reverse\'\n+ #set $input = $layout.forward\n #else:\n \'$layout.reads.forward\' \'$layout.reads.reverse\'\n+ #set $input = $layout.reads.forward\n+ #end if\n+ #if $input.dataset.extension == \'fastqsanger\':\n+ -p 33\n+ #else:\n+ -p 64\n #end if\n ]]>\n </command>\n <inputs>\n <conditional name="layout">\n- <param name="select_layout" type="select">\n+ <param name="select_layout" type="select" label="Input data structure">\n <option value="individual">Individual datasets</option>\n <option value="collection">Paired collection</option>\n </param>\n <when value="individual">\n- <param format="fastq" name="forward" type="data" label="Forward reads" />\n- <param format="fastq" name="reverse" type="data" label="Reverse reads" />\n+ <param format="fastqsanger,fastqsolexa,fastqillumina" name="forward" type="data" label="Forward reads" />\n+ <param format="fastqsanger,fastqsolexa,fastqillumina" name="reverse" type="data" label="Reverse reads" />\n </when>\n <when value="collection">\n- <param format="fastq" name="reads" type="data_collection" collection_type="paired" label="Read collection" />\n+ <param format="fastqsanger,fastqsolexa,fastqillumina" name="reads" type="data_collection" collection_type="paired" label="Paired reads" />\n </when>\n </conditional>\n <param name="min_overlap" argument="--min-overlap" type="integer" optional="true" value="10" label="Minimum overlap" help="The minimum required overlap length between two reads to provide a confident overlap." />\n@@ -43,44 +50,61 @@\n <param name="generate_histogram" type="boolean" truevalue="" falsevalue="" checked="false" label="Output a text rendering of the histogram" />\n </inputs>\n <outputs>\n- <data format="fastq" name="merged_reads" from_work_dir="out.extendedFrags.fastq" label="${tool.name} on ${on_string}: Merged reads" />\n- <data format="fastq" name="unmerged_reads_f" from_work_dir="out.notCombined_1.fastq" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged forward reads" />\n- <data format="fastq" name="unmerged_reads_r" from_work_dir="out.notCombined_2.fastq" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reverse reads" />\n+ <data format_source="reads[\'forward\']" name="merged_reads" from_work_dir="out.extendedFrags.fastq" label="${tool.name} on ${on_string}: Merged reads">\n+ <filter>layout[\'select_layout\'] == \'collection\'</filter>\n+ </data>\n+ <data format_source="reads[\'forward\']" name="unmerged_reads_f" from_work_dir="out.notCombined_1.fastq" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged forward reads">\n+ <filter>layout[\'select_layout\'] == \'collection\'</filter>\n+ </data>\n+ <data format_source="reads[\'reverse\']" name="unmerged_reads_r" from_work_dir="out.notCombined_2.fastq" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reverse reads">\n+ <filte'..b'me="histogram_out" from_work_dir="out.histogram.outie" label="${tool.name} on ${on_string}: Unmerged reads histogram (out)">\n <filter>allow_outies and generate_histogram</filter>\n </data>\n </outputs>\n <tests>\n <test>\n- <param name="forward" value="flash_forward_in1.fastq" />\n- <param name="reverse" value="flash_reverse_in1.fastq" />\n+ <param name="select_layout" value="individual" />\n+ <param name="forward" value="flash_forward_in1.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />\n+ <param name="reverse" value="flash_reverse_in1.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />\n <param name="generate_histogram" value="false" />\n- <output name="merged_reads" file="flash_merged_out1.fastq" />\n- <output name="unmerged_reads_f" file="flash_unmerged_f_out1.fastq" />\n- <output name="unmerged_reads_r" file="flash_unmerged_r_out1.fastq" />\n+ <output name="merged_paired_reads" file="flash_merged_out1.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />\n+ <output name="unmerged_paired_reads_f" file="flash_unmerged_f_out1.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />\n+ <output name="unmerged_paired_reads_r" file="flash_unmerged_r_out1.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />\n <output name="hist" file="flash_hist_out1.tabular" />\n </test>\n <test>\n- <param name="forward" value="flash_forward_in2.fastq" />\n- <param name="reverse" value="flash_reverse_in2.fastq" />\n+ <param name="select_layout" value="individual" />\n+ <param name="forward" value="flash_forward_in2.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />\n+ <param name="reverse" value="flash_reverse_in2.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />\n <param name="allow_outies" value="true" />\n <param name="generate_histogram" value="true" />\n- <output name="merged_reads" file="flash_merged_out2.fastq" />\n- <output name="unmerged_reads_f" file="flash_unmerged_f_out2.fastq" />\n- <output name="unmerged_reads_r" file="flash_unmerged_r_out2.fastq" />\n+ <output name="merged_paired_reads" file="flash_merged_out2.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />\n+ <output name="unmerged_paired_reads_f" file="flash_unmerged_f_out2.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />\n+ <output name="unmerged_paired_reads_r" file="flash_unmerged_r_out2.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />\n <output name="hist" file="flash_hist_out2.tabular" />\n <output name="histogram" file="flash_hist_out2.txt" />\n <output name="hist_in" file="flash_hist_in_out2.tabular" />\n@@ -88,6 +112,20 @@\n <output name="hist_out" file="flash_hist_out_out2.tabular" />\n <output name="histogram_out" file="flash_hist_out_out2.txt" />\n </test>\n+ <test>\n+ <param name="select_layout" value="collection" />\n+ <param name="generate_histogram" value="false" />\n+ <param name="reads">\n+ <collection type="paired">\n+ <element name="forward" value="flash_forward_in3.fastqillumina" ftype="fastqillumina" />\n+ <element name="reverse" value="flash_reverse_in3.fastqillumina" ftype="fastqillumina" />\n+ </collection>\n+ </param>\n+ <output name="merged_reads" file="flash_merged_out3.fastqillumina" ftype="fastqillumina" />\n+ <output name="unmerged_reads_f" file="flash_unmerged_f_out3.fastqillumina" ftype="fastqillumina" />\n+ <output name="unmerged_reads_r" file="flash_unmerged_r_out3.fastqillumina" ftype="fastqillumina" />\n+ <output name="hist" file="flash_hist_out3.tabular" />\n+ </test>\n </tests>\n <help>\n <![CDATA[\n@@ -108,4 +146,4 @@\n <citations>\n <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btr507</citation>\n </citations>\n-</tool>\n\\ No newline at end of file\n+</tool>\n'

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