Repository 'short_reads_figure_score'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/devteam/short_reads_figure_score

Changeset 0:b52b9c7aabd9 (2014-05-19)
Commit message:
Imported from capsule None
added:
short_reads_boxplot.png
short_reads_figure_score.py
short_reads_figure_score.xml
test-data/454.qual
test-data/454Score.png
test-data/solexa.qual
test-data/solexaScore.png
tool_dependencies.xml
b
diff -r 000000000000 -r b52b9c7aabd9 short_reads_boxplot.png
b
Binary file short_reads_boxplot.png has changed
b
diff -r 000000000000 -r b52b9c7aabd9 short_reads_figure_score.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/short_reads_figure_score.py Mon May 19 12:35:00 2014 -0400
[
b'@@ -0,0 +1,248 @@\n+#!/usr/bin/env python\n+"""\n+boxplot:\n+- box: first quartile and third quartile\n+- line inside the box: median\n+- outlier: 1.5 IQR higher than the third quartile or 1.5 IQR lower than the first quartile\n+           IQR = third quartile - first quartile\n+- The smallest/largest value that is not an outlier is connected to the box by with a horizontal line.\n+"""\n+\n+import os, sys, math, tempfile, re\n+from rpy import *\n+\n+assert sys.version_info[:2] >= ( 2, 4 )\n+\n+def stop_err( msg ):\n+    sys.stderr.write( "%s\\n" % msg )\n+    sys.exit()\n+\n+def merge_to_20_datapoints( score ):\n+    number_of_points = 20\n+    read_length = len( score )\n+    step = int( math.floor( ( read_length - 1 ) * 1.0 / number_of_points ) )\n+    scores = []\n+    point = 1\n+    point_sum = 0\n+    step_average = 0\n+    score_points = 0\n+    \n+    for i in xrange( 1, read_length ):\n+        if i < ( point * step ):\n+            point_sum += int( score[i] )\n+            step_average += 1\n+        else:\n+            point_avg = point_sum * 1.0 / step_average\n+            scores.append( point_avg )\n+            point += 1\n+            point_sum = 0\n+            step_average = 0                       \n+    if step_average > 0:\n+        point_avg = point_sum * 1.0 / step_average\n+        scores.append( point_avg )\n+    if len( scores ) > number_of_points:\n+        last_avg = 0\n+        for j in xrange( number_of_points - 1, len( scores ) ):\n+            last_avg += scores[j]\n+        last_avg = last_avg / ( len(scores) - number_of_points + 1 )\n+    else:    \n+        last_avg = scores[-1]\n+    score_points = []\n+    for k in range( number_of_points - 1 ):\n+        score_points.append( scores[k] )\n+    score_points.append( last_avg )\n+    return score_points\n+\n+def __main__():\n+\n+    invalid_lines = 0\n+\n+    infile_score_name = sys.argv[1].strip()\n+    outfile_R_name = sys.argv[2].strip()\n+\n+    infile_name = infile_score_name\n+\n+    # Determine tabular or fasta format within the first 100 lines\n+    seq_method = None\n+    data_type = None\n+    for i, line in enumerate( file( infile_name ) ):\n+        line = line.rstrip( \'\\r\\n\' )\n+        if not line or line.startswith( \'#\' ):\n+            continue\n+        if data_type == None:\n+            if line.startswith( \'>\' ):\n+                data_type = \'fasta\'\n+                continue\n+            elif len( line.split( \'\\t\' ) ) > 0:\n+                fields = line.split()\n+                for score in fields:\n+                    try:\n+                        int( score )\n+                        data_type = \'tabular\'\n+                        seq_method = \'solexa\'\n+                        break\n+                    except:\n+                        break\n+        elif data_type == \'fasta\':\n+            fields = line.split()\n+            for score in fields:\n+                try: \n+                    int( score )\n+                    seq_method = \'454\'\n+                    break\n+                except:\n+                    break\n+        if i == 100:\n+            break\n+\n+    if data_type is None:\n+        stop_err( \'This tool can only use fasta data or tabular data.\' ) \n+    if seq_method is None:\n+        stop_err( \'Invalid data for fasta format.\')\n+\n+    # Determine fixed length or variable length within the first 100 lines\n+    read_length = 0\n+    variable_length = False\n+    if seq_method == \'solexa\':\n+        for i, line in enumerate( file( infile_name ) ):\n+            line = line.rstrip( \'\\r\\n\' )\n+            if not line or line.startswith( \'#\' ):\n+                continue\n+            scores = line.split(\'\\t\')\n+            if read_length == 0:\n+                read_length = len( scores )\n+            if read_length != len( scores ):\n+                variable_length = True\n+                break\n+            if i == 100:\n+                break\n+    elif seq_method == \'454\':\n+        score = \'\'\n+        for i, line in enumerate( file( infile_name ) ):\n+            line = line.rstrip( \'\\r\\n\' )\n+    '..b'numerate( open( infile_name ) ):\n+            line = line.rstrip( \'\\r\\n\' )\n+            if not line or line.startswith( \'#\' ):\n+                continue\n+            tmp_array = []\n+            scores = line.split( \'\\t\' )\n+            for bases in scores:\n+                nuc_errors = bases.split()\n+                try:\n+                    nuc_errors[0] = int( nuc_errors[0] )\n+                    nuc_errors[1] = int( nuc_errors[1] )\n+                    nuc_errors[2] = int( nuc_errors[2] )\n+                    nuc_errors[3] = int( nuc_errors[3] )\n+                    big = max( nuc_errors )\n+                except:\n+                    #print \'Invalid numbers in the file. Skipped.\'\n+                    invalid_scores += 1\n+                    big = 0\n+                tmp_array.append( big )                        \n+            score_points.append( tmp_array )\n+    elif seq_method == \'454\':\n+        # skip the last fasta sequence\n+        score = \'\'\n+        for i, line in enumerate( open( infile_name ) ):\n+            line = line.rstrip( \'\\r\\n\' )\n+            if not line or line.startswith( \'#\' ):\n+                continue\n+            if line.startswith( \'>\' ):\n+                if len( score ) > 0:\n+                    score = [\'0\'] + score.split()\n+                    read_length = len( score )\n+                    tmp_array = []\n+                    if not variable_length:\n+                        score.pop(0)\n+                        score_points.append( score )\n+                        tmp_array = score\n+                    elif read_length > read_length_threshold:\n+                        score_points_tmp = merge_to_20_datapoints( score )\n+                        score_points.append( score_points_tmp )\n+                        tmp_array = score_points_tmp\n+                score = \'\'\n+            else:\n+                score = "%s %s" % ( score, line )\n+        if len( score ) > 0:\n+            score = [\'0\'] + score.split()\n+            read_length = len( score )\n+            if not variable_length:\n+                score.pop(0)\n+                score_points.append( score )\n+            elif read_length > read_length_threshold:\n+                score_points_tmp = merge_to_20_datapoints( score )\n+                score_points.append( score_points_tmp )\n+                tmp_array = score_points_tmp\n+\n+    # reverse the matrix, for R\n+    for i in range( number_of_points - 1 ):\n+        tmp_array = []\n+        for j in range( len( score_points ) ):\n+            try:\n+                tmp_array.append( int( score_points[j][i] ) )\n+            except:\n+                invalid_lines += 1\n+        score_matrix.append( tmp_array )\n+\n+    # generate pdf figures\n+    #outfile_R_pdf = outfile_R_name \n+    #r.pdf( outfile_R_pdf )\n+    outfile_R_png = outfile_R_name\n+    r.bitmap( outfile_R_png )\n+    \n+    title = "boxplot of quality scores"\n+    empty_score_matrix_columns = 0\n+    for i, subset in enumerate( score_matrix ):\n+        if not subset:\n+            empty_score_matrix_columns += 1\n+            score_matrix[i] = [0]\n+            \n+    if not variable_length:\n+        r.boxplot( score_matrix, xlab="location in read length", main=title )\n+    else:\n+        r.boxplot( score_matrix, xlab="position within read (% of total length)", xaxt="n", main=title )\n+        x_old_range = []\n+        x_new_range = []\n+        step = read_length_threshold / number_of_points \n+        for i in xrange( 0, read_length_threshold, step ):\n+            x_old_range.append( ( i / step ) )\n+            x_new_range.append( i )\n+        r.axis( 1, x_old_range, x_new_range )\n+    r.dev_off()\n+\n+    if invalid_scores > 0:\n+        print \'Skipped %d invalid scores. \' % invalid_scores\n+    if invalid_lines > 0:\n+        print \'Skipped %d invalid lines. \' % invalid_lines\n+    if empty_score_matrix_columns > 0:\n+        print \'%d missing scores in score_matrix. \' % empty_score_matrix_columns\n+\n+    r.quit(save = "no")\n+\n+if __name__=="__main__":__main__()\n'
b
diff -r 000000000000 -r b52b9c7aabd9 short_reads_figure_score.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/short_reads_figure_score.xml Mon May 19 12:35:00 2014 -0400
b
@@ -0,0 +1,87 @@
+<tool id="quality_score_distribution" name="Build base quality distribution" version="1.0.2">
+<description></description>
+<requirements>
+    <requirement type="package" version="2.11.1">fontconfig</requirement>
+    <requirement type="package" version="1.0.3">rpy</requirement>
+    <requirement type="package" version="2.11.0">R</requirement>
+</requirements>
+<command interpreter="python">short_reads_figure_score.py $input1 $output1 </command>
+<inputs>
+<page>
+    <param name="input1" type="data" format="qualsolexa, qual454" label="Quality score file" help="No dataset? Read tip below"/>
+</page>
+</inputs>
+
+<outputs>
+   <data name="output1" format="png" />
+</outputs> 
+<tests>
+ <test>
+ <param name="input1" value="solexa.qual" ftype="qualsolexa" />
+   <output name="output1" file="solexaScore.png" ftype="png" />
+ </test>
+ <test>
+ <param name="input1" value="454.qual" ftype="qual454" />
+ <output name="output1" file="454Score.png" ftype="png" />
+ </test>
+</tests>
+<help>
+
+.. class:: warningmark
+
+To use this tool, your dataset needs to be in the *Quality Score* format. Click the pencil icon next to your dataset to set the datatype to *Quality Score* (see below for examples).
+
+-----
+
+**What it does**
+
+This tool takes Quality Files generated by Roche (454), Illumina (Solexa), or ABI SOLiD machines and builds a graph showing score distribution like the one below. Such graph allows you to perform initial evaluation of data quality in a single pass.
+
+-----
+
+**Examples of Quality Data**
+
+Roche (454) or ABI SOLiD data::
+
+ &gt;seq1
+ 23 33 34 25 28 28 28 32 23 34 27 4 28 28 31 21 28
+
+Illumina (Solexa) data::
+
+  -40 -40 40 -40  -40 -40 -40 40  
+ 
+-----
+
+**Output example**
+
+Quality scores are summarized as boxplot (Roche 454 FLX data):
+
+.. image:: short_reads_boxplot.png
+
+where the **X-axis** is coordinate along the read and the **Y-axis** is quality score adjusted to comply with the Phred score metric. Units on the X-axis depend on whether your data comes from Roche (454) or Illumina (Solexa) and ABI SOLiD machines:
+
+  - For Roche (454) X-axis (shown above) indicates **relative** position (in %) within reads as this technology produces reads of different lengths;
+  - For Illumina (Solexa) and ABI SOLiD X-axis shows **absolute** position in nucleotides within reads.
+  
+Every box on the plot shows the following values::
+
+       o     &lt;---- Outliers
+       o
+      -+-    &lt;---- Upper Extreme Value that is no more 
+       |           than box length away from the box   
+       |
+    +--+--+  &lt;---- Upper Quartile
+    |     |
+    +-----+  &lt;---- Median
+    |     |
+    +--+--+  &lt;---- Lower Quartile 
+       |
+       |
+      -+-    &lt;---- Lower Extreme Value that is no more
+                   than box length away from the box
+       o     &lt;---- Outlier
+ 
+ 
+     
+</help>
+</tool>
b
diff -r 000000000000 -r b52b9c7aabd9 test-data/454.qual
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/454.qual Mon May 19 12:35:00 2014 -0400
b
@@ -0,0 +1,52 @@
+>EYKX4VC01B65GS length=54 xy=0784_1754 region=1 run=R_2007_11_07_16_15_57_
+33 23 34 25 28 28 28 32 23 34 27 4 28 28 31 21 28 27 27 28 28 28 28 28 28 28 33 23 28 33 24 36 27 31 21 28 28 33 26 33 24 27 28 28 28 28 28 28 28 32 23 28 34 25
+>EYKX4VC01BNCSP length=187 xy=0558_3831 region=1 run=R_2007_11_07_16_15_57_
+27 35 26 25 37 28 37 28 25 28 27 36 27 28 36 27 28 28 27 36 27 30 19 27 28 36 28 23 36 27 27 28 27 27 28 37 29 27 26 27 24 24 36 27 26 28 36 28 24 25 21 28 24 28 26 34 25 26 43 36
+22 9 23 19 28 28 28 28 26 28 39 32 12 27 36 28 28 26 37 28 28 26 28 28 28 27 28 26 36 27 27 27 36 28 27 27 28 28 36 27 36 28 39 32 12 35 28 26 37 29 28 28 28 28 37 29 28 36 28 35
+26 27 37 29 28 26 28 36 28 26 24 38 32 11 28 26 32 24 36 32 18 2 27 25 33 26 32 28 6 18 22 26 17 15 14 28 20 8 22 21 14 22 26 16 26 16 28 20 22 27 18 27 18 27 28 27 20 25 34 27
+27 33 25 34 28 8 26
+>EYKX4VC01CD9FT length=115 xy=0865_1719 region=1 run=R_2007_11_07_16_15_57_
+35 24 16 9 2 27 39 33 13 36 27 36 27 28 28 28 27 28 28 33 23 37 28 28 28 36 27 28 28 28 28 36 27 28 28 28 27 28 28 28 28 28 28 28 37 28 28 28 28 37 28 26 28 36 27 28 28 28 28 28
+28 28 28 37 28 28 35 26 27 28 28 27 36 27 35 25 32 22 28 28 28 28 28 28 28 28 28 34 25 36 27 34 25 28 27 28 28 36 27 28 35 29 6 28 28 28 37 30 8 33 24 28 27 27 27
+>EYKX4VC01B8FW0 length=95 xy=0799_0514 region=1 run=R_2007_11_07_16_15_57_
+28 40 34 15 35 28 6 27 33 23 34 24 32 22 28 28 28 41 34 17 28 28 28 37 30 9 28 28 28 28 28 27 28 37 30 8 28 28 27 28 35 26 27 35 26 28 37 30 9 28 27 28 28 28 34 25 28 28 32 22
+26 28 28 28 28 27 43 36 23 12 1 28 21 28 27 16 28 32 23 27 28 27 28 28 27 28 28 28 32 22 28 26 26 27 28
+>EYKX4VC01BCGYW length=115 xy=0434_3926 region=1 run=R_2007_11_07_16_15_57_
+28 6 26 15 27 28 37 28 41 35 17 28 21 28 23 21 27 36 27 24 36 28 40 34 14 22 25 28 24 27 28 37 28 26 28 27 27 28 28 28 28 27 43 36 22 8 28 26 28 27 26 14 28 25 20 28 34 24 25 40
+33 18 1 19 27 16 36 28 36 28 21 27 25 41 34 16 22 28 37 29 26 26 35 27 28 26 41 34 16 28 28 27 28 37 29 25 43 36 23 12 1 11 39 32 12 28 17 20 28 28 17 36 29 7 24
+>EYKX4VC01AZXC6 length=116 xy=0292_0280 region=1 run=R_2007_11_07_16_15_57_
+35 24 17 11 5 26 24 40 33 14 34 25 33 24 28 27 27 26 28 28 33 24 36 27 28 27 36 27 27 28 27 28 35 26 27 27 28 27 28 28 28 28 28 27 28 36 27 28 28 28 37 28 27 26 35 26 27 28 28 28
+27 28 28 28 37 29 28 35 26 28 27 28 28 35 26 35 26 31 21 28 28 28 28 28 28 28 28 28 34 25 35 26 35 26 28 28 28 28 37 28 27 37 30 9 28 28 28 37 30 9 33 23 28 28 28 27
+>EYKX4VC01CATH5 length=82 xy=0826_0843 region=1 run=R_2007_11_07_16_15_57_
+28 28 41 35 17 33 24 28 27 28 28 28 36 27 28 28 28 36 27 34 25 27 28 28 28 28 28 28 28 37 28 27 35 25 28 26 28 27 28 28 24 36 27 26 26 37 30 9 28 28 28 28 28 25 25 35 26 26 27 35
+25 28 36 28 28 28 31 21 25 13 32 22 41 34 17 0 22 10 32 23 24 28
+>EYKX4VC01BCEIV length=47 xy=0434_0757 region=1 run=R_2007_11_07_16_15_57_
+28 28 26 26 28 26 28 27 28 25 32 22 27 26 25 27 28 28 27 26 27 28 32 23 28 28 34 25 27 22 26 26 27 28 17 28 28 28 28 28 28 34 24 35 25 28 28
+>EYKX4VC01BWERM length=83 xy=0662_0304 region=1 run=R_2007_11_07_16_15_57_
+28 36 27 28 28 35 26 34 24 28 28 28 32 22 28 28 32 23 28 28 32 23 27 28 27 34 27 3 27 43 36 22 9 35 26 37 29 26 27 32 23 28 28 27 28 36 27 28 36 27 28 28 28 28 28 35 26 34 25 28
+36 30 8 28 28 28 28 27 27 28 28 28 28 37 28 28 36 27 28 39 33 13 27
+>EYKX4VC01BT2O7 length=69 xy=0635_1945 region=1 run=R_2007_11_07_16_15_57_
+28 28 28 28 41 34 17 27 28 31 21 28 27 32 23 36 27 28 28 33 24 28 27 28 28 27 32 22 28 34 27 3 27 43 36 22 8 27 28 34 27 3 28 28 28 28 28 28 28 33 23 28 28 28 28 34 24 28 34 24
+28 28 27 36 27 28 37 30 9
+>EYKX4VC01BO0UO length=222 xy=0577_3838 region=1 run=R_2007_11_07_16_15_57_
+27 27 28 36 27 28 39 33 13 28 28 28 27 28 37 28 28 41 35 17 28 28 28 27 28 26 36 27 28 36 27 27 28 27 35 26 27 26 28 28 28 28 28 36 27 28 28 38 31 10 24 27 27 27 27 27 28 28 37 28
+27 28 35 26 28 28 36 27 28 28 27 28 28 28 28 28 28 27 36 28 27 36 27 37 28 27 28 27 28 28 28 27 28 28 27 36 27 26 27 28 28 28 28 28 37 28 37 29 25 28 36 27 28 27 28 34 27 26 24 34
+28 28 28 31 23 27 28 34 27 28 37 33 14 23 37 33 15 38 34 23 13 2 26 24 28 26 35 31 12 36 32 14 31 22 24 28 27 33 26 26 27 27 27 27 28 27 35 30 11 26 27 35 31 12 28 27 26 27 36 32
+14 27 34 27 37 33 15 27 27 34 28 27 23 27 35 31 11 27 28 28 26 34 26 27 28 34 28 28 28 39 35 22 9 27 27 23 27 35 28 34 27 27
+>EYKX4VC01CBCPK length=83 xy=0832_1158 region=1 run=R_2007_11_07_16_15_57_
+28 35 26 28 28 35 26 35 26 28 28 28 34 24 28 28 35 25 28 28 34 25 28 28 27 35 28 5 28 43 36 22 9 35 26 37 28 28 27 32 23 27 28 28 28 36 27 28 36 27 28 28 28 28 28 36 27 35 25 28
+37 30 9 28 28 28 28 28 28 28 28 28 28 36 27 28 35 26 28 38 31 10 28
+>EYKX4VC01B474S length=54 xy=0762_2010 region=1 run=R_2007_11_07_16_15_57_
+28 28 28 28 27 43 36 23 11 33 23 27 25 26 28 28 39 33 13 28 27 29 18 28 26 27 26 28 27 28 36 27 26 28 28 28 28 25 28 41 34 17 24 36 28 37 28 28 26 28 17 27 28 26
+>EYKX4VC01BB4QL length=57 xy=0431_0363 region=1 run=R_2007_11_07_16_15_57_
+36 24 15 7 28 33 26 28 27 27 26 29 18 28 35 26 28 26 28 25 27 27 28 36 27 41 34 20 5 27 36 28 28 28 27 28 32 22 34 25 28 28 28 28 26 28 27 28 36 27 40 34 18 3 28 37 28
+>EYKX4VC01BJ37M length=64 xy=0522_0192 region=1 run=R_2007_11_07_16_15_57_
+28 26 28 28 28 28 28 28 27 28 28 27 27 36 27 37 28 28 28 28 28 28 28 28 28 27 36 29 8 39 33 13 28 36 27 41 34 20 5 28 28 28 27 36 28 28 28 28 27 28 28 28 28 27 37 30 8 27 28 26
+33 26 35 26
+>EYKX4VC01BV9R8 length=54 xy=0660_2038 region=1 run=R_2007_11_07_16_15_57_
+41 34 19 4 27 28 28 30 20 28 28 34 27 4 28 28 27 34 25 27 28 28 28 28 28 28 28 28 28 28 28 28 38 31 11 27 28 28 28 28 37 28 40 33 18 2 24 15 25 24 12 26 34 27
+>EYKX4VC01CEPP8 length=60 xy=0870_2350 region=1 run=R_2007_11_07_16_15_57_
+26 21 40 34 17 26 36 29 8 26 28 22 26 28 28 20 24 28 34 26 23 11 28 28 26 27 26 40 33 14 27 35 26 26 23 10 28 31 21 28 23 27 23 28 36 27 26 36 28 27 36 28 28 27 25 27 27 27 26 28
+>EYKX4VC01BTLME length=78 xy=0630_0292 region=1 run=R_2007_11_07_16_15_57_
+36 27 25 24 33 23 28 26 28 28 28 28 27 27 26 36 27 36 28 28 28 36 27 28 28 27 27 36 28 28 37 29 28 26 36 27 27 28 27 27 28 27 36 28 28 28 36 27 36 27 28 36 28 25 36 28 28 28 27 28
+39 33 13 28 28 37 28 28 41 34 16 28 28 28 26 36 28 24
b
diff -r 000000000000 -r b52b9c7aabd9 test-data/454Score.png
b
Binary file test-data/454Score.png has changed
b
diff -r 000000000000 -r b52b9c7aabd9 test-data/solexa.qual
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/solexa.qual Mon May 19 12:35:00 2014 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,30 @@\n+ -40  -40   40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40   40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -15   15\t -40   40  -40  -40\n+ -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  -5    5  -40  -40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40   40  -40\t -40   21  -40  -21\t -40   40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t  12  -40  -40  -12\t -36  -40   36  -40\t -40  -40   40  -40\t  -4    4  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   14  -14\t -40   40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -25   25\n+ -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40   40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40   40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40   34  -40  -34\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -25   25  -40\t -40  -40  -40   40\t -37  -40   37  -40\t -40    7  -40   -7\t -40   40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t  38  -40  -40  -38\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  11  -16  -13  -22\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\n+  40  -40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -33   33  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40   40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -25   25\t -40  -40   40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40   27  -27\t  -5    5  -40  -40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40   40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40  -37   37  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -25   25\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40   34  -34\t -40   40  -40  -40\n+ -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40   40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   -2    2\t -40  -40   35  -35\t -40  -40  -40   40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40   36  -40  -36\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t   5   -5  -40  -28\t -40  -16  -40   16\t -40   40  -40  -40\n+ -40  -40   40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40   40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40   40  -40\t  40  -40  -40  '..b'-40   40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40   40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40   40  -40\t  40  -40  -40  -40\n+ -40  -40   40  -40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40   40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40   40  -40\t -40   40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40   40  -40\t -40   -1    1  -40\t -40   40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -31   31  -40\t -40   40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\n+ -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40   40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40   40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40   40  -40\n+ -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40   40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40   40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40   40  -40  -40\t -29   29  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40   36  -36\t  40  -40  -40  -40\n+ -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t  20  -20  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t   3  -40  -40   -3\t  40  -40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40   40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40   33  -33\t  40  -40  -40  -40\t -13  -40  -40   13\t   8   -8  -40  -40\t -40   28  -28  -40\t -29  -40  -40   29\t -40  -40  -40   40\t   2  -40   -2  -26\t -40  -28   27  -33\t  -1    0  -40  -35\t  31  -31  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t -11  -40  -40   11\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\n+ -40  -40   40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t  38  -38  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t -40   40  -40  -40\t -40  -40   40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t -40   40  -40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40   40  -40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\t  29  -40  -40  -29\t -40   40  -40  -40\t -40   10  -40  -10\t  40  -40  -40  -40\t -40  -40    2   -2\t -13  -40  -40   13\t -40  -40   40  -40\t -40  -40  -40   40\t -40  -40  -40   40\n'
b
diff -r 000000000000 -r b52b9c7aabd9 test-data/solexaScore.png
b
Binary file test-data/solexaScore.png has changed
b
diff -r 000000000000 -r b52b9c7aabd9 tool_dependencies.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_dependencies.xml Mon May 19 12:35:00 2014 -0400
b
@@ -0,0 +1,12 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<tool_dependency>
+  <package name="fontconfig" version="2.11.1">
+      <repository changeset_revision="608c22ecd24f" name="package_fontconfig_2_11_1" owner="devteam" toolshed="http://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
+    </package>
+    <package name="rpy" version="1.0.3">
+      <repository changeset_revision="82170c94ca7c" name="package_rpy_1_0_3" owner="devteam" toolshed="http://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
+    </package>
+    <package name="R" version="2.11.0">
+      <repository changeset_revision="5824d2b3bc8b" name="package_r_2_11_0" owner="devteam" toolshed="http://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
+    </package>
+</tool_dependency>