Repository 'cb_ivr'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/ecology/cb_ivr

Changeset 2:bcbad4f83dec (2023-03-18)
Previous changeset 1:b67730406f1b (2023-01-04)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/Marie59/champ_blocs commit 075fd90d1a39ae7912b48549e5537971635b9620
modified:
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cb_ivr.r
cb_ivr.xml
cb_ivr_site_report_col_scale_loop.Rmd
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macro.xml
b
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+++ b/cb_dissimilarity.r Sat Mar 18 16:49:19 2023 +0000
b
@@ -20,6 +20,7 @@
 #               magrittr
 #               rmarkdown
 library(magrittr)
+
 #####Load arguments
 
 args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
b
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b
@@ -19,6 +19,7 @@
 #               magrittr
 #               rmarkdown
 library(magrittr)
+library(gmp)
 #####Load arguments
 
 args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
b
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--- a/cb_ivr.xml Wed Jan 04 13:21:30 2023 +0000
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[
@@ -1,16 +1,23 @@
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-    <expand macro="cb_requirements">
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+        <requirement type="package" version="2.18">r-rmarkdown</requirement>
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+        <requirement type="package" version="0.5.1">r-officer</requirement>
         <requirement type="package" version="0.8.3">r-flextable</requirement>
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-    </expand>
+        <requirement type="package" version="3.4.0">r-ggplot2</requirement>
+    </requirements>
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@@ -21,11 +28,12 @@
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     <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+        cp '$__tool_directory__/cb_ivr_site_report_col_scale_loop.Rmd' ./cb_ivr_site_report_col_scale_loop.Rmd &&
         Rscript
             '$__tool_directory__/cb_ivr.r'
             '$fiche_val'
             '$input_data'
-            '$__tool_directory__/cb_ivr_site_report_col_scale_loop.Rmd'
+            ./cb_ivr_site_report_col_scale_loop.Rmd
             '$__tool_directory__/loop_col_scale.r'
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             '$plots'
b
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--- a/cb_ivr_site_report_col_scale_loop.Rmd Wed Jan 04 13:21:30 2023 +0000
+++ b/cb_ivr_site_report_col_scale_loop.Rmd Sat Mar 18 16:49:19 2023 +0000
[
b'@@ -1,170 +1,158 @@\n----\r\n-params:\r\n-   Site: v\r\n-title: "Indice Visuel de Retournement des blocs (IVR) - suivi 2014-2022"\r\n-#author: "Jonathan Richir, Christian Kerbiriou, Pauline Poisson, Maud Bernard, Juliette Delavenne, Isabelle Le Viol"\r\n-#date: "30 Avril 2021"\r\n-output: \r\n-  #word_document:\r\n-    #reference_docx: word_template.docx\r\n-  officedown::rdocx_document\r\n----\r\n-  \r\n-```{r setup, include=FALSE}\r\n-knitr::opts_chunk$set(\r\n-  echo = FALSE\r\n-  , message = FALSE\r\n-  , warning = FALSE\r\n-  )\r\n-\r\n-df <- indic\r\n-df_full <- indic_full\r\n-\r\n-df1 <- df %>% dplyr::filter(df$Site == v)\r\n-df1 <- droplevels(df1)\r\n-```\r\n-\r\n-# Contexte\r\n-\r\n-Mieux comprendre les effets des changements globaux et locaux sur les habitats marins, et l\xe2\x80\x99efficacit\xc3\xa9 des mesures de gestion adopt\xc3\xa9es sous-entend de disposer de suivis standardis\xc3\xa9s et d\xe2\x80\x99indicateurs robustes et sensibles refl\xc3\xa9tant l\xe2\x80\x99\xc3\xa9tat des habitats. \r\n-\r\n-L\xe2\x80\x99habitat \xc2\xab Champs de blocs m\xc3\xa9diolittoraux \xc2\xbb abrite une forte diversit\xc3\xa9 de micro-habitats et d\xe2\x80\x99esp\xc3\xa8ces de par sa forte h\xc3\xa9t\xc3\xa9rog\xc3\xa9n\xc3\xa9it\xc3\xa9 structurelle et sa position interm\xc3\xa9diaire sur l\xe2\x80\x99estran, qui en font un des habitats les plus diversifi\xc3\xa9s du m\xc3\xa9diolittoral et \xc3\xa0 fort int\xc3\xa9r\xc3\xaat \xc3\xa9cologique, le long de la fa\xc3\xa7ade Manche-Atlantique fran\xc3\xa7aise. Il est aussi un habitat tr\xc3\xa8s attractif pour la pratique de p\xc3\xaache \xc3\xa0 pied de loisir, qui via le remaniement des blocs, peut impacter les communaut\xc3\xa9s. \r\n-\r\n-Ainsi, l\xe2\x80\x99habitat \xc2\xab Champs de blocs m\xc3\xa9diolittoraux \xc2\xbb a-t-il fait l\xe2\x80\x99objet de plusieurs initiatives nationales et locales (dont LIFE+ \xc2\xab Exp\xc3\xa9rimentation pour une gestion durable et concert\xc3\xa9e de la p\xc3\xaache \xc3\xa0 pied r\xc3\xa9cr\xc3\xa9ative en France \xc2\xbb 2013-2017) pour mieux \xc3\xa9valuer son \xc3\xa9tat et le mettre en relation avec la pression de p\xc3\xaache \xc3\xa0 pied en vue d\xe2\x80\x99adapter la gestion locale, notamment \xc3\xa0 travers le r\xc3\xa9seau d\xe2\x80\x99Aires Marines Prot\xc3\xa9g\xc3\xa9es (Natura 2000, PNM, PNR etc.). \r\n-\r\n-Ces projets ont en particulier permis de d\xc3\xa9velopper un r\xc3\xa9seau d\xe2\x80\x99acteurs-trices de terrain-gestionnaires impliqu\xc3\xa9-e-s et des outils d\xe2\x80\x99\xc3\xa9valuation de l\xe2\x80\x99\xc3\xa9tat \xc3\xa9cologique et de la pression de p\xc3\xaache \xc3\xa0 pied: (1) l\xe2\x80\x99Indicateur Visuel de Retournement des blocs (IVR) - objet du pr\xc3\xa9sent rapport - qui s\xe2\x80\x99apparente \xc3\xa0 un indicateur \xc2\xab paysager \xc2\xbb pour \xc3\xa9valuer la pression de p\xc3\xaache sur la base de crit\xc3\xa8res architecturaux; (2) L\xe2\x80\x99indice de Qualit\xc3\xa9 \xc3\x89cologique des Champs de Blocs (QECB) bas\xc3\xa9 sur des variables biotiques et abiotiques qui r\xc3\xa9pondent \xc3\xa0 la perturbation \xc2\xab retournement des blocs \xc2\xbb.\r\n-\r\n-\r\n-# Application et calcul de l\'Indicateur Visuel de Retournement des blocs (IVR)\r\n-\r\n-Bas\xc3\xa9 sur les proportions de blocs \xc2\xab retourn\xc3\xa9s \xc2\xab et \xc2\xab non retourn\xc3\xa9s \xc2\xbb et variant entre 0 et 5, cet indicateur peut \xc3\xaatre appliqu\xc3\xa9 tr\xc3\xa8s rapidement et plusieurs fois dans l\'ann\xc3\xa9e par le-la gestionnaire. \r\n-\r\n-Pour son application, cinq quadrats de 25m^2^ sont r\xc3\xa9partis \xc3\xa0 l\xe2\x80\x99\xc3\xa9chelle du champ de blocs. Dans chaque quadrat, les blocs retournables \xc3\xa0 dominance d\'algues brunes et/ou rouges (blocs \xc2\xab bruns/rouges \xc2\xbb), et les blocs retournables \xc3\xa0 dominance d\'algues vertes opportunistes ou de roche nue (blocs \xc2\xab blancs/verts \xc2\xbb) sont d\xc3\xa9nombr\xc3\xa9s. \r\n-\r\n-Le rapport, par quadrat, entre le nombre de blocs \xc2\xab bruns/rouges \xc2\xbb ou le nombre de blocs \xc2\xab blancs/verts \xc2\xbb sur le nombre total de blocs compt\xc3\xa9s donnent deux valeurs de pourcentage (qui additionn\xc3\xa9es \xc3\xa9galent 100%). A partir de ces pourcentages, la valeur de l\'IVR peut \xc3\xaatre d\xc3\xa9termin\xc3\xa9e pour chaque quadrat.\r\n-\r\n-Dans sa version originale, ces plages de pourcentages \xc3\xa9taient transform\xc3\xa9es en des \xc3\xa9quivalents entiers num\xc3\xa9riques allant de 0 \xc3\xa0 5 comme suit:\r\n-\r\n-- IVR 0: pr\xc3\xa9sence quasi-exclusive de blocs \xc2\xab bruns/rouges \xc2\xbb (entre 95% et 100%), pas de bloc ou de rares blocs retourn\xc3\xa9s par les p\xc3\xaacheurs \xc3\xa0 pied (entre 0% et <5%);\r\n-- IVR 1: forte dominance des blocs \xc2\xab bruns/rouges \xc2\xbb (entre 75% et <95%) et faible repr\xc3\xa9sentation des blocs \xc2\xab blancs/verts \xc2\xbb (entre 5% et <25%);\r\n-- IVR 2: dominance des blocs \xc2\xab br'..b'fr.r.moy / 20 + df1$fr.r.et / 20), col = "black") +\n+  ggplot2::xlab("Date") +\n+  ggplot2::ylab("IVR") +\n+  ggplot2::ggtitle(unique(df1$Site_bis)) +\n+  ggplot2::theme(axis.text.x = ggplot2::element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1), legend.position = "none")\n+```\n+\n+L\xc3\xa9gende des figures. Evolution temporelle de la valeur mediane de l\'IVR au site `r unique(df1$Site.bis)` (points noirs), en comparaison \xc3\xa0 celles des vingt-trois autres champs de blocs suivis le long de la fa\xc3\xa7ade Manche-Atlantique fran\xc3\xa7aise (points gris). Les barres repr\xc3\xa9sentent la distribution des valeurs individuelles d\'IVR par quadrat au site `r unique(df1$Site.bis)` (n = `r sort(unique(df1$nb.))`) entre valeurs minimums et maximums. Graphique du haut - La distribution en escalier des valeurs m\xc3\xa9dianes de l\'IVR refl\xc3\xa8te le caract\xc3\xa8re discret de l\'\xc3\xa9chelle utilis\xc3\xa9e. Graphique du bas - Le d\xc3\xa9coupage horizontal de la fen\xc3\xaatre graphique repr\xc3\xa9sente les 5 classes d\'occurrence de retournement des blocs mobiles, de quasi-inexistant en bleu \xc3\xa0 dominant en rouge, ramen\xc3\xa9e sur une \xc3\xa9chelle continue de 0 \xc3\xa0 5.\n+\n+Ces valeurs propres au site `r unique(df1$Site.bis)` peuvent \xc3\xaatre resitu\xc3\xa9es par rapport aux autres valeurs m\xc3\xa9dianes de l\'IVR obtenues pour les vingt-trois autres sites suivis sur la p\xc3\xa9riode 2014-2017 \xc3\xa0 l\xe2\x80\x99\xc3\xa9chelle de la fa\xc3\xa7ade Manche-Atlantique fran\xc3\xa7aise (points gris). Tous sites confondus, la pression de p\xc3\xaache \xc3\xa0 pied est tr\xc3\xa8s variable dans le temps et dans l\'espace, ce qui se traduit par une distribution des valeurs m\xc3\xa9dianes de l\'IVR occupant toute la fen\xc3\xaatre graphique. \n+\n+\n+# Continuit\xc3\xa9 du suivi du site `r unique(df1$Site_bis)`\n+\n+Ce bref rapport pr\xc3\xa9sente l\'\xc3\xa9volution de la valeur de l\'indice IVR au site `r unique(df1$Site.bis)`, suivi de `r min(unique(df1$Annee), na.rm = T)` \xc3\xa0 `r max(unique(df1$Annee), na.rm = T)`, et la resitue par rapport aux valeurs IVR des vingt-trois autres champs de blocs suivis  de 2014 \xc3\xa0 2017 sur la fa\xc3\xa7ade Manche-Atlantique fran\xc3\xa7aise. Il illustre l\'\xc3\xa9volution dans le temps de la pression de la p\xc3\xaache \xc3\xa0 pied, et rappelle la n\xc3\xa9cessit\xc3\xa9 de continuer d\'en \xc3\xa9valuer l\'impact, que les observations r\xc3\xa9colt\xc3\xa9es traduisent du maintien d\'une faible pression de p\xc3\xaache, d\'une diminution de cette derni\xc3\xa8re au fil du temps, au plus pr\xc3\xa9occupant d\'un retournement dommageable d\'un grand nombre de blocs.\n+\n+Au nom du Groupe de Travail Champs de Blocs, nous esp\xc3\xa9rons pouvoir continuer \xc3\xa0 compter sur vous pour participer \xc3\xa0 ces suivis; et bien \xc3\xa9videmment, si vous avez la possibilit\xc3\xa9 d\xc3\xa8s le printemps prochain de retourner sur le terrain effectuer de nouveaux relev\xc3\xa9s, ceux-ci, tr\xc3\xa8s utiles, permettront d\'\xc3\xa9valuer les tendances observ\xc3\xa9es graphiquement ci-dessus sur une plus longue p\xc3\xa9riode.\n+\n+\n+# Remerciements et bibliographie\n+\n+Le projet est financ\xc3\xa9, \xc3\xa0 dat\xc3\xa9 du 15 avril 2021, par une convention OFB Mus\xc3\xa9um national d\'Histoire naturelle (MNHN) dans le cadre du Life Marha (LIFE 16 IPE FR001). Le Groupe de Travail Champs de Blocs remercie tous les participants au projet.\n+\n+Contacts : jonathan.richir@mnhn.fr (post-doctorant MNHN, en charge du projet), isabelle.le-viol@mnhn.fr (responsable MNHN du projet), christian.kerbiriou@mnhn.fr (responsable MNHN du projet), pour le Groupe de Travail.\n+\n+Litt\xc3\xa9rature conseill\xc3\xa9e:\n+\n+- Bernard M., (2012). Les habitats rocheux intertidaux sous l\xe2\x80\x99influence d\xe2\x80\x99activit\xc3\xa9s anthropiques : structure, dynamique et enjeux de conservation. Sciences agricoles. Universit\xc3\xa9 de Bretagne occidentale - Brest. NNT : 2012BRES0010. 423 pp. Th\xc3\xa8se disponible sur https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00720611/.\n+\n+- Verbeke G., Maison E. (2013). Fiche S8. D\xc3\xa9finition d\xe2\x80\x99indicateurs de perturbations des champs de blocs, dans : La gestion de la p\xc3\xaache de loisir dans les aires marines prot\xc3\xa9g\xc3\xa9es, Recueil d\xe2\x80\x99exp\xc3\xa9riences des gestionnaires. Coll. \xc2\xab Cahiers techniques \xc2\xbb, Montpellier, Aten, n\xc2\xb087: 63-66. Fiche disponible sur http://ct87.espaces-naturels.fr/.\n+\n+<br>\n+\n+![](logo_merged.png){width=1000}\n'
b
diff -r b67730406f1b -r bcbad4f83dec div_index.r
--- a/div_index.r Wed Jan 04 13:21:30 2023 +0000
+++ b/div_index.r Sat Mar 18 16:49:19 2023 +0000
[
@@ -10,17 +10,6 @@
 
 #####Packages : dplyr
 #               tidyr
-#               readr
-#               writexl
-#               stringr
-#               readxl
-#               tibble
-#               lubridate
-#               cowplot
-#               magrittr
-#               rmarkdown
-library(magrittr)
-library(dplyr)
 #####Load arguments
 
 args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
@@ -106,7 +95,7 @@
 qecnato0$Face <- as.character(qecnato0$Face)
 
 div_list <- vector("list", length(unique(qecnato0$site_year_month_day)))
-
+library(dplyr)
 for (i in c(1:nrow(qecnato0))) {
   div_i <- dplyr::filter(qecnato0, site_year_month_day == qecnato0$site_year_month_day[i])
 
b
diff -r b67730406f1b -r bcbad4f83dec macro.xml
--- a/macro.xml Wed Jan 04 13:21:30 2023 +0000
+++ b/macro.xml Sat Mar 18 16:49:19 2023 +0000
b
@@ -1,17 +1,5 @@
 <macros>
     <token name="@VERSION@">0.0.0</token>
-    <xml name="cb_requirements">
-        <requirements>
-            <requirement type="package" version="4.2.2">r-base</requirement>
-            <requirement type="package" version="1.0.10">r-dplyr</requirement>
-            <requirement type="package" version="1.2.1">r-tidyr</requirement>
-            <requirement type="package" version="1.5.0">r-stringr</requirement>
-            <requirement type="package" version="3.1.8">r-tibble</requirement>
-            <requirement type="package" version="1.41">r-knitr</requirement>
-            <requirement type="package" version="2.0.3">r-magrittr</requirement>
-           <yield/>
-        </requirements>
-    </xml>
     <xml name="cb_input"> 
         <param name="fiche_val" type="data" format="data" label="Input ficheterrain.csv"/>  
     </xml>