Repository 'hmmer_hmmscan'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/hmmer_hmmscan

Changeset 5:be7097d6e3ff (2020-06-16)
Previous changeset 4:01219a31c48e (2018-06-11) Next changeset 6:d92dd2f040cd (2021-01-14)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/hmmer3 commit 7d31599a80c15f11ed00b2b3cbfb77ed6dfc8f3d"
modified:
hmmscan.xml
macros.xml
test-data/MADE1.hmm
test-data/MADE1.nhmmscan_out
test-data/MADE1.nhmmscan_out.dfamtblout
test-data/MADE1.nhmmscan_out.tblout
test-data/MADE1.out
test-data/MADE1.out.domtblout
test-data/MADE1.out.pfamtblout
test-data/MADE1.out.tblout
test-data/globins-45-align.sto
test-data/globins-masked.sto
test-data/globins.domtblout
test-data/globins.pfamtblout
test-data/globins.tblout
test-data/globins4.hmm
test-data/globins4.hmm2
test-data/jackhmmer.domtblout
test-data/jackhmmer.out
test-data/jackhmmer.tblout
test-data/nhmmer.out
test-data/nhmmer.out.dfamtblout
test-data/nhmmer.out.tblout
test-data/uniprot_globins_match.out
added:
test-data/nhmmer.out.aliscoresout
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff hmmscan.xml
--- a/hmmscan.xml Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/hmmscan.xml Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
@@ -26,7 +26,7 @@
     <expand macro="input_hmm_choice" />
     <!-- todo use Galaxy features like data libraries/data tables/??? -->
     <param name="seqfile" type="data" format="fasta" label="Sequence file"/>
-    <expand macro="oformat_with_opts"/>
+    <expand macro="oformat_with_opts_dom_pfam"/>
     <expand macro="thresholds_xml"/>
     <expand macro="cut"/>
     <expand macro="accel_heur_xml"/>
@@ -34,28 +34,27 @@
     <expand macro="seed"/>
   </inputs>
   <outputs>
-    <data name="output" format="txt" label="HMM matches of $seqfile.name against the profile database"/>
-    <data name="tblout" format="txt" label="Table of per-sequence hits from HMM matches of $seqfile.name against the profile database">
-      <filter>oformat and 'tblout' in oformat</filter>
-    </data>
-    <data name="domtblout" format="txt" label="Table of per-domain hits from HMM matches of $seqfile.name against the profile database">
-      <filter>oformat and 'domtblout' in oformat</filter>
-    </data>
-    <data name="pfamtblout" format="txt" label="Table of per-sequence/per-domain hits from HMM matches of $seqfile.name against the profile database">
-      <filter>oformat and 'pfamtblout' in oformat</filter>
-    </data>
+    <expand macro="output_dom_pfam" tool="HMMSCAN"/>
   </outputs>
   <tests>
-    <test>
+    <test expect_num_outputs="4">
       <param name="input_hmm_conditional|input_hmm_source" value="history"/>
       <param name="input_hmm_conditional|hmmfile" value="MADE1.hmm"/>
       <param name="seqfile" value="dna_target.fa"/>
       <expand macro="oformat_test" />
       <expand macro="seed_test" />
-      <output name="output" file="MADE1.out" lines_diff="24"/>
-      <output name="tblout" file="MADE1.out.tblout" lines_diff="14"/>
-      <output name="domtblout" file="MADE1.out.domtblout" lines_diff="10"/>
-      <output name="pfamtblout" file="MADE1.out.pfamtblout" lines_diff="10"/>
+      <output name="output" file="MADE1.out" lines_diff="24">
+          <expand macro="assert_out" tool="hmmscan"/>
+      </output>
+      <output name="tblout" file="MADE1.out.tblout" lines_diff="14">
+          <expand macro="assert_tblout" tool="hmmscan"/>
+      </output>
+      <output name="domtblout" file="MADE1.out.domtblout" lines_diff="10">
+          <expand macro="assert_tblout" tool="hmmscan"/>
+      </output>
+      <output name="pfamtblout" file="MADE1.out.pfamtblout" lines_diff="10">
+          <expand macro="assert_tblout" tool="hmmscan"/>
+      </output>
     </test>
   </tests>
   <help><![CDATA[
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff macros.xml
--- a/macros.xml Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/macros.xml Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
@@ -6,7 +6,7 @@
       <yield/>
     </requirements>
   </xml>
-  <token name="@TOOL_VERSION@">3.2</token>
+  <token name="@TOOL_VERSION@">3.3</token>
   <xml name="stdio">
     <stdio>
       <!-- Anything other than zero is an error -->
@@ -114,83 +114,96 @@
     <param argument="--EfN" type="integer" min="1" value="200" label="Number of sequences for Forward exp tail tau fit" />
     <param argument="--Eft" type="float" min="0" max="1" value="0.04" label="tail mass for Forward exponential tail tau fit" />
   </xml>
-  <token name="@OFORMAT_WITH_OPTS_NOPFAM@">
-#if 'tblout' in str($oformat):
-    --tblout '$tblout'
-#end if
-
-#if 'domtblout' in str($oformat):
-    --domtblout '$domtblout'
+  <token name="@OFORMAT_WITH_OPTS@">
+#if $oformat:      
+    #for o in str($oformat).split(','):
+        --$o '$getVar($o, 'MISSING_OUTPUT'+$o)'
+    #end for
 #end if
-
-$acc $noali $notextw
-  </token>
-  <xml name="oformat_with_opts_nopfam">
-    <!-- Options directing output -->
-    <param name="oformat" multiple="true" display="checkboxes" label="Output Formats" type="select">
-      <option value="tblout" selected="true">Table of per-sequence hits (--tblout)</option>
-      <option value="domtblout" selected="true">Table of per-domain hits (--domtblout)</option>
-    </param>
-    <param argument="--acc" type="boolean" truevalue="--acc" falsevalue="" label="Prefer accessions over names in output" />
-    <param argument="--noali" type="boolean" truevalue="--noali" falsevalue="" label="Don't output alignments, so output is smaller" />
-    <param argument="--notextw" type="boolean" truevalue="--notextw" falsevalue="" label="Unlimited ASCII text output line width" />
-  </xml>
-  <token name="@OFORMAT_WITH_OPTS@">
-#if 'tblout' in str($oformat):
-    --tblout '$tblout'
-#end if
-
-#if 'domtblout' in str($oformat):
-    --domtblout '$domtblout'
-#end if
-
-#if 'pfamtblout' in str($oformat):
-    --pfamtblout '$pfamtblout'
-#end if
-
 $acc $noali $notextw
   </token>
   <xml name="oformat_with_opts">
     <!-- Options directing output -->
     <param name="oformat" type="select" multiple="true" display="checkboxes" label="Output Formats">
       <option value="tblout" selected="true">Table of per-sequence hits (--tblout)</option>
-      <option value="domtblout" selected="true">Table of per-domain hits (--domtblout)</option>
-      <option value="pfamtblout" selected="true">Table of hits and domains in Pfam format (--pfamtblout)</option>
+      <yield/>
     </param>
     <param argument="--acc" type="boolean" truevalue="--acc" falsevalue="" label="Prefer accessions over names in output" />
     <param argument="--noali" type="boolean" truevalue="--noali" falsevalue="" label="Don't output alignments, so output is smaller" />
     <param argument="--notextw" type="boolean" truevalue="--notextw" falsevalue="" label="Unlimited ASCII text output line width" />
   </xml>
+
+  <xml name="oformat_with_opts_dom">
+    <expand macro="oformat_with_opts">
+      <option value="domtblout" selected="true">Table of per-domain hits (--domtblout)</option>
+      <yield/>
+    </expand>
+  </xml>
+
+  <xml name="oformat_with_opts_dom_pfam">
+    <expand macro="oformat_with_opts_dom">
+      <option value="pfamtblout" selected="true">Table of hits and domains in Pfam format (--pfamtblout)</option>
+    </expand>
+  </xml>  
+
+  <xml name="oformat_with_opts_dfam_alisc">
+    <!-- Options directing output -->
+    <expand macro="oformat_with_opts">
+      <option value="dfamtblout" selected="true">Table of hits in Dfam format (--dfamtblout)</option>
+      <option value="aliscoresout">Scores for each position in each alignment to file (--aliscoresout)</option>
+    </expand>
+  </xml>
+
+  <xml name="output" token_tool="">
+    <data name="output" format="txt" label="@TOOL@ on ${on_string}"/>
+    <data name="tblout" format="txt" label="@TOOL@ on ${on_string}: per-sequence hits from HMM matches">
+      <filter>oformat and 'tblout' in oformat</filter>
+    </data>
+    <yield/>
+  </xml>
+  <xml name="output_dom" token_tool="">
+    <expand macro="output" tool="@TOOL@">
+      <data name="domtblout" format="txt" label="@TOOL@ on ${on_string}: per-domain hits from HMM matches">
+        <filter>oformat and 'domtblout' in oformat</filter>
+      </data>
+    </expand>
+    <yield/>
+  </xml>
+  <xml name="output_dom_pfam" token_tool="">
+    <expand macro="output_dom" tool="@TOOL@">
+      <data name="pfamtblout" format="txt" label="@TOOL@ on ${on_string}: per-sequence/per-domain hits from HMM matches">
+        <filter>oformat and 'pfamtblout' in oformat</filter>
+      </data>
+    </expand>
+  </xml>
+  <xml name="output_dfam_alisc" token_tool="" token_ofvar="seqfile" token_invar="seqdb">
+    <expand macro="output" tool="@TOOL@">
+      <data name="dfamtblout" format="txt" label="@TOOL@ on ${on_string}: per-sequence/per-domain hits from HMM matches">
+        <filter>oformat and 'dfamtblout' in oformat</filter>
+      </data>
+      <data name="aliscoresout" format="txt" label="@TOOL@ on ${on_string}: scores for positional matches">
+        <filter>oformat and 'aliscoresout' in oformat</filter>
+      </data>
+    </expand>
+  </xml>
+
+  <xml name="assert_out" token_tool="">
+    <assert_contents>
+      <has_line_matching expression="# @TOOL@.*"/>
+      <has_line_matching expression="\[ok\]"/>
+    </assert_contents>
+  </xml> 
+
+  <xml name="assert_tblout" token_tool="">
+    <assert_contents>
+      <has_line_matching expression="# Program:         @TOOL@"/>
+      <has_line_matching expression="# \[ok\]"/>
+    </assert_contents>
+  </xml> 
+
   <xml name="oformat_test">
       <param name="notextw" value="true" />
   </xml>
-  <!-- TODO: tblout will match 'pfamtblout,dfamtblout' -->
-  <token name="@OFORMAT_WITH_OPTS_N@">
-#if 'tblout' in str($oformat):
-    --tblout '$tblout'
-#end if
-
-#if 'dfamtblout' in str($oformat):
-    --dfamtblout '$dfamtblout'
-#end if
-
-#if 'aliscoresout' in str($oformat):
-    --aliscoresout '$aliscoresout'
-#end if
-
-$acc $noali $notextw
-  </token>
-  <xml name="oformat_with_opts_n">
-    <!-- Options directing output -->
-    <param name="oformat" type="select" multiple="true" display="checkboxes" label="Output Formats">
-      <option value="tblout" selected="true">Table of hits (--tblout)</option>
-      <option value="dfamtblout" selected="true">Table of hits in Dfam format (--dfamtblout)</option>
-      <option value="aliscoresout">Scores for each position in each alignment to file (--aliscoresout)</option>
-    </param>
-    <param argument="--acc" type="boolean" truevalue="--acc" falsevalue="" label="Prefer accessions over names in output" />
-    <param argument="--noali" type="boolean" truevalue="--noali" falsevalue="" label="Don't output alignments, so output is smaller" />
-    <param argument="--notextw" type="boolean" truevalue="--notextw" falsevalue="" label="Unlimited ASCII text output line width" />
-  </xml>
   <token name="@HSSI@">
 #if $hssi.hssi_select == "singlemx":
     --popen $hssi.popen
@@ -1077,7 +1090,7 @@
     # Freely distributed under the GNU General Public License (GPLv3).
     # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
 
-The wrappers were written by Eric Rasche and is licensed under Apache2_. The
+The wrappers were written by the IUC and are licensed under Apache2_. The
 documentation is copied from the HMMER3 documentation.
 
 .. _Apache2: http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/MADE1.hmm
--- a/test-data/MADE1.hmm Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/MADE1.hmm Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
b'@@ -1,268 +1,268 @@\n-HMMER3/f [3.2 | June 2018]\n+HMMER3/f [3.3 | Nov 2019]\n NAME  MADE1\n ACC   DF0000629.2\n DESC  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n LENG  80\n-MAXL  369\n+MAXL  190\n ALPH  DNA\n RF    yes\n MM    no\n CONS  yes\n CS    no\n MAP   yes\n-DATE  Fri Jun  8 12:16:29 2018\n+DATE  Thu May 14 18:28:16 2020\n NSEQ  1997\n-EFFN  3.911818\n+EFFN  4.772646\n CKSUM 3015610723\n GA    15.98\n TC    32.00\n NC    15.90\n-STATS LOCAL MSV       -8.5408  0.71858\n-STATS LOCAL VITERBI   -9.6095  0.71858\n-STATS LOCAL FORWARD   -3.4185  0.71858\n+STATS LOCAL MSV       -8.5015  0.71857\n+STATS LOCAL VITERBI   -9.4437  0.71857\n+STATS LOCAL FORWARD   -3.3601  0.71857\n HMM          A        C        G        T   \n             m->m     m->i     m->d     i->m     i->i     d->m     d->d\n-  COMPO   1.24273  1.59618  1.63103  1.16152\n+  COMPO   1.26505  1.57847  1.62734  1.15507\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03960  3.94183  3.94183  1.46634  0.26236  0.00000        *\n-      1   2.69765  2.44396  2.81521  0.24089      1 t x - -\n+          0.03610  4.03273  4.03273  1.46634  0.26236  0.00000        *\n+      1   2.88347  2.59729  3.00766  0.19823      1 t x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03960  3.94183  3.94183  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n-      2   2.72939  2.37873  2.85832  0.24244      2 t x - -\n+          0.03610  4.03273  4.03273  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n+      2   2.84764  2.33775  2.99223  0.22904      2 t x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03725  4.00179  4.00179  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n-      3   0.16099  3.16370  2.87328  2.99734      3 a x - -\n+          0.03318  4.11545  4.11545  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n+      3   0.23331  2.81609  2.55800  2.64795      3 a x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03604  4.03416  4.03416  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n-      4   1.98862  2.42132  0.42649  2.10770      4 g x - -\n+          0.03194  4.15297  4.15297  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n+      4   2.10142  2.78158  0.31096  2.48849      4 g x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03539  4.05203  4.05203  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n-      5   1.96369  2.69532  0.36534  2.32099      5 g x - -\n+          0.03116  4.17730  4.17730  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n+      5   2.03766  2.72525  0.33174  2.44801      5 g x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03764  4.06427  3.92372  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n-      6   2.56994  2.11239  2.71946  0.30571      6 t x - -\n-          1.37159  1.41129  1.39124  1.37159\n-          0.03806  3.89715  4.07214  1.48830  0.25587  1.07889  0.41548\n-      7   2.58388  2.10353  2.64646  0.31253     12 t x - -\n-          1.38764  1.38524  1.38764  1.38465\n-          0.03494  4.03864  4.09125  1.43264  0.27270  1.09736  0.40609\n-      8   2.18552  2.70201  0.28821  2.64645     14 g x - -\n+          0.03089  4.19229  4.17979  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n+      6   2.50266  2.06695  2.58843  0.33348      6 t x - -\n+          1.38538  1.38782  1.38660  1.38538\n+          0.03244  4.19073  4.08723  1.46789  0.26190  1.09694  0.40630\n+      7   2.60375  2.25725  2.67883  0.28406     12 t x - -\n+          1.38907  1.38673  1.38907  1.38033\n+          0.03193  4.10189  4.20735  1.39886  0.28353  1.08252  0.41361\n+      8   2.19186  2.93555  0.26232  2.71924     14 g x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03628  4.09157  3.96779  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n-      9   2.16916  2.82142  0.28427  2.60854     15 g x - -\n-          1.38091  1.39033  1.38365  1.39033\n-          0.03566  4.00237  4.08886  1.42105  0.27636  1.08174  0.41401\n-     10   2.45517  2.15232  2.42886  0.34277     18 t x - -\n-          1.39065  1.39065  1.39065  1.37335\n-          0.03536  4.01212  4.09576  1.42916  0.27379  1.09844  0.40555\n-     11   2.10260  2.954'..b'.82282  0.24188   1078 t x - -\n+          1.38348  1.39069  1.38333  1.38769\n+          0.03659  4.08849  3.95478  1.38473  0.28821  1.09815  0.40570\n+     68   2.75338  2.37589  2.82611  0.24320   1081 t x - -\n+          1.39439  1.40072  1.40186  1.34916\n+          0.04141  3.82736  3.97406  1.27797  0.32657  1.05169  0.42978\n+     69   2.30274  2.95739  0.24176  2.76754   1093 g x - -\n+          1.38591  1.38591  1.38745  1.38591\n+          0.03131  4.20335  4.14281  1.46244  0.26354  1.07083  0.41965\n+     70   2.79994  0.28200  2.99446  2.00361   1097 c x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03412  4.08811  4.08811  1.46634  0.26236  0.97936  0.47089\n-     71   0.21870  2.83638  2.69251  2.65798   1098 a x - -\n-          1.37446  1.37942  1.39640  1.39509\n-          0.03670  3.93983  4.09935  1.43996  0.27041  1.09889  0.40532\n-     72   2.35233  0.46085  2.23804  1.78715   1103 c x - -\n-          1.38536  1.38781  1.38781  1.38421\n-          0.03493  4.03822  4.09272  1.42863  0.27396  1.09816  0.40569\n-     73   2.57111  0.32543  2.74124  1.98892   1105 c x - -\n+          0.02990  4.21806  4.21806  1.46634  0.26236  1.08730  0.41117\n+     71   0.32186  2.49114  2.38278  2.30165   1098 a x - -\n+          1.38095  1.38549  1.38906  1.38970\n+          0.03114  4.15948  4.19672  1.44935  0.26752  1.10226  0.40364\n+     72   2.53966  0.34721  2.53815  1.99924   1103 c x - -\n+          1.38409  1.38783  1.38783  1.38544\n+          0.03178  4.15601  4.15995  1.42823  0.27409  1.09282  0.40837\n+     73   2.68662  0.27379  2.88246  2.15931   1105 c x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03381  4.09688  4.09688  1.46634  0.26236  1.09814  0.40570\n-     74   0.27014  2.61416  2.53262  2.47636   1106 a x - -\n+          0.03005  4.21307  4.21307  1.46634  0.26236  1.09252  0.40852\n+     74   0.31501  2.49904  2.40066  2.32899   1106 a x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03461  4.09267  4.05587  1.46634  0.26236  1.09839  0.40558\n-     75   0.52873  2.16549  1.91736  1.90409   1107 a x - -\n+          0.03236  4.20966  4.07504  1.46634  0.26236  1.09567  0.40694\n+     75   0.36972  2.41288  2.17350  2.24680   1107 a x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03426  4.08396  4.08396  1.46634  0.26236  1.09364  0.40796\n-     76   2.33134  0.38082  2.65861  1.90055   1108 c x - -\n+          0.03061  4.19489  4.19489  1.46634  0.26236  1.07976  0.41503\n+     76   2.42454  0.36916  2.67422  1.88910   1108 c x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03466  4.07266  4.07266  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n-     77   2.20588  0.45134  2.35553  1.84373   1109 c x - -\n+          0.03111  4.17876  4.17876  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n+     77   2.40209  0.35459  2.62494  1.99827   1109 c x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03550  4.04912  4.04912  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n-     78   2.69018  2.22054  2.82311  0.26898   1110 t x - -\n+          0.03189  4.15446  4.15446  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n+     78   2.61838  2.21121  2.70403  0.28691   1110 t x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.03711  4.00561  4.00561  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n-     79   0.16248  3.15867  2.86159  2.98963   1111 a x - -\n+          0.03345  4.10748  4.10748  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n+     79   0.16677  3.16394  2.79540  2.99064   1111 a x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.04048  3.92018  3.92018  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n-     80   0.17484  3.04770  2.86638  2.88183   1112 a x - -\n+          0.03607  4.03354  4.03354  1.46634  0.26236  1.09861  0.40547\n+     80   0.12738  3.34162  3.14941  3.18577   1112 a x - -\n           1.38629  1.38629  1.38629  1.38629\n-          0.02045  3.90014        *  1.46634  0.26236  0.00000        *\n+          0.01820  4.01567        *  1.46634  0.26236  0.00000        *\n //\n'
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/MADE1.nhmmscan_out
--- a/test-data/MADE1.nhmmscan_out Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/MADE1.nhmmscan_out Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
b'@@ -1,12 +1,12 @@\n # nhmmscan :: search DNA sequence(s) against a DNA profile database\n-# HMMER 3.2 (June 2018); http://hmmer.org/\n-# Copyright (C) 2018 Howard Hughes Medical Institute.\n+# HMMER 3.3 (Nov 2019); http://hmmer.org/\n+# Copyright (C) 2019 Howard Hughes Medical Institute.\n # Freely distributed under the BSD open source license.\n # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -\n-# query sequence file:             /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_41.dat\n+# query sequence file:             /tmp/tmpqydies2m/files/f/a/5/dataset_fa559c91-0436-48cb-a47d-20062d4af284.dat\n # target HMM database:             localref.hmm\n-# per-seq hits tabular output:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_43.dat\n-# hits output in Dfam format:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_44.dat\n+# per-seq hits tabular output:     /tmp/tmpqydies2m/files/4/7/2/dataset_4723128d-8711-4edb-8afe-a68476a6c127.dat\n+# hits output in Dfam format:      /tmp/tmpqydies2m/files/1/a/e/dataset_1aeea50b-1263-4750-8237-4fc3f10c0999.dat\n # max ASCII text line length:      unlimited\n # Vit filter P threshold:       <= 0.001\n # Fwd filter P threshold:       <= 1e-05\n@@ -18,79 +18,79 @@\n Scores for complete hit:\n     E-value  score  bias  Model     start    end  Description\n     ------- ------ -----  --------  -----  -----  -----------\n-    8.7e-11   39.2   7.4  MADE1    302390 302466 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n-    6.4e-08   30.0   8.3  MADE1    174456 174498 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n-    9.3e-08   29.5   6.1  MADE1    302466 302390 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n-    6.3e-06   23.7   7.0  MADE1    174493 174456 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n+      4e-11   41.3   7.5  MADE1    302390 302466 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n+    1.9e-08   32.8   8.3  MADE1    174456 174498 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n+    6.3e-08   31.0   6.7  MADE1    302466 302389 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n+    4.9e-06   25.0   7.0  MADE1    174493 174456 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n   ------ inclusion threshold ------\n-        1.4    6.5   7.0  MADE1    304073 304104 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n+        2.2    6.9   7.2  MADE1    304073 304103 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n \n \n Annotation for each hit  (and alignments):\n >> MADE1  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n     score  bias    Evalue   hmmfrom    hmm to     alifrom    ali to      envfrom    env to      mod len      acc\n    ------ ----- ---------   -------   -------    --------- ---------    --------- ---------    ---------    ----\n- !   39.2   7.4   8.7e-11         4        80 .]    302390    302466 ..    302387    302466 ..        80    0.87\n+ !   41.3   7.5     4e-11         4        80 .]    302390    302466 ..    302387    302466 ..        80    0.88\n \n   Alignment:\n-  score: 39.2 bits\n+  score: 41.3 bits\n                                        xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx....xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n                           MADE1      4 ggttggtgcaaaagtaattgcggtttttgccattacttttaatggc....aaaaaccgcaattacttttgcaccaacctaa 80    \n-                                       ggt ggtgcaaaa  aattg ggtttttgccatt cttttaat gc    a aaa  g  a t ctttt caccaa ctaa\n-  humanchr1/239220001-239550000 302390 GGTCGGTGCAAAATCAATTGTGGTTTTTGCCATTGCTTTTAATTGCttttA-AAA--GT-AATGCTTTTACACCAATCTAA 302466\n-                                       899******************************************955533.443..33.44689************9986 PP\n+                                       ggt ggtgcaaaa  aattg ggtttttgccatt cttttaat gc    aaaa   g  a t ctttt caccaa ctaa\n+  humanchr1/239220001-239550000 302390 GGTCGGTGCAAAATCAATTGTGGTTTTTGCCATTGC'..b'          xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx....xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n+                          MADE1      1 ttaggttggtgcaaaagtaattgcggttttt....gccattacttttaatggcaaaaaccgcaattacttttgcaccaacct 78    \n+                                       ttag ttggtg aaaag a t      tttt    gc atta    +aatggcaaaaacc caatt  ttttgcacc acc \n+  humanchr1/239220001-239550000 302466 TTAGATTGGTGTAAAAGCATT-A---CTTTTaaaaGCAATTAAAAGCAATGGCAAAAACCACAATTGATTTTGCACCGACCA 302389\n+                                       6899************97543.2...23333455566666666666799*****************************9985 PP\n \n >> MADE1  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n     score  bias    Evalue   hmmfrom    hmm to     alifrom    ali to      envfrom    env to      mod len      acc\n    ------ ----- ---------   -------   -------    --------- ---------    --------- ---------    ---------    ----\n- !   23.7   7.0   6.3e-06        43        80 .]    174493    174456 ..    174513    174456 ..        80    0.91\n+ !   25.0   7.0   4.9e-06        43        80 .]    174493    174456 ..    174513    174456 ..        80    0.94\n \n   Alignment:\n-  score: 23.7 bits\n+  score: 25.0 bits\n                                        xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n                           MADE1     43 taatggcaaaaaccgcaattacttttgcaccaacctaa 80    \n                                        taatg caaaaacc caattacttttgcac aacctaa\n   humanchr1/239220001-239550000 174493 TAATGACAAAAACCACAATTACTTTTGCACTAACCTAA 174456\n-                                       689********************************986 PP\n+                                       5899*******************************986 PP\n \n >> MADE1  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n     score  bias    Evalue   hmmfrom    hmm to     alifrom    ali to      envfrom    env to      mod len      acc\n    ------ ----- ---------   -------   -------    --------- ---------    --------- ---------    ---------    ----\n- ?    6.5   7.0       1.4        41        72 ..    304073    304104 ..    304053    304109 ..        80    0.85\n+ ?    6.9   7.2       2.2        41        71 ..    304073    304103 ..    304053    304109 ..        80    0.85\n \n   Alignment:\n-  score: 6.5 bits\n-                                       xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n-                          MADE1     41 tttaatggcaaaaaccgcaattacttttgcac 72    \n-                                       tt a tgg aaaaa   ca tta ttttgca \n-  humanchr1/239220001-239550000 304073 TTAAGTGGGAAAAAATACACTTATTTTTGCAT 304104\n-                                       455779************************86 PP\n+  score: 6.9 bits\n+                                       xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n+                          MADE1     41 tttaatggcaaaaaccgcaattacttttgca 71    \n+                                       tt a tgg aaaaa   ca tta ttttgca\n+  humanchr1/239220001-239550000 304073 TTAAGTGGGAAAAAATACACTTATTTTTGCA 304103\n+                                       456789************************8 PP\n \n \n \n@@ -98,12 +98,12 @@\n -------------------------------------\n Query sequence(s):                         1  (660000 residues searched)\n Target model(s):                           1  (80 nodes)\n-Residues passing SSV filter:           63737  (0.0966); expected (0.02)\n-Residues passing bias filter:          44695  (0.0677); expected (0.02)\n-Residues passing Vit filter:            2309  (0.0035); expected (0.001)\n-Residues passing Fwd filter:            2041  (0.00309); expected (1e-05)\n+Residues passing SSV filter:           60770  (0.0921); expected (0.02)\n+Residues passing bias filter:          35792  (0.0542); expected (0.02)\n+Residues passing Vit filter:            1612  (0.00244); expected (0.001)\n+Residues passing Fwd filter:            1194  (0.00181); expected (1e-05)\n Total number of hits:                      5  (0.000405)\n # CPU time: 0.02u 0.00s 00:00:00.02 Elapsed: 00:00:00.02\n-# Mc/sec: 2407.09\n+# Mc/sec: 2289.06\n //\n [ok]\n'
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/MADE1.nhmmscan_out.dfamtblout
--- a/test-data/MADE1.nhmmscan_out.dfamtblout Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/MADE1.nhmmscan_out.dfamtblout Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
b
@@ -3,8 +3,8 @@
 #
 # target name         acc                  query name                      bits   e-value  bias  hmm-st  hmm-en strand  ali-st  ali-en  env-st  env-en  modlen   description of target
 # ------------------- -------------------  -------------------           ------ --------- ----- ------- ------- ------ ------- ------- ------- ------- -------   ---------------------
-MADE1                 DF0000629.2          humanchr1/239220001-239550000   39.2   8.7e-11   7.4       4      80    +    302390  302466  302387  302466      80   MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                 DF0000629.2          humanchr1/239220001-239550000   30.0   6.4e-08   8.3       1      43    +    174456  174498  174456  174518      80   MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                 DF0000629.2          humanchr1/239220001-239550000   29.5   9.3e-08   6.1       1      77    -    302466  302390  302466  302387      80   MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                 DF0000629.2          humanchr1/239220001-239550000   23.7   6.3e-06   7.0      43      80    -    174493  174456  174513  174456      80   MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                 DF0000629.2          humanchr1/239220001-239550000    6.5       1.4   7.0      41      72    +    304073  304104  304053  304109      80   MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                 DF0000629.2          humanchr1/239220001-239550000   41.3     4e-11   7.5       4      80    +    302390  302466  302387  302466      80   MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                 DF0000629.2          humanchr1/239220001-239550000   32.8   1.9e-08   8.3       1      43    +    174456  174498  174456  174518      80   MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                 DF0000629.2          humanchr1/239220001-239550000   31.0   6.3e-08   6.7       1      78    -    302466  302389  302466  302387      80   MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                 DF0000629.2          humanchr1/239220001-239550000   25.0   4.9e-06   7.0      43      80    -    174493  174456  174513  174456      80   MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                 DF0000629.2          humanchr1/239220001-239550000    6.9       2.2   7.2      41      71    +    304073  304103  304053  304109      80   MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/MADE1.nhmmscan_out.tblout
--- a/test-data/MADE1.nhmmscan_out.tblout Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/MADE1.nhmmscan_out.tblout Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
@@ -1,17 +1,17 @@
 # target name        accession   query name                    accession  hmmfrom hmm to alifrom  ali to envfrom  env to  modlen strand   E-value  score  bias  description of target
 #-------------------  ----------          -------------------- ---------- ------- ------- ------- ------- ------- ------- ------- ------ --------- ------ ----- ---------------------
-MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -                4      80  302390  302466  302387  302466      80    +     8.7e-11   39.2   7.4  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -                1      43  174456  174498  174456  174518      80    +     6.4e-08   30.0   8.3  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -                1      77  302466  302390  302466  302387      80    -     9.3e-08   29.5   6.1  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -               43      80  174493  174456  174513  174456      80    -     6.3e-06   23.7   7.0  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -               41      72  304073  304104  304053  304109      80    +         1.4    6.5   7.0  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -                4      80  302390  302466  302387  302466      80    +       4e-11   41.3   7.5  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -                1      43  174456  174498  174456  174518      80    +     1.9e-08   32.8   8.3  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -                1      78  302466  302389  302466  302387      80    -     6.3e-08   31.0   6.7  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -               43      80  174493  174456  174513  174456      80    -     4.9e-06   25.0   7.0  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -               41      71  304073  304103  304053  304109      80    +         2.2    6.9   7.2  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
 #
 # Program:         hmmscan
-# Version:         3.2 (June 2018)
+# Version:         3.3 (Nov 2019)
 # Pipeline mode:   SCAN
-# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_41.dat
+# Query file:      /tmp/tmpqydies2m/files/f/a/5/dataset_fa559c91-0436-48cb-a47d-20062d4af284.dat
 # Target file:     localref.hmm
-# Option settings: nhmmscan --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_43.dat --dfamtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_44.dat --notextw -E 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --B1 110 --B2 240 --B3 1000 --cpu 1 localref.hmm /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_41.dat 
-# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/33/working
-# Date:            Fri Jun  8 12:19:16 2018
+# Option settings: nhmmscan --tblout /tmp/tmpqydies2m/files/4/7/2/dataset_4723128d-8711-4edb-8afe-a68476a6c127.dat --dfamtblout /tmp/tmpqydies2m/files/1/a/e/dataset_1aeea50b-1263-4750-8237-4fc3f10c0999.dat --notextw -E 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --B1 110 --B2 240 --B3 1000 --cpu 1 localref.hmm /tmp/tmpqydies2m/files/f/a/5/dataset_fa559c91-0436-48cb-a47d-20062d4af284.dat 
+# Current dir:     /tmp/tmpqydies2m/job_working_directory/000/20/working
+# Date:            Thu May 14 18:55:28 2020
 # [ok]
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/MADE1.out
--- a/test-data/MADE1.out Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/MADE1.out Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
b'@@ -1,13 +1,13 @@\n # hmmscan :: search sequence(s) against a profile database\n-# HMMER 3.2 (June 2018); http://hmmer.org/\n-# Copyright (C) 2018 Howard Hughes Medical Institute.\n+# HMMER 3.3 (Nov 2019); http://hmmer.org/\n+# Copyright (C) 2019 Howard Hughes Medical Institute.\n # Freely distributed under the BSD open source license.\n # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -\n-# query sequence file:             /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_20.dat\n+# query sequence file:             /tmp/tmpqydies2m/files/5/d/3/dataset_5d34ccc7-9920-470e-9f13-678ab2ecd29d.dat\n # target HMM database:             localref.hmm\n-# per-seq hits tabular output:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_22.dat\n-# per-dom hits tabular output:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_23.dat\n-# pfam-style tabular hit output:   /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_24.dat\n+# per-seq hits tabular output:     /tmp/tmpqydies2m/files/1/d/a/dataset_1da10e33-3e1c-48fc-abfb-7e3c263ec0df.dat\n+# per-dom hits tabular output:     /tmp/tmpqydies2m/files/7/2/3/dataset_723f3cf1-e0de-4616-aec7-dd16680f3be3.dat\n+# pfam-style tabular hit output:   /tmp/tmpqydies2m/files/7/3/4/dataset_734c7f25-0a22-431b-9a7a-58849fcd6009.dat\n # max ASCII text line length:      unlimited\n # Vit filter P threshold:       <= 0.001\n # Fwd filter P threshold:       <= 1e-05\n@@ -20,54 +20,46 @@\n    --- full sequence ---   --- best 1 domain ---    -#dom-\n     E-value  score  bias    E-value  score  bias    exp  N  Model    Description\n     ------- ------ -----    ------- ------ -----   ---- --  -------- -----------\n-    5.7e-18   51.8  27.9      2e-12   34.1   0.7    9.6  5  MADE1     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n+    9.3e-18   51.2  26.3    1.3e-12   34.8   0.7    8.6  4  MADE1     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n \n \n Domain annotation for each model (and alignments):\n >> MADE1  MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon\n    #    score  bias  c-Evalue  i-Evalue hmmfrom  hmm to    alifrom  ali to    envfrom  env to     acc\n  ---   ------ ----- --------- --------- ------- -------    ------- -------    ------- -------    ----\n-   1 ?   -4.5   0.0         1         1      30      54 ..   80044   80068 ..   80033   80072 .. 0.81\n-   2 ?   -6.6   3.3         1         1      13      71 ..  154012  154072 ..  154011  154076 .. 0.75\n-   3 !   27.4   0.7   2.4e-10   2.4e-10       1      43 [.  174456  174498 ..  174456  174577 .. 0.66\n-   4 !   34.1   0.7     2e-12     2e-12       2      80 .]  302388  302466 ..  302387  302466 .. 0.86\n-   5 ?    2.8   0.7     0.011     0.011      27      75 ..  304060  304107 ..  304022  304109 .. 0.62\n+   1 !   27.4   0.6   2.4e-10   2.4e-10       1      43 [.  174456  174498 ..  174456  174520 .. 0.93\n+   2 ?   -8.4   5.8         1         1      12      79 ..  197274  197341 ..  197272  197342 .. 0.86\n+   3 !   34.8   0.7   1.3e-12   1.3e-12       2      80 .]  302388  302466 ..  302387  302466 .. 0.87\n+   4 ?    1.4   0.4     0.033     0.033      27      74 ..  304060  304106 ..  304029  304108 .. 0.71\n \n   Alignments for each domain:\n-  == domain 1  score: -4.5 bits;  conditional E-value: 1\n-                                      xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n-                          MADE1    30 ttgccattacttttaatggcaaaaa 54   \n-                                      t g catt  ttt aatggcaaa a\n-  humanchr1/239220001-239550000 80044 TAGTCATTCATTTCAATGGCAAATA 80068\n-                                      457899***************9865 PP\n-\n-  == domain 2  score: -6.6 bits;  conditional E-value: 1\n-                                       xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx......xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n-                          MADE1     13 aaaagtaattgcggtttttgccatt......acttttaatggcaaaaaccgcaattacttttgca 71    \n-                                       aaaagta tt +   ttttgc att      a  tttaa  gcaaa a +    tta  tttgca\n-  humanchr1/239220001-239550000 154012 AAAAGTA'..b'                     xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n                           MADE1      1 ttaggttggtgcaaaagtaattgcggtttttgccattactttt 43    \n                                        ttaggtt gtgcaaaagtaattg+ggtttttg cattactttt\n   humanchr1/239220001-239550000 174456 TTAGGTTAGTGCAAAAGTAATTGTGGTTTTTGTCATTACTTTT 174498\n-                                       79**************************************996 PP\n+                                       79**************************************997 PP\n+\n+  == domain 2  score: -8.4 bits;  conditional E-value: 1\n+                                       xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n+                          MADE1     12 caaaagtaattgcggtttttgccattacttttaatggcaaaaaccgcaattacttttgcaccaaccta 79    \n+                                       caa  gtaatt +  tttt  c att   ttt  t  c aaa  c c  tta tt t  ac  a cta\n+  humanchr1/239220001-239550000 197274 CAATGGTAATTTTATTTTTAACTATTTTATTTTTTAACTAAACTCACTTTTATTTATTTACATATCTA 197341\n+                                       567789*******************999999999999*****99999999999988877777776666 PP\n \n-  == domain 4  score: 34.1 bits;  conditional E-value: 2e-12\n-                                       xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx...xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n-                          MADE1      2 taggttggtgcaaaagtaattgcggtttttgccattacttttaatggca...aaaaccgcaattacttttgcaccaacctaa 80    \n-                                       t ggt ggtgcaaaa  aattg+ggtttttgccatt cttttaat gc    aaaa  g  a t ctttt caccaa ctaa\n-  humanchr1/239220001-239550000 302388 TTGGTCGGTGCAAAATCAATTGTGGTTTTTGCCATTGCTTTTAATTGCTtttAAAA--G-TAATGCTTTTACACCAATCTAA 302466\n-                                       56899******************************************962223333..3.45578**************997 PP\n+  == domain 3  score: 34.8 bits;  conditional E-value: 1.3e-12\n+                                       xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n+                          MADE1      2 taggttggtgcaaaagtaattgcggtttttgccattacttttaatggcaaaaaccgcaattacttttgcaccaacctaa 80    \n+                                       t ggt ggtgcaaaa  aattg+ggtttttgccatt cttttaat gc    a     a t ctttt caccaa ctaa\n+  humanchr1/239220001-239550000 302388 TTGGTCGGTGCAAAATCAATTGTGGTTTTTGCCATTGCTTTTAATTGCTTTTAAAAGTAATGCTTTTACACCAATCTAA 302466\n+                                       6799*****************************************99953333333345578**************997 PP\n \n-  == domain 5  score: 2.8 bits;  conditional E-value: 0.011\n-                                       xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n-                          MADE1     27 tttttgccattacttttaatggcaaaaaccgcaattacttttgcaccaa 75    \n-                                       tttt g c  ta  tt a tgg aaaaa ++ca tta ttttgca  aa\n-  humanchr1/239220001-239550000 304060 TTTTAGACTATA-GTTAAGTGGGAAAAAATACACTTATTTTTGCATTAA 304107\n-                                       222223222222.3556779************************98765 PP\n+  == domain 4  score: 1.4 bits;  conditional E-value: 0.033\n+                                       xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n+                          MADE1     27 tttttgccattacttttaatggcaaaaaccgcaattacttttgcacca 74    \n+                                       tttt g c  ta  tt a tgg aaaaa + ca tta ttttgca  a\n+  humanchr1/239220001-239550000 304060 TTTTAGACTATA-GTTAAGTGGGAAAAAATACACTTATTTTTGCATTA 304106\n+                                       334444443333.356788*************************9766 PP\n \n \n \n@@ -81,7 +73,7 @@\n Passed Fwd filter:                         1  (1); expected 0.0 (1e-05)\n Initial search space (Z):                  1  [actual number of targets]\n Domain search space  (domZ):               1  [number of targets reported over threshold]\n-# CPU time: 0.14u 0.01s 00:00:00.15 Elapsed: 00:00:00.14\n-# Mc/sec: 177.58\n+# CPU time: 0.21u 0.01s 00:00:00.22 Elapsed: 00:00:00.22\n+# Mc/sec: 117.29\n //\n [ok]\n'
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/MADE1.out.domtblout
--- a/test-data/MADE1.out.domtblout Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/MADE1.out.domtblout Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
@@ -1,18 +1,17 @@
 #                                                                                      --- full sequence --- -------------- this domain -------------   hmm coord   ali coord   env coord
 # target name        accession    tlen query name                    accession   qlen   E-value  score  bias   #  of  c-Evalue  i-Evalue  score  bias  from    to  from    to  from    to  acc description of target
 #-------------------  ---------- -----          -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- ---------------------
-MADE1                DF0000629.2    80 humanchr1/239220001-239550000 -          330000   5.7e-18   51.8  27.9   1   5         1         1   -4.5   0.0    30    54 80044 80068 80033 80072 0.81 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                DF0000629.2    80 humanchr1/239220001-239550000 -          330000   5.7e-18   51.8  27.9   2   5         1         1   -6.6   3.3    13    71 154012 154072 154011 154076 0.75 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                DF0000629.2    80 humanchr1/239220001-239550000 -          330000   5.7e-18   51.8  27.9   3   5   2.4e-10   2.4e-10   27.4   0.7     1    43 174456 174498 174456 174577 0.66 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                DF0000629.2    80 humanchr1/239220001-239550000 -          330000   5.7e-18   51.8  27.9   4   5     2e-12     2e-12   34.1   0.7     2    80 302388 302466 302387 302466 0.86 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                DF0000629.2    80 humanchr1/239220001-239550000 -          330000   5.7e-18   51.8  27.9   5   5     0.011     0.011    2.8   0.7    27    75 304060 304107 304022 304109 0.62 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2    80 humanchr1/239220001-239550000 -          330000   9.3e-18   51.2  26.3   1   4   2.4e-10   2.4e-10   27.4   0.6     1    43 174456 174498 174456 174520 0.93 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2    80 humanchr1/239220001-239550000 -          330000   9.3e-18   51.2  26.3   2   4         1         1   -8.4   5.8    12    79 197274 197341 197272 197342 0.86 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2    80 humanchr1/239220001-239550000 -          330000   9.3e-18   51.2  26.3   3   4   1.3e-12   1.3e-12   34.8   0.7     2    80 302388 302466 302387 302466 0.87 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2    80 humanchr1/239220001-239550000 -          330000   9.3e-18   51.2  26.3   4   4     0.033     0.033    1.4   0.4    27    74 304060 304106 304029 304108 0.71 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
 #
 # Program:         hmmscan
-# Version:         3.2 (June 2018)
+# Version:         3.3 (Nov 2019)
 # Pipeline mode:   SCAN
-# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_20.dat
+# Query file:      /tmp/tmpqydies2m/files/5/d/3/dataset_5d34ccc7-9920-470e-9f13-678ab2ecd29d.dat
 # Target file:     localref.hmm
-# Option settings: hmmscan --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_22.dat --domtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_23.dat --pfamtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_24.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 localref.hmm /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_20.dat 
-# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/21/working
-# Date:            Fri Jun  8 12:17:53 2018
+# Option settings: hmmscan --tblout /tmp/tmpqydies2m/files/1/d/a/dataset_1da10e33-3e1c-48fc-abfb-7e3c263ec0df.dat --domtblout /tmp/tmpqydies2m/files/7/2/3/dataset_723f3cf1-e0de-4616-aec7-dd16680f3be3.dat --pfamtblout /tmp/tmpqydies2m/files/7/3/4/dataset_734c7f25-0a22-431b-9a7a-58849fcd6009.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 localref.hmm /tmp/tmpqydies2m/files/5/d/3/dataset_5d34ccc7-9920-470e-9f13-678ab2ecd29d.dat 
+# Current dir:     /tmp/tmpqydies2m/job_working_directory/000/8/working
+# Date:            Thu May 14 18:53:22 2020
 # [ok]
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/MADE1.out.pfamtblout
--- a/test-data/MADE1.out.pfamtblout Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/MADE1.out.pfamtblout Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
@@ -3,25 +3,24 @@
 #
 # name                  bits   E-value   n   exp  bias    description
 # ------------------- ------ --------- --- ----- -----    ---------------------
-MADE1                   51.8   5.7e-18   5   9.6  27.9    MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                   51.2   9.3e-18   4   8.6  26.3    MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
 
 # Domain scores
 # -------------
 #
 #  name                 bits   E-value   hit  bias env-st env-en ali-st ali-en hmm-st hmm-en     description
 # ------------------- ------ --------- ----- ----- ------ ------ ------ ------ ------ ------      ---------------------
-MADE1                   34.1     2e-12     4   0.7 302387 302466 302388 302466      2     80     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                   27.4   2.4e-10     3   0.7 174456 174577 174456 174498      1     43     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                    2.8     0.011     5   0.7 304022 304109 304060 304107     27     75     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                   -4.5         1     1   0.0  80033  80072  80044  80068     30     54     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
-MADE1                   -6.6         1     2   3.3 154011 154076 154012 154072     13     71     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                   34.8   1.3e-12     3   0.7 302387 302466 302388 302466      2     80     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                   27.4   2.4e-10     1   0.6 174456 174520 174456 174498      1     43     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                    1.4     0.033     4   0.4 304029 304108 304060 304106     27     74     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                   -8.4         1     2   5.8 197272 197342 197274 197341     12     79     MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
 #
 # Program:         hmmscan
-# Version:         3.2 (June 2018)
+# Version:         3.3 (Nov 2019)
 # Pipeline mode:   SEARCH
-# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_20.dat
+# Query file:      /tmp/tmpqydies2m/files/5/d/3/dataset_5d34ccc7-9920-470e-9f13-678ab2ecd29d.dat
 # Target file:     localref.hmm
-# Option settings: hmmscan --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_22.dat --domtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_23.dat --pfamtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_24.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 localref.hmm /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_20.dat 
-# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/21/working
-# Date:            Fri Jun  8 12:17:53 2018
+# Option settings: hmmscan --tblout /tmp/tmpqydies2m/files/1/d/a/dataset_1da10e33-3e1c-48fc-abfb-7e3c263ec0df.dat --domtblout /tmp/tmpqydies2m/files/7/2/3/dataset_723f3cf1-e0de-4616-aec7-dd16680f3be3.dat --pfamtblout /tmp/tmpqydies2m/files/7/3/4/dataset_734c7f25-0a22-431b-9a7a-58849fcd6009.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 localref.hmm /tmp/tmpqydies2m/files/5/d/3/dataset_5d34ccc7-9920-470e-9f13-678ab2ecd29d.dat 
+# Current dir:     /tmp/tmpqydies2m/job_working_directory/000/8/working
+# Date:            Thu May 14 18:53:22 2020
 # [ok]
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/MADE1.out.tblout
--- a/test-data/MADE1.out.tblout Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/MADE1.out.tblout Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
@@ -1,14 +1,14 @@
 #                                                                         --- full sequence ---- --- best 1 domain ---- --- domain number estimation ----
 # target name        accession   query name                    accession    E-value  score  bias   E-value  score  bias   exp reg clu  ov env dom rep inc description of target
 #-------------------  ----------          -------------------- ---------- --------- ------ ----- --------- ------ -----   --- --- --- --- --- --- --- --- ---------------------
-MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -            5.7e-18   51.8  27.9     2e-12   34.1   0.7   9.6   5   0   0   5   5   5   2 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
+MADE1                DF0000629.2 humanchr1/239220001-239550000 -            9.3e-18   51.2  26.3   1.3e-12   34.8   0.7   8.6   4   0   0   4   4   4   2 MADE1 (MAriner Derived Element 1), a TcMar-Mariner DNA transposon
 #
 # Program:         hmmscan
-# Version:         3.2 (June 2018)
+# Version:         3.3 (Nov 2019)
 # Pipeline mode:   SCAN
-# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_20.dat
+# Query file:      /tmp/tmpqydies2m/files/5/d/3/dataset_5d34ccc7-9920-470e-9f13-678ab2ecd29d.dat
 # Target file:     localref.hmm
-# Option settings: hmmscan --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_22.dat --domtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_23.dat --pfamtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_24.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 localref.hmm /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_20.dat 
-# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/21/working
-# Date:            Fri Jun  8 12:17:53 2018
+# Option settings: hmmscan --tblout /tmp/tmpqydies2m/files/1/d/a/dataset_1da10e33-3e1c-48fc-abfb-7e3c263ec0df.dat --domtblout /tmp/tmpqydies2m/files/7/2/3/dataset_723f3cf1-e0de-4616-aec7-dd16680f3be3.dat --pfamtblout /tmp/tmpqydies2m/files/7/3/4/dataset_734c7f25-0a22-431b-9a7a-58849fcd6009.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 localref.hmm /tmp/tmpqydies2m/files/5/d/3/dataset_5d34ccc7-9920-470e-9f13-678ab2ecd29d.dat 
+# Current dir:     /tmp/tmpqydies2m/job_working_directory/000/8/working
+# Date:            Thu May 14 18:53:22 2020
 # [ok]
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/globins-45-align.sto
--- a/test-data/globins-45-align.sto Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/globins-45-align.sto Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
b
b'@@ -13,47 +13,47 @@\n MYG_MOUSE          g--LSDGEWQLVLNVWGKVEADLAGHGQEVLIGLFKTHPETLDKFDKFKNLKSEEDMKGSEDLKKHGCTVLTALGTILKK-KGQHAAEIQPLAQSHATKHKIPVKYLEFISEIIIEVLKKRHSGDFGADAQGAMSKALELFRNDIAAKYKelgfqg\n #=GR MYG_MOUSE  PP 8..89***************************************************************************.99******************************************************************7******\n MYG_MUSAN          v------DWEKVNSVWSAVESDLTAIGQNILLRLFEQYPESQNHFPKFKNKS-LGELKDTADIKAQADTVLSALGNIVKK-KGSHSQPVKALAATHITTHKIPPHYFTKITTIAVDVLSEMYPSEMNAQVQAAFSGAFKIICSDIEKEYKaanfqg\n-#=GR MYG_MUSAN  PP 7......89***************************************9877.89*************************.99****************************************************************997******\n+#=GR MYG_MUSAN  PP 7......89***************************************9877.99*************************.99****************************************************************997******\n HBA_AILME          .-VLSPADKTNVKATWDKIGGHAGEYGGEALERTFASFPTTKTYFPHF-DLS-----PGSAQVKAHGKKVADALTTAVGHLD-DLPGALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLASHHPAEFTPAVHASLDKFFSAVSTVLTSKYR......\n-#=GR HBA_AILME  PP ..69********************************************.9**.....9***********************9.******************************************************************7......\n+#=GR HBA_AILME  PP ..69********************************************.***.....9************************.******************************************************************7......\n HBA_PROLO          .-VLSPADKANIKATWDKIGGHAGEYGGEALERTFASFPTTKTYFPHF-DLS-----PGSAQVKAHGKKVADALTLAVGHLD-DLPGALSALSDLHAYKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLACHHPAEFTPAVHASLDKFFTSVSTVLTSKYR......\n-#=GR HBA_PROLO  PP ..69********************************************.9**.....9***********************9.******************************************************************7......\n+#=GR HBA_PROLO  PP ..69********************************************.***.....9************************.******************************************************************7......\n HBA_PAGLA          .-VLSSADKNNIKATWDKIGSHAGEYGAEALERTFISFPTTKTYFPHF-DLS-----HGSAQVKAHGKKVADALTLAVGHLE-DLPNALSALSDLHAYKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLACHHPAEFTPAVHSALDKFFSAVSTVLTSKYR......\n #=GR HBA_PAGLA  PP ..69********************************************.***.....***********************98.9*****************************************************************7......\n HBA_MACFA          .-VLSPADKTNVKAAWGKVGGHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS-----HGSAQVKGHGKKVADALTLAVGHVD-DMPQALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR......\n-#=GR HBA_MACFA  PP ..69********************************************.***.....************************9.******************************************************************7......\n+#=GR HBA_MACFA  PP ..69********************************************.***.....*************************.******************************************************************7......\n HBA_MACSI          .-VLSPADKTNVKDAWGKVGGHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS-----HGSAQVKGHGKKVADALTLAVGHVD-DMPQALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR......\n-#=GR HBA_MACSI  PP ..69********************************************.***.....************************9.******************************************************************7......\n+#=GR HBA_MACSI  PP ..69********************************************.***.....*************************.******************************************************************7......\n HBA_PONPY          .-VLSPADKTNVKTAWGKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS-----HGSAQVKDHGKKVADALTNAVAHVD-DMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR......\n-#=GR HBA_PONPY  PP ..69********************************************.***.....************************9.******************************************************************7......\n+#=GR HBA_PONPY  PP ..69********************************************.***.....*************************.******************************************************************7......\n HBA2_GALCR         .-VLSPTDKSNVKAAWEKVGAHAGDYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS-----HGSTQVKG'..b'**********.******************************************************************7......\n HBB_RABIT          .VHLSSEEKSAVTALWGKV--NVEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSSANAVMNNPKVKAHGKKVLAAFSEGLSHLD-NLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVIVLSHHFGKEFTPQVQAAYQKVVAGVANALAHKYH......\n #=GR HBB_RABIT  PP .69****************..*************************************************************.******************************************************************7......\n HBB_TUPGL          .VHLSGEEKAAVTGLWGKV--DLEKVGGQSLGSLLIVYPWTQRFFDSFGDLSSPSAVMSNPKVKAHGKKVLTSFSDGLNHLD-NLKGTFAKLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVRVLACNFGPEFTPQVQAAFQKVVAGVANALAHKYH......\n@@ -79,15 +79,15 @@\n HBB_TRIIN          .VHLTPEEKALVIGLWAKV--NVKEYGGEALGRLLVVYPWTQRFFEHFGDLSSASAIMNNPKVKAHGEKVFTSFGDGLKHLE-DLKGAFAELSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLARHFGKEFSPEAQAAYQKVVAGVANALAHKYH......\n #=GR HBB_TRIIN  PP .69****************..***********************************************************98.9*****************************************************************7......\n HBB_COLLI          v-HWSAEEKQLITSIWGKV--NVADCGAEALARLLIVYPWTQRFFSSFGNLSSATAISGNPNVKAHGKKVLTSFGDAVKNLD-NIKGTFAQLSELHCDKLHVDPENFRLLGDILVIILAAHFGKDFTPECQAAWQKLVRVVAHALARKYH......\n-#=GR HBB_COLLI  PP 5.779**************..*************************************************************.******************************************************************7......\n+#=GR HBB_COLLI  PP 5.789**************..*************************************************************.******************************************************************7......\n HBB_LARRI          v-HWSAEEKQLITGLWGKV--NVADCGAEALARLLIVYPWTQRFFASFGNLSSPTAINGNPMVRAHGKKVLTSFGEAVKNLD-NIKNTFAQLSELHCDKLHVDPENFRLLGDILIIVLAAHFAKDFTPDSQAAWQKLVRVVAHALARKYH......\n-#=GR HBB_LARRI  PP 5.779**************..*************************************************************.******************************************************************7......\n+#=GR HBB_LARRI  PP 5.789**************..*************************************************************.******************************************************************7......\n HBB1_VAREX         v-HWTAEEKQLICSLWGKI--DVGLIGGETLAGLLVIYPWTQRQFSHFGNLSSPTAIAGNPRVKAHGKKVLTSFGDAIKNLD-NIKDTFAKLSELHCDKLHVDPTNFKLLGNVLVIVLADHHGKEFTPAHHAAYQKLVNVVSHSLARRYH......\n #=GR HBB1_VAREX PP 6.6799*************..*************************************************************.******************************************************************7......\n HBB2_XENTR         v-HWTAEEKATIASVWGKV--DIEQDGHDALSRLLVVYPWTQRYFSSFGNLSNVSAVSGNVKVKAHGNKVLSAVGSAIQHLD-DVKSHLKGLSKSHAEDLHVDPENFKRLADVLVIVLAAKLGSAFTPQVQAVWEKLNATLVAALSHGY-f.....\n-#=GR HBB2_XENTR PP 6.6799*************..************************************************************9.9*************************************************************9988.9.....\n+#=GR HBB2_XENTR PP 6.6799*************..*************************************************************.**************************************************************9988.9.....\n HBBL_RANCA         v-HWTAEEKAVINSVWQKV--DVEQDGHEALTRLFIVYPWTQRYFSTFGDLSSPAAIAGNPKVHAHGKKILGAIDNAIHNLD-DVKGTLHDLSEEHANELHVDPENFRRLGEVLIVVLGAKLGKAFSPQVQHVWEKFIAVLVDALSHSYH......\n-#=GR HBBL_RANCA PP 6.6799*************..************************************************************9.9*****************************************************************7......\n+#=GR HBBL_RANCA PP 6.6799*************..*************************************************************.******************************************************************7......\n HBB2_TRICR         .VHLTAEDRKEIAAILGKV--NVDSLGGQCLARLIVVNPWSRRYFHDFGDLSSCDAICRNPKVLAHGAKVMRSIVEATKHLD-NLREYYADLSVTHSLKFYVDPENFKLFSGIVIVCLALTLQTDFSCHKQLAFEKLMKGVSHALGHGY-......\n #=GR HBB2_TRICR PP .69****************..*************************************************************.**************************************************************9988.......\n #=GC PP_cons       .679*****************************************************************************99******************************************************************7......\n'
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/globins-masked.sto
--- a/test-data/globins-masked.sto Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/globins-masked.sto Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
b
@@ -1,9 +1,9 @@
 # STOCKHOLM 1.0
 
-#=GS HBB_HUMAN  WT 0.91
-#=GS HBA_HUMAN  WT 0.82
-#=GS MYG_PHYCA  WT 1.13
-#=GS GLB5_PETMA WT 1.14
+#=GS HBB_HUMAN  WT 0.97
+#=GS HBA_HUMAN  WT 0.89
+#=GS MYG_PHYCA  WT 1.11
+#=GS GLB5_PETMA WT 1.03
 
 HBB_HUMAN  --------VHLTPEEKSAVTALWGKV----NVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHL---D--NLKGTFATLSELHCDKL--HVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH------
 HBA_HUMAN  ---------VLSPADKTNVKAAWGKVGA--HAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHF-DLS-----HGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHV---D--DMPNALSALSDLHAHKL--RVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR------
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/globins.domtblout
--- a/test-data/globins.domtblout Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/globins.domtblout Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
@@ -1,15 +1,15 @@
-#                                                                            --- full sequence --- -------------- this domain -------------   hmm coord   ali coord   env coord
-# target name        accession   tlen query name           accession   qlen   E-value  score  bias   #  of  c-Evalue  i-Evalue  score  bias  from    to  from    to  from    to  acc description of target
-#------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- ---------------------
-sp|P02185|MYG_PHYCD  -            154 dataset_x            -            149   1.8e-70  222.7   3.2   1   1     2e-70     2e-70  222.6   3.2     2   149     2   148     1   148 0.99 Myoglobin OS=Physeter catodon GN=MB PE=1 SV=2
-sp|P02024|HBB_GORGO  -            147 dataset_x            -            149   9.2e-69  217.2   0.1   1   1     1e-68     1e-68  217.0   0.1     1   149     2   147     2   147 0.99 Hemoglobin subunit beta OS=Gorilla gorilla gorilla GN=HBB PE=1 SV=2
+#                                                                                                    --- full sequence --- -------------- this domain -------------   hmm coord   ali coord   env coord
+# target name        accession   tlen query name                                   accession   qlen   E-value  score  bias   #  of  c-Evalue  i-Evalue  score  bias  from    to  from    to  from    to  acc description of target
+#------------------- ---------- -----                         -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- ---------------------
+sp|P02024|HBB_GORGO  -            147 dataset_a435d3bd-3e95-4c54-859f-736e9bc413b2 -            149   1.3e-70  223.2   0.1   1   1   1.4e-70   1.4e-70  223.0   0.1     1   149     2   147     2   147 0.99 Hemoglobin subunit beta OS=Gorilla gorilla gorilla GN=HBB PE=1 SV=2
+sp|P02185|MYG_PHYCD  -            154 dataset_a435d3bd-3e95-4c54-859f-736e9bc413b2 -            149   5.8e-70  221.1   3.3   1   1   6.4e-70   6.4e-70  220.9   3.3     2   149     2   148     1   148 0.99 Myoglobin OS=Physeter catodon GN=MB PE=1 SV=2
 #
 # Program:         hmmsearch
-# Version:         3.2 (June 2018)
+# Version:         3.3 (Nov 2019)
 # Pipeline mode:   SEARCH
-# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_25.dat
-# Target file:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_26.dat
-# Option settings: hmmsearch --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_28.dat --domtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_29.dat --pfamtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_30.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_25.dat /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_26.dat
-# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/24/working
-# Date:            Fri Jun  8 12:18:13 2018
+# Query file:      /tmp/tmpqydies2m/files/6/d/6/dataset_6d69e63c-e7d8-450d-b7f8-3e08a51472f0.dat
+# Target file:     /tmp/tmpqydies2m/files/8/2/8/dataset_8282288a-91ea-4a46-89c2-d1f3b4e67c52.dat
+# Option settings: hmmsearch --tblout /tmp/tmpqydies2m/files/4/6/b/dataset_46bff7ad-a6de-481d-adb4-50ccab8aacb8.dat --domtblout /tmp/tmpqydies2m/files/b/2/5/dataset_b258e52b-de8c-4e23-86d8-c69ebf229c95.dat --pfamtblout /tmp/tmpqydies2m/files/f/b/8/dataset_fb8cde04-dee0-4b38-9125-bf4766986c0c.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpqydies2m/files/6/d/6/dataset_6d69e63c-e7d8-450d-b7f8-3e08a51472f0.dat /tmp/tmpqydies2m/files/8/2/8/dataset_8282288a-91ea-4a46-89c2-d1f3b4e67c52.dat 
+# Current dir:     /tmp/tmpqydies2m/job_working_directory/000/11/working
+# Date:            Thu May 14 18:54:00 2020
 # [ok]
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/globins.pfamtblout
--- a/test-data/globins.pfamtblout Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/globins.pfamtblout Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
@@ -3,23 +3,23 @@
 #
 # name                  bits   E-value   n   exp  bias    description
 # ------------------- ------ --------- --- ----- -----    ---------------------
-sp|P02185|MYG_PHYCD    222.7   1.8e-70   1   1.0   3.2    Myoglobin OS=Physeter catodon GN=MB PE=1 SV=2
-sp|P02024|HBB_GORGO    217.2   9.2e-69   1   1.0   0.1    Hemoglobin subunit beta OS=Gorilla gorilla gorilla GN=HBB PE=1 SV=2
+sp|P02024|HBB_GORGO    223.2   1.3e-70   1   1.0   0.1    Hemoglobin subunit beta OS=Gorilla gorilla gorilla GN=HBB PE=1 SV=2
+sp|P02185|MYG_PHYCD    221.1   5.8e-70   1   1.0   3.3    Myoglobin OS=Physeter catodon GN=MB PE=1 SV=2
 
 # Domain scores
 # -------------
 #
 #  name                 bits   E-value   hit  bias env-st env-en ali-st ali-en hmm-st hmm-en     description
 # ------------------- ------ --------- ----- ----- ------ ------ ------ ------ ------ ------      ---------------------
-sp|P02185|MYG_PHYCD    222.6     2e-70     1   3.2      1    148      2    148      2    149     Myoglobin OS=Physeter catodon GN=MB PE=1 SV=2
-sp|P02024|HBB_GORGO    217.0     1e-68     1   0.1      2    147      2    147      1    149     Hemoglobin subunit beta OS=Gorilla gorilla gorilla GN=HBB PE=1 SV=2
+sp|P02024|HBB_GORGO    223.0   1.4e-70     1   0.1      2    147      2    147      1    149     Hemoglobin subunit beta OS=Gorilla gorilla gorilla GN=HBB PE=1 SV=2
+sp|P02185|MYG_PHYCD    220.9   6.4e-70     1   3.3      1    148      2    148      2    149     Myoglobin OS=Physeter catodon GN=MB PE=1 SV=2
 #
 # Program:         hmmsearch
-# Version:         3.2 (June 2018)
+# Version:         3.3 (Nov 2019)
 # Pipeline mode:   SEARCH
-# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_25.dat
-# Target file:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_26.dat
-# Option settings: hmmsearch --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_28.dat --domtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_29.dat --pfamtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_30.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_25.dat /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_26.dat 
-# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/24/working
-# Date:            Fri Jun  8 12:18:13 2018
+# Query file:      /tmp/tmpqydies2m/files/6/d/6/dataset_6d69e63c-e7d8-450d-b7f8-3e08a51472f0.dat
+# Target file:     /tmp/tmpqydies2m/files/8/2/8/dataset_8282288a-91ea-4a46-89c2-d1f3b4e67c52.dat
+# Option settings: hmmsearch --tblout /tmp/tmpqydies2m/files/4/6/b/dataset_46bff7ad-a6de-481d-adb4-50ccab8aacb8.dat --domtblout /tmp/tmpqydies2m/files/b/2/5/dataset_b258e52b-de8c-4e23-86d8-c69ebf229c95.dat --pfamtblout /tmp/tmpqydies2m/files/f/b/8/dataset_fb8cde04-dee0-4b38-9125-bf4766986c0c.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpqydies2m/files/6/d/6/dataset_6d69e63c-e7d8-450d-b7f8-3e08a51472f0.dat /tmp/tmpqydies2m/files/8/2/8/dataset_8282288a-91ea-4a46-89c2-d1f3b4e67c52.dat 
+# Current dir:     /tmp/tmpqydies2m/job_working_directory/000/11/working
+# Date:            Thu May 14 18:54:00 2020
 # [ok]
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/globins.tblout
--- a/test-data/globins.tblout Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/globins.tblout Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
@@ -1,15 +1,15 @@
-#                                                               --- full sequence ---- --- best 1 domain ---- --- domain number estimation ----
-# target name        accession  query name           accession    E-value  score  bias   E-value  score  bias   exp reg clu  ov env dom rep inc description of target
-#------------------- ---------- -------------------- ---------- --------- ------ ----- --------- ------ -----   --- --- --- --- --- --- --- --- ---------------------
-sp|P02185|MYG_PHYCD  -          dataset_x            -            1.8e-70  222.7   3.2     2e-70  222.6   3.2   1.0   1   0   0   1   1   1   1 Myoglobin OS=Physeter catodon GN=MB PE=1 SV=2
-sp|P02024|HBB_GORGO  -          dataset_x            -            9.2e-69  217.2   0.1     1e-68  217.0   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 Hemoglobin subunit beta OS=Gorilla gorilla gorilla GN=HBB PE=1 SV=2
+#                                                                                       --- full sequence ---- --- best 1 domain ---- --- domain number estimation ----
+# target name        accession  query name                                   accession    E-value  score  bias   E-value  score  bias   exp reg clu  ov env dom rep inc description of target
+#------------------- ----------                         -------------------- ---------- --------- ------ ----- --------- ------ -----   --- --- --- --- --- --- --- --- ---------------------
+sp|P02024|HBB_GORGO  -          dataset_a435d3bd-3e95-4c54-859f-736e9bc413b2 -            1.3e-70  223.2   0.1   1.4e-70  223.0   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 Hemoglobin subunit beta OS=Gorilla gorilla gorilla GN=HBB PE=1 SV=2
+sp|P02185|MYG_PHYCD  -          dataset_a435d3bd-3e95-4c54-859f-736e9bc413b2 -            5.8e-70  221.1   3.3   6.4e-70  220.9   3.3   1.0   1   0   0   1   1   1   1 Myoglobin OS=Physeter catodon GN=MB PE=1 SV=2
 #
 # Program:         hmmsearch
-# Version:         3.2 (June 2018)
+# Version:         3.3 (Nov 2019)
 # Pipeline mode:   SEARCH
-# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_25.dat
-# Target file:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_26.dat
-# Option settings: hmmsearch --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_28.dat --domtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_29.dat --pfamtblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_30.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_25.dat /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_26.dat
-# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/24/working
-# Date:            Fri Jun  8 12:18:13 2018
+# Query file:      /tmp/tmpqydies2m/files/6/d/6/dataset_6d69e63c-e7d8-450d-b7f8-3e08a51472f0.dat
+# Target file:     /tmp/tmpqydies2m/files/8/2/8/dataset_8282288a-91ea-4a46-89c2-d1f3b4e67c52.dat
+# Option settings: hmmsearch --tblout /tmp/tmpqydies2m/files/4/6/b/dataset_46bff7ad-a6de-481d-adb4-50ccab8aacb8.dat --domtblout /tmp/tmpqydies2m/files/b/2/5/dataset_b258e52b-de8c-4e23-86d8-c69ebf229c95.dat --pfamtblout /tmp/tmpqydies2m/files/f/b/8/dataset_fb8cde04-dee0-4b38-9125-bf4766986c0c.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpqydies2m/files/6/d/6/dataset_6d69e63c-e7d8-450d-b7f8-3e08a51472f0.dat /tmp/tmpqydies2m/files/8/2/8/dataset_8282288a-91ea-4a46-89c2-d1f3b4e67c52.dat 
+# Current dir:     /tmp/tmpqydies2m/job_working_directory/000/11/working
+# Date:            Thu May 14 18:54:00 2020
 # [ok]
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/globins4.hmm
--- a/test-data/globins4.hmm Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/globins4.hmm Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
b'@@ -1,5 +1,5 @@\n-HMMER3/f [3.2 | June 2018]\n-NAME  dataset_6\n+HMMER3/f [3.3 | Nov 2019]\n+NAME  dataset_a435d3bd-3e95-4c54-859f-736e9bc413b2\n LENG  149\n ALPH  amino\n RF    no\n@@ -7,463 +7,463 @@\n CONS  yes\n CS    no\n MAP   yes\n-DATE  Fri Jun  8 12:16:18 2018\n+DATE  Thu May 14 18:27:55 2020\n NSEQ  4\n EFFN  0.964844\n CKSUM 2027839109\n-STATS LOCAL MSV       -9.7726  0.70957\n-STATS LOCAL VITERBI  -10.7883  0.70957\n-STATS LOCAL FORWARD   -4.5789  0.70957\n+STATS LOCAL MSV       -9.7384  0.70955\n+STATS LOCAL VITERBI  -10.7806  0.70955\n+STATS LOCAL FORWARD   -4.5807  0.70955\n HMM          A        C        D        E        F        G        H        I        K        L        M        N        P        Q        R        S        T        V        W        Y   \n             m->m     m->i     m->d     i->m     i->i     d->m     d->d\n-  COMPO   2.36553  4.52577  2.96709  2.70473  3.20818  3.02239  3.41069  2.90041  2.55332  2.35210  3.67329  3.19812  3.45595  3.16091  3.07934  2.66722  2.85475  2.56965  4.55393  3.62921\n-          2.68640  4.42247  2.77497  2.73145  3.46376  2.40504  3.72516  3.29302  2.67763  2.69377  4.24712  2.90369  2.73719  3.18168  2.89823  2.37879  2.77497  2.98431  4.58499  3.61525\n-          0.57544  1.78073  1.31293  1.75577  0.18968  0.00000        *\n-      1   1.70038  4.17733  3.76164  3.36686  3.72281  3.29583  4.27570  2.40482  3.29230  2.54324  3.63799  3.55099  3.93183  3.61602  3.56580  2.71897  2.84104  1.67328  5.32720  4.10031      9 v - - -\n+  COMPO   2.36800  4.52198  2.96929  2.70577  3.20715  3.01836  3.40293  2.90711  2.55482  2.34699  3.67768  3.19591  3.45289  3.16361  3.08198  2.67062  2.85417  2.56574  4.55599  3.63079\n+          2.68638  4.42245  2.77499  2.73143  3.46374  2.40505  3.72514  3.29307  2.67761  2.69375  4.24709  2.90366  2.73721  3.18166  2.89820  2.37880  2.77499  2.98440  4.58497  3.61523\n+          0.55970  1.87270  1.29132  1.73023  0.19509  0.00000        *\n+      1   1.75819  4.17850  3.77264  3.37715  3.71018  3.31297  4.28273  2.37054  3.30099  2.52201  3.62331  3.56321  3.94404  3.62536  3.57311  2.73559  2.84831  1.62714  5.32308  4.09587      9 v - - -\n           2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503\n-          0.03156  3.86736  4.58970  0.61958  0.77255  0.34406  1.23405\n-      2   2.62748  4.47174  3.31917  2.82619  3.63815  3.49607  2.75382  3.03401  2.75280  2.74783  3.65114  3.24714  2.62341  3.12082  3.11124  2.79244  2.89355  1.88003  5.06315  3.77128     10 v - - -\n+          0.03182  3.85936  4.58171  0.61958  0.77255  0.34183  1.23951\n+      2   2.62833  4.47006  3.32205  2.82847  3.63376  3.49826  2.70724  3.02941  2.75408  2.74418  3.64789  3.24903  2.69825  3.12221  3.11180  2.79427  2.89380  1.86602  5.05970  3.76787     10 v - - -\n           2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503\n           0.02321  4.17053  4.89288  0.61958  0.77255  0.48576  0.95510\n       3   3.50771  4.88753  4.66754  4.31907  3.27776  4.35743  4.88268  2.50779  4.08449  0.57907  3.22569  4.56607  4.74802  4.37991  4.20749  3.97946  3.79191  2.62059  5.25407  4.04279     11 L - - -\n           2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503\n           0.02321  4.17053  4.89288  0.61958  0.77255  0.48576  0.95510\n-      4   2.34080  4.28719  3.51550  3.22063  4.37406  3.06195  4.29366  3.74891  3.24370  3.47337  4.31943  3.39310  3.80273  3.56072  3.55390  1.08280  2.00280  3.23325  5.72380  4.49519     12 s - - -\n+      4   2.34111  4.28748  3.51587  3.21760  4.36970  3.06332  4.28987  3.74396  3.23937  3.46805  4.31385  3.39181  3.80269  3.55639  3.55063  1.10193  1.96408  3.'..b'.32906  4.22624    160 l - - -\n+    144   3.41562  4.71152  5.04825  4.51772  3.21713  4.71088  5.05924  1.61570  4.34688  0.89959  3.01777  4.76079  4.89439  4.48250  4.45829  4.09361  3.64777  2.14627  5.32798  4.22526    160 l - - -\n           2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503\n           0.02321  4.17053  4.89288  0.61958  0.77255  0.48576  0.95510\n-    145   1.66341  4.55765  3.29747  2.78822  4.09563  3.34088  3.86205  3.44543  2.60980  3.11452  3.96692  3.19039  3.87148  3.05878  2.16675  2.67137  2.29043  3.09965  5.38848  4.12438    161 a - - -\n+    145   1.64545  4.54507  3.30239  2.79573  4.08635  3.33530  3.86939  3.43545  2.62727  3.10791  3.96105  3.19477  3.86964  3.06898  2.22810  2.66738  2.25088  3.08980  5.38530  4.12191    161 a - - -\n           2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503\n           0.02321  4.17053  4.89288  0.61958  0.77255  0.48576  0.95510\n-    146   1.96741  4.60402  3.09101  2.67267  4.09875  3.30287  2.64764  3.55483  2.68845  3.18630  4.02165  3.11035  3.84730  3.04694  3.09548  1.72418  2.88008  3.18467  5.41006  4.09565    162 s - - -\n+    146   1.97930  4.60841  3.08761  2.66875  4.09801  3.30524  2.59926  3.55507  2.68392  3.18586  4.02113  3.10803  3.84781  3.04317  3.09131  1.74059  2.88109  3.18571  5.40870  4.09330    162 s - - -\n           2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503\n           0.02321  4.17053  4.89288  0.61958  0.77255  0.48576  0.95510\n-    147   2.02427  4.88556  3.14956  2.70898  4.40362  3.45865  3.80224  3.73109  1.30907  3.34916  4.21424  3.15279  3.95761  2.96243  2.65527  2.83485  3.06573  3.38348  5.54009  4.27566    163 k - - -\n+    147   2.07919  4.89791  3.15343  2.71272  4.41597  3.46550  3.80102  3.74225  1.27587  3.35721  4.22375  3.15594  3.96302  2.96045  2.63970  2.84441  3.07513  3.39525  5.54416  4.28193    163 k - - -\n           2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503\n           0.02321  4.17053  4.89288  0.61958  0.77255  0.48576  0.95510\n     148   3.70647  5.07328  4.29292  4.08736  2.37118  4.18885  3.80078  3.67800  3.93734  3.05218  4.32316  4.11065  4.65987  4.16910  4.05541  3.80923  3.99693  3.56378  4.02310  0.58497    164 Y - - -\n           2.68618  4.42225  2.77519  2.73123  3.46354  2.40513  3.72494  3.29354  2.67741  2.69355  4.24690  2.90347  2.73739  3.18146  2.89801  2.37887  2.77519  2.98518  4.58477  3.61503\n-          0.19360  4.17053  1.82902  0.61958  0.77255  0.48576  0.95510\n-    149   2.92198  5.11574  3.28049  2.65489  4.47826  3.59727  2.51142  3.88373  1.57593  3.35205  4.19259  3.10178  3.96579  2.72398  1.84611  2.91372  3.10363  3.55066  5.42147  4.18835    165 k - - -\n-          2.68634  4.42241  2.77536  2.73098  3.46370  2.40469  3.72511  3.29370  2.67757  2.69331  4.24706  2.90363  2.73756  3.18097  2.89817  2.37903  2.77536  2.98535  4.58493  3.61418\n-          0.22163  1.61553        *  1.50361  0.25145  0.00000        *\n+          0.17579  4.17053  1.92576  0.61958  0.77255  0.48576  0.95510\n+    149   2.93078  5.12630  3.29219  2.66308  4.49202  3.60568  2.46960  3.89623  1.58600  3.36230  4.20249  3.10939  3.97321  2.72893  1.82467  2.92177  3.11172  3.56247  5.42994  4.19803    165 k - - -\n+          2.68634  4.42241  2.77535  2.73098  3.46370  2.40469  3.72510  3.29370  2.67757  2.69331  4.24706  2.90363  2.73755  3.18098  2.89817  2.37903  2.77535  2.98534  4.58493  3.61420\n+          0.21295  1.65128        *  1.49930  0.25268  0.00000        *\n //\n'
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/globins4.hmm2
--- a/test-data/globins4.hmm2 Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/globins4.hmm2 Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
b'@@ -1,463 +1,463 @@\n-HMMER2.0  [converted from 3.2]\n-NAME  dataset_x\n+HMMER2.0  [converted from 3.3]\n+NAME  dataset_a435d3bd-3e95-4c54-859f-736e9bc413b2\n LENG  149\n ALPH  Amino\n RF    no\n CS    no\n MAP   yes\n NSEQ  4\n-DATE  Fri Jun  8 12:14:52 2018\n+DATE  Thu May 14 18:27:55 2020\n XT       -8455     -4  -1000  -1000  -8455     -4  -8455     -4\n NULT        -4  -8455\n NULE       656  -1722     98    419   -333    475  -1125    239    250    947  -1073   -271    -50   -338    114    451    113    430  -2131   -717\n HMM        A      C      D      E      F      G      H      I      K      L      M      N      P      Q      R      S      T      V      W      Y    \n          m->m   m->i   m->d   i->m   i->i   d->m   d->d   b->m   m->e\n-         -452      *  -1894\n-     1    1213     17  -1203   -954   -716   -908   -721    613   -677   -294    146   -530  -1300   -557   -936    -51    110   1478  -1232   -876     9\n+         -464      *  -1863\n+     1    1129     15  -1219   -969   -698   -933   -731    663   -690   -263    167   -548  -1318   -571   -947    -75    100   1545  -1226   -870     9\n      -    -210   -336    220    -37   -342    377     73   -669    210   -511   -732    404    423     70     27    439    205   -414   -161   -176\n-     -     -46  -5579  -6622   -894  -1115   -496  -1780   -830      *\n-     2    -125   -408   -565   -174   -594  -1197   1474   -294    101   -589    127    -92    587    157   -280   -157     35   1180   -851   -402    10\n+     -     -46  -5568  -6610   -894  -1115   -493  -1788   -807      *\n+     2    -126   -405   -569   -177   -588  -1200   1542   -288     99   -584    132    -94    479    155   -281   -160     34   1200   -846   -397    10\n      -    -210   -336    220    -37   -342    377     73   -669    210   -511   -732    404    423     70     27    439    205   -414   -161   -176\n      -     -33  -6017  -7059   -894  -1115   -701  -1378      *      *\n      3   -1395  -1008  -2510  -2328    -74  -2440  -1597    465  -1820   2540    741  -1995  -2478  -1659  -1862  -1870  -1262    112  -1127   -793    11\n      -    -210   -336    220    -37   -342    377     73   -669    210   -511   -732    404    423     70     27    439    205   -414   -161   -176\n      -     -33  -6017  -7059   -894  -1115   -701  -1378      *      *\n-     4     289   -142   -848   -743  -1656   -571   -747  -1326   -607  -1636   -837   -302  -1114   -477   -919   2309   1320   -772  -1805  -1446    12\n+     4     288   -142   -849   -739  -1650   -573   -742  -1318   -601  -1628   -829   -300  -1114   -471   -914   2281   1375   -768  -1798  -1440    12\n      -    -210   -336    220    -37   -342    377     73   -669    210   -511   -732    404    423     70     27    439    205   -414   -161   -176\n      -     -33  -6017  -7059   -894  -1115   -701  -1378      *      *\n-     5     720   -996    226   1127  -1586   -967    -12  -1304    294  -1444   -615    312   1227    410   -230    -28    -73   -956  -1580  -1047    13\n+     5     656  -1000    234   1120  -1593   -966    -18  -1310    287  -1451   -624    312   1325    404   -236    -33    -80   -962  -1587  -1054    13\n      -    -210   -336    220    -37   -342    377     73   -669    210   -511   -732    404    423     70     27    439    205   -414   -161   -176\n      -     -33  -6017  -7059   -894  -1115   -701  -1378      *      *\n-     6    1244   -874    206   1010  -1620    576   -107  -1345    147  -1501   -674    266  -1190    296   -376     -7    -70   -965  -1639  -1121    14\n+     6    1216   -894    221   1056  -1629    550    -98  -1356    158  -1507   -679    275  -1191    308   -368     -9    -73   -976  -1643  -1121    14\n      -    -210   -336    220    -37   -342    377     73   -669    210   -511   -732    404    423     70     27    439    205   -414   -161   -176\n      -     -33  -6017  -7059   -894  -1115   -701  -1378      *      *\n-     7    -745  -2093   1647   2364  -2459   -934   -132  -2349    -97  -2327  -1544    585  -131'..b'   -756   -254    193  -1049  -1172    102    387   1098   -915   -119   1037  -1230    496     48    -56    747   -464  -1128   -670   158\n      -    -210   -336    220    -37   -342    377     73   -669    210   -511   -732    404    423     70     27    439    205   -414   -161   -176\n      -     -33  -6017  -7059   -894  -1115   -701  -1378      *      *\n-   143     467   -487    684    -64   -734  -1258    -97    -55     94    245    137    -40  -1333    214   -362   -170     31    653   -999   -576   159\n+   143     505   -486    667    -64   -738  -1256    -96    -54     95    180    133    -40  -1332    215   -361   -167     33    692  -1001   -577   159\n      -    -210   -336    220    -37   -342    377     73   -669    210   -511   -732    404    423     70     27    439    205   -414   -161   -176\n      -     -33  -6017  -7059   -894  -1115   -701  -1378      *      *\n-   144   -1260   -751  -3060  -2615     11  -2949  -1853   1765  -2200   2070   1039  -2276  -2689  -1809  -2225  -2034  -1052    801  -1235  -1058   160\n+   144   -1262   -754  -3059  -2614     13  -2950  -1852   1752  -2199   2077   1041  -2275  -2689  -1807  -2224  -2035  -1054    796  -1234  -1057   160\n      -    -210   -336    220    -37   -342    377     73   -669    210   -511   -732    404    423     70     27    439    205   -414   -161   -176\n      -     -33  -6017  -7059   -894  -1115   -701  -1378      *      *\n-   145    1266   -532   -534   -119  -1254   -973   -124   -888    307  -1118   -328    -10  -1213    247   1082     17    905   -579  -1321   -911   161\n+   145    1292   -514   -541   -130  -1241   -965   -135   -873    282  -1109   -320    -16  -1211    232    994     23    962   -565  -1316   -908   161\n      -    -210   -336    220    -37   -342    377     73   -669    210   -511   -732    404    423     70     27    439    205   -414   -161   -176\n      -     -33  -6017  -7059   -894  -1115   -701  -1378      *      *\n-   146     827   -599   -236     48  -1259   -918   1628  -1046    194  -1222   -407    106  -1178    264   -258   1384     54   -702  -1352   -870   162\n+   146     810   -605   -231     53  -1258   -922   1697  -1046    200  -1221   -407    109  -1179    269   -252   1360     53   -704  -1350   -866   162\n      -    -210   -336    220    -37   -342    377     73   -669    210   -511   -732    404    423     70     27    439    205   -414   -161   -176\n      -     -33  -6017  -7059   -894  -1115   -701  -1378      *      *\n-   147     745  -1005   -320     -5  -1699  -1143    -38  -1300   2184  -1457   -685     44  -1338    386    378   -219   -214   -989  -1540  -1129   163\n+   147     666  -1023   -326    -10  -1716  -1153    -36  -1316   2232  -1468   -699     40  -1345    389    400   -232   -227  -1006  -1545  -1138   163\n      -    -210   -336    220    -37   -342    377     73   -669    210   -511   -732    404    423     70     27    439    205   -414   -161   -176\n      -     -33  -6017  -7059   -894  -1115   -701  -1378      *      *\n    148   -1682  -1276  -1970  -1993   1234  -2197    -36  -1223  -1608  -1028   -842  -1338  -2351  -1355  -1642  -1624  -1557  -1249    649   4195   164\n      -    -210   -336    220    -37   -342    377     73   -669    210   -511   -732    404    423     70     27    439    205   -414   -161   -176\n-     -    -279  -6017  -2639   -894  -1115   -701  -1378      *      *\n-   149    -550  -1337   -509     73  -1806  -1343   1824  -1520   1799  -1461   -654    118  -1349    730   1545   -332   -269  -1230  -1368  -1003   165\n+     -    -254  -6017  -2778   -894  -1115   -701  -1378      *      *\n+   149    -562  -1352   -526     61  -1826  -1355   1884  -1538   1784  -1476   -668    107  -1360    723   1576   -344   -280  -1247  -1381  -1017   165\n      -       *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *\n      -       *      *      *      *      *      *      *      *      0\n //\n'
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/jackhmmer.domtblout
--- a/test-data/jackhmmer.domtblout Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/jackhmmer.domtblout Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
b'@@ -46,58 +46,58 @@\n HBA4_SALIR           -            142 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            154   5.3e-56  180.0   0.1   1   1   5.9e-56   5.9e-56  179.9   0.1     3   148     2   142     1   142 0.99 -\n MYG_MUSAN            -            148 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            154   2.5e-54  174.6   0.4   1   1   2.8e-54   2.8e-54  174.5   0.4     7   154     2   148     1   148 0.99 -\n HBB2_TRICR           -            145 sp|P02185|MYG_PHYCD  -            154     2e-52  168.4   0.0   1   1   2.2e-52   2.2e-52  168.3   0.0     3   147     3   145     1   145 0.99 -\n-HBB_MANSP            -            146 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   3.6e-74  238.9   0.1   1   1     4e-74     4e-74  238.8   0.1     2   147     1   146     1   146 1.00 -\n-HBB_URSMA            -            146 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   1.7e-73  236.7   0.3   1   1   1.9e-73   1.9e-73  236.6   0.3     2   147     1   146     1   146 1.00 -\n-HBB_RABIT            -            146 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   2.2e-72  233.1   0.8   1   1   2.4e-72   2.4e-72  233.0   0.8     2   147     1   146     1   146 1.00 -\n-HBB_SUNMU            -            146 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   5.4e-72  231.8   0.1   1   1     6e-72     6e-72  231.7   0.1     2   147     1   146     1   146 1.00 -\n-HBB_CALAR            -            146 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147     7e-72  231.5   0.2   1   1   7.7e-72   7.7e-72  231.3   0.2     2   147     1   146     1   146 1.00 -\n-HBB_COLLI            -            146 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   9.6e-72  231.0   0.0   1   1   1.1e-71   1.1e-71  230.9   0.0     2   147     1   146     1   146 1.00 -\n-HBB_TACAC            -            146 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   2.5e-71  229.7   0.4   1   1   2.8e-71   2.8e-71  229.6   0.4     2   147     1   146     1   146 1.00 -\n-HBE_PONPY            -            146 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   4.8e-71  228.8   0.4   1   1   5.3e-71   5.3e-71  228.6   0.4     2   147     1   146     1   146 1.00 -\n-HBB_EQUHE            -            146 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   5.1e-71  228.7   0.2   1   1   5.7e-71   5.7e-71  228.5   0.2     2   147     1   146     1   146 0.99 -\n-HBB_SPECI            -            146 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   1.3e-70  227.3   1.0   1   1   1.5e-70   1.5e-70  227.2   1.0     2   147     1   146     1   146 1.00 -\n-HBB_SPETO            -            146 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147     2e-70  226.8   0.6   1   1   2.2e-70   2.2e-70  226.6   0.6     2   147     1   146     1   146 1.00 -\n-HBB_TRIIN            -            146 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   3.7e-70  225.9   0.1   1   1   4.1e-70   4.1e-70  225.8   0.1     2   147     1   146     1   146 1.00 -\n-HBB_ORNAN            -            146 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   4.1e-70  225.7   0.0   1   1   4.6e-70   4.6e-70  225.6   0.0     2   147     1   146     1   146 1.00 -\n-HBB_LARRI            -            146 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   5.7e-70  225.3   0.0   1   1   6.4e-70   6.4e-70  225.1   0.0     2   147     1   146     1   146 1.00 -\n-HBB_TUPGL            -            146 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   1.8e-68  220.5   0.0   1   1   1.9e-68   1.9e-68  220.3   0.0     2   147     1   146     1   146 1.00 -\n-HBB1_VAREX           -            146 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   1.5e-67  217.4   0.1   1   1   1.7e-67   1.7e-67  217.3   0.1     2   147     1   146     1   146 1.00 -\n-HBBL_RANCA           -            146 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   7.8e-64  205.4   0.3   1   1   8.7e-64   8.7e-64  205.2   0.3     2   147     1   146     1   146 1.00 -\n-HBA_MESAU            -            141 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   4.5e-63  202.9   0.3   1   1     5e-63     5e-63  202.8   0.3     4   146     2   140     1   141 0.99 -\n-HBB2_XENTR           -            146 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147     2e-62  200.8   0.8   1   1   2.3e-'..b'   140     1   141 0.98 -\n+HBAD_CHLME           -            141 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147     6e-59  189.5   0.5   1   1   6.6e-59   6.6e-59  189.4   0.5     4   146     2   140     1   141 0.98 -\n+HBAZ_HORSE           -            141 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   2.2e-58  187.7   0.1   1   1   2.5e-58   2.5e-58  187.5   0.1     4   146     2   140     1   141 0.98 -\n+HBAD_PASMO           -            141 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   2.4e-58  187.6   0.1   1   1   2.7e-58   2.7e-58  187.4   0.1     4   146     2   140     1   141 0.98 -\n+HBA_COLLI            -            141 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   2.5e-58  187.5   0.2   1   1   2.8e-58   2.8e-58  187.4   0.2     4   146     2   140     1   141 0.98 -\n+HBB2_TRICR           -            145 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   1.9e-56  181.4   0.0   1   1   2.2e-56   2.2e-56  181.2   0.0     2   146     1   145     1   145 1.00 -\n+HBA4_SALIR           -            142 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   5.3e-56  180.0   0.1   1   1   5.8e-56   5.8e-56  179.8   0.1     4   146     2   141     1   142 0.98 -\n+MYG_LYCPI            -            153 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   9.5e-56  179.1   1.8   1   1   1.1e-55   1.1e-55  179.0   1.8     4   146     2   146     1   147 0.97 -\n+MYG_SAISC            -            153 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   1.3e-55  178.7   1.0   1   1   1.4e-55   1.4e-55  178.6   1.0     4   146     2   146     1   147 0.98 -\n+MYG_ESCGI            -            153 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   3.1e-55  177.5   2.2   1   1   3.4e-55   3.4e-55  177.3   2.2     4   146     2   146     1   147 0.97 -\n+MYG_PROGU            -            153 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   5.1e-55  176.8   0.2   1   1   5.7e-55   5.7e-55  176.6   0.2     4   146     2   146     1   147 0.97 -\n+MYG_HORSE            -            153 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   9.3e-55  175.9   1.0   1   1     1e-54     1e-54  175.8   1.0     4   146     2   146     1   147 0.97 -\n+MYG_MOUSE            -            153 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   1.4e-54  175.3   0.3   1   1   1.6e-54   1.6e-54  175.2   0.3     4   146     2   146     1   147 0.97 -\n+MYG_MUSAN            -            148 sp|P02024|HBB_GORGO  -            147   1.6e-44  142.7   0.3   1   1   1.8e-44   1.8e-44  142.6   0.3     8   146     2   141     1   142 0.96 -\n #\n # Program:         jackhmmer\n-# Version:         3.2 (June 2018)\n+# Version:         3.3 (Nov 2019)\n # Pipeline mode:   SEARCH\n-# Query file:      /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_1.dat\n-# Target file:     /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_2.dat\n-# Option settings: jackhmmer -N 5 --tblout /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_4.dat --domtblout /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_5.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --wpb --EmL 200 --EmN 200 --EvL 200 --EvN 200 --EfL 100 --EfN 200 --Eft 0.04 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_1.dat /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_2.dat \n-# Current dir:     /tmp/tmpw5_nj0/job_working_directory/000/3/working\n-# Date:            Mon Jun 11 17:59:06 2018\n+# Query file:      /tmp/tmpfvu1k4r6/files/e/a/d/dataset_ead1ef79-dd40-459b-b072-01fc401e229a.dat\n+# Target file:     /tmp/tmpfvu1k4r6/files/c/9/e/dataset_c9eb6990-14c2-41da-9304-1bdf155f29e9.dat\n+# Option settings: jackhmmer -N 5 --tblout /tmp/tmpfvu1k4r6/files/c/c/a/dataset_cca87e56-6fd4-49f3-b29f-dca9b665fb4e.dat --domtblout /tmp/tmpfvu1k4r6/files/a/9/3/dataset_a93530ef-2a8d-4611-9764-b317aa42a6b4.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --wpb --EmL 200 --EmN 200 --EvL 200 --EvN 200 --EfL 100 --EfN 200 --Eft 0.04 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpfvu1k4r6/files/e/a/d/dataset_ead1ef79-dd40-459b-b072-01fc401e229a.dat /tmp/tmpfvu1k4r6/files/c/9/e/dataset_c9eb6990-14c2-41da-9304-1bdf155f29e9.dat \n+# Current dir:     /tmp/tmpfvu1k4r6/job_working_directory/000/3/working\n+# Date:            Thu May 14 18:30:01 2020\n # [ok]\n'
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/jackhmmer.out
--- a/test-data/jackhmmer.out Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/jackhmmer.out Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
b'@@ -1,12 +1,10 @@\n # jackhmmer :: iteratively search a protein sequence against a protein database\n-# HMMER 3.2 (June 2018); http://hmmer.org/\n-# Copyright (C) 2018 Howard Hughes Medical Institute.\n+# HMMER 3.3 (Nov 2019); http://hmmer.org/\n+# Copyright (C) 2019 Howard Hughes Medical Institute.\n # Freely distributed under the BSD open source license.\n # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -\n-# query sequence file:             /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_1.dat\n-# target sequence database:        /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_2.dat\n-# per-seq hits tabular output:     /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_4.dat\n-# per-dom hits tabular output:     /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_5.dat\n+# query sequence file:             /tmp/tmpfvu1k4r6/files/5/c/1/dataset_5c1435bb-ab6c-4203-863c-578c4a331ea1.dat\n+# target sequence database:        /tmp/tmpfvu1k4r6/files/0/c/2/dataset_0c23de62-c430-473e-92ee-a18da9f58231.dat\n # max ASCII text line length:      unlimited\n # Vit filter P threshold:       <= 0.001\n # Fwd filter P threshold:       <= 1e-05\n@@ -608,8 +606,8 @@\n Passed Fwd filter:                        44  (0.977778); expected 0.0 (1e-05)\n Initial search space (Z):                 45  [actual number of targets]\n Domain search space  (domZ):              44  [number of targets reported over threshold]\n-# CPU time: 0.03u 0.00s 00:00:00.03 Elapsed: 00:00:00.03\n-# Mc/sec: 31.40\n+# CPU time: 0.04u 0.00s 00:00:00.04 Elapsed: 00:00:00.04\n+# Mc/sec: 20.54\n \n @@ New targets included:   44\n @@ New alignment includes: 45 subseqs (was 1), including original query\n@@ -1270,8 +1268,8 @@\n Passed Fwd filter:                        45  (1); expected 0.0 (1e-05)\n Initial search space (Z):                 45  [actual number of targets]\n Domain search space  (domZ):              45  [number of targets reported over threshold]\n-# CPU time: 0.19u 0.00s 00:00:00.19 Elapsed: 00:00:00.20\n-# Mc/sec: 5.00\n+# CPU time: 0.22u 0.00s 00:00:00.22 Elapsed: 00:00:00.22\n+# Mc/sec: 4.45\n \n @@ New targets included:   1\n @@ New alignment includes: 46 subseqs (was 45), including original query\n@@ -1932,8 +1930,8 @@\n Passed Fwd filter:                        45  (1); expected 0.0 (1e-05)\n Initial search space (Z):                 45  [actual number of targets]\n Domain search space  (domZ):              45  [number of targets reported over threshold]\n-# CPU time: 0.19u 0.00s 00:00:00.19 Elapsed: 00:00:00.18\n-# Mc/sec: 5.41\n+# CPU time: 0.20u 0.00s 00:00:00.20 Elapsed: 00:00:00.20\n+# Mc/sec: 5.00\n \n @@ New targets included:   0\n @@ New alignment includes: 46 subseqs (was 46), including original query\n@@ -2549,8 +2547,8 @@\n Passed Fwd filter:                        45  (1); expected 0.0 (1e-05)\n Initial search space (Z):                 45  [actual number of targets]\n Domain search space  (domZ):              45  [number of targets reported over threshold]\n-# CPU time: 0.03u 0.00s 00:00:00.03 Elapsed: 00:00:00.03\n-# Mc/sec: 31.81\n+# CPU time: 0.05u 0.00s 00:00:00.05 Elapsed: 00:00:00.04\n+# Mc/sec: 20.84\n \n @@ New targets included:   45\n @@ New alignment includes: 46 subseqs (was 1), including original query\n@@ -2566,638 +2564,638 @@\n    --- full sequence ---   --- best 1 domain ---    -#dom-\n     E-value  score  bias    E-value  score  bias    exp  N  Sequence   Description\n     ------- ------ -----    ------- ------ -----   ---- --  --------   -----------\n-    3.6e-74  238.9   0.1      4e-74  238.8   0.1    1.0  1  HBB_MANSP   \n-    1.7e-73  236.7   0.3    1.9e-73  236.6   0.3    1.0  1  HBB_URSMA   \n-    2.2e-72  233.1   0.8    2.4e-72  233.0   0.8    1.0  1  HBB_RABIT   \n-    5.4e-72  231.8   0.1      6e-72  231.7   0.1    1.0  1  HBB_SUNMU   \n-      7e-72  231.5   0.2    7.7e-72  231.3   0.2    1.0  1  HBB_CALAR   \n-    9.6e-72  231.0   0.0    1.1e-71  230.9   0.0    1.0  1  HBB_COLLI   \n-    2.5e-71  229.7   0.4    2.8e-71  229.6   0.4    1.0  1  HBB_TACAC   \n-    4.8e-71  228.8   0.4    5.3e-71  228.6   0.4    1.0  1  HBE_PONPY   \n- '..b'                         vhl+ae++++++a++gkv++d++G+++L+rl+vv P+++ryF++F+dlss+da+++++kv ahG+kv++++ ea k+ld+l++ +a+Ls +H+ k+ vdpenfkl+s +++v+La +++++f+++ q a++kl+++v++al++ Y\n-              HBB2_TRICR   1 VHLTAEDRKEIAAILGKVNVDSLGGQCLARLIVVNPWSRRYFHDFGDLSSCDAICRNPKVLAHGAKVMRSIVEATKHLDNLREYYADLSVTHSLKFYVDPENFKLFSGIVIVCLALTLQTDFSCHKQLAFEKLMKGVSHALGHGY 145\n-                             8**********************************************************************************************************************************************99 PP\n+  == domain 1  score: 175.2 bits;  conditional E-value: 1.6e-54\n+                             xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx..xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n+  sp|P02024|HBB_GORGO-i1   4 lsaeekalvkavwgkveadevG..aeaLerllvvyPetkryFdkFgdlssedavkgsakvkahgkkvltalgeavkklddlkgalakLselHatklkvdpenfkllsevlvvvLaakfpkeftpevqaaldkllaavanalaakY 146\n+                             ls+ e++lv +vwgkvead +G  +e+L+ l++++Pet ++FdkF++l+se+++kgs+++k+hg +vltalg+++kk++++++++++L+++Hatk+k+++++++++se+++ vL+++++++f++++q a++k+l++++n++aakY\n+               MYG_MOUSE   2 LSDGEWQLVLNVWGKVEADLAGhgQEVLIGLFKTHPETLDKFDKFKNLKSEEDMKGSEDLKKHGCTVLTALGTILKKKGQHAAEIQPLAQSHATKHKIPVKYLEFISEIIIEVLKKRHSGDFGADAQGAMSKALELFRNDIAAKY 146\n+                             7899*************9966544************************************************************************************************************************* PP\n \n >> MYG_MUSAN  \n    #    score  bias  c-Evalue  i-Evalue hmmfrom  hmm to    alifrom  ali to    envfrom  env to     acc\n  ---   ------ ----- --------- --------- ------- -------    ------- -------    ------- -------    ----\n-   1 !  144.3   0.3   5.1e-45   5.1e-45       8     146 ..       2     141 ..       1     142 [. 0.96\n+   1 !  142.6   0.3   1.8e-44   1.8e-44       8     146 ..       2     141 ..       1     142 [. 0.96\n \n   Alignments for each domain:\n-  == domain 1  score: 144.3 bits;  conditional E-value: 5.1e-45\n+  == domain 1  score: 142.6 bits;  conditional E-value: 1.8e-44\n                              xxxxxxxxxxxxxxx..xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n-  sp|P02024|HBB_GORGO-i1   8 ekalvkavwgkvead..evGaeaLerllvvyPetkryFdkFkdlssedavkgsakvkahGkkvltalgeavkklddlkgalakLselHatklkvdpenfkllsevlvvvLaakfpkeftpevqaaldkllaavanalaakY 146\n-                             ++++v++vw+ ve+d  ++G+++L rl+++yPe++++F+kFk++s   ++k++a++ka++++vl+alg++vkk++++++ +++L+++H+t++k++p++f+ ++++ v vL++++p+e++++vqaa++ +++ + +++ ++Y\n+  sp|P02024|HBB_GORGO-i1   8 ekalvkavwgkvead..evGaeaLerllvvyPetkryFdkFgdlssedavkgsakvkahgkkvltalgeavkklddlkgalakLselHatklkvdpenfkllsevlvvvLaakfpkeftpevqaaldkllaavanalaakY 146\n+                             ++++v++vw+ ve+d  ++G+++L rl+++yPe++++F+kF+++s   ++k++a++ka++++vl+alg++vkk++++++ +++L+++H+t++k++p++f+ ++++ v vL++++p+e++++vqaa++ +++ + +++ ++Y\n                MYG_MUSAN   2 DWEKVNSVWSAVESDltAIGQNILLRLFEQYPESQNHFPKFKNKS-LGELKDTADIKAQADTVLSALGNIVKKKGSHSQPVKALAATHITTHKIPPHYFTKITTIAVDVLSEMYPSEMNAQVQAAFSGAFKIICSDIEKEY 141\n-                             7899********9886689**********************9998.667****************************************************************************************9999 PP\n+                             7899********9886699**********************9998.667****************************************************************************************9999 PP\n \n \n \n@@ -3211,8 +3209,8 @@\n Passed Fwd filter:                        45  (1); expected 0.0 (1e-05)\n Initial search space (Z):                 45  [actual number of targets]\n Domain search space  (domZ):              45  [number of targets reported over threshold]\n-# CPU time: 0.17u 0.00s 00:00:00.17 Elapsed: 00:00:00.17\n-# Mc/sec: 5.33\n+# CPU time: 0.22u 0.00s 00:00:00.22 Elapsed: 00:00:00.24\n+# Mc/sec: 3.96\n \n @@ New targets included:   0\n @@ New alignment includes: 46 subseqs (was 46), including original query\n'
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/jackhmmer.tblout
--- a/test-data/jackhmmer.tblout Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/jackhmmer.tblout Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
b'@@ -46,58 +46,58 @@\n HBA4_SALIR           -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -            5.3e-56  180.0   0.1   5.9e-56  179.9   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n MYG_MUSAN            -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -            2.5e-54  174.6   0.4   2.8e-54  174.5   0.4   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n HBB2_TRICR           -          sp|P02185|MYG_PHYCD  -              2e-52  168.4   0.0   2.2e-52  168.3   0.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_MANSP            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            3.6e-74  238.9   0.1     4e-74  238.8   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_URSMA            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            1.7e-73  236.7   0.3   1.9e-73  236.6   0.3   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_RABIT            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            2.2e-72  233.1   0.8   2.4e-72  233.0   0.8   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_SUNMU            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            5.4e-72  231.8   0.1     6e-72  231.7   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_CALAR            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -              7e-72  231.5   0.2   7.7e-72  231.3   0.2   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_COLLI            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            9.6e-72  231.0   0.0   1.1e-71  230.9   0.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_TACAC            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            2.5e-71  229.7   0.4   2.8e-71  229.6   0.4   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBE_PONPY            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            4.8e-71  228.8   0.4   5.3e-71  228.6   0.4   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_EQUHE            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            5.1e-71  228.7   0.2   5.7e-71  228.5   0.2   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_SPECI            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            1.3e-70  227.3   1.0   1.5e-70  227.2   1.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_SPETO            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -              2e-70  226.8   0.6   2.2e-70  226.6   0.6   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_TRIIN            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            3.7e-70  225.9   0.1   4.1e-70  225.8   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_ORNAN            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            4.1e-70  225.7   0.0   4.6e-70  225.6   0.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_LARRI            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            5.7e-70  225.3   0.0   6.4e-70  225.1   0.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB_TUPGL            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            1.8e-68  220.5   0.0   1.9e-68  220.3   0.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB1_VAREX           -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            1.5e-67  217.4   0.1   1.7e-67  217.3   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBBL_RANCA           -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            7.8e-64  205.4   0.3   8.7e-64  205.2   0.3   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBA_MESAU            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            4.5e-63  202.9   0.3     5e-63  202.8   0.3   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBB2_XENTR           -          sp|P02024|HBB_GORGO  -              2e-62  200.8   0.8   2.3e-62  200.6   0.8   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBA_PONPY            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            4.6e-62  199.6   0.7     5e-62  199.5   0.7   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBA_MACFA            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            8.7e-62  198.7   0.3   9.6e-62  198.6   0.3   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBA_MACSI            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            1.3e-61  198.2   0.3   1.4e-61  198.1   0.3   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBA_AILME            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            2.1e-61  197.5   0.1   2.4e-61  197.3   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBA2_GALCR           -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            6.6e-61  195.9   0.6   7.3e-61  195.7   0.6   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n-HBA_FRAPO'..b'   0.0   5.6e-60  192.9   0.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+HBA_ANSSE            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            7.4e-60  192.5   0.4   8.1e-60  192.3   0.4   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+HBA_PAGLA            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            7.4e-60  192.5   0.5   8.1e-60  192.3   0.5   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+HBA_TRIOC            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            4.5e-59  189.9   0.5     5e-59  189.8   0.5   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+HBAD_CHLME           -          sp|P02024|HBB_GORGO  -              6e-59  189.5   0.5   6.6e-59  189.4   0.5   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+HBAZ_HORSE           -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            2.2e-58  187.7   0.1   2.5e-58  187.5   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+HBAD_PASMO           -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            2.4e-58  187.6   0.1   2.7e-58  187.4   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+HBA_COLLI            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            2.5e-58  187.5   0.2   2.8e-58  187.4   0.2   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+HBB2_TRICR           -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            1.9e-56  181.4   0.0   2.2e-56  181.2   0.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+HBA4_SALIR           -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            5.3e-56  180.0   0.1   5.8e-56  179.8   0.1   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+MYG_LYCPI            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            9.5e-56  179.1   1.8   1.1e-55  179.0   1.8   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+MYG_SAISC            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            1.3e-55  178.7   1.0   1.4e-55  178.6   1.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+MYG_ESCGI            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            3.1e-55  177.5   2.2   3.4e-55  177.3   2.2   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+MYG_PROGU            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            5.1e-55  176.8   0.2   5.7e-55  176.6   0.2   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+MYG_HORSE            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            9.3e-55  175.9   1.0     1e-54  175.8   1.0   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+MYG_MOUSE            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            1.4e-54  175.3   0.3   1.6e-54  175.2   0.3   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n+MYG_MUSAN            -          sp|P02024|HBB_GORGO  -            1.6e-44  142.7   0.3   1.8e-44  142.6   0.3   1.0   1   0   0   1   1   1   1 -\n #\n # Program:         jackhmmer\n-# Version:         3.2 (June 2018)\n+# Version:         3.3 (Nov 2019)\n # Pipeline mode:   SEARCH\n-# Query file:      /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_1.dat\n-# Target file:     /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_2.dat\n-# Option settings: jackhmmer -N 5 --tblout /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_4.dat --domtblout /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_5.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --wpb --EmL 200 --EmN 200 --EvL 200 --EvN 200 --EfL 100 --EfN 200 --Eft 0.04 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_1.dat /tmp/tmpw5_nj0/files/000/dataset_2.dat \n-# Current dir:     /tmp/tmpw5_nj0/job_working_directory/000/3/working\n-# Date:            Mon Jun 11 17:59:06 2018\n+# Query file:      /tmp/tmpfvu1k4r6/files/e/a/d/dataset_ead1ef79-dd40-459b-b072-01fc401e229a.dat\n+# Target file:     /tmp/tmpfvu1k4r6/files/c/9/e/dataset_c9eb6990-14c2-41da-9304-1bdf155f29e9.dat\n+# Option settings: jackhmmer -N 5 --tblout /tmp/tmpfvu1k4r6/files/c/c/a/dataset_cca87e56-6fd4-49f3-b29f-dca9b665fb4e.dat --domtblout /tmp/tmpfvu1k4r6/files/a/9/3/dataset_a93530ef-2a8d-4611-9764-b317aa42a6b4.dat --notextw -E 10.0 --domE 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --wpb --EmL 200 --EmN 200 --EvL 200 --EvN 200 --EfL 100 --EfN 200 --Eft 0.04 --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpfvu1k4r6/files/e/a/d/dataset_ead1ef79-dd40-459b-b072-01fc401e229a.dat /tmp/tmpfvu1k4r6/files/c/9/e/dataset_c9eb6990-14c2-41da-9304-1bdf155f29e9.dat \n+# Current dir:     /tmp/tmpfvu1k4r6/job_working_directory/000/3/working\n+# Date:            Thu May 14 18:30:01 2020\n # [ok]\n'
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/nhmmer.out
--- a/test-data/nhmmer.out Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/nhmmer.out Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
b'@@ -1,12 +1,13 @@\n # nhmmer :: search a DNA model, alignment, or sequence against a DNA database\n-# HMMER 3.2 (June 2018); http://hmmer.org/\n-# Copyright (C) 2018 Howard Hughes Medical Institute.\n+# HMMER 3.3 (Nov 2019); http://hmmer.org/\n+# Copyright (C) 2019 Howard Hughes Medical Institute.\n # Freely distributed under the BSD open source license.\n # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -\n-# query file:                      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_36.dat\n-# target sequence database:        /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_37.dat\n-# hits tabular output:             /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_39.dat\n-# hits output in Dfam format:      None\n+# query file:                      /tmp/tmpqydies2m/files/c/4/e/dataset_c4e67f40-cb86-438e-8bc0-6020ada9fc86.dat\n+# target sequence database:        /tmp/tmpqydies2m/files/a/1/b/dataset_a1b4364c-0e9a-4709-b4ef-ab7e5661d9e9.dat\n+# hits tabular output:             /tmp/tmpqydies2m/files/b/d/d/dataset_bdd87d82-1ce1-4051-8d5f-f7251bf7fd18.dat\n+# hits output in Dfam format:      /tmp/tmpqydies2m/files/d/8/e/dataset_d8ee0d50-d171-4e8a-9c7d-1cbd4394296f.dat\n+# alignment scores output:         /tmp/tmpqydies2m/files/5/1/3/dataset_5139892f-c507-40c4-b43d-f73023c634f4.dat\n # max ASCII text line length:      unlimited\n # SSV filter P threshold:       <= 0.02\n # Vit filter P threshold:       <= 0.001\n@@ -22,79 +23,79 @@\n Scores for complete hits:\n     E-value  score  bias  Sequence                       start    end  Description\n     ------- ------ -----  --------                       -----  -----  -----------\n-    8.7e-11   39.2   7.4  humanchr1/239220001-239550000 302390 302466 \n-    6.4e-08   30.0   8.3  humanchr1/239220001-239550000 174456 174498 \n-    9.3e-08   29.5   6.1  humanchr1/239220001-239550000 302466 302390 \n-    6.3e-06   23.7   7.0  humanchr1/239220001-239550000 174493 174456 \n+      4e-11   41.3   7.5  humanchr1/239220001-239550000 302390 302466 \n+    1.9e-08   32.8   8.3  humanchr1/239220001-239550000 174456 174498 \n+    6.3e-08   31.0   6.7  humanchr1/239220001-239550000 302466 302389 \n+    4.9e-06   25.0   7.0  humanchr1/239220001-239550000 174493 174456 \n   ------ inclusion threshold ------\n-        1.4    6.5   7.0  humanchr1/239220001-239550000 304073 304104 \n+        2.2    6.9   7.2  humanchr1/239220001-239550000 304073 304103 \n \n \n Annotation for each hit  (and alignments):\n >> humanchr1/239220001-239550000  \n     score  bias    Evalue   hmmfrom    hmm to     alifrom    ali to      envfrom    env to       sq len      acc\n    ------ ----- ---------   -------   -------    --------- ---------    --------- ---------    ---------    ----\n- !   39.2   7.4   8.7e-11         4        80 .]    302390    302466 ..    302387    302466 ..    330000    0.87\n+ !   41.3   7.5     4e-11         4        80 .]    302390    302466 ..    302387    302466 ..    330000    0.88\n \n   Alignment:\n-  score: 39.2 bits\n+  score: 41.3 bits\n                                        xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx....xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n                           MADE1      4 ggttggtgcaaaagtaattgcggtttttgccattacttttaatggc....aaaaaccgcaattacttttgcaccaacctaa 80    \n-                                       ggt ggtgcaaaa  aattg ggtttttgccatt cttttaat gc    a aaa  g  a t ctttt caccaa ctaa\n-  humanchr1/239220001-239550000 302390 GGTCGGTGCAAAATCAATTGTGGTTTTTGCCATTGCTTTTAATTGCttttA-AAA--GT-AATGCTTTTACACCAATCTAA 302466\n-                                       899******************************************955533.443..33.44689************9986 PP\n+                                       ggt ggtgcaaaa  aattg ggtttttgccatt cttttaat gc    aaaa   g  a t ctttt caccaa ctaa\n+  humanchr1/239220001-239550000 302390 GGTCGGTGCAAAATCAATTGTGGTTTTTGCCATTGCTTTTAATTGCttttAAAA---GT-AATGCTTTTACACCAATCTAA 302466\n+                                       89*******************************************966644554...34.4578**************997 PP\n \n >> humanchr1/239220001-23955'..b'                                xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx....xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n+                          MADE1      1 ttaggttggtgcaaaagtaattgcggttttt....gccattacttttaatggcaaaaaccgcaattacttttgcaccaacct 78    \n+                                       ttag ttggtg aaaag a t      tttt    gc atta    +aatggcaaaaacc caatt  ttttgcacc acc \n+  humanchr1/239220001-239550000 302466 TTAGATTGGTGTAAAAGCATT-A---CTTTTaaaaGCAATTAAAAGCAATGGCAAAAACCACAATTGATTTTGCACCGACCA 302389\n+                                       6899************97543.2...23333455566666666666799*****************************9985 PP\n \n >> humanchr1/239220001-239550000  \n     score  bias    Evalue   hmmfrom    hmm to     alifrom    ali to      envfrom    env to       sq len      acc\n    ------ ----- ---------   -------   -------    --------- ---------    --------- ---------    ---------    ----\n- !   23.7   7.0   6.3e-06        43        80 .]    174493    174456 ..    174513    174456 ..    330000    0.91\n+ !   25.0   7.0   4.9e-06        43        80 .]    174493    174456 ..    174513    174456 ..    330000    0.94\n \n   Alignment:\n-  score: 23.7 bits\n+  score: 25.0 bits\n                                        xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n                           MADE1     43 taatggcaaaaaccgcaattacttttgcaccaacctaa 80    \n                                        taatg caaaaacc caattacttttgcac aacctaa\n   humanchr1/239220001-239550000 174493 TAATGACAAAAACCACAATTACTTTTGCACTAACCTAA 174456\n-                                       689********************************986 PP\n+                                       5899*******************************986 PP\n \n >> humanchr1/239220001-239550000  \n     score  bias    Evalue   hmmfrom    hmm to     alifrom    ali to      envfrom    env to       sq len      acc\n    ------ ----- ---------   -------   -------    --------- ---------    --------- ---------    ---------    ----\n- ?    6.5   7.0       1.4        41        72 ..    304073    304104 ..    304053    304109 ..    330000    0.85\n+ ?    6.9   7.2       2.2        41        71 ..    304073    304103 ..    304053    304109 ..    330000    0.85\n \n   Alignment:\n-  score: 6.5 bits\n-                                       xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n-                          MADE1     41 tttaatggcaaaaaccgcaattacttttgcac 72    \n-                                       tt a tgg aaaaa   ca tta ttttgca \n-  humanchr1/239220001-239550000 304073 TTAAGTGGGAAAAAATACACTTATTTTTGCAT 304104\n-                                       455779************************86 PP\n+  score: 6.9 bits\n+                                       xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx RF\n+                          MADE1     41 tttaatggcaaaaaccgcaattacttttgca 71    \n+                                       tt a tgg aaaaa   ca tta ttttgca\n+  humanchr1/239220001-239550000 304073 TTAAGTGGGAAAAAATACACTTATTTTTGCA 304103\n+                                       456789************************8 PP\n \n \n \n@@ -102,12 +103,12 @@\n -------------------------------------\n Query model(s):                            1  (80 nodes)\n Target sequences:                          1  (660000 residues searched)\n-Residues passing SSV filter:           63737  (0.0966); expected (0.02)\n-Residues passing bias filter:          44695  (0.0677); expected (0.02)\n-Residues passing Vit filter:            2309  (0.0035); expected (0.001)\n-Residues passing Fwd filter:            2041  (0.00309); expected (1e-05)\n+Residues passing SSV filter:           60770  (0.0921); expected (0.02)\n+Residues passing bias filter:          35792  (0.0542); expected (0.02)\n+Residues passing Vit filter:            1612  (0.00244); expected (0.001)\n+Residues passing Fwd filter:            1194  (0.00181); expected (1e-05)\n Total number of hits:                      5  (0.000405)\n-# CPU time: 0.02u 0.00s 00:00:00.02 Elapsed: 00:00:00.02\n-# Mc/sec: 1854.66\n+# CPU time: 0.04u 0.00s 00:00:00.04 Elapsed: 00:00:00.05\n+# Mc/sec: 1031.54\n //\n [ok]\n'
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/nhmmer.out.aliscoresout
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/nhmmer.out.aliscoresout Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
b
@@ -0,0 +1,5 @@
+MADE1 humanchr1/239220001-239550000 302390 302466 : 1.505 1.476 1.474 -1.303 1.575 1.513 1.539 1.563 1.587 1.551 1.559 1.631 1.323 -1.950 -1.070 1.284 1.511 1.493 1.439 1.532 0.215 1.006 1.428 1.270 1.536 1.556 1.535 1.251 1.434 1.337 1.298 1.388 1.496 1.422 -0.923 1.338 1.437 1.555 1.502 0.815 1.411 1.353 1.353 -1.471 1.456 1.441 > > > -9.001 1.391 1.512 1.535 1.467 > > -6.804 1.052 -0.886 -7.639 1.407 -1.765 1.411 -1.266 1.469 1.387 1.594 1.606 1.596 -1.382 1.548 1.493 1.454 1.559 1.502 1.420 -0.770 1.444 1.540 1.711 1.764
+MADE1 humanchr1/239220001-239550000 174456 174498 : 1.714 1.617 1.616 1.505 1.476 1.474 1.543 -1.208 1.513 1.539 1.563 1.587 1.551 1.559 1.631 1.323 1.534 1.499 1.284 1.511 1.493 1.439 1.532 0.215 1.006 1.428 1.270 1.536 1.556 1.535 1.251 1.434 -0.637 1.298 1.388 1.496 1.422 1.152 1.338 1.437 1.555 1.502 0.815
+MADE1 humanchr1/239220001-239550000 302466 302389 : 1.714 1.617 1.616 1.505 -0.985 1.474 1.543 1.575 1.513 1.539 1.563 -1.318 1.551 1.559 1.631 1.323 1.534 -1.070 1.284 -1.401 1.493 -6.677 -1.165 > > -7.988 -0.943 1.536 1.556 1.535 1.251 > > > -7.961 1.434 1.337 -1.137 1.388 1.496 1.422 1.152 -1.577 -1.499 -1.909 -1.825 0.193 1.411 1.353 1.353 1.449 1.456 1.441 1.391 1.512 1.535 1.467 1.110 1.369 0.819 -0.062 1.496 1.358 1.407 1.540 1.411 -1.266 -1.753 1.387 1.594 1.606 1.596 1.591 1.548 1.493 1.454 1.559 -1.507 1.420 1.423 1.444 -1.824
+MADE1 humanchr1/239220001-239550000 174493 174456 : 0.815 1.411 1.353 1.353 1.449 -0.996 1.441 1.391 1.512 1.535 1.467 1.110 1.369 0.819 -0.062 1.496 1.358 1.407 1.540 1.411 1.448 1.469 1.387 1.594 1.606 1.596 1.591 1.548 1.493 1.454 -1.161 1.502 1.420 1.423 1.444 1.540 1.711 1.764
+MADE1 humanchr1/239220001-239550000 304073 304103 : 1.555 1.502 -1.100 1.411 -1.130 1.353 1.449 1.456 -1.897 1.391 1.512 1.535 1.467 1.110 -1.439 0.155 -0.062 1.496 1.358 -1.596 1.540 1.411 1.448 -0.907 1.387 1.594 1.606 1.596 1.591 1.548 1.493
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/nhmmer.out.dfamtblout
--- a/test-data/nhmmer.out.dfamtblout Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/nhmmer.out.dfamtblout Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
@@ -1,17 +1,10 @@
-# target name                 accession  query name           accession   hmmfrom hmm to alifrom  ali to envfrom  env to  sq len strand   E-value  score  bias  description of target
-#         ------------------- ---------- --------------------  ---------- ------- ------- ------- ------- ------- ------- ------- ------ --------- ------ ----- ---------------------
-humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       4      80  302390  302466  302387  302466  330000    +     8.7e-11   39.2   7.4  -
-humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       1      43  174456  174498  174456  174518  330000    +     6.4e-08   30.0   8.3  -
-humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       1      77  302466  302390  302466  302387  330000    -     9.3e-08   29.5   6.1  -
-humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2      43      80  174493  174456  174513  174456  330000    -     6.3e-06   23.7   7.0  -
-humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2      41      72  304073  304104  304053  304109  330000    +         1.4    6.5   7.0  -
+# hit scores
+# ----------
 #
-# Program:         nhmmer
-# Version:         3.2 (June 2018)
-# Pipeline mode:   SEARCH
-# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_36.dat
-# Target file:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_37.dat
-# Option settings: nhmmer --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_39.dat --dfamtblout None --notextw -E 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --dna --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_36.dat /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_37.dat 
-# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/30/working
-# Date:            Fri Jun  8 12:18:56 2018
-# [ok]
+# target name                  acc                  query name             bits   e-value  bias  hmm-st  hmm-en strand  ali-st  ali-en  env-st  env-en  sq-len   description of target
+# -------------------          -------------------  -------------------  ------ --------- ----- ------- ------- ------ ------- ------- ------- ------- -------   ---------------------
+humanchr1/239220001-239550000  DF0000629.2          MADE1                  41.3     4e-11   7.5       4      80    +    302390  302466  302387  302466  330000   -
+humanchr1/239220001-239550000  DF0000629.2          MADE1                  32.8   1.9e-08   8.3       1      43    +    174456  174498  174456  174518  330000   -
+humanchr1/239220001-239550000  DF0000629.2          MADE1                  31.0   6.3e-08   6.7       1      78    -    302466  302389  302466  302387  330000   -
+humanchr1/239220001-239550000  DF0000629.2          MADE1                  25.0   4.9e-06   7.0      43      80    -    174493  174456  174513  174456  330000   -
+humanchr1/239220001-239550000  DF0000629.2          MADE1                   6.9       2.2   7.2      41      71    +    304073  304103  304053  304109  330000   -
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/nhmmer.out.tblout
--- a/test-data/nhmmer.out.tblout Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/nhmmer.out.tblout Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
@@ -1,17 +1,17 @@
 # target name                 accession  query name           accession   hmmfrom hmm to alifrom  ali to envfrom  env to  sq len strand   E-value  score  bias  description of target
 #         ------------------- ---------- --------------------  ---------- ------- ------- ------- ------- ------- ------- ------- ------ --------- ------ ----- ---------------------
-humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       4      80  302390  302466  302387  302466  330000    +     8.7e-11   39.2   7.4  -
-humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       1      43  174456  174498  174456  174518  330000    +     6.4e-08   30.0   8.3  -
-humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       1      77  302466  302390  302466  302387  330000    -     9.3e-08   29.5   6.1  -
-humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2      43      80  174493  174456  174513  174456  330000    -     6.3e-06   23.7   7.0  -
-humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2      41      72  304073  304104  304053  304109  330000    +         1.4    6.5   7.0  -
+humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       4      80  302390  302466  302387  302466  330000    +       4e-11   41.3   7.5  -
+humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       1      43  174456  174498  174456  174518  330000    +     1.9e-08   32.8   8.3  -
+humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2       1      78  302466  302389  302466  302387  330000    -     6.3e-08   31.0   6.7  -
+humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2      43      80  174493  174456  174513  174456  330000    -     4.9e-06   25.0   7.0  -
+humanchr1/239220001-239550000 -          MADE1                DF0000629.2      41      71  304073  304103  304053  304109  330000    +         2.2    6.9   7.2  -
 #
 # Program:         nhmmer
-# Version:         3.2 (June 2018)
+# Version:         3.3 (Nov 2019)
 # Pipeline mode:   SEARCH
-# Query file:      /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_36.dat
-# Target file:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_37.dat
-# Option settings: nhmmer --tblout /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_39.dat --dfamtblout None --notextw -E 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --dna --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_36.dat /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_37.dat 
-# Current dir:     /tmp/tmpp4O0Ju/job_working_directory/000/30/working
-# Date:            Fri Jun  8 12:18:56 2018
+# Query file:      /tmp/tmpqydies2m/files/c/4/e/dataset_c4e67f40-cb86-438e-8bc0-6020ada9fc86.dat
+# Target file:     /tmp/tmpqydies2m/files/a/1/b/dataset_a1b4364c-0e9a-4709-b4ef-ab7e5661d9e9.dat
+# Option settings: nhmmer --tblout /tmp/tmpqydies2m/files/b/d/d/dataset_bdd87d82-1ce1-4051-8d5f-f7251bf7fd18.dat --dfamtblout /tmp/tmpqydies2m/files/d/8/e/dataset_d8ee0d50-d171-4e8a-9c7d-1cbd4394296f.dat --aliscoresout /tmp/tmpqydies2m/files/5/1/3/dataset_5139892f-c507-40c4-b43d-f73023c634f4.dat --notextw -E 10.0 --F1 0.02 --F2 0.001 --F3 1e-05 --dna --seed 4 --cpu 1 /tmp/tmpqydies2m/files/c/4/e/dataset_c4e67f40-cb86-438e-8bc0-6020ada9fc86.dat /tmp/tmpqydies2m/files/a/1/b/dataset_a1b4364c-0e9a-4709-b4ef-ab7e5661d9e9.dat 
+# Current dir:     /tmp/tmpqydies2m/job_working_directory/000/17/working
+# Date:            Thu May 14 18:54:51 2020
 # [ok]
b
diff -r 01219a31c48e -r be7097d6e3ff test-data/uniprot_globins_match.out
--- a/test-data/uniprot_globins_match.out Mon Jun 11 15:52:41 2018 -0400
+++ b/test-data/uniprot_globins_match.out Tue Jun 16 05:34:25 2020 -0400
[
@@ -1,13 +1,10 @@
 # hmmsearch :: search profile(s) against a sequence database
-# HMMER 3.2 (June 2018); http://hmmer.org/
-# Copyright (C) 2018 Howard Hughes Medical Institute.
+# HMMER 3.3 (Nov 2019); http://hmmer.org/
+# Copyright (C) 2019 Howard Hughes Medical Institute.
 # Freely distributed under the BSD open source license.
 # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-# query HMM file:                  /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_25.dat
-# target sequence database:        /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_26.dat
-# per-seq hits tabular output:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_28.dat
-# per-dom hits tabular output:     /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_29.dat
-# pfam-style tabular hit output:   /tmp/tmpp4O0Ju/files/000/dataset_30.dat
+# query HMM file:                  /tmp/tmpqydies2m/files/1/e/c/dataset_1eca2f81-02d4-4cd0-9081-3ea0f7eb36d7.dat
+# target sequence database:        /tmp/tmpqydies2m/files/a/4/d/dataset_a4d3f992-2c56-4231-9590-fe0ab1f6413b.dat
 # max ASCII text line length:      unlimited
 # Vit filter P threshold:       <= 0.001
 # Fwd filter P threshold:       <= 1e-05
@@ -15,39 +12,39 @@
 # number of worker threads:        1
 # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
 
-Query:       dataset_x  [M=149]
+Query:       dataset_a435d3bd-3e95-4c54-859f-736e9bc413b2  [M=149]
 Scores for complete sequences (score includes all domains):
    --- full sequence ---   --- best 1 domain ---    -#dom-
     E-value  score  bias    E-value  score  bias    exp  N  Sequence            Description
     ------- ------ -----    ------- ------ -----   ---- --  --------            -----------
-    1.8e-70  222.7   3.2      2e-70  222.6   3.2    1.0  1  sp|P02185|MYG_PHYCD  Myoglobin OS=Physeter catodon GN=MB PE=1 SV=2
-    9.2e-69  217.2   0.1      1e-68  217.0   0.1    1.0  1  sp|P02024|HBB_GORGO  Hemoglobin subunit beta OS=Gorilla gorilla gorilla GN=HBB PE=1 SV=2
+    1.3e-70  223.2   0.1    1.4e-70  223.0   0.1    1.0  1  sp|P02024|HBB_GORGO  Hemoglobin subunit beta OS=Gorilla gorilla gorilla GN=HBB PE=1 SV=2
+    5.8e-70  221.1   3.3    6.4e-70  220.9   3.3    1.0  1  sp|P02185|MYG_PHYCD  Myoglobin OS=Physeter catodon GN=MB PE=1 SV=2
 
 
 Domain annotation for each sequence (and alignments):
+>> sp|P02024|HBB_GORGO  Hemoglobin subunit beta OS=Gorilla gorilla gorilla GN=HBB PE=1 SV=2
+   #    score  bias  c-Evalue  i-Evalue hmmfrom  hmm to    alifrom  ali to    envfrom  env to     acc
+ ---   ------ ----- --------- --------- ------- -------    ------- -------    ------- -------    ----
+   1 !  223.0   0.1   1.4e-70   1.4e-70       1     149 []       2     147 .]       2     147 .] 0.99
+
+  Alignments for each domain:
+  == domain 1  score: 223.0 bits;  conditional E-value: 1.4e-70
+  dataset_a435d3bd-3e95-4c54-859f-736e9bc413b2   1 vvLseaektkvkavWakveadveevGadiLvrlfvsyPetqefFekFkdLstedelkgsadvkkHgkkvldAlsdalakldekleaelkaLselHakklkvdpkyfkllsevlvvvlaarlpkeftadvqaaleKllalvakalaskYk 149
+                                                   v+L+++ek++v+a+W+kv  +v+evG+++L rl+v+yP+tq+fFe+F+dLst+d+++g+++vk+Hgkkvl+A+sd+la+ld +l++++++LselH++kl+vdp++fkll++vlv+vla++++keft++vqaa++K++a+va+ala+kY+
+                           sp|P02024|HBB_GORGO   2 VHLTPEEKSAVTALWGKV--NVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLD-NLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH 147
+                                                   69****************..*************************************************************.******************************************************************7 PP
+
 >> sp|P02185|MYG_PHYCD  Myoglobin OS=Physeter catodon GN=MB PE=1 SV=2
    #    score  bias  c-Evalue  i-Evalue hmmfrom  hmm to    alifrom  ali to    envfrom  env to     acc
  ---   ------ ----- --------- --------- ------- -------    ------- -------    ------- -------    ----
-   1 !  222.6   3.2     2e-70     2e-70       2     149 .]       2     148 ..       1     148 [. 0.99
+   1 !  220.9   3.3   6.4e-70   6.4e-70       2     149 .]       2     148 ..       1     148 [. 0.99
 
   Alignments for each domain:
-  == domain 1  score: 222.6 bits;  conditional E-value: 2e-70
-            dataset_x   2 vLseaektkvkavWakveadveesGadiLvrlfkstPatqefFekFkdLstedelkksadvkkHgkkvldAlsdalakldekleaklkdLselHakklkvdpkyfkllsevlvdvlaarlpkeftadvqaaleKllalvakllaskYk 149
-                          vLse+e++ v++vWakveadv+++G+diL+rlfks+P+t+e+F++Fk+L+te+e+k+s+d+kkHg++vl+Al+++l+k ++++ea+lk+L+++Ha+k+k+++ky++++se++++vl++r+p++f+ad+q+a++K+l+l++k++a+kYk
-  sp|P02185|MYG_PHYCD   2 VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKK-KGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYK 148
-                          8*****************************************************************************.99******************************************************************7 PP
-
->> sp|P02024|HBB_GORGO  Hemoglobin subunit beta OS=Gorilla gorilla gorilla GN=HBB PE=1 SV=2
-   #    score  bias  c-Evalue  i-Evalue hmmfrom  hmm to    alifrom  ali to    envfrom  env to     acc
- ---   ------ ----- --------- --------- ------- -------    ------- -------    ------- -------    ----
-   1 !  217.0   0.1     1e-68     1e-68       1     149 []       2     147 .]       2     147 .] 0.99
-
-  Alignments for each domain:
-  == domain 1  score: 217.0 bits;  conditional E-value: 1e-68
-            dataset_x   1 vvLseaektkvkavWakveadveesGadiLvrlfkstPatqefFekFkdLstedelkksadvkkHgkkvldAlsdalakldekleaklkdLselHakklkvdpkyfkllsevlvdvlaarlpkeftadvqaaleKllalvakllaskYk 149
-                          v+L+++ek++v+a+W+kv  +v+e+G+++L rl++++P+tq+fFe+F+dLst+d+++++++vk+Hgkkvl+A+sd+la+ld +l++++++LselH++kl+vdp++fkll++vlv+vla++++keft++vqaa++K++a va++la+kY+
-  sp|P02024|HBB_GORGO   2 VHLTPEEKSAVTALWGKV--NVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLD-NLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH 147
-                          69****************..*************************************************************.******************************************************************7 PP
+  == domain 1  score: 220.9 bits;  conditional E-value: 6.4e-70
+  dataset_a435d3bd-3e95-4c54-859f-736e9bc413b2   2 vLseaektkvkavWakveadveevGadiLvrlfvsyPetqefFekFkdLstedelkgsadvkkHgkkvldAlsdalakldekleaelkaLselHakklkvdpkyfkllsevlvvvlaarlpkeftadvqaaleKllalvakalaskYk 149
+                                                   vLse+e++ v++vWakveadv+++G+diL+rlf+s+Pet+e+F++Fk+L+te+e+k+s+d+kkHg++vl+Al+++l+k ++++eaelk+L+++Ha+k+k+++ky++++se++++vl++r+p++f+ad+q+a++K+l+l++k++a+kYk
+                           sp|P02185|MYG_PHYCD   2 VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKK-KGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYK 148
+                                                   8*****************************************************************************.99******************************************************************7 PP
 
 
 
@@ -62,6 +59,6 @@
 Initial search space (Z):                  2  [actual number of targets]
 Domain search space  (domZ):               2  [number of targets reported over threshold]
 # CPU time: 0.00u 0.00s 00:00:00.00 Elapsed: 00:00:00.00
-# Mc/sec: 20.02
+# Mc/sec: 18.86
 //
 [ok]