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| @@ -15,9 +15,20 @@ ln -s '$db_opts.lastdatabase.extra_files_path' './db_files' && #end if - lastal + lastal - -Q $lastal.Q + #if $query_seq.ext == 'fasta' + -Q 0 + #else if $query_seq.ext == 'fastqsanger' + -Q 1 + #else if $query_seq.ext == 'fastqsolexa' + -Q 2 + #else if $query_seq.ext == 'fastqillumina' + -Q 3 + #else if $query_seq.ext == 'pssm' + -Q 5 + #end if + -f $lastal.f -j $lastal.j @@ -68,23 +79,16 @@ 'db_files/lastdb' #end if - '$query_fasta' + '$query_seq' >'$outfile' ]]></command> <inputs> <expand macro="input_db"/> - <param name="query_fasta" type="data" format="fasta,fastqsanger,fastqsolexa,fastqillumina,tabular" label="Queries FASTA file"/> + <param name="query_seq" type="data" format="fasta,fastqsanger,fastqsolexa,fastqillumina,tabular" label="Query sequences"/> <section name="lastal" title="Lastal arguments" expanded="true"> - <param argument="-Q" type="select" multiple="false" label="Query input format"> - <option value="0" selected="true">FASTA</option> - <option value="1">fastq-sanger</option> - <option value="2">fastq-solexa</option> - <option value="3">fastq-illumina</option> - <option value="5">PSSM</option> - </param> <param argument="-f" type="select" multiple="false" label="Output format"> <option value="MAF" selected="true">MAF</option> <option value="TAB">TAB</option> @@ -328,7 +332,14 @@ </inputs> <outputs> - <data name="outfile" format="maf" label="LAST align from ${on_string}" /> + <data name="outfile" format="maf" label="LAST align from ${on_string}" > + <change_format> + <when input="f" value="MAF" format="maf" /> + <when input="f" value="TAB" format="tabular" /> + <when input="f" value="BlastTab" format="tabular" /> + <when input="f" value="BlastTab+" format="tabular" /> + </change_format> + </data> </outputs> <tests> @@ -337,7 +348,7 @@ <param name="db_opts_input" value="db"/> <param name="database" value="humdb"/> </conditional> - <param name="query_fasta" value="fuguMito.fa" ftype="fasta"/> + <param name="query_seq" value="fuguMito.fa" ftype="fasta"/> <output name="outfile" ftype="maf" file="last_align_gen.maf" lines_diff="2"/> </test> <test> @@ -350,9 +361,20 @@ <param name="lastal_protein" value="prot"/> </conditional> </section> - <param name="query_fasta" value="hedgehog_prot_drosophila.fa" ftype="fasta"/> + <param name="query_seq" value="hedgehog_prot_drosophila.fa" ftype="fasta"/> <output name="outfile" ftype="maf" file="last_align_prot.maf" lines_diff="2"/> </test> + <test> + <conditional name="db_opts"> + <param name="db_opts_input" value="db"/> + <param name="database" value="humdb-sanger"/> + </conditional> + <param name="query_seq" value="fuguMito.fq" ftype="fastqsanger"/> + <section name="lastal"> + <param name="Q" value="1"/> + </section> + <output name="outfile" ftype="maf" file="last_align_fastq.maf" lines_diff="2"/> + </test> </tests> <help>@LAST_HELP@</help> |
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| @@ -11,8 +11,17 @@ </requirements> <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[ - lastdb - -Q $lastdb.Q + lastdb + + #if $input_files.ext == 'fasta' + -Q 0 + #else if $input_files.ext == 'fastqsanger' + -Q 1 + #else if $input_files.ext == 'fastqsolexa' + -Q 2 + #else if $input_files.ext == 'fastqillumina' + -Q 3 + #end if $lastdb.sequences_type.protein -a $lastdb.sequences_type.a -R $lastdb.repeats.uppercase$lastdb.repeats.simple_repeat @@ -32,19 +41,12 @@ && mkdir '$outfile.files_path' && - mv lastdb.* '$outfile.files_path' + mv lastdb* '$outfile.files_path' ]]></command> <inputs> <param name="input_files" type="data" format="fasta,fastqsanger,fastqsolexa,fastqillumina" label="Reference(s) input files" /> <section name="lastdb" title="Lastdb arguments" expanded="true"> - <param argument="-Q" type="select" multiple="false" label="Input format"> - <option value="0" selected="true">FASTA</option> - <option value="1">fastq-sanger</option> - <option value="2">fastq-solexa</option> - <option value="3">fastq-illumina</option> - </param> - <conditional name="sequences_type"> <param name="protein" type="select" multiple="false" label="The sequences are :"> <option value="" selected="true">DNA</option> @@ -167,6 +169,26 @@ <extra_files type="file" value="hedgdb.tis" name="lastdb.tis" compare="sim_size" delta="1"/> </output> </test> + <test> + <param name="input_files" value="humanMito.fq" ftype="fastqsanger"/> + <section name="lastdb"> + <param name="Q" value="1"/> + <section name="repeats"> + <param name="uppercase" value="0"/> + <param name="simple_repeat" value="1"/> + <param name="sm_lower" value="true"/> + </section> + </section> + <output name="outfile" compare="contains" file="hedgdb.lastdb" ftype="lastdb"> + <extra_files type="file" value="humdb-sanger.bck" name="lastdb.bck" compare="sim_size" delta="1"/> + <extra_files type="file" value="humdb-sanger.des" name="lastdb.des"/> + <extra_files type="file" value="humdb-sanger.prj" name="lastdb.prj" lines_diff="1"/> + <extra_files type="file" value="humdb-sanger.sds" name="lastdb.sds"/> + <extra_files type="file" value="humdb-sanger.ssp" name="lastdb.ssp" compare="sim_size" delta="1"/> + <extra_files type="file" value="humdb-sanger.suf" name="lastdb.suf" compare="sim_size" delta="1"/> + <extra_files type="file" value="humdb-sanger.tis" name="lastdb.tis" compare="sim_size" delta="1"/> + </output> + </test> </tests> <help>@LAST_HELP@</help> |
| b |
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@@\n+@fuguMito\n+GCTAGCGTAGCTTAACCAAAGCAGAGTACTGAAGATGCTAAGATGGGCCCTGAAAAGTCCCGCAGGCACAAAAGCTTGGTCCTGACTTTACTAACAACTCTGATCAAACTTACACATGCAAGTATCCGCATCCCAGTGAAaatgccccccgccccccgtcCGGAAATAGGGAGTTGGTATCAGGCACACAAATTTGTAGCCCATGACACCTAGCTTTGCCACGCCCCCAAGGGAATTCAGCAGTGATAAACATTAAGCCATAAGTGAAAACTTGACTTAGTTATGATCTAAAGAGTCGGTAAAACTCGTGCCAGCCACCGCGGTTATACGAGAGACCCAAGTTGTTAGCCAACGGCGTAAAGGGTGGTTAgaactaaaaacaacaaactgagACCGAACACCTTCAAGGCTGTTATACGCTTCCGAAGCAACGAAGAACAATAACGAAAGTAGCCTCACTAACTCGAACCCACGAAAGCTAGGACACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCCTACCCCTAAACACGATATGAAACTACGTACATATCCGCCTGGTTACTACGAGCATTAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTAAAACCATCTAGAGGAGCCTGTTTTAAAACCGATACTCCCCGTTCAACCTCACCCCTCCTTGTTTTAACCGCCTATATACCACCGTCGTCAGCCTACCCTGTGAAGGGCAAATAGTAGACAAAATTGGCACAGCCAAAAACGTCAGGTCGAGGTGTAGCGAATGGAGGGGGACAAAATGGGCTACATTCTCTGCCTAGAGAACACGAAAGATGTGCTGAAATGCACACCCGAAGGAGGATTTAGCAGTAAGCAAGAAATAGAGTGTCATGCTGAAACCGGCTATGAAGCGCGCACACACCGCCCGTCACTCTCCCCAAActcttaatttaaaaataactaATAAGCCAccaaaagaaaaggggaggcAAGTCGTAACATGGTAAGTGTACCGGAAGGTGCACTTGGAAAAACCGGAGCATAGCTTAACAGCTTAAAGCACCTCCCTTACACCGAGTTGACGCCCGTGCAAATCGAGCTGCCCCGACACCTAACAGCtagcccccaccccacccacaaCAAACCACTATAAATACCCCCTAAGATACTTaactaaacaaaacaaatcatttttccACCCTAGTATAGGAGATAGAAAAGGAACTAGGAGCTATAGATAAAGTACCGCAAGGGAACGctgaaagagaaatgaaataacccagtaaagtaaaaaaaagcagagattaCACCTCGTACCTTTTGCATCATGATTTAGCTAGTATAATTAGGCAAAGAGCACTTTAGTCTAACACCCCGAAACTGAATGAGCTACTCCAAGACAGCCTTTATAGGGCACATCCGTCTCTGTGGCAAAAGAGTGGAAAGAGCTTTGAGTAGAGGTGATAAACCTACCGAGTTCAGTTATAGCTGGTTGCCCGAGAACTGAGTATAAGCTCAGCCTTTTGGCTTCTTAACTCCATAACTATTTATATTAACCCGACTTTAAGAAACCAAAAGAGTTAATCAAAGGGGGTACAGCCCCTTTGATACAAGAAACAACTTTTAACAGGAGGATAAGGATCATAAAAAATCAAGGCACCGCGCTTAAGTAGGCTTAGAAGCAGCCACCACAAGAAAGCGTTAAAGCTCTAGCACATCCCTGCCACAAATACCAATAAAACACTCCTAACCCCTTCCCCTACCGGGCTTTTCTATGCTTCCATAGAAGAAATTATGCTAAAATGAGTAATAAGGGGCCGACCCCCTCCAAGCACAAGTGTACATCAGAACGAACCCCCACCGAAATTCAACGGACCCAACCAAAGAgggaaataaatattaaactcacaacaagaaaaacatttaacacttttCCGTTACCCCTACACTGGTGTGCCAAATAGGAAagactaaaagaaaaagaaggaactCGGCAAACTCAAAGCCTCGCCTGTTTACCAAAAACATCGCCTCTTGCTTCAATGAATAAGAGGTCACGCCTGCCCTGTGACTATATGTTTAACGGCCGCGGTATTTTGACCGTGCAAAGGTAGCGCAATCACTTGTCCTTTAAATGTGGACCTGTATGAATGGCATAACGAGGGCTTAGCTGTCTCCTTTCTCAAGTCAATGAACTTGATCTCCCCGTGCAGAAGCGGGGATAAAACCATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAGACAAAAAACAGCCCCTGTCAATAAACCCTAAATAAAGGGAATAAACCTAGTGAACCTGTTTTAATGTCTTTGGTTGGGGCGACCGCGGGGTAACAAAAAACCCCCATGTGGAATGAAAACACCCTTTTTAAACCCAAGAGTCACCACTCTAGGATACAGAACATCTGACCAATAATGATCGCCTAAAGCCGATTAACGAACCGAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTCTTTTAGAGTCCATATCGACAAGAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCTAATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGGAGTAATCCAGGTCAGTTTCTATCTATGAAGTACCTTTTTCCAGTACGAAAGGACCGAAAAAGAGGGGCCAATGTACAAACAAGCCCCACTCTCACTTGCTGAATCCAGCTCAAGCAAATAAGAGAGTACAAAACtaagtcaaagaacatgacatGTTAGTGTGGCAGAGCCCGGTATTGCAAAAGCCTTAAACCCTTCGAACAGAGGTTCAACTCCTCTCCCTAACTATGACTACAATACTAATTACCCACTTAATTCACCCCCTAACCATTATTGTACCCGTTCTACTAGCCGTAGCTTTCTTAACATTAATTGAACGAAAAGTTTTAGGTTACATGCAGTTACGAAAGGGCCCCAACATCGTAGGACCTTACGGACTCCTCCAACCCATCGCCGATGGCGTTAAACTTTTCATCAAAGAACCAGTCCGACCATCTACCTCCGCTCCCATCCTATTCATTATTGCCCCTACACTAGCCCTTACTCTCGCCATAATAATATGAACACCAATGCCCCTCCCCTACCCCATCCTTGACTTAAATCTGGCCATTCTATTTGTCCTAGCTATCTCTAGCTTGGCAGTCTACTCTATTCTGGGCTCCGGATGGGCCTCCAACTCAAAATATGCCCTTATAGGATCCCTACGAGCAGTTGCACAAATAATCTCATACGAAGTAAGTCTAGGGCTAATCCTTTTATCattgattatttttacaggcAACTTTACCCTACAAACATTTAACGTCACCCAGGAAAGCATTTGACTAATCATCCCAACATGACCCCTTGCAGCAATATGATACATCTCCACGCTAGCCGAAACAAACCGAGCCCCCTTTGACCTAACAGAGGGGGAGTCCGAACTGGTATCTGGGTTCAATGTTGAATATGCAGGAGGTCCCTTTGCCCTATTTTTTCTGGCAGAATATGCCAACATCCTCTTAATAAACACGCTCTCCACAATCCTGTTCCTAGGAGCCTTACATATGCCCGCTCTTCCAGAACTAACCTCTATCAATTTAATatcaaaaacagccattttatcCCTCATCTTCCTATGAGCCCGAGCCTCCTACCCACGATTCCGATATGACCAGCTAATACACCTCACATGAAAAAACTTCCTACCACTTACATTAGCATTCATTATCTGACATCTTGCACTCCCAACTACAATAGCAGGCCTTCCCCCTCAAATATAAAAGGAACTGTGCCTGAAACAAAGGACCACTTTGATAGAGTGAATCATGAGGGTTAAATTCCCTCCAGCTCCTTAGAAAGAAGGGACTTGAACCCAACCCGGAGAGATCAAAACTCTCAGTGCTTCCACTACACCACTTTCTAGTAAAGTCAGCTAAATAAGCTTTTAG'..b'IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII\n' |
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| diff -r 86206f93fb13 -r bf30030e5265 test-data/humanMito.fq --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/humanMito.fq Thu Sep 10 16:08:15 2020 +0000 |
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@@\n+@humanMito\n+GATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTGTGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATTCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGAACATACCTACTAAAGTGTGTTAATTAATTAATGCTTGTAGGACATAATAATAACAATTGAATGTCTGCACAGCCGCTTTCCACACAGACATCATAACAAAAAATTTCCACCAAACCCCCCCCTCCCCCCGCTTCTGGCCACAGCACTTAAACACATCTCTGCCAAACCCCAAAAACAAAGAACCCTAACACCAGCCTAACCAGATTTCAAATTTTATCTTTAGGCGGTATGCACTTTTAACAGTCACCCCCCAACTAACACATTATTTTCCCCTCCCACTCCCATACTACTAATCTCATCAATACAACCCCCGCCCATCCTACCCAGCACACACACACCGCTGCTAACCCCATACCCCGAACCAACCAAACCCCAAAGACACCCCCCACAGTTTATGTAGCTTACCTCCTCAAAGCAATACACTGAAAATGTTTAGACGGGCTCACATCACCCCATAAACAAATAGGTTTGGTCCTAGCCTTTCTATTAGCTCTTAGTAAGATTACACATGCAAGCATCCCCGTTCCAGTGAGTTCACCCTCTAAATCACCACGATCAAAAGGGACAAGCATCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCACACGATTAACCCAAGTCAATAGAAGCCGGCGTAAAGAGTGTTTTAGATCACCCCCTCCCCAATAAAGCTAAAACTCACCTGAGTTGTAAAAAACTCCAGTTGACACAAAATAGACTACGAAAGTGGCTTTAACATATCTGAACACACAATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTCAACAGTTAAATCAACAAAACTGCTCGCCAGAACACTACGAGCCACAGCTTAAAACTCAAAGGACCTGGCGGTGCTTCATATCCCTCTAGAGGAGCCTGTTCTGTAATCGATAAACCCCGATCAACCTCACCACCTCTTGCTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTGATGAAGGCTACAAAGTAAGCGCAAGTACCCACGTAAAGACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCCATGAGGTGGCAAGAAATGGGCTACATTTTCTACCCCAGAAAACTACGATAGCCCTTATGAAACTTAAGGGTCGAAGGTGGATTTAGCAGTAAACTGAGAGTAGAGTGCTTAGTTGAACAGGGCCCTGAAGCGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCCTCAAGTATACTTCAAAGGACATTTAACTAAAACCCCTACGCATTTATATAGAGGAGACAAGTCGTAACATGGTAAGTGTACTGGAAAGTGCACTTGGACGAACCAGAGTGTAGCTTAACACAAAGCACCCAACTTACACTTAGGAGATTTCAACTTAACTTGACCGCTCTGAGCTAAACCTAGCCCCAAACCCACTCCACCTTACTACCAGACAACCTTAGCCAAACCATTTACCCAAATAAAGTATAGGCGATAGAAATTGAAACCTGGCGCAATAGATATAGTACCGCAAGGGAAAGATGAAAAATTATAACCAAGCATAATATAGCAAGGACTAACCCCTATACCTTCTGCATAATGAATTAACTAGAAATAACTTTGCAAGGAGAGCCAAAGCTAAGACCCCCGAAACCAGACGAGCTACCTAAGAACAGCTAAAAGAGCACACCCGTCTATGTAGCAAAATAGTGGGAAGATTTATAGGTAGAGGCGACAAACCTACCGAGCCTGGTGATAGCTGGTTGTCCAAGATAGAATCTTAGTTCAACTTTAAATTTGCCCACAGAACCCTCTAAATCCCCTTGTAAATTTAACTGTTAGTCCAAAGAGGAACAGCTCTTTGGACACTAGGAAAAAACCTTGTAGAGAGAGTAAAAAATTTAACACCCATAGTAGGCCTAAAAGCAGCCACCAATTAAGAAAGCGTTCAAGCTCAACACCCACTACCTAAAAAATCCCAAACATATAACTGAACTCCTCACACCCAATTGGACCAATCTATCACCCTATAGAAGAACTAATGTTAGTATAAGTAACATGAAAACATTCTCCTCCGCATAAGCCTGCGTCAGATCAAAACACTGAACTGACAATTAACAGCCCAATATCTACAATCAACCAACAAGTCATTATTACCCTCACTGTCAACCCAACACAGGCATGCTCATAAGGAAAGGTTAAAAAAAGTAAAAGGAACTCGGCAAACCTTACCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCACCTCTAGCATCACCAGTATTAGAGGCACCGCCTGCCCAGTGACACATGTTTAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAaaggtagcataatcacttgttccttaaatagggacctgtatgaatggctccacgagggttcagctgtctcttacttttaaccagtgaaattgacctgcccgtgaagaggcgggcatgacacagcaagacgagaagaccctatggagctttaatttaTTAATGCAAACAGTACCTAACAAACCCACAGGTCCTAAACTACCAAACCTGCATTAAAAATTTCGGTTGGGGCGACCTCGGAGCAGAACCCAACCTCCGAGCAGTACATGCTAAGACTTCACCAGTCAAAGCGAACTACTATACTCAATTGATCCAATAACTTGACCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCAACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCCGATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGGAGTAATCCAGGTCGGTTTCTATCTACTTCAAATTCCTCCCTGTACGAAAGGACAAGAGAAATAAGGCCTACTTCACAAAGCGCCTTCCCCCGTAAATGATATCATCTCAACTTAGTATTATACCCACACCCACCCAAGAACAGGGTTTgttaagatggcagagcccggtaatcgcataaaacttaaaactttacagtcagaggttcaattcctcttcttaacaacaTACCCATGGCCAACCTCCTACTCCTCATTGTACCCATTCTAATCGCAATGGCATTCCTAATGCTTACCGAACGAAAAATTCTAGGCTATATACAACTACGCAAAGGCCCCAACGTTGTAGGCCCCTACGGGCTACTACAACCCTTCGCTGACGCCATAAAACTCTTCACCAAAGAGCCCCTAAAACCCGCCACATCTACCATCACCCTCTACATCACCGCCCCGACCTTAGCTCTCACCATCGCTCTTCTACTATGAACCCCCCTCCCCATACCCAACCCCCTGGTCAACCTCAACCTAGGCCTCCTATTTATTCTAGCCACCTCTAGCCTAGCCGTTTACTCAATCCTCTGATCAGGGTGAGCATCAAACTCAAACTACGCCCTGATCGGCGCACTGCGAGCAGTAGCCCAAACAATCTCATATGAAGTCACCCTAGCCATCATTCTACTATCAACATTACTAATAAGTGGCTCCTTTAACCTCTCCACCCTTATCACAACACAAGAACACCTCTGATTACTCCTGCCATCATGACCCTTGGCCATAATATGATTTATCTCCACACTAGCAGAGACCAACCGAACCCCCTTCGACCTTGCCGAAGGGGAGTCCGAACTAGTCTCAGGCTTCAACATCGAATACGCCGCAGGCCCCTTCGCC'..b'IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII\n' |
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| b |
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| b |
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| b |
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| b |
| diff -r 86206f93fb13 -r bf30030e5265 test-data/humdb-sanger.prj --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/humdb-sanger.prj Thu Sep 10 16:08:15 2020 +0000 |
| b |
| @@ -0,0 +1,28 @@ +version=1021 +alphabet=ACGT +numofsequences=1 +numofletters=16571 +maxsequenceletters=16571 +letterfreqs=5113 5192 2180 4086 +maxunsortedinterval=0 +keeplowercase=0 +tantansetting=1 +masklowercase=1 +sequenceformat=1 +numofindexes=1 +integersize=32 +totallength=16573 +specialcharacters=451 +prefixlength=10 +subsetseed=A C G T +subsetseed=AG CT +subsetseed=A C G T +subsetseed=ACGT +subsetseed=ACGT +subsetseed=A C G T +subsetseed=A C G T +subsetseed=ACGT +subsetseed=ACGT +subsetseed=A C G T +subsetseed=ACGT +subsetseed=A C G T |
| b |
| diff -r 86206f93fb13 -r bf30030e5265 test-data/humdb-sanger.qua --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/humdb-sanger.qua Thu Sep 10 16:08:15 2020 +0000 |
| b |
| b'@@ -0,0 +1,1 @@\n+@IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII'..b'IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII@\n\\ No newline at end of file\n' |
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| diff -r 86206f93fb13 -r bf30030e5265 test-data/humdb-sanger.sds |
| b |
| Binary file test-data/humdb-sanger.sds has changed |
| b |
| diff -r 86206f93fb13 -r bf30030e5265 test-data/humdb-sanger.ssp |
| b |
| Binary file test-data/humdb-sanger.ssp has changed |
| b |
| diff -r 86206f93fb13 -r bf30030e5265 test-data/humdb-sanger.suf |
| b |
| Binary file test-data/humdb-sanger.suf has changed |
| b |
| diff -r 86206f93fb13 -r bf30030e5265 test-data/humdb-sanger.tis |
| b |
| Binary file test-data/humdb-sanger.tis has changed |
| b |
| diff -r 86206f93fb13 -r bf30030e5265 test-data/last_align_fastq.maf --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/last_align_fastq.maf Thu Sep 10 16:08:15 2020 +0000 |
| b |
| b'@@ -0,0 +1,1781 @@\n+# LAST version 1021\n+#\n+# a=7 b=1 A=7 B=1 e=22 d=13 x=21 y=9 z=21 D=1e+06\n+# R=10 u=0 s=2 S=0 M=0 T=0 m=10 l=1 L=999999999 n=10 k=1 w=1000 t=2.82533 j=3 Q=1\n+# db_files/lastdb\n+# Reference sequences=1 normal letters=16571\n+#\n+# A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B J Z X *\n+# A 5 -2 -2 -2 -1 -1 -1 0 -2 -2 -2 -1 -1 -3 -1 1 0 -3 -2 0 -2 -2 -1 -1 -6\n+# R -2 6 -1 -2 -4 1 -1 -3 0 -3 -3 2 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 -1 -3 0 -1 -6\n+# N -2 -1 6 1 -3 0 -1 -1 0 -4 -4 0 -3 -4 -3 0 0 -4 -3 -4 5 -4 0 -1 -6\n+# D -2 -2 1 6 -4 -1 1 -2 -2 -4 -5 -1 -4 -4 -2 -1 -1 -6 -4 -4 5 -5 1 -1 -6\n+# C -1 -4 -3 -4 9 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -2 -3 -4 -2 -1 -3 -3 -1 -4 -2 -4 -1 -6\n+# Q -1 1 0 -1 -4 6 2 -2 1 -3 -3 1 0 -4 -2 0 -1 -3 -2 -3 0 -3 4 -1 -6\n+# E -1 -1 -1 1 -5 2 6 -3 0 -4 -4 1 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -3 1 -4 5 -1 -6\n+# G 0 -3 -1 -2 -4 -2 -3 6 -3 -5 -4 -2 -4 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -4 -1 -5 -3 -1 -6\n+# H -2 0 0 -2 -4 1 0 -3 8 -4 -3 -1 -2 -2 -3 -1 -2 -3 2 -4 -1 -4 0 -1 -6\n+# I -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -5 -4 5 1 -3 1 -1 -4 -3 -1 -3 -2 3 -4 3 -4 -1 -6\n+# L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -3 1 4 -3 2 0 -3 -3 -2 -2 -2 1 -4 3 -3 -1 -6\n+# K -1 2 0 -1 -4 1 1 -2 -1 -3 -3 5 -2 -4 -1 -1 -1 -4 -3 -3 -1 -3 1 -1 -6\n+# M -1 -2 -3 -4 -2 0 -2 -4 -2 1 2 -2 6 0 -3 -2 -1 -2 -2 1 -3 2 -1 -1 -6\n+# F -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -2 -1 0 -4 0 6 -4 -3 -2 0 3 -1 -4 0 -4 -1 -6\n+# P -1 -2 -3 -2 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -3 -1 -3 -4 8 -1 -2 -5 -4 -3 -2 -4 -2 -1 -6\n+# S 1 -1 0 -1 -2 0 0 -1 -1 -3 -3 -1 -2 -3 -1 5 1 -4 -2 -2 0 -3 0 -1 -6\n+# T 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -2 -1 -1 -2 -2 1 5 -4 -2 0 -1 -1 -1 -1 -6\n+# W -3 -4 -4 -6 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -2 -4 -2 0 -5 -4 -4 11 2 -3 -5 -3 -3 -1 -6\n+# Y -2 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 2 -2 -2 -3 -2 3 -4 -2 -2 2 7 -2 -3 -2 -3 -1 -6\n+# V 0 -3 -4 -4 -1 -3 -3 -4 -4 3 1 -3 1 -1 -3 -2 0 -3 -2 4 -4 2 -3 -1 -6\n+# B -2 -1 5 5 -4 0 1 -1 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 0 -1 -5 -3 -4 5 -4 0 -1 -6\n+# J -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 3 3 -3 2 0 -4 -3 -1 -3 -2 2 -4 3 -3 -1 -6\n+# Z -1 0 0 1 -4 4 5 -3 0 -4 -3 1 -1 -4 -2 0 -1 -3 -3 -3 0 -3 5 -1 -6\n+# X -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -6\n+# * -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 -6 1\n+#\n+# Coordinates are 0-based. For - strand matches, coordinates\n+# in the reverse complement of the 2nd sequence are used.\n+#\n+# name start alnSize strand seqSize alignment\n+#\n+# batch 0\n+a score=62488\n+s humanMito 578 15992 + 16571 GTTTATGTAGCTTACCTCCTCAAAGCAATACACTGAAAATGTTTAGACGGGCTCACATCA-CCCCATAAACAAATAGGTTTGGTCCTAGCCTTTCTATTAGCTCTTAGTAAGATTACACATGCAAGCATCCCCGTTCCAGTGAGTTCACCCTCTAAATCACCACGATC---AAAAGGGA-CAAGCATCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAA-CAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATA--CTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCACACGATTAACCCAAGTCAATAGAAGCCGGCGTAAAGAGTGTTTTAGATCACCCCCTCCCCAATAAAGCTAAAAC---TCACCT---GAGTTGTAAAAAACTCCAGTTGACACAAAATAGACTA-CGAAAGTGGCTTTAACATATCT-GAACACACAATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTCAACAGTTAAATCAACAAAACTGCTCGCCAGAACACTACGAGCCACAGCTTAAAACTCAAAGGACCTGGCGGTGCTTCATATCCCTCTAGAGGAGCCTGTTCTGTAATCGATAAACCCCGATCAACCTCACCACCTC-TTGCT----CAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTGATGAAGGCTACAAAGTAAGCGCAAGTA-CCCA-CGTAAAGACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCCATGAGGTGGCAAGAAATGGGCTACATTTTCTACCCCAGAAAACTACGATAGCCCTTATGAAA--CTTAAGGGTCGAAGGTGGATTTAGCAGTAAACTGAGAGTAGAGTGCTTAGTTGAACAGGGCCCTGAAGCGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCCTCAAGTATACTTCAAAGGACATTTAACTAAAACCCCTACGCATTTATATAGAGGAGACAAGTCGTAACATGGTAAGTGTACTGGAaagtgcacTTGGACGAACCAGAGTGTAGCTTAACA-C--AAAGCACCCAACTTACACTTAGGAGAT-----TTCAACTTAA-CTTGACCG-CTC-TGA--GCTAAACCTAGCCCCA-----AAC---CCACT-------CCACCTTA-CTACCAGAC-AACCTTAGCCAAACCATTTACCCAAATAAAGTATAGGCGATAGAAATTGAAACCTGGCGCAATAGATATAGTACCGCAAGGGAAAGATGAAA---AATT---ATAACC-----AAGCATAATATAGCAAGGACTAACCCCT-ATACCTTCTGCATAATGAATTAACTAGAAATAACTTTGCAAGGAGAGCCAAAG-CTAAGACCCCCGAAACCAGACGAGCTAC-CTAAGAACAGC--TAAAAGAGCAC'..b'IIII----IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII\n+s fuguMito 2 102 - 16447 ataattatattattataatattataatatatgataataa--tatgatgaatatt-----------taattaagTGGAGAGCT-TGGTTCAAACTTAAAGGTCTCTCCTATTTTTta\n+q fuguMito IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII--IIIIIIIIIIIII-----------IIIIIIIIIIIIIIIII-IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII\n+\n+a score=184\n+s humanMito 11733 134 + 16571 TACTATTCTGCCTAGCAAACTCAAACTACGAACGCACTCACAGTCGCATCATAATCCTCTCTCAAGGACTTCAAACTCTACTCCCACTAATAGCTTTTTGATGACTTCTAGCAAGCCTCGCTAACCTCGCCTTA\n+q humanMito IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII\n+s fuguMito 1 103 - 16447 tataattat----attattataatatta---------taatatatg-ataataat---------atga--tgaatatttaattaagTGGAGAGCTTGGTTCAAACTTAAAG---GTCTCTCCTATTT---TTta\n+q fuguMito IIIIIIIII----IIIIIIIIIIIIIII---------IIIIIIIII-IIIIIIII---------IIII--IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII---IIIIIIIIIIIII---IIII\n+\n+a score=183\n+s humanMito 13635 111 + 16571 TCAACCTCGCTTCCCCACCCTTACTAACATTAACGAAAATAACCCCACCCTACTAAACCCCATTAAACGCCTGGC-AGCCGGAAGCCTATTCGCAGGATTTCTC--ATTACTAA\n+q humanMito IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII-IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII--IIIIIIII\n+s fuguMito 1 103 - 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16447 atataattatatta-tta------taatattataatatatgataat---aatatgatgaatatttaattaagTGGAGAGCTTGGTTCAAACTTAAAGGTCTCTCCTA\n+q fuguMito IIIIIIIIIIIIII-III------IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII---IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII\n+\n+# Query sequences=1\n' |
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| b |
| @@ -4,3 +4,4 @@ # humdb humdb Human mitochondrial genome ${__HERE__}/humdb hedgdb hedgdb Hedgehog human protein ${__HERE__}/hedgdb +humdb-sanger humdb-sanger Human mitochondrial genome (fastq-sanger) ${__HERE__}/humdb-sanger |
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| diff -r 86206f93fb13 -r bf30030e5265 tool_data_table_conf.xml --- a/tool_data_table_conf.xml Wed Jul 22 19:50:13 2020 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 |
| b |
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