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Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/usegalaxy-au/tools-au commit 8f8363625623f2ff3f04d12d227673ac134eba24"

added:
README.rst
cactus_export.xml
macros.xml
test-data/bh1.fasta.gz
test-data/bh2.fasta.gz
test-data/evolverMammals.hal
test-data/evolverMammals.maf
test-data/evolverMammals_both.maf
test-data/evolverMammals_noroot.hal
test-data/evolverMammals_noroot.maf
test-data/germ_25.fasta.gz
test-data/hal2maf.maf
test-data/pens_25.fasta.gz
test-data/set_reference.maf
test-data/simCow_chr6.fasta
test-data/simDog_chr6.fasta
test-data/simHuman_chr6.fasta
test-data/simMouse_chr6.fasta
test-data/simRat_chr6.fasta
test-data/test_tree.nhx
test-data/vulg_25.fasta.gz
test-data/within.hal

diff -r 000000000000 -r c18157c68134 README.rst
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.rst Mon Apr 04 06:26:16 2022 +0000

@@ -0,0 +1,18 @@
+Cactus
+======
+
+This suite contains a wrapper for the
+`Cactus <github.com/comparativeGenomicsToolkit/cactus>`__ whole-genome
+aligner and another wrapper for exporting the data it generates.
+
+Requirements
+------------
+
+The developers provide an official Docker container. However, the Docker
+container won’t run unless ``/etc/passwd`` is mounted (`see this
+issue <https://github.com/ComparativeGenomicsToolkit/cactus/issues/677>`__).
+Because of this, it is recommended to run Cactus using Singularity.
+
+Cactus uses a lot of RAM. We have tested it on Galaxy using 24 GB of RAM
+for a progressive alignment of three chromosome-level, 150 megabase
+genomes.

diff -r 000000000000 -r c18157c68134 cactus_export.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cactus_export.xml Mon Apr 04 06:26:16 2022 +0000

[

@@ -0,0 +1,130 @@
+<tool id="cactus_export" name="Cactus: export" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@" profile="@PROFILE@" license="MIT">
+    <description>whole-genome multiple sequence alignment to other formats.</description>
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+    <expand macro="xrefs"/>
+    <expand macro="requirements"/>
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+        ln -s '$hal_file' alignment.hal
+
+        ## make a MAF
+
+        #if $enable_maf.maf_selector:
+            &&
+            hal2maf alignment.hal
+            #if str($enable_maf.ref_level):
+                --refGenome $enable_maf.ref_level
+            #end if
+            alignment.maf
+        #end if
+
+        ## make a VG
+
+        #if $vg_selector:
+            &&
+            hal2vg alignment.hal
+            --hdf5InMemory
+            --chop 32
+            --progress
+            > alignment.pg
+        #end if
+
+    ]]></command>
+    <inputs>
+        <param name="hal_file" type="data" format="h5" label="HAL file" help="Multiple-genome alignment generated by Cactus" />
+        <conditional name="enable_maf">
+            <param name="maf_selector" type="boolean" checked="false" label="Generate a MAF file" />
+            <when value="true">
+                <param name="ref_level" type="text" optional="True" value="" label="Optional: reference genome for MAF" help="Specify one of the Input Genomes as the reference level for the Multiple Alignment Format (MAF) file. This must match the label used in 'Genome Label'. If nothing is specified, the first Input Genome will be the reference genome in the MAF file. This option doesn't affect the HAL output." />
+            </when>
+            <when value="false">
+            </when>
+        </conditional>
+        <param name="vg_selector" type="boolean" checked="false" label="Generate a VG file" />
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="out_maf" format="maf" from_work_dir="alignment.maf" label="${tool.name} on ${on_string} (MAF file)" >
+            <filter>enable_maf['maf_selector']</filter>
+        </data>
+        <data name="out_vg" format="vg" from_work_dir="alignment.pg" label="${tool.name} on ${on_string} (VG file)" >
+            <filter>vg_selector</filter>
+        </data>
+    </outputs>
+    <tests>
+        
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <conditional name="enable_maf">
+                <param name="maf_selector" value="true" />
+            </conditional>
+            <param name="hal_file" ftype="h5" value="evolverMammals.hal" />
+            <output name="out_maf" file="hal2maf.maf" />
+        </test>
+        
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <conditional name="enable_maf">
+                <param name="maf_selector" value="true" />
+                <param name="ref_level" value="simMouse_chr6" />
+            </conditional>
+            <param name="hal_file" ftype="h5" value="within.hal" />
+            <output name="out_maf" file="set_reference.maf" />
+        </test>
+        
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <conditional name="enable_maf">
+                <param name="maf_selector" value="true" />
+                <param name="ref_level" value="simMouse_chr6" />
+            </conditional>
+            <param name="hal_file" ftype="h5" value="evolverMammals_noroot.hal" />
+            <output name="out_maf" file="evolverMammals_noroot.maf" />
+        </test>
+        
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <param name="vg_selector" value="true" />
+            <param name="hal_file" ftype="h5" value="within.hal" />
+            <output name="out_vg">
+                <assert_contents>
+                        <has_size value="3586577" delta="200000" />
+                </assert_contents>
+            </output>
+        </test>
+        
+        <test expect_num_outputs="2">
+            <conditional name="enable_maf">
+                <param name="maf_selector" value="true" />
+                <param name="ref_level" value="simMouse_chr6" />
+            </conditional>
+            <param name="vg_selector" value="true" />
+            <param name="hal_file" ftype="h5" value="evolverMammals_noroot.hal" />
+            <output name="out_maf" file="evolverMammals_both.maf" />
+            <output name="out_vg" >
+                <assert_contents>
+                        <has_size value="53055101" delta="200000" />
+                </assert_contents>
+            </output>
+        </test>
+        
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+**What it does**
+
+Converts the HAL output from `Cactus whole-genome multiple sequence
+aligner <root?tool_id=cactus_cactus>`__ into other formats.
+
+**Input**
+
+A `HAL
+file <https://github.com/ComparativeGenomicsToolkit/cactus#using-the-output>`__
+from `Cactus <root?tool_id=cactus_cactus>`__.
+
+**Output**
+
+Currently, you can export a pangenome in VG format, for use with
+`vg <https://github.com/vgteam/vg>`__, and/or Multiple Alignment Format
+(MAF). Note that MAF is **reference-based**, so it will contain
+alignments to a single reference from your list of inputs (i.e. not a
+graph). By default, the first input genome will be used as the
+reference. You can override this with the ‘reference genome’ option.
+]]></help>
+    <expand macro="citations"/>
+</tool>

diff -r 000000000000 -r c18157c68134 macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml Mon Apr 04 06:26:16 2022 +0000

@@ -0,0 +1,25 @@
+<macros>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">2.0.5</token>
+    <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token>
+    <token name="@PROFILE@">20.09</token>
+    <token name="@DIGEST@">c227e8d8aa41739667f54edbf19902d872dd07cba4c5046d613fe4ba2eb12a0d</token>
+    <xml name="requirements">
+        <requirements>
+            
+            
+            <container type="docker">quay.io/comparative-genomics-toolkit/cactus@sha256:@DIGEST@</container>
+        </requirements>
+    </xml>
+    <xml name="citations">
+        <citations>
+            <citation type="doi">
+                https://doi.org/10.1038/s41586-020-2871-y
+            </citation>
+        </citations>
+    </xml>
+    <xml name="xrefs">
+        <xrefs>
+            <xref type="bio.tools">cactus</xref>
+        </xrefs>
+    </xml>
+</macros>

diff -r 000000000000 -r c18157c68134 test-data/bh1.fasta.gz

Binary file test-data/bh1.fasta.gz has changed

diff -r 000000000000 -r c18157c68134 test-data/bh2.fasta.gz

Binary file test-data/bh2.fasta.gz has changed

diff -r 000000000000 -r c18157c68134 test-data/evolverMammals.hal

Binary file test-data/evolverMammals.hal has changed

diff -r 000000000000 -r c18157c68134 test-data/evolverMammals.maf
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/evolverMammals.maf Mon Apr 04 06:26:16 2022 +0000

b'@@ -0,0 +1,238809 @@\n+##maf version=1 scoring=N/A\n+# hal ((simHuman_chr6:0.144018,(simMouse_chr6:0.084509,simRat_chr6:0.091589)mr:0.271974)Anc1:0.020593,(simCow_chr6:0.18908,simDog_chr6:0.16303)Anc2:0.032898)Anc0;\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t0\t4\t+\t636262\tTTTT\n+s\tAnc0.Anc0refChr9\t0\t4\t-\t35212\tTCTT\n+s\tAnc1.Anc1refChr0\t0\t4\t+\t16026\tTCTT\n+s\tAnc2.Anc2refChr0\t0\t4\t+\t56053\tTCTT\n+s\tmr.mrrefChr0\t0\t4\t+\t130230\tTTTT\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t0\t4\t+\t602619\tTCTT\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t0\t4\t+\t593897\tTCTT\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t0\t4\t+\t601863\tTCTT\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t0\t4\t+\t647215\tTTTT\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t4\t33\t+\t636262\tTCAGTTGCAATACCCAACCGGGAGAAACTTTCA\n+s\tAnc0.Anc0refChr9\t4\t33\t-\t35212\tTCTGGTGCAATACCCAATCTGTAGACAGTTTCA\n+s\tAnc1.Anc1refChr0\t4\t33\t+\t16026\tTCTGGTGCAATACCCAATCTGTAGACAGTTTCA\n+s\tAnc2.Anc2refChr0\t4\t33\t+\t56053\tTCTGGTGCACTACCCAATCTGTAGACAGTCTCA\n+s\tmr.mrrefChr0\t5\t33\t+\t130230\tTCAGTTGCAATACCCAACCTGGAGACACTTTCA\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t4\t33\t+\t602619\tTCTGGTGCGCGACCCAATCTGTAGACGGACTTA\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t5\t33\t+\t593897\tTCTGGTGCACTACCCAATCTGTAGACAGTCTCA\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t4\t33\t+\t601863\tTCTGGTGCAATAGCCAATCTGCAAACAGTTTCA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t5\t31\t+\t647215\t--GGCTGCAATACCCAACCTGAAGACATTTTCA\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t37\t60\t+\t636262\tGTGAGCACACCTCAGGTTCCTATATCAAGCAGGCAGTCTTGCATAGCAAATGGTCTCTGG\n+s\tAnc0.Anc0refChr9\t39\t43\t-\t35212\tATGAGCACACCTTATGTGACTATATCAAGCA-----------------CATAGTCTTGCA\n+s\tAnc1.Anc1refChr0\t39\t60\t+\t16026\tATGAGCACACCTTATGTGACTATATCAAGCATACAGTCTTGCCTAGCACATAGTCTTGCA\n+s\tAnc2.Anc2refChr0\t39\t43\t+\t56053\tATGAGCACACCTTATGTGACTATATCAAGCA-----------------CATAGTCTTGCA\n+s\tmr.mrrefChr0\t38\t60\t+\t130230\tGTGAGCACACCTCAGGTTCCTATATCAAGCAGACAGTCTTGCATAGCAAATGGTCTCTGA\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t39\t43\t+\t602619\tCTGAGCACACCTTATGTGATTATATCAAGCA-----------------GATAGTCTTGCA\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t40\t41\t+\t593897\tAT--ACAAACCTTATGTGACTATATCAAGCA-----------------CATGGTCTTGCA\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t39\t58\t+\t601863\tATGAGCACACCTTATATGAC--TATCAAGCATACAGTCTTGCCTAGCACACAATCTTGCA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t36\t60\t+\t647215\tGTGGGCCCACCTCAGGTTCTTATATCAAGCAGACAGTCTTGCGCAACAGATGGTCTCTGA\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t97\t41\t+\t636262\tTAGACGGTGCACTCAATCTATGTGAGGTATAGAAAATAAAG\n+s\tAnc0.Anc0refChr9\t82\t41\t-\t35212\tTAGATTGTGCAATCACTCTATCTGAGAGTCAGAGACCAAAG\n+s\tAnc1.Anc1refChr0\t99\t41\t+\t16026\tTAGATTGTGCAATCACTCTATCTGAGAGTCAGAGACCAAAG\n+s\tAnc2.Anc2refChr0\t82\t41\t+\t56053\tTAGATTGTGCAATGACTCTATCCAAGAGTCAGAGACCAGAG\n+s\tmr.mrrefChr0\t98\t41\t+\t130230\tTAGACGGTGCACTCAATCTATGTGAGGGATAGAAAACAAAG\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t82\t41\t+\t602619\tTTGATTGTGCAATGACTCTATCCAAGAGTCAAAGACCAGAG\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t81\t41\t+\t593897\tTAGATTGTGCAATGACTCTATCCAAGAGTCAGAGGCTGGAG\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t98\t41\t+\t601863\tTAGATTGTACAATCTCTCGTTCTGGGAGTCAGAGACCAAAG\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t96\t41\t+\t647215\tTAGACAGTGCACTCAATCTATGTGAAGGATAGAAAACAAAG\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t138\t39\t+\t636262\tGACTACACACATCTCATCAAGTATCCCGTCATATTTGTG\n+s\tAnc0.Anc0refChr9\t127\t37\t-\t35212\tTACT--GCATAGTTCATCGAGTATCCTGGAGTCTTGGTC\n+s\tAnc1.Anc1refChr0\t144\t37\t+\t16026\tTACT--GCATAGTTCATCGAGTATCCTGGAGTCTTGGTC\n+s\tAnc2.Anc2refChr0\t127\t37\t+\t56053\tTACT--GCATAGTTCATTGAGAATCCTGGAGTCTTGGTC\n+s\tmr.mrrefChr0\t139\t37\t+\t130230\tGACT--ACACATCTCATCAAGTATCCTGTCGTATTTGTG\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t126\t36\t+\t602619\tTACG--GCATAGTTTATTG-GAATCCTGGAGTATGGGTC\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t126\t37\t+\t593897\tTATT--ACATAGTTCTCTGAGAATCCTGGAGTCTTTATC\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t143\t37\t+\t601863\tTACT--GTGTGGTTGATCGGGTATCCTGGAGTGTTGGTA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t137\t37\t+\t647215\tGACT--ACTCATCTCATCAAGTATCCTGTCGTATTTGTG\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t177\t9\t+\t636262\tGCAAAACAC\n+s\tAnc0.Anc0refChr9\t175\t9\t-\t35212\tGCAAAGCGC\n+s\tAnc1.Anc1refChr0\t192\t9\t+\t16026\tGCAAAGCGC\n+s\tAnc2.Anc2refChr0\t175\t9\t+\t56053\tGCAAAGCGC\n+s\tmr.mrrefChr0\t187\t9\t+\t130230\tGCAAAACAC\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t173\t9\t+\t602619\tGCAAAGCAC\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t174\t9\t+\t593897\tGCAAAGCGC\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t191\t4\t+\t601863\tA'..b'r6\t593734\t7\t+\t593897\tCCATGGA-----------\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t601703\t7\t+\t601863\tCCAGCCA-----------\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t1101\t7\t-\t647215\tTGTGCCA-----------\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t636055\t35\t+\t636262\tATGAACCACTCAAGAACATTATGAGCGTTATAGGG\n+s\tAnc0.Anc0refChr2\t17835\t35\t+\t17989\tATCAACTGCTCGGGAAGATCATCAGCCTCATATGG\n+s\tAnc1.Anc1refChr1\t69613\t35\t+\t69767\tATCAACTGCTCGGGAAGATCATCAGCCTCATATGG\n+s\tAnc2.Anc2refChr1\t142833\t35\t+\t142988\tATCAACTGCTCGGGAAGATCATCAGTCTCATATGG\n+s\tmr.mrrefChr1\t492\t35\t+\t670\tATGAACCACTCAAGAACATTATGAGCCTTATAGGG\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t602467\t34\t+\t602619\tACCAACTGCTCTGG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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
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@@ -0,0 +1,1 @@
+((simHuman_chr6:0.144018,(simMouse_chr6:0.084509,simRat_chr6:0.091589)mr:0.271974):0.020593,(simCow_chr6:0.18908,simDog_chr6:0.16303):0.032898);
\ No newline at end of file

diff -r 000000000000 -r c18157c68134 test-data/vulg_25.fasta.gz

Binary file test-data/vulg_25.fasta.gz has changed

diff -r 000000000000 -r c18157c68134 test-data/within.hal

Binary file test-data/within.hal has changed