Repository 'hyphy_conv'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/hyphy_conv

Changeset 1:c1d24ff838c8 (2021-04-20)
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Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/hyphy/ commit e22821f51ae326b3696a9456cbc44f9982512a52"
modified:
hyphy_conv.xml
added:
test-data/conv-out1.nex
removed:
test-data/conv-out1.nhx
b
diff -r 9ce3d6d4bd0e -r c1d24ff838c8 hyphy_conv.xml
--- a/hyphy_conv.xml Tue Apr 20 10:31:50 2021 +0000
+++ b/hyphy_conv.xml Tue Apr 20 19:55:16 2021 +0000
[
@@ -1,5 +1,5 @@
 <?xml version="1.0"?>
-<tool id="hyphy_conv" name="HyPhy-Conv" version="@VERSION@+galaxy0" profile="19.09">
+<tool id="hyphy_conv" name="HyPhy-Conv" version="@VERSION@+galaxy1" profile="19.09">
     <description>translate an in-frame codon alignment to proteins</description>
     <macros>
         <import>macros.xml</import>
@@ -11,7 +11,7 @@
             '$gencodeid'
             '$deletions'
             conv_input.fa
-            aa.nhx
+            aa.nex
             > ./conv.log
         @ERRORS@
     ]]></command>
@@ -25,13 +25,13 @@
         <data name="conv_log" format="txt" from_work_dir="conv.log">
             <filter>save_log</filter>
         </data>
-        <data name="proteins" format="nhx" from_work_dir="aa.nhx" />
+        <data name="proteins" format="nex" from_work_dir="aa.nex" />
     </outputs>
     <tests>
         <test>
             <param name="input_file" ftype="fasta" value="conv-in1.fa"/>
             <param name="deletions" value="Keep Deletions" />
-            <output name="proteins" file="conv-out1.nhx" />
+            <output name="proteins" file="conv-out1.nex" />
         </test>
     </tests>
     <help><![CDATA[
b
diff -r 9ce3d6d4bd0e -r c1d24ff838c8 test-data/conv-out1.nex
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/conv-out1.nex Tue Apr 20 19:55:16 2021 +0000
b
b"@@ -0,0 +1,27 @@\n+#NEXUS\n+\n+BEGIN TAXA;\n+\tDIMENSIONS NTAX = 8;\n+\tTAXLABELS\n+\t\t'epi_isl_1041406_hCoV_19_USA_NY_PRL_2021_02_08_05H12_2021' 'epi_isl_1041403_hCoV_19_USA_NY_PRL_2021_02_08_05H08_2021' 'gb_MW540268_Organism_Severe_acute_respiratory_syndrome_coronavirus_2_Strain_Name_SARS_CoV_2_human_USA_MA_MASPHL_01380_2020_Segment_null_4' 'gb_MW467454_Organism_Severe_acute_respiratory_syndrome_coronavirus_2_Strain_Name_SARS_CoV_2_human_EGY_EGY_CCHE57357_A_46_2020_Segment_null_1' 'gb_MT496989_Organism_Severe_acute_respiratory_syndrome_coronavirus_2_Strain_Name_SARS_CoV_2_human_IND_GBRC63_2020_Segment_null_3' 'gb_MW525081_Organism_Severe_acute_respiratory_syndrome_coronavirus_2_Strain_Name_SARS_CoV_2_human_USA_MO_CDC_STM_0000025_G03_2021_Segment_null_1' 'gb_MW518841_Organism_Severe_acute_respiratory_syndrome_coronavirus_2_Strain_Name_SARS_CoV_2_human_USA_CA_CDC_STM_220_2020_Segment_null_1' 'REFERENCE' ;\n+END;\n+\n+BEGIN CHARACTERS;\n+\tDIMENSIONS NCHAR = 1273;\n+\tFORMAT\n+\t\tDATATYPE = PROTEIN\n+\t\tGAP=-\n+\t\tMISSING=?\n+\t\tNOLABELS\n+\t;\n+\n+MATRIX\n+ ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ET\n+ ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????\n+ LVFFFVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGLSPTKLNDLCFTNVYADSFVI"..b'DPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT\n+ MLVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFYNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQGVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIE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b
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+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
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