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Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/hifiasm commit 590539b6db0f8ef16d31c2023a22aa97143bf024 |
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modified:
hifiasm.xml test-data/hifiasm-out-hifi-a.gfa test-data/hifiasm-out-hifi-p.gfa test-data/hifiasm-out1-primary.gfa test-data/hifiasm-out1-processed.gfa test-data/hifiasm-out1-raw.gfa test-data/hifiasm-out2-primary.gfa test-data/hifiasm-out2-processed.gfa test-data/hifiasm-out2-raw.gfa test-data/hifiasm-out3-primary.gfa test-data/hifiasm-out3-processed.gfa test-data/hifiasm-out3-raw.gfa test-data/hifiasm-out4-primary.gfa test-data/hifiasm-out4-processed.gfa test-data/hifiasm-out4-raw.gfa test-data/hifiasm-out5-primary.gfa test-data/hifiasm-out5-processed.gfa test-data/hifiasm-out5-raw.gfa test-data/hifiasm-out6-primary.gfa test-data/hifiasm-out6-processed.gfa test-data/hifiasm-out6-raw.gfa test-data/hifiasm-out7-primary.gfa test-data/hifiasm-out7-processed.gfa test-data/hifiasm-out7-raw.gfa test-data/hifiasm-out8-primary.gfa test-data/hifiasm-out8-processed.gfa test-data/hifiasm-out8-raw.gfa |
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| diff -r 5f625c63b8bc -r c388a21dcbf1 hifiasm.xml --- a/hifiasm.xml Tue Oct 25 18:13:16 2022 +0000 +++ b/hifiasm.xml Fri Jan 20 22:27:43 2023 +0000 |
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| b'@@ -1,8 +1,8 @@\n <tool id="hifiasm" name="Hifiasm" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@">\n <description>haplotype-resolved de novo assembler for PacBio Hifi reads</description>\n <macros>\n- <token name="@TOOL_VERSION@">0.16.1</token>\n- <token name="@VERSION_SUFFIX@">4</token>\n+ <token name="@TOOL_VERSION@">0.18.5</token>\n+ <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token>\n <token name="@FORMATS@">fasta,fasta.gz,fastq,fastq.gz</token>\n <xml name="reads">\n <param name="reads" type="data" format="@FORMATS@" multiple="true" label="Input reads" />\n@@ -293,7 +293,7 @@\n <data name="log_file" format="txt" from_work_dir="output.log" label="${tool.name} ${on_string}: log file">\n <filter>log_out</filter>\n </data>\n- <collection name="noseq files" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: noseq files">\n+ <collection name="noseq_files" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: noseq files">\n <discover_datasets pattern="__name_and_ext__" format="gfa1" directory="noseq_files" />\n </collection>\n </outputs>\n@@ -305,11 +305,6 @@\n <output name="raw_unitigs" file="hifiasm-out1-raw.gfa" ftype="gfa1" />\n <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out1-processed.gfa" ftype="gfa1" />\n <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out1-primary.gfa" ftype="gfa1" />\n- <output name="alternate_contig_graph" ftype="gfa1">\n- <assert_contents>\n- <has_size value="0"/>\n- </assert_contents>\n- </output>\n </test>\n <test expect_num_outputs="5">\n <param name="reads" value="hifiasm-in2-0.fa.gz,hifiasm-in2-1.fa.gz,hifiasm-in2-2.fa.gz,hifiasm-in2-3.fa.gz,hifiasm-in2-4.fa.gz" ftype="fasta.gz" />\n@@ -318,11 +313,6 @@\n <output name="raw_unitigs" file="hifiasm-out2-raw.gfa" ftype="gfa1" />\n <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out2-processed.gfa" ftype="gfa1" />\n <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out2-primary.gfa" ftype="gfa1" />\n- <output name="alternate_contig_graph" ftype="gfa1">\n- <assert_contents>\n- <has_size value="0"/>\n- </assert_contents>\n- </output>\n </test>\n <!-- Test logfile out-->\n <test expect_num_outputs="6">\n@@ -333,14 +323,9 @@\n <output name="raw_unitigs" file="hifiasm-out1-raw.gfa" ftype="gfa1" />\n <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out1-processed.gfa" ftype="gfa1" />\n <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out1-primary.gfa" ftype="gfa1" />\n- <output name="alternate_contig_graph" ftype="gfa1">\n- <assert_contents>\n- <has_size value="0"/>\n- </assert_contents>\n- </output>\n <output name="log_file" ftype="txt">\n <assert_contents>\n- <has_line line="[M::main] CMD: hifiasm -t 1 -o output -f 0 --primary input_0.fasta.gz"/>\n+ <has_text text="-o output -f 0 --primary input_0.fasta.gz"/>\n </assert_contents>\n </output>\n </test>\n@@ -363,19 +348,19 @@\n <output name="hic_balanced_contig_hap1_graph" ftype="gfa1">\n <assert_contents>\n <has_text_matching expression="^S" />\n- <has_size value="59529" delta="500"/>\n+ <has_size value="83914" delta="500"/>\n </assert_contents>\n </output>\n <output name="hic_balanced_contig_hap1_graph" ftype="gfa1" >\n <assert_contents>\n <has_text_matching expression="^S" />\n- <has_size value="59529" delta="500"/>\n+ <has_size value="83914" delta="500"/>\n </assert_contents>\n '..b' <assert_contents>\n- <has_size value="0"/>\n- </assert_contents>\n- </output>\n+ <assert_command>\n+ <has_text text="-1 hap1.yak" />\n+ <has_text text="-2 hap2.yak" />\n+ <has_text text="--primary" />\n+ </assert_command>\n </test>\n <!-- Test ignore-error-corrected option -->\n <test expect_num_outputs="5">\n@@ -423,11 +393,6 @@\n <output name="raw_unitigs" file="hifiasm-out3-raw.gfa" ftype="gfa1" />\n <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out3-processed.gfa" ftype="gfa1" />\n <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out3-primary.gfa" ftype="gfa1" />\n- <output name="alternate_contig_graph" ftype="gfa1">\n- <assert_contents>\n- <has_size value="0"/>\n- </assert_contents>\n- </output>\n </test>\n <!-- Test expected haplotype number -->\n <test expect_num_outputs="5">\n@@ -441,11 +406,6 @@\n <output name="raw_unitigs" file="hifiasm-out4-raw.gfa" ftype="gfa1" />\n <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out4-processed.gfa" ftype="gfa1" />\n <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out4-primary.gfa" ftype="gfa1" />\n- <output name="alternate_contig_graph" ftype="gfa1">\n- <assert_contents>\n- <has_size value="0"/>\n- </assert_contents>\n- </output>\n </test>\n <!-- Test min_hist_cnt option -->\n <test expect_num_outputs="5">\n@@ -459,11 +419,6 @@\n <output name="raw_unitigs" file="hifiasm-out5-raw.gfa" ftype="gfa1" />\n <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out5-processed.gfa" ftype="gfa1" />\n <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out5-primary.gfa" ftype="gfa1" />\n- <output name="alternate_contig_graph" ftype="gfa1">\n- <assert_contents>\n- <has_size value="0"/>\n- </assert_contents>\n- </output>\n </test>\n <!-- Test max_kooc option -->\n <test expect_num_outputs="5">\n@@ -477,11 +432,6 @@\n <output name="raw_unitigs" file="hifiasm-out6-raw.gfa" ftype="gfa1" />\n <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out6-processed.gfa" ftype="gfa1" />\n <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out6-primary.gfa" ftype="gfa1" />\n- <output name="alternate_contig_graph" ftype="gfa1">\n- <assert_contents>\n- <has_size value="0"/>\n- </assert_contents>\n- </output>\n </test>\n <!-- Test hg-size option -->\n <test expect_num_outputs="5">\n@@ -495,11 +445,6 @@\n <output name="raw_unitigs" file="hifiasm-out7-raw.gfa" ftype="gfa1" />\n <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out7-processed.gfa" ftype="gfa1" />\n <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out7-primary.gfa" ftype="gfa1" />\n- <output name="alternate_contig_graph" ftype="gfa1">\n- <assert_contents>\n- <has_size value="0"/>\n- </assert_contents>\n- </output>\n </test>\n <!-- Test ignore-error-corrected option -->\n <test expect_num_outputs="5">\n@@ -513,11 +458,6 @@\n <output name="raw_unitigs" file="hifiasm-out8-raw.gfa" ftype="gfa1" />\n <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out8-processed.gfa" ftype="gfa1" />\n <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out8-primary.gfa" ftype="gfa1" />\n- <output name="alternate_contig_graph" ftype="gfa1">\n- <assert_contents>\n- <has_size value="0"/>\n- </assert_contents>\n- </output>\n </test>\n </tests>\n <help><![CDATA[\n' |
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| diff -r 5f625c63b8bc -r c388a21dcbf1 test-data/hifiasm-out-hifi-a.gfa --- a/test-data/hifiasm-out-hifi-a.gfa Tue Oct 25 18:13:16 2022 +0000 +++ b/test-data/hifiasm-out-hifi-a.gfa Fri Jan 20 22:27:43 2023 +0000 |
| b |
| b'@@ -1,6 +1,9 @@\n S\tatg000001l\tAAAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAACAACATAACAAGACAAAACAAAGCAGGAGAGAGGAAGTGCAGTATCTGATTGTAAGTTTGAATTGAGGGTGGATATAGGGATGGACTGCATTTTGGGTGATGGCAAGAAATCAGAGGTTTGTGGCCACTGTTTAGATTAGTCTCAGCCTTCAAATGGTGGTTCCTGAGGTAGAGTCTGGGGAATGATAGCTGTAGAAACTGGATTACAGAGAATTGAGGAGAAAGTAGGTGGTGAGGAAACAAGGACAGCTCAAGTGGATGAATAGGACATCTGTTACTTTTGCCACCCAGCGTTCTTTTACCCTGCTGCTAAATGTTTCTCGATTTCCTTCTGGGACCCACCCGTGCTCGCTTTCAGTCCATATGGATTTAGCATTGGAACTCATAACTTTTCTTTAAGACCATTATAACAGTGCATTTTCCTGGCCACAAGGACTGGTTCAGGATTTGTCCTGTTACACAAGCCAATCAAAGTAGGTTTGTTTTTGTTTTTTATCCTGGTAATATTGGACAATGAGTCTCATTTTTCTACTGCGGGAGGGAATCTGGAAGAACATGATGACAGGGAAGAGGCTGTCTGAGGAGGAAGCCAACAGAGAGAACTGAATAAAGGGATAAGGTTGAACCAGATCCTGATGATACTGTTGCTGGGGGGCCTCTATACCCAGCCCTGCCTGAAGTCAGGACCACCCCCTAGTTTTGCTTAACCCCATTTAATCAGTTTCTGTCATTTTTTAACAAAGCACTAACTGCTTGTAGGGTAACTCAGCTTCTATGTGAAGAAAAGCAGTAAGAATCCTTCATATCCTAATGGGAAAATCATTGTATTTTTATGAGGGTGAGATATATTTGGTGTAGAGATTATGCAAATCTGGTGATCAAGGTTCTTATTATTAAGCCAAAGGGAAGACAGTGTTTTAGATGGAAGAATAATTAGTAGGTTTGACTACAAAACCTATGCATTTTTCCCTCAGGCATGACCACATTATTATCAATTTCAACAGATATATTCTTGAAAGAAGGTTTTTTTTTCTTATTCACTAAAACAGTTACTTATTTTTTTTTTCATATTTGATAGCAGCTTTTTTTATTGGTTACAAAACCTAAGCCCATATACAAAATTAGGAACACATTTAGATGCCTCTTTTGAAAGAACATTTTGTCTTTTTAAACTGAGTTTAAAAAAAATAAAAACAATGCAATTTTTAAACACTATTTGAAAACTTAAAAGTGCAGCAATATACTTAGTTTCCTTTATCTACGAAATGGTGCAATTCCAATTCAAAACTGGTAAGGTCACAAATTGAATCAAGGAAATGCATACAAATGTCTGCATTACTTGATGCTAATGTTCACTTGAATGTTAGTTTGCACTTTAAAAACATGAGAGGAAATAGGAATCATCACAGTAGAGGCCCAATTTTAATCATAATGTGTGCAAATTTTAAAAGGTAACTGTCAGTTAAGTAAGGAAAGTCCAGAAGAAACTAAACTGGAAGGGGTACAGTTCACAATATCAAGAAGATTTGGGACAAAAAACTGCAAAAGTCTAAAATACCCATTGGTGATGTTTTTTAAAAAATCTTGCTTTCAGCTTTCAGGAGTTAATATTCTTTGTTTTAACTTGATAATTGGATATGGTTGATTTATATTGGGTTTAAACTGTGGAGCTTTCATGTTTACTGTAATTTAGTCTTAAAATATTTTTTACTTAGTAACCAGTACTTTTGCTAATGTGGTTGGCAACAAACCAGCAACTATTTAAAAGTGTCATAAGGGTTCATTCTTTGAGTACTGGGAAAGTTAATTCAGATCCTACTCAAAAAGCATCTTCACATATTAAAAGATTCAGACAGGGATCTGTGTAGAGGAGTAATTTGCAGTTATTTAACATAAACCTGATTTGCAGTGATCTCTAAGTAACAGTTACTTATTGTATGAATGCATATGTGGGCTTTTTAGGTACTTTTCTCCTCTCCACTCCACTCGGGGGCCTTTCAGTTTAGGGCTATGACACAGCCACCACTTTGCATCATTTACACCATCCTGAAAACCTGCAGGGCTCTTCCTTGCTCCTGGCTGTTGGAATTGAAATATCTTTTTTCCTCTTCTTCAGAATGGTGTTTTGATTTCTTATCAGCTGCCAGCTGGATTTGAAGGCCTATAGCCTAATCACCTAGATAGATAAGGAAAGTTGTCATATTTTGTCTTTGGCTGATAGGAATTTAGAACACAAACAAACTCAAAAGAGTCAACCTTTGGGTAAGATTAAACCAGTGACTCTAATTCAGATCATTCCATAAATTGTATTATCTTGAGCAAAACACTCTATTCCTTGACATTGCAGATTATAAATGTTGGGAATAAAGAGAAATAAGTGAATCCCAAACCTTTTTATATTATGATACACATATAAATTATAATGTTTGATAGGTACATGGAAATAAATAGATGAGGCTTCTCACTGCTAAAGGTGGCCAGGCTGGTTTGAGGGGATCAGTAGCTCAGCATACCTTACCCTATTCTTGACACTCTGGTTGGGAAGCTCTTGAATTTGTAAACCATATGGACTGGGTTTTCGTCCTGGCTCAGTCACTAAGCCCCACTACGTTCTTGTGGCATTCTCTTTTCCTTTTGAGTCCTCGGTTCTGAATGCTTAAATGAGGAATCTGAGGTCTAGTTCAAATGTAAATGCCATTTATCAGGCATATATAAAAAAGCATTATCAGATATAAAAATGGAGGTTTTTGAGATATACTGAGACTTTAAGCATGAAAGCATCTATAAGAGTTTACCACTTAGATCTGTTTAATTACTGCTAAGGACACTTACTTTTTAAAAAACAGCATGCCTACATTATCTAGATACCTGTATGACAGTATGTGATGGACAGTGTCAGGGTCTGACTTAAGCACCCAGAGATTAGTCACAGAATTTCTGAGGTGAGGGCATTCAGATCCTCTATTCCCCCAATATAAAAGGAGACTCTTTAAAAATCATCATTGTATAGTTGCATAGAACATCATGCAAATATGCAATTGAAGATCCAAGCATATAAATCCATAATCTTATACATTATTAACTAGCCTAACCCTCCTTAGTCAAATATAATCACATGAAGTTAGAGACAATTTAGTTCCAGTAACATACTACACTCTCTCCCAGCCCCCCACCTCCACCCGCCATCAACAGCAAGTGCAGACCACTTTCATGGGACAGGGCAGCACTAGATCCACCAGGTAGGAATATTTAGGGACAAATGATCAGGATGTAAGGAAGCTGAAGTTACCACCAGGCAGTGCTCATTCTGGTGGGCAAATCCAGGGTCCAAGGGAATCAATAATTAATGATCATAGTCCAGGTAAACTTTGGCAATGACATGAGGAGGTTCAAGGCGATGGAATGGATCACCATGAAGAAGACTTTGGAGTTGAAATATTCAATGAACCAAGCAGATTTTGGCTTTAAGATGGTCTGTAAGTGAGTAGTTATGTTACATACACTAAGATGAAGTTCTGGAACAACTTCAATGATAGAGCTTCAGACTACCGGAAAATCAAGGGCAAGAACAAGATTAATGTTCATGAAAGACAGGGTTGTGTTCATTGAATGCACACAGGCACACACAGAAATTAATGGACACATATGGAGTGTTTACACGCAAGACTGTGTCACATGTTTACACACACTGCTCCATTTAATTCTTGCTAAATCTCCAAAGGACATTCATTATTCTATTTATAGATGAGACAACAGAGACTTAGTAGCTACCAATAGTCACACAGTTAGTAAATGGCAGAAACAAGATTCGAACTCAGGTCTGACTTCAAAGTTCATTTTCTTTTCACTGGTATGTTACAGAGGCTAGGTAACTAGGATCTTGAGAATAGGGACCAAGGAAGAAACACTGAGTAAAATGGGTAGATCCAATTGGTTTT'..b'TAAAGAGCTTCTGCACAGCAAAAGAAACTATCATCAGAGTGAACAGGCATCCAACAGAGTGGGAGAAAATTTTTGCAGTCTACTTACTGACAAAAGTCTAATATCCAGAATTTACAAGGAACTTAAACATATTTATGAGAAAAACTTCATCACAAAGTGGGCAAAAGAGATGAACAGACACTTCTCAAAGGAAGACATTTACACGGCCAAAAAACGTATGAAAAAGAGTTAAACATCACTGATCATCAGAGAAATGCAAATCAAAATGATAATGAGATACCATCTTACGCCAGTCAGAATGGCGATTATTAAAAAGGCAAGAAACAATAGATCCTGGTGAGGCTGTGGAGAAATACGAACATTTTTATGCTATTGGTGGGAATGTAAATTAGTTCAACCATTGTGGAAGACAGTATGGCAATTCTTCAAAGATATAAAACCAGAAATACCATTTGACCCAGGAATCCCATTGCTGGGTATATAGCCAAAGGAATATAAGTCAATCTGCTGAAAAGACACATGCACACGTATGTTTATTACAGCACTATTCACAATAGCAAAGACATGGAACTAACCCAAATTCTCAACAATGATAGACTATTTGATAAAGAAAATGTGGTACATATACACCAGGGAGTACTACACAGCCATAAAAAGGGACACGATCATGTTCTTTGCAGGGACATGGATGAAGCTGGAAGCCATCATCTTCAGCAAACTAACACAGAAGGAGAAAACCAAACACCACATGTTCTCACTCATAAGTGGGAGTTGAACAATGAGAACACATGGGCACAGAGAGGGGAACATCACACACTGGGGCCTGTTGCGGGATGGGGGAAAGGGGAGGGAATTTAGAGGACAGGTCAATAATACATCAAGCCCCCATGGCACACGTATACCTATGTAACAAACCTGCACATTCTGCACATGTATCCTGGAACTTAAAGTAAAATTTAAAAATAAAATTTAAAGTAAAAATAAAATTTTGATTAAAAAAGTTAAAAAATAAAATCACGCAGCTGCTGTGGAAAACAGTTTGTTGGTTCCTCAAAAATTTAAACACAGAATTACATGTAATCCAGCAATTCCTCTCCTAGGTTTATAGGTAAGAGAATTGAAAACAGGGACTCAAACAGACACTTGTATGTCAGTGTTCACTGCAGCCTTATTCAAAATACACAAAAGATGGAATGAAGCCAAATGTCTACCCATGTATGAATGGATAAAGAAAACTTGGTATATGTATCCAGTGGGATATTATTCATCCATAAGAAAGGAATGAAGTTCTGATACGTACTACAGTGTGGATAAGCCCTAAAAACTATGCTATGTGAAGGAACCATGCACAAAAGGACAACTATTCTTTAATTCCACTTATATGAAATATCAAAAATAGGCAAATTTATTGAGACAGAAAGTAAATTAATGGTTAACAGGGGATGGTGGCGGGAGTCATGGGAGTTATTGCTTAATGGTTACAGAGTTTTTGTTGAGGCAATAGAAAAGTTTGATTAATAGTGGTGATGGTTGCATAACACTGTGAATGTATTTAATGCCACTGAATTGTGCACTTAAAATGTTTATAATGGAAAATTTTAAAAAAACAAAACAAAACAGGTAGCTTGGTCCTATTTCCAAAGTCTGATTCAGTGGACCTAGGTTGGGACCCAAATCTTTTCATTTCTAACAAGCTGCCAGGTGATGGTGATGCTGCTGGTTCTGGGACATGCTTTAGACAGAAACATAACAAGAACTCCAGGGCCGGGAAGAAGAATCTTGGTTTCAAGGGATGGAGATCTGAGTTTGAATCCTGAACATACCTCTTTATTATAGCTGTTGAACTTGTGTTGCTTTGCTTTTTGAAGCCAATGAAGTTAACTCTCTTGCTTAAATTCTTTTAGTGACTCTCTATTGCATGTCAAACCAGCGTAAGATCTGGTCCTTGCTGTCCTCTGCAACCTTCTCTCATGCCATTTTCTCTTCTGCCCACCATGCCTCAGCCACACTACTCTTTTATAGTTCCTTGAACATAACAGGGCCTTTTCACCTGCTTGTGCCCAGGACAGTTTTCATTCGGTTGTTTGAAATGTTGTCTTCTTTATTTTTCTAAATTAATTATAATTTGTATTTTAAGTGCTAGGGTACATGTGCAGGATATTTTCCTGGAGCACCCTCTCTTTGCAGGTCCGTCACCATTACTGCATATATCGGTTAGCTATTGCTGCACAACAAACCCCCAAAACTCAGGGGCTTATGTCAGTAACCTCACAGGTCTGCTCAAAAATTGTGTTGATAAGGATCGGTCTTGGTTGATCCCCTCTAGATTTACTCATATGCCTGTAGCTGGCTGGTGGAGTTGGCCAAAGGCTGACTTAACTGGGATAGTCTCAGTGCCATGGTGATTAACTCCTGGCTGGGGCAATGTTGACGACTGGACCATGTGTCTTTCATTATCTAACAGGCCAGCCTGGGCTTGTTCCCGTGGTGCTCGGCAATGTTTCAAGGTAGAGTAGATGTTCACAAGACCCTTGAGGCCTAGGCTGGGAACTGGCACACCATCACTTCCACAGTGCTTTACTGATCAAAGCAAGTCACAAGACTAGCCCCAGACTTAAGGGATGGGGAAACAGACTCCCCCTCTTGAAGTGAGGGTGTACAAAGTCACTGTTCAAAATGTGTGAGTACAAATGGGGAATCAATTTGCAATCATTCTATCACATACTTTCCAACTGAAACATCTCCATTTCCGGCCCCGCACTCACCACAGTTTGAGAGTGTAGGCAGGGCTGGCTTCATGGGCCATCAACCTGAGCAGTCCCAGGGGGGCCGTGCTTAGAAAGGTCCTGTGATTAGATTACTGCCCTGCTGTTGCCCTCTTCAATTGTTTAGTAAATTTTGAACAAGGGACTCTGCAAATTATGTAGCAGGTTCTAAGTATAGTTTATGTGGGTGTTTATTTGTTCATCATTGGTCTTTCTAGATTGTAGGCTTCACCAGGGTCAGAACTAGCTCTCATTCAGCAAGTGCTTAGAAGTACCAGGTACATAACTGGCAGACAATATACTGTTAATGAATGAATGTACCAGTTATGAATTTATCTTCTTATTTGTAAAGTTCCAGAGATGTCTTTCCTGAAGGTAATGCAGATTATATAAGAATATGTATTAAAAGCAACTTGCACATAGTACATTTGTAACACATGTCTCCATCCCTTTTTAGTATTTAAGCACATAAAAATGCATTTCTTGGCATTTAATGCTCCCTGTATGTTTAACTGTATACTGTAGAAATGAAGGCACTCTTCCTGTCTTTTAGGAATTTCTGTTTTAGTTATGAGGATATGATTAAGAGAGAGAGAACAGTTCTTCCTATTATCTATTCCAGCTTGATGAGTGTATGATTCTCTGTAGATATAAAGAACTTTGTGCTTGAGCTCAAATACCTGGTACAGACAGATAACACAAAGAACATTCAGAGACTTGGACAATCATTTTGCTGCAGAGGTGGGTTATGGGAATGTAGAGGACAGAACCAACAGTTATTGAATACTTCCTATGTTACAGACTTTGGCCCTGCATATAGTATCTCAGTTAATTACATTTCACCTTCAGAGAAATCCTACTAAGTTAGTGATTTTTATCCCCATTGTGTAGGTCAGGCAATTGGACTCAGATTAAGTAAGTTGCCAACCTTATATAGCCCAGAAGTGATGGAAATGGGATTTAGACCCAGGTCTTTATGATTTCAAAGTCTTTGCTCCTTCATTCAACAAATATTTATTAAGGGCTTACCCTGTGTTTCCACAGTTACCACTGTGTTGATT\tLN:i:17948\trd:i:0\n+A\tatg000003l\t0\t-\tm64011_190901_095311/29166179/ccs\t0\t16328\tid:i:75\tHG:A:a\n+A\tatg000003l\t5181\t+\tm64012_190921_234837/159975018/ccs\t0\t12767\tid:i:79\tHG:A:a\n' 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