Repository 'meme_fimo'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/meme_fimo

Changeset 11:c470b36b592d (2017-08-23)
Previous changeset 10:307b2f3559bf (2017-06-29) Next changeset 12:02f6ad791bbf (2018-04-25)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/meme commit 3f116ddc83447056068573320c148a9bfca9aa2e
modified:
fimo.xml
fimo_wrapper.py
macros.xml
added:
test-data/meme_psp_gen_reports_output.tabular
test-data/meme_psp_protein_input.fasta
test-data/output.memepsp
b
diff -r 307b2f3559bf -r c470b36b592d fimo.xml
--- a/fimo.xml Thu Jun 29 20:39:58 2017 -0400
+++ b/fimo.xml Wed Aug 23 20:57:21 2017 -0400
b
@@ -1,4 +1,4 @@
-<tool id="meme_fimo" name="FIMO" version="4.11.2.0">
+<tool id="meme_fimo" name="FIMO" version="@WRAPPER_VERSION@.0">
     <description>- Scan a set of sequences for motifs.</description>
     <macros>
         <import>macros.xml</import>
b
diff -r 307b2f3559bf -r c470b36b592d fimo_wrapper.py
--- a/fimo_wrapper.py Thu Jun 29 20:39:58 2017 -0400
+++ b/fimo_wrapper.py Wed Aug 23 20:57:21 2017 -0400
b
@@ -112,8 +112,8 @@
     if returncode != 0:
         stderr = get_stderr(tmp_stderr)
         stop_err(stderr)
-except Exception, e:
-    stop_err('Error running FIMO:\n%s' % str(e))
+except Exception as e:
+    stop_err('Error running FIMO:\n%s' % e)
 
 shutil.move(os.path.join(args.output_path, 'fimo.txt'), args.txt_output)
 
b
diff -r 307b2f3559bf -r c470b36b592d macros.xml
--- a/macros.xml Thu Jun 29 20:39:58 2017 -0400
+++ b/macros.xml Wed Aug 23 20:57:21 2017 -0400
b
@@ -1,5 +1,6 @@
 <?xml version='1.0' encoding='UTF-8'?>
 <macros>
+    <token name="@WRAPPER_VERSION@">4.11.2</token>
     <xml name="requirements">
         <requirements>
             <requirement type="package" version="1.3.23">graphicsmagick</requirement>
b
diff -r 307b2f3559bf -r c470b36b592d test-data/meme_psp_gen_reports_output.tabular
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/meme_psp_gen_reports_output.tabular Wed Aug 23 20:57:21 2017 -0400
b
@@ -0,0 +1,19 @@
+540 bases or amino acids
+0.5 0.5 4 4
+0.5 0.5 6 6
+0.5 0.5 7 7
+0.5 0.5 8 8
+0.5 0.5 9 9
+0.5 0.5 10 10
+0.5 0.5 11 11
+0.5 0.5 12 12
+0.5 0.5 13 13
+0.5 0.5 14 14
+0.5 0.5 15 15
+0.5 0.5 16 16
+0.5 0.5 17 17
+0.5 0.5 18 18
+0.5 0.5 19 19
+0.5 0.5 20 20
+
+score 0.9 occurred 483 times
b
diff -r 307b2f3559bf -r c470b36b592d test-data/meme_psp_protein_input.fasta
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/meme_psp_protein_input.fasta Wed Aug 23 20:57:21 2017 -0400
b
@@ -0,0 +1,17 @@
+>ICYA_MANSE 
+GDIFYPGYCPDVKPVNDFDLSAFAGAWHEIAKLPLENENQGKCTIAEYKY
+DGKKASVYNSFVSNGVKEYMEGDLEIAPDAKYTKQGKYVMTFKFGQRVVN
+LVPWVLATDYKNYAINYNCDYHPDKKAHSIHAWILSKSKVLEGNTKEVVD
+NVLKTFSHLIDASKFISNDFSEAACQYSTTYSLTGPDRH
+
+>LACB_BOVIN 
+MKCLLLALALTCGAQALIVTQTMKGLDIQKVAGTWYSLAMAASDISLLDA
+QSAPLRVYVEELKPTPEGDLEILLQKWENGECAQKKIIAEKTKIPAVFKI
+DALNENKVLVLDTDYKKYLLFCMENSAEPEQSLACQCLVRTPEVDDEALE
+KFDKALKALPMHIRLSFNPTQLEEQCHI
+
+>BBP_PIEBR 
+NVYHDGACPEVKPVDNFDWSNYHGKWWEVAKYPNSVEKYGKCGWAEYTPE
+GKSVKVSNYHVIHGKEYFIEGTAYPVGDSKIGKIYHKLTYGGVTKENVFN
+VLSTDNKNYIIGYYCKYDEDKKGHQDFVWVLSRSKVLTGEAKTAVENYLI
+GSPVVDSQKLVYSDFSEAACKVN
b
diff -r 307b2f3559bf -r c470b36b592d test-data/output.memepsp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/output.memepsp Wed Aug 23 20:57:21 2017 -0400
b
@@ -0,0 +1,6 @@
+>BBP_PIEBR 20 scaledmin = 0.1 scaledmax = 0.9
+0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0.006488825 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+>ICYA_MANSE 20 scaledmin = 0.1 scaledmax = 0.9
+0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0.005878511 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
+>LACB_BOVIN 20 scaledmin = 0.1 scaledmax = 0.9
+0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0.006284916 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0