Repository 'mitos'
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Commit message:
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modified:
mitos.xml
test-data/mitos2_NC_012920.bed
test-data/mitos2_NC_012920.gff
test-data/mitos2_NC_012920.mitos
removed:
test-data/missing_genes.txt
b
diff -r f20804c311de -r c7553ba39670 mitos.xml
--- a/mitos.xml Tue Jun 14 17:16:57 2022 +0000
+++ b/mitos.xml Wed Mar 01 22:40:00 2023 +0000
[
@@ -1,4 +1,4 @@
-<tool id="mitos" name="@MITOS_NAME@" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@" profile="20.01">
+<tool id="mitos" name="@MITOS_NAME@" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@" profile="21.05">
   <description>de-novo annotation of metazoan mitochondrial genomes</description>
   <xrefs>
       <xref type='bio.tools'>mitos</xref>
@@ -6,12 +6,11 @@
   <macros>
     <import>macros.xml</import>
     <token name="@MITOS_NAME@">MITOS</token>
-    <token name="@TOOL_VERSION@">1.0.5</token>
-    <token name="@VERSION_SUFFIX@">1</token>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">1.1.1</token>
+    <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token>
   </macros>
   <requirements>
     <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">mitos</requirement>
-    <requirement type="package">zip</requirement>
   </requirements>
   <version_command>python -c "import mitos; print(mitos.__version__)"</version_command>
   <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[
@@ -37,16 +36,13 @@
 --fragovl $fragovl
 --fragfac $advanced_prot.fragfac
 --ststrange $advanced_prot.ststrange
-
 #if "raw" in str($addoutputs).split(','):
-  && zip -9 -y -r output.zip outdir/ > /dev/null
+  --zip
 #end if
   ]]></command>
   <inputs>
     <param argument="--input" label="sequence" type="data" format="fasta" help="a single sequence in fasta formated sequence">
-      <options options_filter_attribute="metadata.sequences">
-        <filter type="add_value" value="1"/>
-      </options>
+      <validator type="dataset_metadata_in_range" metadata_name="sequences" min="1" max="1"/>
     </param> 
     <param argument="--code" label="Genetic code" type="select">
       <option value="2">Vertebrate (2)</option>
@@ -122,15 +118,11 @@
     <data name="ncRNA_plot_out" format="pdf" from_work_dir="outdir/plots/rna.pdf" label="${tool.name} on ${on_string}: ncRNA prediction plot">
       <filter>"protein_plot" in str(addoutputs)</filter>
     </data>
-    <!--<collection name="ncRNA_structure_plot_ps_out" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: ncRNA postscript structure plots">
-      <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;.+)\.ps" format="ps" directory="outdir/plots" />
-      <filter>"ncRNA_structure_ps_plots" in str(addoutputs)</filter>
-    </collection>-->
     <collection name="ncRNA_structure_plot_svg_out" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: ncRNA svg structure plots">
       <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;.+)\.svg" format="svg" directory="outdir/plots" />
       <filter>"ncRNA_structure_svg_plots" in str(addoutputs)</filter>
     </collection>
-    <data name="rawout" format="zip" from_work_dir="output.zip" label="${tool.name} on ${on_string}: raw data">
+    <data name="rawout" format="zip" from_work_dir="outdir.zip" label="${tool.name} on ${on_string}: raw data">
       <filter>"raw" in str(addoutputs)</filter>
     </data>
   </outputs>
@@ -167,7 +159,7 @@
       <output name="faaout" file="NC_012920.faa" ftype="fasta" />
       <output name="rawout" ftype="zip">
           <assert_contents>
-              <has_archive_member path=".*/result.bed"/>
+              <has_archive_member path="result.bed"/>
           </assert_contents>
       </output>
       <output name="geneorderout" file="NC_012920.geneorder" ftype="fasta" />
b
diff -r f20804c311de -r c7553ba39670 test-data/missing_genes.txt
--- a/test-data/missing_genes.txt Tue Jun 14 17:16:57 2022 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
@@ -1,1 +0,0 @@
-missing:cox2 cox3 trnS2 cox1 trnL1 nad3 nad2 nad1 nad5 nad4 atp8 atp6 trnS1 rrnL trnP trnK trnM trnN trnA trnC trnD trnE trnF trnG cob nad4l trnQ trnR trnT trnV trnW 
b
diff -r f20804c311de -r c7553ba39670 test-data/mitos2_NC_012920.bed
--- a/test-data/mitos2_NC_012920.bed Tue Jun 14 17:16:57 2022 +0000
+++ b/test-data/mitos2_NC_012920.bed Wed Mar 01 22:40:00 2023 +0000
[
@@ -1,6 +1,6 @@
-NC_012920 647 1601 rrnS 0.0 +
-NC_012920 3229 3304 trnL2(taa) 2.10000007428e-06 +
-NC_012920 4262 4331 trnI(gat) 6.00000021223e-07 +
-NC_012920 5825 5891 trnY(gta) 4.20000016347e-15 -
-NC_012920 12137 12206 trnH(gtg) 1.99999999495e-06 +
-NC_012920 14148 14673 nad6 876137.8 -
+NC_012920\t647\t1601\trrnS\t[-0-9.e]+\t\+
+NC_012920\t3229\t3304\ttrnL2\(taa\)\t[-0-9.e]+\t\+
+NC_012920\t4262\t4331\ttrnI\(gat\)\t[-0-9.e]+\t\+
+NC_012920\t5825\t5891\ttrnY\(gta\)\t[-0-9.e]+\t-
+NC_012920\t12137\t12206\ttrnH\(gtg\)\t[-0-9.e]+\t\+
+NC_012920\t14148\t14673\tnad6\t[-0-9.e]+\t-
b
diff -r f20804c311de -r c7553ba39670 test-data/mitos2_NC_012920.gff
--- a/test-data/mitos2_NC_012920.gff Tue Jun 14 17:16:57 2022 +0000
+++ b/test-data/mitos2_NC_012920.gff Wed Mar 01 22:40:00 2023 +0000
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+++ b/test-data/mitos2_NC_012920.mitos Wed Mar 01 22:40:00 2023 +0000
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b'@@ -1,18 +1,18 @@\n-NC_012920\ttRNA\ttrnF\tmitfi\t576\t646\t1\t9.99999974738e-06\t31.3\tGAA\t34\t.\t.\t(((((((..((((.........)))).(.(((.......))).)....(((.........)))))))))).\n-NC_012920\trRNA\trrnS\tmitfi\t647\t1600\t1\t0.0\t769.2\t-\tNone\t.\t.\t...(((((.......))))).((((((.(((.((((((((....(((.(((..(......)......(((.......(((.(..(((.....)))..).)))....(((.(...............)..)))...(..((...)).)...)))...((....)).....))))))........((((...(((((....))))).)))).)).)))))).....((((((((................)))..............))))).))).))))))....((((......((((.(((((...............(((((((.....(((.(((((((......)))).))).))).............((....))))))))).....))).)).))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(......................))))).((.......((((....)))).....))........((((.((((((((.......(((((..((((((((((...((((........))))........(((((((.......((.((..((((((((.(....((....(((.....)))...........)).....(((....))).....).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).....((((.....))))..........(((((((.......)))))))..........))))).....(((((((.........)))))))...........)))))))))).))..............((((((................................................))))))................((((((((((....)))))))))).......\n-NC_012920\ttRNA\ttrnL2\tmitfi\t3229\t3303\t1\t2.10000007428e-06\t34.1\tTAA\t35\t.\t.\t(((((((..((..............)).((((.........)))).....(((((.......)))))))))))).\n-NC_012920\ttRNA\ttrnI\tmitfi\t4262\t4330\t1\t6.00000021223e-07\t36.3\tGAT\t29\t.\t.\t(((((((..(((......))).(((((.......))))).....(((.(.......).)))))))))).\n-NC_012920\ttRNA\ttrnM\tmitfi\t4401\t4468\t1\t0.00340000004508\t21.1\tCAT\t30\t.\t.\t((((.((..((((.....)))).(((((.......)))))....(..((......))..))).)))).\n-NC_012920\ttRNA\ttrnA\tmitfi\t5586\t5654\t-1\t0.00179999996908\t22.2\tTGC\t30\t.\t.\t(((((((..((((.....)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).\n-NC_012920\ttRNA\ttrnN\tmitfi\t5656\t5728\t-1\t0.0740000009537\t15.7\tGTT\t33\t.\t.\t(((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).\n-NC_012920\ttRNA\ttrnY\tmitfi\t5825\t5890\t-1\t4.20000016347e-15\t69.2\tGTA\t29\t.\t.\t(((((((..(((......))).(((((.......)))))....(((((.....)))))))))))).\n-NC_012920\ttRNA\ttrnS2\tmitfi\t7445\t7513\t-1\t0.0399999991059\t16.8\tTGA\t30\t.\t.\t(((((((((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).\n-NC_012920\ttRNA\ttrnD\tmitfi\t7517\t7584\t1\t0.000709999992978\t23.9\tGTC\t30\t.\t.\t(((((((..((((.....)))).(((((.......)))))....(((((......)))))))))))).\n-NC_012920\ttRNA\ttrnK\tmitfi\t8294\t8363\t1\t0.0379999987781\t16.9\tTTT\t28\t.\t.\t(((((((..((((...)))).(((((.......))))).....(((((.........)))))))))))).\n-NC_012920\ttRNA\ttrnR\tmitfi\t10404\t10468\t1\t0.00510000018403\t20.4\tTCG\t30\t.\t.\t(((((.(..((((.....)))).(((((.......)))))....(((((...)))))).))))).\n-NC_012920\ttRNA\ttrnH\tmitfi\t12137\t12205\t1\t1.99999999495e-06\t34.2\tGTG\t30\t.\t.\t(((((((..((((.....)))).(((((.......)))))....((.((.......)).))))))))).\n-NC_012920\ttRNA\ttrnL1\tmitfi\t12265\t12335\t1\t0.0260000005364\t17.6\tTAG\t32\t.\t.\t(((((((..((((.......)))).((((.........))))....(((((.......)))))))))))).\n-NC_012920\tgene\tnad6\tmitos\t14148\t14669\t-1\t39.7\t.\t-\t-\t.\t.\t.\n-NC_012920\ttRNA\ttrnE\tmitfi\t14673\t14741\t-1\t0.0320000015199\t17.2\tTTC\t30\t.\t.\t(((((((..((((.....)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).\n-NC_012920\ttRNA\ttrnT\tmitfi\t15887\t15952\t1\t0.001200000057\t23.0\tTGT\t31\t.\t.\t(((((((..((((......)))).((.(.........).))....(((((...)))))))))))).\n-NC_012920\ttRNA\ttrnP\tmitfi\t15955\t16022\t-1\t0.00520000001416\t20.4\tTGG\t31\t.\t.\t(((((((..((((......)))).(((((.......)))))....(((((.....)))))))))))).\n+NC_012920\\ttRNA\\ttrnF\\tmitfi\\t576\\t646\\t1\\t[-0-9.e]+\\t31\\.3\\tGAA\\t34\\t\\.\\t\\.\\t\\(\\(\\(\\(\\(\\(\\(\\.\\.\\(\\(\\(\\(\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\)\\)\\)\\)\\.\\(\\.\\(\\(\\(\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\)\\)\\)\\.\\)\\.\\.\\.\\.\\(\\(\\(\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\.\n+NC_012920\\trRNA\\trrnS\\tmitfi\\t647\\t1600\\t1\\t[-0-9.e]+\\t769\\.2\\t-\\tNone\\t\\.\\t\\.\\t\\.\\.\\.\\(\\(\\(\\(\\(\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\)\\)\\)\\)\\)\\.\\(\\(\\(\\(\\(\\(\\.\\(\\(\\(\\.\\(\\(\\(\\(\\(\\(\\(\\(\\.\\.\\.\\.\\(\\(\\(\\.\\(\\(\\(\\.\\.\\(\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\)\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\(\\(\\(\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\(\\(\\(\\.\\(\\.\\.\\(\\(\\(\\.\\.\\.\\.\\.\\)\\)\\)\\.\\.\\)\\.\\)\\)\\)\\.\\.\\.\\.\\(\\(\\(\\.\\(\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\)\\.\\.\\)\\)\\)\\.\\.\\.\\(\\.\\.\\(\\(\\.\\.\\.\\)\\)\\.\\)\\.\\.\\.\\)\\)\\)\\.\\.\\.\\'..b'\\)\\.\\.\\.\\.\\.\\(\\(\\(\\.\\.\\.\\.\\)\\)\\)\\.\\.\\.\\.\\.\\)\\.\\)\\.\\)\\)\\)\\.\\.\\.\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\.\\.\\.\\.\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\.\\.\\)\\)\\.\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\.\\.\\.\\.\\.\\(\\(\\(\\(\\.\\.\\.\\.\\.\\)\\)\\)\\)\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\(\\(\\(\\(\\(\\(\\(\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\)\\)\\)\\)\\)\\.\\.\\.\\.\\.\\(\\(\\(\\(\\(\\(\\(\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\.\\.\\.\\.\\.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(\\(\\(\\(\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\.\\)\\)\\)\\)\\)\\.\\.\\.\\.\\(\\(\\(\\(\\(\\.\\.\\.\\.\\.\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\)\\.\n'