Repository 'vcftools_filter_stats_diversity'
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Changeset 9:ce984119f669 (2016-04-13)
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modified:
VCFToolFilter/find_indiv.py
VCFToolsStats/vcfToolsStats.xml
b
diff -r 2b6bb9d5e4e9 -r ce984119f669 VCFToolFilter/find_indiv.py
--- a/VCFToolFilter/find_indiv.py Tue Apr 12 05:43:01 2016 -0400
+++ b/VCFToolFilter/find_indiv.py Wed Apr 13 03:32:59 2016 -0400
[
@@ -12,9 +12,8 @@
 
 def get_field_chrs_options(dataset):
         options = []
-        chrs=os.popen("grep '##contig' %s"%dataset.file_name).read()[:-1].split('\n')
-        for line in chrs:
- opt=re.search('^##contig=<ID=(\w+),length=',line).group(1)
+        chrs=os.popen("grep -v '#' %s | cut -f1 | sort -u "%dataset.file_name).read()[:-1].split('\n')
+        for opt in chrs:
                 options.append((opt,opt, True))
         return options
 
b
diff -r 2b6bb9d5e4e9 -r ce984119f669 VCFToolsStats/vcfToolsStats.xml
--- a/VCFToolsStats/vcfToolsStats.xml Tue Apr 12 05:43:01 2016 -0400
+++ b/VCFToolsStats/vcfToolsStats.xml Wed Apr 13 03:32:59 2016 -0400
b
@@ -67,8 +67,8 @@
 ---------------------------------------------------
 
 
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-VCF tools filter
+===============
+VCF tools Stats
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