Repository 'lotus2'
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Changeset 22:ceb2cb800298 (2023-11-11)
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Commit message:
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modified:
lotus2.xml
test-data/OTU.fna
test-data/OTU.txt
test-data/OTU_paired.fna
test-data/OTU_paired.txt
b
diff -r fa84bba02a62 -r ceb2cb800298 lotus2.xml
--- a/lotus2.xml Sat Oct 28 09:58:00 2023 +0000
+++ b/lotus2.xml Sat Nov 11 22:59:07 2023 +0000
[
@@ -1,7 +1,7 @@
-<tool id="lotus2" name="LotuS2" version="@VERSION@+galaxy2" profile="20.09">
+<tool id="lotus2" name="LotuS2" version="@VERSION@+galaxy0" profile="20.09">
     <description>fast OTU processing pipeline</description>
     <macros>
-        <token name="@VERSION@">2.23</token>
+        <token name="@VERSION@">2.28.1</token>
         <xml name="refDB_macro" token_ref_fasta_formats="fasta,fasta.gz">
             <conditional name="refDB_cond">
                 <param argument="-refDB" type="select" label="Taxonomy reference database">
@@ -11,14 +11,15 @@
                 <when value="cached">
                     <param argument="-ref_db" type="select" label="Using reference database" help="Select database from the list">
                         <option value="" selected="true">(Default)</option>
+                        <option value="KSGP">Bacteria, Archaea, Eukaryotes SSU (KSGP)</option>
                         <option value="SLV">Silva LSU (23/28S) or SSU (16/18S) (SLV)</option>
-                        <option value="GG">Greengenes (GG)</option>
-                        <option value="UNITE">ITS focused on fungi (UNITE)</option>
-                        <option value="PR2">SSU focused on Protists (PR2)</option>
-                        <option value="beetax">Bee gut specific database and tax names (beetax)</option>
-                        <option value="HITdb">Human gut microbiota (HITdb)</option>
+                        <option value="GG2">GreenGenes2 SSU (GG2)</option>
+                        <option value="UNITE">ITS fungi specific (UNITE)</option>
+                        <option value="PR2">LSU spezialized on Ocean environmentas (PR2)</option>
+                        <option value="beetax">Bee gut specific SSU (beetax)</option>
+                        <option value="HITdb">Human gut specific SSU (HITdb)</option>
                     </param>
-                    <param argument="-greengenesSpecies" type="boolean" truevalue="1" falsevalue="0" checked="false" label="Create greengenes output labels instead of OTU" />
+                    <param argument="-greengenesSpecies" type="boolean" truevalue="1" falsevalue="0" checked="false" label="Create greengenes output labels instead of OTU" help="To be used with greengenes specific programs such as BugBase." />
                 </when>
                 <when value="history">
                     <param name="ref_fasta" type="data" format="@REF_FASTA_FORMATS@" label="Taxonomy reference sequences" help="In FASTA format" />
@@ -39,8 +40,18 @@
     </requirements>
     <version_command>lotus2 --version</version_command>
     <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
-#import os.path
 #import re
+
+LOTUS2_DIR=\$(dirname "\$(realpath "\$(which lotus2)")") &&
+if [ ! -e "\$LOTUS2_DIR/DB" ]; then
+    {
+        echo "LotuS2 databases missing in \$LOTUS2_DIR, these needs to be installed with:" &&
+        echo "perl autoInstall.pl -condaDBinstall" &&
+        echo "We currently recommend to use a conda environment instead of a biocontainer to prevent this problem.";
+    } >&2 &&
+    exit 1;
+fi &&
+
 #def symlink_basename($f, strip_ext=False):
     #set $fn = re.sub('[^\w\-_.]', '_', $f.name)
     #if strip_ext:
@@ -305,7 +316,7 @@
                 <option value="bacteria">bacterial 16S rDNA annnotation</option>
                 <option value="fungi">fungal 18S/23S/ITS annotation</option>
             </param>
-            <param argument="-keepUnclassified" type="boolean" truevalue="1" falsevalue="0" checked="true" label="Keep unclassified OTUs" help="Includes unclassified OTUs (i.e. no match in RDP/Blast database) in OTU and taxa abundance matrix calculations" />
+            <param argument="-keepUnclassified" type="boolean" truevalue="1" falsevalue="0" checked="true" label="Keep unclassified OTUs" help="Includes unclassified OTUs (no Phylum assignment) in OTU and taxa abundance matrix calculations" />
             <param argument="-LCA_cover" type="float" min="0" max="1" value="" optional="true" label="Minimum horizontal coverage of an OTU sequence against ref DB (optional)"/>
             <param argument="-LCA_frac" type="float" min="0" max="1" value="" optional="true" label="Minimum fraction of reads with identical taxonomy (optional)"/>
             <param argument="-lulu" type="boolean" truevalue="1" falsevalue="0" checked="true" label="Use LULU to merge OTUs based on their occurrence" />
b
diff -r fa84bba02a62 -r ceb2cb800298 test-data/OTU.fna
--- a/test-data/OTU.fna Sat Oct 28 09:58:00 2023 +0000
+++ b/test-data/OTU.fna Sat Nov 11 22:59:07 2023 +0000
b
b'@@ -1,374 +1,168 @@\n >OTU1\n-TACAGATCGTCCGTCAATTCCTTTAAGTTTCATTCTTGCGAACGTACTCCCCAGGTGGATTACTTAATGCGTTTGCGCCGGCACCGAAGGACCTTGGTCCCCCAACACCTAGTAATCATCGTTTACAGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGAGCCTCAACGTCAGTTACAGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCTGCACTCTAGCTGCACAGTTTCCAAAGCAGTTCCATTGTTAAGCCATGGGATTTCACTCCAGACTTGCGCTGCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACGCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTGGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTTCTTCCCTGCTGATAGAGCTTTACGTACCGAAATACTTCTTCACTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCCATTGTGCAATAT\n+CGTCTAGTACCCGTCAATTCCTTTAAGTTTCATTCTTGCGAACGTACTCCCCAGGTGGATTACTTAATGCGTTTGCGCCGGCACCGAAGGACCTTGGTCCCCCAACACCTAGTAATCATCGTTTACAGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGAGCCTCAACGTCAGTTACAGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCTGCACTCTAGCTGCACAGTTTCCAAAGCAGTTCCATGGTTAAGCCATGGGATTTCACTCCAGACTTGCGCTGCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACGCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTTCTTCCCTGCTGATAGAGCTTTACGTACCGAAATACTTCTTCACTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCCATTGTGCAATATCCTA\n >OTU2\n-TCTACGTAGCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCACCGTTGCCGGCGTACTCCCCAGGTGGATCACTTAACGCTTTCGCTGTGCCGCTTACTGTGTATCGCAAACAGCTAGTGATCATCGTTTACTGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGATCCCCACGCTTTCGTGCATCAGCGTCAGTCATGGCTTGGCAGGCTGCCTTCGCAATCGGGGTTCTGCGTGATATCTAAGCATTTCACCGCTACACCACGCATTCCGCCTGCCTCAAACATACTCAAGCCTCCCAGTTTCAACGGCAATTCTATGGTTGAGCCACAGACTTTCACCGCTGACTTAAAAGGCCGCCTACGCACCCTTTAAACCCAATAAATCCGGATAACGCTCGGATCCTCCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGGAGTTAGCCGATCCTTATTCATAAGGTACATACAAAACGGGACACGTCCCGCACTTTATTCCCTTATAAAAGAGGTTTACGATCCATAGAACCTTCATCCCTCACGCGACTGT\n+TCTCTATGCGCCGTCAATTCATTTAAGTTTTAAGCTATGGCTAGTAGTTCTCTGGCAAATAGTTTTGTTAAATTTAATTATTTAGGTTTATGGCTAAGCATAGTGGGGTATCTAATCCCAGTTTGGGTCTTAGCTGTCGTGTATTATAAATGACTAGAATTACTTTCGTTATTGAGTTTAGGTCCTAACAATGAATTTTCACATATAAGTTGGATTTTAATTCTATTTATTTATTTATAGTTGACACGTTTTACGCCGAAGATAATTAGTTTGGGTTAATCGTATGACCGCGGTGGCTTGGCACGAAATTTACCAACCCTAAGAGGTATAACTTAGTCAAACTTTCGTTTATTGCTTAATATTTATCACTGCTGCCTCCCGTAGG\n >OTU3\n-AGTACGCTATCCGTCAATTCATTTAAGTTTCACCGTTGCCGGCGTACTCCCCAGGTGGAATACTTAACGCTTTCGCTGTACCACCCAGACCTCAATCGGCCCGGACAGTTAGTATTCATCGTTTACTGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTCGATACCCACGCTTTCGTGCATGAGCGTCAGTTGAGCGCCGGTATGCTGCCTTCGCAATCGGAGTTCTGCGTGATATCTATGCATTTCACCGCTACACCACGCATTCCGCATACTTCTCGCTCACTCAAGAACGCCAGTTTCAACGGCACGACGGGGTTGAGCCCCGAAATTTTACCGCTGACTTGACATTCCGCCTGCGCACCCTTTAAACCCAATAAATCCGGATAACGCTCGCATCCTCCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGGAGTTAGCCGATGCTTTTTCTTCAGGTACTCGCAAAACGCCACACGTGGCGCCCTTTGCTCCCTGACAAAAGAGGTTTACAATCCATAGGACCGTCATCCCTCACGCGACTTGGC\n->OTU4\n-TACACACACTCCGTCAATTCATTTAAGTTTCAACCTTGCGGTCGTACTCCCCAGGCGGAGTGCTTAATGCGTTAGCTGCAGCACTGAGAGGCGGAAACCTCCCAACACTTAGCACTCATCGTTTACGGCATGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTCGCTACCCATGCTTTCGAGCCTCAGCGTCAGTTGCAGACCAGAGAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCTTCCATATATCTACGCATTCCACCGCTACACATGGGAGTTCCACTCTCCTCTTCTGCACTCAAGTTCAACAGTTTCTGATGCAATTCTCCGGTTGAGCCGAAGGCTTTCACATCAGACTTATTGAACCGCCTGCACTCGCTTTACGCCCAATAAATCCGGACAACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGACTTTCTAGGTAATTACCGTCAAATAAAGGCCAGTTACTACCTCTATCTTTCTTCACTACCAACAGAGCTTTACGAGCCGAAA\n->OTU5\n-CGAGAGATACCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCACCGTTGCCGGCGTACTCCCCAGGTGGAATACTTAACGCTTTCGCTTGGCCGCTTGCTGTATATCGCAAACAGCGAGTATTCATCGTTTACCGTGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGATACCCACACTTTCGAGCCTCAATGTCAGTTGCAGCTTAGCAGGCTGCCTTCGCAATCGGAGTTCTTCGTGATATCTAAGCATTTCACCGCTACACCACGAATTCCGCCTGCCTCAACTGCACTCAAGATATCCAGTATCAACTGCAATTTTACGGTTGAGCCGCAAACTTTCACAACTGACTTAAACATCCATCTACGCTCCCTTTAAACCCGATAAATCCGGATAACGCTCGGATCCTCCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGGAGTTAGCCGATCCTTATTCATAAAGTACATGCAAACGGGTATGCATACCCGACTTTATTCCTTTATAAAAGAAGTTTACAACCCATAGGGCAGTCATCCTTCACGCTA\n->OTU6\n TCTCTATGCGCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCACCGTTACCGGCGTACTCCCCAGGTGGGATGCTTAACGCTTTCGCTTGGCCGCCGACTGTATATCGCCGACAGCGGGCATCCATCGTTTACCGCGCGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTCGATACCCGCGCTTTCGAGCTTCAGCGTCAGTAACGCTGCGGCAGGCTGCCTTCGCAATCGGGGTTCTTCGTGATATCTAAGCATTTCACCGCTACACCACGAATTCCGCCTGCCTTCCGCGCACTCAAGGTCTCCAGTTCGCGCCGCACTCTCATGGTTGA'..b'TCTTTGTTCTTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGGAGTACTCCTTCACTCACGCGGCGTCGCTGCATCACGGGTTCCCCCCATTGTGCAATACTCCCCCA\n->OTU183\n-CGTCTAGTATCCGTCATTCCTTTGAGTTTCATTCTTGCGAACGTACTCCCCAGGTGGAATACTTATTGCGTTTGCTGCGGCACCAAAGAGCTTTGCTCCCTGACACCTAGTATTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGAGCCTCAACGTCAGTTACAGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCTGCACTCTAGTCATACAGTTTCAAAAGCAGTCCCGCAGTTGAGCCGCGGGCTTTCACTTCTGACTTGCATCACCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACGCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTTCTTCCCTGCTGATAGAGCTTACGACGACCGAAATACTTCTTCACTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCCATT\n->OTU184\n-AGCGTCGTCTCCGTCAATTCCTTTAAGTTTCATTCTTGCGAACGTACTCCCCAGGTGGAATACTTACTGCGTTTGCTGCGGCACCGGGGAGCTTTGCTCCCCGACACCTAGTATTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGAGCCTCAGTGTCAGTTACAGTCCAGCAGGCCGCCTTCGCCACCGGTGTTCCTCCTGATATCTACGCATTTCACCGCTACACCAGGAATTCCGCCTGCCCCTCCTGCACTCCAGCCAGACAGTTCCAAAAGCAATCCGCGGGGTTAAGCCCCGGGTTTTCACTTCTGGCTTGCCTTGCCACCTGCGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACGCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACTGTCATCTTCTTCCCTGCTGATAGGGCTTTACATACCGAAATACTTCCTCACCCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCCATTGTGCAATATCCCCCA\n->OTU185\n-AGACTATACTCCGTCAATTCCTTTAAGTTTCAACCTTGCGGTCGTACTCCCCAGGTGGATAACTTATCGCTTTCGCTGGGTTACCGACTGTCTATCGCCGACAACTAGTTATCATCGTTTACTGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTCGATACCCACGCTTTCGTGCATCAGTGTCAGAACAGGCCTAGCAAGCTGCCTTCGCAATCGGTGTTCTGTGTAATATCTATGCATTTCACCGCTACACTACACATTCCGCCTGCTGCTACCTGTCTCAAGTCATACAGTATTAGCGGCAGCCCCGATGTTGAGCATCGGTATTTCACCGCTAACTTATACCACAACCTACGCACCCTTTAAACCCAATAAATCCGGATAACGCTCGGATCCTCCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGGAGTTAGCCGATCCTTATTCGTACCGTACTTTCAAAATCCTATCTCGTAGAACCCTTTACCCGGTACAAAAGCAGTTTACAACTCGTAGAGCCGTCTTCCTGCACGCGGCATGG\n->OTU186\n-ATATCGCGAGCCGTCAATTCCTTTAAGTTTCATTCTTGCGAACGTACTCCCCAGGTGGATCACTTAATGCGTTTGCTGCGGCACCGGTGGGCCCATACCCACCGACACCTAGTGATCATCGTTTACAGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGAGCCTCAACGTCAGTTACAGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCACTTACCTCTCCTGCACTCTAGCACCACAGTTCCAAAAGCATGTACAGGGTTGAGCCCTGCCCTTTCACTTCTGGCTTGCCTTGCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACGCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTTCTTTTTTCGTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCCTCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCACGGGTTTCCCCCATTGTG\n->OTU187\n-AGCACTGTAGCCGTCAATTCATTTAAGTTTCAGCCTTGCGACCGTACTCCCCAGGCGGGATGCTTAACGCGTTAACTACGGCGCCGAGGAATACTCCCCAACACCTAGCATCCATCGTTTACAGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTCAGCGTCAATACCGGTCCAGGTGGCCGCCTTCGCCACTGATGTTCCTCCAGATATCTACGGATTTCACTCCTACACCTGGAATTCCGCCACCCTCTCCCGGATTCTAGTCAAGCAGTATCAAAGGCAGTTCCACGGTTAAGCCGTGGGCTTTCACCTCTGACTTACAAAACAGCCTACGTGCGCTTTACGCCCAGTGATTCCGATTAACGCTCGCACCCTCCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGGAGTTAGCCGGTGCTTCCTTTGGAGGTACCGTCAATATACGGCTGATTAGCACCGTATAACTTCTTCCCTCCTGACAGAGGTTTACGATCCGAAGACCTTCATCCCTCACGCGGCGTCGCTGACGTCA\n+>OTU83\n+TCTCTATGCGCCGTCAATTCATTTAAGTTTCACCGTTGCCGGCGTACTCCCCAGGTGGAATGCTTAACGCTTTCGCTTTATCACGCACCCCTCAGTCGGGGCACACAATTAGCATTCATCGTTTACTGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTCGATACCCACGCTTTCGTGCTTCAGCGTCAGTAGGGCGCCGGTACGCTGCCTTCGCAATCGGAGTTCTGCGTGATATCTATGCATTTCACCGCTACACCACGCATTCCGCGTACTTCTCGCCCACTCAAGGACCCCAGTTTCAACGGCAGAGCGAGGTTGAGCCCCGCGATTTAACCGCTGACTTAAGGTCCCGCCTACGCACCCTTTAAACCCAATAAATCCGGATAACGCTCGCATCCTCCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGGAGTTAGCCGATGCTTTTTCTCCGGGTACTCTCGATGAGCCACACGTGGCTCCTTTTGCTCCCCGGCAAAAGAGGTTTACAATCCATAGGACCGTCTTCCCTCACGCGACTTGGCTGGT\n+>OTU84\n+ACGCGAGTATCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAACCTTGCGGTCGTACTCCCCAGGTGGAGTGCTTATTGCGTTTGCTCCGGCACCGGGAATTCCTCCCCGACACCTAGCACTCATCGTTTACAGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTCGCTCCCCACGCTTTCGAGCCTCAGCGTCAGTTTCAGTCCAGAAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCTTCCTAATATCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTTCCTCTCCTGTACTCTAGCTAGATAGTTCGTTATGCAATCCTTAAGTTAAGCTTAAGGCTTTCACATATCGCTTACCTTGCCGCCTACTCTCCCTTTACACCCAGTAATTCCGGATAACGCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTATTTAGGTACCGTCATTTCTTTCTTCCCTATTGATAGAAGTTTACAATCCGAAAACCGTCTTCCTTCACGCGGCGTTGCTGCATCAGGCTTTCGCCCATTGTGCAATATTCCCCATG\n'
b
diff -r fa84bba02a62 -r ceb2cb800298 test-data/OTU.txt
--- a/test-data/OTU.txt Sat Oct 28 09:58:00 2023 +0000
+++ b/test-data/OTU.txt Sat Nov 11 22:59:07 2023 +0000
b
@@ -1,188 +1,85 @@
-OTU SMPL1 SMPL0
-OTU1 24 39
-OTU2 26 15
-OTU3 12 18
-OTU4 12 17
-OTU5 15 12
-OTU6 6 19
-OTU7 14 9
-OTU8 4 19
-OTU9 11 8
-OTU10 8 9
-OTU11 7 9
-OTU12 15 1
-OTU13 7 8
-OTU14 10 5
-OTU15 5 10
-OTU16 10 4
-OTU17 8 6
-OTU18 10 4
-OTU19 6 7
-OTU20 5 7
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-OTU22 6 5
-OTU23 9 1
-OTU24 7 3
-OTU25 2 8
-OTU26 7 2
-OTU27 3 5
-OTU28 4 4
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-OTU31 3 4
-OTU32 4 3
-OTU33 0 7
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-OTU37 5 1
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-OTU47 5 1
-OTU48 2 4
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-OTU55 5 0
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-OTU57 3 2
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-OTU62 3 1
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-OTU67 2 2
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-OTU90 2 1
-OTU91 1 1
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-OTU104 1 1
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+OTU SMPL0 SMPL1
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+OTU9 2 2
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