Repository 'mmpbsa_mmgbsa'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/chemteam/mmpbsa_mmgbsa

Changeset 1:d09f116dfca5 (2020-04-07)
Previous changeset 0:52e64e8cf203 (2020-02-28) Next changeset 2:51023da731c0 (2021-01-25)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/ commit 3664d8011044773cc3250ce15d712d97b0b91373"
modified:
mmpbsa_mmgbsa.xml
added:
template_parmconv.j2
test-data/solv_ions.gro
test-data/topol_solv.top
b
diff -r 52e64e8cf203 -r d09f116dfca5 mmpbsa_mmgbsa.xml
--- a/mmpbsa_mmgbsa.xml Fri Feb 28 03:47:30 2020 -0500
+++ b/mmpbsa_mmgbsa.xml Tue Apr 07 07:59:06 2020 -0400
[
@@ -1,4 +1,4 @@
-<tool id="mmpbsa_mmgbsa" name="mmpbsa mmgbsa" version="@VERSION@">
+<tool id="mmpbsa_mmgbsa" name="mmpbsa mmgbsa" version="@VERSION@.1">
   <description>- estimate ligand binding affinities
   </description>
   <macros>
@@ -10,7 +10,8 @@
   <command detect_errors="exit_code">
     <![CDATA[
     python '$mmpbsa_script' '$inputs' &&
-    export AMBERHOME=\$CONDA_PREFIX &&
+    PATH_TO_MMPBSA=\$(dirname `which MMPBSA.py`) &&
+    export AMBERHOME=\$(dirname \$PATH_TO_MMPBSA) &&
     #if $input.simulation.solvatedcomplex:
         MMPBSA.py -O -i '$parameteroutfile' -sp '$input.simulation.solvatedcomplex' -cp '$input.simulation.complex' -rp '$input.simulation.receptor' -lp '$input.simulation.ligand' -y '$input.simulation.trajcomplex' -o '$resultoutfile' -do '$decompoutfile'
     #else:
b
diff -r 52e64e8cf203 -r d09f116dfca5 template_parmconv.j2
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/template_parmconv.j2 Tue Apr 07 07:59:06 2020 -0400
b
@@ -0,0 +1,14 @@
+# Template for parmconv in Galaxy
+{% if fmt == 'AMBER' %}
+parm {{ top_in }}
+{% elif fmt == 'GROMACS' %}
+gromber {{ top_in }} {{gro_in}}
+{% elif fmt == 'CHARMM' %}
+chamber {{ top_in }} {{gro_in}}
+{% else %}
+parm {{ top_in }}
+{% endif %}
+strip {{ stripmask }}
+summary
+outparm {{ prmtop_out }}
+quit
b
diff -r 52e64e8cf203 -r d09f116dfca5 test-data/solv_ions.gro
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/solv_ions.gro Tue Apr 07 07:59:06 2020 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,38379 @@\n+LYSOZYME in water\n+38376\n+    1LYS      N    1   4.434   3.396   2.469\n+    1LYS     H1    2   4.510   3.450   2.431\n+    1LYS     H2    3   4.368   3.376   2.397\n+    1LYS     H3    4   4.390   3.448   2.542\n+    1LYS     CA    5   4.487   3.269   2.524\n+    1LYS     HA    6   4.531   3.217   2.451\n+    1LYS     CB    7   4.585   3.306   2.636\n+    1LYS    HB1    8   4.661   3.357   2.597\n+    1LYS    HB2    9   4.537   3.363   2.703\n+    1LYS     CG   10   4.643   3.187   2.711\n+    1LYS    HG1   11   4.574   3.151   2.773\n+    1LYS    HG2   12   4.668   3.116   2.644\n+    1LYS     CD   13   4.767   3.227   2.790\n+    1LYS    HD1   14   4.843   3.245   2.727\n+    1LYS    HD2   15   4.747   3.309   2.843\n+    1LYS     CE   16   4.804   3.113   2.883\n+    1LYS    HE1   17   4.739   3.108   2.959\n+    1LYS    HE2   18   4.804   3.026   2.834\n+    1LYS     NZ   19   4.940   3.139   2.937\n+    1LYS    HZ1   20   4.967   3.065   2.999\n+    1LYS    HZ2   21   5.006   3.144   2.861\n+    1LYS    HZ3   22   4.940   3.226   2.987\n+    1LYS      C   23   4.372   3.188   2.583\n+    1LYS      O   24   4.293   3.243   2.659\n+    2VAL      N   25   4.372   3.058   2.563\n+    2VAL      H   26   4.434   3.022   2.493\n+    2VAL     CA   27   4.288   2.962   2.634\n+    2VAL     HA   28   4.215   3.014   2.677\n+    2VAL     CB   29   4.212   2.865   2.544\n+    2VAL     HB   30   4.284   2.814   2.497\n+    2VAL    CG1   31   4.123   2.770   2.624\n+    2VAL   HG11   32   4.075   2.709   2.561\n+    2VAL   HG12   33   4.180   2.717   2.686\n+    2VAL   HG13   34   4.056   2.823   2.676\n+    2VAL    CG2   35   4.127   2.933   2.438\n+    2VAL   HG21   36   4.081   2.864   2.383\n+    2VAL   HG22   37   4.060   2.992   2.482\n+    2VAL   HG23   38   4.186   2.989   2.379\n+    2VAL      C   39   4.378   2.893   2.738\n+    2VAL      O   40   4.474   2.823   2.701\n+    3PHE      N   41   4.347   2.917   2.863\n+    3PHE      H   42   4.273   2.981   2.883\n+    3PHE     CA   43   4.417   2.852   2.975\n+    3PHE     HA   44   4.513   2.859   2.950\n+    3PHE     CB   45   4.395   2.925   3.108\n+    3PHE    HB1   46   4.303   2.964   3.109\n+    3PHE    HB2   47   4.404   2.860   3.183\n+    3PHE     CG   48   4.492   3.036   3.129\n+    3PHE    CD1   49   4.465   3.167   3.087\n+    3PHE    HD1   50   4.379   3.187   3.040\n+    3PHE    CD2   51   4.598   3.018   3.220\n+    3PHE    HD2   52   4.611   2.928   3.262\n+    3PHE    CE1   53   4.556   3.270   3.110\n+    3PHE    HE1   54   4.546   3.357   3.063\n+    3PHE    CE2   55   4.685   3.121   3.251\n+    3PHE    HE2   56   4.764   3.104   3.310\n+    3PHE     CZ   57   4.662   3.249   3.200\n+    3PHE     HZ   58   4.720   3.326   3.228\n+    3PHE      C   59   4.372   2.706   2.990\n+    3PHE      O   60   4.250   2.678   2.981\n+    4GLY      N   61   4.470   2.626   3.034\n+    4GLY      H   62   4.565   2.657   3.035\n+    4GLY     CA   63   4.435   2.490   3.080\n+    4GLY    HA1   64   4.360   2.454   3.024\n+    4GLY    HA2   65   4.514   2.430   3.073\n+    4GLY      C   66   4.390   2.504   3.225\n+    4GLY      O   67   4.428   2.602   3.289\n+    5ARG      N   68   4.303   2.416   3.270\n+    5ARG      H   69   4.269   2.346   3.207\n+    5ARG     CA   70   4.254   2.416   3.408\n+    5ARG     HA   71   4.196   2.496   3.415\n+    5ARG     CB   72   4.174   2.288   3.434\n+    5ARG    HB1   73   4.098   2.284   3.370\n+    5ARG    HB2   74   4.234   2.209   3.420\n+    5ARG     CG   75   4.119   2.282   3.575\n+    5ARG    HG1   76   4.195   2.279   3.640\n+    5ARG    HG2   77   4.063   2.363   3.592\n+    5ARG     CD   78   4.036   2.162   3.595\n+    5ARG    HD1   79   4.002   2.161   3.689\n+    5ARG    HD2   80   3.958   2.167   3.532\n+    5ARG     NE   81   4.104   2.037   3.571\n+    5ARG     HE   82   4.100   2.002   3.478\n+    5ARG     CZ   83   4.171   1.963   3.657\n+    5ARG    NH1   84   4.182   1.995   3.786\n+    5ARG   HH11   85   4.137   2.078   3.820\n+    5ARG   HH12   86   4.234   1.937   3.8'..b'36   5.798\n+12240SOL     OW38291   6.199   6.428   7.017\n+12240SOL    HW138292   6.255   6.509   7.000\n+12240SOL    HW238293   6.258   6.348   7.020\n+12241SOL     OW38294   7.079   7.353   6.545\n+12241SOL    HW138295   7.112   7.417   6.476\n+12241SOL    HW238296   7.145   7.347   6.620\n+12242SOL     OW38297   6.302   6.151   7.294\n+12242SOL    HW138298   6.321   6.216   7.368\n+12242SOL    HW238299   6.362   6.071   7.303\n+12243SOL     OW38300   5.976   7.327   7.146\n+12243SOL    HW138301   5.885   7.368   7.144\n+12243SOL    HW238302   5.969   7.233   7.178\n+12244SOL     OW38303   7.260   6.469   6.840\n+12244SOL    HW138304   7.233   6.380   6.803\n+12244SOL    HW238305   7.261   6.537   6.767\n+12245SOL     OW38306   6.811   5.911   6.035\n+12245SOL    HW138307   6.876   5.837   6.024\n+12245SOL    HW238308   6.831   5.961   6.119\n+12246SOL     OW38309   6.180   6.331   6.238\n+12246SOL    HW138310   6.230   6.416   6.219\n+12246SOL    HW238311   6.092   6.333   6.190\n+12247SOL     OW38312   7.316   6.520   7.103\n+12247SOL    HW138313   7.354   6.611   7.118\n+12247SOL    HW238314   7.308   6.503   7.004\n+12248SOL     OW38315   6.445   6.960   5.602\n+12248SOL    HW138316   6.399   6.975   5.690\n+12248SOL    HW238317   6.489   7.045   5.572\n+12249SOL     OW38318   6.445   6.542   6.447\n+12249SOL    HW138319   6.499   6.473   6.495\n+12249SOL    HW238320   6.413   6.611   6.513\n+12250SOL     OW38321   6.669   6.570   5.673\n+12250SOL    HW138322   6.646   6.623   5.591\n+12250SOL    HW238323   6.750   6.514   5.654\n+12251SOL     OW38324   7.447   7.155   6.437\n+12251SOL    HW138325   7.376   7.143   6.367\n+12251SOL    HW238326   7.448   7.076   6.497\n+12252SOL     OW38327   5.665   6.826   6.239\n+12252SOL    HW138328   5.664   6.779   6.327\n+12252SOL    HW238329   5.747   6.798   6.188\n+12253SOL     OW38330   6.258   6.977   7.210\n+12253SOL    HW138331   6.180   6.927   7.248\n+12253SOL    HW238332   6.255   7.072   7.241\n+12254SOL     OW38333   7.410   5.778   6.813\n+12254SOL    HW138334   7.406   5.688   6.857\n+12254SOL    HW238335   7.413   5.767   6.714\n+12255SOL     OW38336   6.014   6.010   6.106\n+12255SOL    HW138337   6.044   5.938   6.044\n+12255SOL    HW238338   5.975   5.970   6.189\n+12256SOL     OW38339   5.903   6.133   6.866\n+12256SOL    HW138340   5.941   6.074   6.938\n+12256SOL    HW238341   5.943   6.107   6.778\n+12257SOL     OW38342   6.398   7.172   6.273\n+12257SOL    HW138343   6.430   7.182   6.179\n+12257SOL    HW238344   6.319   7.110   6.275\n+12258SOL     OW38345   7.010   5.800   6.698\n+12258SOL    HW138346   7.062   5.735   6.753\n+12258SOL    HW238347   6.961   5.863   6.759\n+12259SOL     OW38348   6.587   5.620   6.740\n+12259SOL    HW138349   6.524   5.548   6.709\n+12259SOL    HW238350   6.680   5.584   6.740\n+12260SOL     OW38351   6.356   6.916   5.887\n+12260SOL    HW138352   6.310   6.829   5.904\n+12260SOL    HW238353   6.447   6.913   5.928\n+12261SOL     OW38354   6.204   7.153   6.870\n+12261SOL    HW138355   6.199   7.235   6.927\n+12261SOL    HW238356   6.293   7.150   6.825\n+12262SOL     OW38357   6.938   5.638   5.754\n+12262SOL    HW138358   6.973   5.597   5.670\n+12262SOL    HW238359   6.848   5.600   5.774\n+12263SOL     OW38360   6.886   6.039   6.277\n+12263SOL    HW138361   6.827   6.119   6.281\n+12263SOL    HW238362   6.901   6.004   6.370\n+12264SOL     OW38363   7.179   5.807   6.468\n+12264SOL    HW138364   7.095   5.806   6.522\n+12264SOL    HW238365   7.181   5.890   6.412\n+12265SOL     OW38366   5.625   6.663   5.886\n+12265SOL    HW138367   5.724   6.652   5.877\n+12265SOL    HW238368   5.585   6.577   5.918\n+12266CL      CL38369   1.638   2.961   6.665\n+12267CL      CL38370   1.014   5.822   2.833\n+12268CL      CL38371   4.539   0.572   5.911\n+12269CL      CL38372   4.031   3.787   0.618\n+12270CL      CL38373   4.492   4.868   4.747\n+12271CL      CL38374   5.835   5.509   4.965\n+12272CL      CL38375   6.974   7.159   0.477\n+12273CL      CL38376   7.044   6.321   2.590\n+   7.33925   7.33925   7.33925\n'
b
diff -r 52e64e8cf203 -r d09f116dfca5 test-data/topol_solv.top
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/topol_solv.top Tue Apr 07 07:59:06 2020 -0400
[
b'@@ -0,0 +1,18411 @@\n+;\n+;\tFile \'topol.top\' was generated\n+;\tBy user: unknown (1000)\n+;\tOn host: simon-notebook\n+;\tAt date: Wed Aug 28 14:35:18 2019\n+;\n+;\tThis is a standalone topology file\n+;\n+;\tCreated by:\n+;\t                    :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2019.1 (-:\n+;\t\n+;\tExecutable:   /home/simon/miniconda3/envs/gmx/bin/gmx\n+;\tData prefix:  /home/simon/miniconda3/envs/gmx\n+;\tWorking dir:  /home/simon/Repos/galaxy-tools-compchem/tools/gromacs\n+;\tCommand line:\n+;\t  gmx pdb2gmx -f test-data/1AKI.pdb -o processed.gro -p topol.top -i posres.itp -water spce -ff oplsaa -noignh\n+;\tForce field was read from the standard GROMACS share directory.\n+;\n+\n+; Include forcefield parameters\n+#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"\n+\n+[ moleculetype ]\n+; Name            nrexcl\n+Protein_chain_A     3\n+\n+[ atoms ]\n+;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB\n+; residue   1 LYS rtp LYSH q +2.0\n+     1   opls_287      1    LYS      N      1       -0.3    14.0027\n+     2   opls_290      1    LYS     H1      1       0.33      1.008\n+     3   opls_290      1    LYS     H2      1       0.33      1.008\n+     4   opls_290      1    LYS     H3      1       0.33      1.008\n+     5  opls_293B      1    LYS     CA      1       0.25     12.011\n+     6   opls_140      1    LYS     HA      1       0.06      1.008\n+     7   opls_136      1    LYS     CB      2      -0.12     12.011\n+     8   opls_140      1    LYS    HB1      2       0.06      1.008\n+     9   opls_140      1    LYS    HB2      2       0.06      1.008\n+    10   opls_136      1    LYS     CG      3      -0.12     12.011\n+    11   opls_140      1    LYS    HG1      3       0.06      1.008\n+    12   opls_140      1    LYS    HG2      3       0.06      1.008\n+    13   opls_136      1    LYS     CD      4      -0.12     12.011\n+    14   opls_140      1    LYS    HD1      4       0.06      1.008\n+    15   opls_140      1    LYS    HD2      4       0.06      1.008\n+    16   opls_292      1    LYS     CE      5       0.19     12.011\n+    17   opls_140      1    LYS    HE1      5       0.06      1.008\n+    18   opls_140      1    LYS    HE2      5       0.06      1.008\n+    19   opls_287      1    LYS     NZ      6       -0.3    14.0067\n+    20   opls_290      1    LYS    HZ1      6       0.33      1.008\n+    21   opls_290      1    LYS    HZ2      6       0.33      1.008\n+    22   opls_290      1    LYS    HZ3      6       0.33      1.008\n+    23   opls_235      1    LYS      C      7        0.5     12.011\n+    24   opls_236      1    LYS      O      7       -0.5    15.9994   ; qtot 2\n+; residue   2 VAL rtp VAL  q  0.0\n+    25   opls_238      2    VAL      N      8       -0.5    14.0067\n+    26   opls_241      2    VAL      H      8        0.3      1.008\n+    27  opls_224B      2    VAL     CA      8       0.14     12.011\n+    28   opls_140      2    VAL     HA      8       0.06      1.008\n+    29   opls_137      2    VAL     CB      9      -0.06     12.011\n+    30   opls_140      2    VAL     HB      9       0.06      1.008\n+    31   opls_135      2    VAL    CG1     10      -0.18     12.011\n+    32   opls_140      2    VAL   HG11     10       0.06      1.008\n+    33   opls_140      2    VAL   HG12     10       0.06      1.008\n+    34   opls_140      2    VAL   HG13     10       0.06      1.008\n+    35   opls_135      2    VAL    CG2     11      -0.18     12.011\n+    36   opls_140      2    VAL   HG21     11       0.06      1.008\n+    37   opls_140      2    VAL   HG22     11       0.06      1.008\n+    38   opls_140      2    VAL   HG23     11       0.06      1.008\n+    39   opls_235      2    VAL      C     12        0.5     12.011\n+    40   opls_236      2    VAL      O     12       -0.5    15.9994   ; qtot 2\n+; residue   3 PHE rtp PHE  q  0.0\n+    41   opls_238      3    PHE      N     13       -0.5    14.0067\n+    42   opls_241      3    PHE      H     13        0.3      1.008\n+    43  opls_224B      3    PHE     CA     13       0.14     12.011\n+  '..b'per_Z_CA_X_Y\n+ 1654  1653  1649  1657     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1655  1657  1659  1660     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1658  1657  1653  1659     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1661  1665  1663  1664     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1665  1687  1685  1686     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1673  1678  1676  1677     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1676  1679  1678  1682     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1678  1680  1679  1681     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1678  1683  1682  1684     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1685  1689  1687  1688     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1689  1701  1699  1700     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1691  1696  1694  1695     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1694  1697  1696  1698     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1699  1703  1701  1702     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1703  1725  1723  1724     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1711  1716  1714  1715     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1714  1717  1716  1720     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1716  1718  1717  1719     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1716  1721  1720  1722     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1723  1727  1725  1726     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1727  1735  1733  1734     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1733  1737  1735  1736     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1737  1757  1755  1756     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1755  1759  1757  1758     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1759  1764  1762  1763     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1762  1766  1764  1765     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1766  1778  1776  1777     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1776  1780  1778  1779     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1780  1790  1788  1789     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1782  1786  1785  1787     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1788  1792  1790  1791     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1792  1806  1804  1805     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1804  1808  1806  1807     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1808  1823  1821  1822     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1813  1818  1816  1817     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1816  1819  1818  1820     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1821  1825  1823  1824     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1825  1833  1831  1832     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1831  1835  1833  1834     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1835  1857  1855  1856     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1837  1840  1843  1841     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1840  1844  1841  1842     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1841  1846  1844  1845     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1846  1853  1849  1850     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1848  1847  1843  1851     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1849  1851  1853  1854     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1852  1851  1847  1853     1    improper_Z_CA_X_Y\n+ 1855  1859  1857  1858     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1859  1876  1874  1875     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1874  1878  1876  1877     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1878  1900  1898  1899     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1886  1891  1889  1890     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1889  1892  1891  1895     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1891  1893  1892  1894     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1891  1896  1895  1897     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1898  1902  1900  1901     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1902  1907  1905  1906     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1905  1909  1907  1908     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1909  1917  1915  1916     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1915  1919  1917  1918     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1919  1941  1939  1940     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1927  1932  1930  1931     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1930  1933  1932  1936     1    improper_O_C_X_Y\n+ 1932  1934  1933  1935     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1932  1937  1936  1938     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1939  1943  1941  1942     1    improper_Z_N_X_Y\n+ 1943  1959  1958  1960     1    improper_O_C_X_Y\n+\n+; Include Position restraint file\n+#ifdef POSRES\n+#include "posres.itp"\n+#endif\n+\n+; Include water topology\n+#include "oplsaa.ff/spce.itp"\n+\n+#ifdef POSRES_WATER\n+; Position restraint for each water oxygen\n+[ position_restraints ]\n+;  i funct       fcx        fcy        fcz\n+   1    1       1000       1000       1000\n+#endif\n+\n+; Include topology for ions\n+#include "oplsaa.ff/ions.itp"\n+\n+[ system ]\n+; Name\n+LYSOZYME in water\n+\n+[ molecules ]\n+; Compound        #mols\n+Protein_chain_A     1\n+SOL                78\n+SOL         12058\n+CL               8\n'