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modified:
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| @@ -1,6 +1,14 @@ >Anolis_carolinensis_chrUn_GL343590.trna2-A UGGGAAUUAGCUCAAAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGUGAGAGGUAGUGGGAUCGAUGCCCACAUUCUCCA .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).. (-22.00) +,((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))),)), [-23.20] +.((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))).)). {-21.90 d=9.72} +.((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))).)). {-21.90 MEA=58.88} + frequency of mfe structure in ensemble 0.142309; ensemble diversity 14.51 >Anolis_carolinensis_chrUn_GL343207.trna3-A GGGGAAUUAGCUCAAAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGCGAGAGGUAGCGGGAUUGAUGCCCGCAUUCUCCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). (-29.60) +(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). [-29.88] +(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). {-29.60 d=0.64} +(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). {-29.60 MEA=71.81} + frequency of mfe structure in ensemble 0.63265; ensemble diversity 1.15 |
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| @@ -1,6 +1,14 @@ >Anolis_carolinensis_chrUn_GL343590.trna2-A UGGGAAUUAGCUCAAAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGUGAGAGGUAGUGGGAUCGAUGCCCACAUUCUCCA ..(((.....((((....((..(((....)))..))...)))).....(((((.......)))))....))). ( -3.37) +.{((,..,..{(({.,{,.{,.(((....)))},.}},.}}}},,..,(((((.......)))))..,,})). [ -7.81] +...........((...(.....(((....)))....)...))......(((((.......)))))........ { 2.85 d=11.83} +.((........(((..(.....(((....)))....)..)))......(((((.......))))).....)). { 1.96 MEA=51.92} + frequency of mfe structure in ensemble 0.00162209; ensemble diversity 17.27 >Anolis_carolinensis_chrUn_GL343207.trna3-A GGGGAAUUAGCUCAAAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGCGAGAGGUAGCGGGAUUGAUGCCCGCAUUCUCCA (((((..((.(((.....((..(((....)))..))......))).))(((((.......)))))..))))). ( -5.02) +(((((..,..{({...{,.{.,{((....))),..},,..,.}},.,,(((((.......))))).,))))). [ -9.30] +(((((.................(((....)))................(((((.......)))))..))))). { -4.42 d=10.17} +(((((......((.........(((....)))..........))....(((((.......)))))..))))). { -2.50 MEA=54.73} + frequency of mfe structure in ensemble 0.00205781; ensemble diversity 15.91 |
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| diff -r 685d5971df5b -r d78cdda646bc test-data/rnafold_result3.txt --- a/test-data/rnafold_result3.txt Fri Sep 22 15:59:40 2017 -0400 +++ b/test-data/rnafold_result3.txt Thu Sep 28 16:27:28 2017 -0400 |
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| @@ -1,3 +1,7 @@ >Sequence UGGGAAUUAGCUCAAAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGUGAGAGGUAGUGGGAUCGAUGCCCACAUUCUCCA .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).. (-22.00) +,((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))),)), [-23.20] +.((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))).)). {-21.90 d=9.72} +.((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))).)). {-21.90 MEA=58.88} + frequency of mfe structure in ensemble 0.142309; ensemble diversity 14.51 |
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| diff -r 685d5971df5b -r d78cdda646bc test-data/sample_3_result.txt --- a/test-data/sample_3_result.txt Fri Sep 22 15:59:40 2017 -0400 +++ b/test-data/sample_3_result.txt Thu Sep 28 16:27:28 2017 -0400 |
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| @@ -1,9 +1,21 @@ >SECIS_1 AUUUUAUCCAUGAAAGUGUUUCCUCUAAACCUAUGUGGAGGAACACCUGAUGUCCAGGAAAAU .((((...(((.(..(((.((((((((........))))))))))).).))).....)))).. (-27.97) +.((((...(((.{..(((.((((((((........))))))))))).}.))).....)))}.. [-29.13] +..(((...(((....(((.((((((((........)))))))))))...))).....)))... {-26.59 d=5.82} +.((((...(((.(..(((.((((((((........))))))))))).).))).....)))).. {-27.97 MEA=54.87} + frequency of mfe structure in ensemble 0.151171; ensemble diversity 8.50 >6S_1 GAAACCCUAAUGUAUUCGAUAUAGUUCCUGAUAUUUUUGAACCGAACAAUUUUUUAUACCUAGGGAGCUUGGAGUUCCGGCGCGGCGCACAUGCCUUCACACGAGGAAGUGCAAACCGUUAGACAGAGCACCCACCUGCUUUAAUUGAGAGCGGGUUCAAAGGAAGGGAAUCCUAAACGGUACGAUUGGGGUUUCU (((((((...(((((.((.....((((((....((((((((((...................(((.((((.....((.((((.(..((((.(.((((.....))))).))))...))))).))..)))).)))....(((((.....))))).))))))))))..))))))......)))))))....))))))). (-110.38) +(((((((,,{(((((,((.....{(((((....(((((((((({{{....,},.........(((.((((.....((.((((.(..((((.{.((((.....)))),.))))...))))).))}.)))).)))....(((((.....))))).))))))))))..))))),......))))))).}.,))))))). [-115.12] +(((((((..((((((.((......(((((....((((((((((...................(((.((((.....((.((((.(..((((...((((.....))))..))))...))))).))..)))).)))....(((((.....))))).))))))))))..))))).......))))))).)..))))))). {-109.37 d=10.73} +(((((((..((((((.((......(((((....((((((((((...................(((.((((.....((.((((.(..((((...((((.....))))..))))...))))).))..)))).)))....(((((.....))))).))))))))))..))))).......))))))).)..))))))). {-109.37 MEA=177.59} + frequency of mfe structure in ensemble 0.000456946; ensemble diversity 17.02 >6S_2 UUGUCCCUGCCGUGCUCGUGACUUGGCCAUACAUUCUCUGAACCUAUGUCUUACGGCAUAUGGGUUGCGGGAGUGUAGAGCUGGAGUGAUCGUCUACUCGUAGACGAACCCGAUGCUCUUCGGAUCGCGACCACCUUGAACCUCAGGGUUCGAGAUGCCGGCCUUGACGGCACAGGCGGGGCAUC .((.(((((((((((.(((.(...((((...((.((((.((((((..(((....))).....((((((((...((.(((((.((.((..((((((......))))))))))...))))).))..)))))))).............))))))))))))..)))).).))))))).))))))))).. (-129.27) +.((,(((((((((((.(((.{...((((...,,.((((.((((((..(((....))).....((((((((...{(.(((((.((.((..((((((,....,))))))))))...))))).)}..)))))))).....,,...,,.)))))))))),}..)))).}.))))))).))))))))).. [-132.48] +.((.(((((((((((.(((.(...((((......((((.((((((..(((....))).....((((((((...((.(((((.((.((..((((((......))))))))))...))))).))..)))))))).............))))))))))....)))).).))))))).))))))))).. {-129.23 d=10.34} +.((.(((((((((((.(((.(...((((...(..((((.((((((..(((....))).....((((((((...((.(((((.((.((..((((((......))))))))))...))))).))..)))))))).............)))))))))).)..)))).).))))))).))))))))).. {-128.23 MEA=168.16} + frequency of mfe structure in ensemble 0.00547171; ensemble diversity 14.91 |