Repository 'shovill'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/shovill

Changeset 4:d9f6a00b6db7 (2019-08-25)
Previous changeset 3:865119fcb694 (2018-11-13) Next changeset 5:8d1af5db538d (2020-06-28)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/shovill commit eb617cb0aeeb18710ecb12f5208f4e69b7659dbc"
modified:
shovill.xml
test-data/contigs.fa
test-data/mutant_R1.fastq
test-data/mutant_R2.fastq
added:
test-data/mutant_R1.fastq.gz
test-data/mutant_R2.fastq.gz
b
diff -r 865119fcb694 -r d9f6a00b6db7 shovill.xml
--- a/shovill.xml Tue Nov 13 10:41:12 2018 -0500
+++ b/shovill.xml Sun Aug 25 05:14:31 2019 -0400
[
@@ -1,21 +1,31 @@
-<tool id="shovill" name="Shovill" version="1.0.4">
+<tool id="shovill" name="Shovill" version="@TOOL_VERSION@+galaxy0">
     <description>Faster SPAdes assembly of Illumina reads</description>
+    <macros>
+        <token name="@TOOL_VERSION@">1.0.4</token>
+    </macros>
     <requirements>
-        <requirement type="package" version="1.0.4">shovill</requirement>
+        <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">shovill</requirement>
     </requirements>
     <version_command>shovill --version</version_command>
     <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+        #if str($library.lib_type) == "paired"
+            #set r1_ext = $library.R1.extension
+            #set r2_ext = $library.R2.extension
+            ln -s '$library.R1' fastq_r1.'$r1_ext' &&
+            ln -s '$library.R2' fastq_r2.'$r2_ext' && 
+        #else if str($library.lib_type) == "collection"
+            #set r1_ext = $library.input1.forward.extension
+            #set r2_ext = $library.input1.reverse.extension
+            ln -s '$library.input1.forward' fastq_r1.'$r1_ext' &&
+            ln -s '$library.input1.reverse' fastq_r2.'$r2_ext' &&
+        #end if
+        
         shovill
             --outdir 'out'
             --cpus \${GALAXY_SLOTS:-1}
             --ram \${SHOVILL_RAM:-4}
-            #if str($library.lib_type) == "paired"
-                --R1 '$library.R1'
-                --R2 '$library.R2'
-            #else if str($library.lib_type) == "collection"
-                --R1 '$library.input1.forward'
-                --R2 '$library.input1.reverse'
-            #end if
+            --R1 fastq_r1.'$r1_ext'
+            --R2 fastq_r2.'$r2_ext'
             $trim
             --namefmt '$adv.namefmt'
             --depth '$adv.depth'
@@ -98,7 +108,7 @@
             <output name="shovill_std_log" ftype="txt" >
                 <assert_contents>
                     <has_text text="[mash]"/>
-                    <has_text text="[lighter] Processed 24960 reads"/>
+                    <has_text text="[lighter] Processed 1714 reads"/>
                     <has_text text="[FLASH] FLASH v1.2.11 complete!"/>
                     <has_text text="[spades] ======= SPAdes pipeline finished."/>
                 </assert_contents>
@@ -125,7 +135,7 @@
                 <assert_contents>
                     <has_text text="[mash] Writing to"/>
                     <has_text text="[trimmomatic] TrimmomaticPE: Completed successfully"/>
-                    <has_text text="[lighter] Processed 24960 reads:"/>
+                    <has_text text="[lighter] Processed 2000 reads:"/>
                     <has_text text="[FLASH] FLASH v1.2.11 complete!"/>
                     <has_text text="[spades] ======= SPAdes pipeline finished."/>
                     <has_text text="[bwa+samtools-sort] [samclip] Done."/>
@@ -147,9 +157,9 @@
             <output name="shovill_std_log" ftype="txt" >
                 <assert_contents>
                     <has_text text="[mash]"/>
-                    <has_text text="[lighter] Processed 24960 reads"/>
+                    <has_text text="[lighter] Processed 1714 reads"/>
                     <has_text text="[FLASH] FLASH v1.2.11 complete!"/>
-                    <has_text text="[megahit] --- [STAT]"/>
+                    <has_text_matching expression="\[megahit\] .* ALL DONE"/>
                 </assert_contents>
             </output>
         </test>
@@ -166,7 +176,7 @@
             <output name="shovill_std_log" ftype="txt" >
                 <assert_contents>
                     <has_text text="[mash]"/>
-                    <has_text text="[lighter] Processed 24960 reads"/>
+                    <has_text text="[lighter] Processed 1714 reads"/>
                     <has_text text="[FLASH] FLASH v1.2.11 complete!"/>
                     <has_text text="[skesa] DONE"/>
                 </assert_contents>
@@ -185,12 +195,31 @@
             <output name="shovill_std_log" ftype="txt" >
                 <assert_contents>
                     <has_text text="[mash]"/>
-                    <has_text text="[lighter] Processed 24960 reads"/>
+                    <has_text text="[lighter] Processed 1714 reads"/>
                     <has_text text="[FLASH] FLASH v1.2.11 complete!"/>
                     <has_text text="[velvetg] Final graph has"/>
                 </assert_contents>
             </output>
         </test>
+        <test> <!-- Test 6: Gzipped input with trimming -->
+            <param name="lib_type" value="paired" />
+            <param name="R1" value="mutant_R1.fastq.gz" ftype="fastqsanger" />
+            <param name="R2" value="mutant_R2.fastq.gz" ftype="fastqsanger" />
+            <param name="trim" value="true" />
+            <output name="contigs" ftype="fasta">
+                <assert_contents>
+                    <has_text text="&gt;contig00001"/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+            <output name="shovill_std_log" ftype="txt" >
+                <assert_contents>
+                    <has_text text="[mash]"/>
+                    <has_text text="[lighter] Processed 1714 reads"/>
+                    <has_text text="[FLASH] FLASH v1.2.11 complete!"/>
+                    <has_text text="[spades] ======= SPAdes pipeline finished."/>
+                </assert_contents>
+            </output>
+        </test>
     </tests>
     <help><![CDATA[
 Synopsis:
b
diff -r 865119fcb694 -r d9f6a00b6db7 test-data/contigs.fa
--- a/test-data/contigs.fa Tue Nov 13 10:41:12 2018 -0500
+++ b/test-data/contigs.fa Sun Aug 25 05:14:31 2019 -0400
b
b'@@ -20,3342 +20,3 @@\n GAACGGTCGGACGAATTGCGAAGTTCATTTCGAAATCGAAAGACACACGTGTAGTTTTTA\n CTGCGCATGGATGGGCTTTTACAGAGGGTGTTAAACCAGCTAAAAAATTTCTATATCTAG\n TTATTGAAAAATTAATGTCACGTATTACAGATAGCATTATTTGTGTTTCAGATTTCGATA\n-AACAGTTAGCGTTAAAATATCGATTTAATCGATTGAAATTAACCACTATACATAATGGAA\n-TTGCAGATGTTCCCGCTGTTAAGCAAACGCTAAAAAGCCAATCACATAACAATATTGGCG\n-AAGTTGTTGGAATGTTGCCTAATAAACAAGATTTACAGATTAATGACTCGACAAAACATC\n-AATTTGTTATGATTGCAAGATTTGCTTATCCAAAATTGCCACAAAATCTAATCGCGGCAA\n-TAGAGATATTGAAATTACATAACAGTAATCATGCGCATTTTACATTTATAGGCGATGGAC\n-CTACATTAAATGATTGTCAGCAACAAGTTGTACAAGCTGGGTTAGAAAATGATGTCACAT\n-TTTTGGGCAATGTCATTAATGCGAGTCATTTATTATCACAATACGATACGTTTATTTTAA\n-TAAGTAAGCATGAAGGTTTGCCAATTAGCATTATCGAAGCGATGGCTACAGGGTTGCCTG\n-TCATCGCTAGTCATGTTGGTGGCATTTCGGAATTAGTAACTGATAATGGTATATGTATAG\n-TGAACAATCAACCTGAAACTATTGCCAAAGTCCTGGAAAAATATTTAATAGACAGTGATT\n-ACATCAAAATGAGTAACCAATCTAGAAAACGTTATTTAGAATGTTTTACAGAGGAGAAAA\n-TGATTAAAGAAGTGGAAGACGTTTATAATGGAAAATCAACACAATAGTAAATATCTAACA\n-TTGTTACTTATCGGTTTAGCGGTTTTTATTCAGCAATCTTCGGTTATTGCCGGTGTGAAT\n-GTTTCTATAGCTGACTTTATCACATTACTAATATTAGTTTATTTACTGTTTTTCGCCAAC\n-CATTTATTAAAGGCAAATCATTTTTTACAGTTTTTCATTATTTTGTATACATATCGTATG\n-ATTATTACGCTTTGTTTACTATTTTTTGATGATTTGATATTTATTACGGTTAAGGAAGTT\n-CTTGCATCTACAGTTAAATATGCATTTGTAGTCATTTATTTCTATTTAGGGATGATCATC\n-TTTAAGTTAGGTAATAGCAAAAAAGTGATCGTTACCTCTTATATTATAAGCAGTGTGACT\n-ATAGGTCTATTTTGTATTATAGCTGGTTTGAACAAGTCCCCTTTACTAATGAAATTATTA\n-TACTTTGATGAAATACGTTCAAAAGGATTAATGAATGACCCTAACTATTTCGCGATGACA\n-CAGATTATTACATTGGTACTTGCTTACAAGTATATTCATAATTACATATTCAAGGTCCTT\n-GCATGTGGTATTTTGCTATGGTCTTTAACTACAACGGGGTCTAAGACTGCGTTTATCATA\n-TTAATCGTCTTAGCCATTTATTTCTTTATTAAAAAGTTATTTAGTAGAAATGCAGTAAGT\n-GTTGTGAGTATGTTAGTGATTATGTTAATTCTACTTTGTTTTACCTTTTATAATATAAAC\n-TACTATTTATTCCAATTAAGCGACCTTGATGCCTTACCGTCATTAGATCGAATGGCGTCT\n-ATTTTTGAAGAGGGGTTTGCATCATTAAATGATAGTGGATCTGAGCGAAGTGTTGTATGG\n-ATAAATGCCATTTCAGTAATTAAATATACATTAGGTTTTGGTGTTGGCTTAGTGGATTAT\n-GTACATATTGGCTCGCAAATTAATGGTATTTTACTTGTTGCCCATAATACATATTTGCAA\n-ATTTTTGCGGAATGGGGCATTTTATTCGGTGCGTTATTTATCATATTTATGATTTATTTA\n-TTATTTGAATTATTTAGATTCAATATTTCTGGGAAAAATGTAACAGCAATTGTTGTAATG\n-TTGACGATGCTGATTTACTTTTTAACAGTATCGTTTAATAACTCAAGATATGTCGCTTTT\n-ATTTTAGGAATTATCGTCTTTATTGTTCAATATGAAAAGATGGAAAGGGATCGTAATGAA\n-GAGTGATTCACTAAAAGAAAATATTATTTATCAAGGGCTATACCAATTGATTAGAACGAT\n-GACACCGCTGATTACAATACCCATTATTTCACGTGCATTTGGTCCCAGTGGTGTGGGTAT\n-TGTTTCATTTTCTTTCAATATCGTGCAATACTTTTTGATGATTGCAAGTGTTGGCGTTCA\n-GTTATATTTTAATAGAGTTATCGCGAAGTCCGTTAACGACAAACGGCAATTGTCTCAGCA\n-GTTTTGGGATATCTTTGTCAGTAAATTATTTTTAGCGTTAACAGTTTTTGCGATGTATAT\n-GGTCGTAATTACTATATTTATAGATGATTACTATCTTATTTTCCTACTACAAGGAATCTA\n-TATTATAGGTGCAGCACTCGATATTTCATGGTTTTATGCTGGAACTGAAAAGTTTAAAAT\n-ACCTAGCCTTAGTAATATTGTTGCGTCTGTTATTGTATTAAGTGTCGTTGTTATCTTTGT\n-GAAAGATCAATCAGATTTATCATTGTATGTATTTACTATTGCTATTGTGACAGTATTAAA\n-CCAATTACCTTTGTTTATCTATTTAAAACGATACATTAGCTTTGTTTCGGTTAATTGGAT\n-ACACGTCTGGCAATTGTTTCGTTCGTCATTAGCATATTTATTACCAAATGGTCAACTCAA\n-CTTATACACTAGTATTTCTTGCGTTGTTCTTGGTTTAGTAGGCACATACCAACAAGTTGG\n-TATCTTTTCTAACGCATTTAATATTTTAACGGTCGCAATTATAATGATTAATACATTTGA\n-TCTTGTAATGATTCCGCGTATTACTAAAATGTGTATCCAGCAATCACATAGTTTAACTAA\n-AACGTTAGCTAATAATATGAATATTCAATTGATATTAACAATACCTATGGTCTTTGGTTT\n-GATTGCAATTATGCCATCATTTTATTTATGGTTCTTTGGTGAGGAATTCGCATCAACTGT\n-CCCATTGATGACCATTTTAGCGATACTTGTATTAATCATTCCTTTAAATATGTTGATAAG\n-CAGGCAATATTTATTAATAGTGAATAAAATAAGATTATATAATGCGTCAATCACTATTGG\n-TGCGGTAATGAATTTAGTATTATGTCTTGTTTTGATATATTTTTATGGAATTTACGGTGC\n-TGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTAC\n-TAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCCGTTAT\n-GATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCTCCTACAATGTACGCTACGCT\n-GCTATTAATTGCGATTGGTATAGTAGTTTATCTTTTATTAATGATGACTATGAAAAATCA\n-ATACGTATGGCAAATATTGAGGCATCTTCGACACAAAACAATTTAAGTATCGGTAACGCT\n-ATACTTTAGAAATTTAAGAATAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTG\n-TCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATGCCTTTTTGCATTCA\n-ATATTAAATATTATATCAATTTCGAATATTTAAATTTTATATAATTGGATATAACAAATA\n-AATAATAATTATTGCAAAACACACCCGAAATTAATTATTATAAAAGTATATTCATAAAAG\n-GAGGAATATACTTATGGCATTTAAATTACCAAATTTACCATATGCATATGATGCATTGGA\n-ACCATATAT'..b'CAGACATTTAAAAAATACATGGCTTACACTACG\n-ATTGGTTTG\n->contig00092 len=300 cov=4.5 corr=0 spades=NODE_92_length_300_cov_4.53039_pilon\n-ACTAAACCTAAATTGCACTTCACTAAAATAACGGTTATCACCGATTGTTCTTTTAAATAA\n-GTAGGTAGATTCATATATATGTTGATTCTTGTTCACACTAACCACAAGCTCTCTGATATC\n-GAACACTATATATTACTTGTCCTACGAACAATGTCTTATTAAGTTATTTTTAATATAGCA\n-AACTATATTTGCTTTTTCAAGTAACGATTTCAAACATCAATCATGTCGATTTAGTGACAT\n-GCAGTCGTTTGATAAATTGATTGCTTTAAATACTGTGCAACCGCTTCAATATCTTTATGA\n->contig00093 len=299 cov=9.8 corr=0 spades=NODE_93_length_299_cov_9.77222_pilon\n-AGGTTAAAACAGCATGTTAGAAATCTCATGAGTACTGATATGGCGAGAGAATATAAAAAA\n-TTAAGTAAAGAACATGGGCAAGTTAAAGAAAAATATAGTGGTCTTGTAGAGCGATTTAAT\n-GAAAATGTAAATGATTATAATGAGTTGCTTGAAGAAAACAAGTCTTTAAAGTCTAAAATA\n-AGCGATTTAAAGCGTGATGTGAGTTTAATCTATGAAAGCACTAAGGAATTCCTTAAGGAA\n-CGTACAGACGGCTTAAAAGCCTTTAAAAACGTTTTTAAGGGGTTTGTAGACAAGGTAAA\n->contig00094 len=284 cov=4.4 corr=0 spades=NODE_94_length_284_cov_4.44242_pilon\n-CAAGCACCAAAAGAGGAAGACAACAACAAGCCTGGCAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGT\n-AAAGAAGACGGCAACAAACCTGGTAAAGAAGACAACAAAAAACCTGGCAAAGAAGATGGC\n-AACAAACCTGGTAAAGAAGACGGCAACAAGCCTGGTAAAGAAGATGGCAACAAGCCTGGT\n-AAAGAAGACGGCAACGGAGTACATGTCGTTAAACCTGGTGATACAGTAAATGACATTGCA\n-AAAGCAAACGGCACTACTGCTGACAAAATTGCTGCAGATAACAA\n->contig00095 len=243 cov=4.3 corr=0 spades=NODE_104_length_243_cov_4.33871_pilon\n-ACCTAACTTAAATGAAGAACAACGCAATGGTTTCATCCAAAGCTTAAAAGATGACCCAAG\n-CCAAAGCGCTAACCTTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAATGATGCACAAGCACCAAAAGC\n-TGACAACAAATTCAACAAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATTTTACATTTACCTAA\n-CTTAACTGAAGAACAACGTAACGGCTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCTTCAGTGAG\n-CAA\n->contig00096 len=219 cov=2.2 corr=0 spades=NODE_156_length_219_cov_2.18_pilon\n-TGCTAACCTTTTAGCAGAAGCTAAAAAGTTAAATGAATCTCAAGCACCGAAAGCTGATAA\n-CAAATTCAACAAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTACATTTACCTAACTTAAC\n-TGAAGAACAACGTAACGGCTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCTTCAGTGAGCAAAGA\n-AATTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAACGATGCTCAAGC\n->contig00097 len=213 cov=2.0 corr=0 spades=NODE_157_length_213_cov_2_pilon\n-TTTACCAGGTTTGTTGCCGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTT\n-GTTGTTGTCTTCCTCTTTTGGTGCTTGAGCATCGTTTAGCTTTTTAGCTTCTGCTAAAAG\n-GTTAGCGCTTTGGCTTGGGTCATCTTTTAAGCTTTGGATGAAACCATTGCGTTGTTCTTC\n-ATTTAAGTTAGGTAAATGTAAGATTTCATAGAA\n->contig00098 len=207 cov=3.8 corr=0 spades=NODE_158_length_207_cov_3.75_pilon\n-TGCTAACCTTTTAGCAGAAGCTAAAAAGTTAAATGAATCTCAAGCACCGAAAGCTGATAA\n-CAAATTCAACAAAGAACAACAAAATGCTTTCTATGAAATCTTACATTTACCTAACTTAAA\n-TGAAGAACAACGCAATGGTTTCATCCAAAGCTTAAAAGATGACCCAAGCCAAAGCGCTAA\n-CCTTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAA\n->contig00099 len=191 cov=2.1 corr=0 spades=NODE_161_length_191_cov_2.06944_pilon\n-TTGTTGCCGTCTTCTTTACCAGGCTTGTTGTTGTCTTCTTTGCCAGGCTTGTTGTTGTCT\n-TCCTCTTTTGGTGCTTGAGCATCGTTTAGCTTTTTAGCTTCTGCTAAAATTTCTTTGCTC\n-ACTGAAGGATCGTCTTTAAGGCTTTGGATGAAGCCGTTACGTTGTTCTTCAGTTAAGTTA\n-GGTAAATGTAA\n->contig00100 len=184 cov=3.0 corr=0 spades=NODE_162_length_184_cov_3_pilon\n-TGCTTTTAACTTACCTCTTATCTGCAATTTTACTTAGGATTGCTTTTAACTTACCCCTTA\n-TCAGCAATTTTACTGAGAACTGCTTTTAACAAACCTCTTATCTGCAATTTTACTTAGAAC\n-TGCTTTTAACAAACCTCTTATCTGCAATTTTACTTAGAATTGCTTTTACTATTCCTCTTA\n-TTAG\n->contig00101 len=181 cov=5.9 corr=0 spades=NODE_163_length_181_cov_5.8871_pilon\n-CTAAGTAAAATTGCAGATAAGAGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAA\n-GGGGTACAGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTTA\n-AAAATGAGATGAGACGTAGATTAACTCCATAATCAATACGAATCTATCGACTTCTTTATT\n-T\n->contig00102 len=172 cov=3.8 corr=0 spades=NODE_164_length_172_cov_3.84906_pilon\n-GTTAAAAGCAGTTCTCAGTAAAATTGCTGATAAGGGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTA\n-AAATTGCAGATAAGAGGTAAGTTAAAAGCAATCCTAAGTAAAATTGCAGATAAGGGGTAC\n-AGAAAAACTAGACTTGATTACAAAATGGAGCTTGGGACATAAATGATTTTTT\n->contig00103 len=161 cov=2.6 corr=0 spades=NODE_165_length_161_cov_2.64286_pilon\n-GCTTGAGCATCGTTTAGCTTTTTAGCTTCTGCTAAAATTTCTTTGCTCACTGAAGGATCG\n-TCTTTAAGGCTTTGGATGAAGCCGTTACGTTGTTCTTCAGTTAAGTTAGGTAAATGTAAA\n-ATTTCATAGAAAGCATTTTGTTGTTCTTTGTTGAATTTGTT\n->contig00104 len=151 cov=6.2 corr=0 spades=NODE_166_length_151_cov_6.1875_pilon\n-TTTTAGCAGAAGCTAAAAAGCTAAACGATGCTCAAGCACCAAAAGAGGAAGACAACAACA\n-AGCCTGGCAAAGAAGACAACAACAAGCCTGGTAAAGAAGACGGCAACAAACCTGGTAAAG\n-AAGACAACAAAAAACCTGGCAAAGAAGATGG\n'
b
diff -r 865119fcb694 -r d9f6a00b6db7 test-data/mutant_R1.fastq
--- a/test-data/mutant_R1.fastq Tue Nov 13 10:41:12 2018 -0500
+++ b/test-data/mutant_R1.fastq Sun Aug 25 05:14:31 2019 -0400
b
b'@@ -1,49920 +1,4000 @@\n-@mutant-no_snps.gff-24960/1\n-AATGTTGTCACTTGGATTCAAATGACATTTTAAATCTAATTATTCATGAATCGAACTAGTACGAAATGCAATGAGCATCTTGTCTAGTTCGATTTTTTAATGTCTAAAAATGTCGTATATGTAATCAGAGTAGAAAGTGTTGAGGCGTTT\n-+\n-5??A9?BBBDDDBEDDBFF+FGHHIIHHHEIHIIHIIAHDHIIHIG#IIHIFHHHFGIII*IHHHIHFIIHGICIHHIHFFFHHHIIIIIHIHDHIIIAHHH?GHHHHHF@HGGH6GGHEEGBGGGGGFGFE6FGFEFE?GF5EGGEEAC\n-@mutant-no_snps.gff-24958/1\n-CAAAGTCGTTGGTCATATAAAAAACCGCGTACAGTCAACTATAGATACAATCAAGATAAACTCATGCACAGATTGGGAGATATTTTAGTGCAATATGGAATTCAACATGACACAGGGTTATTACCACATGAATGGCATTATCACATTTCG\n-+\n-?A????@?DDDABDE9FGGGFGICFHIIIBGHIIIGICHHIFH=IHAFIHIHHHHIFCIIEIHAIFGIHIDDIHEIIFIIIIHHHICIIIHIH=@HFHEHBFHIHHHH-HHHFCBHHDGHHEHGEH<GDEEEFHDEGGDGE*FGBGG,GD\n-@mutant-no_snps.gff-24956/1\n-TATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCATCTAATCTTCAACAAACTGGCCCGTTTGTTGAACTACTCTTTAATAAAATAATTTTTCCGTTCCCAATTCCACATTGCAATAATAGAAAATCCATCTTCATCGGCTTTTTCGTCATCATCTGT\n-+\n-?????BBADD5DDDDDGFGCFFEECFBBICIII,IIHIICHIHIIFHHHHHIHIIIIIIIAHHIHHH5FHDHHHHFIIHFGF5IIIHIIHHI@<IHHHHHDHDHFHHIGGEHHFHGEEFBHH?HH*FEGBHGH@EDG?C*FEGBGEGGGG\n-@mutant-no_snps.gff-24954/1\n-CATGATCAAAAAGCAGCTGATTTATTATTACAAGCACAACGTTTTGGTGTAAAAGAAGATGGTTCAGCAAGTAAAGAACTTGTAGATAGTTATAAATCAGAAATTCTTGTTAAAAAAGACTCAAAAATTAAAAGCTTGAAAGATTTAAAA\n-+\n-<A?=?<?BBDDDDDDDFGGGAFEHIIIBIFH/CFCHFFIH9IHIHIIIHHIIIIIHHIHH>FHDHHHHIH+IFHIIGHHICHHIHHHIHFHHHCHHHFFHHFGHHCHIH<HHGGHHBEHGFE9HFGGAHGGF;:EGCGGGGFEE,B:AEG\n-@mutant-no_snps.gff-24952/1\n-CTCAATATCATCGGTGGATTTATTCATCCATCATCTGGTCGTGTCATTATTGATAACGAAATTAAACAACAGCCGTCTCCAGATTGTTTAATGCTATTTCAACATCATAATCTGCTGCCATGGAAAACGATTAATGACAACATTAGGATT\n-+\n-=?<????BDDDDDDDDFGCFFFHB>H0FHHHIIIHDIHIHHH.CHIHHIIDEIHFIIFEHIIFIHIIGGIIIFIIHHHFDCHGIIHIIHIHHHHFEHCHHIDHCHFHFHHFHFHHFBGEHGHEEFGFHGHGF*?GGEE88DEGF6FGBA*\n-@mutant-no_snps.gff-24950/1\n-TTTCTTTCTTTAAAAATGGTCTCATAAAATGGTTTCGACTGTATTCTTTGCATGTCACCAATTACATAAAACTCTTTTTTAGCCCTTGTCACTGCAACATTTAACAAGTTTGGTTTTTCGCATGACCAGTTCACAGCACCATCTTGAGTA\n-+\n-A5???BBBD@DDDDDDGGFGGFHEFB+HIIGIIIGHGIIFIHIHCI>IIFHHHAHIDHFICHHIFICHHIIHHHIHHIHCFIHIIIH=HHIH<HEFEFHHFHIHHHFDHHEIGHHFGDFHHEEHGF=HGHGGEFFCEGEDFFCGAGEG8G\n-@mutant-no_snps.gff-24948/1\n-ACATCGATGTTATTAAAGGCATTATCGCCTTTTCATCAAACAAAAAAAATAATTCAGAATTAGATGAGCTATATTCCATTTATATGAATGATGATTCTATCACATCCATTGTTCACCCTGACTTAATAGAAAGTATAGAGCTTATCCATA\n-+\n-?AA?ABBBDDEBDDDDFCFGCCICFHHFFHIHHIEFHHHIGHCIIIH,IIIAIHEEEHHGIFHH5IHHHAHHHHHHGIHFHFGHIHHIIIFIDIEDHHH?H.HFH.HHH?HDFEHAHD:G=EEDEFEHCHHHHGDFGGCEG@FDE?EGEE\n-@mutant-no_snps.gff-24946/1\n-GATCCGATTCAAATTGAACCTGTTGTTACTTTAGAAAGCCATTTAATTGATAATATTCGTAAAAATTATAATGTTCCGGAATATCTAGTTTCTAAAGAAGCTTCTGTGCAGTCTGTCGCTGACAACGCTAATCAATATGGCTTTTGGAAA\n-+\n-?A???BABDBADDDDDCGCGGGHHIIIFHCHIIFHH/IIHI=IGIEIIIIIHIAIIIHIEIHIIHHDHD?ICBIHIIEIIAHFIH?HHHHHHHHDFIFHCFHEGHHFFHEIHHEGGEH*HFGF>EFEEGCFHGFEE8FFGGFEFGG8HG9\n-@mutant-no_snps.gff-24944/1\n-CCGATTGGCGTCGTAGGTGCTGTTGTTGCTTGGAACTTCCCAATGCTATTAGCTGCATGGAAGATTGCGCCAGCCATTGCTGCAGGTAATACAATTGTGATTCAACCTTCGTCTTCAACACCATTAAGTTTATTGGAAGTTGCTAAAATT\n-+\n-??A??7B>DDDDDDDDAGCFG-HFHEIH.HHICHIHHIHIIIIGHHDHFFIIFFFHHIIHHHAH=IIHHHHFEEHHHH>IIIIIF7HHIH*G.@I>IHHH.6HEDEHHHHHGHGGHG,GFGGGGGGGFEDHEDGFEGC@GHG@GCGGGGB\n-@mutant-no_snps.gff-24942/1\n-TCACTACATTATTTTAAATATCTTTTACTTCTGCAGAAACTTTCATCCCATTTTGAACATCCATATTTTTGAACGGGACAGTTAACACATATTGTTTTAAATAATAATTAAGCGTCTCTAAACTAAGCGTGTTATATCTTGTATTATCAC\n-+\n-?AA??=BBDDB<BDDEFFFDGCH0E-HFHHIIHI=CI/HHHIHHGDHIGIID@FEFFHHIEGHHDHH@IEH>IFHBHDIHCHIEIIHIHHHHIGECIHDHIHHH.FHFGHIGIHHHGHGHGEGGGGGGFHDFGGBGBGHFEGGEGG=EFG\n-@mutant-no_snps.gff-24940/1\n-GACTTAATTTCACAATATGCTCAACTGTCTCACGATCTTTAACGTGTGGCACAATAATACCTCTCGCACCCATATCCAACACTTTAATGATATCTCTATCTATCACTGCAGTGACACGTACAATTGGTATAATATGCGCTGCTTCAGCTG\n-+\n-?????BBB@D@9DDEDGGFFGGIHHHIHIFHIIIHIIGIIIIIHFIIIGHDFFIHHHHIEHHIHBHHIIAHHIFIIIIIFD4HHICIHHIHCGHHH=ICHIHGHHFHHDHHFHFHGGGHHGGHH*FE:EEHDGEGGGGEGCBGGFFEG@E\n-@mutant-no_snps.gff-24938/1\n-ATGAGTATGGATGTTATGGGAATTTCAAAAGAAGAATTAAGAGATGAAGTCGATTATGGTGGCGTAGGTACTTATATTGGACATGCTGAGCAAGCAAATCATAACTTATTTATCTAATCAATAAAATCTATTTTAAAAAGGAGTTTTTTT\n-+\n-????=B>BDDDDDDDDFFFGGGIHCIIFFHIII0HIIIH?HGIHIHI>7GHI>HFEHDHHHFHHFIFIHIIE-IHIHFIHHHFHFHIHHDCGGHH'..b'ATTGGACCTACTAAATGTTCGAT\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_487_723_4:0:0_4:0:0_3dd/1\n+ATTCAAATCAATGATGGCAAATATTTCTTAATGCCAATTGATACTGTCTCACGGTATTCCTCGTTATACTGTAACAATTGGTCACAATCTTTAAAATGTAACTTTTATTTAAACTTATTAAGCAAATTAAGACTACCTTGAGCCTTCCCC\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_292_483_4:0:0_4:0:0_3de/1\n+TTGTTGTGGTGTTAAGTCATATCCACCTTGAATTTGCGCAAGACCTGTTAATCCTGGTGTAACAATACATCTTTGCTCAACTCCTATTATTTCTGAACTAAATAATTCTACAAATTCTGGACTTTCCGGGCGTGGACCAATAAAACTCAT\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_529_721_2:0:0_3:0:0_3df/1\n+CTGGAATTATATATATCAATTAGAACCTTGATGGTTGTTATTACAGGGGAAGGCTCAAGGTAGTCTTAATTTGCTTAATAAGTTTAAATAAAAGTTACATTTTAAAGATTGTGACCAATTGTTACAGTATAACGAGGAATCCCTTGAGAC\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_294_541_5:0:0_1:0:0_3e0/1\n+TGATGAATTACGACAAGTAATTAATGTTGTTAAAGGGGAAATGAGTTTTATTGGACCACGCCCGGAACGTCCAGAATATGTAGAATTATTTAGATCAGAAATAATAGGATTTGAGCAAAGATGTCTTGATACACCAGGATTAACAGGTCT\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_217_423_5:0:0_1:0:0_3e1/1\n+AAAAACGGTGCGCAAAGGGCTGATAAAGATGATGATGGTATAACAAATGTCGGGAAGTTTATTCGTAAAACACGCATAGATGAATTACGACAACTAATTAATGTTGTTAAAGGGGAAATGAGTTTTATTGGACCACGCCCGGAACGTGCA\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_283_565_3:0:0_4:0:0_3e2/1\n+CAACCATCAATGTTCTAATTTATATATATAATTCCATCATTAAGCTAGCTTTATGTATATATTTCATTTCATATTTTAATTTTTGTTGTGGTGTTAAGTCATATCCACCTTGAATTAGCGCAAGACCTGTTAATCCTGGTGTAACAAGAC\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_763_1037_2:0:0_3:0:0_3e3/1\n+CGAGAATAACTGTTCTAACACTTTGACAGCTAAAATATCTTGTTTCAAGTCAATTGGACCTACTAAATGTTCGATAATAATTACATTGACTCTTGCATCTAGTTGTTCAATCATTGGTGCATGATTGCCTACAATGACATAAACATCATG\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_462_641_4:0:0_3:0:0_3e4/1\n+CACAATCTTTAAAATGTAACTTTTATTAAAACTTATTAAGCAAATTAAGACTACCTTGAGCCTTCCCCTGTAATAACAACCATCAATGTTCAAATTGATATATATAATTCCATGATTAAGCTACCTTTATGTATATATTTCATGTCATAT\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_1105_1254_2:0:0_3:0:0_3e5/1\n+AATCTGAAACACAAATAATGCTATCTGTAATACGTGACATTAATTTTTCAATAACTAGATATCGAAATATTTTAGCTGGTTTAACACCCACTGTAAAAGCCCATCCATGCGCAGTAAAAACTACACGTGTGTCTTTCGATTTCGAAATGA\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_110_366_2:0:0_2:0:0_3e6/1\n+TCGTCATAGATTCGCCAGGAAACCCTATTTATAGTCCGGTTAGAGTTGGGAAGATGGGTAAATTAATTAAAATATACAAATTACGTTCGATGTGTCAAAACGCAGAGAAAAACGGTGCGCAATGGGCTGATAAAGATGATGATCGTATAA\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_101_320_4:0:0_1:0:0_3e7/1\n+ACATTAATTAGTTGTGGTAATTCATCAATGCGAGTTTTACGAATAAACTTCCCGACATTTGTTATACGATCATCATCTTTATCAGCCCATTGCGCACCGTTTTTCTCTGCGTTTTTACACATCGAACGTAATTTGTATATTTTAATTAAT\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n'
b
diff -r 865119fcb694 -r d9f6a00b6db7 test-data/mutant_R1.fastq.gz
b
Binary file test-data/mutant_R1.fastq.gz has changed
b
diff -r 865119fcb694 -r d9f6a00b6db7 test-data/mutant_R2.fastq
--- a/test-data/mutant_R2.fastq Tue Nov 13 10:41:12 2018 -0500
+++ b/test-data/mutant_R2.fastq Sun Aug 25 05:14:31 2019 -0400
b
b"@@ -1,49920 +1,4000 @@\n-@mutant-no_snps.gff-24960/2\n-TCCATTCATCGGTACAACTGTATTTGGTGGATTATCATTAGCGTTAGGTGCAGCGTTATTAGCTGGACGTCGTCGCGAACTATAAAAACAAACAATACACAACGATAGATATCATTTTATCCAAACCAATTTTAACTTATATACGTTGAT\n-+\n-????9BBB@DBD@B<DGFFEFAIHFHEH>FIHHHHICIHFIIIIC9H9H8FCCAHHI=DIG?HEHC?I5HEIGEHHFHHIH?=HEIFA/H<HHHHHIIG,HHH-+HHF@FEHGFFHEH*FF;HDHGGHGDHD*GE-E-EFEGD;;G*EG-\n-@mutant-no_snps.gff-24958/2\n-TGTAAAACTTTCTTTTTGTGTCCATATTTGATAAAAATCATTTAAACTACATATTTGATGTGCTTCGTTTGTAGAGAAACACGTCACTAATGTACGCCAGTCTAAACGTAGTGATATCTTTTCGATATCAATACCAACTGGTTCTTTATC\n-+\n-?????B?BDDDDDBDDFFGGC+IIHIHE+FHICIEHIHAD+IIHAHHHIEHBEGIIFGDGIHD-HHHF.HH5HHHH6FH-HCC(HCI@HDHHIHHHFC-FIHGHDDFFH,FEDGEHHE+FFG(FFF9HG=DGGGE;)GEFGG':ED*CF2\n-@mutant-no_snps.gff-24956/2\n-CTACGTGAATCAAAAACAATGGATTCAATTTTGGAAAAAGGCAATGAAATTAGACTATGATCCAAATGTAAAAGTTCAAATGATTCGACCGAAAAATAATTATACATCGGATATACAATCGGCAGTTGACGAAACTGCAAAATAGCCTGT\n-+\n-A??,9B7B-DDDBD9DGGGGGEFFG/H>IF/IHIIIH+FHH.H-HHHFEGFIHHFCHAEHHFHDCH+HHFEDFIE-FIGHFIHCH@FHEHEHII+CG,I+FCDH+GHFFECHCH4H+FFD9G;7F=D1?@8FEEDEG;GEE2CF'EE*G*\n-@mutant-no_snps.gff-24954/2\n-AGAAATTGTGTCATTCGGAATAGCTTGTGTTAATTTTAAAATTCGTGTGTCTTTAAATACATTTGGTTGGTCTTTTTTCACAGTATTACGTGCATCGTTAAATACAGCTGCAGCATCTACATCTCCATTTAATAATGAGATAACTGCTTG\n-+\n-??9??BA<D@DBDEBDGFGFCFIHIIII.CHHIIGHEIHIIH9HHFHEHFH/IHHHFHHGHECH5HEFFIBFHD+@HHFFI5GIHDH>HBHHGHEHGHHHH+D=DDDHHHEHHHHE*DFHE=FHHGEEECDHCF+FGCEGGGFFEC5EEE\n-@mutant-no_snps.gff-24952/2\n-GATAAATAGCTTCATCAATATCGTGAGTGACTAATATAATAGTTGATTCCGTTTTATGTTTTAGTTGTACTAGTTGATCTTGAAGTTTATAGCGTGTAAATGCATCTAATGCATCTAATGGCTCATCCATCAATATAACGTTAGGCTTAT\n-+\n-A???,>BB9BBDDBDDCCGCCGH8HHHEIHFIHI+HCHIE9FIIHHEII+9CIHEFFIHEHI5=I5H5HGFIHEHF55D-5ED,-HGGG9H=+HCIIH+HCEHIHFEHFGHFH#FHFHEH,:42HD)G**FBE9?(EEFG*EEGEGGHG9\n-@mutant-no_snps.gff-24950/2\n-TGAGCCGAGTTCATTTGTAATATCACCATTTTCAGCAGTACAAAAACAGGTTAAACGTATATTAAAGCAACAACTACCGACTAGAATTGATATTGAACGTACAAAAATTAATCAATGGGTCGATAAATCCATTGGTACTGTTCATACTTT\n-+\n-??,??BBBDDD@DDD+8AGFFFIHF-HHHHGIFHHIDHHICA+H-HH9IGFCIFHBFCHIHDI5HHII@HHEHHIHFHHD+EFIHC4IFIIA>IDHGCHHHFHG.HDFE-HEEBCHEDHH@HHDG>5CEGG=8GF=EGFGGEABEE?GG3\n-@mutant-no_snps.gff-24948/2\n-AAATTAAAATGAAGTGTTCTCGGTCAGCATTTCCTATGAAGTCACGCATAATATCAGCAGCGTCTTGTGGTTCTTCAATACGTCTTTTTAAATACCAAAGTGTATCTTCTTTAACCATTCGGACTTTGACAACATGTATTCTTTTTCTAC\n-+\n-?????B>BDBDDBDDDC>FFFEHIHI8IIECEHI+-HDIGHHCHEHCGHGH?HE9EAA=IFDDI-D+HFHAIFFHHII5HGIHEDHHFIHFFIHFIHFHDCHDGBI=6HCHF;EHE=DH.H=EHGGHF?FGEE4GF2HF*>DECF;FGEE\n-@mutant-no_snps.gff-24946/2\n-CAATACTTTTTCGCCATGCTCTTTCACAAATTGTTTTTGTACTGAGTTTCCTTTAACGTCATACCAACCGGTCTTACCTACGTTTGTAATATTACTAGGTAGCACCATTTTATTATTATAAGCAATTTGATTAGCTATCGTGAACATGGG\n-+\n-?=???/BBBBDDBDBDGFCF.+CFHIFHICHIGG@HHIFIDBHHIIDHCGFDGHH5FIHFBFDHHFEEAH5FHHIHGCFHHIIBFHDIHIEHEHF7HHFIEFF6.EHGF?D?ICEEHFDFFFBG,FHH@@HEFCFFEB@*EE=EFEGE**\n-@mutant-no_snps.gff-24944/2\n-AACTGAATACCTTCAACTGCAAGGTCTAAATTAGCATCATCTAATATGATATTGGCGCTTTTACCACCAAGCTCTAAAGTAGCAGGTACTAGATGTTTCGCTGCAGCTTCGGCATCTTGATAACCTACATCAGTTGAGCCCGTAAATGAT\n-+\n-,9?????>DDBDDDD@GFF8GFI/-IHHHEIHFHFIHHDH.HCHBHI>IEBIHIIHIGEHH5B@HG>D-EH5III-HHAF<FEHEDFEHHHHHIHDGHFG.@HI+FIGC=#EFE+HFE+D*HGGHEHD>EGAEE=FG95(B6CGEDEGGE\n-@mutant-no_snps.gff-24942/2\n-CATCAAAGTTTGATTCAGCACACCAACAAATGCACCAATCATTACGACAGCTATAACACGGTTCCGTTGTTTCAAATCTATATTAAAGGCATATACATTCCTCAAATTTTGACGTCTCCCTCTCTTTTAAGTGGAACCTACTATCATTTA\n-+\n-=<A??BBB<DBBBD@DFFFFGGHIBCFEFIIH/IGIHIDHHHI9F?HIGIHFH5AHDH8HG+EHIHEFGHID*IEFIIFFHIHG+IEEHFIIFEHEIHHFEHHEGIHGHAHG<H+=GEFBGE@9GGEFF8*GGG?CFGGE6G2@E8D=EG\n-@mutant-no_snps.gff-24940/2\n-TCGATTATTAAGTGACTCCGAGTTAAGAATTCATCATGTTACAAATCCATTAGGTGTAGGAGGTATTACTGATGCAACAACTATCTCTGAAACATAGATTAAACAATGGTGATTCAGTTTATGGCATTTTTAATTCTATACCGGACCCAT\n-+\n-?????B>BDD-DDD-DFFAGEFIEAFIHFII@HHI-H>HHHHEDHEH/IIHCDHFF)DIE@IFHHEHCFFHIAICHEIHCIHFACIHD7GHDEIIIDH.HIHH@HHHIHHBHDGHFFEHFHCG??F+E=5(=GFDEE?E;GGGACFGG.E\n-@mutant-no_snps.gff-24938/2\n-CTCTAATACCTGAAGCAAAATCAGCATGAATATGTGTTTCTGCAGCTTTAGTAATTGTGAATCCTTCTTTATCTGCAACTTTTAAATATTTTGTTAAATCTCGTATAGGGTCAATAATCATTGCTTCTCCTGTACGTTGACATCCAATTC\n-+\n-???A?BBBD?DDBDD@6GFCGFHFCIIC/FIIHGIGFHI+HIHIHHAHHHIF=HHEFHGG'FFHIF@?H5@FIIFHGHE5ECHFHEHDICHIH@H"..b'CTGGAACGGTCGGACGAATTGGG\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_487_723_4:0:0_4:0:0_3dd/2\n+TTAAAATATGACCTGAAATATATACATAAAGGTAGCTTAATGATGGAATTATATATATCAATTAGAACATTGATGGTTGTTATAACAGGGGAAGGCTCAAGGTAGTCTTAATTTTCTTAATAAGTTTAAATAAAAGTTACATTTTACAGA\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_292_483_4:0:0_4:0:0_3de/2\n+ATTGATGAATTACCCCAACTAATTAATGTTGTTAAAGGGGAAATGAGTTTTCTTGGACCACGCCCGGAACGTCCAGAATTTGTCGAATTATTTAGTTCAGAAATAATAGGATTTGAGCAAAGCTGTCTTGTTACACCAGGATTAACAGGT\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_529_721_2:0:0_3:0:0_3df/2\n+GCAAATCAATGATGGCAAATATTTCTTAATGCCATTTGATACTGTCTCAAGGTATTCCTCGTTATACTGAAACAATTGGTCACAATCTTTAAAATGTAACTTTTATTTAAACTTATTAAGCCAATTAAGACTACCTTGAGCCTTCCCCTG\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_294_541_5:0:0_1:0:0_3e0/2\n+TATATAATTCCATCATTAAGCTACCTTTATGTATATATTTCATGTCATATTTTAATTTTTGTTGTGGTGTTAAGTCATATCCACCTTGAATTTGCGCAAGACCTGTTAATCCTGGTGTAACAAGACATCTTTGCTCAAATCCTATTATAT\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_217_423_5:0:0_1:0:0_3e1/2\n+AACAAGACATCTTTGCTCAAATCCTATTATTTCTGAACTAAATAATTCTACAAATTCTGGACGTTCCGGGCGTGGTCCAATAAAACTCATTTCCCCTTTAACAACAATAATTAGTTGTGGTAATTCATCAATGCGTGTTTTACGAATAAA\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_283_565_3:0:0_4:0:0_3e2/2\n+AAAACACGCATTGATGAATTACCACAACTACTTAATGTTGTTAAAGGGGAAATGAGTTTTATTGGACCACGGCCGGAACGTCCAGAATTTGTAGAATAATTTAGTTCAGAAATAATAGGATTTGAGCAAAGATGTCTTGTTACACCAGGA\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_763_1037_2:0:0_3:0:0_3e3/2\n+AGAAATTGAAAGTATAGGATTAAAGGGGTTTGTAACAGTTGAAAATTATATATTGTATTACTAAAGCAGATAATGGTGGTGCACAAACACATCTCATTGAACTCGCTAACCATTTTTGCGTACACCATGATGTTTATGTCATTGTAGGCA\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_462_641_4:0:0_3:0:0_3e4/2\n+ATATGACTTACCACCACAACAAAAATTAAAATATGACCTGAAATATATACATCAAGGTAGCTTAATGATGGAATTATATATATCAATTAGAACATTGATGGTTGTTATTACAGGGGAAGGCTCAAGGTAGTCTTAATTTGCTAAATAAGT\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_1105_1254_2:0:0_3:0:0_3e5/2\n+TCCTTTCGAAATCGAAAGACACACGTGTAGTTTTTACTGCGCATGGATGGGCTTTTACAGAGGGTGTTAAACCAGCTCAAAAATTTCTATATCTAGTTATTGAAAAATTAATGTCACGTATTACAGATAGCATTATTTGTGTTTCAGATT\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_110_366_2:0:0_2:0:0_3e6/2\n+TGGACGTTCCGGGCGTGGTCCAATAAAACTCATTTCCCCTTTAACAACATTAATTAGTTGTGGTAATACATCAATGCGTGTTTTACGAATAAACTTCCCGACATTTGTTATACGAACATCATCTTTATCAGCCCATTGCGCACCGTTTTT\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n+@contig00001_101_320_4:0:0_1:0:0_3e7/2\n+CCATTGCTATCGTCATAGATTCGCCAGGAAACCCTATTTATAGACAGGTTAGAGTTGGGAAGCTGGGTAAATTAATTAAAATATACAAATTACGTTCGATGTGAAAAAACGCAGAGAAAAACGGTGCGCAATTGGCTGATAAAGATGATG\n++\n+222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222\n'
b
diff -r 865119fcb694 -r d9f6a00b6db7 test-data/mutant_R2.fastq.gz
b
Binary file test-data/mutant_R2.fastq.gz has changed