Repository 'mirdeep2_mapper'
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planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/mirdeep2/mirdeep2_mapper commit 04c75332ac618b43ce5c3f307f7866e97147e865
modified:
mapper.xml
added:
test-data/reads_sample1.fa
test-data/reads_sample2.fa
b
diff -r a8d24f4b6d95 -r dbbe92348c7a mapper.xml
--- a/mapper.xml Wed Jul 12 14:38:46 2017 -0400
+++ b/mapper.xml Thu Apr 05 08:55:27 2018 -0400
[
b'@@ -1,4 +1,4 @@\n-<tool id="rbc_mirdeep2_mapper" name="MiRDeep2 Mapper" version="2.0.0">\n+<tool id="rbc_mirdeep2_mapper" name="MiRDeep2 Mapper" version="2.0.0.8.1">\n     <description>process and map reads to a reference genome</description>\n     <macros>\n         <macro name="map_params">\n@@ -28,36 +28,38 @@\n     <requirements>\n         <requirement type="package" version="2.0.0.8">mirdeep2</requirement>\n     </requirements>\n-    <stdio>\n-        <!-- Anything other than zero is an error -->\n-        <exit_code range="1:" />\n-        <exit_code range=":-1" />\n-        <!-- In case the return code has not been set propery check stderr too -->\n-        <regex match="Error:" />\n-        <regex match="Exception:" />\n-    </stdio>\n-    <command>\n+    <command detect_errors="aggressive">\n <![CDATA[\n-\n         #if $operation.collapse_map == "collapse_and_map" or $operation.collapse_map == "only_map"\n             #if $operation.refGenomeSource.genomeSource == "history"\n                 bowtie-build \'$operation.refGenomeSource.ownFile\' custom_bowtie_indices &&\n             #end if\n         #end if\n \n-        mapper.pl \n-    \n-        \'$reads\'\n-        \n-        #if $reads.extension.startswith("fasta")\n-            -c\n-        #else if $reads.extension.startswith("fastq")\n-            -e\n-            -h\n+        mapper.pl\n+\n+        #if $input.type == "single":\n+            \'$input.reads\'\n+\n+            #if $input.reads.extension.startswith("fasta")\n+                -c\n+            #else if $input.reads.extension.startswith("fastq")\n+                -e\n+                -h\n+            #end if\n+        #else:\n+            \'$samples\' -d\n+\n+            #if $input.reads_list[0].reads.extension.startswith("fasta")\n+                -c\n+            #else if $input.reads_list[0].reads.extension.startswith("fastq")\n+                -e\n+                -h\n+            #end if\n         #end if\n \n         $remove_non_canon\n-        \n+\n         $convert_rna_dna\n \n         #if $clip_adapter.clip == "true"\n@@ -69,10 +71,10 @@\n         #if $operation.collapse_map == "collapse_and_map" or $operation.collapse_map == "only_collapse"\n             -m -s \'$output_reads_collapsed\'\n         #end if\n-        \n+\n         #if $operation.collapse_map == "collapse_and_map" or $operation.collapse_map == "only_map"\n-            -p \n-            \n+            -p\n+\n             #if $operation.refGenomeSource.genomeSource == "history"\n                 custom_bowtie_indices\n             #else\n@@ -80,15 +82,38 @@\n             #end if\n             $operation.map_mismatch\n             -r $operation.map_threshold\n-            \n+\n             -t \'$output_mapping\'\n         #end if\n \n         -v -n\n ]]>\n     </command>\n+    <configfiles>\n+        <configfile name="samples"><![CDATA[#if $input.type == "multiple":\n+#for $r in $input.reads_list:\n+$r.reads    $r.sample_name\n+#end for\n+#end if]]></configfile>\n+    </configfiles>\n     <inputs>\n-        <param format="fastq, fasta" name="reads" type="data" optional="false" label="Deep sequencing reads" help="Reads in fastq or FASTA format"/>\n+        <conditional name="input">\n+            <param name="type" type="select" label="Pool multiple read sets">\n+                <option value="single" selected="true">No</option>\n+                <option value="multiple">Yes</option>\n+            </param>\n+            <when value="single">\n+                <param format="fastq,fasta" name="reads" type="data" label="Deep sequencing reads" help="Reads in fastq or FASTA format"/>\n+            </when>\n+            <when value="multiple">\n+                <repeat name="reads_list" title="Reads">\n+                    <param name="sample_name" value="" type="text" label="Sample name" help="Must be a 3 letters/digits code">\n+                        <validator type="expression" message="The sample name must be a 3 letters/digits code">len(value) == 3 and value.isalnum()</validator>\n+                    </param>\n+                    <param format="fastq'..b'e="select" label="Collapse reads and/or Map" help="(-m) and/or (-p)">\n                 <option value="collapse_and_map">Collapse reads and Map</option>\n@@ -144,7 +169,10 @@\n     </outputs>\n     <tests>\n         <test>\n-            <param name="reads" value="reads.fa"/>\n+            <conditional name="input">\n+                <param name="type" value="single"/>\n+                <param name="reads" value="reads.fa"/>\n+            </conditional>\n             <param name="remove_non_canon" value="True"/>\n             <param name="clip" value="true"/>\n             <param name="adapter_seq" value="TCGTATGCCGTCTTCTGCTTGT"/>\n@@ -171,22 +199,57 @@\n                 </assert_contents>\n             </output>\n         </test>\n+        <test>\n+            <conditional name="input">\n+                <param name="type" value="multiple"/>\n+                <repeat name="reads_list">\n+                    <param name="sample_name" value="sa1"/>\n+                    <param name="reads" value="reads_sample1.fa"/>\n+                </repeat>\n+                <repeat name="reads_list">\n+                    <param name="sample_name" value="sa2"/>\n+                    <param name="reads" value="reads_sample2.fa"/>\n+                </repeat>\n+            </conditional>\n+            <param name="remove_non_canon" value="True"/>\n+            <param name="clip" value="true"/>\n+            <param name="adapter_seq" value="TCGTATGCCGTCTTCTGCTTGT"/>\n+            <param name="discard_short_reads" value="18"/>\n+            <param name="collapse_map" value="collapse_and_map"/>\n+            <param name="genomeSource" value="history"/>\n+            <param name="ownFile" value="cel_cluster.fa"/>\n+            <output name="output_reads_collapsed">\n+                <assert_contents>\n+                    <has_text text=">sa1_220_x1"/>\n+                    <has_text text="TCACCGGGTGTACATCAGC"/>\n+                    <has_text text=">sa2_0_x250"/>\n+                    <has_text text="AATGACACTGGTTATCTTTTCCATCG"/>\n+                </assert_contents>\n+            </output>\n+            <output name="output_mapping">\n+                <assert_contents>\n+                    <has_line_matching expression="^.*22\\t1\\t22\\ttcaccgggtggaaactagcagt\\tchrII:11534525-11540624\\t22\\t3060\\t3081.*$"/>\n+                    <has_line_matching expression="^.*21\\t1\\t21\\ttcaccgggtggaaactagcag\\tchrII:11534525-11540624\\t21\\t3060\\t3080.*$"/>\n+                    <has_line_matching expression="^.*22\\t1\\t22\\ttcaccgggtgtacatcagctaa\\tchrII:11534525-11540624\\t22\\t3631\\t3652.*$"/>\n+                </assert_contents>\n+            </output>\n+        </test>\n     </tests>\n     <help>\n <![CDATA[\n **What it does**\n \n-The MiRDeep2 Mapper module is designed as a tool to process deep sequencing reads and/or map them to the reference genome. \n-The module works in sequence space, and can process or map data that is in sequence FASTA format. \n+The MiRDeep2 Mapper module is designed as a tool to process deep sequencing reads and/or map them to the reference genome.\n+The module works in sequence space, and can process or map data that is in sequence FASTA format.\n A number of the functions of the mapper module are implemented specifically with Solexa/Illumina data in mind.\n \n **Input**\n \n-Default input is a file in FASTA format, seq.txt or qseq.txt format. More input can be given depending on the options used. \n+Default input is a file in FASTA format, seq.txt or qseq.txt format. More input can be given depending on the options used.\n \n **Output**\n \n-The output depends on the options used. Either a FASTA file with processed reads or an arf file with with mapped reads, or both, are output. \n+The output depends on the options used. Either a FASTA file with processed reads or an arf file with with mapped reads, or both, are output.\n \n Arf format:\n Is a proprietary file format generated and processed by miRDeep2. It contains information of reads mapped to a reference genome. Each line in such a file contains 13 columns:\n'
b
diff -r a8d24f4b6d95 -r dbbe92348c7a test-data/reads_sample1.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/reads_sample1.fa Thu Apr 05 08:55:27 2018 -0400
b
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