Repository 'norwich_tools_dock'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/marpiech/norwich_tools_dock

Changeset 1:dc6fb5c5d4c8 (2016-09-12)
Previous changeset 0:75f2b4087722 (2016-08-30) Next changeset 2:958fa7ba4715 (2016-09-14)
Commit message:
planemo upload commit 489ad526806f22eefcb73e8d8efe44d648e8185e
modified:
rdock.xml
smina.xml
added:
README.md
acpc.xml
apoc.xml
test-data/apoc/1ha3A.pdb
test-data/apoc/1yr8A.pdb
test-data/apoc/3ec1A.pdb
test-data/apoc/block.pdb
test-data/apoc/query.lst
test-data/apoc/templ.lst
tools/apoc/apoc
removed:
README
b
diff -r 75f2b4087722 -r dc6fb5c5d4c8 README
--- a/README Tue Aug 30 03:18:58 2016 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
[
@@ -1,29 +0,0 @@
-# README #
-
-This README would normally document whatever steps are necessary to get your application up and running.
-
-### What is this repository for? ###
-
-* Quick summary
-* Version
-* [Learn Markdown](https://bitbucket.org/tutorials/markdowndemo)
-
-### How do I get set up? ###
-
-* Summary of set up
-* Configuration
-* Dependencies
-* Database configuration
-* How to run tests
-* Deployment instructions
-
-### Contribution guidelines ###
-
-* Writing tests
-* Code review
-* Other guidelines
-
-### Who do I talk to? ###
-
-* Repo owner or admin
-* Other community or team contact
\ No newline at end of file
b
diff -r 75f2b4087722 -r dc6fb5c5d4c8 README.md
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.md Mon Sep 12 06:00:34 2016 -0400
[
@@ -0,0 +1,29 @@
+# README #
+
+This README would normally document whatever steps are necessary to get your application up and running.
+
+### What is this repository for? ###
+
+* Quick summary
+* Version
+* [Learn Markdown](https://bitbucket.org/tutorials/markdowndemo)
+
+### How do I get set up? ###
+
+* Summary of set up
+* Configuration
+* Dependencies
+* Database configuration
+* How to run tests
+* Deployment instructions
+
+### Contribution guidelines ###
+
+* Writing tests
+* Code review
+* Other guidelines
+
+### Who do I talk to? ###
+
+* Repo owner or admin
+* Other community or team contact
\ No newline at end of file
b
diff -r 75f2b4087722 -r dc6fb5c5d4c8 apoc.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/apoc.xml Mon Sep 12 06:00:34 2016 -0400
[
b'@@ -0,0 +1,258 @@\n+<tool id="apoc" name="APoc" version="1.0">\n+    <description>Large-scale identification of similar protein pockets</description>\n+    <stdio>\n+        <exit_code range="1:" />\n+    </stdio>\n+    <command>\n+        <![CDATA[ \n+        #if $templates_source.template_source_select=="list"#\n+            #for $i, $s in enumerate( $templates_source.template )# \n+                echo ${s.input.file_name} >> templates_path ;\n+            #end for#\n+            paste -d "\\t" templates_path $templates_source.lt | awk \'{print $1"\\t"$3}\' > templates_list;\n+        #end if#\n+\n+        #if $query_source.query_source_select=="list"#\n+            #for $i, $s in enumerate( $query_source.query )# \n+                echo ${s.input.file_name} >> queries_path ;\n+            #end for#\n+            paste -d "\\t" queries_path $query_source.lq | awk \'{print $1"\\t"$3}\' > queries_list;\n+        #end if#\n+\n+        $__tool_directory__/tools/apoc/apoc\n+                                            -fa $fa\n+                                            -pvol $pvol\n+                                            -plen $plen\n+                                            #if $sod=="true"\n+                                            -sod\n+                                            #end if\n+                                            -v $v\n+                                            -m $m\n+                                            #if $L\n+                                            -L $L\n+                                            #end if\n+                                            #if $a=="true"\n+                                            -a\n+                                            #end if\n+                                            #if $b=="true"\n+                                            -b\n+                                            #end if\n+                                            #if $c=="true"\n+                                            -c\n+                                            #end if\n+\n+                                            #if $templates_source.template_source_select=="list"\n+                                                -lt templates_list\n+                                            #else\n+                                                #if $templates_source.pt\n+                                                    -pt $templates_source.pt\n+                                                #end if \n+                                                $templates_source.pdbfile1\n+                                            #end if\n+\n+                                            #if $query_source.query_source_select=="list"\n+                                                -lq queries_list\n+                                            #else\n+                                                #if $query_source.pq\n+                                                    -pq $query_source.pq\n+                                                #end if \n+                                            $query_source.pdbfile2\n+                                            #end if\n+                                            > $output_apoc\n+        ]]>\n+    </command>\n+    <inputs>\n+        <conditional name="templates_source">\n+            <param name="template_source_select" type="select" label="Chose template source: pdb file or file with list of templates">\n+            <option value="pdbfile">pdb file</option>\n+            <option value="list">file with list of templates</option>\n+            </param>\n+            <when value="pdbfile">\n+                <param name="pdbfile1" type="data" format="pdb" label="First (template) structure for comparison" help="(pdbfile1)" />\n+                <param name="pt" type="text" label="Names of pockets in the first (template) structure for comparison" optional="true" help="(-pt)" />\n+            </when>\n+            <when value="list">\n+                <param name="lt" type="data" format="data" label="L'..b'ha3A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <param name="template_1|input" value="apoc/3ec1A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <param name="template_2|input" value="apoc/1yr8A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <param name="query_source_select" value="pdbfile" />\n+            <param name="pdbfile2" value="apoc/1ha3A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <param name="pq" value="1ha3_GDP_A_406" />\n+            <output name="output_apoc">\n+                <assert_contents>\n+                    <has_text_matching expression="PDB\\s*files\\s*loaded" />\n+                </assert_contents>\n+            </output>\n+        </test>\n+        <test>\n+            <param name="template_source_select" value="list" />\n+            <param name="lt" value="apoc/templ.lst" />\n+            <param name="template_0|input" value="apoc/1ha3A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <param name="template_1|input" value="apoc/3ec1A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <param name="template_2|input" value="apoc/1yr8A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <param name="query_source_select" value="list" />\n+            <param name="lq" value="apoc/query.lst" />\n+            <param name="query_0|input" value="apoc/3ec1A.pdb" ftype="pdb" />\n+            <output name="output_apoc">\n+                <assert_contents>\n+                    <has_text_matching expression="PDB\\s*files\\s*loaded" />\n+                </assert_contents>\n+            </output>\n+        </test>\n+    </tests>\n+    <help>\n+        <![CDATA[ \n+*************\n+Description \n+*************\n+\n+APoc may be used to compare two pockets, a pocket against a set of pockets, or\n+all-against-all between two sets of pockets. If you supply two structures to compare, \n+the first structure is the template and the second structure is the query (or target).\n+\n+For each pair of structures, the program first performs a global structural comparison in \n+sequential order using a standard TM-align algoritm. One may elect to bypass the global alignment\n+to accelerate comparison. If no pocket found in the pdb structures, the program becomes a normal \n+TM-align or stop if one chooses to bypass the global alignment. If there are pockets detected \n+in the input files, it will compare pockets in sequential-order-independent manner by default.\n+\n+The ouput is arranged in pairs of structures compared. For each pair, the first alignment is the\n+global alignment, followed by all-againat-all alignment of selected pockets. If you want a concise\n+output without detailed alignment, add the "-v 0" option.\n+\n+******\n+Help\n+******\n+\n+ Usage: apoc <options> pdbfile1 pdbfile2\n+\n+ **Input options**\n+\n+ --fa <num>       \n+           Global structure alignment: 1 - enable (default), 0 - disable.\n+ --lt <file>            \n+           Provide a list of templates to compare in a file.\n+ --lq <file>             \n+           Provide a list of queries (targets) to compare in a file.\n+ --pt <str1,str2,...>    \n+           Names of pockets in the first (template) structure for comparison.\n+ --pq <str1,str2,...>    \n+           Names of pockets in the second (query) structure for comparison.\n+ --pvol <num>            \n+           Minimal pocket volume in grid points. Default 100\n+ --plen <num>\n+           Minimal number of pocket residues. Default 10\n+\n+ **Alignment options**\n+\n+ --sod\n+     Restrict to sequence-order-dependent alignment. Default no restriction.\n+ --v  \n+     Alignment printout: 0 - none, 1 - concise, 2 - detailed (default).\n+\n+ **Scoring options**\n+\n+ --m <str>\n+     Similarity scoring metric:  tm (TM-score), ps (PS-score, default).\n+ --L <num>\n+     Normalize the score with a fixed length specified by num.\n+ --a\n+     Normalize the score by the average size of two structures.\n+ --b\n+     Normalize the score by the minimum size of two structures.\n+ --c\n+     Normalize the score by the maximum size of two structures.\n+\n+     ]]>\n+    </help>\n+    <citations>\n+        <citation type="doi">doi:10.1093/bioinformatics/btt024</citation>\n+    </citations>\n+</tool>\n'
b
diff -r 75f2b4087722 -r dc6fb5c5d4c8 rdock.xml
--- a/rdock.xml Tue Aug 30 03:18:58 2016 -0400
+++ b/rdock.xml Mon Sep 12 06:00:34 2016 -0400
[
@@ -1,5 +1,5 @@
-<tool id="rdock" name="rdock" version="1.0">
-    <description>tail-to-head</description>
+<tool id="rdock" name="rDock" version="1.0">
+    <description>Binding Mode Prediction in Proteins/RNA</description>
     <command>
         <![CDATA[ 
      cat $inputmol2 > inputmol2.mol2; cat $inputprm | sed "s|RECEPTOR_FILE.*|RECEPTOR_FILE inputmol2.mol2|g" | sed "s|REF_MOL.*|REF_MOL ligand.sd|g" > new.prm; 
@@ -13,9 +13,9 @@
      ]]>
     </command>
     <inputs>
-        <param name="inputprm" format="prm" type="data" label="PRM file" />
-        <param name="inputmol2" format="mol2" type="data" label="MOL2 file" />
-        <param name="inputsd" format="sd" type="data" label="SD file" />
+        <param name="inputprm" format="prm" type="data" label="receptor param file (contains active site params)" help="(-r)"/>
+        <param name="inputmol2" format="mol2" type="data" label="input MOL2 file" />
+        <param name="inputsd" format="sd" type="data" label="input ligand SD file" help="(-i)"/>
     </inputs>
     <outputs>
         <data name="output_rdock" format="data" />
@@ -43,7 +43,14 @@
         </test>
     </tests>
     <help>
-        rDock tool
+        <![CDATA[
+
+*************
+Description 
+*************
+
+rDock is a fast and versatile Open Source docking program that can be used to dock small molecules against proteins and nucleic acids. It is designed for High Throughput Virtual Screening (HTVS) campaigns and Binding Mode prediction studies.
+        ]]>
     </help>
     <citations>
         <citation type="doi">doi:10.1371/journal.pcbi.1003571</citation>
b
diff -r 75f2b4087722 -r dc6fb5c5d4c8 smina.xml
--- a/smina.xml Tue Aug 30 03:18:58 2016 -0400
+++ b/smina.xml Mon Sep 12 06:00:34 2016 -0400
b
b'@@ -1,4 +1,5 @@\n-<tool id="smina" name="smina" version="0.1.0">\n+<tool id="smina" name="smina" version="1.0">\n+    <description>Scoring and Minimization with AutoDock Vina</description>\n     <stdio>\n         <exit_code range="1:" />\n     </stdio>\n@@ -62,35 +63,98 @@\n                                                     #if $minimize_iters  \n                                                     --minimize_iters $minimize_iters \n                                                     #end if\n+                                                    #if $accurate_line=="true"\n+                                                    --accurate_line\n+                                                    #end if\n+                                                    #if $minimize_early_term=="true"\n+                                                    --minimize_early_term\n+                                                    #end if\n+                                                    #if $approximation\n+                                                    --approximation $approximation\n+                                                    #end if\n+                                                    #if $factor\n+                                                    --factor $factor\n+                                                    #end if\n+                                                    #if $force_cap\n+                                                    --force_cap $force_cap\n+                                                    #end if\n+                                                    #if $user_grid\n+                                                    --user_grid $user_grid\n+                                                    #end if\n+                                                    #if $user_grid_lambda\n+                                                    --user_grid_lambda $user_grid_lambda\n+                                                    #end if\n+                                                    #if $print_terms=="true"\n+                                                    --print_terms\n+                                                    #end if\n+                                                    #if $print_atom_types=="true"\n+                                                    --print_atom_types\n+                                                    #end if\n \n-                                                    --seed 1000 > $output;\n-                                                    cat $output > /tmp/ouput\n+                                                    #if $out\n+                                                    --out $out\n+                                                    #end if\n+                                                    #if $out_flex\n+                                                    --out_flex $out_flex\n+                                                    #end if\n+                                                    #if $atom_terms\n+                                                    --atom_terms $atom_terms\n+                                                    #end if\n+                                                    #if $atom_term_data=="true"\n+                                                    --atom_term_data\n+                                                    #end if\n+\n+                                                    #if $seed\n+                                                    --seed $seed\n+                                                    #end if\n+                                                    #if $exhaustiveness\n+                                                    --exhaustiveness $exhaustiveness\n+                                                    #end if\n+                                                    #if $num_modes\n+                                                    --num_modes $num_modes\n+                                                    #end if\n+                       '..b'\n+\n+******\n+Help\n+******\n+\n+ **Input**\n+\n+ --receptor arg                             rigid part of the receptor (PDBQT)\n+ --flex arg                                flexible side chains, if any (PDBQT)\n+ --ligand arg                              ligand(s)\n+ --flexres arg                             flexible side chains specified by comma separated list of chain:resid\n+ --flexdist_ligand arg                     Ligand to use for flexdist\n+ --flexdist arg          set all side chains within \n+                         specified distance to flexdist_ligand to flexible\n+    \n+ **Search space**\n+\n+ --center_x arg         X coordinate of the center\n+ --center_y arg         Y coordinate of the center\n+ --center_z arg         Z coordinate of the center\n+ --size_x arg           size in the X dimension (Angstroms)\n+ --size_y arg           size in the Y dimension (Angstroms)\n+ --size_z arg           size in the Z dimension (Angstroms)\n+ --autobox_ligand arg   Ligand to use for autobox\n+ --autobox_add arg      Amount of buffer space to add \n+                        to auto-generated box (default +4 on all six sides)\n+ --no_lig               no ligand; for \n+                        sampling/minimizing flexible residues\n+\n+ **Scoring and minimization options**\n+\n+ --scoring arg                       specify alternative\n+                                     builtin scoring function\n+ --custom_scoring arg                 custom scoring function file\n+ --custom_atoms arg           custom atom type parameters file\n+ --score_only                 score provided ligand pose\n+ --local_only                 local search only using autobox (you probably want to use --minimize)\n+ --minimize                   energy minimization\n+ --randomize_only             generate random poses, attempting to avoid clashes\n+ --minimize_iters arg         number iterations of steepest descent; \n+                              default scales with rotors and usually isn\'t\n+                              sufficient for convergence\n+ --accurate_line              use accurate line search  \n+ --minimize_early_term        Stop minimization before convergence conditions are fully met.\n+ --approximation arg          approximation (linear, spline, or exact) to use\n+ --factor arg                 approximation factor: higher results in a finer-grained approximation\n+ --force_cap arg              max allowed force; lower values more gently minimize clashing structures\n+ --user_grid arg              Autodock map file for user grid data based calculations\n+ --user_grid_lambda arg       Scales user_grid and functional scoring\n+ --print_terms                Print all available terms with default parameterizations\n+ --print_atom_types           Print all available atom types  \n+\n+ **Output**\n+\n+ --out arg      output file name, format taken from file extension\n+ --out_flex arg        output file for flexible receptor residues\n+ --atom_terms arg      optionally write per-atom interaction term values\n+ --atom_term_data      embedded per-atom \n+                       interaction terms in output sd data\n+\n+ **Misc**\n+\n+ --seed arg                  explicit random seed\n+ --exhaustiveness arg        exhaustiveness of the global search (roughly proportional to time)\n+ --num_modes arg             maximum number of binding modes to generate\n+ --energy_range arg          maximum energy difference between the best binding mode and the worst one displayed (kcal/mol)\n+ --min_rmsd_filter arg      rmsd value used to filter final poses to remove redundancy\n+ --addH arg                 automatically add hydrogens \n+                            in ligands (on by default)\n+\n+        ]]>\n     </help>\n     <citations>\n         <citation type="bibtex">\n-            @misc{renameTODO, author = {LastTODO, FirstTODO}, year = {TODO}, title = {TODO}, url = {https://sourceforge.net/projects/smina/}, }\n+            @misc{url = {https://sourceforge.net/projects/smina/}, }\n         </citation>\n     </citations>\n </tool>\n'
b
diff -r 75f2b4087722 -r dc6fb5c5d4c8 test-data/apoc/1ha3A.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/apoc/1ha3A.pdb Mon Sep 12 06:00:34 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,3428 @@\n+ATOM      1  N   GLY A   3      15.776  26.844  33.186  1.00 47.89           N  \n+ATOM      2  CA  GLY A   3      15.323  25.463  33.522  1.00 47.66           C  \n+ATOM      3  C   GLY A   3      16.407  24.661  34.217  1.00 47.01           C  \n+ATOM      4  O   GLY A   3      17.527  24.557  33.717  1.00 47.90           O  \n+ATOM      5  N   GLU A   4      16.077  24.094  35.372  1.00 45.31           N  \n+ATOM      6  CA  GLU A   4      17.034  23.300  36.132  1.00 43.98           C  \n+ATOM      7  C   GLU A   4      16.645  21.834  36.189  1.00 40.79           C  \n+ATOM      8  O   GLU A   4      15.472  21.482  36.080  1.00 39.00           O  \n+ATOM      9  CB  GLU A   4      17.143  23.814  37.567  1.00 47.53           C  \n+ATOM     10  CG  GLU A   4      17.754  25.190  37.705  1.00 54.03           C  \n+ATOM     11  CD  GLU A   4      17.903  25.602  39.154  1.00 57.40           C  \n+ATOM     12  OE1 GLU A   4      18.604  24.891  39.906  1.00 58.82           O  \n+ATOM     13  OE2 GLU A   4      17.316  26.636  39.542  1.00 60.96           O  \n+ATOM     14  N   PHE A   5      17.643  20.979  36.360  1.00 38.35           N  \n+ATOM     15  CA  PHE A   5      17.393  19.552  36.441  1.00 36.07           C  \n+ATOM     16  C   PHE A   5      17.774  19.109  37.845  1.00 34.54           C  \n+ATOM     17  O   PHE A   5      18.896  19.339  38.291  1.00 34.52           O  \n+ATOM     18  CB  PHE A   5      18.218  18.786  35.408  1.00 36.11           C  \n+ATOM     19  CG  PHE A   5      18.020  17.297  35.467  1.00 36.98           C  \n+ATOM     20  CD1 PHE A   5      18.633  16.538  36.461  1.00 35.46           C  \n+ATOM     21  CD2 PHE A   5      17.188  16.658  34.555  1.00 38.03           C  \n+ATOM     22  CE1 PHE A   5      18.418  15.165  36.547  1.00 37.63           C  \n+ATOM     23  CE2 PHE A   5      16.966  15.283  34.633  1.00 39.70           C  \n+ATOM     24  CZ  PHE A   5      17.583  14.536  35.632  1.00 38.40           C  \n+ATOM     25  N   ILE A   6      16.837  18.475  38.538  1.00 33.49           N  \n+ATOM     26  CA  ILE A   6      17.088  18.008  39.894  1.00 32.78           C  \n+ATOM     27  C   ILE A   6      17.167  16.489  39.915  1.00 30.75           C  \n+ATOM     28  O   ILE A   6      16.224  15.808  39.522  1.00 30.92           O  \n+ATOM     29  CB  ILE A   6      15.958  18.441  40.858  1.00 33.79           C  \n+ATOM     30  CG1 ILE A   6      15.598  19.912  40.632  1.00 35.79           C  \n+ATOM     31  CG2 ILE A   6      16.394  18.219  42.294  1.00 32.34           C  \n+ATOM     32  CD1 ILE A   6      16.730  20.879  40.882  1.00 37.93           C  \n+ATOM     33  N   ARG A   7      18.293  15.959  40.375  1.00 29.17           N  \n+ATOM     34  CA  ARG A   7      18.474  14.515  40.443  1.00 29.78           C  \n+ATOM     35  C   ARG A   7      17.577  13.967  41.558  1.00 30.99           C  \n+ATOM     36  O   ARG A   7      17.716  14.362  42.717  1.00 31.78           O  \n+ATOM     37  CB  ARG A   7      19.946  14.198  40.726  1.00 29.33           C  \n+ATOM     38  CG  ARG A   7      20.272  12.717  40.793  1.00 29.00           C  \n+ATOM     39  CD  ARG A   7      21.769  12.484  40.971  1.00 27.50           C  \n+ATOM     40  NE  ARG A   7      22.544  12.954  39.823  1.00 26.32           N  \n+ATOM     41  CZ  ARG A   7      23.268  14.070  39.804  1.00 28.71           C  \n+ATOM     42  NH1 ARG A   7      23.331  14.853  40.878  1.00 26.96           N  \n+ATOM     43  NH2 ARG A   7      23.931  14.406  38.705  1.00 27.44           N  \n+ATOM     44  N   THR A   8      16.661  13.064  41.206  1.00 30.75           N  \n+ATOM     45  CA  THR A   8      15.743  12.477  42.184  1.00 31.73           C  \n+ATOM     46  C   THR A   8      15.547  10.960  42.069  1.00 31.76           C  \n+ATOM     47  O   THR A   8      15.087  10.318  43.012  1.00 35.02           O  \n+ATOM     48  CB  THR A   8      14.353  13.118  42.081  1.00 32.30           C  \n+ATOM     49  OG1 THR A   8      13.820  12.'..b'386      42.617  -1.098  22.383  1.00 19.50           C  \n+ATOM   2924  CD1 PHE A 386      42.896  -1.705  21.157  1.00 18.47           C  \n+ATOM   2925  CD2 PHE A 386      43.514  -1.267  23.433  1.00 18.83           C  \n+ATOM   2926  CE1 PHE A 386      44.054  -2.465  20.982  1.00 21.07           C  \n+ATOM   2927  CE2 PHE A 386      44.676  -2.027  23.269  1.00 20.03           C  \n+ATOM   2928  CZ  PHE A 386      44.948  -2.626  22.045  1.00 19.43           C  \n+ATOM   2929  N   ALA A 387      39.241  -1.838  20.875  1.00 21.14           N  \n+ATOM   2930  CA  ALA A 387      38.962  -2.818  19.844  1.00 21.02           C  \n+ATOM   2931  C   ALA A 387      39.790  -2.454  18.633  1.00 20.52           C  \n+ATOM   2932  O   ALA A 387      40.233  -1.310  18.485  1.00 18.22           O  \n+ATOM   2933  CB  ALA A 387      37.480  -2.812  19.481  1.00 19.15           C  \n+ATOM   2942  N   ARG A 389      39.740  -2.654  14.457  1.00 19.65           N  \n+ATOM   2943  CA  ARG A 389      38.899  -2.883  13.293  1.00 20.81           C  \n+ATOM   2944  C   ARG A 389      39.629  -2.476  12.029  1.00 20.69           C  \n+ATOM   2945  O   ARG A 389      40.463  -1.573  12.040  1.00 20.12           O  \n+ATOM   2946  CB  ARG A 389      37.605  -2.073  13.396  1.00 20.93           C  \n+ATOM   2947  CG  ARG A 389      36.656  -2.561  14.462  1.00 25.41           C  \n+ATOM   2948  CD  ARG A 389      35.611  -1.514  14.774  1.00 30.75           C  \n+ATOM   2949  NE  ARG A 389      34.757  -1.216  13.633  1.00 33.55           N  \n+ATOM   2950  CZ  ARG A 389      33.806  -2.021  13.177  1.00 35.73           C  \n+ATOM   2951  NH1 ARG A 389      33.580  -3.189  13.762  1.00 37.00           N  \n+ATOM   2952  NH2 ARG A 389      33.065  -1.646  12.144  1.00 35.45           N  \n+ATOM   2970  N   ARG A 393      35.116  -3.987   9.866  1.00 33.88           N  \n+ATOM   2971  CA  ARG A 393      35.184  -5.349  10.396  1.00 30.59           C  \n+ATOM   2972  C   ARG A 393      36.047  -5.460  11.660  1.00 28.03           C  \n+ATOM   2973  O   ARG A 393      37.217  -5.085  11.654  1.00 25.14           O  \n+ATOM   2974  CB  ARG A 393      35.714  -6.306   9.322  1.00 32.38           C  \n+ATOM   2975  CG  ARG A 393      36.451  -7.511   9.888  1.00 33.06           C  \n+ATOM   2976  CD  ARG A 393      36.103  -8.797   9.172  1.00 37.69           C  \n+ATOM   2977  NE  ARG A 393      36.353  -8.750   7.736  1.00 38.44           N  \n+ATOM   2978  CZ  ARG A 393      36.189  -9.794   6.928  1.00 40.20           C  \n+ATOM   2979  NH1 ARG A 393      35.781 -10.954   7.426  1.00 41.48           N  \n+ATOM   2980  NH2 ARG A 393      36.424  -9.682   5.629  1.00 38.30           N  \n+ATOM   2981  N   THR A 394      35.467  -5.982  12.739  1.00 26.33           N  \n+ATOM   2982  CA  THR A 394      36.199  -6.135  13.999  1.00 25.84           C  \n+ATOM   2983  C   THR A 394      37.162  -7.316  13.893  1.00 24.96           C  \n+ATOM   2984  O   THR A 394      36.735  -8.452  13.693  1.00 27.11           O  \n+ATOM   2985  CB  THR A 394      35.241  -6.388  15.181  1.00 23.56           C  \n+ATOM   2986  OG1 THR A 394      34.263  -5.342  15.238  1.00 24.84           O  \n+ATOM   2987  CG2 THR A 394      36.020  -6.410  16.499  1.00 23.80           C  \n+ATOM   2999  N   ALA A 397      40.579  -7.567  19.884  1.00 23.20           N  \n+ATOM   3000  CA  ALA A 397      40.154  -6.984  21.155  1.00 22.07           C  \n+ATOM   3001  C   ALA A 397      41.398  -6.917  22.041  1.00 23.59           C  \n+ATOM   3002  O   ALA A 397      41.995  -7.944  22.346  1.00 23.07           O  \n+ATOM   3003  CB  ALA A 397      39.097  -7.860  21.808  1.00 24.03           C  \n+ATOM   3004  N   GLY A 398      41.799  -5.719  22.450  1.00 22.59           N  \n+ATOM   3005  CA  GLY A 398      42.978  -5.626  23.285  1.00 23.83           C  \n+ATOM   3006  C   GLY A 398      42.825  -4.830  24.563  1.00 23.95           C  \n+ATOM   3007  O   GLY A 398      41.785  -4.230  24.824  1.00 24.06           O  \n+TER\n'
b
diff -r 75f2b4087722 -r dc6fb5c5d4c8 test-data/apoc/1yr8A.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/apoc/1yr8A.pdb Mon Sep 12 06:00:34 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,2117 @@\n+ATOM      1  N   ALA A 499       9.569  48.956  32.795  1.00 54.04           N  \n+ATOM      2  CA  ALA A 499       8.762  48.414  31.668  1.00 54.72           C  \n+ATOM      3  C   ALA A 499       7.472  47.825  32.235  1.00 55.27           C  \n+ATOM      4  O   ALA A 499       6.373  48.123  31.762  1.00 55.81           O  \n+ATOM      5  CB  ALA A 499       9.557  47.360  30.934  1.00 54.80           C  \n+ATOM      6  N   SER A 500       7.641  46.966  33.241  1.00 55.17           N  \n+ATOM      7  CA  SER A 500       6.605  46.602  34.204  1.00 53.90           C  \n+ATOM      8  C   SER A 500       5.159  46.742  33.724  1.00 52.87           C  \n+ATOM      9  O   SER A 500       4.719  47.842  33.363  1.00 53.53           O  \n+ATOM     10  CB  SER A 500       6.823  47.414  35.480  1.00 54.61           C  \n+ATOM     11  OG  SER A 500       8.217  47.554  35.728  1.00 55.05           O  \n+ATOM     12  N   MET A   1       4.440  45.612  33.746  1.00 49.88           N  \n+ATOM     13  CA  MET A   1       3.045  45.500  33.295  1.00 46.81           C  \n+ATOM     14  C   MET A   1       2.589  44.020  33.353  1.00 43.33           C  \n+ATOM     15  O   MET A   1       3.246  43.136  32.786  1.00 41.72           O  \n+ATOM     16  CB  MET A   1       2.884  46.059  31.876  1.00 46.87           C  \n+ATOM     17  CG  MET A   1       1.561  46.790  31.607  1.00 47.19           C  \n+ATOM     18  SD  MET A   1       1.486  47.553  29.949  1.00 48.43           S  \n+ATOM     19  CE  MET A   1       3.205  47.911  29.616  1.00 47.82           C  \n+ATOM     20  N   ILE A   2       1.476  43.764  34.046  1.00 39.57           N  \n+ATOM     21  CA  ILE A   2       0.959  42.400  34.227  1.00 35.74           C  \n+ATOM     22  C   ILE A   2      -0.418  42.196  33.619  1.00 33.73           C  \n+ATOM     23  O   ILE A   2      -1.313  43.040  33.746  1.00 32.79           O  \n+ATOM     24  CB  ILE A   2       0.885  41.995  35.714  1.00 36.38           C  \n+ATOM     25  CG1 ILE A   2       2.246  42.162  36.403  1.00 34.39           C  \n+ATOM     26  CG2 ILE A   2       0.372  40.549  35.875  1.00 35.86           C  \n+ATOM     27  CD1 ILE A   2       2.195  41.857  37.861  1.00 34.59           C  \n+ATOM     28  N   VAL A   3      -0.585  41.050  32.970  1.00 31.60           N  \n+ATOM     29  CA  VAL A   3      -1.832  40.708  32.296  1.00 29.73           C  \n+ATOM     30  C   VAL A   3      -2.258  39.317  32.792  1.00 29.05           C  \n+ATOM     31  O   VAL A   3      -1.533  38.342  32.627  1.00 28.87           O  \n+ATOM     32  CB  VAL A   3      -1.654  40.739  30.730  1.00 29.56           C  \n+ATOM     33  CG1 VAL A   3      -2.974  40.564  29.998  1.00 29.02           C  \n+ATOM     34  CG2 VAL A   3      -0.970  42.034  30.266  1.00 27.71           C  \n+ATOM     35  N   VAL A   4      -3.421  39.235  33.420  1.00 28.63           N  \n+ATOM     36  CA  VAL A   4      -3.900  37.976  33.982  1.00 28.71           C  \n+ATOM     37  C   VAL A   4      -4.996  37.401  33.082  1.00 28.78           C  \n+ATOM     38  O   VAL A   4      -5.987  38.071  32.820  1.00 29.74           O  \n+ATOM     39  CB  VAL A   4      -4.431  38.176  35.436  1.00 28.77           C  \n+ATOM     40  CG1 VAL A   4      -4.504  36.881  36.158  1.00 25.34           C  \n+ATOM     41  CG2 VAL A   4      -3.541  39.168  36.233  1.00 29.14           C  \n+ATOM     42  N   PHE A   5      -4.786  36.195  32.560  1.00 28.61           N  \n+ATOM     43  CA  PHE A   5      -5.790  35.521  31.746  1.00 30.17           C  \n+ATOM     44  C   PHE A   5      -6.692  34.617  32.581  1.00 30.46           C  \n+ATOM     45  O   PHE A   5      -6.254  33.653  33.165  1.00 30.20           O  \n+ATOM     46  CB  PHE A   5      -5.156  34.759  30.570  1.00 30.33           C  \n+ATOM     47  CG  PHE A   5      -4.659  35.665  29.489  1.00 30.00           C  \n+ATOM     48  CD1 PHE A   5      -5.524  36.151  28.530  1.00 30.04           C  \n+ATOM     49  CD2 PHE A   5      -3.342  36.'..b'104      -9.799  26.038  35.330  1.00 46.36           C  \n+ATOM    861  O   GLY A 104     -10.809  26.383  34.709  1.00 48.12           O  \n+ATOM   1357  N   ASN A 165     -12.528  34.220  22.700  1.00 40.32           N  \n+ATOM   1358  CA  ASN A 165     -11.410  33.590  22.046  1.00 41.36           C  \n+ATOM   1359  C   ASN A 165     -11.910  32.641  20.960  1.00 41.25           C  \n+ATOM   1360  O   ASN A 165     -13.076  32.252  20.972  1.00 42.13           O  \n+ATOM   1361  CB  ASN A 165     -10.578  32.838  23.084  1.00 42.56           C  \n+ATOM   1362  CG  ASN A 165      -9.245  32.375  22.539  1.00 42.64           C  \n+ATOM   1363  OD1 ASN A 165      -8.730  31.338  22.950  1.00 45.48           O  \n+ATOM   1364  ND2 ASN A 165      -8.685  33.131  21.604  1.00 41.32           N  \n+ATOM   1365  N   LYS A 166     -11.041  32.299  20.012  1.00 41.49           N  \n+ATOM   1366  CA  LYS A 166     -11.352  31.338  18.942  1.00 41.46           C  \n+ATOM   1367  C   LYS A 166     -12.398  31.853  17.960  1.00 41.85           C  \n+ATOM   1368  O   LYS A 166     -13.174  31.072  17.415  1.00 42.11           O  \n+ATOM   1369  CB  LYS A 166     -11.800  29.999  19.527  1.00 41.00           C  \n+ATOM   1370  CG  LYS A 166     -10.796  29.395  20.476  1.00 40.84           C  \n+ATOM   1371  CD  LYS A 166     -11.458  28.501  21.474  1.00 42.16           C  \n+ATOM   1372  CE  LYS A 166     -11.293  27.044  21.114  1.00 41.50           C  \n+ATOM   1373  NZ  LYS A 166     -11.709  26.212  22.275  1.00 42.65           N  \n+ATOM   1381  N   ASP A 168     -11.865  32.798  15.158  1.00 43.53           N  \n+ATOM   1382  CA  ASP A 168     -11.497  32.322  13.830  1.00 44.79           C  \n+ATOM   1383  C   ASP A 168     -12.370  31.124  13.420  1.00 45.99           C  \n+ATOM   1384  O   ASP A 168     -12.396  30.720  12.250  1.00 46.39           O  \n+ATOM   1385  CB  ASP A 168     -10.033  31.907  13.832  1.00 44.54           C  \n+ATOM   1386  CG  ASP A 168      -9.710  30.963  14.970  1.00 45.16           C  \n+ATOM   1387  OD1 ASP A 168      -9.358  31.463  16.061  1.00 45.01           O  \n+ATOM   1388  OD2 ASP A 168      -9.840  29.729  14.792  1.00 44.72           O  \n+ATOM   1389  N   LEU A 169     -13.066  30.564  14.404  1.00 47.21           N  \n+ATOM   1390  CA  LEU A 169     -13.960  29.423  14.226  1.00 48.49           C  \n+ATOM   1391  C   LEU A 169     -15.373  29.912  13.947  1.00 49.85           C  \n+ATOM   1392  O   LEU A 169     -16.282  29.118  13.688  1.00 49.64           O  \n+ATOM   1393  CB  LEU A 169     -13.976  28.574  15.493  1.00 47.28           C  \n+ATOM   1394  CG  LEU A 169     -12.623  27.926  15.733  1.00 47.56           C  \n+ATOM   1395  CD1 LEU A 169     -12.670  26.916  16.893  1.00 46.88           C  \n+ATOM   1396  CD2 LEU A 169     -12.173  27.279  14.425  1.00 46.78           C  \n+ATOM   1850  N   ALA A 224      -5.840  32.970  19.167  1.00 34.50           N  \n+ATOM   1851  CA  ALA A 224      -4.465  32.479  19.195  1.00 35.96           C  \n+ATOM   1852  C   ALA A 224      -4.016  32.046  17.808  1.00 37.21           C  \n+ATOM   1853  O   ALA A 224      -2.853  32.157  17.472  1.00 38.67           O  \n+ATOM   1854  CB  ALA A 224      -4.324  31.302  20.180  1.00 36.09           C  \n+ATOM   1855  N   LYS A 225      -4.952  31.551  17.004  1.00 38.50           N  \n+ATOM   1856  CA  LYS A 225      -4.646  31.012  15.674  1.00 37.90           C  \n+ATOM   1857  C   LYS A 225      -4.425  32.079  14.592  1.00 36.98           C  \n+ATOM   1858  O   LYS A 225      -3.556  31.903  13.751  1.00 38.11           O  \n+ATOM   1859  CB  LYS A 225      -5.727  30.004  15.273  1.00 38.33           C  \n+ATOM   1860  CG  LYS A 225      -5.700  29.469  13.851  1.00 39.83           C  \n+ATOM   1861  CD  LYS A 225      -7.013  28.685  13.627  1.00 39.57           C  \n+ATOM   1862  CE  LYS A 225      -7.130  28.106  12.240  1.00 41.07           C  \n+ATOM   1863  NZ  LYS A 225      -6.399  26.811  12.077  1.00 40.84           N  \n+TER\n'
b
diff -r 75f2b4087722 -r dc6fb5c5d4c8 test-data/apoc/3ec1A.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/apoc/3ec1A.pdb Mon Sep 12 06:00:34 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,2536 @@\n+ATOM      1  N   ASP A  59      13.436  24.747  15.084  1.00 85.35           N  \n+ATOM      2  CA  ASP A  59      11.976  25.048  15.170  1.00 86.27           C  \n+ATOM      3  C   ASP A  59      11.343  25.442  13.835  1.00 84.15           C  \n+ATOM      4  O   ASP A  59      10.135  25.677  13.757  1.00 82.86           O  \n+ATOM      5  CB  ASP A  59      11.696  26.111  16.248  1.00 88.80           C  \n+ATOM      6  CG  ASP A  59      12.532  27.379  16.079  1.00 91.67           C  \n+ATOM      7  OD1 ASP A  59      13.490  27.398  15.275  1.00 92.28           O  \n+ATOM      8  OD2 ASP A  59      12.229  28.371  16.775  1.00 93.09           O  \n+ATOM      9  N   ASP A  60      12.165  25.518  12.791  1.00 81.60           N  \n+ATOM     10  CA  ASP A  60      11.687  25.855  11.453  1.00 77.67           C  \n+ATOM     11  C   ASP A  60      10.983  24.629  10.875  1.00 74.73           C  \n+ATOM     12  O   ASP A  60      10.003  24.753  10.137  1.00 71.22           O  \n+ATOM     13  CB  ASP A  60      12.859  26.264  10.552  1.00 81.26           C  \n+ATOM     14  CG  ASP A  60      12.733  27.689  10.020  1.00 87.16           C  \n+ATOM     15  OD1 ASP A  60      11.910  28.471  10.546  1.00 87.69           O  \n+ATOM     16  OD2 ASP A  60      13.471  28.032   9.069  1.00 87.29           O  \n+ATOM     17  N   PHE A  61      11.490  23.447  11.221  1.00 70.56           N  \n+ATOM     18  CA  PHE A  61      10.909  22.191  10.760  1.00 69.82           C  \n+ATOM     19  C   PHE A  61       9.524  21.997  11.371  1.00 71.28           C  \n+ATOM     20  O   PHE A  61       8.636  21.412  10.744  1.00 70.50           O  \n+ATOM     21  CB  PHE A  61      11.805  21.009  11.133  1.00 72.60           C  \n+ATOM     22  CG  PHE A  61      12.941  20.771  10.174  1.00 71.63           C  \n+ATOM     23  CD1 PHE A  61      14.219  21.250  10.447  1.00 71.45           C  \n+ATOM     24  CD2 PHE A  61      12.739  20.031   9.013  1.00 72.36           C  \n+ATOM     25  CE1 PHE A  61      15.281  20.990   9.578  1.00 68.59           C  \n+ATOM     26  CE2 PHE A  61      13.793  19.766   8.139  1.00 66.13           C  \n+ATOM     27  CZ  PHE A  61      15.064  20.247   8.423  1.00 66.73           C  \n+ATOM     28  N   LEU A  62       9.353  22.485  12.600  1.00 71.06           N  \n+ATOM     29  CA  LEU A  62       8.077  22.389  13.309  1.00 66.67           C  \n+ATOM     30  C   LEU A  62       7.016  23.247  12.636  1.00 59.51           C  \n+ATOM     31  O   LEU A  62       5.901  22.783  12.384  1.00 56.02           O  \n+ATOM     32  CB  LEU A  62       8.240  22.812  14.769  1.00 72.71           C  \n+ATOM     33  CG  LEU A  62       8.925  21.798  15.686  1.00 78.20           C  \n+ATOM     34  CD1 LEU A  62      10.139  22.421  16.358  1.00 79.71           C  \n+ATOM     35  CD2 LEU A  62       7.927  21.299  16.722  1.00 81.77           C  \n+ATOM     36  N   SER A  63       7.363  24.499  12.347  1.00 54.49           N  \n+ATOM     37  CA  SER A  63       6.435  25.405  11.680  1.00 55.86           C  \n+ATOM     38  C   SER A  63       6.074  24.804  10.324  1.00 54.03           C  \n+ATOM     39  O   SER A  63       4.918  24.853   9.899  1.00 53.25           O  \n+ATOM     40  CB  SER A  63       7.053  26.799  11.512  1.00 55.25           C  \n+ATOM     41  OG  SER A  63       8.294  26.743  10.831  1.00 59.92           O  \n+ATOM     42  N   MET A  64       7.068  24.196   9.676  1.00 55.90           N  \n+ATOM     43  CA  MET A  64       6.876  23.550   8.381  1.00 54.70           C  \n+ATOM     44  C   MET A  64       5.924  22.364   8.537  1.00 53.55           C  \n+ATOM     45  O   MET A  64       4.931  22.265   7.822  1.00 50.16           O  \n+ATOM     46  CB  MET A  64       8.216  23.081   7.816  1.00 56.21           C  \n+ATOM     47  CG  MET A  64       8.106  22.349   6.487  1.00 63.90           C  \n+ATOM     48  SD  MET A  64       9.698  21.759   5.884  1.00 73.53           S  \n+ATOM     49  CE  MET A  64       9.947  20.'..b'175      15.408  10.352  -0.832  1.00 22.11           N  \n+ATOM    893  CA  LYS A 175      14.432  11.367  -1.219  1.00 29.40           C  \n+ATOM    894  C   LYS A 175      14.825  12.206  -2.432  1.00 29.50           C  \n+ATOM    895  O   LYS A 175      13.985  12.484  -3.290  1.00 32.37           O  \n+ATOM    896  CB  LYS A 175      14.043  12.277  -0.037  1.00 22.20           C  \n+ATOM    897  CG  LYS A 175      12.887  13.204  -0.400  1.00 25.86           C  \n+ATOM    898  CD  LYS A 175      12.087  13.700   0.792  1.00 26.19           C  \n+ATOM    899  CE  LYS A 175      12.868  14.677   1.643  1.00 24.34           C  \n+ATOM    900  NZ  LYS A 175      13.572  15.731   0.823  1.00 31.47           N  \n+ATOM    901  N   SER A 176      16.096  12.586  -2.514  1.00 28.15           N  \n+ATOM    902  CA  SER A 176      16.599  13.384  -3.628  1.00 29.75           C  \n+ATOM    903  C   SER A 176      16.607  12.600  -4.936  1.00 28.49           C  \n+ATOM    904  O   SER A 176      16.316  13.146  -5.994  1.00 33.50           O  \n+ATOM    905  CB  SER A 176      18.003  13.894  -3.322  1.00 25.40           C  \n+ATOM    906  OG  SER A 176      17.976  14.773  -2.214  1.00 48.23           O  \n+ATOM    907  N   THR A 177      16.947  11.320  -4.861  1.00 27.88           N  \n+ATOM    908  CA  THR A 177      16.980  10.482  -6.048  1.00 25.53           C  \n+ATOM    909  C   THR A 177      15.542  10.278  -6.523  1.00 28.07           C  \n+ATOM    910  O   THR A 177      15.250  10.351  -7.710  1.00 30.24           O  \n+ATOM    911  CB  THR A 177      17.637   9.133  -5.737  1.00 27.20           C  \n+ATOM    912  OG1 THR A 177      18.835   9.360  -4.986  1.00 24.17           O  \n+ATOM    913  CG2 THR A 177      17.998   8.409  -7.021  1.00 28.07           C  \n+ATOM   1243  N   GLY A 221      15.136  17.611   2.809  1.00 57.05           N  \n+ATOM   1244  CA  GLY A 221      15.544  16.228   2.945  1.00 66.75           C  \n+ATOM   1245  C   GLY A 221      16.185  15.991   4.272  1.00 74.75           C  \n+ATOM   1246  O   GLY A 221      16.390  14.863   4.707  1.00 78.61           O  \n+ATOM   1406  N   THR A 241      26.849   0.369   2.696  1.00 70.05           N  \n+ATOM   1407  CA  THR A 241      25.909   0.500   1.587  1.00 70.74           C  \n+ATOM   1408  C   THR A 241      26.175  -0.524   0.477  1.00 68.45           C  \n+ATOM   1409  O   THR A 241      27.287  -0.626  -0.046  1.00 70.90           O  \n+ATOM   1410  CB  THR A 241      25.950   1.944   1.004  1.00 74.46           C  \n+ATOM   1411  OG1 THR A 241      25.006   2.767   1.702  1.00 77.25           O  \n+ATOM   1412  CG2 THR A 241      25.651   1.964  -0.503  1.00 73.69           C  \n+ATOM   1413  N   PRO A 242      25.157  -1.328   0.136  1.00 62.94           N  \n+ATOM   1414  CA  PRO A 242      25.289  -2.341  -0.914  1.00 63.26           C  \n+ATOM   1415  C   PRO A 242      25.216  -1.725  -2.311  1.00 64.09           C  \n+ATOM   1416  O   PRO A 242      24.472  -0.769  -2.544  1.00 61.67           O  \n+ATOM   1417  CB  PRO A 242      24.080  -3.250  -0.666  1.00 63.48           C  \n+ATOM   1418  CG  PRO A 242      23.725  -3.004   0.770  1.00 59.67           C  \n+ATOM   1419  CD  PRO A 242      23.912  -1.525   0.889  1.00 58.33           C  \n+ATOM   1420  N   LYS A 243      26.010  -2.261  -3.230  1.00 66.91           N  \n+ATOM   1421  CA  LYS A 243      26.010  -1.786  -4.606  1.00 69.50           C  \n+ATOM   1422  C   LYS A 243      24.912  -2.514  -5.376  1.00 69.18           C  \n+ATOM   1423  O   LYS A 243      24.272  -1.940  -6.260  1.00 72.10           O  \n+ATOM   1424  CB  LYS A 243      27.368  -2.051  -5.272  1.00 75.62           C  \n+ATOM   1425  CG  LYS A 243      28.460  -1.044  -4.915  1.00 83.63           C  \n+ATOM   1426  CD  LYS A 243      29.674  -1.705  -4.265  1.00 88.80           C  \n+ATOM   1427  CE  LYS A 243      30.363  -2.713  -5.190  1.00 92.18           C  \n+ATOM   1428  NZ  LYS A 243      30.958  -2.108  -6.421  1.00 90.91           N  \n+TER\n'
b
diff -r 75f2b4087722 -r dc6fb5c5d4c8 test-data/apoc/block.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/apoc/block.pdb Mon Sep 12 06:00:34 2016 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,8087 @@\n+PDBSTA 1yr8A.pdb\n+ATOM      1  N   ALA A 499       9.569  48.956  32.795  1.00 54.04           N  \n+ATOM      2  CA  ALA A 499       8.762  48.414  31.668  1.00 54.72           C  \n+ATOM      3  C   ALA A 499       7.472  47.825  32.235  1.00 55.27           C  \n+ATOM      4  O   ALA A 499       6.373  48.123  31.762  1.00 55.81           O  \n+ATOM      5  CB  ALA A 499       9.557  47.360  30.934  1.00 54.80           C  \n+ATOM      6  N   SER A 500       7.641  46.966  33.241  1.00 55.17           N  \n+ATOM      7  CA  SER A 500       6.605  46.602  34.204  1.00 53.90           C  \n+ATOM      8  C   SER A 500       5.159  46.742  33.724  1.00 52.87           C  \n+ATOM      9  O   SER A 500       4.719  47.842  33.363  1.00 53.53           O  \n+ATOM     10  CB  SER A 500       6.823  47.414  35.480  1.00 54.61           C  \n+ATOM     11  OG  SER A 500       8.217  47.554  35.728  1.00 55.05           O  \n+ATOM     12  N   MET A   1       4.440  45.612  33.746  1.00 49.88           N  \n+ATOM     13  CA  MET A   1       3.045  45.500  33.295  1.00 46.81           C  \n+ATOM     14  C   MET A   1       2.589  44.020  33.353  1.00 43.33           C  \n+ATOM     15  O   MET A   1       3.246  43.136  32.786  1.00 41.72           O  \n+ATOM     16  CB  MET A   1       2.884  46.059  31.876  1.00 46.87           C  \n+ATOM     17  CG  MET A   1       1.561  46.790  31.607  1.00 47.19           C  \n+ATOM     18  SD  MET A   1       1.486  47.553  29.949  1.00 48.43           S  \n+ATOM     19  CE  MET A   1       3.205  47.911  29.616  1.00 47.82           C  \n+ATOM     20  N   ILE A   2       1.476  43.764  34.046  1.00 39.57           N  \n+ATOM     21  CA  ILE A   2       0.959  42.400  34.227  1.00 35.74           C  \n+ATOM     22  C   ILE A   2      -0.418  42.196  33.619  1.00 33.73           C  \n+ATOM     23  O   ILE A   2      -1.313  43.040  33.746  1.00 32.79           O  \n+ATOM     24  CB  ILE A   2       0.885  41.995  35.714  1.00 36.38           C  \n+ATOM     25  CG1 ILE A   2       2.246  42.162  36.403  1.00 34.39           C  \n+ATOM     26  CG2 ILE A   2       0.372  40.549  35.875  1.00 35.86           C  \n+ATOM     27  CD1 ILE A   2       2.195  41.857  37.861  1.00 34.59           C  \n+ATOM     28  N   VAL A   3      -0.585  41.050  32.970  1.00 31.60           N  \n+ATOM     29  CA  VAL A   3      -1.832  40.708  32.296  1.00 29.73           C  \n+ATOM     30  C   VAL A   3      -2.258  39.317  32.792  1.00 29.05           C  \n+ATOM     31  O   VAL A   3      -1.533  38.342  32.627  1.00 28.87           O  \n+ATOM     32  CB  VAL A   3      -1.654  40.739  30.730  1.00 29.56           C  \n+ATOM     33  CG1 VAL A   3      -2.974  40.564  29.998  1.00 29.02           C  \n+ATOM     34  CG2 VAL A   3      -0.970  42.034  30.266  1.00 27.71           C  \n+ATOM     35  N   VAL A   4      -3.421  39.235  33.420  1.00 28.63           N  \n+ATOM     36  CA  VAL A   4      -3.900  37.976  33.982  1.00 28.71           C  \n+ATOM     37  C   VAL A   4      -4.996  37.401  33.082  1.00 28.78           C  \n+ATOM     38  O   VAL A   4      -5.987  38.071  32.820  1.00 29.74           O  \n+ATOM     39  CB  VAL A   4      -4.431  38.176  35.436  1.00 28.77           C  \n+ATOM     40  CG1 VAL A   4      -4.504  36.881  36.158  1.00 25.34           C  \n+ATOM     41  CG2 VAL A   4      -3.541  39.168  36.233  1.00 29.14           C  \n+ATOM     42  N   PHE A   5      -4.786  36.195  32.560  1.00 28.61           N  \n+ATOM     43  CA  PHE A   5      -5.790  35.521  31.746  1.00 30.17           C  \n+ATOM     44  C   PHE A   5      -6.692  34.617  32.581  1.00 30.46           C  \n+ATOM     45  O   PHE A   5      -6.254  33.653  33.165  1.00 30.20           O  \n+ATOM     46  CB  PHE A   5      -5.156  34.759  30.570  1.00 30.33           C  \n+ATOM     47  CG  PHE A   5      -4.659  35.665  29.489  1.00 30.00           C  \n+ATOM     48  CD1 PHE A   5      -5.524  36.151  28.530  1.00 30.04           C  \n+ATOM     49  CD2 PHE A   '..b' 42.617  -1.098  22.383  1.00 19.50           C  \n+ATOM   2924  CD1 PHE A 386      42.896  -1.705  21.157  1.00 18.47           C  \n+ATOM   2925  CD2 PHE A 386      43.514  -1.267  23.433  1.00 18.83           C  \n+ATOM   2926  CE1 PHE A 386      44.054  -2.465  20.982  1.00 21.07           C  \n+ATOM   2927  CE2 PHE A 386      44.676  -2.027  23.269  1.00 20.03           C  \n+ATOM   2928  CZ  PHE A 386      44.948  -2.626  22.045  1.00 19.43           C  \n+ATOM   2929  N   ALA A 387      39.241  -1.838  20.875  1.00 21.14           N  \n+ATOM   2930  CA  ALA A 387      38.962  -2.818  19.844  1.00 21.02           C  \n+ATOM   2931  C   ALA A 387      39.790  -2.454  18.633  1.00 20.52           C  \n+ATOM   2932  O   ALA A 387      40.233  -1.310  18.485  1.00 18.22           O  \n+ATOM   2933  CB  ALA A 387      37.480  -2.812  19.481  1.00 19.15           C  \n+ATOM   2942  N   ARG A 389      39.740  -2.654  14.457  1.00 19.65           N  \n+ATOM   2943  CA  ARG A 389      38.899  -2.883  13.293  1.00 20.81           C  \n+ATOM   2944  C   ARG A 389      39.629  -2.476  12.029  1.00 20.69           C  \n+ATOM   2945  O   ARG A 389      40.463  -1.573  12.040  1.00 20.12           O  \n+ATOM   2946  CB  ARG A 389      37.605  -2.073  13.396  1.00 20.93           C  \n+ATOM   2947  CG  ARG A 389      36.656  -2.561  14.462  1.00 25.41           C  \n+ATOM   2948  CD  ARG A 389      35.611  -1.514  14.774  1.00 30.75           C  \n+ATOM   2949  NE  ARG A 389      34.757  -1.216  13.633  1.00 33.55           N  \n+ATOM   2950  CZ  ARG A 389      33.806  -2.021  13.177  1.00 35.73           C  \n+ATOM   2951  NH1 ARG A 389      33.580  -3.189  13.762  1.00 37.00           N  \n+ATOM   2952  NH2 ARG A 389      33.065  -1.646  12.144  1.00 35.45           N  \n+ATOM   2970  N   ARG A 393      35.116  -3.987   9.866  1.00 33.88           N  \n+ATOM   2971  CA  ARG A 393      35.184  -5.349  10.396  1.00 30.59           C  \n+ATOM   2972  C   ARG A 393      36.047  -5.460  11.660  1.00 28.03           C  \n+ATOM   2973  O   ARG A 393      37.217  -5.085  11.654  1.00 25.14           O  \n+ATOM   2974  CB  ARG A 393      35.714  -6.306   9.322  1.00 32.38           C  \n+ATOM   2975  CG  ARG A 393      36.451  -7.511   9.888  1.00 33.06           C  \n+ATOM   2976  CD  ARG A 393      36.103  -8.797   9.172  1.00 37.69           C  \n+ATOM   2977  NE  ARG A 393      36.353  -8.750   7.736  1.00 38.44           N  \n+ATOM   2978  CZ  ARG A 393      36.189  -9.794   6.928  1.00 40.20           C  \n+ATOM   2979  NH1 ARG A 393      35.781 -10.954   7.426  1.00 41.48           N  \n+ATOM   2980  NH2 ARG A 393      36.424  -9.682   5.629  1.00 38.30           N  \n+ATOM   2981  N   THR A 394      35.467  -5.982  12.739  1.00 26.33           N  \n+ATOM   2982  CA  THR A 394      36.199  -6.135  13.999  1.00 25.84           C  \n+ATOM   2983  C   THR A 394      37.162  -7.316  13.893  1.00 24.96           C  \n+ATOM   2984  O   THR A 394      36.735  -8.452  13.693  1.00 27.11           O  \n+ATOM   2985  CB  THR A 394      35.241  -6.388  15.181  1.00 23.56           C  \n+ATOM   2986  OG1 THR A 394      34.263  -5.342  15.238  1.00 24.84           O  \n+ATOM   2987  CG2 THR A 394      36.020  -6.410  16.499  1.00 23.80           C  \n+ATOM   2999  N   ALA A 397      40.579  -7.567  19.884  1.00 23.20           N  \n+ATOM   3000  CA  ALA A 397      40.154  -6.984  21.155  1.00 22.07           C  \n+ATOM   3001  C   ALA A 397      41.398  -6.917  22.041  1.00 23.59           C  \n+ATOM   3002  O   ALA A 397      41.995  -7.944  22.346  1.00 23.07           O  \n+ATOM   3003  CB  ALA A 397      39.097  -7.860  21.808  1.00 24.03           C  \n+ATOM   3004  N   GLY A 398      41.799  -5.719  22.450  1.00 22.59           N  \n+ATOM   3005  CA  GLY A 398      42.978  -5.626  23.285  1.00 23.83           C  \n+ATOM   3006  C   GLY A 398      42.825  -4.830  24.563  1.00 23.95           C  \n+ATOM   3007  O   GLY A 398      41.785  -4.230  24.824  1.00 24.06           O  \n+TER\n+PDBEND\n'
b
diff -r 75f2b4087722 -r dc6fb5c5d4c8 test-data/apoc/query.lst
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/apoc/query.lst Mon Sep 12 06:00:34 2016 -0400
b
@@ -0,0 +1,1 @@
+3ec1A.pdb 3ec1_GDP_A_900
b
diff -r 75f2b4087722 -r dc6fb5c5d4c8 test-data/apoc/templ.lst
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/apoc/templ.lst Mon Sep 12 06:00:34 2016 -0400
b
@@ -0,0 +1,3 @@
+1ha3A.pdb 1ha3_GDP_A_406,1ha3_MAU_A_408
+3ec1A.pdb 3ec1_GDP_A_900
+1yr8A.pdb 1yr8_GTP_A_401
b
diff -r 75f2b4087722 -r dc6fb5c5d4c8 tools/apoc/apoc
b
Binary file tools/apoc/apoc has changed