Repository 'msp_cap3'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/drosofff/msp_cap3

Changeset 0:e2ae46b16b3b (2015-06-21)
Next changeset 1:ddb463fdf57e (2015-10-31)
Commit message:
planemo upload for repository https://bitbucket.org/drosofff/gedtools/
added:
cap3.xml
test-data/ace.txt
test-data/cap3stdout.txt
test-data/contigs.fa
test-data/contigsandsinglets.fa
test-data/contigslink.txt
test-data/contigsqual.txt
test-data/info.txt
test-data/input.fa
test-data/singlets.fa
tool_dependencies.xml
b
diff -r 000000000000 -r e2ae46b16b3b cap3.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cap3.xml Sun Jun 21 14:30:20 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,85 @@
+<tool id="cap3" name="cap3" version="1.1.0">
+<description>Sequence Assembly tool</description>
+    <requirements>
+     <requirement type="package" version="3">cap3</requirement>
+    </requirements>
+<command>
+cap3 "$inputSequences" > "$cap3stdout";
+                mv "$inputSequences".cap.contigs $contigs;
+                mv "$inputSequences".cap.contigs.qual $contigsqual;
+                mv "$inputSequences".cap.contigs.links $contigslink;
+                mv "$inputSequences".cap.ace $ace;
+                mv "$inputSequences".cap.info $info;
+                mv "$inputSequences".cap.singlets $singlets;
+                cat $contigs $singlets > $contigsandsinglets
+
+</command>
+
+        <inputs>
+         <param label="Input sequences to assemble" name="inputSequences" type="data" format="fasta" help="Input sequences to assemble" />
+        </inputs>
+
+<outputs>
+                <data format="fasta" name="contigsandsinglets" label="${tool.name} on ${on_string}: Contigs and singlets" from_work_dir="${inputSequences}.cap.contigs" />
+             <data format="txt" name="cap3stdout" label="${tool.name} on ${on_string}: Standard Output" hidden="true"/>
+                <data format="fasta" name="contigs" label="${tool.name} on ${on_string}: Contigs" from_work_dir="${inputSequences}.cap.contigs" />
+                <data format="txt" name="contigsqual" label="${tool.name} on ${on_string}: Contigs Qual" from_work_dir="${inputSequences}.cap.contigs.qual" hidden="true" />
+                <data format="txt" name="contigslink" label="${tool.name} on ${on_string}: Contigs Link" from_work_dir="${inputSequences}.cap.contigs.links" hidden="true" />
+                <data format="txt" name="ace" label="${tool.name} on ${on_string}: Ace" from_work_dir="${inputSequences}.cap.ace" hidden="true" />
+                <data format="txt" name="info" label="${tool.name} on ${on_string}: Info" from_work_dir="${inputSequences}.cap.info" hidden="true" />
+                <data format="txt" name="singlets" label="${tool.name} on ${on_string}: Singlets" from_work_dir="${inputSequences}.cap.singlets" />
+</outputs>
+
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="inputSequences" value="input.fa" ftype="fasta"/>
+      <output name="contigsandsinglets" file="contigsandsinglets.fa"/>
+      <output name="cap3stdout" file="cap3stdout.txt"/>
+      <output name="contigs" file="contigs.fa"/>
+      <output name="contigsqual" file="contigsqual.txt"/>
+      <output name="contigslink" file="contigslink.txt"/>
+      <output name="ace" file="ace.txt"/>
+      <output name="info" file="info.txt"/>
+      <output name="singlets" file="singlets.fa"/>
+    </test>
+  </tests>
+
+
+<help>
+**What it does**
+
+This tool is a CAP3 wrapper developed for the visitor2 set of worflows
+
+Under this conditions, it takes as input a set of blast hits in fasta format and performs CAP3 assembly on these sequences
+
+Standard CAP3 outputs (Standard Output, Contigs Qual, Contigs Link, Ace and Info) are kept hidden in the Galaxy history (feel free to reveal these hidden datasets).
+
+Standard CAP3 outputs Contigs and Singlets are returned in the history, as well as a merge of these two datasets (Contigs and singlets)
+
+**Acknowledgments**
+
+This Galaxy tool makes use of the `package_cap3_3`_ Galaxy package developed by jjohnson.
+
+It is Copyright © 2014-2015 `CNRS and University Pierre et Marie Curie`_ and is released under the `MIT license`_.
+
+.. _package_cap3_3: https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu/view/jjohnson/package_cap3_3
+.. _CNRS and University Pierre et Marie Curie: http://www.ibps.upmc.fr/en
+.. _MIT license: http://opensource.org/licenses/MIT
+
+
+</help>
+  <citations>
+      <citation type="bibtex">@article{Huang:1999wb,
+       author = {Huang, X and Madan, A},
+       title = {{CAP3: A DNA sequence assembly program.}},
+       journal = {Genome research},
+       year = {1999},
+       volume = {9},
+       number = {9},
+      pages = {868--877},
+      month = sep
+      }
+      </citation>
+  </citations>
+  
+</tool>
b
diff -r 000000000000 -r e2ae46b16b3b test-data/ace.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ace.txt Sun Jun 21 14:30:20 2015 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,296 @@\n+AS 4 13\n+\n+CO Contig1 1372 7 2 U\n+GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG\n+GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG\n+TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG\n+GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC\n+TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC\n+ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA\n+ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTT\n+CTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTG\n+TCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCA\n+TCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCT\n+CCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTA\n+ACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATC\n+CGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGTCTAAGAGCC\n+TCAAACACTTTGTACTCATCATTCAGATTCGCCTCAGGAGGAGGAGGGCATCCTACAACC\n+TCCTTGACATCATAGTCGTTGGATTGGACTGTCAAATTTATCTGCCTCACAGCCACTCTC\n+TGCTCCCTCTTAAACTCGTCCAGGAATCCTGACAATGTGGGGAACAGATTAATCCATCCC\n+GCTTTGTCATCCTCTCCATCTGAATAGAGGTCTAGACAGAAGTCCCGAGAGGGGAATCCT\n+GACGAATCTGGATATTCAAAGTCCTGGAGGGTTATATGTTCTGGCTTCGTTCCGGTTTGC\n+TCTTGCGTTTGCATGACAATAATCTCGCCGGGGATTGTGTTAACCACAGCGTGTATTGTC\n+TCTTCGATCCGAGGTATGCTGAATCCCATTGTTATCATTAAACCCCTCATACGGTCATAC\n+AGAGTTCTTTGGCGTGCCGTTCTAGATACTGCCTTTTCAAAGGGATTATCCTTCTGGCAG\n+AGCATCATCTCAAGAGCATCGCTCTCAGGCATTGTGGGGACATGTATCACACGGTGTCTG\n+TGGTACACTCCCATAATTTGTACGCCAAGAAATTTGTGGTCCGTAATTAGAC\n+\n+BQ\n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 \n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 \n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 \n+25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 \n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 \n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 \n+25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 \n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 \n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 \n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 \n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 \n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 \n+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 \n+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 '..b'e_genome--Locus_11_Transcript_2/2_Confidence_0.000_Length_284_hit1_IdMatch=98.94,AligLength=284,E-val=2e-139\n+BS 74 74 gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_11_Transcript_1/2_Confidence_0.667_Length_236_hit1_IdMatch=98.73,AligLength=236,E-val=2e-113\n+BS 75 284 gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_11_Transcript_2/2_Confidence_0.000_Length_284_hit1_IdMatch=98.94,AligLength=284,E-val=2e-139\n+\n+RD gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_11_Transcript_2/2_Confidence_0.000_Length_284_hit1_IdMatch=98.94,AligLength=284,E-val=2e-139 284 0 0\n+AACGTAAAACAAACGACATGGATGCATCTAACCCTATTATTTCAAGCGATAGAAGCACTG\n+TGAATCAGGTTTATGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG\n+AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG\n+AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG\n+TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT\n+\n+QA 1 284 1 284\n+DS \n+\n+RD gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_11_Transcript_1/2_Confidence_0.667_Length_236_hit1_IdMatch=98.73,AligLength=236,E-val=2e-113 236 0 0\n+ATAGAAGCACTGTGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTG\n+CCTATCTCCAGGAGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTC\n+TCCATGAGTCGGAAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTG\n+ACACTAAGAAAGTTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT\n+\n+QA 1 236 1 236\n+DS \n+\n+CO Contig4 253 2 1 U\n+TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA\n+CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA\n+ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC\n+GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA\n+ACAGTTCTTGTTA\n+\n+BQ\n+10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 \n+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 \n+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 \n+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 \n+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 \n+\n+AF gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_9_Transcript_1/2_Confidence_0.667_Length_253_hit1_IdMatch=98.0,AligLength=250,E-val=3e-118 U 1\n+AF gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_9_Transcript_2/2_Confidence_0.333_Length_251_hit1_IdMatch=98.0,AligLength=250,E-val=3e-118 U 3\n+BS 1 253 gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_9_Transcript_1/2_Confidence_0.667_Length_253_hit1_IdMatch=98.0,AligLength=250,E-val=3e-118\n+\n+RD gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_9_Transcript_1/2_Confidence_0.667_Length_253_hit1_IdMatch=98.0,AligLength=250,E-val=3e-118 253 0 0\n+TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA\n+CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA\n+ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC\n+GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA\n+ACAGTTCTTGTTA\n+\n+QA 1 253 1 253\n+DS \n+\n+RD gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_9_Transcript_2/2_Confidence_0.333_Length_251_hit1_IdMatch=98.0,AligLength=250,E-val=3e-118 251 0 0\n+T\n+GGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCACCG\n+AGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACAATT\n+TCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTCGTT\n+CCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCAACA\n+GTTCTTGTTA\n+\n+QA 2 251 2 251\n+DS \n+\n'
b
diff -r 000000000000 -r e2ae46b16b3b test-data/cap3stdout.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/cap3stdout.txt Sun Jun 21 14:30:20 2015 -0400
b
b"@@ -0,0 +1,299 @@\n+Number of segment pairs = 342; number of pairwise comparisons = 14\n+'+' means given segment; '-' means reverse complement\n+\n+Overlaps            Containments  No. of Constraints Supporting Overlap\n+\n+******************* Contig 1 ********************\n+gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso+\n+                    gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso+ is in gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso+\n+                    gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso+ is in gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso+\n+gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso+\n+                    gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso+ is in gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso+\n+                    gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso+ is in gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso+\n+gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso+\n+******************* Contig 2 ********************\n+gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso+\n+                    gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso+ is in gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso+\n+******************* Contig 3 ********************\n+gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso+\n+gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso+\n+******************* Contig 4 ********************\n+gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso+\n+gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso+\n+\n+DETAILED DISPLAY OF CONTIGS\n+******************* Contig 1 ********************\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+gi|225356593|gb|FJ15+ GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG\n+gi|225356593|gb|FJ15+ GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG\n+gi|225356593|gb|FJ15+ GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+gi|225356593|gb|FJ15+ GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG\n+gi|225356593|gb|FJ15+ GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG\n+gi|225356593|gb|FJ15+ GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+gi|225356593|gb|FJ15+ TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG\n+gi|225356593|gb|FJ15+ TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG\n+gi|225356593|gb|FJ15+                                                    ACATCCTGG\n+gi|225356593|gb|FJ15+ TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+gi|225356593|gb|FJ15+ GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC\n+gi|225356593|gb|FJ15+ GTATGGTGGCTGTGGGC                                           \n+gi|225356593|gb|FJ15+ GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC\n+gi|225356593|gb|FJ15+ GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+gi|225356593|gb|FJ15+ TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC\n+gi|225356593|gb|FJ15+ TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTC"..b'\n+gi|225356593|gb|FJ15+ AACGTAAAACAAACGACATGGATGCATCTAACCCTATTATTTCAAGCGATAGAAGCACTG\n+gi|225356593|gb|FJ15+                                                 ATAGAAGCACTG\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             AACGTAAAACAAACGACATGGATGCATCTAACCCTATTATTTCAAGCGATAGAAGCACTG\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+gi|225356593|gb|FJ15+ TGAATCAGGTTTATGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG\n+gi|225356593|gb|FJ15+ TGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             TGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+gi|225356593|gb|FJ15+ AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG\n+gi|225356593|gb|FJ15+ AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+gi|225356593|gb|FJ15+ AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG\n+gi|225356593|gb|FJ15+ AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+gi|225356593|gb|FJ15+ TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT\n+gi|225356593|gb|FJ15+ TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT\n+\n+******************* Contig 4 ********************\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+gi|225356593|gb|FJ15+ TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA\n+gi|225356593|gb|FJ15+    GGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+gi|225356593|gb|FJ15+ CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA\n+gi|225356593|gb|FJ15+ CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+gi|225356593|gb|FJ15+ ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC\n+gi|225356593|gb|FJ15+ ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+gi|225356593|gb|FJ15+ GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA\n+gi|225356593|gb|FJ15+ GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA\n+\n+                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :\n+gi|225356593|gb|FJ15+ ACAGTTCTTGTTA\n+gi|225356593|gb|FJ15+ ACAGTTCTTGTTA\n+                      ____________________________________________________________\n+consensus             ACAGTTCTTGTTA\n+\n'
b
diff -r 000000000000 -r e2ae46b16b3b test-data/contigs.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/contigs.fa Sun Jun 21 14:30:20 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,46 @@
+>Contig1
+GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG
+GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG
+TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG
+GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC
+TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC
+ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA
+ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTT
+CTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTG
+TCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCA
+TCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCT
+CCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTA
+ACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATC
+CGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGTCTAAGAGCC
+TCAAACACTTTGTACTCATCATTCAGATTCGCCTCAGGAGGAGGAGGGCATCCTACAACC
+TCCTTGACATCATAGTCGTTGGATTGGACTGTCAAATTTATCTGCCTCACAGCCACTCTC
+TGCTCCCTCTTAAACTCGTCCAGGAATCCTGACAATGTGGGGAACAGATTAATCCATCCC
+GCTTTGTCATCCTCTCCATCTGAATAGAGGTCTAGACAGAAGTCCCGAGAGGGGAATCCT
+GACGAATCTGGATATTCAAAGTCCTGGAGGGTTATATGTTCTGGCTTCGTTCCGGTTTGC
+TCTTGCGTTTGCATGACAATAATCTCGCCGGGGATTGTGTTAACCACAGCGTGTATTGTC
+TCTTCGATCCGAGGTATGCTGAATCCCATTGTTATCATTAAACCCCTCATACGGTCATAC
+AGAGTTCTTTGGCGTGCCGTTCTAGATACTGCCTTTTCAAAGGGATTATCCTTCTGGCAG
+AGCATCATCTCAAGAGCATCGCTCTCAGGCATTGTGGGGACATGTATCACACGGTGTCTG
+TGGTACACTCCCATAATTTGTACGCCAAGAAATTTGTGGTCCGTAATTAGAC
+>Contig2
+TGGATTTTCATCCATTGCTGGAGGGCTTACTAGGATGGTCGACTGGATGTATGCCTGCCC
+AAAGCGGCGGGGACGGGTTGTCTGTTACGGTGACGATGCATGTATAACATTTTGGAGCCA
+GGGCGTCCTCTATCGGGTGGATCCAGATTTTAAACAAATGGACGGGTCCATAGATAGAGA
+GGATGCAAGAATCACCATTGAGTGGGTCCTCCACCATCTCAGAAAGGATTTAGGTGTAGA
+GGAGACCCCTGCTTTTTGGAAGACAGTTGCAGCAGTGTGGCTTGATATGGCCATTGACCC
+CCACTTTATCGTGGATGGTAAAACTGTTTACAAGAAGAAGAACCCCCATGGACTCATGAC
+TGGAGTTCCAGGAACAACCCTATTTGACACTGTGAAATCTGTAATAGTCTGGAATGAAAT
+GTTGGATCAGGCTGGTGCAGGTTCCATAGACCTTTTAAATGAAGCTCAAGTAGTTGAATG
+GATGAAGAGACAAGGCTTAGTTGTCAAAGAGGGAA
+>Contig3
+AACGTAAAACAAACGACATGGATGCATCTAACCCTATTATTTCAAGCGATAGAAGCACTG
+TGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG
+AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG
+AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG
+TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT
+>Contig4
+TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA
+CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA
+ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC
+GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA
+ACAGTTCTTGTTA
b
diff -r 000000000000 -r e2ae46b16b3b test-data/contigsandsinglets.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/contigsandsinglets.fa Sun Jun 21 14:30:20 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,91 @@
+>Contig1
+GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG
+GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG
+TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG
+GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC
+TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC
+ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA
+ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTT
+CTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTG
+TCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCA
+TCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCT
+CCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTA
+ACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATC
+CGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGTCTAAGAGCC
+TCAAACACTTTGTACTCATCATTCAGATTCGCCTCAGGAGGAGGAGGGCATCCTACAACC
+TCCTTGACATCATAGTCGTTGGATTGGACTGTCAAATTTATCTGCCTCACAGCCACTCTC
+TGCTCCCTCTTAAACTCGTCCAGGAATCCTGACAATGTGGGGAACAGATTAATCCATCCC
+GCTTTGTCATCCTCTCCATCTGAATAGAGGTCTAGACAGAAGTCCCGAGAGGGGAATCCT
+GACGAATCTGGATATTCAAAGTCCTGGAGGGTTATATGTTCTGGCTTCGTTCCGGTTTGC
+TCTTGCGTTTGCATGACAATAATCTCGCCGGGGATTGTGTTAACCACAGCGTGTATTGTC
+TCTTCGATCCGAGGTATGCTGAATCCCATTGTTATCATTAAACCCCTCATACGGTCATAC
+AGAGTTCTTTGGCGTGCCGTTCTAGATACTGCCTTTTCAAAGGGATTATCCTTCTGGCAG
+AGCATCATCTCAAGAGCATCGCTCTCAGGCATTGTGGGGACATGTATCACACGGTGTCTG
+TGGTACACTCCCATAATTTGTACGCCAAGAAATTTGTGGTCCGTAATTAGAC
+>Contig2
+TGGATTTTCATCCATTGCTGGAGGGCTTACTAGGATGGTCGACTGGATGTATGCCTGCCC
+AAAGCGGCGGGGACGGGTTGTCTGTTACGGTGACGATGCATGTATAACATTTTGGAGCCA
+GGGCGTCCTCTATCGGGTGGATCCAGATTTTAAACAAATGGACGGGTCCATAGATAGAGA
+GGATGCAAGAATCACCATTGAGTGGGTCCTCCACCATCTCAGAAAGGATTTAGGTGTAGA
+GGAGACCCCTGCTTTTTGGAAGACAGTTGCAGCAGTGTGGCTTGATATGGCCATTGACCC
+CCACTTTATCGTGGATGGTAAAACTGTTTACAAGAAGAAGAACCCCCATGGACTCATGAC
+TGGAGTTCCAGGAACAACCCTATTTGACACTGTGAAATCTGTAATAGTCTGGAATGAAAT
+GTTGGATCAGGCTGGTGCAGGTTCCATAGACCTTTTAAATGAAGCTCAAGTAGTTGAATG
+GATGAAGAGACAAGGCTTAGTTGTCAAAGAGGGAA
+>Contig3
+AACGTAAAACAAACGACATGGATGCATCTAACCCTATTATTTCAAGCGATAGAAGCACTG
+TGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTGCCTATCTCCAGG
+AGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTCTCCATGAGTCGG
+AAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTGACACTAAGAAAG
+TTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT
+>Contig4
+TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA
+CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA
+ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC
+GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA
+ACAGTTCTTGTTA
+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_29_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_607_hit1_IdMatch=97.7,AligLength=608,E-val=0.0
+ACGCCCGAGAGCGTGGTCTTGGGCATGGCACTGTAGGCGACCTGACTCCCAGACTTTCGA
+GGGCGATTTCGCCCTCTTCGACGGGGTCCTTGAACCATTGAGCAATTCTTTCCCACAATT
+TGACGAGAAGATACACTCTGTACGGTAACCTTGGGGGAACGACGGTTTCTGGTGGAAAGA
+TTGTTTCCACTGTTGTTTGATATGCGCTTTGTAGTTGTGACGATGGTGGCCATGGCATAA
+TATTTACAAATTGTATTCTTGATTTGAGTTTGGGTTGTTTGATGTTATAGGGTCGGCAAG
+AGCTTACTTGCAGTTCTCTTCCTCTTTTTGCGGTCGAGAGTCTTTTTGTTGAGTCTCGTC
+CTTTGTTCTGCGGTCAGCAGTGATCTCTTCGATGCTACTTTAGGAGGTGGAAACCGGGAG
+AATAAGTCTTGAATTCTCACACGGTAGTCATCAGGATTTTTATGACTAACCTCTCTAATA
+AGCATCTGCACCTGGCGGGGACAGTGCCCCGGGAATTGCTGCATTATACTGTGAAACAGC
+TCCAAATCCAGGGTTTCATGAACGGGCACAATCTGTGGCACAGCTTTAGGGGCAGTTGCA
+TATTCAA
+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_27_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_471_hit1_IdMatch=97.66,AligLength=471,E-val=0.0
+GCAAAAAGAATGCCTCTGATAGGGCAATCATAAAACTGTTAAACAAATACATGCCTAGGA
+CAGGAAATAAGAACTGGCCTGGTGTCCATACAACCCCGGAAGAAGGCATACTTGATGGTA
+TTAAGATAACGGCCAAATCCAGTGCAGGCGCTCCCTATTGGAGACACAAGGGGGAATGCC
+TAGACCATATAATTGATACTGGACTTCCTGTTGTGCTAAAGCATATAAAGGAAGGAACCC
+TCAATCAGTTGTGGCGGGAAAACCCTGAGATGTTCCTCGTTGAAGTTAAGAACAAACTTG
+ATAGATACGAGGTTTCGAAGCTTAAAGAGAAGACTAGACCCTATGTGTGTGTACCTGCGC
+ACTGGGCTCTCCTATTCTCGTGCTTGACTCAAGGATTCCAAGAAGGACTTCAAGTTTTTA
+GTAACTTGGACCCCAGTACAGAATGCTCGAATGCATATGGATTTTCATCCA
+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_14_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_210_hit1_IdMatch=98.1,AligLength=210,E-val=3e-98
+TGTCCCGTTGCACCCCCCATCCATTAACAATCGGGGTGGGCATACTCATGTCACTCGCCA
+GATGGGCGGAGTACCTCACCCTCCTCTTGGTCTAATACCCATAGCTCAGAAGTACGGGGT
+AGAGATCTTGGACCAGAAACATGTCTACACAGGAGGCACTTGGGATGGCTTTCTTAATAG
+ACTCGCCCAACAGATGGGCCGGACAACGGT
+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_24_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_280_hit1_IdMatch=96.79,AligLength=280,E-val=4e-129
+ACCATTTGTCCCCCATGGTGCATTTTCATGGTAAGGTAGTCACTGTTCCAGGAACCATCT
+GAGGTGGTAAAAAGGTCCTGGAAACCAGTATCTGGAGTGATATCCTCGTCAATGGAGACA
+GCTCCTAATTCAGCACCTTCAAACTCAATCACCCATTCGAGTGTGACAGTGAAGGTGGTG
+CTTCCTGTGTATCCACCGGTGGTAGAGGCAACAACCACATTGATGAAGCCATGATTGGCG
+TCATCAGGGTTGCCTTTGGTGAGATACCACTTACGGGTGG
+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_22_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_289_hit1_IdMatch=95.5,AligLength=289,E-val=1e-128
+GGCCTGCAGGCCATAACTCGGTTGAGGTTTTGAGTGTCATTGCCTGAGATATTGTTGGCG
+GGGTCTGGAGACCATCCTATGGCAAGGGATCCAAAAGTATTTGCACTTCCAGATCCCACT
+ACCAGCACTCGGAGTTTCTTGGGTCGCCAGCGGGAATATAGCTTACTCTGCTGCTGAAGC
+CTAGAATCACTCATAGCCGTTGGACATATGGCTTGAGCAAAAAGGCTAGCTCCCACTGCG
+CGCTGCGGTTGTACCTCAATAACGCCTATAATGTCCACGCCCGAGAGCG
+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_20_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_352_hit1_IdMatch=98.01,AligLength=352,E-val=8e-171
+GCATTCACTGCTCTAAGTTGCTCGGTCAGCTGGTCAATGCGGCGAAGTAGATTAGTTTCG
+ACAGTCTGAACTGCTTCATCAGCCACCCTAAATTTAGGGATGGGAGGGCTAATGACAGGA
+CCTTGGGTGTAATACTTGAGACATTTGCCAGTATCTCCAGTGCGGATATAATCTTTTGCA
+TCTGTGTAACTGGCAAACATAACAAAACCTGGGATAGAGTAACCTTGTATAACTGCAAAG
+AAGTTTGCTGTCTTCAAGGTCGTCTTGTCCTCAAGGTAGTAGGTTACATTTGTCCCTGGT
+GCATTTGTATACACATAAGCCTGGTGGGCAGCCGAAAAGGGGACCATTTGTC
b
diff -r 000000000000 -r e2ae46b16b3b test-data/contigsqual.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/contigsqual.txt Sun Jun 21 14:30:20 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,127 @@
+>Contig1
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
+25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
+25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
+30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
+20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
+25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+>Contig2
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
+15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
+>Contig3
+10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
+10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
+10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 
+>Contig4
+10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
+15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
b
diff -r 000000000000 -r e2ae46b16b3b test-data/info.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/info.txt Sun Jun 21 14:30:20 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,23 @@
+No file of quality values (.qual) is found
+No file of constraints (.con) is found.
+Number of overlaps saved: 12
+ComputeOverlap done
+IdentifyChimeras done
+Number of overlaps removed: 0
+RemovePoorOverlaps done
+ASSEM done
+ComputDistForContigs done
+PresentLayout done
+Clip gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso left clip: 1, right clip: 395,  length: 395,  right size 0
+Clip gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso left clip: 1, right clip: 197,  length: 197,  right size 0
+Clip gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso left clip: 1, right clip: 224,  length: 224,  right size 0
+Clip gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso left clip: 1, right clip: 1372,  length: 1372,  right size 0
+Clip gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso left clip: 1, right clip: 402,  length: 409,  right size 7
+Clip gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso left clip: 1, right clip: 421,  length: 421,  right size 0
+Clip gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso left clip: 1, right clip: 627,  length: 627,  right size 0
+Clip gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso left clip: 1, right clip: 515,  length: 515,  right size 0
+Clip gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso left clip: 1, right clip: 506,  length: 506,  right size 0
+Clip gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso left clip: 1, right clip: 284,  length: 284,  right size 0
+Clip gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso left clip: 1, right clip: 236,  length: 236,  right size 0
+Clip gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso left clip: 4, right clip: 253,  length: 253,  right size 0
+Clip gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_iso left clip: 2, right clip: 251,  length: 251,  right size 0
b
diff -r 000000000000 -r e2ae46b16b3b test-data/input.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/input.fa Sun Jun 21 14:30:20 2015 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,159 @@\n+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_19_Transcript_4/7_Confidence_0.286_Length_409_hit1_IdMatch=96.58,AligLength=409,E-val=0.0\n+TTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTTCTGGCTGCA\n+GTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTGTCCTGCAAT\n+GTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCATCTCCAGTA\n+GTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCTCCAACTTTA\n+TCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTAACGACGGCT\n+TGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATCCGAACTACT\n+TTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGTTTAAGAG\n+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_19_Transcript_3/7_Confidence_0.286_Length_395_hit1_IdMatch=97.97,AligLength=395,E-val=0.0\n+GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG\n+GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG\n+TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG\n+GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC\n+TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC\n+ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA\n+ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTAC\n+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_29_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_607_hit1_IdMatch=97.7,AligLength=608,E-val=0.0\n+ACGCCCGAGAGCGTGGTCTTGGGCATGGCACTGTAGGCGACCTGACTCCCAGACTTTCGA\n+GGGCGATTTCGCCCTCTTCGACGGGGTCCTTGAACCATTGAGCAATTCTTTCCCACAATT\n+TGACGAGAAGATACACTCTGTACGGTAACCTTGGGGGAACGACGGTTTCTGGTGGAAAGA\n+TTGTTTCCACTGTTGTTTGATATGCGCTTTGTAGTTGTGACGATGGTGGCCATGGCATAA\n+TATTTACAAATTGTATTCTTGATTTGAGTTTGGGTTGTTTGATGTTATAGGGTCGGCAAG\n+AGCTTACTTGCAGTTCTCTTCCTCTTTTTGCGGTCGAGAGTCTTTTTGTTGAGTCTCGTC\n+CTTTGTTCTGCGGTCAGCAGTGATCTCTTCGATGCTACTTTAGGAGGTGGAAACCGGGAG\n+AATAAGTCTTGAATTCTCACACGGTAGTCATCAGGATTTTTATGACTAACCTCTCTAATA\n+AGCATCTGCACCTGGCGGGGACAGTGCCCCGGGAATTGCTGCATTATACTGTGAAACAGC\n+TCCAAATCCAGGGTTTCATGAACGGGCACAATCTGTGGCACAGCTTTAGGGGCAGTTGCA\n+TATTCAA\n+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_11_Transcript_1/2_Confidence_0.667_Length_236_hit1_IdMatch=98.73,AligLength=236,E-val=2e-113\n+ATAGAAGCACTGTGAATCAGGTTTACGCGAAGATGGTGAGGAGAAAACGGCAAGATCTTG\n+CCTATCTCCAGGAGTTGGTGAGGACAGCCCATCGAGAGATTCTCCCCCAAGGAGAACTTC\n+TCCATGAGTCGGAAGCCAAACAGTATGTAGCCGAATATAAGGCTCGACTACCTGTGGTTG\n+ACACTAAGAAAGTTGGCGAACTGCCAACTGAGGTCTTCCAGGTAGCACTCCCAAGT\n+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_27_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_471_hit1_IdMatch=97.66,AligLength=471,E-val=0.0\n+GCAAAAAGAATGCCTCTGATAGGGCAATCATAAAACTGTTAAACAAATACATGCCTAGGA\n+CAGGAAATAAGAACTGGCCTGGTGTCCATACAACCCCGGAAGAAGGCATACTTGATGGTA\n+TTAAGATAACGGCCAAATCCAGTGCAGGCGCTCCCTATTGGAGACACAAGGGGGAATGCC\n+TAGACCATATAATTGATACTGGACTTCCTGTTGTGCTAAAGCATATAAAGGAAGGAACCC\n+TCAATCAGTTGTGGCGGGAAAACCCTGAGATGTTCCTCGTTGAAGTTAAGAACAAACTTG\n+ATAGATACGAGGTTTCGAAGCTTAAAGAGAAGACTAGACCCTATGTGTGTGTACCTGCGC\n+ACTGGGCTCTCCTATTCTCGTGCTTGACTCAAGGATTCCAAGAAGGACTTCAAGTTTTTA\n+GTAACTTGGACCCCAGTACAGAATGCTCGAATGCATATGGATTTTCATCCA\n+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_19_Transcript_2/7_Confidence_0.143_Length_224_hit1_IdMatch=97.77,AligLength=224,E-val=3e-104\n+ACATCCTGGGTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTT\n+GGCCGTACCTCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGG\n+ACATATGCCATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGAT\n+ACTCCTGCAACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTAC\n+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_21_Transcript_2/2_Confidence_0.333_Length_515_hit1_IdMatch=97.28,AligLength=515,E-val=0.0\n+TGGATTTTCATCCATTGCTGGAGGGCTTACTAGGATGGTCGACTGGATGTATGCCTGCCC\n+AAAGCGGCGGGGACGGGTTGTCTGTTACGGTGACGATGCATGTATAACATTTTGGAGCCA\n+GGGCGTCCTCTATCGGGTGGATCCAGATTTTAAACAAATGGACGGGTCCATAGATAGAGA\n+GGATGCAAGAATCACCATTGAGTGGGTCCTCCACCATCTCAGAAAGGATTTAGGTGTAGA\n+GGAGACCCCTGCTTTTTGGAAGACAGTTGCAGCAGTGTGGCTTGATATGGCCATTGACCC\n+CCACTTTATCGTGGATGGTAAAA'..b'80_hit1_IdMatch=96.79,AligLength=280,E-val=4e-129\n+ACCATTTGTCCCCCATGGTGCATTTTCATGGTAAGGTAGTCACTGTTCCAGGAACCATCT\n+GAGGTGGTAAAAAGGTCCTGGAAACCAGTATCTGGAGTGATATCCTCGTCAATGGAGACA\n+GCTCCTAATTCAGCACCTTCAAACTCAATCACCCATTCGAGTGTGACAGTGAAGGTGGTG\n+CTTCCTGTGTATCCACCGGTGGTAGAGGCAACAACCACATTGATGAAGCCATGATTGGCG\n+TCATCAGGGTTGCCTTTGGTGAGATACCACTTACGGGTGG\n+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_19_Transcript_6/7_Confidence_0.143_Length_1372_hit1_IdMatch=97.59,AligLength=1372,E-val=0.0\n+GTTGCATATTCAACCTGCCGAGCCCAGGAAGACTCAGGCGGGGGAGGCACTACATTAGGG\n+GTCGCAAAGCTAGACTTCTTGTATGGGATGTTGTTAACCTCCAAAATAGCTGCACAGATG\n+TATTCCTTAGCCAGTTTGGCAGAGGAAGACCAGGCTTCTCCCAACAGCTTCACATCCTGG\n+GTATGGTGGCTGTGGGCGTAGAGCCTAACTCCAACAGGATTGGCAGCATTTGGCCGTACC\n+TCAGATATCCATTTAGTGAATCCTGAGAATCTCCCGCTGACCATTGCATGGACATATGCC\n+ATGGCATCCTCTGCTGTATTTATATCGTGGGGAGGTGGATGGAGGTTCGATACTCCTGCA\n+ACGTCCAGGTTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAAAGCTGACGTT\n+CTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTCTCTTTGACTG\n+TCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTCTCCAAGTTCA\n+TCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTAGGCACTAGCT\n+CCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGTAAGCCATCTA\n+ACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACTTTCTGTGATC\n+CGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGGTCTAAGAGCC\n+TCAAACACTTTGTACTCATCATTCAGATTCGCCTCAGGAGGAGGAGGGCATCCTACAACC\n+TCCTTGACATCATAGTCGTTGGATTGGACTGTCAAATTTATCTGCCTCACAGCCACTCTC\n+TGCTCCCTCTTAAACTCGTCCAGGAATCCTGACAATGTGGGGAACAGATTAATCCATCCC\n+GCTTTGTCATCCTCTCCATCTGAATAGAGGTCTAGACAGAAGTCCCGAGAGGGGAATCCT\n+GACGAATCTGGATATTCAAAGTCCTGGAGGGTTATATGTTCTGGCTTCGTTCCGGTTTGC\n+TCTTGCGTTTGCATGACAATAATCTCGCCGGGGATTGTGTTAACCACAGCGTGTATTGTC\n+TCTTCGATCCGAGGTATGCTGAATCCCATTGTTATCATTAAACCCCTCATACGGTCATAC\n+AGAGTTCTTTGGCGTGCCGTTCTAGATACTGCCTTTTCAAAGGGATTATCCTTCTGGCAG\n+AGCATCATCTCAAGAGCATCGCTCTCAGGCATTGTGGGGACATGTATCACACGGTGTCTG\n+TGGTACACTCCCATAATTTGTACGCCAAGAAATTTGTGGTCCGTAATTAGAC\n+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_22_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_289_hit1_IdMatch=95.5,AligLength=289,E-val=1e-128\n+GGCCTGCAGGCCATAACTCGGTTGAGGTTTTGAGTGTCATTGCCTGAGATATTGTTGGCG\n+GGGTCTGGAGACCATCCTATGGCAAGGGATCCAAAAGTATTTGCACTTCCAGATCCCACT\n+ACCAGCACTCGGAGTTTCTTGGGTCGCCAGCGGGAATATAGCTTACTCTGCTGCTGAAGC\n+CTAGAATCACTCATAGCCGTTGGACATATGGCTTGAGCAAAAAGGCTAGCTCCCACTGCG\n+CGCTGCGGTTGTACCTCAATAACGCCTATAATGTCCACGCCCGAGAGCG\n+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_19_Transcript_5/7_Confidence_0.286_Length_421_hit1_IdMatch=96.67,AligLength=421,E-val=0.0\n+TACTCCTGCAACGTCCAGATTAATGAGCTCAGGTTGGGTTTTTACAATCTCCCGTCTCAA\n+AGCTGACGTTCTGGCTGCAGTAGTCTTATCAATCAGATTACGCTTTTCCTCCATTTCTTC\n+TCTTTGACTGTCCTGCAATGTGGGGAAAGGAGTCACTAGTGGGTATAAGGAAATCAAGTC\n+TCCAAGTTCATCTCCAGTAGTGAAATAGCCCCCTTTAGCAGCACCCACAACAATTTGGTA\n+GGCACTAGCTCCAACTTTATCGGCAACAGTACCAACCTGAGAAACACCTCCAACTGAGGT\n+AAGCCATCTAACGACGGCTTGAGCCATATTTGGTAGGAATTTCTCAGGGATGTCACCACT\n+TTCTGTGATCCGAACTACTTTGGGTCTGGGGTTCGGTTCTGAATACTGGACTTGCTGAGG\n+T\n+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_9_Transcript_1/2_Confidence_0.667_Length_253_hit1_IdMatch=98.0,AligLength=250,E-val=3e-118\n+TACGGTGCCCCTAAGAGAATCGAACTCAAACTCTCCAGTTGTGTAGTAACCAGAGAGCCA\n+CCGAGGAGGGACGGGGTGGTGATTATGAAAAGATGATGGGTTTTGGGGAGAGGTTATACA\n+ATTTCAAAATCTTGAACGGCCACTGGGTCTTCAGATATCACTTTGAAAGGACTGAGTGTC\n+GTTCCATCAGGCATACCCTCAAGTTTGGTCCTAATCTTAGCTGTGTCCTTGCTGAGAGCA\n+ACAGTTCTTGTTA\n+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_20_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_352_hit1_IdMatch=98.01,AligLength=352,E-val=8e-171\n+GCATTCACTGCTCTAAGTTGCTCGGTCAGCTGGTCAATGCGGCGAAGTAGATTAGTTTCG\n+ACAGTCTGAACTGCTTCATCAGCCACCCTAAATTTAGGGATGGGAGGGCTAATGACAGGA\n+CCTTGGGTGTAATACTTGAGACATTTGCCAGTATCTCCAGTGCGGATATAATCTTTTGCA\n+TCTGTGTAACTGGCAAACATAACAAAACCTGGGATAGAGTAACCTTGTATAACTGCAAAG\n+AAGTTTGCTGTCTTCAAGGTCGTCTTGTCCTCAAGGTAGTAGGTTACATTTGTCCCTGGT\n+GCATTTGTATACACATAAGCCTGGTGGGCAGCCGAAAAGGGGACCATTTGTC\n'
b
diff -r 000000000000 -r e2ae46b16b3b test-data/singlets.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/singlets.fa Sun Jun 21 14:30:20 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,45 @@
+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_29_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_607_hit1_IdMatch=97.7,AligLength=608,E-val=0.0
+ACGCCCGAGAGCGTGGTCTTGGGCATGGCACTGTAGGCGACCTGACTCCCAGACTTTCGA
+GGGCGATTTCGCCCTCTTCGACGGGGTCCTTGAACCATTGAGCAATTCTTTCCCACAATT
+TGACGAGAAGATACACTCTGTACGGTAACCTTGGGGGAACGACGGTTTCTGGTGGAAAGA
+TTGTTTCCACTGTTGTTTGATATGCGCTTTGTAGTTGTGACGATGGTGGCCATGGCATAA
+TATTTACAAATTGTATTCTTGATTTGAGTTTGGGTTGTTTGATGTTATAGGGTCGGCAAG
+AGCTTACTTGCAGTTCTCTTCCTCTTTTTGCGGTCGAGAGTCTTTTTGTTGAGTCTCGTC
+CTTTGTTCTGCGGTCAGCAGTGATCTCTTCGATGCTACTTTAGGAGGTGGAAACCGGGAG
+AATAAGTCTTGAATTCTCACACGGTAGTCATCAGGATTTTTATGACTAACCTCTCTAATA
+AGCATCTGCACCTGGCGGGGACAGTGCCCCGGGAATTGCTGCATTATACTGTGAAACAGC
+TCCAAATCCAGGGTTTCATGAACGGGCACAATCTGTGGCACAGCTTTAGGGGCAGTTGCA
+TATTCAA
+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_27_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_471_hit1_IdMatch=97.66,AligLength=471,E-val=0.0
+GCAAAAAGAATGCCTCTGATAGGGCAATCATAAAACTGTTAAACAAATACATGCCTAGGA
+CAGGAAATAAGAACTGGCCTGGTGTCCATACAACCCCGGAAGAAGGCATACTTGATGGTA
+TTAAGATAACGGCCAAATCCAGTGCAGGCGCTCCCTATTGGAGACACAAGGGGGAATGCC
+TAGACCATATAATTGATACTGGACTTCCTGTTGTGCTAAAGCATATAAAGGAAGGAACCC
+TCAATCAGTTGTGGCGGGAAAACCCTGAGATGTTCCTCGTTGAAGTTAAGAACAAACTTG
+ATAGATACGAGGTTTCGAAGCTTAAAGAGAAGACTAGACCCTATGTGTGTGTACCTGCGC
+ACTGGGCTCTCCTATTCTCGTGCTTGACTCAAGGATTCCAAGAAGGACTTCAAGTTTTTA
+GTAACTTGGACCCCAGTACAGAATGCTCGAATGCATATGGATTTTCATCCA
+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_14_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_210_hit1_IdMatch=98.1,AligLength=210,E-val=3e-98
+TGTCCCGTTGCACCCCCCATCCATTAACAATCGGGGTGGGCATACTCATGTCACTCGCCA
+GATGGGCGGAGTACCTCACCCTCCTCTTGGTCTAATACCCATAGCTCAGAAGTACGGGGT
+AGAGATCTTGGACCAGAAACATGTCTACACAGGAGGCACTTGGGATGGCTTTCTTAATAG
+ACTCGCCCAACAGATGGGCCGGACAACGGT
+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_24_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_280_hit1_IdMatch=96.79,AligLength=280,E-val=4e-129
+ACCATTTGTCCCCCATGGTGCATTTTCATGGTAAGGTAGTCACTGTTCCAGGAACCATCT
+GAGGTGGTAAAAAGGTCCTGGAAACCAGTATCTGGAGTGATATCCTCGTCAATGGAGACA
+GCTCCTAATTCAGCACCTTCAAACTCAATCACCCATTCGAGTGTGACAGTGAAGGTGGTG
+CTTCCTGTGTATCCACCGGTGGTAGAGGCAACAACCACATTGATGAAGCCATGATTGGCG
+TCATCAGGGTTGCCTTTGGTGAGATACCACTTACGGGTGG
+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_22_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_289_hit1_IdMatch=95.5,AligLength=289,E-val=1e-128
+GGCCTGCAGGCCATAACTCGGTTGAGGTTTTGAGTGTCATTGCCTGAGATATTGTTGGCG
+GGGTCTGGAGACCATCCTATGGCAAGGGATCCAAAAGTATTTGCACTTCCAGATCCCACT
+ACCAGCACTCGGAGTTTCTTGGGTCGCCAGCGGGAATATAGCTTACTCTGCTGCTGAAGC
+CTAGAATCACTCATAGCCGTTGGACATATGGCTTGAGCAAAAAGGCTAGCTCCCACTGCG
+CGCTGCGGTTGTACCTCAATAACGCCTATAATGTCCACGCCCGAGAGCG
+>gi|225356593|gb|FJ150422.1|_Drosophila_A_virus_isolate_HD,_complete_genome--Locus_20_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_352_hit1_IdMatch=98.01,AligLength=352,E-val=8e-171
+GCATTCACTGCTCTAAGTTGCTCGGTCAGCTGGTCAATGCGGCGAAGTAGATTAGTTTCG
+ACAGTCTGAACTGCTTCATCAGCCACCCTAAATTTAGGGATGGGAGGGCTAATGACAGGA
+CCTTGGGTGTAATACTTGAGACATTTGCCAGTATCTCCAGTGCGGATATAATCTTTTGCA
+TCTGTGTAACTGGCAAACATAACAAAACCTGGGATAGAGTAACCTTGTATAACTGCAAAG
+AAGTTTGCTGTCTTCAAGGTCGTCTTGTCCTCAAGGTAGTAGGTTACATTTGTCCCTGGT
+GCATTTGTATACACATAAGCCTGGTGGGCAGCCGAAAAGGGGACCATTTGTC
b
diff -r 000000000000 -r e2ae46b16b3b tool_dependencies.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_dependencies.xml Sun Jun 21 14:30:20 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,6 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<tool_dependency>
+  <package name="cap3" version="3">
+      <repository changeset_revision="8b91ecadabb5" name="package_cap3_3" owner="jjohnson" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
+  </package>
+</tool_dependency>