Repository 'cpt_shinefind'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/cpt/cpt_shinefind

Changeset 5:e7e82d0ae286 (2023-07-23)
Previous changeset 4:5004ddb62700 (2023-06-05) Next changeset 6:6a5aac2a4c89 (2023-07-25)
Commit message:
planemo upload commit 852ac96ca53a2ffa0947e6df5e24671866b642f5
added:
all_fasta.loc.sample
tool_data_table_conf.xml.sample
b
diff -r 5004ddb62700 -r e7e82d0ae286 all_fasta.loc.sample
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/all_fasta.loc.sample Sun Jul 23 01:37:25 2023 +0000
b
@@ -0,0 +1,18 @@
+#This file lists the locations and dbkeys of all the fasta files
+#under the "genome" directory (a directory that contains a directory
+#for each build). The script extract_fasta.py will generate the file
+#all_fasta.loc. This file has the format (white space characters are
+#TAB characters):
+#
+#<unique_build_id> <dbkey> <display_name> <file_path>
+#
+#So, all_fasta.loc could look something like this:
+#
+#apiMel3 apiMel3 Honeybee (Apis mellifera): apiMel3 /path/to/genome/apiMel3/apiMel3.fa
+#hg19canon hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Canonical /path/to/genome/hg19/hg19canon.fa
+#hg19full hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Full /path/to/genome/hg19/hg19full.fa
+#
+#Your all_fasta.loc file should contain an entry for each individual
+#fasta file. So there will be multiple fasta files for each build,
+#such as with hg19 above.
+#
\ No newline at end of file
b
diff -r 5004ddb62700 -r e7e82d0ae286 tool_data_table_conf.xml.sample
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.sample Sun Jul 23 01:37:25 2023 +0000
b
@@ -0,0 +1,8 @@
+<!-- not a real sample -->
+<tables>
+    <!-- Locations of all fasta files under genome directory -->
+    <table name="all_fasta" comment_char="#">
+        <columns>value, dbkey, name, path</columns>
+        <file path="tool-data/all_fasta.loc" />
+    </table>
+</tables>
\ No newline at end of file