Repository 'saint_bubblebeam'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/bornea/saint_bubblebeam

Changeset 18:e992232032ae (2015-11-20)
Previous changeset 17:b11a6884496e (2015-11-20) Next changeset 19:ca0879152f2a (2015-11-20)
Commit message:
Uploaded
modified:
Bubblebeam_For_SAINT_wrapper.py
b
diff -r b11a6884496e -r e992232032ae Bubblebeam_For_SAINT_wrapper.py
--- a/Bubblebeam_For_SAINT_wrapper.py Fri Nov 20 11:10:22 2015 -0500
+++ b/Bubblebeam_For_SAINT_wrapper.py Fri Nov 20 11:14:37 2015 -0500
b
@@ -30,7 +30,7 @@
 elif label == "true":
  label = "TRUE" 
 
-cmd = r"Rscript "+ str(ins_path) + r"/bubbles_v9_NSAF_natural_log.R " + str(list_file) + r" " + str(prey_file) + r" " + str(crapome) + r" " + str(color) + r" " + str(label) + r" " + str(cutoff) + r" " + str(mq_sc) + r" " + str(inc_file) + r" " + str(exc_file)
+cmd = str(ins_path) +r"/Rscript "+ str(ins_path) + r"/bubbles_v9_NSAF_natural_log.R " + str(list_file) + r" " + str(prey_file) + r" " + str(crapome) + r" " + str(color) + r" " + str(label) + r" " + str(cutoff) + r" " + str(mq_sc) + r" " + str(inc_file) + r" " + str(exc_file)
 os.system(cmd)
 time.sleep(3)