| Previous changeset 12:1a037928504c (2024-08-11) Next changeset 14:740fd2d16a28 (2024-09-20) |
|
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/metaphlan/ commit 8ab597f47a3a12919b55055380b6e725879cc5c0 |
|
modified:
metaphlan.xml |
|
added:
test-data/SRS014464-Anterior_nares_mini.fastq |
| b |
| diff -r 1a037928504c -r ef65b083bd0c metaphlan.xml --- a/metaphlan.xml Sun Aug 11 20:35:53 2024 +0000 +++ b/metaphlan.xml Sun Sep 08 06:59:00 2024 +0000 |
| b |
| @@ -1,4 +1,4 @@ -<tool id="metaphlan" name="MetaPhlAn" version="@TOOL_VERSION@+galaxy1" profile="@PROFILE@"> +<tool id="metaphlan" name="MetaPhlAn" version="@TOOL_VERSION@+galaxy2" profile="@PROFILE@"> <description>to profile the composition of microbial communities</description> <macros> <import>macros.xml</import> @@ -26,7 +26,7 @@ <when value="s"/> </conditional> </xml> - <token name="@FILE_FORMATS@">fastq,fastq.gz,fastq.bz2,fasta,fasta.gz,fasta.bz2</token> + <token name="@FILE_FORMATS@">fastq,fastq.gz,fastq.bz2,fasta,fasta.gz</token> </macros> <expand macro="edam_ontology"/> <expand macro="requirements"/> @@ -74,13 +74,19 @@ #if $full_ext.endswith("gz") zcat '$inputs.in.raw_in.in_f' > 'in_f' && zcat '$inputs.in.raw_in.in_r' > 'in_r' && - #set file_path="-1 in_f -2 in_r" #else if $full_ext.endswith("bz2") bzcat '$inputs.in.raw_in.in_f' > 'in_f' && bzcat '$inputs.in.raw_in.in_r' > 'in_r' && #set file_path="-1 in_f -2 in_r" + ln -s '$inputs.in.raw_in.in_f' 'in_f' && + ln -s '$inputs.in.raw_in.in_r' 'in_r' && + #end if + ## paired data has by default no special treatment, i.e. it is given as comma separated list + ## except iff paired subsampling where -1 and -2 must be used + #if $subsample.selector == 'paired' + #set file_path="-1 in_f -2 in_r" #else - #set file_path="-1 '%s' -2 '%s'" % ($inputs.in.raw_in.in_f,$inputs.in.raw_in.in_r) + #set file_path="in_f,in_r" #end if #else if $inputs.in.raw_in.selector == "paired_collection" #set full_ext=$inputs.in.raw_in.in.forward.ext @@ -91,13 +97,17 @@ #if $full_ext.endswith("gz") zcat '$inputs.in.raw_in.in.forward' > 'in_f' && zcat '$inputs.in.raw_in.in.reverse' > 'in_r' && - #set file_path="-1 in_f -2 in_r" #else if $full_ext.endswith("bz2") bzcat '$inputs.in.raw_in.in.forward' > 'in_f' && bzcat '$inputs.in.raw_in.in.reverse' > 'in_r' && + #else + ln -s '$inputs.in.raw_in.in.forward' 'in_f' && + ln -s '$inputs.in.raw_in.in.reverse' 'in_r' && + #end if + #if $subsample.selector == 'paired' #set file_path="-1 in_f -2 in_r" #else - #set file_path="-1 '%s' -2 '%s'" % ($inputs.in.raw_in.in_f,$inputs.in.raw_in.in_r) + #set file_path="in_f,in_r" #end if #end if @@ -983,6 +993,87 @@ <has_text text="Downloading" negate="true"/> </assert_stderr> </test> + <!-- Paired fastq file as collection, Cached db --> + <test expect_num_outputs="4"> + <section name="inputs"> + <conditional name="in"> + <param name="selector" value="raw"/> + <conditional name="raw_in"> + <param name="selector" value="paired_collection"/> + <param name="in"> + <collection type="paired" name="pair"> + <element name="forward" value="SRS014464-Anterior_nares_mini.fastq" /> + <element name="reverse" value="SRS014464-Anterior_nares_mini.fastq" /> + </collection> + </param> + </conditional> + <param name="read_min_len" value="70"/> + <section name="mapping"> + <param name="bt2_ps" value="sensitive"/> + <param name="min_mapq_val" value="5"/> + </section> + </conditional> + <conditional name="db"> + <param name="db_selector" value="cached"/> + <param name="cached_db" value="test-db-20210409"/> + </conditional> + </section> + <section name="analysis"> + <conditional name="analysis_type"> + <param name="t" value="rel_ab"/> + <conditional name="tax_lev"> + <param name="tax_lev" value="a"/> + <param name="split_levels" value="false"/> + </conditional> + </conditional> + <param name="min_cu_len" value="2000"/> + <param name="organism_profiling" value="add_viruses"/> + <param name="stat" value="avg_g"/> + <param name="stat_q" value="0.2"/> + <param name="perc_nonzero" value="0.33"/> + <param name="avoid_disqm" value="true"/> + </section> + <conditional name="subsample"> + <param name="selector" value="no"/> + </conditional> + <section name="out"> + <param name="sample_id_key" value="SampleID"/> + <param name="sample_id" value="Metaphlan_Analysis"/> + <param name="use_group_representative" value="false"/> + <param name="legacy_output" value="false"/> + <param name="CAMI_format_output" value="false"/> + <param name="unclassified_estimation" value="false"/> + <param name="krona_output" value="false"/> + </section> + <output name="output_file" ftype="tabular" file="SRS014464-Anterior_nares-abundances.tabular" compare="sim_size"> + <assert_contents> + <has_text text="k__Bacteria|p__Actinobacteria|c__Actinobacteria|o__Corynebacteriales|f__Corynebacteriaceae|g__Corynebacterium|s__Corynebacterium_accolens"/> + <has_text text="relative_abundance"/> + <has_text text="NCBI_tax_id"/> + <has_text text="clade_name"/> + </assert_contents> + </output> + <output name="bowtie2out" ftype="tabular"> + <assert_contents> + <has_text text="HWI-EAS109_102883399:3:107:9938:7093/1"/> + <has_text text="90240__A0A378QWM4__NCTC12877_00123"/> + </assert_contents> + </output> + <output name="sam_output_file" ftype="sam"> + <assert_contents> + <has_size min="8450" max="8550"/> + <has_text text="SN:13076__A0A2I1PE66__CYJ72_10760"/> + </assert_contents> + </output> + <output name="biom_output_file" ftype="biom1" file="SRS014464-Anterior_nares.biom" compare="sim_size"> + <assert_contents> + <has_text text="k__Bacteria|p__Actinobacteria|c__Actinobacteria|o__Corynebacteriales|f__Corynebacteriaceae|g__Corynebacterium|s__Corynebacterium_accolens"/> + </assert_contents> + </output> + <assert_stderr> + <has_text text="Downloading" negate="true"/> + </assert_stderr> + </test> <!-- SAM, cached DB --> <test expect_num_outputs="2"> <section name="inputs"> |
| b |
| diff -r 1a037928504c -r ef65b083bd0c test-data/SRS014464-Anterior_nares_mini.fastq --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/SRS014464-Anterior_nares_mini.fastq Sun Sep 08 06:59:00 2024 +0000 |
| b |
| b'@@ -0,0 +1,4000 @@\n+@HWI-EAS109_102883399:3:100:10648:20124/1\n+TTGATATTTCATGTACAGTATAAAATATATATTTGGGTTACTTTGGTATTTTATGTACAGTATATAATCTATATTTGATGTACTTTCATATTTTATGTAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:100:1079:13862/1\n+ATATTGATACTTGCATTAATATCACGGTCATGATTGGCATGGCAACTAGGACAAATCCAATGTCTAACCGCAAGTATCAAGTTTTCTTTTGCCATAATAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:100:10822:2790/1\n+CACACACACATATACACACACACATATACACACACACATACACACACACACAAACACACACACACACAAGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:100:10896:21102/1\n+CTCTTCGTCCTAAGGACCACTGTCTGTGCTGTGTCTTTCAAAGGTCAGAAGAGATTGAACCTTTGTGTTTTTATTTTCCCTGTGTTTGCTTTTTC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:100:11210:16352/1\n+GTCTTTTCTTTTTGCTTGCCATTGTGGCTGTAAATTGATACAAAAACTTTTGTGCCTGTATGTTGCACATAAAGCCATAGCCCATTACCATCACTGATTT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:100:11502:9110/1\n+TCGCCCAGCAAATTCATCCACCTTGTCAGATGGCACACCCACACGACTTGGGCGAAATTCTACGCACAGTTTAAATAATTTATCCAAACGACCAAAGCCC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:100:11549:6243/1\n+TGGAAGCGTTGGGGATTTACGTAGTTTGTTGGATTTGCTTCCCGTCGCTGGTGGTGATGGCACGCTGGACGATCGTTACGCTGAGCTTTCT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:100:11778:13384/1\n+AAGTACATCAAATATATATTTTATTCTGTACATAAAATATGAAAGTACACCAGATATATATTCTATAGTGTACATAAAATATCAAAGTACCCAAACTATA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:100:12997:10542/1\n+ATAATATATGATACATATTATACATCTTATATATGAAATTATATAATTATAGATAACATAATACACATTTATATGTATTATGAAATATAACAAAGGTACT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:100:13379:16343/1\n+TATTATATACTGTACATCAAATATGAAAGTTCCCAAACATTTATAATAATCTGTACAGAAAATATCAAAGTACTCAAACTATAAACTGTACATAAAATAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:100:13680:7440/1\n+AATGTTTATGCCCTATCGCCATGGTGACGGAATTAGGGGTCTCCTGCTCTTCGTCCTAAGGACCACTGTCTGTGCTGTGTCTTTCAAAGGTCAGAAGAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:100:14551:6350/1\n+CGGTTCAGCAGGAATGCCGAGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAGACCGATCTCGTATGCCGTCTTCTG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:100:14666:5491/1\n+TCGTATCTTGTCGACGGCTGGGCCTACCTGGTGTTTTACGGGGCGCTGGCGTTTTTGCTGATCGTTTTTGCCAACTATTCCGCCTTCGGGGTGCGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:100:14711:18833/1\n+TATTTAATACGTATATTAACCGTATAATATATTCTATATATGATATATAACATATATTATATATGTCATAAATTATAATATATACTATATGTCATATTGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:100:14778:2943/1\n+CCTTAACTAGTAATTTGAAGAGTTGGCATTTGTAAGGCCAGTATGAATATACCTTCAAAGCAGCAACACAGGTTCCCCATGAGAAAAAGCAAACTTAGGG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:100:15216:16187/1\n+TCAATACCAAGACTTTTATTCAGCACCAGCACCAGCACCAGCACCCATGCCATTTTATGCAACAGATTGATGCTAATTTATGCTTAATTTGCCCTATTTT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:100:15403:10319/1\n+GATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGC'..b':3:13:7711:19090/1\n+AATCATTTGAGGACACTTCCTTTCGTGAGGTTCCTTGGTTAGGTAAATCAGGCATTTTTTGATACGTATTAGCAATGTTTTCATCGGTAAATGTAGTAGC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:13:8197:20004/1\n+AATATACAGTATCATATATATAATATATATAACCTATGTATAATATTGTTTTACATCCTGCATCCTATGTTATATATATTGTATAAAATATAATAATTGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:13:9109:2242/1\n+TTATATAGTTATATATATTATATTACATATTTACATAAAATATTATACAGTTATATATAATTTCAAATAGTTATATATAACAGAATATAAAACATATAGA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:14:10216:8263/1\n+CATAAAATATCATAATATAATATATATTATAATATTTCATATTACATAATATATATTACATATCACCCAATATAACTAACATACATAATATTATAATATA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:14:10488:19578/1\n+GATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAGACCGATATCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:14:10532:1591/1\n+TAACACAGTCATATAATATATATTTAATATAGGTATTATACATACAACGTATTATATATAATATATAATATATATTACATATGTTATAAAATATAATATA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:14:10778:18870/1\n+TTCTTAAAACAAGTTATGAGATGGGAAAAAGGGCACCCACAAACATACGTATACATTATGTATATAATAATATACAGTATCATATATATAATATATATAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:14:10898:13103/1\n+ATATATGATACATATTATACATCTTATATATGAAATTATATAATTATAGATAACATAATACACATTTATATGTATTATGATATATAGCAAAGGTACTATA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:14:10899:18822/1\n+TATTATACACACAACGTATTATATAAAATATATAATATATATTACATATGTCATAAAATATAATATATATTATATGTCGCATTTTATATATACAATTATA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:14:11137:9828/1\n+GGGTGTTGTGACTTTGCGACGCTTGATACCACCCAGGAAACGGAACTGAAGCGTTCGGTTTTTCTTGATCAGCTCGCGCGAATAGGGAAATTTTCGGAAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:14:1168:2543/1\n+CTATCATACAGAAGTCTATTTCCATACAACCGATACGTATTTACCATACGCAAGAGTATTCAATGCAGAGATAC\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:14:11698:7209/1\n+TGCCACCGTCTGCTGCAAATGTACTGTCCATCAAAATGGGGGCGAGTTGTTTTTTAAGTACTGTTGTCAGTTTTTGGTTTTTTATGGTGCTAATG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:14:11855:5277/1\n+CGGTTCAGCAGGAATGCCGAGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAGACCGATATCGTATGCCGTCTTCTG\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:14:12525:11745/1\n+ATATGAAAGTACATCAAATATAGATTATATACCTTACATAAAATATAAAGGAACCCCAAATATATATGATATACTGTACATGAAATATCAAAGTTCACAA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:14:12957:3677/1\n+CACCTCGCGAACCTCCTGAGGAGTAGAGGCGGCCAGGAGCTGGTTACGGAAATCAGCCTTGACTAGGGAACGCGCCAACGAAGCGAGAAT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:14:13268:17482/1\n+GGAAGTACTTCGAGATCTAAGAGGAGGCTCACGTGGCTGAACAAAAGGCTTATCGTGGCCAAGCGCCAAAGGCGTCACCGATCGCCCGTGGGCTTGCTGT\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n+@HWI-EAS109_102883399:3:14:13657:17008/1\n+TAATTACATGTCACATATGTTATATATTATATATTTTACATAGAATGTACTGGTTACATACAATATATAGTATGTTACCTGTAATGTATAATTTATTACA\n++\n+BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n' |