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Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/proteomiqon_joinquantpepionswithproteins commit aaf1e94b225eb1b75837a9e65bf8c480d808287f" |
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added:
proteomiqon_joinquantpepionswithproteins.xml test-data/sample.prot test-data/sample.quant test-data/sample_out.quantAndProt |
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| @@ -0,0 +1,50 @@ +<tool id="proteomiqon_joinquantpepionswithproteins" name="Proteomiqon JoinQuantPepIonsWithProteins" version="@VERSION@" profile="20.05"> + <description> + combines the results from ProteinInference and PSMBasedQuantification. + </description> + <macros> + <token name="@VERSION@">0.0.1</token> + </macros> + <requirements> + <requirement type="package" version="@VERSION@">proteomiqon-joinquantpepionswithproteins</requirement> + </requirements> + <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[ + #import re + #set quant_basename = $re.sub(r'[^\w ,.\-+]','_',$quantifiedpeptides.element_identifier) + ln -s '$quantifiedpeptides' '${quant_basename}.quant' && + #set prot_basename = $re.sub(r'[^\w ,.\-+]','_',$inferredproteins.element_identifier) + ln -s '$inferredproteins' '${prot_basename}.prot' && + ln -s '$out_quantAndProt' '${quant_basename}.quantAndProt' && + proteomiqon-joinquantpepionswithproteins -i '${quant_basename}.quant' -ii '${prot_basename}.prot' -o './' + ]]> + </command> + <inputs> + <param name="quantifiedpeptides" type="data" format="tabular" label="Quantified Peptides" help="Specify Quantified Peptides." /> + <param name="inferredproteins" type="data" format="tabular" label="Inferred Proteins" help="Specify Inferred Proteins." /> + </inputs> + <outputs> + <data format="tabular" name="out_quantAndProt" /> + </outputs> + <tests> + <test expect_num_outputs="1"> + <param name="quantifiedpeptides" value="sample.quant"/> + <param name="inferredproteins" value="sample.prot"/> + <output name="out_quantAndProt" file="sample_out.quantAndProt"/> + </test> + </tests> + <help> + <![CDATA[ +What It Does +------------ +**Disclaimer** this tool needs the results from ProteinInference and PSMBasedQuantification. + +Results from PSMBasedQuantification contain detailed information about the quantification of every peptide, but only basic informations about the protein they +originated from. This information is obtained during the ProteinInference. This tool takes the results from both tools and combines the qauntification information of +each peptide with the more accurate information about the corresponding protein including its q-value. + +Further Reading +--------------- +Additional information about the tool can be found in the `documentation <https://csbiology.github.io/ProteomIQon/tools/JoinQuantPepIonsWithProteins.html>`_. + ]]> + </help> +</tool> \ No newline at end of file |
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