Repository 'hyphy_slac'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/hyphy_slac

Changeset 17:dc9e52b2d0e1 (2020-10-30)
Previous changeset 16:d6f4ff2aed07 (2020-09-18) Next changeset 18:b0b16acfcbe3 (2020-11-19)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/hyphy/ commit f6cabbd9eb2eea9f5d44fe9836cc5f6d6087a839"
modified:
hyphy_slac.xml
macros.xml
test-data/slac-out1.json
b
diff -r d6f4ff2aed07 -r dc9e52b2d0e1 hyphy_slac.xml
--- a/hyphy_slac.xml Fri Sep 18 21:08:45 2020 +0000
+++ b/hyphy_slac.xml Fri Oct 30 16:28:57 2020 +0000
b
@@ -1,5 +1,5 @@
 <?xml version="1.0"?>
-<tool id="hyphy_slac" name="HyPhy-SLAC" version="@VERSION@+galaxy0">
+<tool id="hyphy_slac" name="HyPhy-SLAC" version="@VERSION@+galaxy0" profile="19.09">
     <description>Single Likelihood Ancestor Counting</description>
     <macros>
         <import>macros.xml</import>
b
diff -r d6f4ff2aed07 -r dc9e52b2d0e1 macros.xml
--- a/macros.xml Fri Sep 18 21:08:45 2020 +0000
+++ b/macros.xml Fri Oct 30 16:28:57 2020 +0000
[
@@ -107,14 +107,14 @@
             <yield/>
         </citations>
     </xml>
-    <token name="@VERSION@">2.5.17</token>
+    <token name="@VERSION@">2.5.21</token>
     <xml name="requirements">
         <requirements>
             <requirement type="package" version="@VERSION@">hyphy</requirement>
             <yield/>
         </requirements>
     </xml>
-    <token name="@HYPHYMPI@">\${GALAXY_MPIRUN:-mpirun -np \${GALAXY_SLOTS:-1}} HYPHYMPI</token>
+    <token name="@HYPHYMPI@">\${GALAXY_MPIRUN:-mpirun -mca orte_tmpdir_base "\${TMPDIR:-.}" -np \${GALAXY_SLOTS:-1}} HYPHYMPI</token>
     <token name="@CATCH_MPIERR@"><![CDATA[
         EC=\$? ;
         if [ \$EC -ne 0 ] ; then
b
diff -r d6f4ff2aed07 -r dc9e52b2d0e1 test-data/slac-out1.json
--- a/test-data/slac-out1.json Fri Sep 18 21:08:45 2020 +0000
+++ b/test-data/slac-out1.json Fri Oct 30 16:28:57 2020 +0000
[
b'@@ -1,876 +1,28 @@\n {\n- "analysis":{\n-   "info":"SLAC (Single Likelihood Ancestor Counting)\\n    uses a maximum likelihood ancestral state reconstruction\\n    and minimum path substitution counting to estimate site - level\\n    dS and dN,\\n    and applies a simple binomial - based test to test\\n    if dS differs drom dN.\\n    The estimates aggregate information over all branches,\\n    so the signal is derived from\\n    pervasive diversification or conservation. A subset of branches can be selected\\n    for testing as well.\\n    Multiple partitions within a NEXUS file are also supported\\n    for recombination - aware analysis.\\n    ",\n-   "version":"2.00",\n-   "citation":"Not So Different After All: A Comparison of Methods for Detecting Amino Acid Sites Under Selection (2005). _Mol Biol Evol_ 22 (5): 1208-1222",\n-   "authors":"Sergei L Kosakovsky Pond and Simon DW Frost",\n-   "contact":"spond@temple.edu",\n-   "requirements":"in-frame codon alignment and a phylogenetic tree"\n-  },\n- "fits":{\n-   "Nucleotide GTR":{\n-     "Log Likelihood":-3531.963798530155,\n-     "estimated parameters":24,\n-     "AIC-c":7112.142458295762,\n-     "Equilibrium frequencies":[\n-      [0.3563279857397504],\n-      [0.1837789661319073],\n-      [0.2402852049910873],\n-      [0.2196078431372549]\n-      ],\n-     "Rate Distributions":{\n-       "Substitution rate from nucleotide A to nucleotide C":0.5474490057204714,\n-       "Substitution rate from nucleotide A to nucleotide G":1,\n-       "Substitution rate from nucleotide A to nucleotide T":0.2645352969683238,\n-       "Substitution rate from nucleotide C to nucleotide G":0.4863078374555331,\n-       "Substitution rate from nucleotide C to nucleotide T":1.018028772244997,\n-       "Substitution rate from nucleotide G to nucleotide T":0.3025951149895378\n-      },\n-     "display order":0\n-    },\n-   "Global MG94xREV":{\n-     "Log Likelihood":-3466.724829119623,\n-     "estimated parameters":31,\n-     "AIC-c":6996.52909240682,\n-     "Equilibrium frequencies":[\n-      [0.04785168648208005],\n-      [0.03911346079312019],\n-      [0.04842054060317301],\n-      [0.04069665666515385],\n-      [0.01817010744778396],\n-      [0.01485205303123071],\n-      [0.01838611113045968],\n-      [0.01545321970309948],\n-      [0.0190138898893362],\n-      [0.01554175184587827],\n-      [0.01923992433904378],\n-      [0.01617083546230154],\n-      [0.02796925133965702],\n-      [0.02286176927319543],\n-      [0.02830174586718859],\n-      [0.02378714529482007],\n-      [0.01687870337957799],\n-      [0.01379647304851128],\n-      [0.01707935503225849],\n-      [0.01435491300079667],\n-      [0.006409133648843443],\n-      [0.005238757839512795],\n-      [0.006485324528555602],\n-      [0.005450807083377185],\n-      [0.006706760641638982],\n-      [0.005482034985409045],\n-      [0.006786489669196017],\n-      [0.005703931360295163],\n-      [0.009865581170012171],\n-      [0.008064021368173151],\n-      [0.009982861811889655],\n-      [0.008390428826966174],\n-      [0.03287895020631181],\n-      [0.02687490503171972],\n-      [0.033269810543681],\n-      [0.0279627207822247],\n-      [0.01248470225271473],\n-      [0.01020486315060615],\n-      [0.01263311863778268],\n-      [0.01061792547971484],\n-      [0.01306446616325414],\n-      [0.01067875601941112],\n-      [0.01321977470017749],\n-      [0.01111100011404158],\n-      [0.01921770557551369],\n-      [0.01570834862514353],\n-      [0.01944616295744266],\n-      [0.01634417558076203],\n-      [0.01975257768318274],\n-      [0.02055210293142003],\n-      [0.009176034326710849],\n-      [0.007500393094996483],\n-      [0.00928511773266342],\n-      [0.007803986567571961],\n-      [0.00784869593340758],\n-      [0.009716299514778986],\n-      [0.008166387662818644],\n-      [0.01412467213650941],\n-      [0.01154535713247913],\n-      [0.01429258425298098],\n-      [0.01201267864744234]\n-      ],\n-     "Rate Distributions":{\n-       "non-synonymous/synonymous rate ratio for *test*":[\n-        [0.9952474740528205, 1]\n-        ]\n-      }'..b'0, 0, 0.1387249812240129, 0, 0, 0, 1, 1, 1.725289655759397],\n+      [0.6659596192381536, 2.256767693355746, 2.5, 6, 0.2284450217013008, 3.443359136114996, 2.639155331188279, -0.367350344747201, 0.7673619164483392, 0.5300792745888832, 1.725289655759397],\n+      [1, 2, 0, 1, 0.3333333333333333, 0, 0.4999999999999999, 0.2898064092199763, 0.6666666666666667, 1, 1.725289655759397],\n+      [0.459387925258634, 2.540612074741366, 1, 2, 0.1531293084195447, 2.176809500243183, 0.7872118769661439, -0.8054285949250646, 0.9368355759475115, 0.3926328355868177, 1.725289655759397],\n+      [0.68260572574677, 2.182710391950513, 0, 5.416666666666666, 0.238230511995077, 0, 2.477393204043783, 1.327736424808056, 0.2565180128752361, 1, 1.725289655759397],\n+      [0.6209312921230391, 2.230235398735714, 1, 2, 0.2177814766543932, 1.610484143230854, 0.8967663239197839, -0.4136799968217064, 0.8783719010971742, 0.5213872231511146, 1.725289655759397],\n+      [0.7803173801516352, 2.212772241130693, 1, 5, 0.2603123363353145, 1.31349237295003, 2.302026965721967, 0.5631982273065281, 0.5099524183271413, 0.8358889331635316, 1.725289655759397],\n+      [0.5250516553536253, 2.45302813924145, 1, 6, 0.1763054355717879, 1.930849168777699, 2.513667229467984, 0.5454049260406475, 0.5662130073449929, 0.777561508830334, 1.725289655759397],\n+      [0.203181127576837, 2.790309709539656, 1, 6, 0.06787431084056803, 4.92171695238688, 2.150298936167153, -1.606349407456378, 0.9230321845151072, 0.3886057635842186, 1.725289655759397],\n+      [0.7145233834068655, 2.170085079520931, 1, 3, 0.2477020339466259, 1.399534323470248, 1.382434277951112, -0.00991140557879785, 0.7421530662286839, 0.6796980736658556, 1.725289655759397],\n+      [0.8025307113169092, 2.197469288683092, 1, 6, 0.2675102371056363, 1.246058232910557, 2.730413585709635, 0.860351389602304, 0.4023716041625731, 0.8868613698058293, 1.725289655759397],\n+      [0.886960160336796, 2.113039839663204, 1, 4, 0.295653386778932, 1.127446355223306, 1.867415205641442, 0.4068397961730323, 0.5572071130808076, 0.8144379212000086, 1.725289655759397],\n+      [0.5840734718676881, 2.415926528132312, 2.5, 5.5, 0.1946911572892293, 4.175355120340121, 2.27655929762562, -0.9098022780654729, 0.8340495404636969, 0.3957525961476541, 1.725289655759397],\n+      [0.5268550139960962, 2.205618688973626, 0, 0, 0.1928124737023075, 0, 0, 0, 1, 1, 1.725289655759397],\n+      [1, 1.954150177116668, 1, 3, 0.3385068260057204, 0.9999999999999998, 1.535194190871489, 0.3102054133837139, 0.5833958240116991, 0.8085296778030449, 1.725289655759397],\n+      [0.7013114701420603, 2.186058834646364, 0, 2, 0.2428893408576666, 0, 0.9148884596802435, 0.530281078673453, 0.5732165501869386, 1, 1.725289655759397],\n+      [0.6103766338418385, 2.230395005807139, 1, 2, 0.2148629707938298, 1.638332702393587, 0.8967021513197104, -0.4298585739491048, 0.8813404805118064, 0.5160100083098675, 1.725289655759397],\n+      [1, 2, 0, 0, 0.3333333333333333, 0, 0, 0, 1, 1, 1.725289655759397],\n+      [1.416174943672039, 1.583825056327961, 0, 0, 0.4720583145573463, 0, 0, 0, 1, 1, 1.725289655759397],\n+      [0.566048512190645, 2.41804757094315, 2, 3, 0.1896884337572, 3.533266066295039, 1.240670380537576, -1.333516642795554, 0.9504034442939914, 0.2397204872545077, 1.725289655759397] \n+      ]\n+    }\n+  },\n+ "tested":{\n+   "0":{\n+     "Baboon":"test",\n+     "Cat":"test",\n+     "Chimp":"test",\n+     "Cow":"test",\n+     "Horse":"test",\n+     "Human":"test",\n+     "Mouse":"test",\n+     "Node1":"test",\n+     "Node12":"test",\n+     "Node2":"test",\n+     "Node3":"test",\n+     "Node8":"test",\n+     "Node9":"test",\n+     "Pig":"test",\n+     "Rat":"test",\n+     "RhMonkey":"test"\n+    }\n+  },\n+ "timers":{\n+   "Ancestor sampling analysis":{\n+     "order":3,\n+     "timer":12\n+    },\n+   "Model fitting":{\n+     "order":1,\n+     "timer":1\n+    },\n+   "Primary SLAC analysis":{\n+     "order":2,\n+     "timer":1\n+    },\n+   "Total time":{\n+     "order":0,\n+     "timer":14\n+    }\n   }\n }\n\\ No newline at end of file\n'