Repository 'samtools_mpileup'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/devteam/samtools_mpileup

Changeset 4:c6fdfe3331d6 (2015-04-21)
Previous changeset 3:973fea5b4bdf (2014-03-27) Next changeset 5:aa0ef6f0ee89 (2015-05-08)
Commit message:
Uploaded
modified:
samtools_mpileup.xml
tool_dependencies.xml
added:
macros.xml
test-data/phiX.bam
test-data/phiX_1.bam
test-data/samtools_mpileup_in_1.bam
test-data/samtools_mpileup_out_1.log
test-data/samtools_mpileup_out_1.pileup
test-data/samtools_mpileup_out_2.log
test-data/samtools_mpileup_out_2.vcf
test-data/samtools_mpileup_out_3.log
test-data/samtools_mpileup_out_4.log
test-data/samtools_mpileup_out_4.vcf
removed:
samtools_wrapper.py
test-data/gatk/gatk_table_recalibration/gatk_table_recalibration_out_1.bam
b
diff -r 973fea5b4bdf -r c6fdfe3331d6 macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml Tue Apr 21 16:29:10 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,70 @@
+<macros>
+    <xml name="requirements">
+        <requirements>
+            <requirement type="package" version="1.2">samtools</requirement>
+            <yield/>
+        </requirements>
+    </xml>
+    <xml name="citations">
+        <citations>
+            <citation type="bibtex">
+                @misc{SAM_def,
+                title={Definition of SAM/BAM format},
+                url = {https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf},}
+            </citation>
+            <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btp352</citation>
+            <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btr076</citation>
+            <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btr509</citation>
+            <citation type="bibtex">
+                @misc{Danecek_et_al,
+                Author={Danecek, P., Schiffels, S., Durbin, R.},
+                title={Multiallelic calling model in bcftools (-m)},
+                url = {http://samtools.github.io/bcftools/call-m.pdf},}
+            </citation>
+            <citation type="bibtex">
+                @misc{Durbin_VCQC,
+                Author={Durbin, R.},
+                title={Segregation based metric for variant call QC},
+                url = {http://samtools.github.io/bcftools/rd-SegBias.pdf},}
+            </citation>
+            <citation type="bibtex">
+                @misc{Li_SamMath,
+                Author={Li, H.},
+                title={Mathematical Notes on SAMtools Algorithms},
+                url = {http://www.broadinstitute.org/gatk/media/docs/Samtools.pdf},}
+            </citation>
+            <citation type="bibtex">
+                @misc{SamTools_github,
+                title={SAMTools GitHub page},
+                url = {https://github.com/samtools/samtools},}
+            </citation>
+        </citations>
+    </xml>
+    <xml name="version_command">
+        <version_command>samtools --version | head -n 1 | awk '{ print $2 }'</version_command>
+    </xml>
+    <xml name="stdio">
+        <stdio>
+            <exit_code range="1:" level="fatal" description="Error" />
+        </stdio>
+    </xml>
+    <token name="@no-chrom-options@">
+-----
+
+.. class:: warningmark
+
+**No options available? How to re-detect metadata**
+
+If you see a &quot;No options available&quot; within the &quot;**Select references (chromosomes and contigs) you would like to restrict bam to**&quot; drop down, you need to re-detect metadata for the dataset you are trying to process. To do this follow these steps:
+
+1. Click on the **pencil** icon adjacent to the dataset in the history
+2. A new menu will appear in the center pane of the interface
+3. Click **Datatype** tab
+4. Set **New Type** to **BAM**
+5. Click **Save**
+
+The medatada will be re-detected and you will be able to see the list of reference sequences in the &quot;**Select references (chromosomes and contigs) you would like to restrict bam to**&quot; drop-down.
+
+    </token>
+
+</macros>
b
diff -r 973fea5b4bdf -r c6fdfe3331d6 samtools_mpileup.xml
--- a/samtools_mpileup.xml Thu Mar 27 15:27:36 2014 -0400
+++ b/samtools_mpileup.xml Tue Apr 21 16:29:10 2015 -0400
[
b'@@ -1,213 +1,371 @@\n-<tool id="samtools_mpileup" name="MPileup" version="0.0.3">\n-  <description>SNP and indel caller</description>\n-  <requirements>\n-      <requirement type="package" version="0.1.19">samtools</requirement>\n-  </requirements>\n-  <command interpreter="python">samtools_wrapper.py\n-    -p \'samtools mpileup\'\n-    --stdout "${output_log}"\n+<tool id="samtools_mpileup" name="MPileup" version="2.0">\n+    <description>call variants</description>\n+    <macros>\n+        <import>macros.xml</import>\n+    </macros>\n+    <expand macro="requirements" />\n+    <expand macro="stdio" />\n+    <expand macro="version_command" />\n+    <command>\n+    <![CDATA[\n+    #if $reference_source.reference_source_selector == "history":\n+       ln -s "${reference_source.ref_file}" && samtools faidx `basename "${reference_source.ref_file}"` && samtools mpileup\n+    #else:\n+        samtools mpileup\n+    #end if\n     #if $reference_source.reference_source_selector != "history":\n-        -p \'-f "${reference_source.ref_file.fields.path}"\'\n+        -f "${reference_source.ref_file.fields.path}"\n     #else:\n-        -d "-f" "${reference_source.ref_file}" "fa" "reference_input"\n+        -f "${reference_source.ref_file}"\n     #end if\n     #for $i, $input_bam in enumerate( $reference_source.input_bams ):\n-        -d " " "${input_bam.input_bam}" "${input_bam.input_bam.ext}" "bam_input_${i}"\n-        -d "" "${input_bam.input_bam.metadata.bam_index}" "bam_index" "bam_input_${i}" ##hardcode galaxy ext type as bam_index\n+        "${input_bam.input_bam}"\n     #end for\n-    -p \'\n     #if str( $advanced_options.advanced_options_selector ) == "advanced":\n-        ${advanced_options.skip_anomalous_read_pairs}\n+        #if str( $advanced_options.filter_by_flags.filter_flags ) == "filter":\n+            #if $advanced_options.filter_by_flags.require_flags:\n+                --rf ${sum([int(flag) for flag in str($advanced_options.filter_by_flags.require_flags).split(\',\')])}\n+            #end if\n+            #if $advanced_options.filter_by_flags.exclude_flags:\n+                --ff ${sum([int(flag) for flag in str($advanced_options.filter_by_flags.exclude_flags).split(\',\')])}\n+            #end if\n+        #end if\n+        #if str( $advanced_options.limit_by_region.limit_by_regions ) == "paste":\n+            -l "$pasted_regions"\n+        #elif str( $advanced_options.limit_by_region.limit_by_regions ) == "history"\n+            -l "$bed_regions"\n+        #end if\n+        #if str( $advanced_options.exclude_read_group.exclude_read_groups ) == "paste":\n+            -G "$excluded_read_groups"\n+        #elif str( $advanced_options.exclude_read_group.exclude_read_groups ) == "history"\n+            -G "$read_groups"\n+        #end if\n+            ${advanced_options.skip_anomalous_read_pairs}\n         ${advanced_options.disable_probabilistic_realignment}\n         -C "${advanced_options.coefficient_for_downgrading}"\n         -d "${advanced_options.max_reads_per_bam}"\n         ${advanced_options.extended_BAQ_computation}\n-        #if str( $advanced_options.position_list ) != \'None\':\n-          -l "${advanced_options.position_list}"\n-        #end if\n         -q "${advanced_options.minimum_mapping_quality}"\n         -Q "${advanced_options.minimum_base_quality}"\n         #if str( $advanced_options.region_string ):\n             -r "${advanced_options.region_string}"\n         #end if\n-        ${advanced_options.output_per_sample_read_depth}\n-        ${advanced_options.output_per_sample_strand_bias_p_value}\n+        \n     #end if\n     #if str( $genotype_likelihood_computation_type.genotype_likelihood_computation_type_selector ) == \'perform_genotype_likelihood_computation\':\n-        ##-g or -u\n-        -g\n-        -e "${genotype_likelihood_computation_type.gap_extension_sequencing_error_probability}"\n-        -h "${genotype_likelihood_computation_type.coefficient_for_modeling_homopolymer_errors}"\n+        ##\n+\n+        ${genotype_likelihood_computation_type.output_format}\n+        ${genotype'..b'scaled probability q of being generated from the mapped position, the new mapping quality is about sqrt((INT-q)/INT)*INT. A zero value disables this functionality; if enabled, the recommended value for BWA is 50. [0]\n- -d INT \tAt a position, read maximally INT reads per input BAM. [250]\n- -E \tExtended BAQ computation. This option helps sensitivity especially for MNPs, but may hurt specificity a little bit.\n- -f FILE \tThe faidx-indexed reference file in the FASTA format. The file can be optionally compressed by razip. [null]\n- -l FILE \tBED or position list file containing a list of regions or sites where pileup or BCF should be generated [null]\n- -q INT \tMinimum mapping quality for an alignment to be used [0]\n- -Q INT \tMinimum base quality for a base to be considered [13]\n- -r STR \tOnly generate pileup in region STR [all sites]\n- Output Options:\n- \t\n- -D \tOutput per-sample read depth\n- -g \tCompute genotype likelihoods and output them in the binary call format (BCF).\n- -S \tOutput per-sample Phred-scaled strand bias P-value\n- -u \tSimilar to -g except that the output is uncompressed BCF, which is preferred for piping.\n- \n- Options for Genotype Likelihood Computation (for -g or -u):\n-  \t\n- -e INT \tPhred-scaled gap extension sequencing error probability. Reducing INT leads to longer indels. [20]\n- -h INT \tCoefficient for modeling homopolymer errors. Given an l-long homopolymer run, the sequencing error of an indel of size s is modeled as INT*s/l. [100]\n- -I \tDo not perform INDEL calling\n- -L INT \tSkip INDEL calling if the average per-sample depth is above INT. [250]\n- -o INT \tPhred-scaled gap open sequencing error probability. Reducing INT leads to more indel calls. [40]\n- -P STR \tComma dilimited list of platforms (determined by @RG-PL) from which indel candidates are obtained. It is recommended to collect indel candidates from sequencing technologies that have low indel error rate such as ILLUMINA. [all]\n+  -e, --ext-prob INT      Phred-scaled gap extension seq error probability [20]\n+  -F, --gap-frac FLOAT    minimum fraction of gapped reads [0.002]\n+  -h, --tandem-qual INT   coefficient for homopolymer errors [100]\n+  -I, --skip-indels       do not perform indel calling\n+  -L, --max-idepth INT    maximum per-sample depth for INDEL calling [250]\n+  -m, --min-ireads INT    minimum number gapped reads for indel candidates [1]\n+  -o, --open-prob INT     Phred-scaled gap open seq error probability [40]\n+  -p, --per-sample-mF     apply -m and -F per-sample for increased sensitivity\n+  -P, --platforms STR     comma separated list of platforms for indels [all]\n \n-------\n-\n-**Citation**\n-\n-For the underlying tool, please cite `Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, Marth G, Abecasis G, Durbin R; 1000 Genome Project Data Processing Subgroup. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. Bioinformatics. 2009 Aug 15;25(16):2078-9. &lt;http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19505943&gt;`_\n-\n-If you use this tool in Galaxy, please cite Blankenberg D, et al. *In preparation.*\n-\n-  </help>\n+**Notes**: Assuming diploid individuals.\n+]]>\n+    </help>\n+    <configfiles>\n+        <configfile name="excluded_read_groups">\n+<![CDATA[\n+#set pasted_data = \'\'\n+#if str( $advanced_options.advanced_options_selector ) == "advanced":\n+    #if str( $advanced_options.exclude_read_group.exclude_read_groups ) == "paste":\n+        #set pasted_data = \'\\t\'.join( str( $advanced_options.exclude_read_group[\'read_groups\'] ).split() )\n+    #end if\n+#end if\n+${pasted_data}\n+]]>\n+        </configfile>\n+        <configfile name="pasted_regions">\n+<![CDATA[\n+#set pasted_data = \'\'\n+#if str( $advanced_options.advanced_options_selector ) == "advanced":\n+    #if str( $advanced_options.limit_by_region.limit_by_regions ) == "paste":\n+        #set pasted_data = \'\\t\'.join( str( $advanced_options.limit_by_region[\'region_paste\'] ).split() )\n+    #end if\n+#end if\n+${pasted_data}\n+]]>\n+        </configfile>\n+    </configfiles>\n+    <expand macro="citations" />\n </tool>\n'
b
diff -r 973fea5b4bdf -r c6fdfe3331d6 samtools_wrapper.py
--- a/samtools_wrapper.py Thu Mar 27 15:27:36 2014 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
@@ -1,110 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-#Dan Blankenberg
-
-"""
-A wrapper script for running SAMTools commands.
-"""
-
-import sys, optparse, os, tempfile, subprocess, shutil
-from string import Template
-
-GALAXY_EXT_TO_SAMTOOLS_EXT = { 'bam_index':'bam.bai', } #items not listed here will use the galaxy extension as-is
-GALAXY_EXT_TO_SAMTOOLS_FILE_TYPE = GALAXY_EXT_TO_SAMTOOLS_EXT #for now, these are the same, but could be different if needed
-DEFAULT_SAMTOOLS_PREFIX = "SAMTools_file"
-CHUNK_SIZE = 2**20 #1mb
-
-
-def cleanup_before_exit( tmp_dir ):
-    if tmp_dir and os.path.exists( tmp_dir ):
-        shutil.rmtree( tmp_dir )
-
-def SAMTOOLS_filename_from_galaxy( galaxy_filename, galaxy_ext, target_dir = None, prefix = None ):
-    suffix = GALAXY_EXT_TO_SAMTOOLS_EXT.get( galaxy_ext, galaxy_ext )
-    if prefix is None:
-        prefix = DEFAULT_SAMTOOLS_PREFIX
-    if target_dir is None:
-        target_dir = os.getcwd()
-    SAMTools_filename = os.path.join( target_dir, "%s.%s" % ( prefix, suffix ) )
-    os.symlink( galaxy_filename, SAMTools_filename )
-    return SAMTools_filename
-
-def SAMTOOLS_filetype_argument_substitution( argument, galaxy_ext ):
-    return argument % dict( file_type = GALAXY_EXT_TO_SAMTOOLS_FILE_TYPE.get( galaxy_ext, galaxy_ext ) )
-
-def open_file_from_option( filename, mode = 'rb' ):
-    if filename:
-        return open( filename, mode = mode )
-    return None
-
-def html_report_from_directory( html_out, dir ):
-    html_out.write( '<html>\n<head>\n<title>Galaxy - SAMTOOLS Output</title>\n</head>\n<body>\n<p/>\n<ul>\n' )
-    for fname in sorted( os.listdir( dir ) ):
-        html_out.write(  '<li><a href="%s">%s</a></li>\n' % ( fname, fname ) )
-    html_out.write( '</ul>\n</body>\n</html>\n' )
-
-def __main__():
-    #Parse Command Line
-    parser = optparse.OptionParser()
-    parser.add_option( '-p', '--pass_through', dest='pass_through_options', action='append', type="string", help='These options are passed through directly to SAMTOOLS, without any modification.' )
-    parser.add_option( '-d', '--dataset', dest='datasets', action='append', type="string", nargs=4, help='"-argument" "original_filename" "galaxy_filetype" "name_prefix"' )
-    parser.add_option( '', '--stdout', dest='stdout', action='store', type="string", default=None, help='If specified, the output of stdout will be written to this file.' )
-    parser.add_option( '', '--stderr', dest='stderr', action='store', type="string", default=None, help='If specified, the output of stderr will be written to this file.' )
-    parser.add_option( '', '--html_report_from_directory', dest='html_report_from_directory', action='append', type="string", nargs=2, help='"Target HTML File" "Directory"')
-    (options, args) = parser.parse_args()
-    
-    tmp_dir = tempfile.mkdtemp( prefix='tmp-SAMTOOLS-' )
-    
-    #set up stdout and stderr output options
-    stdout = open_file_from_option( options.stdout, mode = 'wb' )
-    stderr = open_file_from_option( options.stderr, mode = 'wb' )
-    #if no stderr file is specified, we'll use our own
-    if stderr is None:
-        stderr = tempfile.NamedTemporaryFile( prefix="SAMTOOLS-stderr-", dir=tmp_dir )
-    
-    if options.pass_through_options:
-        cmd = ' '.join( options.pass_through_options )
-    else:
-        cmd = ''
-    return_code = None
-    if options.datasets:
-        for ( dataset_arg, filename, galaxy_ext, prefix ) in options.datasets:
-            SAMTools_filename = SAMTOOLS_filename_from_galaxy( filename, galaxy_ext, target_dir = tmp_dir, prefix = prefix )
-            if dataset_arg:
-                if '>' in cmd:
-                    cmd = cmd.replace( '>', '  %s "%s" >' % ( SAMTOOLS_filetype_argument_substitution( dataset_arg, galaxy_ext ), SAMTools_filename ), 1 )
-                else:
-                    cmd = '%s %s "%s"' % ( cmd, SAMTOOLS_filetype_argument_substitution( dataset_arg, galaxy_ext ), SAMTools_filename )
-            #auto index fasta files:
-            if galaxy_ext == 'fa':
-                index_cmd = 'samtools faidx %s' % ( SAMTools_filename )
-                proc = subprocess.Popen( args=index_cmd, stdout=stdout, stderr=stderr, shell=True, cwd=tmp_dir )
-                return_code = proc.wait()
-                if return_code:
-                    break
-    if return_code is None or not return_code:
-        proc = subprocess.Popen( args=cmd, stdout=stdout, stderr=stderr, shell=True, cwd=tmp_dir )
-        return_code = proc.wait()
-    if return_code:
-        stderr_target = sys.stderr
-    else:
-        if stdout:
-            stderr_target = stdout
-        else:
-            stderr_target = sys.stdout
-    stderr.flush()
-    stderr.seek(0)
-    while True:
-        chunk = stderr.read( CHUNK_SIZE )
-        if chunk:
-            stderr_target.write( chunk )
-        else:
-            break
-    stderr.close()
-    #generate html reports
-    if options.html_report_from_directory:
-        for ( html_filename, html_dir ) in options.html_report_from_directory:
-            html_report_from_directory( open( html_filename, 'wb' ), html_dir )
-    
-    cleanup_before_exit( tmp_dir )
-
-if __name__=="__main__": __main__()
b
diff -r 973fea5b4bdf -r c6fdfe3331d6 test-data/gatk/gatk_table_recalibration/gatk_table_recalibration_out_1.bam
b
Binary file test-data/gatk/gatk_table_recalibration/gatk_table_recalibration_out_1.bam has changed
b
diff -r 973fea5b4bdf -r c6fdfe3331d6 test-data/phiX.bam
b
Binary file test-data/phiX.bam has changed
b
diff -r 973fea5b4bdf -r c6fdfe3331d6 test-data/phiX_1.bam
b
Binary file test-data/phiX_1.bam has changed
b
diff -r 973fea5b4bdf -r c6fdfe3331d6 test-data/samtools_mpileup_in_1.bam
b
Binary file test-data/samtools_mpileup_in_1.bam has changed
b
diff -r 973fea5b4bdf -r c6fdfe3331d6 test-data/samtools_mpileup_out_1.log
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/samtools_mpileup_out_1.log Tue Apr 21 16:29:10 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,3 @@
+[fai_load] build FASTA index.
+[mpileup] 1 samples in 1 input files
+<mpileup> Set max per-file depth to 8000
b
diff -r 973fea5b4bdf -r c6fdfe3331d6 test-data/samtools_mpileup_out_1.pileup
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/samtools_mpileup_out_1.pileup Tue Apr 21 16:29:10 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,43 @@
+phiX174 1411 A 0 1
+phiX174 1412 G 0 2,1,1
+phiX174 1413 C 0 3,2,2,1,1
+phiX174 1414 G 0 4,3,3,2,2,1
+phiX174 1415 C 0 5,4,4,3,3,2,1
+phiX174 1416 C 0 6,5,5,4,4,3,2,1
+phiX174 1417 G 0 7,6,6,5,5,4,3,2,1
+phiX174 1418 T 0 8,7,7,6,6,5,4,3,2,1
+phiX174 1419 G 0 9,8,8,7,7,6,5,4,3,2
+phiX174 1420 G 0 10,9,9,8,8,7,6,5,4,3
+phiX174 1421 A 0 11,10,10,9,9,8,7,6,5,4
+phiX174 1422 T 0 12,11,11,10,10,9,8,7,6,5
+phiX174 1423 G 0 13,12,12,11,11,10,9,8,7,6
+phiX174 1424 C 0 14,13,13,12,12,11,10,9,8,7
+phiX174 1425 C 0 15,14,14,13,13,12,11,10,9,8
+phiX174 1426 T 0 16,15,15,14,14,13,12,11,10,9
+phiX174 1427 G 0 17,16,16,15,15,14,13,12,11,10
+phiX174 1428 A 0 18,17,17,16,16,15,14,13,12,11
+phiX174 1429 C 0 19,18,18,17,17,16,15,14,13,12
+phiX174 1430 C 0 20,19,19,18,18,17,16,15,14,13
+phiX174 1431 G 0 21,20,20,19,19,18,17,16,15,14
+phiX174 1432 T 0 22,21,21,20,20,19,18,17,16,15
+phiX174 1433 A 0 23,22,22,21,21,20,19,18,17,16
+phiX174 1434 C 0 24,23,23,22,22,21,20,19,18,17
+phiX174 1435 C 0 25,24,24,23,23,22,21,20,19,18
+phiX174 1436 G 0 26,25,25,24,24,23,22,21,20,19
+phiX174 1437 A 0 27,26,26,25,25,24,23,22,21,20
+phiX174 1438 G 0 28,27,27,26,26,25,24,23,22,21
+phiX174 1439 G 0 29,28,28,27,27,26,25,24,23,22
+phiX174 1440 C 0 30,29,29,28,28,27,26,25,24,23
+phiX174 1441 T 0 31,30,30,29,29,28,27,26,25,24
+phiX174 1442 A 0 32,31,31,30,30,29,28,27,26,25
+phiX174 1443 A 0 33,32,32,31,31,30,29,28,27,26
+phiX174 1444 C 0 34,33,33,32,32,31,30,29,28,27
+phiX174 1445 C 0 34,33,34,32,33,32,31,30,29,28
+phiX174 1446 C 0 35,34,35,33,34,33,32,31,30,29
+phiX174 1447 T 0 36,35,36,34,35,34,33,32,31,30
+phiX174 1448 A 0 36,35,36,35,34,33,32,31
+phiX174 1449 A 0 36,36,35,34,33,32
+phiX174 1450 T 0 36,35,34,33
+phiX174 1451 G 0 36,35,34
+phiX174 1452 A 0 36,35
+phiX174 1453 G 0 36
b
diff -r 973fea5b4bdf -r c6fdfe3331d6 test-data/samtools_mpileup_out_2.log
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/samtools_mpileup_out_2.log Tue Apr 21 16:29:10 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,3 @@
+[fai_load] build FASTA index.
+[mpileup] 1 samples in 1 input files
+<mpileup> Set max per-file depth to 8000
b
diff -r 973fea5b4bdf -r c6fdfe3331d6 test-data/samtools_mpileup_out_2.vcf
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/samtools_mpileup_out_2.vcf Tue Apr 21 16:29:10 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,22 @@
+##fileformat=VCFv4.2
+##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
+##samtoolsVersion=1.1+htslib-1.1
+##samtoolsCommand=samtools mpileup --VCF --uncompressed -f /tmp/tmpId8vOP/tmp3bubIE/database/files/000/dataset_735.dat -g -e 20 -h 100 -L 250 -m 1 --open-prob 40 -F 0.002 -e 40 --output /tmp/tmpId8vOP/tmp3bubIE/database/files/000/dataset_736.dat /tmp/tmpId8vOP/tmp3bubIE/database/files/000/dataset_734.dat
+##reference=file:///tmp/tmpId8vOP/tmp3bubIE/database/files/000/dataset_735.dat
+##contig=<ID=phiX174,length=5386>
+##ALT=<ID=X,Description="Represents allele(s) other than observed.">
+##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL.">
+##INFO=<ID=IDV,Number=1,Type=Integer,Description="Maximum number of reads supporting an indel">
+##INFO=<ID=IMF,Number=1,Type=Float,Description="Maximum fraction of reads supporting an indel">
+##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Raw read depth">
+##INFO=<ID=VDB,Number=1,Type=Float,Description="Variant Distance Bias for filtering splice-site artefacts in RNA-seq data (bigger is better)",Version="3">
+##INFO=<ID=RPB,Number=1,Type=Float,Description="Mann-Whitney U test of Read Position Bias (bigger is better)">
+##INFO=<ID=MQB,Number=1,Type=Float,Description="Mann-Whitney U test of Mapping Quality Bias (bigger is better)">
+##INFO=<ID=BQB,Number=1,Type=Float,Description="Mann-Whitney U test of Base Quality Bias (bigger is better)">
+##INFO=<ID=MQSB,Number=1,Type=Float,Description="Mann-Whitney U test of Mapping Quality vs Strand Bias (bigger is better)">
+##INFO=<ID=SGB,Number=1,Type=Float,Description="Segregation based metric.">
+##INFO=<ID=MQ0F,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of MQ0 reads (smaller is better)">
+##INFO=<ID=I16,Number=16,Type=Float,Description="Auxiliary tag used for calling, see description of bcf_callret1_t in bam2bcf.h">
+##INFO=<ID=QS,Number=R,Type=Float,Description="Auxiliary tag used for calling">
+##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="List of Phred-scaled genotype likelihoods">
+#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT /tmp/tmpId8vOP/tmp3bubIE/database/files/000/dataset_734.dat
b
diff -r 973fea5b4bdf -r c6fdfe3331d6 test-data/samtools_mpileup_out_3.log
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/samtools_mpileup_out_3.log Tue Apr 21 16:29:10 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,2 @@
+[mpileup] 1 samples in 1 input files
+<mpileup> Set max per-file depth to 8000
b
diff -r 973fea5b4bdf -r c6fdfe3331d6 test-data/samtools_mpileup_out_4.log
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/samtools_mpileup_out_4.log Tue Apr 21 16:29:10 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,2 @@
+[mpileup] 1 samples in 1 input files
+<mpileup> Set max per-file depth to 8000
b
diff -r 973fea5b4bdf -r c6fdfe3331d6 test-data/samtools_mpileup_out_4.vcf
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/samtools_mpileup_out_4.vcf Tue Apr 21 16:29:10 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,22 @@
+##fileformat=VCFv4.2
+##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
+##samtoolsVersion=1.1+htslib-1.1
+##samtoolsCommand=samtools mpileup --VCF --uncompressed -f /var/galaxy/workspace/CleanGalaxy/tool-data/phiX/sam_indexes/phiX/phiX.fa -C 0 -d 200 -E -q 0 -Q 43 -g -e 20 -h 100 -L 250 -m 1 --open-prob 40 -F 0.002 -e 40 --output /tmp/tmp5TzrZC/tmpDtGVov/database/files/000/dataset_756.dat /tmp/tmp5TzrZC/tmpDtGVov/database/files/000/dataset_755.dat
+##reference=file:///var/galaxy/workspace/CleanGalaxy/tool-data/phiX/sam_indexes/phiX/phiX.fa
+##contig=<ID=phiX174,length=5386>
+##ALT=<ID=X,Description="Represents allele(s) other than observed.">
+##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL.">
+##INFO=<ID=IDV,Number=1,Type=Integer,Description="Maximum number of reads supporting an indel">
+##INFO=<ID=IMF,Number=1,Type=Float,Description="Maximum fraction of reads supporting an indel">
+##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Raw read depth">
+##INFO=<ID=VDB,Number=1,Type=Float,Description="Variant Distance Bias for filtering splice-site artefacts in RNA-seq data (bigger is better)",Version="3">
+##INFO=<ID=RPB,Number=1,Type=Float,Description="Mann-Whitney U test of Read Position Bias (bigger is better)">
+##INFO=<ID=MQB,Number=1,Type=Float,Description="Mann-Whitney U test of Mapping Quality Bias (bigger is better)">
+##INFO=<ID=BQB,Number=1,Type=Float,Description="Mann-Whitney U test of Base Quality Bias (bigger is better)">
+##INFO=<ID=MQSB,Number=1,Type=Float,Description="Mann-Whitney U test of Mapping Quality vs Strand Bias (bigger is better)">
+##INFO=<ID=SGB,Number=1,Type=Float,Description="Segregation based metric.">
+##INFO=<ID=MQ0F,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of MQ0 reads (smaller is better)">
+##INFO=<ID=I16,Number=16,Type=Float,Description="Auxiliary tag used for calling, see description of bcf_callret1_t in bam2bcf.h">
+##INFO=<ID=QS,Number=R,Type=Float,Description="Auxiliary tag used for calling">
+##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="List of Phred-scaled genotype likelihoods">
+#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT /tmp/tmp5TzrZC/tmpDtGVov/database/files/000/dataset_755.dat
b
diff -r 973fea5b4bdf -r c6fdfe3331d6 tool_dependencies.xml
--- a/tool_dependencies.xml Thu Mar 27 15:27:36 2014 -0400
+++ b/tool_dependencies.xml Tue Apr 21 16:29:10 2015 -0400
b
@@ -1,6 +1,6 @@
 <?xml version="1.0"?>
 <tool_dependency>
-    <package name="samtools" version="0.1.19">
-        <repository changeset_revision="1ef76f8d8e52" name="package_samtools_0_1_19" owner="devteam" toolshed="http://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
+    <package name="samtools" version="1.2">
+        <repository changeset_revision="6eea04363026" name="package_samtools_1_2" owner="iuc" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
     </package>
 </tool_dependency>