Repository 'bowtie2'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/devteam/bowtie2

Changeset 11:b4e9cf5f2ae8 (2017-01-03)
Previous changeset 10:a9d4f71dbfb0 (2016-03-22) Next changeset 12:781e3a3b9d31 (2017-01-08)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-devteam/tree/master/tools/bowtie2 commit d0e857ba2691ca15b6239890baf98dbe7bc3ccbd
modified:
bowtie2_wrapper.xml
b
diff -r a9d4f71dbfb0 -r b4e9cf5f2ae8 bowtie2_wrapper.xml
--- a/bowtie2_wrapper.xml Tue Mar 22 14:58:55 2016 -0400
+++ b/bowtie2_wrapper.xml Tue Jan 03 10:51:03 2017 -0500
[
b'@@ -1,22 +1,22 @@\n-<tool id="bowtie2" name="Bowtie2" version="2.2.6.2">\n+<tool id="bowtie2" name="Bowtie2" version="2.2.8">\n     <description>- map reads against reference genome</description>\n     <macros>\n         <import>read_group_macros.xml</import>\n     </macros>\n+    <requirements>\n+        <requirement type="package" version="2.2.8">bowtie2</requirement>\n+        <requirement type="package" version="1.3.1">samtools</requirement>\n+    </requirements>\n     <version_command>bowtie2 --version</version_command>\n-    <requirements>\n-        <requirement type="package" version="2.2.6">bowtie2</requirement>\n-        <requirement type="package" version="1.2">samtools</requirement>\n-    </requirements>\n-    <command>\n+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[\n         ## prepare bowtie2 index\n         #set index_path = \'\'\n         #if str($reference_genome.source) == "history":\n-            bowtie2-build "$reference_genome.own_file" genome &amp;&amp;\n-            ln -s "$reference_genome.own_file" genome.fa &amp;&amp;\n+            bowtie2-build --threads \\${GALAXY_SLOTS:-4} \'$reference_genome.own_file\' genome &&\n+            ln -s -f \'$reference_genome.own_file\' genome.fa &&\n             #set index_path = \'genome\'\n         #else:\n-            #set index_path = $reference_genome.index.fields.path\n+            #set index_path = \'$reference_genome.index.fields.path\'\n         #end if\n \n         ## execute bowtie2\n@@ -27,20 +27,20 @@\n         -p \\${GALAXY_SLOTS:-4}\n \n         ## index file path\n-        -x $index_path\n+        -x \'$index_path\'\n \n         ## Fastq inputs\n         #if str( $library.type ) == "single":\n-            -U "${library.input_1}"\n+            -U \'${library.input_1}\'\n             #if str( $library.unaligned_file ) == "true":\n-                --un $output_unaligned_reads_l\n+                --un \'$output_unaligned_reads_l\'\n             #end if\n             #if str( $library.aligned_file ) == "true":\n-                --al $output_aligned_reads_l\n+                --al \'$output_aligned_reads_l\'\n             #end if\n         #elif str( $library.type ) == "paired":\n-            -1 "${library.input_1}"\n-            -2 "${library.input_2}"\n+            -1 \'${library.input_1}\'\n+            -2 \'${library.input_2}\'\n             #if str( $library.paired_options.paired_options_selector ) == "yes":\n                 -I "${library.paired_options.I}"\n                 -X "${library.paired_options.X}"\n@@ -72,7 +72,7 @@\n                 ${library.paired_options.no_overlap}\n             #end if\n             #if str( $library.unaligned_file ) == "true":\n-                --un-conc $output_unaligned_reads_l\n+                --un-conc \'$output_unaligned_reads_l\'\n             #end if\n         #end if\n \n@@ -174,36 +174,31 @@\n \n         ## mapping stats (i.e. stderr from bowtie2)\n         #if $save_mapping_stats\n-\t  2&gt; "$mapping_stats"\n+            2> \'$mapping_stats\'\n         #end if\n \n         ## output file\n         #if ( str( $analysis_type.analysis_type_selector ) != "full" or str( $analysis_type.sam_opt ) != "true" ):\n-          | samtools view -Su - | samtools sort -o - - &gt; $output\n+            | samtools sort -O bam -o \'$output\'\n         #else\n-          &gt; $output_sam\n+            > \'$output_sam\'\n         #end if\n \n         ## rename unaligned sequence files\n         #if $library.type == "paired" and $output_unaligned_reads_l and $output_unaligned_reads_r:\n             #from os.path import splitext\n             #set _unaligned_root, _unaligned_ext = splitext( str( $output_unaligned_reads_l ) )\n-            &amp;&amp; mv "${ _unaligned_root }.1${_unaligned_ext}" "${ output_unaligned_reads_l }"\n-            &amp;&amp; mv "${ _unaligned_root }.2${_unaligned_ext}" "${ output_unaligned_reads_r }"\n+            && mv "${ _unaligned_root }.1${_unaligned_ext}" \'$output_unaligned_reads_l\'\n+            && mv "${ _unaligned_root }.2${_unaligned_ext}" \'$output_unaligned_reads_r\'\n         #end if\n         #if $library.type == "pa'..b're-seed" reads with\n+    -R <int>\n+            `<int>` is the maximum number of times Bowtie 2 will "re-seed" reads with\n             repetitive seeds. When "re-seeding," Bowtie 2 simply chooses a new set of reads\n             (same length, same number of mismatches allowed) at different offsets and\n             searches for more alignments.  A read is considered to have repetitive seeds if\n             the total number of seed hits divided by the number of seeds that aligned at\n             least once is greater than 300.  Default: 2.\n-                        \n+\n -----\n \n **Paired-end options**::\n \n-    -I/--minins &lt;int&gt;\n+    -I/--minins <int>\n             The minimum fragment length for valid paired-end alignments.  E.g. if `-I 60` is\n             specified and a paired-end alignment consists of two 20-bp alignments in the\n             appropriate orientation with a 20-bp gap between them, that alignment is\n@@ -944,9 +939,9 @@\n             For typical fragment length ranges (200 to 400 nucleotides), Bowtie 2 is very\n             efficient.\n \n-            Default: 0 (essentially imposing no minimum) \n+            Default: 0 (essentially imposing no minimum)\n \n-    -X/--maxins &lt;int&gt;\n+    -X/--maxins <int>\n             The maximum fragment length for valid paired-end alignments.  E.g. if `-X 100`\n             is specified and a paired-end alignment consists of two 20-bp alignments in the\n             proper orientation with a 60-bp gap between them, that alignment is considered\n@@ -998,19 +993,19 @@\n     --no-overlap\n             If one mate alignment overlaps the other at all, consider that to be\n             non-concordant.  Default: mates can overlap in a concordant alignment.\n-                                \n+\n ------\n \n **SAM options**::\n \n-    --rg-id &lt;text&gt;\n-            Set the read group ID to `&lt;text&gt;`.  This causes the SAM `@RG` header line to be\n-            printed, with `&lt;text&gt;` as the value associated with the `ID:` tag.  It also\n+    --rg-id <text>\n+            Set the read group ID to `<text>`.  This causes the SAM `@RG` header line to be\n+            printed, with `<text>` as the value associated with the `ID:` tag.  It also\n             causes the `RG:Z:` extra field to be attached to each SAM output record, with\n-            value set to `&lt;text&gt;`.\n+            value set to `<text>`.\n \n-    --rg &lt;text&gt;\n-            Add `&lt;text&gt;` (usually of the form `TAG:VAL`, e.g. `SM:Pool1`) as a field on the\n+    --rg <text>\n+            Add `<text>` (usually of the form `TAG:VAL`, e.g. `SM:Pool1`) as a field on the\n             `@RG` header line.  Note: in order for the `@RG` line to appear, `--rg-id`\n             must also be specified.  This is because the `ID` tag is required by the SAM\n             Specification.  Specify `--rg` multiple times to set multiple fields.  See the\n@@ -1020,7 +1015,7 @@\n             When printing secondary alignments, Bowtie 2 by default will write out the `SEQ`\n             and `QUAL` strings.  Specifying this option causes Bowtie 2 to print an asterix\n             in those fields instead.\n-            \n+\n -----\n \n **Other options**::\n@@ -1033,8 +1028,8 @@\n             not specified.  Has no effect if `-p` is set to 1, since output order will\n             naturally correspond to input order in that case.\n \n-    --seed &lt;int&gt;\n-            Use `&lt;int&gt;` as the seed for pseudo-random number generator.  Default: 0.\n+    --seed <int>\n+            Use `<int>` as the seed for pseudo-random number generator.  Default: 0.\n \n     --non-deterministic\n             Normally, Bowtie 2 re-initializes its pseudo-random generator for each read.  It\n@@ -1049,7 +1044,7 @@\n             but might be more appropriate in situations where the input consists of many\n             identical reads.\n \n-    </help>\n+    ]]></help>\n     <citations>\n     <citation type="doi">10.1186/gb-2009-10-3-r25</citation>\n     <citation type="doi">10.1038/nmeth.1923</citation>\n'