Repository 'ambertools_parmchk2'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/chemteam/ambertools_parmchk2

Changeset 4:dbfb86927de6 (2020-02-28)
Previous changeset 3:3549852f413f (2020-02-12) Next changeset 5:96b872138d3b (2020-04-07)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/ commit a68f9fb01e0cfff122aef8ddce5c866c687a4f9a"
modified:
macros.xml
added:
template_mmpbsa_mmgbsa.j2
test-data/1err_desolvated_mini.nc
test-data/complex.prmtop
test-data/ligand.prmtop
test-data/receptor.prmtop
b
diff -r 3549852f413f -r dbfb86927de6 macros.xml
--- a/macros.xml Wed Feb 12 06:28:05 2020 -0500
+++ b/macros.xml Fri Feb 28 03:47:10 2020 -0500
b
@@ -17,4 +17,7 @@
       <yield/>
     </citations>
   </xml>
+  <xml name="mmpbsa_citation">
+     <citation type="doi">10.1021/ct300418h</citation>
+  </xml>
 </macros>
b
diff -r 3549852f413f -r dbfb86927de6 template_mmpbsa_mmgbsa.j2
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/template_mmpbsa_mmgbsa.j2 Fri Feb 28 03:47:10 2020 -0500
b
@@ -0,0 +1,22 @@
+# Template for mmpbsa in Galaxy
+#  
+&general
+startframe={{ allparams.startframe }}, endframe={{ allparams.endframe }}, interval={{ allparams.interval }},
+verbose={{ allparams.verbose }}, keep_files={{ allparams.keep_files | int }}, strip_mask={{ allparams.strip_mask }}, use_sander={{ allparams.use_sander | int }}, entropy={{ allparams.entropy | int }}
+/
+{% if calcdetails.gbcalc.calctype == 'yes' %}
+&gb
+igb={{ calcdetails.gbcalc.igb }}, saltcon={{ calcdetails.gbcalc.saltcon }}
+/
+{% endif %}
+{% if calcdetails.pbcalc.calctype == 'yes' %}
+&pb
+istrng={{ calcdetails.pbcalc.istrng }}, fillratio={{ calcdetails.pbcalc.fillratio }}, inp={{ calcdetails.pbcalc.inp }},radiopt={{ calcdetails.pbcalc.radiopt }}
+/
+{% endif %}
+{% if calcdetails.decomposition.decomposition == 'yes' %}
+&decomp
+csv_format={{ calcdetails.decomposition.csv_format | int }}, dec_verbose={{ calcdetails.decomposition.dec_verbose }}, idecomp={{ calcdetails.decomposition.idecomp }}, 
+/
+{% endif %}
+
b
diff -r 3549852f413f -r dbfb86927de6 test-data/1err_desolvated_mini.nc
b
Binary file test-data/1err_desolvated_mini.nc has changed
b
diff -r 3549852f413f -r dbfb86927de6 test-data/complex.prmtop
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/complex.prmtop Fri Feb 28 03:47:10 2020 -0500
b
b'@@ -0,0 +1,19476 @@\n+%VERSION  VERSION_STAMP = V0001.000  DATE = 10/09/09  16:22:47                  \n+%FLAG TITLE                                                                     \n+%FORMAT(20a4)                                                                   \n+                                                                                \n+%FLAG POINTERS                                                                  \n+%FORMAT(10I8)                                                                   \n+    3941      15    1991    1991    4536    2694    8432    6711       0       0\n+   21774     241    1991    2694    6711      59     119      51      42       0\n+       0       0       0       0       0       0       0       0      61       0\n+       0\n+%FLAG ATOM_NAME                                                                 \n+%FORMAT(20a4)                                                                   \n+N   H1  H2  H3  CA  HA  CB  HB1 HB2 HB3 C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  \n+HG  CD1 HD11HD12HD13CD2 HD21HD22HD23C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 OG  HG  \n+C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG  CD1 HD11HD12HD13CD2 HD21HD22HD23C   \n+O   N   H   CA  HA  CB  HB  CG2 HG21HG22HG23OG1 HG1 C   O   N   H   CA  HA  CB  \n+HB1 HB2 HB3 C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  OD1 OD2 C   O   N   H   CA  \n+HA  CB  HB2 HB3 CG  HG2 HG3 CD  OE1 NE2 HE21HE22C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 \n+HB3 CG  HG2 HG3 SD  CE  HE1 HE2 HE3 C   O   N   H   CA  HA  CB  HB  CG1 HG11HG12\n+HG13CG2 HG21HG22HG23C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 OG  HG  C   O   N   H   \n+CA  HA  CB  HB1 HB2 HB3 C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG  CD1 HD11HD12\n+HD13CD2 HD21HD22HD23C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG  CD1 HD11HD12HD13\n+CD2 HD21HD22HD23C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  OD1 OD2 C   O   N   H   \n+CA  HA  CB  HB1 HB2 HB3 C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG2 HG3 CD  OE1 \n+OE2 C   O   N   CD  HD2 HD3 CG  HG2 HG3 CB  HB2 HB3 CA  HA  C   O   N   CD  HD2 \n+HD3 CG  HG2 HG3 CB  HB2 HB3 CA  HA  C   O   N   H   CA  HA  CB  HB  CG2 HG21HG22\n+HG23CG1 HG12HG13CD1 HD11HD12HD13C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG  CD1 \n+HD11HD12HD13CD2 HD21HD22HD23C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  CD1 HD1 CE1 \n+HE1 CZ  OH  HH  CE2 HE2 CD2 HD2 C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 OG  HG  C   \n+O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG2 HG3 CD  OE1 OE2 C   O   N   H   CA  HA  \n+CB  HB2 HB3 CG  CD1 HD1 CE1 HE1 CZ  OH  HH  CE2 HE2 CD2 HD2 C   O   N   H   CA  \n+HA  CB  HB2 HB3 CG  OD1 OD2 C   O   N   CD  HD2 HD3 CG  HG2 HG3 CB  HB2 HB3 CA  \n+HA  C   O   N   H   CA  HA  CB  HB  CG2 HG21HG22HG23OG1 HG1 C   O   N   H   CA  \n+HA  CB  HB2 HB3 CG  HG2 HG3 CD  HD2 HD3 NE  HE  CZ  NH1 HH11HH12NH2 HH21HH22C   \n+O   N   CD  HD2 HD3 CG  HG2 HG3 CB  HB2 HB3 CA  HA  C   O   N   H   CA  HA  CB  \n+HB2 HB3 CG  CD1 HD1 CE1 HE1 CZ  HZ  CE2 HE2 CD2 HD2 C   O   N   H   CA  HA  CB  \n+HB2 HB3 OG  HG  C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG2 HG3 CD  OE1 OE2 C   \n+O   N   H   CA  HA  CB  HB1 HB2 HB3 C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 OG  HG  \n+C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG2 HG3 SD  CE  HE1 HE2 HE3 C   O   N   \n+H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG2 HG3 SD  CE  HE1 HE2 HE3 C   O   N   H   CA  HA2 \n+HA3 C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG  CD1 HD11HD12HD13CD2 HD21HD22HD23\n+C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG  CD1 HD11HD12HD13CD2 HD21HD22HD23C   \n+O   N   H   CA  HA  CB  HB  CG2 HG21HG22HG23OG1 HG1 C   O   N   H   CA  HA  CB  \n+HB2 HB3 CG  OD1 ND2 HD21HD22C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG  CD1 HD11\n+HD12HD13CD2 HD21HD22HD23C   O   N   H   CA  HA  CB  HB1 HB2 HB3 C   O   N   H   \n+CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  OD1 OD2 C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG2 HG3 \n+CD  HD2 HD3 NE  HE  CZ  NH1 HH11HH12NH2 HH21HH22C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 \n+HB3 CG  HG2 HG3 CD  OE1 OE2 C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG  CD1 HD11\n+HD12HD13CD2 HD21HD22HD23C   O   N   H   CA  HA  CB  HB  CG1 HG11HG12HG13CG2 HG21\n+HG22HG23C   O   N   H   CA  HA  '..b'20000000E-01  8.50000000E-01  7.90000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.90000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.90000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.90000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.90000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.90000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.90000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  9.60000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.90000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.90000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.90000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.90000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  7.90000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.90000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  7.20000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  7.20000000E-01  9.60000000E-01  7.20000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  7.20000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  7.20000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.90000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  8.50000000E-01\n'
b
diff -r 3549852f413f -r dbfb86927de6 test-data/ligand.prmtop
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ligand.prmtop Fri Feb 28 03:47:10 2020 -0500
b
b'@@ -0,0 +1,454 @@\n+%VERSION  VERSION_STAMP = V0001.000  DATE = 10/09/09  16:30:00                  \n+%FLAG TITLE                                                                     \n+%FORMAT(20a4)                                                                   \n+                                                                                \n+%FLAG POINTERS                                                                  \n+%FORMAT(10I8)                                                                   \n+      61      11      27      38      59      53     108      91       0       0\n+     329       1      38      53      91      18      30      19      14       0\n+       0       0       0       0       0       0       0       0      61       0\n+       0\n+%FLAG ATOM_NAME                                                                 \n+%FORMAT(20a4)                                                                   \n+O11 H7  C11 C12 C13 H9  H8  C10 H6  C9  H5  C8  C7  S6  C5  C4  H4  C3  O3  H3  \n+C2  H2  C1  H1  C14 C15 C16 O16 C17 C22 C21 H12 H13 C18 H10 C19 H11 C20 O23 C24 \n+H14 H15 C25 H16 H17 N26 C27 H18 H19 C28 H20 H21 C29 H22 H23 C30 H24 H25 C31 H26 \n+H27 \n+%FLAG CHARGE                                                                    \n+%FORMAT(5E16.8)                                                                 \n+ -9.01274958E+00  7.67158830E+00  2.44725489E+00 -3.86312760E+00 -1.24093863E+00\n+  2.64405573E+00  2.50374402E+00 -2.84450103E+00  2.80076751E+00 -1.48329522E+00\n+  2.58938883E+00 -1.16622720E+00 -4.42619667E+00  5.00931027E+00 -7.96314510E-01\n+ -3.48957045E+00  2.56023315E+00  2.52561078E+00 -9.00728289E+00  7.66247715E+00\n+ -2.73881169E+00  2.81716758E+00 -1.05142671E+00  2.68414479E+00 -1.46142846E+00\n+ -2.43996597E+00  1.08240462E+01 -9.42639579E+00 -4.00708377E+00 -9.62137440E-01\n+ -3.25632501E+00  2.79894528E+00  2.72423385E+00 -6.70580640E-01  2.86090110E+00\n+ -4.11459534E+00  2.62218897E+00  2.91556800E+00 -6.04798137E+00  2.25227628E+00\n+  7.61692140E-01  1.15347159E+00  3.11419107E+00  6.65113950E-01  1.03867110E+00\n+ -1.33769904E+01  3.13970229E+00  2.05911990E-01  8.18181270E-01 -1.39400595E+00\n+  7.61692140E-01  9.38448450E-01 -1.42862832E+00  6.86980710E-01  7.67158830E-01\n+ -1.40676156E+00  7.92670050E-01  9.25692840E-01  3.03947964E+00  1.12249368E+00\n+  2.75156730E-01\n+%FLAG MASS                                                                      \n+%FORMAT(5E16.8)                                                                 \n+  1.60000000E+01  1.00800000E+00  1.20100000E+01  1.20100000E+01  1.20100000E+01\n+  1.00800000E+00  1.00800000E+00  1.20100000E+01  1.00800000E+00  1.20100000E+01\n+  1.00800000E+00  1.20100000E+01  1.20100000E+01  3.20600000E+01  1.20100000E+01\n+  1.20100000E+01  1.00800000E+00  1.20100000E+01  1.60000000E+01  1.00800000E+00\n+  1.20100000E+01  1.00800000E+00  1.20100000E+01  1.00800000E+00  1.20100000E+01\n+  1.20100000E+01  1.20100000E+01  1.60000000E+01  1.20100000E+01  1.20100000E+01\n+  1.20100000E+01  1.00800000E+00  1.00800000E+00  1.20100000E+01  1.00800000E+00\n+  1.20100000E+01  1.00800000E+00  1.20100000E+01  1.60000000E+01  1.20100000E+01\n+  1.00800000E+00  1.00800000E+00  1.20100000E+01  1.00800000E+00  1.00800000E+00\n+  1.40100000E+01  1.20100000E+01  1.00800000E+00  1.00800000E+00  1.20100000E+01\n+  1.00800000E+00  1.00800000E+00  1.20100000E+01  1.00800000E+00  1.00800000E+00\n+  1.20100000E+01  1.00800000E+00  1.00800000E+00  1.20100000E+01  1.00800000E+00\n+  1.00800000E+00\n+%FLAG ATOM_TYPE_INDEX                                                           \n+%FORMAT(10I8)                                                                   \n+       1       2       3       3       3       4       4       3       4       3\n+       4       3       3       5       3       3       4       3       1       2\n+       3       4       3       4       3       3       3       6       3       3\n+       3       4       4       3       4       3       4       3       7  '..b'\n+E   E   M   E   E   M   3   E   E   3   E   E   3   E   E   B   E   E   M   E   \n+E   \n+%FLAG JOIN_ARRAY                                                                \n+%FORMAT(10I8)                                                                   \n+       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0\n+       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0\n+       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0\n+       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0\n+       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0\n+       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0\n+       0\n+%FLAG IROTAT                                                                    \n+%FORMAT(10I8)                                                                   \n+       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0\n+       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0\n+       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0\n+       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0\n+       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0\n+       0       0       0       0       0       0       0       0       0       0\n+       0\n+%FLAG RADIUS_SET                                                                \n+%FORMAT(1a80)                                                                   \n+H(N)-modified Bondi radii (mbondi2)                                             \n+%FLAG RADII                                                                     \n+%FORMAT(5E16.8)                                                                 \n+  1.50000000E+00  1.20000000E+00  1.70000000E+00  1.70000000E+00  1.70000000E+00\n+  1.20000000E+00  1.20000000E+00  1.70000000E+00  1.20000000E+00  1.70000000E+00\n+  1.20000000E+00  1.70000000E+00  1.70000000E+00  1.80000000E+00  1.70000000E+00\n+  1.70000000E+00  1.20000000E+00  1.70000000E+00  1.50000000E+00  1.20000000E+00\n+  1.70000000E+00  1.20000000E+00  1.70000000E+00  1.20000000E+00  1.70000000E+00\n+  1.70000000E+00  1.70000000E+00  1.50000000E+00  1.70000000E+00  1.70000000E+00\n+  1.70000000E+00  1.20000000E+00  1.20000000E+00  1.70000000E+00  1.20000000E+00\n+  1.70000000E+00  1.20000000E+00  1.70000000E+00  1.50000000E+00  1.70000000E+00\n+  1.20000000E+00  1.20000000E+00  1.70000000E+00  1.20000000E+00  1.20000000E+00\n+  1.55000000E+00  1.70000000E+00  1.20000000E+00  1.20000000E+00  1.70000000E+00\n+  1.20000000E+00  1.20000000E+00  1.70000000E+00  1.20000000E+00  1.20000000E+00\n+  1.70000000E+00  1.20000000E+00  1.20000000E+00  1.70000000E+00  1.20000000E+00\n+  1.20000000E+00\n+%FLAG SCREEN                                                                    \n+%FORMAT(5E16.8)                                                                 \n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  7.20000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  7.20000000E-01  9.60000000E-01  7.20000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  7.20000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  7.20000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.90000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  8.50000000E-01\n'
b
diff -r 3549852f413f -r dbfb86927de6 test-data/receptor.prmtop
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/receptor.prmtop Fri Feb 28 03:47:10 2020 -0500
b
b'@@ -0,0 +1,19148 @@\n+%VERSION  VERSION_STAMP = V0001.000  DATE = 10/09/09  16:29:33                  \n+%FLAG TITLE                                                                     \n+%FORMAT(20a4)                                                                   \n+                                                                                \n+%FLAG POINTERS                                                                  \n+%FORMAT(10I8)                                                                   \n+    3880      14    1964    1953    4477    2641    8324    6620       0       0\n+   21445     240    1953    2641    6620      41      89      42      28       0\n+       0       0       0       0       0       0       0       0      24       0\n+       0\n+%FLAG ATOM_NAME                                                                 \n+%FORMAT(20a4)                                                                   \n+N   H1  H2  H3  CA  HA  CB  HB1 HB2 HB3 C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  \n+HG  CD1 HD11HD12HD13CD2 HD21HD22HD23C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 OG  HG  \n+C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG  CD1 HD11HD12HD13CD2 HD21HD22HD23C   \n+O   N   H   CA  HA  CB  HB  CG2 HG21HG22HG23OG1 HG1 C   O   N   H   CA  HA  CB  \n+HB1 HB2 HB3 C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  OD1 OD2 C   O   N   H   CA  \n+HA  CB  HB2 HB3 CG  HG2 HG3 CD  OE1 NE2 HE21HE22C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 \n+HB3 CG  HG2 HG3 SD  CE  HE1 HE2 HE3 C   O   N   H   CA  HA  CB  HB  CG1 HG11HG12\n+HG13CG2 HG21HG22HG23C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 OG  HG  C   O   N   H   \n+CA  HA  CB  HB1 HB2 HB3 C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG  CD1 HD11HD12\n+HD13CD2 HD21HD22HD23C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG  CD1 HD11HD12HD13\n+CD2 HD21HD22HD23C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  OD1 OD2 C   O   N   H   \n+CA  HA  CB  HB1 HB2 HB3 C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG2 HG3 CD  OE1 \n+OE2 C   O   N   CD  HD2 HD3 CG  HG2 HG3 CB  HB2 HB3 CA  HA  C   O   N   CD  HD2 \n+HD3 CG  HG2 HG3 CB  HB2 HB3 CA  HA  C   O   N   H   CA  HA  CB  HB  CG2 HG21HG22\n+HG23CG1 HG12HG13CD1 HD11HD12HD13C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG  CD1 \n+HD11HD12HD13CD2 HD21HD22HD23C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  CD1 HD1 CE1 \n+HE1 CZ  OH  HH  CE2 HE2 CD2 HD2 C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 OG  HG  C   \n+O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG2 HG3 CD  OE1 OE2 C   O   N   H   CA  HA  \n+CB  HB2 HB3 CG  CD1 HD1 CE1 HE1 CZ  OH  HH  CE2 HE2 CD2 HD2 C   O   N   H   CA  \n+HA  CB  HB2 HB3 CG  OD1 OD2 C   O   N   CD  HD2 HD3 CG  HG2 HG3 CB  HB2 HB3 CA  \n+HA  C   O   N   H   CA  HA  CB  HB  CG2 HG21HG22HG23OG1 HG1 C   O   N   H   CA  \n+HA  CB  HB2 HB3 CG  HG2 HG3 CD  HD2 HD3 NE  HE  CZ  NH1 HH11HH12NH2 HH21HH22C   \n+O   N   CD  HD2 HD3 CG  HG2 HG3 CB  HB2 HB3 CA  HA  C   O   N   H   CA  HA  CB  \n+HB2 HB3 CG  CD1 HD1 CE1 HE1 CZ  HZ  CE2 HE2 CD2 HD2 C   O   N   H   CA  HA  CB  \n+HB2 HB3 OG  HG  C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG2 HG3 CD  OE1 OE2 C   \n+O   N   H   CA  HA  CB  HB1 HB2 HB3 C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 OG  HG  \n+C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG2 HG3 SD  CE  HE1 HE2 HE3 C   O   N   \n+H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG2 HG3 SD  CE  HE1 HE2 HE3 C   O   N   H   CA  HA2 \n+HA3 C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG  CD1 HD11HD12HD13CD2 HD21HD22HD23\n+C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG  CD1 HD11HD12HD13CD2 HD21HD22HD23C   \n+O   N   H   CA  HA  CB  HB  CG2 HG21HG22HG23OG1 HG1 C   O   N   H   CA  HA  CB  \n+HB2 HB3 CG  OD1 ND2 HD21HD22C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG  CD1 HD11\n+HD12HD13CD2 HD21HD22HD23C   O   N   H   CA  HA  CB  HB1 HB2 HB3 C   O   N   H   \n+CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  OD1 OD2 C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG2 HG3 \n+CD  HD2 HD3 NE  HE  CZ  NH1 HH11HH12NH2 HH21HH22C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 \n+HB3 CG  HG2 HG3 CD  OE1 OE2 C   O   N   H   CA  HA  CB  HB2 HB3 CG  HG  CD1 HD11\n+HD12HD13CD2 HD21HD22HD23C   O   N   H   CA  HA  CB  HB  CG1 HG11HG12HG13CG2 HG21\n+HG22HG23C   O   N   H   CA  HA  '..b'8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.90000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.90000000E-01  8.50000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.90000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.90000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.90000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.90000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.90000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.90000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.90000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.90000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.90000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.90000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  9.60000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.90000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.90000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.90000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.90000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01\n+  7.90000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.90000000E-01  8.50000000E-01\n+  7.20000000E-01  8.50000000E-01  7.20000000E-01  8.50000000E-01  8.50000000E-01\n'