Repository 'ambertools_antechamber'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/chemteam/ambertools_antechamber

Changeset 7:8029dfe04b28 (2021-02-16)
Previous changeset 6:e4de81eea04c (2021-01-25) Next changeset 8:04f6bb5fe7c7 (2021-03-12)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/ commit 3c440a43396b4d815ef35f45ed562e22bf37c028"
added:
test-data/LigA_output.top
b
diff -r e4de81eea04c -r 8029dfe04b28 test-data/LigA_output.top
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/LigA_output.top Tue Feb 16 21:56:18 2021 +0000
[
b'@@ -0,0 +1,239 @@\n+; base_GMX.itp created by acpype (v: 2020-10-24T12:16:34CEST) on Tue Feb 16 21:55:09 2021\n+\n+[ atomtypes ]\n+;name   bond_type     mass     charge   ptype   sigma         epsilon       Amb\n+ c2       c2          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860\n+ ha       ha          0.00000  0.00000   A     2.59964e-01   6.27600e-02 ; 1.46  0.0150\n+ ce       ce          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860\n+ c        c           0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860\n+ o        o           0.00000  0.00000   A     2.95992e-01   8.78640e-01 ; 1.66  0.2100\n+ os       os          0.00000  0.00000   A     3.00001e-01   7.11280e-01 ; 1.68  0.1700\n+ c3       c3          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   4.57730e-01 ; 1.91  0.1094\n+ h1       h1          0.00000  0.00000   A     2.47135e-01   6.56888e-02 ; 1.39  0.0157\n+ oh       oh          0.00000  0.00000   A     3.06647e-01   8.80314e-01 ; 1.72  0.2104\n+ ho       ho          0.00000  0.00000   A     0.00000e+00   0.00000e+00 ; 0.00  0.0000\n+\n+[ moleculetype ]\n+;name            nrexcl\n+ base             3\n+\n+[ atoms ]\n+;   nr  type  resi  res  atom  cgnr     charge      mass       ; qtot   bond_type\n+     1   c2     1   MOL     C    1    -0.311000     12.01000 ; qtot -0.311\n+     2   ha     1   MOL     H    2     0.109500      1.00800 ; qtot -0.202\n+     3   ha     1   MOL    H1    3     0.109500      1.00800 ; qtot -0.092\n+     4   ce     1   MOL    C1    4     0.022900     12.01000 ; qtot -0.069\n+     5    c     1   MOL    C2    5     0.384200     12.01000 ; qtot 0.315\n+     6    o     1   MOL     O    6    -0.575500     16.00000 ; qtot -0.260\n+     7    o     1   MOL    O1    7    -0.575500     16.00000 ; qtot -0.836\n+     8   os     1   MOL    O2    8    -0.351900     16.00000 ; qtot -1.188\n+     9   c3     1   MOL    C3    9     0.157300     12.01000 ; qtot -1.031\n+    10   h1     1   MOL    H2   10     0.051700      1.00800 ; qtot -0.979\n+    11   c2     1   MOL    C4   11    -0.174200     12.01000 ; qtot -1.153\n+    12   ha     1   MOL    H3   12     0.141000      1.00800 ; qtot -1.012\n+    13   ce     1   MOL    C5   13    -0.149200     12.01000 ; qtot -1.161\n+    14   ce     1   MOL    C6   14    -0.081000     12.01000 ; qtot -1.242\n+    15   ha     1   MOL    H4   15     0.142000      1.00800 ; qtot -1.100\n+    16   c2     1   MOL    C7   16    -0.248200     12.01000 ; qtot -1.348\n+    17   ha     1   MOL    H5   17     0.104000      1.00800 ; qtot -1.244\n+    18   c3     1   MOL    C8   18     0.131300     12.01000 ; qtot -1.113\n+    19   h1     1   MOL    H6   19     0.151700      1.00800 ; qtot -0.961\n+    20   oh     1   MOL    O3   20    -0.614800     16.00000 ; qtot -1.576\n+    21   ho     1   MOL    H7   21     0.374000      1.00800 ; qtot -1.202\n+    22    c     1   MOL    C9   22     0.376200     12.01000 ; qtot -0.826\n+    23    o     1   MOL    O4   23    -0.587000     16.00000 ; qtot -1.413\n+    24    o     1   MOL    O5   24    -0.587000     16.00000 ; qtot -2.000\n+\n+[ bonds ]\n+;   ai     aj funct   r             k\n+     1      2   1    1.0879e-01    2.8711e+05 ;      C - H     \n+     1      3   1    1.0879e-01    2.8711e+05 ;      C - H1    \n+     1      4   1    1.3461e-01    4.5798e+05 ;      C - C1    \n+     4      5   1    1.4825e-01    2.9665e+05 ;     C1 - C2    \n+     4      8   1    1.3710e-01    3.1372e+05 ;     C1 - O2    \n+     5      6   1    1.2183e-01    5.3363e+05 ;     C2 - O     \n+     5      7   1    1.2183e-01    5.3363e+05 ;     C2 - O1    \n+     8      9   1    1.4316e-01    2.5824e+05 ;     O2 - C3    \n+     9     10   1    1.0969e-01    2.7665e+05 ;     C3 - H2    \n+     9     11   1    1.5095e-01    2.7347e+05 ;     C3 - C4    \n+     9     18   1    1.5375e-01    2.5179e+05 ;     C3 - C8    \n+    11     12   1    1.0879e-01    2.8711e+05 ;     C4 - H3    \n+    11     13   1    1.3461e-01    4.5798e+05 ;     C4 - C5    \n+    13     14   1  '..b'C5-    C9\n+     9     18     16     14      9     0.00   0.00000   0 ;     C3-    C8-    C7-    C6\n+     9     18     16     17      9     0.00   0.00000   0 ;     C3-    C8-    C7-    H5\n+     9     18     20     21      9     0.00   0.66944   3 ;     C3-    C8-    O3-    H7\n+     9     18     20     21      9     0.00   1.04600   1 ;     C3-    C8-    O3-    H7\n+    10      9     11     12      9     0.00   0.00000   0 ;     H2-    C3-    C4-    H3\n+    10      9     11     13      9     0.00   0.00000   0 ;     H2-    C3-    C4-    C5\n+    10      9     18     16      9     0.00   0.65084   3 ;     H2-    C3-    C8-    C7\n+    10      9     18     19      9     0.00   0.65084   3 ;     H2-    C3-    C8-    H6\n+    10      9     18     20      9     0.00   0.00000   0 ;     H2-    C3-    C8-    O3\n+    10      9     18     20      9     0.00   1.04600   1 ;     H2-    C3-    C8-    O3\n+    11      9     18     16      9     0.00   0.65084   3 ;     C4-    C3-    C8-    C7\n+    11      9     18     19      9     0.00   0.65084   3 ;     C4-    C3-    C8-    H6\n+    11      9     18     20      9     0.00   0.65084   3 ;     C4-    C3-    C8-    O3\n+    11     13     14     15      9   180.00   4.18400   2 ;     C4-    C5-    C6-    H4\n+    11     13     14     16      9   180.00   4.18400   2 ;     C4-    C5-    C6-    C7\n+    11     13     22     23      9   180.00   9.10020   2 ;     C4-    C5-    C9-    O4\n+    11     13     22     24      9   180.00   9.10020   2 ;     C4-    C5-    C9-    O5\n+    12     11      9     18      9     0.00   0.00000   0 ;     H3-    C4-    C3-    C8\n+    12     11     13     14      9   180.00  27.82360   2 ;     H3-    C4-    C5-    C6\n+    12     11     13     22      9   180.00  27.82360   2 ;     H3-    C4-    C5-    C9\n+    13     11      9     18      9     0.00   0.00000   0 ;     C5-    C4-    C3-    C8\n+    13     14     16     17      9   180.00  27.82360   2 ;     C5-    C6-    C7-    H5\n+    13     14     16     18      9   180.00  27.82360   2 ;     C5-    C6-    C7-    C8\n+    14     13     22     23      9   180.00   9.10020   2 ;     C6-    C5-    C9-    O4\n+    14     13     22     24      9   180.00   9.10020   2 ;     C6-    C5-    C9-    O5\n+    14     16     18     19      9     0.00   0.00000   0 ;     C6-    C7-    C8-    H6\n+    14     16     18     20      9     0.00   0.00000   0 ;     C6-    C7-    C8-    O3\n+    15     14     13     22      9   180.00   4.18400   2 ;     H4-    C6-    C5-    C9\n+    15     14     16     17      9   180.00  27.82360   2 ;     H4-    C6-    C7-    H5\n+    15     14     16     18      9   180.00  27.82360   2 ;     H4-    C6-    C7-    C8\n+    16     14     13     22      9   180.00   4.18400   2 ;     C7-    C6-    C5-    C9\n+    16     18     20     21      9     0.00   0.69733   3 ;     C7-    C8-    O3-    H7\n+    17     16     18     19      9     0.00   0.00000   0 ;     H5-    C7-    C8-    H6\n+    17     16     18     20      9     0.00   0.00000   0 ;     H5-    C7-    C8-    O3\n+    19     18     20     21      9     0.00   0.69733   3 ;     H6-    C8-    O3-    H7\n+\n+[ dihedrals ] ; impropers\n+; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function\n+;    i      j      k      l   func   phase     kd      pn\n+     3      1      2      4      4   180.00   4.60240   2 ;     H1-     C-     H-    C1\n+     4      6      5      7      4   180.00   4.60240   2 ;     C1-     O-    C2-    O1\n+     5      1      4      8      4   180.00   4.60240   2 ;     C2-     C-    C1-    O2\n+     9     13     11     12      4   180.00   4.60240   2 ;     C3-    C5-    C4-    H3\n+    13     23     22     24      4   180.00   4.60240   2 ;     C5-    O4-    C9-    O5\n+    16     13     14     15      4   180.00   4.60240   2 ;     C7-    C5-    C6-    H4\n+    18     14     16     17      4   180.00   4.60240   2 ;     C8-    C6-    C7-    H5\n+    22     11     13     14      4   180.00   4.60240   2 ;     C9-    C4-    C5-    C6\n'