Previous changeset 0:6331d804f983 (2020-09-28) Next changeset 2:148389992630 (2021-01-22) |
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/delly commit 3da28c7772346e1872b6d768b904305be0c61db7" |
modified:
macros.xml merge.xml |
added:
test-data/map.fasta |
b |
diff -r 6331d804f983 -r 97c7441aed0d macros.xml --- a/macros.xml Mon Sep 28 07:45:03 2020 +0000 +++ b/macros.xml Thu Oct 29 20:51:37 2020 +0000 |
[ |
@@ -1,7 +1,7 @@ <?xml version="1.0"?> <macros> - <token name="@TOOL_VERSION@">0.8.3</token> - <token name="@DESCRIPTION@"></token> + <token name="@TOOL_VERSION@">0.8.5</token> + <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token> <xml name="requirements"> <requirements> <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">delly</requirement> @@ -18,6 +18,32 @@ </xml> <!-- + command + --> + + <token name="@BAM@"><![CDATA[ +#for $i, $current in enumerate($samples) + ln -s '${current}' 'sample_${i}.bam' && + ln -s '${current.metadata.bam_index}' 'sample_${i}.bam.bai' && +#end for + ]]></token> + <token name="@DUMP@"><![CDATA[ +#if 'dump' in $oo.out + && test -f 'dump.tsv.gz' && bgzip -d 'dump.tsv.gz' || echo 'No dump file.' +#end if + ]]></token> + <token name="@LOG@"><![CDATA[ +#if 'log' in $oo.out + |& tee '$out_log' +#end if + ]]></token> + <token name="@VCF@"><![CDATA[ +#if 'vcf' in $oo.out + && test -f 'result.bcf' && bcftools view 'result.bcf' > 'result.vcf' || echo 'No results.' +#end if + ]]></token> + + <!-- input --> @@ -33,11 +59,20 @@ <xml name="minclip"> <param argument="--minclip" type="integer" value="25" label="Set minimum clipping length"/> </xml> - <xml name="maxreadsep"> - <param argument="--maxreadsep" type="integer" value="40" label="Set maximum read separation"/> + <xml name="maxreadsep" token_default="40"> + <param argument="--maxreadsep" type="integer" value="@DEFAULT@" label="Set maximum read separation"/> + </xml> + <xml name="maxsize" token_default="1000000"> + <param argument="--maxsize" type="integer" value="@DEFAULT@" label="Set maximum SV size"/> </xml> - <xml name="minrefsep"> - <param argument="--minrefsep" type="integer" value="25" label="Set minimum reference separation"/> + <xml name="mincliquesize"> + <param name="mincliquesize" type="integer" value="2" label="Set minimum min. PE/SR clique size" help="(--min-clique-size)"/> + </xml> + <xml name="minrefsep" token_default="25"> + <param argument="--minrefsep" type="integer" value="@DEFAULT@" label="Set minimum reference separation"/> + </xml> + <xml name="minsize"> + <param argument="--minsize" type="integer" value="0" label="Set minimum SV size"/> </xml> <xml name="samples" token_format="bam" token_multiple="true" token_label="Select sample file(s)"> <param name="samples" type="data" format="@FORMAT@" multiple="@MULTIPLE@" label="@LABEL@"/> @@ -76,7 +111,7 @@ </data> </xml> <xml name="log"> - <data name="out_log" format="txt" from_work_dir="log.txt" label="${tool.name} on ${on_string}: Log"> + <data name="out_log" format="txt" label="${tool.name} on ${on_string}: Log"> <filter>'log' in oo['out']</filter> </data> </xml> @@ -89,6 +124,6 @@ Delly is an integrated structural variant (SV) prediction method that can discover, genotype and visualize deletions, tandem duplications, inversions and translocations at single-nucleotide resolution in short-read massively parallel sequencing data. It uses paired-ends, split-reads and read-depth to sensitively and accurately delineate genomic rearrangements throughout the genome. ]]></token> <token name="@REFERENCES@"><![CDATA[ -More information are available on `github <https://github.com/dellytools/delly>`_. +More information are available on `GitHub <https://github.com/dellytools/delly>`_. ]]></token> </macros> \ No newline at end of file |
b |
diff -r 6331d804f983 -r 97c7441aed0d merge.xml --- a/merge.xml Mon Sep 28 07:45:03 2020 +0000 +++ b/merge.xml Thu Oct 29 20:51:37 2020 +0000 |
b |
@@ -1,5 +1,5 @@ <?xml version="1.0"?> -<tool id="delly_merge" name="Delly merge" version="@TOOL_VERSION@+galaxy0" profile="18.01"> +<tool id="delly_merge" name="Delly merge" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@" profile="18.01"> <description>structural variants across/within VCF/BCF file(s)</description> <macros> <import>macros.xml</import> @@ -38,12 +38,8 @@ #end for ## postprocessing -#if 'log' in $oo.out - |& tee 'log.txt' -#end if -#if 'vcf' in $oo.out - && test -f 'result.bcf' && bcftools view 'result.bcf' > 'result.vcf' || echo 'No results.' -#end if +@LOG@ +@VCF@ ]]></command> <inputs> <expand macro="samples" format="bcf,vcf"/> @@ -51,8 +47,8 @@ <param argument="--chunks" type="integer" value="500" label="Set maximum chunk size to merge groups of BCF files"/> <param argument="--vaf" type="float" value="0.15" min="0.0" max="1.0" label="Set minimum fractional ALT support"/> <param argument="--coverage" type="integer" value="10" label="Set minimum coverage"/> - <param argument="--minsize" type="integer" value="0" label="Set minimum SV size"/> - <param argument="--maxsize" type="integer" value="1000000" label="Set maximum SV size"/> + <expand macro="minsize"/> + <expand macro="maxsize"/> <param argument="--precise" type="boolean" truevalue="--precise" falsevalue="" label="Filter sites for PRECISE?"/> <param argument="--pass" type="boolean" truevalue="--pass" falsevalue="" label="Filter sites for PASS?"/> </section> |
b |
diff -r 6331d804f983 -r 97c7441aed0d test-data/map.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/map.fasta Thu Oct 29 20:51:37 2020 +0000 |
b |
b'@@ -0,0 +1,2 @@\n+>chrM\n+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN'..b'NANANNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNANNNNNNNNANNNANNNNNNNNNNANNNNNNNANNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANANNNANNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNANNANNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNANNNANNANNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNANANNNNNNNNNNNNNNNNANNAANNNNNNNNNNNNNANNNNNANNNNNNNAAANNNNNNNNNNNNNNNNAANANNNNNNANNNNANANNAANNNANNNNNNNNANANNNNNNNNNCCNNNNNNNNNNCCCNNCCCCNCNCCNNNCCNCNNCCCCCNNCCCCCNCNCNCNNCCCCCCANAANANAANANAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAANANNNANANNNNNANNNANNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNANNNNNNNNNNNNNNANNANNNANNNNNNNANNNANANNNNNNNNNNNNANNNNNNNANNNNNNNNNANNNNNANNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNANNNNNNNNNANNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANANNNNNNANNANNAANNNANNANNANANNNNANNNNNNANNNNNNNNNNNNNANNAANANANNNNNNNNANAANNANNNNNNNNANNNNNNNANNNANANANNANNANNANNANNANNNNNNANANNNNNNANNNNNNNNNNAANNNNNNNNNNNNNANNNNNNANNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNANNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNANNANNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNANNNANNNNNAANNAANNNNNNNNNANNNANNNNNANNNANANNNNANNNNNNANANNNANANANNNNNNNNNANANNNNNNNANNNNNNCNNNNCNNNNNCNNNNNNNNANNNNNNNNNNANNNNNNNNNANNANNNNANNNNNNNNNNNNANANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNAANNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANANNNNANNNNANNNANNNANNAAANNANAAANNAANANNNNAAANNANANNANNANNAANANNNNNNNNNNNANNNNNNANNNAANNNNNANNNNNANNANAANAAANAAAANNNAANNNNNNNNANNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNANNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNANNANNAANANNANNNANNNAANNNNNNNANANNNNNNNNNNNNANNNANNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNANNNNNNANNNNNNNANNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNANNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNANNNNNNNNNANNNNNNNNNNANNNNANNNANANNNNNNNNNNNAANNNNNNNANNNNNNNANAANANNNNNNNANNNNNNANANNAAAAANAANNNANANNNANNNAANNNANNNNNNNNNANNAANAANNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNANNNNNNNNNANNNANNNNANNNNNNNNNNNNNNNNANNANNAANNNNNNNANNNANNNNANNNNNNAANNNNANNANNANNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNANNNNANNNNNNNNANNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNANNNNNNANNNNNANNNNNNNNANNNNNNNNNNANNNNNNANNNNNNNANNNNNAAAAAANNANAANNNNAANNNNNANNNNNNNANNNNNNANAAANANAANNNNNANNNNANNNNNNNNNANNNANNNNNANANNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNANNNNANNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNANANNNNNNNNANNNNNNNNNNANNNNNNNNANNNNNNNNNNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCCCCCAAAAAAAAAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNNCNNNNNNNNNCNNNCNNNNCNNNNCNNNNNNNNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNNNCNNNANANNNNNNNNNNANNNNNNNNANNNNNANNNNNNAANANNNNANANNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNANNNAANANNNANANAAANNNNNNANNAAANNNAAANAAAANANNNNANNNNNNANNANANNNNNNNAANNNNNANNNANNANNNANNNNNANNNANAAAANNNNNNANNNANNNANANNNNANNNANNNANNNNNNNANAANANNNNNNAAANAANNNNNANNAANANNNANNANANNANNNNNANNANNANNNNANNNNANNANNNNANNNNNNANANANANANNNNNANNANNNNNANANNANNNANANANNNNNNAANNANNAANANNANANNANANNNANNNNNNANANNNAANANNNANNNNNNANNNNNNANNANNANNNANNNNANNNNANNNANNCNNNANNANNNANNANAANNNNNAANNANNNNNNNNNAAANANANNNNANNANANNNANANANAANNANNANNNNANNANANNNANNANNNNANNANNNNNANNNNNANNNNNNNNNANNNNNNANANNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNANNNNNNNANNNNNNNNNNNNAANNANNNNANNNNNNNNANNNNANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNANNNNNNNANNNNNANANNANNNNNNNNAANNNNNNNNNNNNNNNNAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNNNNANAANNANNANNNNNANNAANANNNNNANNANNANNNANANAANNNNNANNNNNAANNNNANNNNANNAANNANNANNNANNNANNNNANNANNNANNNNNAANNANANNNNANNAANNNNANNNNANNANNNNNNANNNANNANNNANANNNANNNNNNNNNNNNANNNNNNNNNNNNANNANNNNNNNN\n' |